청구인은 쟁점토지 보유기간동안 4년 이상 직접 경작 요건을 충족하지 못하고 있는 점 등에 비추어 청구인이 농업회사법인에 현물출자한 쟁점토지에 대하여 양도소득세 면제를 배제한 이 건 과세처분은 잘못이 없다고 판단됨
청구인은 쟁점토지 보유기간동안 4년 이상 직접 경작 요건을 충족하지 못하고 있는 점 등에 비추어 청구인이 농업회사법인에 현물출자한 쟁점토지에 대하여 양도소득세 면제를 배제한 이 건 과세처분은 잘못이 없다고 판단됨
심판청구를 기각한다.
(1) 쟁점토지는 청구인이 겨울에는 마늘을, 봄과 여름에는 유채를 각각 재배한 농지로서 그 매매계약서의 특약사항에도 “금년 농사는 마늘 수확 후 명도한다”고 명시되어 청구인의 자경 사실이 입증되며, 농지는 한해만 경작하지 않아도 잡초로 인하여 확연히 표시가 나지만 항공사진에는 쟁점토지가 녹지로 나타나 청구인 및 000가 쟁점토지 보유기간(2014.5.21.～2015.4.21.) 중에 자경하였음을 알 수 있다. 처분청의 현장확인 시점(2017.2.20.～2017.3.10.)은 청구인이 쟁점토지를 양도하고 2번의 경작시기가 지난 때라 그 당시 쟁점토지의 일부면적에 잡초 등이 무성한 상태로 방치되어 있을 수 있으나 이를 이유로 청구인의 자경사실을 부인할 수 없고, 농지원부, 작물재배 교육이수 확인증, 조합원증명서, 농약․비료 거래내역 확인서, 종자구입내역 등에서도 청구인의 자경사실이 입증된다.
(2) 청구인은 2015년 2월초 000 외 1인(이하 “매수인들”이라 한다)과 최초로 쟁점토지를 매매하기로 한 계약을 체결하면서 ‘농업회사법인으로 현물출자 후 매수인들에게 등기이전하기로’ 사전합의하고 매수인으로부터 중도금까지 받은 후 000로 현물출자하고 같은 날짜에 000와 매수인들 간에 매매계약서를 재작성한바, 당초 개인 간에 작성된 매매계약서는 가계약서에 불과하고, 2015.2.27. 중도금으로 받은 000원도 당초 특약에 따라 청구인이 아닌 000 계좌로 입금받은바, 이를 이유로 양도소득세 면제를 부인할 수 없다.
(1) 쟁점토지는 직접 경작의 요건을 갖추지 못하여 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제68조 제2항에서 규정하는 양도소득세 면제대상이 아니다. 현장확인 당시 쟁점토지의 일부에는 잡초 등이 무성한 상태로 방치되어 있었으며, 나머지에는 파․배추 등을 경작한 흔적이 확인되어 인근 주민 등에게 탐문한바 인근 주민이 청구인의 동의하에 텃밭으로 이용하였고 청구인은 자경사실이 없다고 진술하고 있는 반면, 청구인은 자경사실을 입증할 만한 명백한 증빙자료를 제시하지 못하고 있다.
(2) 쟁점토지는 청구인이 000에 현물출자하기 전에 이미 개인 간에 매매거래가 이루어졌으나, 000에 현물출자한 후 다시 매수인에게 양도하는 형식으로 양도소득세를 부당하게 면제받음으로써 농업회사법인에 현물출자하는 경우 양도소득세를 면제하는 입법취지인 ‘농업생산성 향상과 영농구조의 개선’에도 부합하지 않으므로 이 건 과세처분은 정당하다.
(1) 조세특례제한법 (가) 2014.12.23. 법률 제12853호로 개정된 것 제66조(영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등) ④ 대통령령으로 정하는 농업인이 2018년 12월 31일 이전에 농지 또는 초지법에 따른 초지(이하 "초지"라 한다)를 영농조합법인에 현물출자함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.
⑤ 제4항에 따라 양도소득세를 감면받은 자가 그 출자지분을 출자일부터 3년 이내에 다른 사람에게 양도하는 경우에는 그 양도일이 속하는 과세연도의 과세표준신고를 할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 세액을 양도소득세로 납부하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.
⑥ 제4항에 따라 감면받은 양도소득세를 제5항 본문에 따라 납부하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자 상당액을 가산한다.
⑦ 대통령령으로 정하는 농업인이 2018년 12월 31일 이전에 영농조합법인에 농업·농촌 및 식품산업 기본법 제3조 제1호에 따른 농작물재배업·축산업 및 임업에 직접 사용되는 부동산(제4항에 따른 농지 및 초지는 제외한다)을 현물출자하는 경우에는 이월과세를 적용받을 수 있다.
⑧ 제1항·제2항·제4항 및 제7항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청을 하여야 한다.
⑨ 제7항을 적용받은 농업인이 현물출자로 취득한 주식 또는 출자지분의 100분의 50 이상을 출자일부터 3년 이내에 처분하는 경우에는 처분일이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 제7항에 따른 이월과세액(해당 영농조합법인이 이미 납부한 세액을 제외한 금액을 말한다)을 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도소득세로 납부하여야 한다. 제68조(농업회사법인에 대한 법인세의 면제 등) ② 대통령령으로 정하는 농업인이 2018년 12월 31일 이전에 농지 또는 초지를 농업회사법인(농지법에 따른 농업법인의 요건을 갖춘 경우만 해당한다)에 현물출자함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 이 경우 제66조 제5항·제6항 및 제8항을 준용한다.
③ 대통령령으로 정하는 농업인이 2018년 12월 31일 이전에 농업회사법인에 농업·농촌 및 식품산업 기본법 제3조 제1호에 따른 농작물재배업·축산업 및 임업에 직접 사용되는 부동산(제2항에 따른 농지 및 초지는 제외한다)을 현물출자하는 경우에는 이월과세를 적용받을 수 있다. 이 경우 제66조 제9항 및 제10항을 준용한다. 부칙(2014.12.23. 법률 제12853호로 개정된 것) 제1조(시행일) 이 법은 2015년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제95조의2, 제106조의7, 제122조의3 제3항 및 제126조의2 제2항의 개정규정은 공포한 날부터 시행하고, 제113조 제1항의 개정규정은 2015년 4월 1일부터 시행하며, 제66조 제4항부터 제6항까지 및 제9항, 제67조 제4항부터 제6항까지, 제68조 제2항, 제106조의4 제1항, 제122조의4 및 제133조 제1항의 개정규정은 2015년 7월 1일부터 시행하고, 제75조 및 제86조의3 제1항ㆍ제3항의 개정규정은 2016년 1월 1일부터 시행한다. (나) 2014.1.1. 법률 제12173호로 개정된 것 제66조(영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등) ④ 대통령령으로 정하는 농업인이 2015년 12월 31일 이전에 농지 또는 초지법에 따른 초지(이하 "초지"라 한다)를 영농조합법인에 현물출자함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제한다.
⑤ 제4항에 따라 양도소득세를 면제받은 자가 그 출자지분을 출자일부터 3년 이내에 다른 사람에게 양도하는 경우에는 그 양도일이 속하는 과세연도의 과세표준신고를 할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 세액을 양도소득세로 납부하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.
⑥ 제4항에 따라 면제받은 양도소득세를 제5항 본문에 따라 납부하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자 상당액을 가산한다.
⑦ 대통령령으로 정하는 농업인이 2015년 12월 31일 이전에 영농조합법인에 농어업·농어촌 및 식품산업 기본법 제3조 제1호 가목에 따른 농작물재배업·축산업 및 임업에 직접 사용되는 부동산(제4항에 따른 농지 및 초지는 제외한다)을 현물출자하는 경우에는 이월과세를 적용받을 수 있다.
⑧ 제1항·제2항·제4항 및 제7항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청을 하여야 한다. 제68조(농업회사법인에 대한 법인세의 면제 등) ② 대통령령으로 정하는 농업인이 2015년 12월 31일 이전에 농지 또는 초지를 농업회사법인(농지법에 따른 농업법인의 요건을 갖춘 경우만 해당한다)에 현물출자함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제한다. 이 경우 제66조 제5항부터 제8항까지의 규정을 준용한다.
③ 대통령령으로 정하는 농업인이 2015년 12월 31일 이전에 농업회사법인에 농어업·농어촌 및 식품산업 기본법 제3조 제1호 가목에 따른 농작물재배업·축산업 및 임업에 직접 사용되는 부동산(제2항에 따른 농지 및 초지는 제외한다)을 현물출자하는 경우에는 이월과세를 적용받을 수 있다. 이 경우 제66조 제9항 및 제10항을 준용한다. (2) 조세특례제한법 시행령 (가) 2015.2.3. 대통령령 제26070호로 개정된 것 제63조(영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등) ④ 법 제66조 제4항 및 법 제68조 제2항 전단에서 "대통령령으로 정하는 농업인"이란 각각 농업·농촌 및 식품산업 기본법 제3조 제2호에 따른 농업인으로서 현물출자하는 농지·초지 또는 부동산(이하 이 조에서 "농지등"이라 한다)이 소재하는 시(특별자치시와 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제15조 제2항 에 따른 행정시를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)·군·구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 조에서 같다), 그와 연접한 시·군·구 또는 해당 농지등으로부터 직선거리 30킬로미터 이내에 거주하면서 4년 이상 직접 경작한 자를 말하며, 법 제66조 제7항 및 제68조 제3항에서 "대통령령으로 정하는 농업인"이란 각각 농업·농촌 및 식품산업 기본법 제3조제2호에 따른 농업인으로서 현물출자하는 농지등이 소재하는 시·군·구, 그와 연접한 시·군·구 또는 해당 농지등으로부터 직선거리 30킬로미터 이내에 거주하면서 직접 경작한 자를 말한다.
⑤ 법 제66조 제4항 및 법 제68조 제2항의 규정에 의하여 현물출자함으로써 발생한 소득에 대하여 양도소득세가 면제되는 농지는 전·답으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실제로 경작에 사용되는 토지와 그 경작에 직접 필요한 농막·퇴비사·양수장·지소·농로·수로등에 사용되는 토지로 한다. 다만, 제66조 제4항 각호의 1에 해당하는 농지를 제외한다. 부칙(2015.2.3. 대통령령 제26070호로 개정된 것) 제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제112조의5 및 제112조의6의 개정규정은 2015년 4월 1일부터 시행하고, 제63조 제6항ㆍ제14항, 제106조의9 제1항 및 제121조의3 제12항의 개정규정은 2015년 7월 1일부터 시행하며, 제71조 및 제80조의3의 개정규정은 2016년 1월 1일부터 시행한다. 제2조(일반적 적용례) ③ 이 영 중 양도소득세 및 증권거래세에 관한 개정규정은 이 영 시행 이후 양도하는 경우부터 적용한다. (나) 2014.2.21. 대통령령 제25211호로 개정된 것 제63조(영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등) ④ 법 제66조 제4항에서 "대통령령으로 정하는 농업인"이란 농어업·농어촌 및 식품산업 기본법 제3조 제2호 가목에 따른 농업인으로서 현물출자하는 농지·초지 또는 부동산(이하 이 조에서 "농지등"이라 한다)이 소재하는 시(특별자치시와 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제15조 제2항 에 따른 행정시를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)·군·구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 조에서 같다), 그와 연접한 시·군·구 또는 해당 농지등으로부터 직선거리 20킬로미터 이내에 거주하면서 4년 이상 직접 경작한 자를 말하며, 법 제66조 제7항, 법 제68조 제2항 전단 및 같은 조 제3항에서 "대통령령으로 정하는 농업인"이란 각각 농어업·농어촌 및 식품산업 기본법 제3조제2호가목에 따른 농업인으로서 현물출자하는 농지등이 소재하는 시·군·구, 그와 연접한 시·군·구 또는 해당 농지등으로부터 직선거리 20킬로미터 이내에 거주하면서 직접 경작한 자를 말한다.
(1) 청구인은 2015년에 토지 12필지 및 건물 2개동을 양도한 것으로 하여 양도소득세를 신고하면서 다음 <표>와 같이 쟁점토지를 포함한 토지 7필지에 대하여는 농업회사법인에 현물출자한 것으로 하여 양도소득세 감면을, 건물 2개에 대하여는 이월공제를 각각 적용하였고, 처분청은 쟁점토지 등의 현물출자가액이 임의로 평가된 것으로 보아 매매사례가액, 감정가액 등을 양도가액으로 적용(이 부분에 대하여는 다툼이 없음)하는 한편 쟁점토지에 대하여는 청구인이 직접 자경하지 않은 것으로 보아 양도소득세 면제를 배제하였다. <표> 청구인의 2015년 귀속 양도소득세 신고 내역
(2) 등기사항전부증명서를 보면, 청구인은 2014.5.21. 쟁점토지를 000원에 취득하여 2015.3.26. 농업회사법인인 000에 현물출자하였고, 000는 같은 날 매수인들에게 쟁점토지를 000원에 다시 양도하고 2015.4.21. 관련 소유권이전등기를 경료하였다.
(3) 처분청은 양도소득세 조사 당시 쟁점토지의 일부에 농작물 재배 흔적이 있어 인근 주민 등에게 탐문한바, 인근 주민이 청구인의 동의하에 쟁점토지를 텃밭으로 이용하였고 청구인은 자경한 사실이 없다고 진술한바, 청구인은 직접 경작사실이 없을 뿐만 아니라, 2015년 2월초에 청구인이 매수인들과 쟁점토지의 매매계약을 체결하고 계약금 및 중도금을 지불한 상태에서 2015년 3월에 다시 청구인이 000에 현물출자함과 동시에 새로운 매매계약서를 작성하여 000가 매수인들에게 쟁점토지를 동일한 금액에 양도한 사실이 있어 이는 농업회사법인에 자경 농지를 현물출자하는 경우 양도소득세를 면제해주는 규정의 취지에도 맞지 않는다는 의견이다.
(4) 이에 반하여, 청구인은 2015.3.26. 000와의 사이에 작성된 쟁점토지의 매매계약서상 양도가액은 000 지급기일 및 쟁점토지의 인도일은 2015.4.20.이고, 특약사항으로 ‘금년 농사는 마늘수확 후 명도한다’고 되어 있어 청구인이 쟁점토지를 직접 경작하였음을 알 수 있고, 동 매매계약서상에 ‘계약금과 중도금은 매매예약 약정금으로 미리 지불함’ 등이 기재되어 있어 당초 청구인과 매수인들 간에 작성된 계약서는 가계약서에 불과하다고 주장하고 있다. 그 외 청구인은 쟁점토지를 직접 경작하였다는 증빙으로 ‘000조합원증명서’, ‘농지원부’, 청구인이 2010.6.25.～2017.8.17. 000에서 농약․비료 등을 매입한 내역이 기재된 ‘거래자별매출상세내역’, 000의 ‘농업경영체등록확인서’, 2014년 9월경 쟁점토지에서 농지 정지작업을 하였다고 진술하는 ‘000의 확인서’(2017.11.10.자) 등을 제출하였다.
(5) 농업회사법인 등에 농지 등을 현물출자하는 경우 양도소득세를 면제(감면)하는 조특법령의 개정 연혁을 보면, 2014.1.1. 법률 제12173호로 개정된 조특법 제66조 제4항에서 대통령령으로 정하는 농업인이 2015.12.31. 이전에 농지 등을 ‘영농조합법인’에 현물출자함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제하는 것으로, 제68조 제2항 전단에서 대통령령으로 정하는 농업인이 2015.12.31. 이전에 농지 등을 ‘농업회사법인’에 현물출자함으로써 발생하는 소득에 대해서 양도소득세를 면제하는 것으로 각각 규정하면서, 2014.2.21. 대통령령 제25211호로 개정된 같은 법 시행령 제63조 제4항에서 법 제66조 제4항에서 “대통령령으로 정하는 농업인”이란 농지 등 소재지 등 거주 및 4년 이상 직접 경작한 자를 말하는 것으로 규정하여, 영농조합법인과는 다르게 농업회사법인에 현물출자한 농업인에 대하여는 4년 이상 직접 경작 등을 면제요건으로 두고 있지 않다가, 2014.12.23. 법률 제12853호로 개정된 같은 법 제66조 제4항에서 대통령령으로 정하는 농업인이 2018.12.31. 이전에 농지 등을 ‘영농조합법인’에 현물출자함으로써 발생하는 소득에 대하여 양도소득세를 감면하고, 제68조 제2항에서 대통령령으로 정하는 농업인이 2018.12.31. 이전에 농지 등을 ‘농업회사법인’에 현물출자함으로써 발생하는 소득에 대하여 양도소득세를 감면하는 것으로 각각 규정하고, 그 부칙 제1조 단서에서 제66조 제4항 및 제68조 제2항의 개정규정은 2015.7.1.부터 시행하는 것으로 규정한바, 2015.7.1. 이후 농업인이 농업회사법인 등에 농지 등을 현물출자하는 경우에는 양도소득세 면제가 아니라 감면을 적용받는 것으로 개정되었다. 또한, 2015.2.3. 대통령령 제26070호로 개정된 조특법 시행령 제63조 제4항에서 법 제66조 제4항 및 법 제68조 제2항 전단에서 “대통령령으로 정하는 농업인”이란 각각 농업인으로서 현물출자하는 농지 등이 소재하는 시․군․구, 그와 연접한 시․군․구 또는 해당 농지 등으로부터 직선거리 30킬로미터 이내에 거주하면서 4년 이상 직접 경작한 자를 말하는 것으로 규정하고 있는데, 그 부칙 제1조(시행일) 본문 및 제2조(일반적인 적용례) 제3항에서 조특법 시행령 중 양도소득세에 관한 개정규정은 2015.2.3. 이후 양도하는 경우부터 적용하는 것으로 규정하고 있고, 조특법 시행령 제63조 제4항의 개정규정에 대한 적용시기를 달리 규정하고 있지 않는바, 2015.2.3. 이후 농업인이 농지 등을 농업회사법인에 현물출자하더라도 양도소득세 면제(2015.7.1. 이후 현물출자분은 감면)를 적용받기 위해서는 영농조합법인과 마찬가지로 ‘4년 이상 직접 경작’ 요건을 갖추어야 한다.
(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 쟁점토지 인근의 주민이 청 구인의 동의하에 텃밭으로 이용하였고 청구인은 자경 사실이 없다고 진술한 점, 청구인은 쟁점토지 외에도 여러 필지의 토지를 소유하고 있어 농지원부, 비료 및 농약 구매 내역 등으로 청구인이 쟁점토지에서 직접 경작한 사실이 입증된다고 보기 어려운 점, 2015.2.3. 이후 농업인이 농지 등을 농업회사법인에 현물출자하는 경우에는 ‘4년 이상 직접 경작’ 요건을 갖추어야 양도소득세 면제(2015.7.1. 이후 현물출자분은 감면)를 적용받을 수 있는데, 청구인의 쟁점토지 보유기간은 2014.5.21.～2015.4.21.에 불과하여 4년 이상 직접 경작 요건을 충족하지 못하고 있는 점 등에 비추어 청구인이 농업회사법인에 현물출자한 쟁점토지에 대하여 양도소득세 면제를 배제한 이 건 과세처분은 잘못이 없다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.