쟁점농지를 비사업용 토지로 보아 장기보유특별공제 적용을 배제하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구인은 1984.11.14. 취득한 OOO 답 1,323㎡(이하 “쟁점농지”라 한다)를 2016.9.6. 양도하고, 2016.10.31. 쟁점농지에 대하여 ｢소득세법｣ 제95조 제1항 에 따른 장기보유특별공제 및 ｢조세특례제한법｣ 제69조 에 따른 자경농지에 대한 양도소득세 감면규정을 적용하여 양도소득세를 신고하였다.
• 나. 처분청은 2018.3.5.부터 2018.3.23.까지 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시하여 쟁점농지는 비사업용 토지로서 ｢소득세법｣ 제95조 제1항 에 따른 장기보유특별공제 대상에 해당하지 않는 것으로 보아 이를 배제하고, 2018.6.7. 청구인에게 2016년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2018.9.4. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견a

• 가. 청구인 주장

(1) 처분청은 청구인의 총급여액이 OOO원을 넘는 2000년부터 2015년(2001년 제외)까지의 기간이 쟁점농지를 보유한 전체기간의 40%를 초과하므로 쟁점농지가 비사업용 토지에 해당된다는 의견이나, 이는 ｢조세특례제한법 시행령｣(이하 “조특법 시행령”이라 한다) 제66조 제14항의 적용시기에 관한 법리를 오해한 위법이 있다. 조특법 시행령 제66조 제14항에서 경작한 기간 중 해당 거주자의 사업소득금액과 총급여액의 합계액이 OOO원 이상인 과세기간이 있는 경우 그 기간은 거주자가 경작한 기간에서 제외한다고 규정하고 있는바, 동 규정은 2014.2.21. 대통령령 제25211호에 의하여 신설된 규정으로 같은 법 시행령 부칙 제2조 제3항에는 “이 영 중 양도소득세에 관한 규정은 이 영 시행 후 양도하는 분부터 적용한다”고 규정하고 있으며, 그 시행일은 2014.7.1.부터로 되어 있다. 그렇다면, 청구인의 총급여액이 2000년부터 2015년(2001년 제외)까지 OOO원을 넘는다 하더라도 동 기간 중 경작기간에서 제외되는 기간은 위 부칙에 따라 2014.7.1. 이후에 발생한 소득에 대해서만 적용하야 하므로 이 건 경작기간에서 제외되는 기간은 2014.7.1.부터 2015.12.31.까지로 쟁점농지의 전체보유기간 대비 4.8%에 불과하여 쟁점농지는 비사업용 토지에 해당하지 아니하여 장기보유특별공제의 대상이 된다고 할 것이다.

(2) 위 법률의 적용시기는 별론으로 하더라도 이 건 부과처분의 근거가 된 ｢소득세법 시행령｣ 제168조의8 및 조특법 시행령 제66조 제14항에 의하면 실제 농지를 자경한 사실이 확인되더라도 연간 소득기준에 따라 OOO원이 넘는 연도는 자경기간에서 제외된다는 것으로 자경여부와 무관하게 일률적으로 소득기준을 적용하여 비사업용 토지로 의제하는 것은 국민의 재산권 보장 및 평등권을 규정한 헌법에 위배되어 부당하다.

• 나. 처분청 의견 청구인이 제시한 부칙대로 쟁점법령의 시행일은 2014.7.1.이며, 개정규정 시행 후 양도하는 분부터 적용하는 것이다. 이 건 쟁점농지 양도일은 2016.9.6.로서 쟁점농지 양도에 따른 양도소득에 관한 규정은 개정된 법령을 적용하여야 하는바, 개정된 법령의 적용시기에 대하여 ‘시행일 이후 발생하는 소득분’이 아닌 ‘시행일 이후의 양도분’이라고 명시한 데 반해 ‘시행일 이후의 소득분에 대해서만 적용하여 제외되어야 할 것’이라는 청구인의 의견은 법리를 오해한 것이다. 또한, 개정 법령의 시행시기와 적용범위를 정하는 것은 원칙적으로 입법 취지와 목적 등을 고려한 입법자의 재량 범위내에 속하는 것이다(대법원 2016.6.15. 선고 20016두11637 판결, 같은 뜻임).

• 가. 쟁점 쟁점농지를 비사업용 토지로 보아 장기보유특별공제 적용을 배제하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 소득세법(2015.12.15. 법률 13558호로 개정된 것) 제95조【양도소득금액】① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는도시 및 주거환경정비법제48조에 따른 관리처분계획 인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. <표1> <표2> 3년 이상 4년 미만 100분의 10 3년 이상 4년 미만 100분의 24 4년 이상 5년 미만 100분의 12 4년 이상 5년 미만 100분의 32 5년 이상 6년 미만 100분의 15 5년 이상 6년 미만 100분의 40 6년 이상 7년 미만 100분의 18 6년 이상 7년 미만 100분의 48 7년 이상 8년 미만 100분의 21 7년 이상 8년 미만 100분의 56 8년 이상 9년 미만 100분의 24 8년 이상 9년 미만 100분의 64 9년 이상 10년 미만 100분의 27 9년 이상 10년 미만 100분의 72 10년 이상 100분의 30 10년 이상 100분의 80

④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조의2 제1항의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산하고, 같은 조 제4항 제1호에 따른 가업상속공제가 적용된 비율에 해당하는 자산의 경우에는 피상속인이 해당 자산을 취득한 날부터 기산하며, 제104조의3에 따른 비사업용 토지로서 2016년 1월 1일 이전에 취득하여 보유하고 있는 자산인 경우에는 2016년 1월 1일부터 기산한다. 제104조의3【비사업용 토지의 범위】① 제96조 제2항 제8호 및 제104조 제1항 제8호에서 “비사업용 토지”란 해당 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

1. 논ㆍ밭 및 과수원(이하 이 조에서 “농지”라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

• 가. 대통령령으로 정하는 바에 따라 소유자가 농지 소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지. 다만, ｢농지법｣이나 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다. (2) 소득세법 시행령(2016.2.17. 대통령령 제26982호로 개정된 것) 제168조의6【비사업용 토지의 기간기준】법 제104조의3 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 기간”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

• 가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간
• 나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간
• 다. 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간 제168조의8【농지의 범위 등】② 법 제104조의3 제1항 제1호 가목 본문에서 “소유자가 농지소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지”란 농지의 소재지와 동일한 시(특별자치시와 ｢제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법｣ 제10조 제2항 에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 조에서 같다), 연접한 시ㆍ군ㆍ구 또는 농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내에 있는 지역에 사실상 거주(이하 “재촌”이라 한다)하는 자가 ｢조세특례제한법 시행령｣ 제66조 제13항 에 따른 직접 경작(이하 “자경”이라 한다)을 하는 농지를 제외한 농지를 말한다. 이 경우 자경한 기간의 판정에 관하여는 ｢조세특례제한법 시행령｣ 제66조 제14항 을 준용한다. (3) 조세특례제한법 시행령(2016.2.5. 대통령령 제26959호로 개정된 것) 제66조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】⑬ 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년생식물의 재배에 상시 종사하는 것

2. 거주자가 그 소유농지에서 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것

⑭ 제4항·제6항·제11항 및 제12항에 따른 경작한 기간 중 해당 피상속인(그 배우자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 거주자 각각의 ｢소득세법｣ 제19조 제2항 에 따른 사업소득금액(농업·임업에서 발생하는 소득, 같은 법 제45조 제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득과 같은 법 시행령 제9조에 따른 농가부업소득은 제외한다)과 같은 법 제20조 제2항에 따른 총급여액의 합계액이 3천 700만원 이상인 과세기간이 있는 경우 그 기간은 해당 피상속인 또는 거주자가 경작한 기간에서 제외한다.(신설 2014.2.21.) 부칙 <제25211호,2014.2.21.> 제1조【시행일】 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제109조의2의 개정규정은 2014년 4월 1일부터 시행하고, 제66조 제14항, 제66조의2 제13항, 제67조 제1항ㆍ제3항ㆍ제4항ㆍ제5항ㆍ제6항 및 제116조의2 제5항ㆍ제6항ㆍ제8항ㆍ제19항ㆍ제20항ㆍ제21항의 개정규정은 2014년 7월 1일부터 시행하며, 제63조 제1항ㆍ제2항ㆍ제3항ㆍ제7항ㆍ제8항ㆍ제10항, 제64조, 제65조, 제100조의2 제4항 및 제100조의6 제2항 제4호의 개정규정은 2015년 1월 1일부터 시행한다.

③ 이 영 중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 영 시행 후 양도하는 분부터 적용한다.

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면, 다음과 같은 사실관계가 나타난다. (가) 청구인은 1984.11.14. 쟁점농지를 부동산소유권 이전에 관한 특별조치법 (법률 제3562호)에 의하여 소유권 이전등기 접수(등기원인 1974.10.1. 매매) 하여 보유하다가, 2016.9.6. OOO에게 양도한 후, 양도가액은 실지거래가액인 OOO원으로, 취득시기를 1985.1.1.로 의제하여 산정한 환산가액 OOO원을 취득가액으로 하고, 쟁점농지를 ｢소득세법｣ 제95조 에 따른 장기보유특별공제의 적용 대상 및 ｢조세특례제한법｣ 제69조 에 따른 자경농지에 대한 양도소득세 감면대상으로 하여 양도소득세 신고를 하였다. (나) 청구인의 연도별 총급여액 내역은 아래 <표1>과 같다. OOO (다) 처분청은 청구인이 제시한 인우보증서, OOO과 맺은 콩 계약재배 약정서, 농업경영체 증명서, 작물대금 입금내역 등으로 볼 때 조특법 시행령 제69조에 따라 8년 이상 재촌·경작 요건을 충족하여 자경농지에 대한 양도소득세 감면대상이나, 청구인이 쟁점농지를 취득한 1984.11.14.부터 양도일인 2016.9.6.까지의 전체 소유기간 11,620일 동안 2000년부터 2015년까지(2001년 제외) 총급여액의 합계액이 OOO원 이상의 근로소득이 발생하여 비사업용으로 사용한 기간이 5,479일로 전체 소유기간 대비 비사업용 토지 사용기간이 47.15%로서 비사업용 토지에 해당하여 장기보유특별공제 대상이 아니라고 보아 이 건 양도소득세를 과세하였다. OOO

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 장기보유특별공제를 배제한 처분이 부당하다고 주장하나, 조특법 시행령이 2014.2.21. 대통령령 제25211호로 개정되면서 제66조 제14항 규정을 신설하여 ｢소득세법｣ 제19조 제2항 에 따른 사업소득금액과 같은 법 제20조 제2항에 따른 총급여액의 합계액이 OOO원 이상인 과세기간이 있는 경우 그 기간은 자경기간에서 제외하기로 하였고, 동 신설규정의 시행에 관하여 부칙 <제25211호,2014.2.21.> 제1조 제3항에서 2014.7.1. 이후 양도하는 분부터 적용한다고 규정하였는바, 이는 2014.7.1. 이후 양도로 인한 자경농지에 대한 감면적용 요건을 판단할 때 전 보유기간 중 소득기준을 초과한 과세기간이 있는 경우 해당 과세기간을 자경기간에 제외하는 것으로 해석하는 것이 타당하고, 청구주장과 같이 2014.7.1. 이후 발생하는 소득에 대해서만 자경기간에서 제외한다는 명문규정이 없는 점, 개정 법령의 시행시기와 적용범위를 정하는 것은 원칙적으로 입법 취지와 목적 등을 고려한 입법자의 재량 범위내에 속하는 점(대법원 2016.6.15. 선고 20016두11637 판결, 같은 뜻임), 2014.2.21. 대통령령 제25211호로 개정시 신설된 조특법 시행령 제14조 규정에 대하여 위헌・위법 여부를 판단한 사실이 없는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 ｢국세기본법｣ 제81조, 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.