공업지역 편입일 이후에 토지를 취득(상속)한 경우 8년 이상 자경농지에 대한 감면적용대상에 해당하는지 여부 등

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구인은 2009.12.22. OOO 외 6필지 토지(이하 “쟁점토지”라 한다)를 OOO(청구인의 아버지, 이하 “피상속인”이라 한다)으로부터 상속을 원인으로 취득하여 2015.10.16. OOO에 공공용지의 협의취득을 원인으로 양도하고 2015.12.31. 양도소득세 신고를 하면서 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제69조의 8년 이상 자경농지로서 감면신청을 하였다.
• 나. 처분청은 쟁점토지가 OOO 공업지역에 편입된 사실을 확인하고 청구인이 동 토지를 공업지역 편입일 이후에 취득(2009.12.22.)한 것으로 보아 조특법 제69조 제1항 단서에 의하여 자경농지에 대한 양도소득세 감면적용을 배제하여 2018.5.17. 청구인에게 2015년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2018.6.7. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장

(1) 쟁점토지는 피상속인이 1979.5.14. 취득하여 자경하던 농지로서 청구인은 2009.12.22. 상속으로 이를 취득하였으므로 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면요건을 충족하는 점, 조특법 제69조 제1항 단서는 공업지역 편입일 이후 발생되는 개발이익에 대하여 양도소득세를 과세하고자 함에 그 입법취지가 있는바, OOO가 공단을 조성할 목적으로 쟁점토지를 수용하였으므로 개발 주체 및 개발이익은 OOO에서 발생한 반면, 청구인의 경우 오히려 토지수용으로 인하여 경제적 손실이 발생하였고 2009년 당시 경제위기 상황에서 토지거래가 거의 이루어지지 아니하여 편입일 이후 지가상승으로 인한 개발이익이 발생하지 아니한 점, 같은 법 시행령 제66조 제7항의 산식에 따라 감면대상 양도소득금액을 계산할 경우 동 산식의 분모 및 분자에서 차감되는 “취득당시 기준시가”는 쟁점토지 취득직전의 기준시가(2008년)를 적용하는 것이 타당하고 이 경우 분모와 분자가 동일하여 양도소득금액 전액이 감면대상으로 보는 것이 타당하다.

(2) 설령, 쟁점토지가 8년 이상 자경농지에 대한 감면대상에 해당하지 아니한다 하더라도 청구인은 OOO로부터 토지수용에 따른 양도대금을 3년 만기채권으로 지급받아 고지세액을 납부할 수 없는 상태이므로 이 건 양도소득세를 과세처분하면서 납부불성실가산세를 가산한 처분은 부당하다.

• 나. 처분청 의견 조특법 제69조 제1항 단서에서 해당 농지가 공업지역에 등에 편입된 경우 공업지역 등에 편입된 날까지 발생한 소득에 대해서만 자경농지에 대한 양도소득세 감면이 적용하는 것으로 규정하고 있는바, 청구인의 경우 공업지역이 편입된 날 이후에 쟁점토지를 취득하였으므로 자경농지에 대한 양도소득세 감면대상 양도소득금액이 없는 것으로 보아야 하는 점, 설령 청구주장과 같이 자경농지에 대한 감면대상에 해당하는 것으로 보더라도 같은 법 시행령 제66조 제7항의 산식에 의하여 감면소득금액을 계산할 경우 쟁점토지의 공업지역 편입일OOO 및 쟁점토지의 취득일(2009.12.22.) 모두 2009년 개별공시지가가 고시일(2009.5.29.) 이후 시점이므로 동 산식의 분자가 0이 되어 감면대상소득금액이 없거나 산정 자체가 불가능한 점 등에 비추어 청구주장은 이유 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점

① 공업지역 편입일 이후에 토지를 취득(상속)한 경우 8년 이상 자경농지에 대한 감면적용대상에 해당하는지 여부

② 납부불성실가산세를 적용한 처분의 당부

• 나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법 제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2018년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역·상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 "주거지역등"이라 한다)에 편입되거나 도시개발법 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분(換地處分) 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

(2) 조세특례제한법 시행령 66조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ⑦법 제69조 제1항 단서에서 "대통령령으로 정하는 소득"이란 소득세법 제95조 제1항에 따른 양도소득금액(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 계산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. 이 경우 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수되거나 수용되는 경우에는 보상가액 산정의 기초가 되는 기준시가를 양도 당시의 기준시가로 보며, 새로운 기준시가가 고시되기 전에 취득하거나 양도한 경우 또는 주거지역등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날이 도래하는 경우에는 직전의 기준시가를 적용한다.

(3) 국세기본법 제6조(천재 등으로 인한 기한의 연장) ① 천재지변이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 이 법 또는 세법에서 규정하는 신고, 신청, 청구, 그 밖에 서류의 제출, 통지, 납부를 정해진 기한까지 할 수 없다고 인정하는 경우나 납세자가 기한 연장을 신청한 경우에는 관할 세무서장은 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 기한을 연장할 수 있다. 제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 아래 사실들이 확인된다. (가) 피상속인은 1979.5.14. 쟁점토지를 취득하였고, 2009.12.22. 피상속인이 사망으로 청구인은 쟁점토지 등을 상속으로 취득하였다. (나) 쟁점토지는 OOO 국토해양부장관 고시에 의하여 공업지역으로 편입되었고, 청구인은 2015.10.16. 쟁점토지 등을 공공용지 협의취득을 원인으로 OOO에 양도하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 조특법 제69조 및 같은 법 시행령 제66조에 따르면, 8년 이상 자경농지에 대해서는 양도소득세를 면제하나 해당 토지가 공업지역 등에 편입된 후 3년을 경과하여 양도하는 경우에는 공업지역 등에 편입된 날까지 발생한 소득에 대해서만 양도소득세를 감면하도록 규정하고 있는바, 청구인의 경우 공업지역 편입 이후에 쟁점토지를 취득하여 위 규정에 의한 감면대상소득이 없는 것으로 보이므로 8년 이상 자경농지의 경우 적용되는 자경감면을 배제하여 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 세법상 가산세는 세법에 규정된 의무 불이행에 대한 행정상의 제재로서 납세자가 그 의무를 게을리한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에만 이를 부과할 수 없다 할 것인바, 청구인이 제시하는 3년 만기 채권으로 양도금액을 지급받았다는 등의 사정만으로는 가산세를 면할 정당한 사유로 보기 어려우므로 가산세를 적용한 처분이 부당하다는 청구주장은 받아들이기 어렵다 하겠다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.