종교용 부동산으로 취득한 쟁점토지가 매매계약서 특약사항에 따라 합의해제로 인하여 소유권이전등기가 말소된 것에 대하여 매매계약의 무효로 보아 소급하여 취득하지 아니한 것으로 볼 수 있는지와 이를 해당 용도로 직접 사용하지 못한 정당한 사유라 할 수 있는지 여부

[참조결정] 조심2013지0073

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구인은 2016.5.17. OOO임야3,528㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 매매로 취득하고, 지방세특례제한법 제50조 제1항에 따라 종교단체가 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 하여 취득세 등을 면제받았다.
• 나. 처분청은 쟁점토지가 2016.10.17. 합의해제를 등기원인으로 하여 소유권이전등기말소된 사실을 확인하고, 2017.8.23. 청구인에게 기 감면한 취득세 OOO농어촌특별세 OOO지방교육세 OOO합계 OOO(가산세 포함)을 부과·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2017.10.19. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장 청구인은 쟁점토지를 교회용으로 사용하는데 인·허가는 지장이 없는지, 주변 민원제기 가능성 등에 대하여 처분청 담당자 등과 협의하였고, 교회로 신축허가가 가능하다는 답변을 듣고 쟁점토지를 구입하였으며, 교회 진입로를 확보하기 위해 처분청에 도로지정변경허가신청서 및 개발행위허가신청서 등을 접수하였으나, 쟁점토지와 인접하여 연립주택이 신축될 예정이고, 인접토지인 OOO묘원에 대한 토지사용승낙 역시 종중의 반대로 결국 허가가 불가능하다는 입장을 밝혀 쟁점토지를 교회부지로 사용하기는 불가능하였다. 청구인은 쟁점토지 매매계약서 특약사항에 따라 쟁점토지의 매매계약이 무효가 되었음을 이유로 쟁점토지 대신 같은 동 OOO등 4필지 3,372㎡를 매매하기로 하는 부동산 매매계약을 체결하고 2016.10.17. 쟁점토지에 대한 소유권이전등기 말소등기절차를 마쳤는바, 쟁점토지에 대한 매매계약은 그 특약에 따라 무효로 되었다 할 것이므로 이로 인해 발생한 그 세무상 효과도 소급해서 발생하지 아니한 것으로 되어야 할 것이며, 지방세특례제한법 제50조의 유예기간이 끝나기 전인 2016.10.17. 소유권이전등기가 말소되어 청구인이 쟁점토지를 소유하고 있지 아니한 점 등을 고려하면 취득세 과세대상이 되는 쟁점토지를 취득하였다고 볼 수 없다 할 것이므로 처분청의 취득세 등의 부과는 처음부터 무효인 법률효과로 인해 그 발생사실이 없는 행위에 대한 처분으로 위법하다. 설령, 쟁점토지에 대한 계약 무효로 인한 효과가 2016.5.17. 발생한 취득세 납세의무까지 무효로 하지 못한다 하더라도 지방세특례제한법제50조 제1항 단서 규정상 정당한 사유가 있는 경우에 해당하므로 이 건 부과처분은 위법하다. 대법원(2002.9.4. 선고 2001두229 판결)은 정당한 사유라 함은 법령에 의한 금지·제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유 업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 중과의 입법 취지를 충분히 고려하면서 당해법인이 영리법인인지 아니면 비영리법인인지 여부, 토지의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령·사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해법인이 토지를 고유 업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지의 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 한다고 판시하고 있다. 위 판례의 취지에 따라 보더라도 청구인이 쟁점토지를 취득할 당시 관할관청과의 지속적인 협의를 통해 자연녹지에 해당하여 종교시설을 건축할 수 있다는 점으로만 알고 있었으므로 결국 3년 이내에 그 사업 내지 고유 업무에 직접 사용할 수 없는 법령상의 장애사유가 있음을 알 수 없었던 상황 하에서 취득하였으며, 도로진입로 개설을 위한 도로지정변경허가상 인접토지 소유자의 토지사용승락 등이 필요하다는 내용 등의 사유가 드러나자 변경허가를 받기 위하여 인접토지 소유자와 협의하는 등 쟁점토지 사용에 필요한 장애사유를 해소하고 청구인이 쟁점토지를 고유 업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였음에도 불구하고 그 예측하지 못한 사유로 인해 쟁점토지를 사업에 사용하지 못하게 된 사정이 있었던바, 이는 결국 쟁점토지를 그 업무에 직접 사용하지 못한 데 대한 정당한 사유라 하겠으므로 이 건 부과처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 부동산 취득세는 부동산의 취득행위를 과세객체로 하여 부과되는 것으로, 그에 대한 조세채권은 그 취득행위라는 과세요건사실이 존재함으로써 당연히 발생하며, 일단 적법하게 취득한 다음에는 그 후 계약을 해제하고 그 재산을 반환하는 경우에도 이미 성립된 조세채권의 행사에 영향을 줄 수 없다고 할 것(대법원 2013.3.14. 선고 2012두26388 판결, 같은 뜻임)인바, 청구인이 2016.5.17. 쟁점토지를 취득하고 종교용 부동산으로 취득세 등을 감면받은 후 2016.10.17. 합의해제를 원인으로 소유권이전등기말소된 사실이 확인되고, 청구인이 개발행위허가(산지전용허가)를 신청하기 위하여 인접토지OOO의 사용승낙을 받고자 하였으나 이를 받지 못하여 쟁점토지의 계약상 특약사항에 따라 부동산매매계약이 합의해제 되었다고 하더라도 쟁점토지 취득으로 인하여 이미 성립한 취득세 납세의무에는 아무런 영향이 없다고 할 것(조심2013지0073, 2013.3.11. 등 참조)이므로 지방세특례제한법 제50조 단서 조항에 따라 취득세 추징대상에 해당된다고 할 것이다. 또한, 종교 사업을 목적으로 하는 비영리사업자가 종교 사업에 사용하기 위하여 취득한 부동산을 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우라 하더라도 그 용도에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있을 때에는 취득세 등을 부과하지 아니한다 할 것이나, 토지를 취득할 때 이미 유예기간 안에 고유 업무에 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애 사유를 알고 있었고, 취득 후에 당해 토지를 고유 업무에 사용하지 못한 것도 동일한 사유 때문이라면 취득 전에 존재한 외부적 사유가 충분히 해소 가능한 것이고 실제 그 해소를 위하여 노력하여 이를 해소하였는데도 예측하지 못한 전혀 다른 사유로 고유 업무에 사용하지 못하였다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 외부적 사유는 당해 토지를 고유 업무에 사용치 못한 정당한 사유가 될 수 없다(대법원 2011두27223, 2012.02.23. 선고, 같은 취지)할 것인바, 청구인은 2016.5.17. 쟁점토지를 취득하고, 2016.8.31. 처분청에 건축허가를 신청하였으나, 2016.9.26. 처분청에서 우수처리계획 재검토, 인접허가지의 계획도로 준공시기와 신청지 건축공사 간의 세부계획 등을 제출하라고 보완요구를 하자 2016.10.10. 청구인 스스로 건축허가 취하원을 제출한 점, 청구인이 쟁점토지상에 건축물을 건축하기 위해서는 진입로가 필요하다는 것은 쟁점토지 취득 전에 알고 있었거나 조금만 주의를 기울이면 알 수 있었던 것으로 보이는 점, 쟁점토지에 연접한 같은 동 산 OOO토지OOO상에는 여러 기의 분묘가 있어 청구인이 분묘가 있는 연접토지상에 진입로를 건설할 수 있도록 종중의 동의를 받는 것은 극히 어려울 거라는 것은 쉽게 예측이 가능한 점, 쟁점토지의 매매계약서에 특약사항으로 ‘건축허가 불가시에는 이 계약은 무효로 한다’는 특약사항을 포함한 것은 매매계약 당시부터 쟁점토지상에 건축허가를 받지 못할 수도 있다는 것을 청구인과 매도인이 인지하고 있었던 것으로 보이는 점, 그 밖에 달리 청구인이 예측하지 못한 전혀 다른 사정으로 쟁점토지를 종교 사업에 직접 사용하지 못한 특별한 사정이 있어 보이지 않는 점 등에 비추어 쟁점토지를 고유 업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 보기는 어렵다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 종교용 부동산으로 취득한 쟁점토지가 매매계약서 특약사항에 따라 합의해제로 인하여 소유권이전등기가 말소된 것에 대하여 매매계약의 무효로 보아 소급하여 취득하지 아니한 것으로 볼 수 있는지와 이를 해당 용도로 직접 사용하지 못한 정당한 사유라 할 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 지방세특례제한법(2015.12.29. 법률 제13637호로 일부 개정된 것) 제2조 [정의] ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

8. "직접 사용"이란 부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다. 제50조[종교단체 또는 향교에 대한 면제] ① 종교단체 또는 향교가 종교행위 또는 제사를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다.

1. 해당 부동산을 취득한 날부터 5년 이내에 수익사업에 사용하는 경우

2. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

3. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

(2) 지방세법(2014.12.31. 법률 제12954호로 일부 개정된 것) 제7조[납세의무자 등] ① 취득세는 부동산, 차량, 기계장비, 항공기, 선박, 입목, 광업권, 어업권, 골프회원권, 승마회원권, 콘도미니엄 회원권, 종합체육시설 이용회원권 또는 요트회원권(이하 이 장에서 "부동산등"이라 한다)을 취득한 자에게 부과한다.

② 부동산등의 취득은 민법, 자동차관리법, 건설기계관리법, 항공법, 선박법, 입목에 관한 법률, 광업법 또는 수산업법 등 관계 법령에 따른 등기·등록 등을 하지 아니한 경우라도 사실상 취득하면 각각 취득한 것으로 보고 해당 취득물건의 소유자 또는 양수인을 각각 취득자로 한다. 다만, 차량, 기계장비, 항공기 및 주문을 받아 건조하는 선박은 승계취득인 경우에만 해당한다. 제10조[과세표준] ⑤ 다음 각 호의 취득(증여·기부, 그 밖의 무상취득 및 소득세법 제101조 제1항 또는 법인세법 제52조 제1항에 따른 거래로 인한 취득은 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항 후단에도 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액을 과세표준으로 한다.

1. 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합으로부터의 취득

2. 외국으로부터의 수입에 의한 취득

3. 판결문·법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 취득

4. 공매방법에 의한 취득

5. 공인중개사의 업무 및 부동산 거래신고에 관한 법률 제27조에 따른 신고서를 제출하여 같은 법 제28조에 따라 검증이 이루어진 취득

(3) 지방세법 시행령(2016.4.26. 대통령령 제27102호로 개정된 것) 제20조[취득의 시기 등] ② 유상승계취득의 경우에는 다음 각 호에서 정하는 날에 취득한 것으로 본다.

1. 법 제10조 제5항 제1호부터 제4호까지의 규정 중 어느 하나에 해당하는 유상승계취득의 경우에는 그 사실상의 잔금지급일

2. 제1호에 해당하지 아니하는 유상승계취득의 경우에는 그 계약상의 잔금지급일(계약상 잔금지급일이 명시되지 아니한 경우에는 계약일부터 60일이 경과한 날을 말한다). 다만, 해당 취득물건을 등기ㆍ등록하지 아니하고 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 서류에 의하여 취득일부터 60일 이내에 계약이 해제된 사실이 입증되는 경우에는 취득한 것으로 보지 아니한다.

• 가. 화해조서ㆍ인낙조서
• 나. 취득일부터 60일 이내에 작성된 공정증서 또는 부동산 거래신고에 관한 법률 제3조에 따라 시장ㆍ군수ㆍ구청장이 교부한 거래계약 해제를 확인할 수 있는 서류 등
• 다. 취득일부터 60일 이내에 제출된 행정자치부령으로 정하는 계약해제신고서
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다. (가) 청구인이 2015.8.10. 주식회사 OOO(이하 OOO라 한다)와 체결한 부동산매매계약서상의 주요 내용은 아래와 같다. (나) 청구인은 2016.5.17. 쟁점토지를 소유권이전등기하고 지방세특례제한법제50조 제1항 규정에 따라 종교단체가 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 취득세 등을 감면 신청하였고, 처분청은 2016.5.30. 청구인에게 지방세 감면결정 통지(종교단체 및 향교)를 하였다. (다) 청구인은 2016.8.31. 쟁점토지상에 건축허가를 신청(개발행위 및 산지전용 허가 의제처리)하였고, 처분청(건축허가1과)은 2016.9.26. 아래와 같이 보완을 요청한 것으로 나타난다. ㅇ 보완사항

• 우수처리계획 재검토(수리계산 포함)

• 토지이용계획 또는 피해방지계획상에 측점 표시하고, 진출입부 초입에서 신청지 남측 주차장까지의 구배 확인 도면 제출

• 신청지는 인접허가지의 계획도로를 이용하여 진출입할 예정인바, 인접허가지의 계획도로 준공시기와 신청지 건축공사 간의 세부계획 제출(※ 계획도로 이용시 도로준공 이후 목적사업(개발행위) 준공이 가능함) (라) 청구인은 2016.10.10. 처분청(건축허가1과)에 위 건축허가 신청에 대하여 부지 변경으로 인해 현 부지에 대한 허가를 취하한다는 취하원을 제출하였고, 같은 날 처분청이 수리한 것으로 나타난다. (마) 청구인은 쟁점토지를 취득한 후 2016.10.17. 합의해제를 등기원인으로 하여 소유권이전등기를 말소한 사실이 등기사항전부증명서에 나타난다. (바) 청구인과 OOO는 2016.12.30. OOO를 입회인으로 하고, 2015.8.10. 체결한 쟁점토지에 대한 매매계약을 합의해제하고 OOO외 4필지(3,372㎡)를 매매대상 부동산으로 하여 부동산매매변경계약을 체결하였다. (사) 청구인이 매매계약변경사유로 제출한 ‘교회 건축위원회 회의록’ 및 ‘부동산매매변경계약서’의 주요 내용은 아래와 같다. (아) 처분청(건축허가1과)은 청구인이 쟁점토지의 취득을 합의해제하고 대체 취득한 OOO외 4필지의 개발행위(산지전용허가 의제)를 신청한 건에 대하여 국토의 계획 및 이용에 관한 법률제56조 규정에 의거 허가(허가기간: 2017.3. 허가일 ∼ 2019.2.28.)하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 부동산 취득세는 재화의 이전이라는 사실 자체를 포착하여 거기에 담세력을 인정하고 부과하는 유통세의 일종으로 재화를 사용·수익·처분함으로써 얻을 수 있는 이익을 포착하여 부과하는 것이 아니어서 취득자가 실질적으로 완전한 내용의 소유권을 취득하는지의 여부에 관계 없이 사실상의 취득행위 자체를 과세대상으로 하는 것이고, 부동산 매매계약을 체결하고 대금을 모두 지급하면 소유권이전등기를 마치지 아니하였더라도 취득세의 과세대상이 되는 사실상의 취득행위가 존재하게 되어 그에 대한 조세채권이 당연히 성립하고, 그 후 합의에 의하여 매매계약을 해제하고 그 부동산을 반환하였다 하더라도 이미 성립한 동 채권의 행사에 영향을 줄 수는 없다(대법원 2013.11.28. 선고 2011두27551 판결 등 참조) 할 것이다. 청구인은 쟁점토지를 취득하였으나 건축허가를 받지 못하여 매매계약서 특약사항에 따라 소급하여 무효가 되거나 해당 용도로 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 주장하나, 청구인이 쟁점토지를 취득하고 2016.5.17. 소유권이전등기를 완료하여 그에 따른 취득세 납세의무가 성립한 이상 그 후 합의에 의하여 2016.10.17. 매매계약을 해제하고 부동산매매변경계약서를 작성하였다 하더라도 종전 계약에 따라 취득한 행위로 인하여 성립한 취득세 납세의무까지 무효가 된다고 보기는 어렵다 할 것이며, 한편 위 특약사항에 ‘잔금은 특약내용이 충족된 후 매도인에게 소유권이전과 동시에 지급한다’고 기재되어 있고 소유권이전등기를 한 점, 특약사항으로 보아 청구인은 쟁점토지 매매계약시 진입도로 연결 및 사용승락을 받아야 한다는 사실을 인지한 것으로 보이는 점, 처분청이 청구인의 건축허가 신청에 대하여 2016.9.26. 보완요구를 하자 2016.10.10. 취하원을 제출한 것은 정상적인 노력을 다하였음에도 허가가 불허된 것이 아니라 건축허가가 어려울 것이라는 스스로의 판단 때문으로 보이는 점 등에 비추어 청구인이 쟁점토지의 취득일부터 3년 이내에 해당 용도로 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 보기도 어렵다 하겠다. 따라서 처분청이 쟁점토지의 취득에 대하여 지방세특례제한법 제178조에 따라 취득세 등을 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제96조 제4항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.