원산지신고서 발급 당시 인증수출자가 아니었으나 선적 당시 인증수출자 지위를 갖춘 경우 협정관세를 적용하여야 한다는 청구주장의 당부 등

[참조결정] 조심2017관0151

[주 문] OOO장이 2018.7.23. 청구법인에게 한 관세 OOO원의 부과처분은 부가가치세와 관련한 수정수입세금계산서 발급에 관한 심판청구는 이를 각하하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

[이 유]

1. 처분 개요

• 가. 청구법인은 OOO(이하 “수출자”라 한다)로부터 2014.6.3.부터 2015.9.25.까지 수입신고번호 OOO 외 12건으로 제재목OOO; 이하 “쟁점물품”이라 한다)을 수입하면서, 인증수출자번호가 OOO(이하 “쟁점인증번호”라 한다)으로 기재된 원산지신고서(이하 “쟁점원산지신고서”라 한다)를 근거로 대한민국과 유럽연합 및 그 회원국 간의 자유무역협정(이하, “한-EU FTA”라 한다)에 따른 협정관세(0%)를 적용하여 수입신고하였고, 통관지세관장은 이를 수리하였다.
• 나. 처분청은 2017.9.20. 청구법인에게 통지 후 서면조사를 실시하였으나 유효한 인증수출자가 발행한 원산지신고서인지 확인이 불가하여, 2018.1.10. 루마니아 관세당국에 한-EU FTA 원산지제품의 정의 및 행정협력의 방법에 관한 의정서(이하 “한-EU FTA 원산지의정서”라 한다) 제27조에 따른 원산지검증을 요청하였고, 2018.2.22. 루마니아 관세당국으로부터 “수출자는 2015.8.27. 한-EU FTA 특혜적용을 받을 수 있는 인증수출자의 지위를 취득하였고, 쟁점원산지신고서와 관련하여 수출자는 한-EU FTA에 따른 인증수출자가 아니었다”라는 취지의 회신을 받았다.
• 다. 처분청은 이에 따라 2018.3.14. 협정관세를 배제한다는 과세전통지를 하였고, 청구법인은 이에 불복하여 2018.4.13. 과세전적부심사청구를 제기하였으나 불채택 결정을 받았고, 처분청은 2018.7.23. 청구법인에게 관세 OOO원을 경정‧고지하였다.
• 라. 청구법인은 위 가산세 부과처분에 불복하여 2018.10.18. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 영세업체로 수출입 관련 법령을 정확히 인지하지 못하고 있어 OOO를 통해 쟁점물품을 수입하고 있고, 통관업무는 관세사를 통해 진행하고 있다. 청구법인은 한-EU FTA에 따른 협정관세를 적용받기 위해 OOO를 통해 수출자가 인증수출자이고 송품장에도 원산지 인증번호가 기재될 것이라고 통지받는 등 인증수출자 지위 여부를 확인하기 위해 노력하였다. 또한, 인보이스에 기재된 쟁점인증번호가 인증수출자 번호체계에 부합하여 청구법인으로서는 수출자가 인증수출자라는 에이전트의 말을 신뢰할 수밖에 없었다. 처분청은 OOO가 수출자의 대리인으로서 최초로 협정관세 적용신청을 한 시점부터 10여개월이 지난 2015.4.28. 이메일을 통해 위 인증수출자번호에 대하여 문의하였다고 하나, 2014.7.22. 쟁점인증번호에 대하여 문의하였고, 수출자는 같은 날 인증번호가 포함된 인보이스를 송부한 바 있다. 청구법인은 이후 관세사나 세관으로부터 수년 동안 쟁점원산지신고서에 대하여 아무런 문제제기가 없어 그간 수입신고를 정상적으로 해온 것으로 신뢰하였는바, 위 인증수출자번호의 유효기간을 확인할 필요성 등에 대하여 단 한번이라도 안내받았다면 유효한 인증수출자인 수출자와 거래하였을 것이므로, FTA에 관한 전문지식이 없는 청구법인에게 인증수출자번호의 유효성을 의심하여 그 진위여부를 확인할 것을 기대하는 것은 무리라 할 수 있다. 따라서 청구법인에게 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있으므로 가산세는 면제되고 수정수입세금계산서도 발급되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 영세법인으로 쟁점물품과 관련된 수입업무는 수출자의 에이전트인 OOO를 통하여 인증수출자의 진위여부를 확인하기 위해 노력하였으므로 가산세를 면제하여야 한다고 주장한다. 대법원은 “세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 사유 없이 법에 규정된 신고·납세 등 각종 의무를 위반한 경우 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하고, 법령의 부지·착오 등은 그 의무의 위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니한다”고 판시(대법원 2009.4.23. 선고 2007두3107 판결 등 참조)한 바 있고, 조세심판원도 한-EU FTA 협정적용 당시 수출자의 인증수출자 지위에 대해 검증을 소홀히 한 수입자에게는 귀책사유가 있으므로 가산세 처분이 정당하다고 일관되게 결정(조심 2017관151, 2017.9.26. 등)하고 있다. 신고납부제도 하에서 납세자는 스스로 실질적․절차적으로 적법한 요건을 갖추어 신고하여야 하고, 그 요건에 대한 조사 및 검증의 책임과 의무 또한 납세자에게 있으므로, 수입자는 배타적 권리인 협정관세를 적용받기 위해 수입신고를 하기 전에 한-EU FTA가 요구하는 서류와 요건을 확인해야하는 의무가 있다. 구 ‘자유무역협정의 이행을 위한 관세법의 특례에 관한 법률’(법률 제11612호, 2013.1.1. 일부개정, 이하 ‘FTA관세법’이라 함) 제10조에서도 협정관세를 적용받으려는 자인 수입자가 원산지증빙서류를 갖추어 세관장에게 신청할 것을 규정하고 있다. 청구법인은 OOO를 통하여 수출자에게 인증번호의 유효성에 대하여 확인하였으므로 수입자의 주의의무를 다하였다고 주장하나, 청구법인이 제출한 수출자와 OOO는 판매금액의 일정 비율(3%)을 수수료로 수취하는 자로서 어떤 지위 또는 권한을 가지고 수출자의 역할을 대리할 수 있는지 알 수 없고, 청구법인이 제시한 2014년 7월경 OOO과 수출자가 주고받은 이메일의 내용도 협정세율을 적용받기 위한 원산지신고서 문안이 포함된 인보이스를 OOO가 요청한 내용일 뿐, 수출자의 인증수출자 지위가 유효한지에 대하여 확인한 것이 아니다. 청구법인은 2015.4.28. OOO가 인증번호 유효성을 확인하기 위해 수출자에게 메일을 보냈다고 주장하나, ⅰ) 동 이메일은 최초 협정관세 적용신청시점인 2014년 6월부터 10여 개월이 지난 시점에서야 보내졌다는 점, ⅱ) 청구법인과 관련된 내용인지 확인되지 않은 점, ⅲ) 동 이메일에 대해 수출자로부터 회신을 받지도 않았다는 점, ⅳ) 그 이후에도 계속 잘못된 인증번호를 사용하여 수차례 더 협정관세를 적용받은 점 등을 감안할 때 청구주장은 이유가 없고 오히려 협정관세 적용신청 당시 청구법인이 인증수출자번호의 유효성을 제대로 확인하지 않았다는 것의 방증일 뿐이다. 더욱이, 청구법인에게 귀책사유가 없다는 증빙자료는 제출하지 않으면서, OOO 직원의 확인서만으로 수입자가 가산세를 면제받을 수 있는 정당한 사유가 있음이 입증되지 아니하고, 동 확인서의 내용을 통해 청구법인과 OOO가 원산지증명과 관련된 법령의 부지를 인정하고 있으므로 이를 근거로 성실한 주의의무를 다하였다는 청구주장을 받아들이기 어렵다. 부가가치세법 제35조 제2항 및 같은 법 시행령 제72조 제4항에 수입자의 착오 또는 경미한 과실로 확인되거나 수입자가 자신의 귀책사유가 없음을 증명하는 경우에 수정수입세금계산서를 발급할 수 있다고 규정하고 있고, 관세청장의 수정수입세금계산서 발급에 관한 운영지침(2018.3.29.) 제14조 제2항 제3호에 협정 또는 법령에서 정한 중대한 요건을 위반한 원산지증명서로 협정관세를 적용받은 경우에는 수정수입세금계산서를 발급하지 아니한다고 규정하면서 중대한 요건 위반의 예시로 무자격 발급권자를 명시하고 있다. 앞서 살펴본 바와 같이 청구법인은 한-EU FTA 협정관세 적용의 중대한 요건인 인증수출자 여부를 확인하지 않는 등 협정관세 적용에 있어 수입자의 통상적인 주의의무를 다하지 못하여 무자격 발급권자의 원산지신고서로 협정관세를 적용받은 잘못이 청구법인에게 있으므로 처분청이 수정수입세금계산서 발급을 제한한 것은 적법․타당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점

① 가산세 부과처분의 당부

② 수정수입세금계산서를 발급하여야 한다는 청구주장의 당부

• 나. 관련 법령 등: ＜별지＞ 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 청구법인이 제출한 원산지신고서 상의 인증수출자번호가 아래와 같이 OOO로 서로 상이함에 따라 2018.1.10. OOO 관세당국에 ‘원산지신고서의 유효성(인증수출자 지위 여부)’ 등에 대하여 검증을 요청하였다.

(2) 루마니아 관세당국은 2018.2.22. 쟁점인증번호는 OOO 자유무역협정에 따른 인증번호로 그 인증수출자 지위는 2007.12.31. 효력을 상실하였고, 2015.8.27. 새로운 인증수출자번호OOO가 부여되었으며, 쟁점원산지신고서 발급 당시 수출자는 한-EU FTA에 따른 인증수출자가 아니라는 취지로 회신하였다. 루마니아 관세당국의 회신내용(발췌)은 아래와 같다.

(3) 청구법인이 제출한 이메일 사본을 보면, OOO에게 선적서류에 어떠한 ‘FTA인증’에 관련된 문장이 없으므로 FTA인증을 체크하여 알려달라고 하였고, 같은 날 수출자OOO에게 FTA인증이 포함된 첨부 인보이스를 참조하라는 회신을 한 것으로 보이나, 위 이메일의 내용이 쟁점물품과 관련된 것인지는 명확하지 아니하다.

(4) 수출자와 OOO 2014.1.24. 체결한 커미션계약(CONTRACT DETAILS ＆ COMMISSION BASE)을 보면 OOO에서 제품판매와 서비스를 제공하는 수출자의 커미션 에이전트로서 그 대가로 판매가격의 일정비율(3%)을 지급받는 것으로 보인다. 계약의 주요내용(발췌)은 다음과 같다.

(5) OOO은 2018.10.21. 아래와 같은 내용의 확인서를 작성하여 처분청에 제출하였다.

(6) 관세청에서 한-EU FTA 발효 직전인 2011.6.27. 한-EU FTA 집행에 관한 지침을 공지하였고, 해당 지침 상 2.7. EU회원국의 인증수출자 번호체계도에서 “[붙임2] 한-EU FTA 협정 당사자 목록 참조”라고 명시하고 있으며, 해당 “체계도를 참조하여 번호체계가 불명확한 경우 관련 자료를 제출받아 심사” 하도록 명시하고 있는 바, 쟁점 수출자가 속하는 국가의인증수출자 번호체계는 아래와 같다.

(7) 수출자는 2017.6.30. 관계사(To whom it may concern)에 아래와 같은 내용의 문서를 발송하였다.

(8) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, (가) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다. 청구법인은 쟁점물품의 수입 당시 수출자의 OOO를 통하여 수출자가 인증수출자인지를 확인하였고, 쟁점인증번호가 관세청이 공지한 인증수출자 번호체계에 부합하는지 정도만을 확인할 수밖에 없는 상황에서 쟁점물품의 수출자도 인증수출자라는 OOO의 말을 전적으로 신뢰하고 협정관세 적용신청을 한 것이므로 가산세를 면제할 정당한 사유가 있다고 주장한다. 그러나, OOO가 2014년 7월경에 수출자와 주고받은 메일들이 쟁점물품의 수출자가 인증수출자인지의 여부를 확인하기 위한 것이라고 단정하기 어려운 점, 청구법인이 쟁점물품의 수출자가 인증수출자인지의 여부를 확인한 것은 처분청이 쟁점물품에 대한 원산지검증을 실시한 이후인 것으로 보이는 점, 수출자가 인증수출자임을 확인하여 청구법인에게 알려주었다는 OOO 스스로도 수출자가 인증수출자인지에 대하여 정확하게 확인하지 못하였음을 인정한 점 등에 비추어 볼 때, 원산지신고서를 작성한 수출자가 인증수출자인지의 여부를 미리 확인하지 아니한 책임이 청구법인에게 있다 할 것이므로 가산세를 면제할 정당한 사유가 있다는 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다. (나) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다. 청구법인은 이 건 처분에 있어 가산세를 면제할 정당한 사유가 있으므로 수정수입세금계산서도 발급되어야 한다고 주장한다. 그러나, 청구법인이 처분청에 수정수입세금계산서 발급을 신청하였거나, 처분청이 이를 거부한 사실이 없어 이 부분 심판청구는 청구의 대상이 되는 처분이 존재하지 아니하여 부적법한 청구에 해당한다고 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 부적법한 청구에 해당하거나 청구주장이 이유 없으므로 관세법제131조와 국세기본법 제81조, 제65조 제1항 제1호 및 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령 등

(1) 한-EU FTA ‘원산지 제품’의 정의 및 행정협력의 방법에 관한 의정서 제15조[일반요건] 1. 대한민국을 원산지로 하는 제품이 유럽연합 당사자로 수입될 때, 그리고 유럽연합당사자를 원산지로 하는 제품이 대한민국으로 수입될 때, 이후 “원산지신고서”라 지칭되는 신고서에 근거하여 이 협정의 특혜관세대우의 혜택을 받는다. 원산지신고는 해당 제품이 확인될 수 있도록 충분히 상세하게 그 제품을 기술하는 송품장, 인도증서 또는 그 밖의 상업서류 상에 수출자에 의해 행해진다. 원산지 신고서의 문안은 부속서 3에 기술되어 있다. 제16조[원산지신고서 작성 조건] 1. 이 의정서의 제15조 제1항에 언급된 원산지신고서는 다음에 의해 작성될 수 있다.

• 가. 제17조의 의미상 인증수출자
• 나. 전체가격이 6,000유로를 초과하지 아니하는 원산지 제품을 포함하는 하나 이상의 포장으로 구성되는 탁송화물의 수출자 제17조[인증수출자] 1. 수출 당사자의 관세당국은 수출 당사자의 각 법과 규정의 적절한 조건에 따라 해당 제품의 가치와 관계없이 원산지 신고서를 작성하도록 이 협정에 따라 제품을 수출하는 수출자(이하 “인증수출자”라 한다)에게 인증할 수 있다. 그러한 인증을 구하는 수출자는 제품의 원산지 지위와 이 의정서의 그 밖의 요건을 충족을 검증하는데 필요한 모든 보증을 관세당국이 만족할 정도로 제공하여야 한다.

2. 관세당국은 그들이 적절하다고 간주하는 조건에 따라 인증수출자의 지위를 부여할 수 있다.

3. 관세당국은 원산지 신고서에 나타나는 세관인증번호를 인증수출자에게 부여한다.

4. 관세당국은 인증수출자에 의한 인증의 사용을 감독한다. 제19조[특혜관세대우 신청과 원산지 증명의 제출] 특혜관세대우 신청의 목적상, 원산지 증명은, 수입 당사자의 법과 규정에 의해 요구되는 경우, 수입 당사자의 관세당국에 제출된다. 해당 당국은 원산지 증명의 번역을 요구할 수 있고, 제품이 이 협정의 적용에 요구된 조건을 충족한다는 취지의 수입자의 진술서가 수입신고서에 수반되도록 요구할 수 있다. 제27조[원산지 증명의 검증] 1. 이 의정서의 적절한 적용을 보장하기 위하여, 양 당사자는 원산지 증명의 진성성 및 이 서류에 기재된 정보의 정확성을 확인하는 것을 관세당국을 통하여 서로 지원한다.

2. 원산지 증명의 사후 검증은 무작위로 또는 수입 당사자의 관세당국이 그 서류의 진정성, 해당 제품의 원산지 지위 또는 이 의정서의 다른 요건의 충족에 대하여 합리적인 의심을 갖는 경우 언제든지 수행된다. 주해에 대한 공동선언

9. 다음의 특정한 이유에 한해, 그 증명이 적용될 수 없다고 판단될 수 있기 때문에 특혜대우가 원산지증명의 검증없이 거절될 수 있다.

• 가. 제13조의 직접운송에 관한 요건이 충족되지 아니하였을 경우
• 나. 원산지 증명이 초기에 부정으로 수입되었던 상품에 대하여 그 이후 제시되었을 경우
• 다. 원산지 증명이 이 협정의 비당자사의 수출자에 의해 발행되었을 경우
• 라. 수입자가 수입 당사자의 법령에 명시된 기간 내에 수입 당사자의 관세당국에 원산지 증명을 제시하지 못하는 경우

(2) 자유무역협정의 이행을 위한 관세법의 특례에 관한 법률(2013.1.1. 법률 제11612호로 개정된 것) 제10조[협정관세의 적용신청 등] ① 협정관세를 적용받으려는 자(이하 “수입자”라 한다)는 수입신고의 수리 전까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 세관장에게 협정관세의 적용을 신청하여야 한다. 이 경우 수입자는 신청할 때에 원산지증빙서류를 갖추고 있어야 하며, 세관장이 요구하면 제출하여야 한다.

② 세관장은 수입자가 제1항 후단에 따라 요구받은 원산지증빙서류를 제출하지 아니하거나 수입자가 제출한 원산지증빙서류만으로 해당 물품의 원산지를 인정하기가 곤란한 경우에는 제16조에 따라 협정관세를 적용하지 아니할 수 있다. 제16조[협정관세의 적용제한] ① 협정에서 다르게 규정한 경우를 제외하고 세관장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 수입물품에 대하여 협정관세를 적용하지 아니할 수 있다. 이 경우 세관장은 관세법 제38조의3 제4항 및 제39조 제2항에 따라 납부하여야 할 세액 또는 납부하여야 할 세액과 납부한 세액의 차액을 부과ㆍ징수하여야 한다.

1. 정당한 사유 없이 수입자, 체약상대국의 수출자 또는 생산자(이하 이 조에서 “체약상대국수출자등”이라 한다)가 관세청장 또는 세관장이 요구한 자료를 제12조 제3항에 따른 기간 이내에 제출하지 아니하거나 거짓으로 또는 사실과 다르게 제출한 경우. 다만, 원산지증빙서류의 기재사항을 단순한 착오로 잘못 기재한 것으로서 원산지 결정에 실질적인 영향을 미치지 아니하는 경우는 제외한다.

2. 제13조 제1항에 따라 관세청장 또는 세관장이 체약상대국의 관세당국에 원산지의 확인을 요청한 사항에 대하여 체약상대국 관세당국이 기획재정부령으로 정한 기간 이내에 그 결과를 회신하지 아니한 경우 또는 세관장에게 신고한 원산지가 실제 원산지와 다른 것으로 확인되거나 회신 내용에 제9조에 따른 원산지의 정확성을 확인하는 데 필요한 정보가 포함되지 아니한 경우

3. 제13조 제2항에 따른 서면조사 또는 현지조사 결과 세관장에게 신고한 원산지가 실제 원산지와 다른 것으로 확인되거나 수입자 또는 체약상대국수출자등이 제출한 자료에 제9조에 따른 원산지의 정확성을 확인하는 데 필요한 정보가 포함되지 아니한 경우

4. 체약상대국수출자등이 제13조 제2항에 따른 관세청장 또는 세관장의 서면조사에 대하여 기획재정부령으로 정하는 기간 이내에 회신하지 아니한 경우 또는 제13조 제3항에 따른 관세청장 또는 세관장의 현지조사에 대한 동의 요청에 대하여 제13조 제5항에 따른 기간 이내에 동의 여부에 대한 통보를 하지 아니하거나 특별한 사유 없이 동의하지 아니하는 경우

5. 제13조 제2항에 따라 현지조사를 할 때 체약상대국수출자등이 정당한 사유 없이 원산지증빙서류의 확인에 필요한 장부 또는 관련 자료에 대한 세관공무원의 접근을 거부하거나 협정에서 정한 원산지증빙서류를 보관하지 아니한 경우

6. 제14조 제1항에 따른 사전심사를 신청한 수입자가 사전심사의 결과에 영향을 미칠 수 있는 자료를 고의로 제출하지 아니하였거나 거짓으로 제출한 경우 또는 사전심사서에 기재된 조건을 이행하지 아니한 경우

7. 그 밖에 관세청장 또는 세관장이 원산지의 정확성 여부를 확인할 수 없는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유에 해당되는 경우

(3) 관세법(2014.12.23. 법률 제12847호로 개정된 것) 제42조[가산세] ① 세관장은 제38조의3 제1항 또는 제4항에 따라 부족한 관세액을 징수할 때에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 가산세로 징수한다. 다만, 잠정가격신고를 기초로 납세신고를 하고 이에 해당하는 세액을 납부한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 전부 또는 일부를 징수하지 아니한다.

1. 해당 부족세액의 100분의 10

2. 다음의 계산식을 적용하여 계산한 금액 해당 부족세액 × 당초 납부기한의 다음 날부터 수정신고일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율

② 제1항에도 불구하고 납세자가 부당한 방법(납세자가 관세의 과세표준 또는 세액계산의 기초가 되는 사실의 전부 또는 일부를 은폐하거나 가장하는 것에 기초하여 관세의 과세표준 또는 세액의 신고의무를 위반하는 것으로서 대통령령으로 정하는 방법을 말한다)으로 과소신고한 경우에는 세관장은 해당 부족세액의 100분의 40에 상당하는 금액과 제1항 제2호의 금액을 합한 금액을 가산세로 징수한다.

(4) 관세법 시행령(2015.9.9. 대통령령 제26516호로 개정된 것) 제39조[가산세] ① 법 제42조 제1항 제2호의 계산식에서 “대통령령으로 정하는 이자율”이란 1일 1만분의 3의 율을 말한다.

② 법 제42조 제1항 각 호 외의 부분 단서에서 “잠정가격 신고를 기초로 납세신고를 하고 이에 해당하는 세액을 납부한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

5. 신고납부한 세액의 부족 등에 대하여 납세의무자에게 정당한 사유가 있는 경우

(5) 부가가치세법 제35조[수입세금계산서] ① 세관장은 수입되는 재화에 대하여 부가가치세를 징수할 때(제50조의2에 따라 부가가치세의 납부가 유예되는 때를 포함한다)에는 수입된 재화에 대한 세금계산서(이하 “수입세금계산서”라 한다)를 대통령령으로 정하는 바에 따라 수입하는 자에게 발급하여야 한다.

② 세관장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 수입하는 자에게 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정한 수입세금계산서(이하 “수정수입세금계산서”라 한다)를 발급하여야 한다.

• 다. 수입자의 착오 또는 경미한 과실로 확인되거나 수입자가 자신의 귀책사유가 없음을 증명하는 등 대통령령으로 정하는 경우

(6) 부가가치세법 시행령 제72조[수입세금계산서] ① 법 제35조 제1항에 따른 수입세금계산서는 법 제32조 제1항에 따른 세금계산서 발급에 관한 규정을 준용하여 발급한다. 이 경우 법 제50조의2 제1항에 따라 부가가치세 납부가 유예되는 때에는 수입세금계산서에 부가가치세 납부유예 표시를 하여 발급한다.

④ 법 제35조 제2항 제2호 다목에서 “수입자의 착오 또는 경미한 과실로 확인되거나 수입자가 자신의 귀책사유가 없음을 증명하는 등 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 관세법 제9조 제2항에 따라 수입신고가 수리되기 전에 수입자가 세액을 납부한 경우로서 같은 항에 따른 수입신고가 수리되기 전에 해당 세액에 대하여 수입자가 수정신고하거나 세관장이 경정하는 경우

2. 수입자의 귀책사유 없이 관세법 등에 따른 원산지증명서 등 원산지를 확인하기 위하여 필요한 서류가 사실과 다르게 작성ㆍ제출되었음이 확인된 경우

3. 자유무역협정의 이행을 위한 관세법의 특례에 관한 법률 제36조 제2항에 따라 가산세의 전부를 징수하지 아니하는 경우

4. 관세법 제37조에 따른 사전심사에 따라 통보된 과세가격 결정방법을 적용하여 수입자가 수정신고하거나 세관장이 경정하는 경우

5. 관세법 제38조 제2항 단서에 따라 수입신고를 수리하기 전에 세액을 심사하는 물품에 대하여 감면대상 및 감면율을 잘못 적용한 경우

6. 제1호부터 제5호까지에서 규정한 사항 외에 수입자의 착오 또는 경미한 과실로 확인되거나 수입자가 자신의 귀책사유가 없음을 증명하는 경우

(7) 수정수입세금계산서 발급에 관한 운영지침 제14조[협정관세 분야] ① 수입물품에 적용한 협정관세가 배제되는 경우로서 제4조 제2항에 따라 세관장이 수정수입세금계산서를 발급하는 경우에는 다음 각 호의 경우가 포함된다.

1. 영 제72조 제4항 제2호에 해당하는 경우로서 수입자의 귀책사유 없이 관세법등에 따른 원산지증명서 등 원산지를 확인하기 위하여 필요한 서류가 사실과 다르게 작성․제출되었음이 확인된 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

• 가. 협정 또는 관련법령에 따라 수입자가 체약상대국의 수출자 등으로부터 제출된 원산지증빙서류를 갖추고, 제출된 사실과 일치하게 협정관세를 적용받았음을 수입자가 증명하는 경우
• 나. 원산지증명서 발급자(수출자 또는 생산자)의 파산․폐업 등 불가피한 사유로 원산지 관련 자료 입수․제출이 불가능한 경우

2. 영 제72조 제4항 제3호에 해당하는 경우로서 자유무역협정의 이행을 위한 관세법의 특례에 관한 법률 제36조 제2항에 따라 가산세의 전부를 징수하지 않는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

• 가. FTA 체약상대국의 관세당국에 원산지 확인을 요청한 사항에 대하여 상대국 관세당국이 기간내 미회신한 경우
• 나. 체약상대국의 수출자 또는 생산자가 세관장 등의 요구자료를 기한내 미제출 또는 거짓 제출한 경우 등 수입자에게 정당한 사유가 있는 경우

3. 수출국 기관 또는 수출자 등이 발행한 원산지증명서 상의 원산지와 원산지 조사에 따른 원산지가 상이한 경우로서 다음 각 목의 요건을 모두 충족하는 경우

• 가. 수입자가 원산지증명서 상의 원산지확인을 위해 통상의 주의의무를 다한 경우
• 나. 원산지 판단에 근거가 되는 자료 또는 정보의 부실 제공 등의 행위에 해당하지 않는 경우

② 세관장은 제1항과 관련하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 단순착오 등을 제외하고 수정수입세금계산서를 발급하지 아니한다.

1. 수입자가 협정 또는 법령에 위반하는 원산지증빙서류를 작성․발급하여 협정관세를 적용받은 경우

2. 협정 또는 법령에서 정한 운송원칙을 위반하여 협정관세를 적용받은 경우

3. 협정 또는 법령에서 정한 중대한 요건을 위반한 원산지증명서로 협정관세를 적용받은 경우(다만, 수입자가 협정관세 적용신청을 하기 전에 수출자에게 요건을 확인한 경우에는 제외) (중대한 요건 위반의 예시) 원산지증명서의 유효기한 경과, 무자격 발급권자(비당사국 수출자 등), 서명․인장 누락, 서식 상이

4. 협정관세 적용 신청 시 원산지증명서를 갖추지 아니하고 협정관세를 적용받은 것으로 확인된 경우