2011.12.31. 이전에 발생한 연구인력개발비중 석박사인건비 최저한세 대상인지 여부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 2011사업연도의 법인세의 신고․납부시 조세특례제한법제10조에 따른 연구․인력개발비 세액공제액을 산정하면서 그 공제대상금액 중 구조세특례제한법(2011.12.31. 법률 제11133호로 개정되기 전의 것, 이하 “구 조특법”이라 한다) 제132조에 따라 2011.12.31. 이전에 발생한 석사 및 박사의 인건비로 발생한 금액이 차지하는 비율을 곱하여 산출한 금액(이하 “석박사 인건비 해당액”이라 한다)에 대하여 최저한세 적용대상이 아닌 것으로 보았고, 같은 사업연도의 공제할 수 있는 법인세액 등의 부족으로 공제 받지 못한 석박사 인건비 해당액 총 OOO원(이하 “쟁점이월공제액”이라 한다)을 2012.1.1. 이후 개시한 사업연도인 2012～2015사업연도의 각 사업연도 소득에 대한 법인세에서 이월공제하면서도 최저한세 적용대상이 아닌 것으로 보았다.
• 나. 감사원은 조세감면제도 운용실태와 관련하여 OOO지방국세청장에 대하여 감사를 실시하여 조세특례제한법(2011.12.31. 법률 제11133호로 개정된 것, 이하 “개정 조특법”이라 한다) 제132조 및 부칙 제2조 등에 비추어 2011.12.31. 이전에 발생한 연구․인력개발비세액공제 중 석박사 인건비 해당액을 2012.1.1. 이후 개시된 사업연도의 법인세 신고시 이월공제하는 경우, 그 이월공제액은 최저한세 적용대상에 해당하므로 쟁점이월공제액 중 최저한세에 미달하는 금액에 대한 공제를 배제하라는 시정요구를 하였고, 처분청은 2018.2.1. 청구법인에게 감사원의 시정요구와 동일하게 <별지1>과 같이 2012～2015사업연도 귀속 법인세 합계 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2018.4.20. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 개정 조특법 부칙 제2조 제1항은 “이 법 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행(2012.1.1.) 후 최초로 개시하는 과세연도분부터 적용한다”고 규정하고 있는바, 동 부칙규정의 ‘과세연도분’이 ‘과세연도에발생하는 세액공제액’을 의미하는지 ‘과세연도에 공제하는 세액공제액’을 의미하는지와 관련해서는 대법원의 판결(2009.2.12. 선고 2004두10289 판결)에 제시하고 있는 바와 같이 그 해석의 결과가 헌법에 합치되는 해석, 즉 합헌적 법률해석이 이루어지도록 해석하여야 할 것인바, 쟁점이월공제액은 구 조특법 제132조가 적용되었던 2011사업연도 이전에 이미 발생한 것으로 청구법인은 법인세 신고시 최저한세 적용 없이 세액공제를 받고자 하는 의사를 명확히 표시하여, 쟁점이월공제액을 최저한세 적용 없이 세액공제를 받을 수 있는 권리가 개정 조특법 제132조 시행 이전에 이미 확정된 것으로 헌법재판소의 결정(1995.3.23. 선고 93헌바44 결정)에 비추어 개정 조특법 부칙 제2조 제1항의 ‘과세연도분’을 ‘과세연도에 공제하는 세액공제액’으로 해석하는 것은 위헌적 해석에 해당하고 이는 합헌적 법률해석에 따라 ‘과세연도에 발생하는 세액공제액’으로 해석하여야 할 것이다. 구 조특법 제132조가 석․박사 인건비 해당액을 최저한세 적용대상에서 배제한 입법취지는 ‘연구․인력개발분야 투자라는 국가정책 목적으로 납세자 비용 지출을 유인하기 위하여 이에 상응하는 조세 혜택을 납세자에게 부여하기 위한 것’으로, 석사 및 박사의 인건비에 투자하면 최저한세 적용 없이 세액공제를 받을 수 있다는 구 조특법 제132조를 신뢰함에 따른 납세자의 행위는 국가정책에 의하여 유인된 것이라 할 것이고 이러한 납세자의 신뢰이익은 법률개정이익에 우선된다고 할 것인바, 헌법재판소 결정(2002.11.28. 선고 2002헌바45 결정)과 대법원 판례(1983.4.26. 선고 81누423 판결 등)에 비추어 개정 조특법 제132조도 ‘과세연도에 발생하는 세액공제액’부터 적용하는 것으로 해석하여야 하고, 처분청이 제시한 대법원 판례(2009.6.11. 선고2007두7727 판결)와 관련하여 OOO행정법원은 이 건과 동일한 사안에서 “ 조세특례제한법 규정의 내용, 입법 취지, 개정 경위 등을 종합하면 이월된 석․박사 관련 연구개발비 세액공제액에 개정 조세특례제한법 제132조 가 아닌 구 조세특례제한법 제132조 에 따라 최저한세가 적용되지 않는다”(2018.6.7. 선고 2017구합70670 판결)고 판시하였고 처분청이 제시한 상기 대법원 판례에 대하여도 “원래 구 조세특례제한법에 따라 최저한세의 적용대상이 아닌 석․박사 관련 연구개발비 세액공제액에 대해 납세자에게 불리하게 개정 조세특례제한법을 적용할지 여부가 문제되는 이 사건에서 있어서는 대법원 판결의 내용을 그대로 적용할 수 없다”고 판시한바 있다. 구 조특법 제132조의 입법취지, 개정 조특법 제132조 및 관련부칙 규정 등을 종합적으로 고려하면, 개정 조특법 제132조의 입법시 ‘구 조특법 제132조 입법 시 목표로 삼은 연구․인력개발분야 투자가 달성되었으므로 앞으로 추가적인 조세 혜택은 불필요하다’는 정책적 판단이 있었다는 것을 알 수 있고, 이에 비추어 이미 투자가 이루어진 석사 및 박사의 인건비가 아니라 개정 조특법이 시행된 2012.1.1. 이후 새로이 이루어진 석사 및 박사의 인건비에 대한 투자에 대하여 최저한세 적용 배제 혜택을 주지 않는 것으로 해석하는 것이 타당함에도 쟁점이월공제액에 대하여 개정 조특법 제132조의 적용대상이라고 본다면 그 입법취지와 무관하게 납부할 세액이 없어 석박사 인건비 해당액을 이월할 수밖에 없는 신생기업은 투자를 완료하였음에도 조세혜택이 박탈되는 반면, 납부할 세액이 많아 이월 없이 당기에 석박사 인건비 해당액을 모두 세액공제 받은 계속기업은 우대받게 되는 불합리한 결과가 발생하여 조세중립성이 훼손될 것이다. 구 조특법 제132조는 2003.12.30. 법률 제7003호에 의한 개정으로 석사 및 박사의 인건비에 대한 연구․인력개발비 세액공제액을 최저한세 적용 배제대상으로 규정한 것으로, 이에 관한 적용례를 규정한 구 조특법(2003.12.30. 법률 제7003호로 개정된 것) 부칙 제2조 제1항 역시 쟁점부칙규정과 동일하게 “이 법 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 개시하는 과세연도 분부터 적용한다”라고 규정하고 있는바, 이와 관련하여 기획재정부의 ‘2003 간추린 개정세법’에는 ‘2004.1.1. 이후 개시하는 과세연도에 발생하는 분부터 적용’이라고 기재하여 ‘과세연도에 발생하는 세액공제액’으로 해석하고 있고, 이와 동일한 개정 조특법 부칙 제2조 제1항도 달리 해석할 이유가 없다. 납세자는 법인세 신고시 법인세법에 따른 서식에 따라 신고하여야 하고 이는 법률의 위임에 따른 것으로 법적 효력을 가지는데, 법인세법 시행규칙별지 제8호 서식의 부표3의2의 ‘당기공제새액 및 이월액계산’ 항목을 보면 당기분 및 이월분 세액공제액은 세액공제액이 발생한 사업연도별로 구분하여 기재하고 최저한세 적용여부는 이러한 구분에 따라 세액공제액이 발생한 사업연도별로 각각 기재하도록 하고 있어 최저한세 적용여부의 판단은 당기분 및 이월분 세액공제액의 합계액이 아니라 세액공제액이 발생한 사업연도별로 구분하는 것이므로, 개정 조특법 부칙 제2조 제1항의 과세연도분이란 ‘과세연도에 발생하는 세액공제액’으로 해석하는 것이 타당하다.
• 나. 처분청 의견 개정 조특법 제132조의 개정 취지는 연구․인력개발에 대하여 충분히 세제지원하고 있고, 다른 세액공제와의 과세형평성 등을 고려하여 대기업의 연구․인력개발비 세액공제 금액에 최저한세를 적용하도록 한 것으로 동 개정규정은 2012.1.1. 이후 최초로 개시하는 과세연도 분부터 적용하는 것으로 개정된 것인데, 개정 조특법은 중소기업이 아닌 법인의 석박사 인건비 해당액을 최저한세 적용 대상으로 개정하면서 그 적용 시기를 개정된 조특법 부칙 제2조 제1항에 “이 법 중 소득세 및 법인세에 관한 개정 규정은 이 법 시행 후 최초로 개시하는 과세연도분부터 적용한다”고 규정하였을 뿐 특별한 적용례를 두지 않았으므로 이월된 세액공제액이 최저한세 적용대상인지 여부는 그 과세연도에 적용되는 최저한세 적용규정에 따라 결정되어야 할 것이다. 대법원은 이월된 세액공제액이 그 과세연도에 최저한세의 적용대상이 되는지 여부는 그 과세연도의 법인세에 관한 것으로서 그 과세연도분 법인세에 적용되는 개정규정에 따라 결정되어야 한다고 판시(2009.6.11. 선고 2007두7727 판결)한 바 있고, 기획재정부도 이월된 연구․인력개발비 세액공제에 대하여 개정 조특법 제132조에 따라 최저한세액에 미달하는 세액에 대해서는 세액공제를 적용하지 아니하는 것으로 해석(조세특례제도과-36. 2012.1.20.)하였으며, 국세청 역시 이월된 중소기업 외 법인의 연구․인력개발비 중 석․박사 인건비 해당액은 2012.1.1. 이후 최초로 개시하는 사업연도부터 최저한세 적용대상에 해당되는 것으로 일관되게 해석(법인세과-52, 2013.1.24.)한바 있다. 조세법령불소급의 원칙 또는 소급과세금지의 원칙이란, 조세법령의 제정 또는 개정이나 과세관청의 법령에 대한 해석 또는 처리지침의 변경이 있은 경우 그 효력 발생 전에 종결한 과세요건사실에 대하여 당해 법령 등을 적용할 수 없다는 것이지 이전부터 계속되어 오던 사실이나 그 이후에 발생한 과세요건사실에 대하여 새로운 법령 등을 적용하는 것을 제한하는 것은 아니고(대법원 1996.10.29. 선고 96누9423 판결 등), 행정처분은 그 근거 법령이 개정된 경우에도 경과규정에 달리 정함이 없는 한 처분 당시 시행되는 개정 법령과 그에 정한 기준에 의하는 것이 원칙이고, 그 개정법령이 기존의 사실 또는 법률관계를 적용대상으로 하면서 국민의 재산권과 관련하여 종전보다 불리한 법률효과를 규정하고 있는 경우에도 그러한 사실 또는 법률관계가 개정법령이 시행되기 이전에 이미 완성 또는 종결된 것이 아니라면 이를 헌법상 금지되는 소급입법에 의한 재산권 침해라고 할 수 없는 것(대법원 2009.9.10. 선고 2008두9324 판결 등)이며, 조세법령의 개정이 있은 후에 발생한 과세요건사실에 대하여 새로운 법령을 적용한 것은 소급과세원칙에 위배되거나 무효가 아니라 할 것(대법원 2009.10.29. 선고 2008두2736 판결 등)인 점에 비추어, 청구법인에 있어 각 사업연도 법인세 납세의무는 과세기간이 끝나는 때 성립하므로 쟁점이월공제액을 2012년 사업연도 분부터 이월공제 받을 경우 2012.1.1. 부터 시행되는 개정 조특법 제132조 규정을 그 부칙에 따라 이 법 시행후 최초로 개시하는 과세연도인 2012사업연도분부터 적용한 이 건 처분은 적법한 것이고, 이는 2011.12.31. 이전 성립․확정된 법인세에 소급적용 되는 것이 아니며, 청구법인의 쟁점이월공제액도 2012사업연도부터 납부할 법인세에서 공제를 받을 수 있으므로 소급과세금지 원칙에 위배되지 않으므로, 신뢰보호의 원칙에 반한다는 청구법인의 주장은 타당하지 아니한다. 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확정해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의원칙에도 부합하는 것(대법원 2009.8.20. 선고 2008두11372 판결 등)인데, 개정 조특법 제132조 규정은 대기업의 연구․인력개발비에 대해서는 충분히 세제지원을 하고 있는 점, 다른 세액공제와의 형평성을 고려할 때 대기업의 연구․인력개발비 세액공제 금액은 최저한세 적용으로 개정취지를 명시한 점 등을 볼 때, 이는 청구법인의 최소한의 조세부담 범위를 규정한 것으로 쟁점이월공제액은 최저한세 적용대상에 해당하므로 청구주장과 같이 “과세연도에 발생하는 세액공제액”만을 의미하는 것으로 해석하는 것은 합리적 이유 없이 유추해석하는 것에 불과하므로 이는 조세공평의 원칙에도 어긋나는 주장이라 할 것이다.

• 가. 쟁 점 2011.12.31.이전에발생한 연구․인력개발비세액공제 중 석․박사 인건비 해당액을 2012.1.1. 이후 개시된 사업연도의 법인세 신고시 이월공제하는 경우, 최저한세 적용대상인지 여부
• 나. 관련법령: <별지2> 참조
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 조세특례제한법제10조에 따른 연구․인력개발비 세액공제액 중 석박사 인건비 해당액과 그 이외 금액에 대한 같은 법 제132조 제1항에 따른 최저한세 적용여부에 대한 개정연혁을 정리하면 아래 <표1>과 같다. <표1> 연구․인력개발비 세액공제액 중 석박사 인건비 해당액과 그 이외 금액에 대한 최저한세 적용여부의개정연혁 OOO

(2) 청구법인의 2008～2011사업연도에 석박사 인건비 해당액이 발생한 내역과 이를 2012～2015사업연도에 이월하여 공제한 내역은 아래 <표2>와 같다. OOO

(3) 감사원장은 OOO지방국세청장에 대한 감사결과, 쟁점이월공제액에 대한 적용여부에 대하여 시정요구한바, 시정요구 중 “3. 감사결과 확인된 문제”는 아래 <표3>과 같고, 처분청은 상기 시정요구의 내용에 따라 쟁점이월공제액을 최저한세 적용대상으로 보아 2018.1.24. 청구법인에게 2012～2015년 사업연도의 법인세 합계 OOO원을 경정․고지하였다. OOO (4) 법인세법 시행규칙(2012.2.28. 기획재정부령 제266호로 개정된 것) 별지 제8호 서식의 부표 3 세액공제조정명세서(3)의 ‘2. 당기공제세액 및 이월액계산’란과, 같은 양식의 뒷면에 기재된 ‘작성방법’은 아래 <표4>와 같은바, 청구법인은 당기분과 이월분 세액공제액은 세액공제액이 발생하는 사업연도별로 구분하여 기재하고 최저한세 적용 여부도 이러한 구분에 따라 세액공제액이 발생한 사업연도별로 기재하고 있는 점에 비추어 최저한세 적용여부는 ‘세액공제액이 발생한 사업연도별로 구분’하는 것으로 해석하는 것이 타당하다는 주장이다. <표4> 법인세법 시행규칙별지 제8호 서식의 부표 3 세액공제조정명세서(3)의 ‘2. 당기공제세액 및 이월액계산’과 ‘작성방법’ OOO OOO

(5) 구 조특법 제132조 제1항 제3호의 중소기업 외의 기업에 대한 석박사 인건비 해당액에 대한 세액공제를 최저한세 적용에서 배제하는 개정취지가 기재된 2003 간추린 개정세법은 아래 <표5>와, 개정 조특법 제132조 제1항 제3호의 중소기업 외의 기업에 대한 석박사 인건비에 대한 세액공제도 최저한세 적용대상에 포함하는 개정취지가 기재된 2011 간추린 개정세법은 아래 <표6>과 같다. <표5> 2003 간추린 개정세법중 석박사 인건비 해당액 관련부분 OOO <표6> 2011 간추린 개정세법중 석박사 인건비 해당액 관련부분 OOO

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 2008～2011사업연도에 공제받지 못한 쟁점이월공제액을 2012～2015사업연도에 공제받을 경우 그 법인세 납세의무는 2012～2015사업연도 각 종료시에 성립되는 것이어서 개정 조특법에 따라 쟁점이월공제액을 최저한세 적용대상으로 보는 것이 타당한 점, 개정 조특법 제132조 제1항 제3호의 중소기업 외의 기업에 대한 석박사인건비에 대한 세액공제를 최저한세 적용대상에 포함하는 취지는 ‘연구·인력개발비에 대하여 충분히 세제지원하고 있어 다른 세액공제와의 과세형평성 등을 고려하여 대기업의 석박사 인건비 해당액에 대한 세액공제에 대하여 최저한세를 적용하고자 하는 것’에 있다고 보이는 점, 개정 조특법 제132조 제1항 제3호에 따라 청구법인의 석박사인건비 해당액에 대하여 최저한세가 적용되어 공제받지 못한 세액이 생긴다고 하여도 그 공제받지 못한 세액은 석박사인건비 해당액이 발생한 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터 5년 이내에 끝나는 과세연도까지 이월하여 공제받을 수 있어서 이를 반드시 청구법인에게 불이익한 세법의 해석․적용이라고 하기는 힘든 점, 중소기업과 그 외의 기업에 모두 적용되는 법인세법 시행규칙별지 제8호 서식이 연구·인력개발비 세액공제를 최저한세 적용대상과 제외대상으로 나누어 중소기업을 최저한세 적용 제외대상으로 하고 그 외의 기업을 적용대상으로 기재하도록 한 점 등을 고려하면 처분청이 쟁점이월공제액을 최저한세 적용대상으로 하여 과세한 당초 처분에 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지2> 관련 법령

(1) 국세기본법 제18조 (세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지) ① 세법을 해석·적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다.

③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.

(2) 조세특례제한법(2011.12.31. 법률 제11133호로 개정되기 전의 것) 제10조 (연구·인력개발비에 대한 세액공제) ① 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2012년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다.

1. 연구·인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장동력산업 분야의 연구개발비(이하 이 조에서 "신성장동력연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장동력연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

2. 연구·인력개발비 중 대통령령으로 정하는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서 "원천기술연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 원천기술연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구·인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구·인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액

• 가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액
• 나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액

1. 중소기업인 경우: 100분의 25

2. 중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우: 다음의 구분에 따른 비율

• 가) 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 15
• 나) 가)의 기간 이후부터 2년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 10

3. 1) 및 2)의 어느 하나에 해당하지 아니하는 경우: 다음 계산식에 따른 비율(100분의 6을 한도로 한다) 100분의 3 + 해당 과세연도의 수입금액에서 연구·인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1

② 제1항 제3호에 따른 4년간의 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액의 구분 및 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

③ 제1항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다.

④ 제1항 제1호 및 제2호를 적용받으려는 내국인은 일반연구·인력개발비와 신성장동력연구개발비, 원천기술연구개발비를 대통령령이 정하는 바에 따라 구분경리(區分經理)하여야 한다. 제132조 (최저한세액에 미달하는 세액에 대한 감면 등의 배제) ① 내국법인(제72조 제1항을 적용받는 조합법인 등은 제외한다)의 각 사업연도의 소득과 법인세법 제91조 제1항 을 적용받는 외국법인의 각 사업연도의 국내원천소득에 대한 법인세(법인세법 제55조의2 에 따른 토지등 양도소득에 대한 법인세와 같은 법 제96조에 따른 법인세에 추가하여 납부하는 세액, 가산세 및 대통령령으로 정하는 추징세액은 제외하며, 대통령령으로 정하는 세액공제 등을 하지 아니한 법인세를 말한다)를 계산할 때 다음 각 호의 어느 하나에 규정된 감면 등을 적용받은 후의 세액이 제1호 및 제2호에 따른 손금산입 및 소득공제 등을 하지 아니한 경우의 과세표준(제1호에 따른 준비금을 관계 규정에 따라 익금에 산입한 금액을 포함하며, 이하 이 조에서 "과세표준"이라 한다)에 100분의 14[과세표준이 100억원 초과 1천억원 이하 부분은 100분의 11, 과세표준이 100억원 이하 부분은 100분의 10, 중소기업 및 제85조의6에 따른 사회적기업의 경우에는 100분의 7(중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 그 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도에는 100분의 8, 그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도에는 100분의 9로 한다)]를 곱하여 계산한 세액(이하 "법인세 최저한세액"이라 한다)에 미달하는 경우 그 미달하는 세액에 상당하는 부분에 대해서는 감면 등을 하지 아니한다.

3. 제5조, 제7조의2, 제8조의3, 제10조(중소기업이 아닌 자의 해당 과세연도세액공제대상금액에서 대통령령으로 정하는 석사 및 박사의 인건비로 발생한 금액이 차지하는 비율을 곱하여 산출한 금액을 뺀 금액만 해당한다. 이하 이 조에서 같다), 제11조, 제12조 제2항, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의4까지, 제26조, 제30조의2, 제30조의4, 제31조 제6항, 제32조 제4항, 제94조, 제104조의8, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의18 및 제104조의22에 따른 세액공제금액 제144조 (세액공제액의 이월공제) ① 제5조, 제7조의2, 제8조의3, 제10조, 제11조, 제12조 제2항, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의4까지, 제26조, 제30조의2, 제30조의4, 제94조, 제104조의5, 제104조의8, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의18, 제104조의22 및 법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제12조 제2항(종전 제37조의 개정규정만 해당한다)에 따라 공제할 세액 중 해당 과세연도에 납부할 세액이 없거나 제132조에 따른 법인세 최저한세액 및 소득세 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액[제26조 제1항 단서를 적용받아 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액(제26조 제6항에 따라 소득세 또는 법인세를 납부한 경우 그 납부한 금액을 포함한다)을 포함한다]은 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터 5년 이내에 끝나는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 다만, 제26조 제1항 단서에 따라 해당 과세연도에 공제받지 못하여 이월된 금액(제26조 제6항에 따라 소득세 또는 법인세를 납부한 경우 그 납부한 금액을 포함한다)에 대하여는 다음의 계산식에 따라 계산한 금액을 한도로 하여 공제한다.

② 각 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제할 금액으로서 제5조, 제7조의2, 제10조, 제11조, 제12조 제2항, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의4까지, 제26조, 제30조의2, 제30조의4, 제94조, 제104조의5, 제104조의8, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의18 및 법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제12조 제2항(종전 제37조의 개정규정만 해당한다)에 따라 공제할 금액과 제1항에 따라 이월된 미공제 금액이 중복되는 경우에는 제1항에 따라 이월된 미공제 금액을 먼저 공제하고 그 이월된 미공제 금액 간에 중복되는 경우에는 먼저 발생한 것부터 차례대로 공제한다.

(3) 조세특례제한법(2011.12.31. 법률 제11133호로 개정된 것) 제132조 (최저한세액에 미달하는 세액에 대한 감면 등의 배제) ① 내국법인(제72조 제1항을 적용받는 조합법인 등은 제외한다)의 각 사업연도의 소득과 법인세법 제91조 제1항 을 적용받는 외국법인의 각 사업연도의 국내원천소득에 대한 법인세(법인세법제55조의2에 따른 토지등 양도소득에 대한 법인세와 같은 법 제96조에 따른 법인세에 추가하여 납부하는 세액, 가산세 및 대통령령으로 정하는 추징세액은 제외하며, 대통령령으로 정하는 세액공제 등을 하지 아니한 법인세를 말한다)를 계산할 때 다음 각 호의 어느 하나에 규정된 감면 등을 적용받은 후의 세액이 제1호 및 제2호에 따른 손금산입 및 소득공제 등을 하지 아니한 경우의 과세표준(제1호에 따른 준비금을 관계 규정에 따라 익금에 산입한 금액을 포함하며, 이하 이 조에서 "과세표준"이라 한다)에 100분의 14[과세표준이 100억원 초과 1천억원 이하 부분은 100분의 11, 과세표준이 100억원 이하 부분은 100분의 10, 중소기업 및 제85조의6에 따른 사회적기업의 경우에는 100분의 7(중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 그 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도에는 100분의 8, 그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도에는 100분의 9로 한다)]를 곱하여 계산한 세액(이하 "법인세 최저한세액"이라 한다)에 미달하는 경우 그 미달하는 세액에 상당하는 부분에 대해서는 감면 등을 하지 아니한다.

3. 제5조, 제7조의2, 제8조의3, 제10조(중소기업이 아닌 자만 해당한다. 이하 이 조에서 같다), 제11조, 제12조제2항, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의4까지, 제26조, 제30조의2, 제30조의4, 제31조제6항, 제32조제4항, 제94조, 제104조의8, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의18, 제104조의22 및 제104조의25에 따른 세액공제금액 부칙 <법률 제11133호, 2011.12.31 개정> 제1조 (시행일) 이 법은 2012년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제87조제2항 및 제6항, 제100조의3(제1항제2호 각 목 외의 부분 단서 및 같은 호 나목은 제외한다)부터 제100조의6까지, 제100조의9, 제100조의13, 제104조의23 및 법률 제9921호 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제45조의 개정규정은 공포한 날부터 시행하고, 제116조제1항제5호 및 제121조의23의 개정규정은 2012년 3월 2일부터 시행하며, 제100조의15제1항 및 제147조의 개정규정은 2012년 4월 15일부터 시행하고, 제105조제1항제2호의 개정규정은 2013년 1월 1일부터 시행한다. 제2조 (일반적 적용례) ① 이 법 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 개시하는 과세연도 분부터 적용한다. (4) 조세특례제한법 시행령(2012.1.25. 대통령령 제23535호로 개정되기 전의 것) 제126조 (최저한세액에 미달하는 세액에 대한 감면 등의 배제) ③ 법 제132조 제1항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 석사 및 박사의 인건비로 지출한 금액이 차지하는 비율을 곱하여 산출한 금액"이란 당해 과세연도의 세액공제대상금액에 당해 과세연도의 연구 및 인력개발비중 석사 및 박사의 소득세법 제20조 제2항 의 규정에 의한 총급여액이 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.