청구법인이 쟁점골프장에 대하여 A공단으로부터 기부채납절차를 완료하고 그에 대한 반대급부로 기부법인인 A공단에게 일정기간 동안 쟁점골프장을 무상으로 사용수익할 수 있는 권리를 부여한 것은 사실상 쟁점골프장을 유상으로 사용수익하게 한 부동산임대로 보아야 할 것(조심 2014중4240, 2014.11.20., 같은 뜻임)임
청구법인이 쟁점골프장에 대하여 A공단으로부터 기부채납절차를 완료하고 그에 대한 반대급부로 기부법인인 A공단에게 일정기간 동안 쟁점골프장을 무상으로 사용수익할 수 있는 권리를 부여한 것은 사실상 쟁점골프장을 유상으로 사용수익하게 한 부동산임대로 보아야 할 것(조심 2014중4240, 2014.11.20., 같은 뜻임)임
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 처분청은 매출세액 감액을 주장하는 청구법인의 심판청구가 불복 대상에 해당하지 아니하는 부적법한 심판청구에 해당한다고 주장하나, 대법원 2013.4.18. 선고 2010두11733 판결에 의하면 과세관청의 증액경정사유 뿐만 아니라 당초 신고에 관한 과다신고사유도 함께 주장하여 다툴 수 있다고 판시한 점, 불복청구 세액은 처분청의 증액경정으로 고지한 금액이라 하더라도 불복의 이유는 당초 신고 등 확정행위의 하자를 포함한 모든 과세요건사실의 하자를 그 대상으로 하는 점 등에 비추어 볼 때 청구법인의 매출세액 감액청구는 적법하다.
(2) OOO의 쟁점골프장 기부와 청구법인의 쟁점골프장 무상사용허가는 각각 별개의 것이고, 청구법인은 OOO으로부터 사용료를 받지 아니하고 무상으로 OOO에게 쟁점골프장에 대한 임대용역을 제공하였으므로 그 공급가액은 “0”이라고 할 것인바, 청구법인이 기부채납재산가액과 동액으로 발급한 매출세금계산서상의 부가가치세액은 감액경정되어야 한다.
(3) 설령, 청구법인의 임대용역이 용역의 유상공급에 해당한다고 하더라도 그 공급가액은 “금전 외의 대가를 받는 경우 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가를 공급가액으로 본다”라는 부가가치세법 제29조 제3항 제2호 에 따라 법인세법 시행령 제89조 제4항 제1호 를 적용하여 골프장 기준시가의 100분의 50에 상당하는 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액으로 해야 하고, 만일 이와 같은 계산이 불가능하다면 기부채납재산가액인 OOO원의 자금원천 중 청구법인의 보조금 OOO또는 OOO이 협약서에 따라 기부채납 후 회수할 투자비 OOO을 청구인의 부동산 임대용역 공급가액으로 하여 매출세액을 감액하여야 한다.
(4) 매출세액이 감액경정되어야 하는 것과는 별개로, 처분청은 쟁점매입세액이 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액이라 하여 이를 매입세액불공제하였으나, 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액의 불공제는 토지소유자가 한 자본적 지출에 대하여 하는 것(대법원 2010.1.14. 선고 2007두20744 판결)인바, 토지 관련 비용지출의 주체가 토지소유자라면 해당 지출과 관련된 매입세액은 불공제될 것이나, 기부채납의 경우에는 토지소유자가 토지 관련 지출을 포함한 비용 부담의 주체가 아니라 사업자가 그 비용 부담의 주체이므로 토지 관련 지출에 대한 매입세액불공제 규정이 적용될 수 없다. 따라서 쟁점매입세액은 전액 매입세액공제되어야 한다.
(5) 또한, 설령 비용부담 주체가 아닌 청구인에 대하여도 토지 조성 관련 자본적 지출에 대한 매입세액불공제가 적용되어야 한다고 하더라도 쟁점매입세액 중 토지 관련 지출과 관련된 것으로 볼 수 없는 부분은 공제되어야 하는바, 어떤 비용이 토지 관련 매입세액에 해당하는지는 사업의 내용, 지출의 목적과 경위 등에 비추어 각 비용마다 개별적으로 판단해야 한다. (가) OOO이 지출한 설계용역비(인‧허가 포함)는 해당 설계가 토지 관련된 것인지 아니면 건물 및 구축물 등의 건설공사와 관련된 것인지 여부가 불명확하므로 안분계산 대상에 해당한다. 이에 대하여 처분청은 설계용역을 제공한 (주)OOO는 국세청 전산상 건축설계용역만 제공하는 법인으로 확인되므로 OOO는 건축설계용역을 각각 제공하는 것으로 추정하는 것이 타당하다고 주장하나, 토목설계에는 구축물에 해당하는 설계부문도 필수적으로 반영될 수 밖에 없고, 건축설계라고 하여 무조건 구축물에만 공헌하는 설계라고 할 수도 없으므로 처분청과 같이 토목설계와 건축설계를 구분하여 판단하는 것은 설계의 연관성이나 복잡성을 무시한 판단이다. (나) 평가용역의 구성항목인 환경영향평가용역 및 사후환경영향평가용역은 과세사업에 대응하는 비용 성격으로 지출된 것이므로 전액 공제되어야 한다. (다) 설계변경검토, 문화재지표조사 등 용역비 역시 과세사업에 대응하는 비용 성격으로 지출된 것이므로 원칙적으로 전액 공제되어야 하고, 불분명한 부분이 있다면 문화재지표조사, 문화재시굴조사, 문화재시굴지역벌목, 건설폐기물처리용역, 지정소각폐기물처리용역, 석면조사용역 등에 대하여는 전액 공제하고, 그 외 용역비는 안분해야 한다. (라) 공사비의 경우 토목공사, 건축공사, 기계소방공사, 조경공사, 소방공사에 대하여는 그 실지 귀속을 개별적으로 판단하여야 하고, 다만 토목공사 중 부대공사에 대하여는 토지 관련 지출과 건물 및 구축물 관련 지출에 공통으로 사용되는 조립식가설물과 관련된 사항은 공통매입세액으로 안분하고 돌쌓기를 제외한 나머지 지출은 건물 및 구축물과 관련된 지출로서 곧바로 매입세액공제 대상에 포함해야 하며, 직접 공제를 제외한 간접노무비 등 나머지 안분대상에 대하여는 안분비율에 따라 매입세액공제액과 불공제액을 산정해야 한다. (마) OOO이 지출한 전기시설분담금 등 제세공과금은 청구법인이 직접 부담하였다면 부가가치세를 별도로 부담하지 않았을 것임에도 불구하고 OOO이 불가피하게 기부채납재산가액을 과세표준으로 함으로써 부가가치세액이 추가된 것인바, 제세공과금은 토지 관련 지출인지 여부를 불문하고 전액 매입세액공제를 통하여 부가가치세 부담이 없도록 해야 하고, 만약 그렇게 판단할 수 없다고 할 경우 제세공과금의 구성을 확인하여 토지 관련 지출인지 여부를 살펴야 할 것인데, 농지전용부담금은 토지 가치를 직접적으로 증가시키는 것이므로 매입세액 불공제 대상이 될 것이나, 전기시설부담금 및 급수시설부담금은 건물 및 구축물과 관련된 것이므로 매입세액공제 대상이고, 산지복구비와 대체산림자원조성비도 토지와 관련된 직접적 지출이라기보다는 향후 국가에서 산지를 보전‧이용하기 위한 기금의 일종이므로 토지원가를 상승시켰다고 보기 어려우며, 생태보전협력 역시 토지 원가를 구성하여 그 가치를 직접 증가시키는 지출이라기보다는 부동산 임대업 및 골프장 운영업이라는 부가가치세 과세사업을 위한 비용의 성격이므로 매입세액공제 대상이다. (바) 부대비의 경우 그 세부항목에 비추어 볼 때 토지 관련 지출인지 여부가 불분명하므로 전액 안분대상이 되어야 한다. (사) 쟁점매입세액 중 토지 관련 지출 부분과 토지 관련 지출로 볼 수 없는 부분의 안분비율은 부가가치세법집행기준 39-80-1(토지관련 매입세액의 범위) 제1항 제5호에 따라 공사비 중 토지조성 관련 공사비용이 차지하는 금액을 통해 매입세액 불공제 비율 45%를 산정하고, (1-매입세액 불공제 비율)로 매입세액 공제 비율 55%를 산정해야 한다.
(6) 처분청은 청구법인이 2017.2.14. 제기한 이 건과 동일 과세기간의 부가가치세 경정청구에 대하여 환급 결정을 하면서 당시 쟁점골프장과 관련한 부가가치세 증액경정이 가능하였음에도 불구하고 부가가치세 환급 결정을 하였는바, 당시 얼마든지 과세권을 행사할 수 있었음에도 불구하고 이제야 과세를 하면서 가산세를 적용하는 것은 신의성실의 원칙에 위배된 것이다.
(1) 처분청은 토지 관련 매입세액을 부인하였을 뿐 임대용역과 관련된 부당한 처분을 하거나 필요한 처분을 하지 아니한 사실이 없으므로 매출세액을 감액하여 달라는 청구법인의 심판청구는 불복 대상에 해당하지 아니하고, 청구법인의 주장과 같이 청구법인이 발급한 세금계산서가 잘못 발급되었다면 수정세금계산서 발행을 통하여 경정청구를 제기하여야 할 사안에 해당한다. (2) 부가가치세법 시행령 제46조 는 지방자치단체가 부동산임대업을 제공하는 경우 면세대상에서 제외된다고 규정하고 있고, 골프장 운영 등 부가가치세 과세사업을 하는 자가 토지소유자로부터 토지 등을 임차하여 자기의 비용으로 골프장용지 등으로 조성･개발하여 일정기간 동안 별도의 차임 없이 사용･수익하고 사용･수익기간 종료 후 시설물 등을 토지소유자에게 기부하기로 하는 경우 해당 토지를 임차한 사업자는 토지소유자에게 해당 토지의 조성･개발용역을 유상으로 공급하고, 토지소유자는 골프장 운영사업자에게 유상의 토지 임대용역을 제공하는 것으로서 각각 부가가치세 과세대상에 해당하는 것이므로(OOO, 2014.2.17.), 청구법인이 OOO으로부터 쟁점골프장을 기부채납 받으면서 OOO에게 쟁점골프장을 20년간 사용･수익허가를 하여 준 것은 부가가치세 과세대상에 해당한다. (3) 부가가치세법 제29조 는 금전외의 대가를 받는 경우 공급가액은 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가라고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제62조는 시가란 특수관계인이 아닌 자와 해당거래와 유사한 상황에서 계속적으로 거래한 가격 또는 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격이고, 다만 그러한 가액이 없는 경우 사업자가 그 대가로 받은 재화 또는 용역의 가격이라고 규정하고 있으므로, 청구법인의 OOO에 대한 골프장 임대용역의 공급가액은 부가가치세법 제29조, 같은 법 시행령 제62조에 따라 부동산 임대용역을 제공하고 받은 기부채납가액이 되는 것이다.
(4) 청구법인은 대법원 2010.1.14. 선고 2007두20744 판결에서 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출은 토지소유자인 사업자가 당해 토지의 조성 등을 위하여 직접 지급한 경우에만 매입세액 불공제한다고 판단하였고, 토지소유자인 청구법인은 토지 관련 비용을 직접 지출하지 아니하였으므로 쟁점매입세액이 전액 공제되어야 한다고 주장하나, 이는 청구법인이 대법원 판결 내용을 오인한 것으로서 토지소유자 입장에서 직접 토지관련 비용을 지출을 하는 경우와 제3자가 지출하여 토지소유자에게 재공급하는 경우 모두 토지소유자인 청구법인이 토지의 가치 증가의 이익을 누리는 것이므로 청구법인이 토지 조성 등에 대한 비용을 직접 지출하지 아니하였다는 이유로 매입세액 전액을 공제하여 달라는 청구법인의 주장은 받아들일 수 없다. (5) 부가가치세법 제26조 는 토지의 공급에 대하여 부가가치세를 면제하는 것으로 규정하고 있고, 부가가치세법 제39조 제1항 제7호 는 면세사업 등에 관련된 매입세액과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하는 것으로 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제80조는 토지에 관련된 매입세액이란 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 ① 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액(1호), ② 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액(2호), ③ 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액(3호)에 해당하는 경우를 말하는 것으로 규정하고 있는바, 이와 관련하여 다수의 조세심판 결정례(조심 2008광2859, 2009.12.31., 조심 2008서1822, 2009.12.31. 등)는 골프장 건설과 관련한 환경영향평가, 문화재지표조사, 석면조사용역 등은 토지관련 매입세액이므로 매입세액 불공제함이 타당하다고 하였다. 청구법인은 설계용역비가 토지 관련 비용인지 여부가 불분명하므로 동 설계용역비는 안분하여야 한다고 주장하나, 쟁점골프장 건설비 사용내역을 보면 (OOO가 설계용역을 제공한 사실이 확인되고, 국세청 전산자료에 의하면 OOO는 건축설계용역만 제공하는 법인으로 확인되므로, OOO는 건축설계용역을 각각 제공한 것으로 추정하는 것이 타당하다. 따라서 설계용역비 구분이 불분명하여 안분하여야 한다는 청구법인의 주장은 타당하지 아니하다. 청구법인은 OOO이 지급한 제세공과금을 청구법인이 직접 부담하였다면 제세공과금 부분에 대하여 부가가치세를 별도로 부담하지 아니하였을 것임에도 불구하고 OOO이 불가피하게 기부채납재산가액을 과세표준으로 함으로써 부가가치세액이 추가되었으므로 토지 관련 지출인지 여부를 떠나 전액 매입세액공제되어야 한다고 주장하나, 우리나라 부가가치세 제도는 다단계 과세방식을 취하고 있어 거래단계별 과세여부를 판단하여야 하므로 청구법인의 주장은 받아들일 수 없고, 제세공과금이 토지의 가치증가와 관련된 부분에 해당하는 여부로 공제대상여부를 판단하여야 하는바, 대체산림자원조성비, 생태보전협력금, 농지전용부담금은 부가가치세법 시행령 제80조 1호 토지의 형질변경에 필수적으로 부담되는 제세공과금으로서 이는 토지관련 매입세액에 해당하므로 이를 매입세액불공제한 처분은 정당하다. (6) 국세기본법 제48조 는 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때는 가산세를 부과하지 아니한다고 하면서 정당한 사유란 그 의무이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 할 만한 사정이 있을 때를 의미한다고 규정하고 있는바, 청구법인은 경정청구에 대한 환급결정 당시 과세권을 행사할 수 있었으므로 가산세를 적용하는 것은 신의성실의 원칙에 위배되는 것이라고 주장하나, 당시 청구법인은 이 건과는 별개의 내용으로 경정청구를 제기하였고 처분청은 경정청구 항목에 대하여만 검토 후 환급결정한 것으로서, 환급결정시 당연히 이 건과 관련된 과세권은 행사할 수 없었음에도 불구하고 당시 처분청이 과세권을 행사하지 아니하였다고 하여 신의성실원칙에 위배된다고 주장하는 것은 타당하지 아니하며 그 외 납세자가 의무를 이행하지 아니한 정당한 사유도 존재하지 아니하므로 가산세 부과는 정당하다.
① 매출세액의 감액을 구하는 심판청구가 적법한지 여부
② 기부채납과는 별개로 임대용역을 무상제공하였으므로 공급가액을 “0”으로 보아 부가가치세를 감액경정해야 한다는 청구주장의 당부
③ 임대용역을 유상공급으로 본다고 하더라도 법인세법 시행령 제89조 제4항 제1호 를 적용하여 골프장 기준시가의 100분의 50에 상당하는 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액 등을 임대용역의 공급가액으로 보아야 한다는 청구주장의 당부
④ 토지 관련 비용지출의 주체가 토지의 소유자가 아니므로 매입세액공제가 인정되어야 한다는 청구주장의 당부
⑤ 청구법인에 대하여 토지 관련 비용지출에 대한 매입세액불공제가 적용된다고 하더라도 쟁점매입세액 중 토지 관련 지출로 볼 수 없는 비용에 해당하는 부분은 매입세액공제가 인정되어야 한다는 청구주장의 당부
⑥ 가산세를 부과하지 아니할 정당한 사유 유무
(1) 청구법인이 2007.8.16. OOO과 체결한OOO 협약서”의 주요 내용은 다음과 같다. (가) 청구법인은 국민체육진흥법 제22조 제2항 에 따라 이 건 토지를 쟁점골프장 조성시부터 그 사용허가기간 만료시까지 OOO에게 무상으로 사용‧수익하게 하고, OOO은 이 건 토지에 쟁점골프장을 조성하고 운영‧관리한다. (나) OOO은 등록체육시설업으로 사업계획승인을 얻어 쟁점골프장 조성공사를 착수하고, 체육시설업 등록 및 쟁점골프장 준공 후 투자비 회수를 위한 무상 사용‧수익을 전제로 쟁점골프장을 청구법인에게 기부하며, 청구법인은 OOO에게 쟁점골프장의 운영‧관리권을 보장하여야 한다. (다) OOO은 쟁점골프장의 조성‧운영에 대한 포괄적인 권리가 있고, 청구법인은 OOO이 투자비 회수를 위해 쟁점골프장을 체육시설의 설치 및 이용에 관한 법률 제10조의 등록체육시설로 운영하는데 이의를 제기하지 아니하며, OOO은 투자비가 회수되어 쟁점골프장에 대한 사용‧수익권이 종료되면 운영권을 청구법인에게 인도하고, 청구법인은 쟁점골프장의 토지, 부대시설 및 시설관리 운영권을 사용‧수익권 종료 당시의 현상 그대로 인수한다. (라) OOO은 청구법인에게 기부한 쟁점골프장을 운영‧관리하며 그 재산 및 사용토지에 대한 무상사용 허가기간은 국민체육진흥법 제22조 제2항 에 의해 투자비의 회수기간까지로 하되, 공유재산 및 물품관리법 제7조 에 따라 무상사용 허가기간은 20년을 초과할 수 없고, 동 기간이 종료하는 연도의 회계결산 후에도 OOO이 투자비를 회수하지 못한 경우 청구법인은 OOO에게 미회수된 투자비를 3년간 균분한 금액(미회수된 투자비/3년)으로 매년 12월 31일까지 지급한다.
(2) 청구법인이 제출한 “OOO친환경대중골프장 투자비 산정 관련 합의된 절차 수행결과 보고서(2015.1.14.,OOO법인)”에 의하면 쟁점골프장에 대한 투자비 산정내역, 기부채납자산 및 부가가치세액 산정 내역이 다음 <표1>, <표2>와 같이 기재되어 있다. OOO
(3) 처분청이 제출한 청구법인에 대한 부가가치세 사후검증 종결보고서에 의하면 청구법인의 2015년 제2기 부가가치세 신고 내역은 다음 <표3>과 같다. OOO (4) 처분청이 쟁점골프장 건설 관련 지출항목 중 토지 관련 비용으로 보아 매입세액불공제 대상으로 판단한 비용의 내역 및 그에 따른 매입세액불공제액 산정 내역은 다음 <표4>, <표5>와 같고, 이와 관련하여 처분청은 매입세액불공제액의 구체적인 산정내역으로 OOO건설비 사용내역 검토표”를 제출하였다. OOO
(5) 청구법인이 제출한 쟁점골프장 건설공사비OOO원의 세부내역은 <별지2>와 같고, 이와 관련하여 청구법인은 건설공사비 중 매입세액공제 대상 비용으로 주장하는OOO의 구체적인 산정내역으로 각 항목별 매입세액공제 대상 비용 산정내역을 제출하였다.
(6) 처분청은 청구법인이 2017.2.14. 제기한 경정청구는 이 건과는 별개의 내용으로서 그 환급결정시 이 건과 관련된 과세권은 행사할 수 없었다고 하면서 “부가가치세 경정청구 검토서(2017년 4월)”를 제출하였는바, 동 검토서에 의하면 청구법인은 2017.2.14. 경정청구 당시 2012년 제1기 ～ 2016년 제2기 과세기간에 대하여 7개의 사업용 건물 취득에 따른 매입세액공제를 청구하였고, 이 중 이 건과 동일한 과세기간인 2015년 제2기의 경우 “OOO” 취득에 대한 매입세액공제를 청구한 것으로 나타난다.
(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 처분청은 매출세액 감액을 주장하는 청구법인의 심판청구가 불복대상에 해당하지 아니하는 부적법한 심판청구에 해당한다고 주장하나, 과세관청이 인정하여 계산한 과세표준 또는 세액이 세법에 위반되는지 여부는 실제의 과세표준 또는 정당한 세액을 초과하는지 여부에 따라 결정되는 것이고, 경정청구나 부과처분에 대한 심판청구는 모두 정당한 과세표준과 세액의 존부를 정하고자 하는 동일한 목적을 가진 불복수단이므로 납세의무자는 증액경정처분의 취소를 구하는 항고쟁송에서 과세관청의 증액경정사유 뿐만 아니라 당초 신고에 관한 과다신고사유도 함께 주장하여 다툴 수 있다고 봄이 타당하며, 따라서 부가가치세에 관하여 매출액 등이 과다신고된 경우 과세관청의 부과처분에 대한 불복절차에서 그 과다신고사유를 함께 주장할 수 있다고 보아야 하므로 청구법인이 이 건 심판청구에서 매출세액의 감액을 구하는 것은 적법한 청구로 판단된다.
(8) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 OOO으로부터 사용료를 받지 아니하고 무상으로 OOO에게 쟁점골프장에 대한 임대용역을 제공하였으므로 그 공급가액을 “0”으로 보아야 한다고 주장하나, 청구법인이 쟁점골프장에 대하여 OOO으로부터 기부채납절차를 완료하고 그에 대한 반대급부로 기부법인인 OOO에게 일정기간 동안 쟁점골프장을 무상으로 사용‧수익할 수 있는 권리를 부여한 것은 사실상 쟁점골프장을 유상으로 사용‧수익하게 한 부동산임대로 보아야 할 것(조심 2014중4240, 2014.11.20., 같은 뜻임)인바, 그 공급가액을 0으로 보아야 한다는 청구법인의 주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.
(9) 다음으로 쟁점③에 대하여 살펴본다. (가) 부가가치세법 제29조 는 금전외의 대가를 받는 경우 공급가액은 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가라고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제62조는 시가란 특수관계인이 아닌 자와 해당거래와 유사한 상황에서 계속적으로 거래한 가격 또는 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격이고, 다만 그러한 가액이 없는 경우 사업자가 그 대가로 받은 재화 또는 용역의 가격이라고 하면서 이는 공급받은 사업자가 특수관계인이 아닌 자와 해당 거래와 유사한 상황에서 계속적으로 거래한 해당 재화 및 용역의 가격 또는 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격이라고 규정하고 있다. (나) 그렇다면 이 건에서 쟁점골프장 임대용역의 공급가액은 청구법인이 OOO으로부터 기부받은 쟁점골프장의 가격이고, 부가가치세법 제29조 및 같은 법 시행령 제61조 제1항 제3호는 기부채납의 경우 해당 기부채납의 근거가 되는 법률에 따라 기부채납된 가액을 그 과세표준으로 규정하고 있으므로 기부받은 자가 지방자치단체인 이 건에서 기부채납의 근거가 되는 법률인 공유재산 및 물품 관리법에 따라 기부채납된 가액이 청구법인이 OOO 등 특수관계인이 아닌 자와 해당 거래와 유사한 상황에서 계속적으로 거래한 가격으로서 쟁점골프장 임대용역의 공급가액에 해당한다고 할 것이다. (다) 따라서 법인세법 시행령 제89조 제4항 제1호 를 적용하여 산정한 가액을 쟁점골프장 임대용역의 공급가액으로 보아야 한다거나 기부채납재산가액에서 보조금을 제외한 금액 또는 OOO이 기부채납 후 회수할 투자비를 공급가액으로 보아야 한다는 청구법인의 주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.
(10) 다음으로 쟁점④에 대하여 살피건대, 청구법인은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액불공제는 그 비용지출의 주체가 토지소유자이어야 적용되는 것이므로 이 건과 같이 그 비용 부담의 주체가 토지소유자 즉, 청구법인이 아닌 OOO인 경우에는 토지 관련 지출에 대한 매입세액불공제 규정이 적용될 수 없다고 주장하나, 매입세액이 불공제되는 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출은 토지소유자가 직접 지출한 비용 뿐만 아니라 사업자를 통하여 간접적으로 지출한 토지 관련 비용 역시 매입세액이 불공제되는 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 해당하는 것이므로 위 청구법인의 주장 역시 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.
(11) 다음으로 쟁점⑤에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점매입세액 중 토지 관련 지출과 관련된 것으로 볼 수 없는 부분은 매입세액공제가 인정되어야 한다고 주장하면서 건설공사비 OOO원 중 매입세액공제 대상 비용으로 주장하는 OOO의 산정내역을 제출하였으나, 골프장시설의 조성과 관련된 부가가치세 매입세액 중 토지와 일체가 되어 코스를 구성하는 시설의 조성과 관련된 매입세액은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 매출세액에서 공제하지 아니하는 것인 점, 사업자가 사업성 검토를 위한 토지적성평가용역, 생태계식생조사용역, 환경영향평가용역 등의 사전평가용역을 제공받은 경우 이는 골프장사업의 인허가를 목적으로 한 용역으로서 이에 대한 매입세액은 토지관련 매입세액에 해당하여 매출세액에서 공제되는 매입세액이 아니라 할 것인 점(조심 2008서1822, 2009.12.31., 같은 뜻임), OOO은 부가가치세법 시행령 제80조 1호 및 3호의 토지의 형질변경에 필수적으로 부담해야 하는 제세공과금이고 토지의 가치를 현실적으로 증가시키는 비용으로서 토지 관련 매입세액에 해당하는 점, 처분청이 매입세액불공제액의 구체적인 산정내역으로 제출한 “OOO 건설비 사용내역 검토표” 등에 의하면 처분청은 옹벽 및 석축공사, 암벽, 낙석방지망, 골프장 내 도로 공사비, 교량, 정원공사, 주차장 시설 등 구축물과 사무실, 클럽하우스, 티하우스 등 건물에 대한 공사비는 이를 토지 관련 매입세액에서 제외하여 매입세액공제 대상으로 기인정한 점 등에 비추어 볼 때 처분청이 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출로서 쟁점매입세액에 대하여 매입세액공제를 부인한 것은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
(12) 마지막으로 쟁점⑥에 대하여 살피건대, 청구법인은 경정청구에 대한 환급결정 당시 과세권을 행사할 수 있었으므로 가산세를 적용하는 것은 신의성실의 원칙에 위배되는 것이라고 주장하나, 당시 청구법인은 이 건과는 별개의 내용으로 경정청구를 제기하였고 처분청은 경정청구항목에 대하여만 검토 후 환급결정한 것이므로 환급결정시 당연히 이 건과 관련된 과세권은 행사할 수 있었다고 볼 수 없으며, 그 외 납세자가 의무를 이행하지 아니한 정당한 사유도 존재하지 아니하므로 처분청이 이 건 부가가치세를 경정‧고지하면서 가산세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.