쟁점시설물이 기부채납된 것으로 보아 청구법인에게 세금계산서미발급 가산세 및 영세율과세표준무신고 가산세를 부과한 처분의 당부

[주 문] OOO세무서장이 2017.11.15. 청구법인에게 한 2017년 제1기 부가가치세 OOO의 부과처분은 이를 취소한다 제2조 정의 25. 본 사업: 본 협약서에 따라 본 사업시설의 건설·관리운영하기 위한 민간투자사업을 의미한다. 제2조 정의 27. 본 사업시설: 본 도로와 본 도로에 설치되어있는 영업소 및 도로관리소 등의 건축시설, 요금징수시설(TCS), 교통관리설비(FTMS), 조경, 전기, 광통신관로 등 본 도로부속물을 의미한다. 제5조 사업시설의 귀속 본 사업에 의한 본 사업시설의 소유권은 준공과 동시에 광주광역시에 귀속된다. 제37조 운영비용

② 협약당사자는 운영기간 중 다음 각 호의 사유로 인하여 운영비용이 증감한 경우 통행료의 조정, 무상사용기간의 조정 또는 광주광역시 보조금의 지원을 요구할 수 있고, 이 경우 협약당사자는 이에 관하여 사전 협의한다.

2. 광주광역시 또는 관계관청의 요구사항(통행징수방식인 ETCS로의 변경 등)을 이행하기 위한 목적으로 운영비용이 증감하고 광주광역시가 해당 요구사항을 이행하도록 승인한 경우 제49조 광주광역시의 귀책사유 및 그 처리

② 다음 각 호의 사유들은 본 협약의 해석에 있어 광주광역시의 부담사유로 인정한다.

1. 광주광역시의 요구(본 사업계획의 변경, 사업민원 등 불가피한 경우가 발생하여 광주광역시가 요구하는 경우에 한함)로 인하여, 공사량이 증가되거나 신규비목이 발생하는 경우. 단 “본 사업계획의 변경”이라 함은 노선변경, IC 또는 JCT 형식·위치의 변경과 구조물인 지하차도, 교량, 옹벽, 통로암거, 방음벽, 통행료징수방식(ETCS로의 변경 등)이 현장여건상 변경, 신설 또는 제거되는 경우에 한하며, 설계 및 시공상의 오류는 제외한다. 제63조 협약종료의 효과

① 본 협약에 따라 협약이 종료된 때에는 종료시점에서 본 사업시설(건설기간중의 경우 기성부분)은 즉시 광주광역시에 귀속되고 사업시행자의 권리, 권한 등이 소멸되어 무상사용기간도 종료된다.

③ 광주광역시는 사업시행자에 대한 대가의 지급없이 모든 비품, 구조물, 설비, 고정 및 이동식 설비, 또는 컴퓨터 하드웨어 및 소프트웨어와 기타 모든 동산과 예비부품 재고를 포함하는 사업시행자가 소유한 자산 및 본 사업시설과 관련하여 보유하거나 사용 중인 모든 사업시행자의 권리와 자산을 취득, 인수한다. 제76조 협약의 변경

① 본 협약은 협약당사자가 서명(또는 기명날인)한 서면 약정에 의하여만 변경되거나 보완될 수 있다.

(2) 2007.6.18. 청구법인은 실시협약 제5조에 따른 사업시설의 귀속에 따라 “본 사업시설”을 광주광역시에 기부채납하였고 광주광역시에 OOO의 영세율 매출세금계산서를 발행하였다.

(3) 2015.12.31. 청구법인과 광주광역시는 쟁점시설물 관련 합의서를 체결하였고, 이 때 총사업비 중 설치비 OOO백만원은 광주광역시가 부담하며 운영비는 청구법인이 부담하기로 하였다. 다만, 광주광역시 부담분은 무상사용기간을 조정하여 반영하기로 하였다.

(4) 2017.3.21. 청구법인과 광주광역시는 쟁점시설물 설치와 관련하여 무상사용기간을 26.78년(2034.4.9.까지)으로 변경하는 쟁점변경실시협약을 체결하였다.

(5) 광주광역시는 처분청에 발송한 쟁점시설물 설치관련 의견회신 문서를 발송하여 실시협약체결일(2004.1.8.)부터 운영개시일(2007.7.1.) 전날까지 건설된 사업시설은 실시협약 제5조에 따라 광주광역시에 기부채납(귀속)되었고 쟁점시설물은 운영기간 중 청구법인이 취득한 유형자산으로 실시협약 제63조에 따라 실시협약이 종료되는 시점(2034.4.9.)에 광주광역시에 귀속된다고 회신하였다.

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. 처분청은 쟁점시설물이 기부채납대상 자산에 해당되고 2017.3.21. 기부채납절차가 완료된 것으로 보아야 한다는 의견이나, 청구법인과 광주광역시가 체결한 실시협약 제2조, 제5조, 제37조에 따르면 쟁점시설물은 광주광역시에 귀속되어야 하는 사업시설이 아닌 운영비용에 해당하는 것으로 보이고, 실제로도 광주광역시가 이에 대한 비용을 부담하기로 하여 쟁점고속도로의 무상사용기간을 연장한 것으로 나타나는 점, 청구법인은 실시협약 제2조에 따라 사업 시설을 광주광역시에 기부 채납하기 위하여 관련 법령(현행 공유재산 및 물품 관리법 시행령제5조 제1항으로, 이하 공유재산 및 관리법을 “공유재산법”이라 한다)에 따라 기부서를 작성하고 광주광역시에 이를 기부함과 동시에 이에 대한 영세율 세금계산서도 발행한 반면, 쟁점시설물에 대해서는 이러한 절차를 이행하지 아니했을 뿐만 아니라 광주광역시도 쟁점시설물은 청구법인의 자산으로 실시협약이 종료되는 시점에 광주광역시에 귀속된다고 밝히고 있는 점, 광주광역시에서 사업시설과 쟁점시설물 둘 다 무상사용기간을 부여하였다고 하여 쟁점시설물도 사업시설과 같이 기부채납이 필연적으로 이루어져야 한다거나 이루어졌다고 보기 어려운 점, 공유재산법에서 지방자치단체가 무상으로 취득하는 기부채납 재산에 대하여 일정한 절차를 거쳐 권리 보전에 필요한 조치를 하도록 규정하고 있는데, 청구법인과 광주광역시 모두 이에 따른 기부채납 절차를 이행한 것으로 보기 어려운 점 등에 비추어 처분청이 쟁점시설물을 광주광역시에 기부채납된 것으로 보아 청구법인에게 세금계산서 미발급가산세 및 영세율과세표준 무신고가산세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 따라 주문과 같이 결정한다.