[요지] 청구법인도 종전부동산 사업을 고유사업과 별도로 ‘농진청 개발 특별회계’로 관리하면서, 매각 및 관리 등에 따른 수익이나 비용을 청구법인의 수익이나 비용으로 계상하지 아니하고 전액 자산․부채계정으로 회계처리 하였으며, 혁신도시특별법에 따라 매년 종전부동산 매입 및 관리 등에 따른 이익 또는 손실내역서를 작성하여 국토교통부 장관에게 보고하였는바, 청구법인이 종전부동산 사업을 독립적으로 수행하였다기 보다 법에 따라 국가 소유의 부동산을 제3자에게 매각하기 위하여 청구법인이 해당 부동산의 소유권을 이전받아 매각하는 업무를 대행하고 있는 것으로 보이는 점 등에 비추어 종전부동산 사업에서 발생된 수익의 실질적인 귀속자는 국가로 봄이 타당하므로 종전부동산 사업과 관련된 손익이 청구법인이 아닌 국가에 귀속되는 것으로 보아 법인세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨
[참조결정] 국심2005서4189
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인은 혁신도시특별법에 의해 종전부동산을 매입하여야 하는 공공기관으로 지정되어 약 OOO원의 매입자금을 직접 조달하여 OOO 등으로부터 종전부동산을 매입한 후, 청구법인 명의로 소유권이전등기를 완료하고 취득세와 재산세를 부담하였고, 취득한 종전부동산을 자기 책임 하에 지구단위계획을 수립하거나 도시개발사업을 하는 방식으로 매각하고 있는바, 종전부동산과 관련하여 공기업회계기준, 기업회계기준, 혁신도시특별법 등을 참고하여 회계처리하고 법인세법에 따라 소득을 조정하여 법인세를 신고하였다.
(2) 처분청의 의견대로 종전부동산 사업의 손익귀속자를 국가로 보면, 청구법인의 자금으로 취득한 종전부동산이 국가소유가 되어야 하므로 국가와 청구법인이 맺은 매매계약의 법적 효력은 부인되고, 소유권이전등기는 취소되며 취득세와 재산세는 모두 환급되어야 하는 문제점이 발생하나, 청구법인이 국가와 체결한 종전부동산 매매계약은 유효한 것이어서, 국가는 청구법인에게 종전부동산을 매각한 시점에 당해 부동산 매각대금을 국가세입으로 계상하였으므로 청구법인이 취득한 종전부동산은 관련법규상 국가소유가 될 수 없고, 부동산등기법상 국가를 소유자로 등기할 수도 없다.
(3) 혁신도시특별법 제34조에 의하면, “국가소유 종전부동산의 매각대금”을 세입항목으로 규정한 반면, 매각 이후 종전부동산의 개발․분양으로 인한 수익과 소득을 세입항목으로 한다는 규정은 없으며, 이후 국가는 청구법인의 사업이 모두 완료된 시점에 청구법인으로부터 사업이익 중 청구법인의 몫(성과수수료)을 제외한 나머지를 정산받을 때 정산수입을 세입으로 하도록 되어 있고, 국가는 종전부동산 사업과정에서 발생하는 각종 경비(외주용역비, 인건비, 차입금이자 등)를 비용(세출)으로 계상하지 않는다. 즉, 처분청의 의견에 따를 경우, 수십년에 걸쳐 이루어지는 사업의 진행과정에서 국가와 청구법인 모두 사업진행 중 발생한 수익과 비용을 계상하지 않는 결과가 초래된다. 종전부동산의 운영을 국가가 청구법인에게 수행하도록 한 것은 혁신도시특별법과 관련부처의 합의에 의한 것인데, 청구법인은 이 사업이 진행되는 동안 수익과 비용을 관리하며 국익에 손해가 없도록 하는 책임이 있음에도 처분청의 논리대로라면 사업이 진행되는 중에는 어느 누구도 수익과 비용을 계상하지 아니하는 결과를 초래한다.
(4) 법인세법은 1년을 초과하지 않는 1회계기간을 사업연도로 하여 각 사업연도의 익금과 손금을 확정하여 신고하도록 하고 있으므로 청구법인은 종전부동산 사업의 각 사업연도에 발생한 수익(예: 매각차익)과 비용(예: 차입금이자)을 세무상 익금과 손금으로 세무조정하였고, 국가에 반납될 정산금은 사업이 모두 완료되어 실제 반납될 시점에서 손금산입할 예정이다. 처분청은 종전부동산 사업의 각 사업연도에 발생한 익금과 손금을 각 사업연도에 신고하지 말고, 수십년 후 사업의 종료시점까지 기다리라고 하는 법인세법에 어긋나는 주장을 하고 있다.
(5) 정부는 1999년 기업의 구조조정 지원을 위해 OOO 소유의 OOO를 청구법인이 매입하여 개발․관리․처분하고 개발이익을 전액 국가에 귀속시키도록 하였는바, 청구법인은 2010～2011사업연도에 OOO 중 일부를 양도하며 양도차익이 발생하였을 때 국가에 귀속될 이익이므로 미지급금으로 회계처리하고 익금산입하지 아니하였으나, OOO국세청장은 2013년 11월 법인세 조사시 청구법인이 OOO 사업의 주체라는 이유로 양도차익(미지급금)을 청구법인의 수익으로 보아 관련 법인세를 과세하였다. OOO 사업과 종전부동산 사업은 사업의 수익이 국가에 귀속되고 손실이 국가로부터 보전되는 등 성격이 유사하고 OOO 사업도 종전부동산 사업과 마찬가지로 청구법인의 타 사업과 구분하여 회계처리하였으며, 양 사업은 한국농어촌공사 및 농지관리기금법제10조 제1항에 따라 고유목적사업에 해당함에도 종전부동산 사업만 손익의 귀속자를 국가로 보는 것은 타당하지 아니하다.
(6) 청구법인은 법인세 신고시 재고자산의 매입 등에 소요되는 차입금의 이자와 재산세는 법인세법상 당기 손금대상(법인세법 시행령제19조 및 같은 법 기본통칙 19-19…19)이므로 손금산입하고, 재공품계정에 포함된 나머지 인건비, 복리후생비 등은 자산화대상경비(원가성 있는 경비)여서 별도로 세무조정하지 아니하였으며, 종전부동산 매각시 매각대금과 재공품과의 차액, 즉 양도차익은 익금에 해당하나 국가에 반납할 대상이므로 수익계정이 아닌 부채계정(미지급금)으로 계상(세무조정을 통해 미지급금을 익금산입)하였는바, 위 (5)의 OOO 사업에서도 자산․부채계정만으로 회계처리하였음에도 과세관청에서 청구법인을 사업주체로 판단한 점을 고려하면, 수익계정 대신 자산․부채계정을 사용하였다는 사실이 청구법인의 종전부동산 사업 관련 세무조정을 부인하는 근거가 될 수 없다.
(7) 또한, OOO세무서장은 2012사업연도에 발생한 종전부동산 사업의 금융비용 손금산입을 요청한 청구법인의 경정청구에 대하여 2014.9.19. 청구주장을 받아들여 환급한 사실이 있다.
(8) 청구법인은 국가 시책에 부응하기 위해 종전부동산 사업 등을 청구법인의 몫(수수료 3～8%)이 국가보다 적음에도 적극 추진하고 있는데, 청구법인이 100% 정부출자기관이라는 사실과 사업의 특성을 고려하지 아니하고 청구법인의 몫이 국가보다 적다는 일면만을 부각하여 소득의 귀속자를 국가로 보는 것은 타당하지 아니하다.
(9) 처분청이 제시한 조세심판원 선결정례(국심 2005서4189, 2006.10.30.)를 보면, 공적자금관리를 담당하는 금융감독위원회가 공적금융수단을 가진 OOO 주식회사에게 공적자금관리업무를 위탁하였고, 조세심판원은 공적자금의 원금이 국가 소유이므로 그 원금에 대한 운용수익 또한 국가에 귀속되어 OOO 주식회사가 선수수익(부채항목)으로 회계처리한 운용수익을 세무상 익금에 산입할 수 없다고 결정하였는바, 종전부동산의 경우 소유권이 청구법인에게 있고, 실질적으로 지배․관리한 자도 청구법인이므로 이 건과 사실관계가 달라 원용하는 것은 타당하지 아니하다.
(1) 종전부동산 사업에서 발생하는 소득이 국가에 귀속된다는 점은 혁신도시특별법에 명확히 규정되어 있으므로 청구주장은 이유 없다. 청구법인은 2011.7.1. 혁신도시특별법에 따라 종전부동산 매입공공기관으로 지정되어 종전부동산을 매입․개발․매각하는 업무를 수행하게 되었는바, 정부는 OOO에서 청구법인의 재정 및 경영상 부담을 감안하여 취득세 등의 세금을 감면하고 손실발생시 혁신도시특별회계에서 보전하며, 이익발생시 혁신도시특별회계로 전입하되, 성과수수료를 지급하기로 결정하였다. 이에 따라 혁신도시특별법 제44조 제4항에 “매입공공기관 또는 지방공기업의 종전부동산 매입에 따른 이익이나 손실은 대통령령으로 정하는 바에 따라 회계에 전입하거나 회계에서 보전할 수 있다”고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제41조 제4항에서 “매입공공기관 또는 지방공기업은 제1호의 금액(매각대금 및 수익금의 합산금액)이 제2호의 금액(매입대금 및 비용의 합산금액)보다 큰 경우 그 차액의 100분의 10 이하의 범위에서 국토교통부장관이 기획재정부장관과 협의하여 정하는 금액을 성과수수료로 할 수 있다”고 규정하고 있으며, 종전부동산 매입공공기관 등의 손익산정 및 정산지침(국토교통부 훈령 제618호, 2015.12.7.) 제12조 및 제14조에서 종전부동산의 최종 매각이 완료되는 시점에 손익을 정산하고 성과수수료만 청구법인에게 귀속하기로 정하였다.
(2) 청구법인은 고유목적사업분야와 분리하여 종전부동산을 OOO로 관리하였고, 별도의 OOO을 만들어 사업을 추진하였으며, OOO는 수익비용을 계상하지 아니하고 전액 자산․부채항목으로만 회계처리하여 대차대조표 및 현금흐름표는 있으나 손익계산서는 없으며, 혁신도시특별법 제44조 제4항 및 같은 법 시행령 제41조 제6항에 따라 청구법인은 종전부동산 매입 및 관리 등에 따른 이익 또는 손실 내역서를 작성하여 국토교통부장관에게 보고하고 있다.
(3) 청구법인은 사업의 주체가 청구법인이고 처분청의 견해에 따르면 종전부동산 사업 진행시에는 손익을 국가와 청구법인 모두 계상하지 않게 되는 결과를 초래한다고 주장하나, 이 건의 쟁점은 사업의 주체여부가 아니라 손익의 귀속여부이고, 종전부동산 사업의 손익이 국가에 귀속된다는 사실은 혁신도시특별법상 명확하며, 다만, 국가는 법인세법제2조에 따라 법인세 납세의무가 없으므로 이에 대하여 법인세가 부과되지 않고, 종전부동산 매입공공기관 등의 손익산정 및 정산지침 제12조에 따라 매각이 완료된 후 정산결과에 따라 국가가 청구법인에게 지급하는 “성과수수료”만이 청구법인의 법인세 부과대상이 되는 것이다.
(4) 청구법인은 공기업․준정부기관 회계사무규칙 등에 따라 수익과 비용을 총액으로 인식하여야 한다고 주장하나, 청구법인은 종전부동산 사업 관련 손익에 대하여 OOO로 관리하며 자산계정 및 부채계정으로 처리하였을 뿐 수익과 비용으로 인식하지 아니하였고, 가장 기본적인 비용인 인건비, 복리후생비, 기타 관리비용까지도 자산항목인 ‘재공품’ 계정으로 회계처리한 후 당기비용으로 인식하지 아니하다가 이자비용과 재산세에 대해서만 당기비용이라고 주장하는 것은 타당하지 아니하다.
(5) 청구법인은 OOO 사업과 마찬가지로 종전부동산 사업도 손익의 실질귀속자를 청구법인으로 보아야 한다고 주장하나, OOO사업은 법령이 아니라 행정기관의 협의에 의하여 결정된 것으로 현재까지도 잔여부지에 대한 처리방안을 논의중에 있는 사업이며, 청구법인의 이사회 의결로 특별회계를 종료하고 일반회계를 전환 운영하고 있고, OOO국세청 조사시 청구법인도 “해당 양도대금에 대한 정부반납은 그 일정 등이 확정되지 않았을 뿐 아니라, 구분회계 조항이 삭제됨에 따라 일반회계로 처리되어 양도차익을 청구법인의 익금으로 계상하여야 함에도 국가에 대한 미지급금으로 계상하여 익금누락하였음을 확인한다”는 확인서(2013년 11월)를 제출하였는바, OOO 사업은 혁신도시특별법상 사업의 손익이 국가에 귀속되는 것으로 규정되어 있는 종전부동산 사업과 동일하지 아니하다.
(6) 청구법인이 부담한 취득세 및 재산세는 혁신도시특별법 시행령 제41조 제1항 및 제3항 제2호에 따라 결국 국가가 부담하는 것으로, 청구법인이 회계처리한대로 자산화하였다가 추후 정산하면 되는 것이므로 청구법인 명의로 취득세 등을 납부하였다는 이유로 종전부동산 사업 관련 손익이 청구법인에게 귀속된다고 보기 어렵다.
(7) 이 건과 마찬가지로 혁신도시특별법에 따라 공공기관 소유의 부동산을 OOO 명의로 매입하여 매각한 사업과 관련하여 OOO에서 부가가치세 면제 여부를 질의한데 대하여 국세청OOO은 2014.12.11. “혁신도시특별법 제44조 제4항 및 같은 법 시행령 제41조에 따라 해당부동산의 매각에 따른 손익 뿐만 아니라 해당부동산을 매각하기 전까지 발생하는 운영수익과 매각비용을 국가에 귀속시키는 등 실질적으로 국가의 계산과 책임으로 해당부동산을 제3자에게 매각하는 경우 부가가치세법제26조 제1항 제19호에 따라 부가가치세가 면제된다”고 회신한바 있다.
(8) 종전부동산 사업 전담조직인 토지개발사업단OOO의 회계 및 결산업무 담당자도 “종전부동산 매입공공기관 등의 손익산정 및 정산지침에 따라 이익은 국가에 반환하도록 되어 있으므로 매각차익 및 임대료 수익을 미지급금으로 처리한다”고 답변하였는바, 청구법인은 종전부동산 사업과 관련하여 자산과 부채로 적정하게 회계처리 하였음에도 법인세 신고시 부적절한 세무조정을 하였다.
(9) 조세심판원 선결정례(국심 2005서4189, 2006.10.30.)를 보면, 조세심판원도 금융산업의 구조개선에 관한 법률에 따라 공적자금 미집행잔액으로부터 발생한 운영수익의 실질귀속자가 국가라는 취지로 결정하였는바, 종전부동산 사업의 손익도 혁신도시특별법에 따라 실질귀속자를 국가로 보아야 한다.
3. 심리 및 판단
(1) 청구법인은 2000.1.1. 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따라 설립(정부가 100% 출자)된 법인으로, 농어촌정비사업과 농지은행사업 시행 및 농업기반시설 종합관리를 주요 목적사업으로 하고 있으며, 2011.7.1. 혁신도시특별법에 따라 종전부동산 매입공공기관으로 추가 지정되었다.
(2) 정부는 OOO회의에서 OOO에 소재한 OOO의 종전부동산을 청구법인이 매입하기로 결정하였고, 청구법인은 2012년 12월 종전부동산을 OOO원에 매입하는 계약을 체결하였으며, 2015년 12월 잔금을 청산하고 소유권 이전을 완료하였는바, 동 OOO에서 청구법인의 재정 및 경영상 부담을 감안하여 취득세 등 매입지원, 경영평가 불이익 배제를 통한 경영부담완화 및 인센티브 지급 등 아래 ＜표4＞와 같이 정부지원대책을 마련한 것으로 심리자료에 나타난다.
(3) 종전부동산 매입공공기관 등의 손익산정 및 정산지침(국토교통부 훈령 제618호, 2015.12.7)의 주요내용은 아래 ＜표5＞와 같은바, 최종매각이 완료되는 시점까지의 종전부동산 매입에 따른 손익을 산정하여 혁신도시건설특별회계와 정산하고, 이익이 발생하는 경우 매입공공기관에게 성과수수료가 지급된다고 기재되어 있다.
(4) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 청구법인의 종전부동산 사업 관련 회계처리 및 세무조정 내역은 다음과 같다. (가) 청구법인은 종전부동산 사업을 별도 회계로 관리하고 있고, 매입․관리․개발․매각 등의 업무를 하기 위하여 별도의 전담조직(토지개발사업단)을 신설하여 관리하고 있다. (나) 청구법인은 아래 ＜표6＞과 같이 종전부동산 사업과 관련된 모든 비용을 재공품에 가산하고, 정산차익은 미지급금, 정산차손은 미수금으로 회계처리한 후 재공품 계상분 중 이자비용과 재산세만 당기비용으로 인식하고, 매각차손익만 당기손익으로 인식하는 세무조정을 하였다.
(5) 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 청구법인의 종전부동산 사업과 관련하여 발생하는 모든 이익(손실)은 혁신도시특별법 및 같은 법 시행령에 따라, 국토해양부장관이 관리․운용하는 “혁신도시건설특별회계”에 전입(이익)하거나 보전(손실)되고, 혁신도시특별법 제44조 제4항 및 같은 법 시행령 제41조 제6항에 따라 매년 종전부동산 매입 및 관리 등에 따른 이익 또는 손실 내역서를 작성하여 국토교통부장관에게 보고하고 있다.
(6) 처분청이 제출한 청구법인 토지개발사업단 직원 OOO에 대한 문답서(2018년 2월)를 보면, 종전부동산 관련 임대료 수익 등을 미지급금으로 처리하는 이유에 대하여 “공공기관 종전부동산 관련 지침에 이익은 국가에 반환하도록 되어 있기 때문이다”라고 답변한 것으로 나타난다.
(7) 혁신도시특별법상 청구법인 외 다른 매입공공기관이 진행하는 다른 부동산에 대하여 회계처리내역 등을 과세관청이 확인하여 제출한 자료는 다음과 같다. (가) OOO는 OOO에 소재하는 OOO의 부동산을 매입하여 사업을 진행하고 있고, 이 중 OOO 기관은 사업이 완료되었으며, OOO 기관은 사업진행중으로, 부동산 매입원가를 선급금(자산)으로 계상하고, 인건비, 관리비, 차입이자 등을 당기비용으로 처리한 후 동일한 금액을 미수수익으로 인식하여 당기손익에 영향을 미치지 아니하도록 세무조정한 후 완료된 사업에 대하여는 성과수수료 3%만을 손익에 반영한다. (나) OOO는 OOO 소재 OOO 부지를 매입하여 사업을 진행하고 있고, 현재까지 완료된 사업은 없으며, 이와 관련하여 가계정으로 관리하면서 매입원가 및 인건비, 금융비용 등을 자산계정으로 처리하였으며, 청구법인과 같이 건설자금이자를 세무조정한 사실은 없다.
(8) OOO국세청장은 2013년 11월 청구법인에 대한 법인세 조사시 청구법인이 OOO 사업의 주체라는 이유로 양도차익(미지급금)을 청구법인의 수익으로 보아 관련 법인세를 과세하였는바, 당시 청구법인이 제출한 확인서(2013년 11월)에 의하면, “청구법인은 조세특례제한법제46조의2[기업구조조정의 지원을 위하여 취득한 토지등의 양도차익에 대한 법인세과세특례](2008.12.26. 삭제)에 따라 청구법인이 취득한 OOO에 대하여 OOO에 매각시 OOO원의 양도차익이 각각 발생한 사실이 있으며, 해당 양도대금에 대한 정부반납은 그 일정 등이 확정되지 않았을 뿐 아니라, 상기 조항에 규정한 구분회계가 조항이 삭제됨에 따라 청구법인의 일반회계로 처리되어 양도차익을 청구법인의 익금으로 계상하여야 함에도 국가에 대한 미지급금으로 계상하여 익금 누락하였음을 확인한다”고 기재되어 있다.
(9) 청구법인이 제출한 증빙서류의 주요내용은 다음과 같다. (가) 청구법인은 이사회에서 2012.9.27. 공공기관 지방이전 관련 농진청 등 종전 부동산 매입추진 기본계획안을 심의․의결하고, 2012년부터 2015년까지 종전부동산을 매입하고 청구법인 명의로 소유권이전등기를 하였다고 주장하며 OOO를 제출하였다. (나) 청구법인은 종전부동산 매입시 취득세 50%를 감면 받았고OOO, 종전부동산은 재산세 분리과세(지방세법 제106조 제1항 제3호 마목 및 같은 법 시행령 제102조 제5항 제4호) 대상이다. (다) 청구법인은 2013.12.30. 종전부동산 활용계획을 수립하는 등 수요조사 및 개발전략 수립용역 추진, 개발계획 수립, 도시관리계획변경(지구단위계획 및 개발계획 수립) 등을 거쳐 자체적으로 마련한 종전부동산 개발사업 용지공급지침에 따라 분양을 추진하고 있는바, 자신의 귀책사유로 계약 목적을 달성할 수 없는 경우 계약해지에 따른 위험을 청구법인이 부담한다고 주장하며 청구법인의 OOO을 제출하였다. (라) 청구법인은 공사채와 어음을 발행하여 매입대금을 조달하였고, 발행규모도 이사회의결 등 내부적인 의사결정과정을 통해 국가기관의 승인없이 결정하였으며, 공사채 및 어음상환에 대한 법률적 책임 또한 청구법인에게 있다고 주장하며 청구법인이 발행한 사채 및 어음 발행 내역을 아래 ＜표7＞과 같이 제출하였다. (마) 청구법인은 처분청의 의견대로 국가를 사업주체로 인정할 경우 부당한 회계처리를 하여야 한다고 주장하며 아래 ＜표8＞을 제출하였다. (바) 처분청은 이자비용과 재산세에 대하여만 당기비용으로 처리하는 것은 부당하다는 의견이나, 청구법인은 재공품계정의 건설자금이자와 재산세는 당기손익대상이므로 손금산입하였고, 인건비 및 복리후생비 등 다른 경비는 자산화대상경비(원가성 있는 경비)이므로 세무조정하지 아니하였다. 재고자산의 매입 등에 소요되는 차입금에 대한 지급이자는 법인세법 시행령 제72조 제2항 제2호 및 제52조 제1항에 의거 세무상 당기 손금처리 대상입니다(재법인 46012-9, 1998.3.31.) 판매를 목적으로 취득한 토지 등인 경우에도 이에 부과되는 재산세는 법인세법 시행령 제19조 제10호에 의거 재산세가 부과되는 사업연도의 손금으로 계상합니다(법인세법 기본통칙 19-19) (사) 위탁받은 사업이라도 자금은 정부기관의 책임으로 조달하나 수탁기관에서 수익과 비용을 공기업․준정부기관 회계기준제44조 및 제48조에 따라 총액으로 인식하여야 하는바, 더욱이 종전부동산 사업은 혁신도시특별법상 위탁사업이라고 볼 규정이 없고, 청구법인이 사업을 직접 수행하고 있으므로 이와 관련된 손익을 청구법인의 손익으로 보아야 한다. (아) 정부는 IMF 직후인 1999년 기업의 재무구조개선을 통한 구조조정을 지원하기 위하여 OOO 소유의 OOO를 청구법인이 매입․개발․관리․처분하도록 하고, 개발이익이 발생할 경우 이를 전액 국고로 귀속시키는 OOO 사업을 추진하였는바, 청구법인은 OOO 사업과 종전부동산 사업은 사업성격이 아래 ＜표9＞와 같이 상당히 유사하고 회계처리도 동일하였음에도 OOO국세청장의 2013년 청구법인에 대한 세무조사시 OOO 사업은 손익의 실질귀속자를 청구법인으로 본 것과 달리 종전부동산 사업은 손익의 실질귀속자를 국가로 보는 것은 부당하다고 주장하며 농림부 공문OOO을 제출하였다. (자) 청구법인은 2014.3.31. 2012사업연도에 종전부동산 사업과 관련하여 발생한 금융비용의 손금인정을 요청한 경정청구에 대하여 OOO세무서장이 2014.9.19. 청구법인의 주장을 받아들여 관련 법인세를 환급한 사실이 있다고 주장하며 경정청구서OOO, 국세환급금 통지서를 제출하였다.
(10) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 자신의 명의로 소유권을 이전하여 자기 책임 하에 종전부동산을 매각하고 있으므로 종전부동산 사업에서 발생하는 손익의 실질귀속자는 청구법인이라고 주장하나, 청구법인이 2011.7.1. 혁신도시특별법에 따라 종전부동산을 매입할 수 있는 공공기관으로 지정되면서, 정부는 OOO회의를 통해 “청구법인의 재정 및 경영상 부담을 감안하여 손실발생시 혁신도시특별회계에서 보전하고, 매입부지 처분에 따른 이익은 혁신도시특별회계로 전입하되, 성과수수료를 지급”하기로 결정한 점, 종전부동산 사업과 관련하여 혁신도시특별법 제44조 제4항 및 같은 법 시행령 제41조 제1항은 “매입공공기관 또는 지방공기업의 종전부동산 매입에 따른 이익이나 손실은 대통령령으로 정하는 바에 따라 회계에 전입하거나 회계에서 보전할 수 있고, 여기서 특별회계에 전입하거나 특별회계에서 보전하여야 하는 매입공공기관 또는 지방공기업의 이익이나 손실은 종전부동산의 매각대금 및 매각할 때까지 발생하는 수익금의 합산금액과 종전부동산의 매입대금 및 매각할 때까지 발생하는 그 밖의 비용과 성과수수료의 합산금액의 차액으로 한다”고 규정하고 있으며, 종전부동산 매입공공기관 등의 손익산정 및 정산지침에서 매입공공기관 등의 정산손익은 최종 매각이 완료되는 시점에 정산하고, 이익이 발생하는 경우 매입공공기관에게 성과수수료를 지급하기로 규정되어 있는 점, 청구법인도 종전부동산 사업을 고유사업과 별도로 OOO로 관리하면서, 매각 및 관리 등에 따른 수익이나 비용을 청구법인의 수익이나 비용으로 계상하지 아니하고 전액 자산․부채계정으로 회계처리 하였으며, 혁신도시특별법에 따라 매년 종전부동산 매입 및 관리 등에 따른 이익 또는 손실내역서를 작성하여 국토교통부 장관에게 보고하였는바, 청구법인이 종전부동산 사업을 독립적으로 수행하였다기 보다 법에 따라 국가 소유의 부동산을 제3자에게 매각하기 위하여 청구법인이 해당 부동산의 소유권을 이전받아 매각하는 업무를 대행하고 있는 것으로 보이는 점, 종전부동산 사업은 혁신도시특별법 등 관련 법령에 근거하여 진행되고 있으므로 추진근거나 성격이 동일하지 아니한 청구법인의 다른 사업(OOO 사업 등)을 고려하여 손익의 실질귀속자를 판단하는 것은 타당하지 아니한 점 등에 비추어 종전부동산 사업에서 발생된 수익의 실질적인 귀속자는 국가로 봄이 타당하다. 따라서, 종전부동산 사업과 관련된 손익이 청구법인이 아닌 국가에 귀속되는 것으로 보아 법인세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.