세무조사 결과통지에 따라 법인세만 경정 후, 종합감사에 따라 부가가가치세를 경정한 경우 신뢰보호원칙을 위반한 처분에 해당하는지 여부

심판청구를 기각한다.

• 가. 처분청은 201X.9.10. 청구법인이 특수관계인 OOO에게 공장건물을 부당하게 저가로 양도(이하 “쟁점거래”라 한다)하였다고 보아, 시가와의 차액을 익금에 산입하여 법인세를 경정․고지하였다.
• 나. OOO은 처분청 종합감사에서 쟁점거래에 대해 법인세와 더불어 부가가치세도 과세할 것을 지적하였고, 이에 처분청은 201X.8.9. 청구법인에게 2013년 제2기 부가가치세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 201X.11.2. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 처분청은 청구법인을 세무조사한 후 공적으로 그 결과를 통지(이하 “쟁점조사통지”라 한다)한 후 법인세를 경정․고지하였다. 청구법인은 이를 신뢰하여 성실히 납부하였음에도 조사 종결 이후 1년 7개월이 지난 시점에 부가가치세를 과세한 것은 처분청이 공적인 견해표명을 하였다가 이를 번복한 것으로 신의성실의 원칙을 위배한 것이다.
• 나. 처분청 의견

(1) 납세자의 신고내용에 오류 및 탈루가 있다고 인정되는 경우 처분청은 국세의 부과제척기간이 도과되기 전에는 그 과세표준과 세액을 조사하여 경정할 수 있다.

(2) 처분청 조사공무원이 쟁점거래에 대하여 법인세만 과세하고 부가가치세를 과세하지 않은 것은 ｢부가가치세법｣ 제29조 를 간과한 것으로 납세자 신뢰의 대상이 될 수 없다.

• 가. 쟁점 동일한 거래에 대하여 세무조사 결과통지에 따라 법인세만 경정․고지하였음에도, 종합감사 지적에 따라 추가로 부가가치세를 경정․고지한 경우 신뢰보호원칙을 위반한 처분에 해당하는지 여부
• 나. 관련 법률 (1) 국세기본법 제15조(신의ㆍ성실) 납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다. 제18조(세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지) ③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다. 제81조의4(세무조사권 남용 금지) ② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다. 제81조의11(통합조사의 원칙) ① 세무조사는 납세자의 사업과 관련하여 세법에 따라 신고ㆍ납부의무가 있는 세목을 통합하여 실시하는 것을 원칙으로 한다.

② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 특정한 세목만을 조사할 수 있다.

1. 세목의 특성, 납세자의 신고유형, 사업규모 또는 세금탈루 혐의 등을 고려하여 특정 세목만을 조사할 필요가 있는 경우

2. 조세채권의 확보 등을 위하여 특정 세목만을 긴급히 조사할 필요가 있는 경우

3. 그 밖에 세무조사의 효율성 및 납세자의 편의 등을 고려하여 특정 세목만을 조사할 필요가 있는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

④ 제3항 제3호부터 제6호까지에 해당하는 사유로 인한 부분조사는 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 2회를 초과하여 실시할 수 없다. (2) 부가가치세법 제29조(과세표준) ④ 제3항에도 불구하고 특수관계인에게 공급하는 재화 또는 용역에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킬 것으로 인정되는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 공급한 재화 또는 용역의 시가를 공급가액으로 본다.

1. 재화의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받거나 아무런 대가를 받지 아니한 경우 제57조(결정과 경정) ① 납세지 관할 세무서장, 납세지 관할 지방국세청장 또는 국세청장(이하 이 조에서 “납세지 관할 세무서장등”이라 한다)은 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에만 해당 예정신고기간 및 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 결정 또는 경정한다.

2. 예정신고 또는 확정신고를 한 내용에 오류가 있거나 내용이 누락된 경우

4. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 부가가치세를 포탈(逋脫)할 우려가 있는 경우

③ 납세지 관할 세무서장등은 제1항 및 제2항에 따라 결정하거나 경정한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액에 오류가 있거나 누락된 내용이 발견되면 즉시 다시 경정한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 청구법인의 2011～2014사업연도에 대한 통합조사를 201X.11.28.～201X.12.27. 기간 중 실시하여 201X.12.30. 쟁점조사결과를 청구법인에게 통지하였고, 그에 따라 법인세를 경정․고지하였다.

(2) 쟁점조사결과에는 2011, 2013, 2014, 2015사업연도 법인세와 2014년 제1기 및 제2기 부가가치세에 산출세액 및 예상고지세액이 기재되어 있다.

(3) OOO은 처분청 종합감사에서 쟁점거래는 법인세 부당행위계산의 부인과 더불어 ｢부가가치세법｣ 제29조 에 따라 특수관계자 간 저가 거래에 해당하므로 시가를 공급가액으로 보아 부가가치세를 과세할 것을 지적하였고, 이에 따라 처분청은 청구법인에게 2013년 제2기 부가가치세 OOO원을 경정․고지하였다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 이 사건 처분이 신의성실의 원칙을 위배하였기 때문에 위법한 처분에 해당한다고 주장하나, 신의성실의 원칙이 적용되기 위해서는 기본적으로 신뢰의 대상이 되는 과세관청의 공적 견해표명이 있어야 할 것인바, 쟁점조사통지에는 세무조사결과 산출된 세액만 기재되어 있을 뿐 쟁점거래와 관련하여 법인세만 과세하고 부가가치세는 과세하지 않겠다는 언급이 없어 과세관청의 공적표명에 해당한다고 보기 어려운 점, 쟁점조사통지에는 2014년도 제1기 및 제2기 부가가치세에 대한 경정 내역만 기재되어 있을 뿐, 쟁점거래에 해당하는 2013년 제2기 부가가치세에 대한 경정 내역은 없는 점, 설령, 쟁점조사통지가 공적 견해표명에 해당한다 하더라도, 신의성실의 원칙이 적용되기 위해서는 납세자가 그 견해표명을 신뢰하여 어떤 행위를 하여야 하고, 그 행위에 납세자의 귀책이 없어야 하며, 과세관청은 그 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하는 등 추가 요건이 충족되어야 하나, 이 사건 처분이 이에 해당한다고 보기 어려운 점 등에 비추어 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵고, 따라서 처분청이 쟁점거래에 대하여 부가가치세를 경정․고지한 처분에는 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.