구 조특법 시행령 제99조의3에 따라 쟁점신축주택의 양도소득금액 전부를 양도소득세 감면대상금액으로 하여야 한다는 청구주장의 당부

[참조결정] 조심2017서2194 / 조심2010서3102

[주 문] OOO세무서장이 2017.12.6. 청구인에게 한 2016년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구인은 1984.10.20. OOO(이하 “종전주택”이라 한다)를 취득하여 보유하던 중 재건축으로 종전주택을 멸실하고 2003.5.10. 동소 OOO(이하 “쟁점신축주택”이라 한다)를 취득하여 5년 이상 보유하다가 2016.8.8. 이를OOO원에 양도한 후 2016.9.30. 1세대 1주택 비과세로 양도소득세를 신고하였다. 청구인은 쟁점신축주택의 양도가 1세대 1주택 비과세 대상에 해당하지 않는다는 처분청의 안내를 받은 후 조세특례제한법(2016.12.20. 법률 제14390호로 일부개정되기 전의 것, 이하 “구 조특법”이라 한다) 제99조의3 제1항 및 같은 법 시행령(2017.2.7. 대통령령 제27848호로 일부개정되기 전의 것, 이하 “구 조특법 시행령”이라 한다) 제99조의3 제2항 제2호(이하 “쟁점규정”이라 한다)에 따른 ‘신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례’ 적용대상이 되는 것으로 보아 아래와 같이 쟁점규정의 산식의 분모를 ‘양도 당시 기준시가에서 신축주택 취득 당시 기준시가(OOO)를 차감’하여 산정하여 전체 양도소득금액(OOO)이 전액 감면되는 것으로 2016.12.26. 수정신고하고 농어촌특별세 OOO원을 납부하였다. <쟁점규정의 감면대상 양도소득금액 계산 산식> 전체 양도소득 금액 × 신축주택 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가

• 신축주택 취득당시 기준시가 양도당시 기준시가

• 신축주택 취득당시 기준시가 (다만, 종전주택을 재개발·재건축하여 취득한 제98조의3 제1항 각 호에 따른 신축주택의 경우 종전주택 취득당시 기준시가)

• 나. 처분청은 청구인이 종전주택을 재건축하여 쟁점신축주택을 취득한 경우에 해당하므로 쟁점규정의 산식의 분모를 ‘양도 당시 기준시가에서 종전주택 취득 당시 기준시가(OOO)를 차감’하여 산정하여야 하는 것으로 보아 감면대상 양도소득금액을 OOO원으로 계산하여 2017.12.6. 청구인에게 2016년 귀속 양도소득세OOO을 경정·고지하고 농어촌특별세 OOO원을 환급결정하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2018.1.2. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장 쟁점신축주택은 쟁점규정의 산식 중 분모의 괄호 안에 기재된 ‘ 구 조특법 시행령 제98조의3 제1항 각 호(미분양주택)에 따른 신축주택’에 해당하지 않으므로 감면대상 양도소득금액을 계산함에 있어서 쟁점규정의 산식의 분모를 ‘양도 당시 기준시가에서 신축주택 취득 당시 기준시가를 차감’하여 산정하여야 한다. 처분청은 2017.2.7. 개정된 조특법 시행령 제99조의3 제2항 제2호를 적용하여 쟁점신축주택이 동 규정의 산식 중 분모의 괄호 안에 기재된 ‘조특법 제98조의3 제2항 각 호(재개발·재건축주택)에 따른 신축주택’에 한다는 이유로 이 건 양도소득세를 부과한 것으로 보이나, 위 규정은 2017.2.7. 이후 양도하는 분부터 적용하는 것인데 쟁점신축주택은 2016.8.8. 양도되어 위 개정 시행령이 적용될 수 없다. 나.처분청 의견 쟁점규정으로 개정되기 전(2016.2.25. 대통령령 제26959호로 개정되기 전의 것)의 조특법 시행령 제99조의3의 규정을 보면 감면대상 양도소득금액은 같은 법 시행령 제40조를 준용하여 산정한다고 되어 있고, 해당 규정에서 감면대상 양도소득금액은 “양도소득금액 × (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시 기준시가) / (양도당시 기준시가 - 취득당시 기준시가)”로 산정하는 것으로 되어 있다. 그 당시 재건축주택의 경우 분모의 취득당시 기준시가는 종전주택의 취득당시 기준시가를 말한다는 것이 일반적인 과세관청과 조세심판원(조심 2010서3102, 2011.8.9. 외 다수)의 견해였는데, 그러던 중 재건축주택의 분모와 분자의 취득당시 기준시가는 모두 신축주택의 취득당시 기준시가로 봐야 한다는 대법원의 판례(대법원 2014두4207, 2014.12.11.)가 나옴에 따라 법 개정이 대두되었고, 이후 신축주택 취득시 양도소득세감면대상금액 계산 방법을 명확화 한다는 취지로 2016.2.5. 쟁점규정으로 개정되었다. 그런데 쟁점규정은 종전주택을 재개발·재건축하여 취득한 신축주택에 대하여 종전주택 취득 당시 기준시가를 사용하도록 하는 것이 입법취지였으나 입법자의 오류 혹은 실수로 쟁점규정의 산식의 분모 괄호 안에 “종전주택을 재개발·재건축하여 취득한”이라고 하면서 미분양주택에 대한 규정인 “조특법 시행령 제98조의3 제1항 각 호에 따른 신축주택의 경우 종전주택 취득당시 기준시가”라고 기재된 것이고, 이러한 오류를 2017.2.7. 조특법 시행령 개정시 “종전주택을 재개발·재건축하여 취득한 법 제98조의3 제2항 각 호에 따른 신축주택의 경우 종전주택 취득당시 기준시가”로 바로 잡았는바, 비록 쟁점규정이 오류로 잘못 표기되었다 하나, 그 전·후 문구를 보면 누구라도 해당 내용이 재개발·재건축주택을 표현하고 있다는 점을 알 수 있고, 기획재정부의 예규(재산세제과-455, 2017.7.21.) 또한 이를 뒷받침하고 있으므로, 쟁점규정을 적용함에 있어 재개발·재건축주택의 경우에는 ‘종전주택 취득당시 기준시가’를 적용해야 하는 것이 명백하다. 청구인은 처분청이 쟁점규정이 개정된 이후 시행령을 적용하였기에 소급과세라며 결정취소되어야 한다고 주장하나, 위와 같이 개정 이후의 법령을 적용하고자 하는 것이 아니고 단순착오로 잘못 표기된 규정을 바로 해석하여 적용하고자 하는 것이므로 이 건 부과처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 구 조특법 시행령 제99조의3에 따라 쟁점신축주택의 양도소득금액 전부를 양도소득세 감면대상금액으로 하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법(2016.12.20. 법률 제14390호로 일부개정되기 전의 것) 제98조의3[미분양주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례] ② 제1항을 적용할 때 자기가 건설한 신축주택으로서 2009년 2월 12일부터 2010년 2월 11일까지의 기간 중에 공사에 착공(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다)하고, 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 주택을 포함한다. 다만, 다음 각 호의 경우에는 이를 적용하지 아니한다.

1. 도시 및 주거환경정비법에 따른 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 관리처분계획에 따라 취득하는 주택

2. 거주하거나 보유하는 중에 소실·붕괴·노후 등으로 인하여 멸실되어 재건축한 주택 제99조의3[신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례] ① 거주자(주택건설사업자는 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 고려하여 부동산 가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역 외의 지역에 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(그 주택에 딸린 토지로서 해당 건물 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도하는 경우에는 그 신축주택을 취득한 날부터 양도일까지 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 빼며, 해당 신축주택을 취득한 날부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다. 다만, 해당 신축주택이 소득세법제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가 주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우: 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 따른 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 따른 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령으로 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택은 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 따른 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 따른 정비사업조합을 통하여 대통령령으로 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우: 신축주택취득기간에 사용승인 또는 사용검사(임시 사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

④ 제1항에 따라 양도소득세 과세대상소득금액에서 빼는 양도소득금액의 계산 및 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 조세특례제한법 시행령(2017.2.7. 대통령령 제27848호로 개정되기 전의 것) 제98조의3[미분양주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례] ① 법 제98조의3 제1항 전단에서 "대통령령으로 정하는 미분양주택"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 "미분양주택"이라 한다)을 말한다. 다만, 수도권과밀억제권역 안의 지역인 경우에는 대지면적이 660제곱미터 이내이고, 주택의 연면적이 149제곱미터(공동주택의 경우에는 전용면적 149제곱미터) 이내인 주택에 한정한다. (각 호 생략) 제99조의3[신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례] ② 법 제99조의3 제1항에 따른 양도소득세 과세대상소득금액에서 빼는 양도소득금액(이하 이 조에서 "감면대상 양도소득금액"이라 한다)은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한다. 이 경우 새로운 기준시가가 고시되기 전인 경우에는 직전의 기준시가를 적용한다.<개정 2016.2.5., 2016.5.10.>

1. 취득일부터 5년 이내에 양도하는 경우 감면대상 양도소득금액은 소득세법제95조제1항에 따라 계산한다. 다만, 재개발·재건축되기 이전의 주택(이하 이 조에서 "종전주택"이라 한다)을 재개발·재건축하여 취득한 법 제98조의3 제2항 각 호에 따른 신축주택인 경우 감면대상 양도소득금액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다. (계산식 생략)

2. 취득일부터 5년 후에 양도하는 경우 감면대상 양도소득금액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 소득세법 제95조 제1항에 따라 계산한 양도소득금액 × 신축주택 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가

• 신축주택 취득 당시 기준시가 양도 당시 기준시가

• 신축주택 취득 당시 기준시가(종전주택을 재개발·재건축하여 취득한 제98조의3 제1항 각 호에 따른 신축주택의 경우 종전주택 취득 당시 기준시가)

(3) 조세특례제한법 시행령(2017.2.7. 대통령령 제27848호로 개정된 것) 제99조의3[신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례] ② 법 제99조의3 제1항에 따른 양도소득세 과세대상소득금액에서 빼는 양도소득금액(이하 이 조에서 "감면대상 양도소득금액"이라 한다)은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한다. 이 경우 새로운 기준시가가 고시되기 전인 경우에는 직전의 기준시가를 적용한다.

1. 취득일부터 5년 이내에 양도하는 경우 감면대상 양도소득금액은 소득세법제95조 제1항에 따라 계산한다. 다만, 재개발·재건축되기 이전의 주택(이하 이 조에서 "종전주택"이라 한다)을 재개발·재건축하여 취득한 법 제98조의3 제2항 각 호에 따른 신축주택인 경우 감면대상 양도소득금액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다. (계산식 생략)

2. 취득일부터 5년 후에 양도하는 경우 감면대상 양도소득금액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 소득세법 제95조 제1항에 따라 계산한 양도소득금액 × 신축주택 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가

• 신축주택 취득 당시 기준시가 양도 당시 기준시가

• 신축주택 취득 당시 기준시가(종전주택을 재개발·재건축하여 취득한 법 제98조의3 제2항 각 호에 따른 신축주택의 경우 종전주택 취득 당시 기준시가)

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 1984.10.20. 종전주택을 취득하여 보유하다가 재건축하여 2003.5.10. 쟁점신축주택을 취득하였고 2016.8.8. 이를 양도하였으며, 쟁점신축주택의 양도가 구 조특법 제99조의3에 따른 ‘신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례’ 적용대상이고 동 주택이 구 조특법 시행령 제98조의3 제1항 각 호(미분양주택)에 따른 신축주택에 해당하지 않은 사실에 대해서는 처분청과 청구인 사이에 다툼이 없다.

(2) 처분청은 쟁점신축주택의 양도소득금액 중 구 조특법 제99조의3 제1항 후단에 따라 양도소득세가 감면되는 그 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 계산함에 있어서 같은 법 시행령 제99조의3 제2항 제2호(쟁점규정) 산식의 분모를 ‘양도 당시 기준시가에서 종전주택 취득 당시 기준시가(OOO)를 차감’하여 산정하여 이 건 양도소득세를 경정·고지하였는데, 청구인은 쟁점규정의 산식의 분모를 ‘양도 당시 기준시가에서 신축주택 취득 당시 기준시가(OOO)를 차감’하여 산정하여야 한다는 주장이다.

(3) 기획재정부가 발간한 ‘2015 간추린 개정세법’에 나오는 쟁점규정의 개정내용은 아래와 같다. 종 전 개 정

○ 신축주택 취득일부터 5년 후 양도시 (조특법 시행령 제40조 준용)

○ 감면대상금액 계산방법 명확화

• (신규취득) 양도소득 금액 × 취득일부터 5년 되는 날 의 기준시가

• 취득당시 기준시가 양도소득 금액 × 신축주택 취득일부터 5년 되는 날의 기준시가

• 신축주택 취득당시 기준시가 양도당시 기준시가

• 취득당시 기준시가 양도당시 기준시가

• 신축주택 취득당시 기준시가

• (재개발·재건축을 통한 취득) 양도소득 금액 × 신축주택 취득일부터 5년 되는 날의 기준시가

• 신축주택 취득당시 기준시가 양도당시 기준시가

• 종전주택 취득당시 기준시가 【개정이유】 ▣ 신축주택 취득시 양도소득세 감면대상금액 계산방법 명확화 【적용시기 및 적용례】 ▣ 2016.1.1. 이후 양도하는 분부터 적용

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. 국민의 재산권과 밀접한 관련을 갖고 있는 조세법령의 해석에 있어서 조세법률주의의 원칙상 과세요건, 절차, 결과 등 모든 면에서 엄격하게 법문언대로 해석하여야 하고 합리적인 이유 없이 확장해석하거나 유추해석할 수 없는 것인바, 처분청의 의견과 같이 2016.2.5. 조특법 시행령 제99조의3 제2항 개정 당시 입법자의 실수 또는 착오로 신축주택양도 감면소득 산식에 오류가 발생했다 하더라도 법문 그대로 납세자에게 유리하게 해석하는 것이 조세법률주의의 원칙상 타당하다 하겠다. 쟁점규정의 산식의 분모에서 ‘종전주택을 재개발·재건축하여 취득한 같은 법 시행령 제98조의3 제1항 각 호에 따른 신축주택의 경우에만 종전주택 취득 당시 기준시가를 적용한다’고 규정하고 있는데, 같은 법 시행령 제98조의3 제1항 각 호는 미분양주택에 대한 것인바, 쟁점신축주택의 양도가 구 조특법 제99조의3 적용대상이고 쟁점신축주택이 구 조특법 시행령 제98조의3 제1항 각 호(미분양주택)에 따른 신축주택에 해당하지 않는 점, 쟁점규정에 규정된 계산식에 따라 감면대상 양도소득금액을 계산하면 청구주장과 같이 쟁점신축주택 양도소득금액 전액이 감면대상이 되는 점, 쟁점규정이 2017.2.7. 개정되었으나 그 적용시기가 2017.2.7. 이후 양도하는 분부터인 점 등에 비추어 볼 때, 처분청에서 쟁점신축주택의 감면대상 양도소득금액을 산정함에 있어 쟁점규정의 산식의 분모를 ‘양도 당시 기준시가에서 종전주택 취득 당시 기준시가를 차감’하여 산정하여야 하는 것으로 보아 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다(조심 2017서2194, 2017.8.23. 같은 뜻임).

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.