[요지] 지방세특례제한법(2011.12.31. 법률 제11138호로 개정된 것) 제58조의2 제1항 청구법인이 지방세특례제한법이 개정되어 지식산업센터용 부동산에 대한 취득세 감면율이 75%로 축소된 이후인 2012.10.5. 지식산업센터 시설용인 쟁점건물을 취득하였다 하더라도 인천광역시세 부과, 징수 및 감면조례(2012.2.27. 조례 제5074호로 개정된 것) 부칙 제4조의 일반적 경과조치 규정에 따라 취득세를 면제하는 것이 타당하므로 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이라고 판단됨
[주 문] OOO구청장이 2017.7.24. 청구법인에게 한 취득세 등의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 이 건 거부처분은 신뢰보호원칙에도 위반된다. 조세법률관계에서 신뢰보호원칙이 적용되기 위해서는 ① 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하고, ② 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없으며, ③ 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하고, ④ 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되어야 하는 위 요건을 모두 충족하여야 하고 위 원칙에 위배되는 처분은 위법하다 할 것이다. 이 건의 경우 ① OOO는 지식산업센터를 신축, 취득하는 경우 취득세를 면제하는 규정이 포함된 OOO광역시세 감면조례(1995.11.13. 조례 제2994호로 개정된 것)를 시행한 이후 OOO광역시세 부과, 징수 및 감면 조례(2011.12.19. 조례 제5032호로 개정된 것)상의 해당 규정이 폐지될 때까지 유지되었는바, 이는 지식산업센터의 설립자가 그 목적에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여 취득세를 면제한다는 과세관청의 공적인 견해표명이라 할 것이고, ② 청구법인과 위탁자인 OOO주식회사(이하 “OOO”라 한다)는 위 조례를 귀책사유 없이 신뢰하였으며, ③ OOO는 취득 부동산에 대하여 취득세를 면제한다는 조례 내용을 신뢰하고 그에 따른 재무계획을 기반으로 하여 지방세특례한법 제58조의2가 시행된 2012.1.1. 이전인 2010.7.6. OOO광역시경제자유구역청장으로부터 쟁점건물의 대지인 OOO 토지를 매수하는 행위, 2010.8.4. 허가권자로부터 쟁점건물의 신설승인을 받는 행위, 2010.9.9. 건축허가를 받는 행위, 2010.11.3. 그 무렵 분양공고를 한 행위, 2010.12.21. 청구법인과 쟁점건물 및 부속토지에 관한 관리형 토지신탁계약을 체결한 행위, 2011.1.6. 청구법인으로 건축주 변경신고를 한 행위, 2011.2.16. 지식산업센터 신설 변경 승인을 받은 행위를 하였으나, ④ 처분청은 2017.7.24. 청구법인의 경정청구를 거부하여 그 이익을 침해하였으므로 이는 신뢰보호원칙에 반한다. 더욱이 지식산업센터의 설립자가 그 목적에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여 취득세를 면제한다는 감면조례는 1995.11.13.부터 시행되어 오다가 OOO광역시세 부과, 징수 및 감면 조례제90조 제1항이 2010.2.27. 조례 제5074호로 개정되면서 폐지되었는데, 그 부칙 제4조에서 ‘이 조례 시행 당시 종전의 규정에 따라 감면하였거나 부과 또는 감면하여야할 시세에 대하여는 종전의 규정에 따른다’고 규정하였고, 위 부칙 규정은 종전 조례에 의하면 취득세 면제대상이 되어야 할 부동산이 조례의 개정으로 그 대상에서 제외된 경우에는 납세자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 납세자에게 유리한 종전 조례를 적용한다는 특례규정이라 할 것이므로 위 부칙 규정에 의하더라도 쟁점건물에 대하여 종전 규정을 적용하여 취득세를 면제하여야 한다.
(2) 이 건 부칙조항의 ‘이 법 시행 전에 분양한 부동산’은 ‘이 법 시행 전에 분양공고한 부동산’으로 해석하여야 한다. 분양공고는 지식산업센터의 설립자가 독자적으로 할 수 있으나, 분양계약의 체결은 지식산업센터 설립자의 의지와는 무관하게 수분양자가 계약에 응하여야 가능한데, 만약 ‘이 법 시행 전에 분양한 부동산’을 ‘이 법 시행 전에 분양계약을 체결한 부동산’으로 제한적으로 해석할 경우 지식산업센터 설립자의 의지와는 무관하게 분양계약 체결의 지연 사유만으로 당초 개정 전 법령을 신뢰한 자에 대한 신의를 저버리게 되고 지식산업센터의 설립 승인, 착공, 분양공고 등의 동일한 원인행위를 한 사업시행자들 간에 분양계약 체결의 유무에 따른 불공평을 초래하게 되며, 기존 법령을 신뢰한 자를 보호하기 위한 이 건 부칙조항의 취지에도 반한다.
(1) 납세의무의 성립시기를 전후하여 조세법령이 개정된 경우에 개정 전후의 규정 중에서 납세의무가 성립한 당시에 시행되는 규정을 적용하여야 함은 법률불소급의 원칙상 당연하다고 할 것이나, 조세법령이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에 있어서 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 특별히 경과규정을 두어 납세의무자에게 유리한 종전규정을 적용하도록 하고 있는 경우에는 마땅히 종전규정을 적용하여야 할 것OOO인바, 이 건 건물의 경우 해당 감면규정인 지방세특례제한법 제58조의2 및 이 건 부칙조항에서 감면율 축소에 따른 경과조치로서 이 법 시행 전에 분양한 부동산에 대하여는 제58조의2의 개정규정에도 불구하고(종전과 동일하게) 취득세를 면제한다고 규정하였으므로, 이 건 건물 중 분양계약 체결일이 2012.1.1. 전이어야 기득권 내지 신뢰보호의 대상이 되는 것이나, 쟁점건물은 2012.1.2. 이후 분양계약을 체결한 경우에 해당하므로 이에 대한 감면여부는 청구법인의 납세의무 성립시기(2012.10.5.)를 기준으로 판단하여야 한다. 조세법률관계에서 신뢰보호의 원칙 또는 비과세 관행 존중의 원칙은 합법성의 원칙을 희생하더라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용되는 예외적인 법 원칙인 것OOO인바, 지방세특례제한법 제58조의2를 신설한 입법취지는 종전부터 지방세를 감면받아 오던 지식산업센터에 대하여 지방재정 건전성 강화 차원에서 그 감면규모를 축소하기 위한 것으로 보이고OOO, 납세자의 부담을 감안하여 감면율을 75%로 조정한 점, 이 건 부칙조항에 경과규정을 두어 2012.1.1. 전에 분양한 부동산은 종전과 동일하게 취득세를 면제한 점 등에 비추어 2012.1.2. 이후에 분양계약을 체결한 부동산에 대하여 취득세를 면제하지 않고 75% 감면을 적용한 것은 신뢰보호의 원칙을 위반했다고 보기 어렵다.
(2) 지방세특례제한법 제58조의2에서 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제28조의2에 따라 지식산업센터의 설립승인을 받은 자가 지식산업센터를 신축하거나 증축하여 시설용으로 직접 사용하거나 분양 또는 임대하기 위하여 취득하는 부동산과 신축 또는 증축한 지식산업센터에 대해서는 취득세의 100분의 75를 경감한다고 규정하고 있고, 이 건 부칙조항에서는 지식산업센터의 설립승인을 받은 자가 지식산업센터를 분양 또는 임대하는 경우로서 이 법 시행 전에 분양한 부동산에 대하여는 지방세특례제한법 제58조의2의 개정규정에도 불구하고 취득세를 면제한다고 규정하고 있으므로 개정된 지방세특례제한법시행일인 2012.1.1. 현재를 기준으로 감면적용 특례를 적용하여야 할 것이다. 행정안전부가 각 시도에 시달OOO한 ‘2012년 시행 지방세법령 적용요령’에서 이 건 부칙조항과 관련하여 ‘분양한’이란 ‘분양계약한’으로 해석하여 2011년도에 분양계약이 완료된 경우에 한정하여 종전규정에 따라 면제하도록 하였고, 법제처에서는 지방세특례제한법부칙 제8조(지방공사에 대한 감면 적용특례)에서 이 법 시행 당시 주택사업 또는 토지개발사업을 목적으로 하는 지방공사가 이 법 시행 전에 분양한 부동산에 대한 지방공사의 취득세 감면과 관련하여 ‘분양한’이란 ‘분양공고를 한’이 아닌 ‘분양계약을 체결한’으로 해석OOO하였으므로 이 건 부칙조항의 “분양한”을 “분양계약을 체결한”으로 해석하는 것이 타당하다.
3. 심리 및 판단
① 지식산업센터 설립의 인허가를 받아 착공 후 관련 감면규정이 납세자에게 불리하게 개정된 경우 종전 감면규정에 따라 취득세를 면제할 수 있는지 여부
② 2011.12.31. 법률 제11138호로 개정된 지방세특례제한법부칙 제6조에서 규정하고 있는 “분양한”은 “분양계약한”이 아닌 “분양공고한”을 의미한다는 청구주장의 당부
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실들이 확인된다. (가) 청구법인은 2011.1.6. 및 2011.2.16. OOO로부터 이 건 건물의 건축주의 지위 및 지식산업센터 설립자의 지위를 승계받았는바, OOO가 지식산업센터용 건축물(아파트형 공장) 설립 등을 위한 경위 등은 다음과 같다.
1. OOO는 2010.7.6. OOO광역시경제자유구역청장과 2009.11.5. 체결한 OOO조성사업 기본협약에 따라 OOO 외 1필지 105,303㎡를 2012.10.15.까지 취득하는 매매계약을 체결하였다.
2. OOO는 OOO광역시경제자유구역청장으로부터 2010.8.4. 아래와 같이 지식산업센터(아파트형 공장) 신설 승인을 받고 2010.9.9. 건축허가를 받은 후, 2010.10.28. 착공신고필증을 교부받았으며, 2010.11.3. 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제28조의4 및 같은 법 시행규칙 제26조에 따라 지식산업센터 입주자 모집공고를 승인(도시관리과-9869)받았다. OOO
3. OOO(위탁자)는 2010.12.21. 청구법인(수탁자)과 이 건 건물과 그 부속토지를 신탁재산으로 하는 관리형 토지신탁계약을 체결하고, 2011.1.6. 및 2011.2.16. 이 건 건물의 건축주의 지위 및 지식산업센터 설립자의 지위가 OOO에서 청구법인으로 변경(승인)되었다. (나) 착공신고필증 및 사용승인서에 의하면 이 건 건물은 2010.10.28. 착공되어 2012.10.5. OOO광역시경제자유구역청장으로부터 사용승인을 받은 것으로 확인된다. (다) 청구법인은 2012.10.5. 이 건 건물(면적: 291,184㎡, 주용도: 공장)을 신축하여 취득한 후 처분청에 취득세 등을 신고하면서 지방세특례제한법제58조의2 및 이 건 부칙조항에 따라 이 건 건물(291,184㎡) 중 2011.12.31. 이전에 분양계약을 체결한 부분은 취득세 등을 면제받고, 2012.1.1. 이후 분양계약을 체결한 쟁점건물은 75%를 감면받았으며, 나머지 지원시설은 일반세율로 신고․납부하였다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저 쟁점①에 대하여 살펴본다. (가) 지식산업센터의 설립자가 지식산업센터를 신축하여 그 목적에 사용하기 위하여 취득하는 부동산 등에 대하여 취득세를 면제하도록 규정한 OOO광역시세 부과, 징수 및 감면 조례제90조가 2012.2.27. 조례 제5074호로 삭제되면서, 그 부칙에서 이 조례는 2012.1.1.부터 시행하되, 이 조례 시행 당시 종전의 규정에 따라 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 시세에 대하여는 종전의 규정에 따른다고 규정하였으며, 해당 지식산업센터 등에 대한 취득세 감면규정은 지방세특례제한법(2011.12.31. 법률 제11138호로 개정된 것)의 개정으로 감면율을 축소하여 신설되었다. (나) 조세법령이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에 개정된 법령의 부칙에서 ‘이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하여야 할 조세에 대하여는 종전의 예에 의한다’는 취지의 규정을 두고 있다면 이는 납세의무자의 기득권이나 신뢰를 보호하기 위한 것이므로, 여기서 ‘종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하여야 할 조세’에 해당하여 개정 전 법령이 적용되기 위하여는 개정 전 법령의 시행 당시 과세요건이 모두 충족되어 납세의무가 성립하였거나, 비록 과세요건이 모두 충족되지는 않았더라도 납세의무자가 개정 전 법령에 의한 조세 감면 등을 신뢰하여 개정 전 법령의 시행 당시에 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 원인행위로 나아감으로써 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하는 등 그 신뢰를 마땅히 보호하여야 할 정도에 이른 경우여야 하고, 이러한 정도에 이르지 않은 경우에는 개정 전 법령이 아니라 납세의무 성립 당시의 법령이 적용된다고 할 것OOO이다. (다) 이 건의 경우, 지식산업센터 등에 대한 취득세 면제규정은 1995.11.13. OOO광역시세 감면조례에 규정된 후 2012.2.27. OOO광역시세 부과, 징수 및 감면 조례제90조가 삭제되기 전까지 조례명과 조항만 몇 차례 변경되었을 뿐 그 내용은 15년 이상 동일하게 유지되어 온 점, 동 감면규정이 감면조례에서 삭제되면서 지식산업센터 설립자에게 불리하게 개정되었는데, 부칙조항에서 지식산업센터 설립자의 신뢰보호를 위하여 종전 감면규정에 따라 감면하여야 할 취득세에 대하여는 종전의 규정에 따르도록 정하고 있으므로, 삭제 전 감면조례 시행 당시 지식산업센터 설립자가 부동산의 취득과 밀접하게 관련된 원인행위가 이루어진 경우에는 그 원인행위 당시의 감면조례를 적용하는 것이 타당한 점, OOO와 청구법인은 삭제된 감면조례를 신뢰하여 해당 조항을 근거로 지식산업센터 설립을 추진한 것으로 보이는 점, 실제로 OOO는 해당 감면조례 제90조가 삭제(2012.2.27.)되기 전인 2010.7.6.부터 2010.10.28.까지 이 건 건물의 부지인 토지를 취득하는 매매계약 체결, 지식산업센터 설립승인, 건축허가 및 착공을 거쳐 2010.11.3. 입주자 모집공고를 한 점, 2010.12.21. 지식산업센터의 설립을 효율적으로 진행하기 위하여 청구법인과 관리형토지신탁계약을 체결하였으며, 그 권리와 의무를 승계 받은 청구법인은 이후에도 분양 등의 사업을 지속적으로 추진하는 등 이 건 건물 취득과 밀접하게 관련된 직접적인 행위로 나아간 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구법인이 지방세특례제한법이 개정되어 지식산업센터용 부동산에 대한 취득세 감면율이 75%로 축소된 이후인 2012.10.5. 지식산업센터 시설용인 쟁점건물을 취득하였다 하더라도 OOO광역시세 부과, 징수 및 감면 조례(2012.2.27. 조례 제5074호로 개정된 것) 부칙 제4조의 일반적 경과조치 규정에 따라 취득세를 면제하는 것이 타당하므로 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이라고 판단된다.
(3) 쟁점①이 인용되어 쟁점②는 별도로 심리할 실익이 없으므로 생략한다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법 제96조 제4항, 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법률
(1) 지방세특례제한법(2011.12.31. 법률 제11138호로 일부개정된 것) 제58조의2(지식산업센터 등에 대한 감면) ① 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제28조의2에 따라 지식산업센터의 설립승인을 받은 자에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 2013년 12월 31일까지 지방세를 경감한다.
1. 지식산업센터를 신축하거나 증축하여 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제28조의5 제1항 제1호 및 제2호에 따른 시설용(이하 이 조에서 "사업시설용"이라 한다)으로 직접 사용하거나 분양 또는 임대하기 위하여 취득하는 부동산과 신축 또는 증축한 지식산업센터에 대해서는 취득세의 100분의 75를 경감한다. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다.
(2) OOO광역시세 부과, 징수 및 감면 조례(2012.2.27. 조례 제5074호로 개정된 것) 제90조(지식산업센터 등에 대한 감면) ＜삭제＞ 부칙 제1조(시행일) 이 조례는 2012년 1월 1일부터 시행한다. 제2조(적용기한) 이 조례 중 제85조부터 제100조의2까지는 2014년 12월 31일까지 적용한다. 다만,지방세기본법,지방세법,지방세특례제한법 또는 이 조례에서 적용기한을 특별히 정한 경우에는 그 적용기한을 적용한다. 제3조(일반적 적용례) 이 조례는 이 조례 시행 이후 최초로 납세의무가 성립하는 경우부터 적용한다. 제4조(일반적 경과조치) 이 조례 시행 당시 종전의 규정에 따라 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 시세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.
(3) OOO광역시세 부과, 징수 및 감면 조례(2012.1.16. 조례 제5057호로 개정된 것) 제90조(지식산업센터 등에 대한 감면) ① 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제2조 제13호에 따른 지식산업센터의 설립자가 그 목적에 사용하기 위하여 취득하는 부동산(이미 지식산업센터용으로 사용하던 부동산을 승계취득하는 경우에는 제외한다)에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만, 그 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유없이 건축공사에 착공하지 아니하거나 건축물의 사용승인서 교부일부터 5년 이내에 같은 법 제28조의5 제1항 제1호 및 제2호에 따른 사업이외의 용도로 분양·임대하거나 매각하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세를 추징한다. 부칙 제1조(시행일) 이 조례는 2012년 1월 1일부터 시행한다.
(4) OOO광역시세 부과, 징수 및 감면 조례(2011.1.10. 조례 제4880호로 제정된 것) 제90조(지식산업센터 등에 대한 감면) ① 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제2조 제13호에 따른 지식산업센터의 설립자가 그 목적에 사용하기 위하여 취득하는 부동산(이미 지식산업센터용으로 사용하던 부동산을 승계취득하는 경우에는 제외한다)에 대하여는 취득세를 면제한다.(단서 생략) 제1조(시행일) 이 조례는 2011년 1월 1일부터 시행한다. 제2조(유효기간) 이 조례 중 제85조부터 제100조까지는 2011년 12월 31일까지 그 효력을 가진다. 제3조(다른 조례의 폐지) OOO광역시세 조례 및 OOO광역시세 감면 조례는 이를 폐지한다. 제4조(일반적 적용례) 이 조례는 이 조례 시행 후 최초로 납세의무가 성립하는 지방세부터 적용한다. 제5조(일반적 경과조치) 이 조례 시행 당시 종전의 OOO광역시세 조례 및 OOO광역시세 감면 조례에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 시세에 대해서는 종전의 규정에 따른다. 제7조(다른 조례와의 관계) 이 조례 시행 당시 다른 조례에서 종전의 OOO광역시세 조례 및 OOO광역시세 감면 조례 또는 그 규정을 인용하고 있는 경우 이 조례 중 그에 해당하는 규정이 있는 때에는 종전의 규정에 갈음하여 이 조례 또는 이 조례의 해당 규정을 인용한 것으로 본다.
(5) 건축물의 분양에 관한 법률 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
2. "분양"이란 분양사업자가 건축하는 건축물의 전부 또는 일부를 2인 이상에게 판매하는 것을 말한다. (단서 생략)
3. "분양사업자"란 건축법 제2조 제1항 제12호의 건축주로서 건축물을 분양하는 자를 말한다.
4. "분양받은 자"란 제6조 제3항부터 제5항까지의 규정에 따라 분양사업자와 건축물의 분양계약을 체결한 자를 말한다.