청구법인이 쟁점토지를 취득일부터 1년이 경과할 때까지 영농에 직접 사용하지 않은 것으로 보아 취득세 등을 과세한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인(2014.5.21. 설립, 대표이사 OOO)은 2014.7.4. OOO답 4,423㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득하고 2015.12.24. 전으로 지목을 변경한 후지방세특례제한법제11조 제1항에 따라 농업법인이 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터 2년 이내에 취득하는 부동산으로 신고하여 취득세 등을 감면받았다.
• 나. 처분청은 OOO이 쟁점토지의 쌀소득등보전직접지불금(이하 “직불금”이라 한다)을 개인 명의로 수령하는 등 청구법인이 정당한 사유 없이 쟁점토지를 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 않았다고 보아 2017.5.8. 청구법인에게 취득세 OOO지방교육세 OOO농어촌특별세 OOO합계 OOO을 부과․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2017.6.14. 이의신청을 거쳐 2017.9.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 처분청은 직불금 수령과 묘목 및 비료 등의 구입을 대표이사 OOO개인 명의로 이루어진 것에 대하여 청구법인이 쟁점토지를 직접 영농에 사용하지 아니하고 청구법인 대표이사에게 임대한 것으로 간주하였으나, OOO의 직불금 수령은 농민으로서 법인의 직불금 등록 및 수령요건을 인지하지 못하여 잘못 수령한 것이고 이를 알고 관계기관에 반납하였으며, 비료․묘목 등의 구입은 청구법인의 영농을 위해 청구법인의 직원으로서 대표자 명의로 구입한 것으로 법인의 결산서에 모두 반영되었으므로 청구법인의 귀속으로 보아야 한다. 청구법인은 결산보고서를 소급하여 작성하였지만 법에 맞게 작성되고 세금신고를 하였으므로 법인의 행위로 보아야 하고, 세법 또는 지방세관계법을 해석·적용할 때에는 과세의 형평과 해당 조항의 목적에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 해야 하므로 이 건 과세처분은 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구법인이 쟁점토지를 영농에 직접 사용하였다고 주장하며 제출한 결산보고서 및 직불금 법인통장 계좌이체자료 등의 증빙서류는 처분청이 과세예고한 2017.2.3. 이후에 소급하여 작성한 자료로서 청구법인이 영농에 직접사용 하였다는 객관적인 증빙자료로 보기 어려운 점, 결산보고서에 영농에 따른 2014년 직불금 및 비용이 확인되지 않는 점, 대표이사 OOO명의로 묘목 및 비료 등을 구입한 점, 처분청이 개인 명의로 직불금을 수령하였다는 등의 이유로 이의신청을 기각 결정한 2017.7.20.이후인 2017년 9월경에 이르러 직불금 수령은 착오라고 하면서 이를 반납한 점, 법인과 개인은 권리와 의무의 주체가 명확히 구분되어 있는 점 등으로 볼 때, 묘목 및 비료 등 영농비용을 지급한 대표이사 OOO을 경작자로 보는 것이 마땅하다 할 것으로, 청구법인이 쟁점토지를 직접 사용하지 않는 것으로 보아 이 건 취득세 등을 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 청구법인이 쟁점토지를 취득일부터 1년이 경과할 때까지 영농에 직접 사용하지 않은 것으로 보아 취득세 등을 과세한 처분의 당부
• 나. 관련 법률 등: ＜별지＞ 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 따르면 다음의 사실이 나타난다. (가) 농업회사법인인 청구법인은 2014.5.21. 소재지를 OOO을 대표이사로 하여 설립되었으며, 2014.7.4. 쟁점토지를 취득하고 취득세 등 OOO을 감면받았고, 2016.2.15. 답에서 전으로 지목을 변경(공사비용 등은 OOO이 지급)하고 그에 대한 취득세 등 OOO을 감면받았다. (나) OOO은 2015.3.4. 및 2015.12.22. OOO으로부터 복숭아 등의 묘목 OOO및 OOO상당을 구입하고, 2015년 4월부터 2016년 4월까지 OOO으로부터 비료 OOO농약 OOO농기계사용 OOO농기자재 OOO상당을 구입하며, 직불금은 2014년 OOO2015년 OOO2016년 OOO(합계 OOO)을 각각 수령하였다. (다) 처분청이 2017.2.3. 청구법인에게 쟁점토지의 취득세 등에 대하여 과세예고를 하자, OOO은 2017.3.2. 직불금 수령액 합계 OOO을 청구법인의 계좌로 입금하였고, 청구법인은 2014․2015사업연도의 법인 결산서를 소급․작성하여 관할 세무서에 제출하였는바, 2015사업연도의 유실수원가명세서에는 묘목매입액 OOO경비 중 농약비 OOO농기계사용료 OOO등이 계상되어 있고, 2016사업연도의 유실수원가명세서에는 경비 중 비료대 OOO농약비 OOO등이 각 계상되어 있다. (라) OOO은 2017.9.1. OOO에 고정직불금 OOO(가산금 포함)과 변동직불금 OOO(가산금 포함)을 각각 반납하였다. (마) 처분청은 2017.5.8. 쟁점토지의 취득 및 지목변경에 따른 취득세 등을 과세하였다. (바) 청구법인은 2017.8.23. OOO에 농업경영체 등록을 신청하여 2017.8.23. 등록확인서를 교부받았다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대,지방세특례제한법제178조에서 “부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다”고 규정하면서, 그 제1호에 ‘정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우’를 규정하고 있으며, 같은 법 제2조 제1항 제8호에 ‘직접 사용’이란 부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다고 규정하고 있는 점, OOO은 2015년에 복숭아 등 유실수의 묘목 구입비용을 지급하며 2014년부터 2016년까지 사이의 비료 등의 구입비용을 지출하고 쟁점토지에 대한 직불금을 수령하며, 처분청이 과세예고를 하자 2017.3.2. 사업자등록 및 법인통장을 개설하여 OOO이 수령한 직불금을 동 통장에 이체하였다가 2017.9.1. 및 2017.9.4. 각각 반납하고, 2017.3.6. 청구법인의 2014～2016년 결산보고서를 소급하여 작성한 후 법인세를 신고한 사실이 나타나므로 OOO이 아니라 동 법인이 쟁점토지를 영농에 직접 사용한 사실을 입증하기에는 부족한 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점토지를 취득일부터 1년이 경과될 때까지 영농에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 이 건 취득세 등을 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로지방세 기본법제96조 제4항,국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법률 등

(1) 지방세특례제한법 제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다

8. "직접 사용"이란 부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다. 제11조(농업법인에 대한 감면) ①농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제16조에 따른 영농조합법인과 같은 법 제19조에 따른 농업회사법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)이 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터 2년 이내에 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를, 농업법인의 설립등기에 대해서는 등록면허세를 각각 2017년 12월 31일까지 면제한다.

② 농업법인이 영농·유통·가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을, 과세기준일 현재 해당 용도에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 50을 각각 2017년 12월 31일까지 경감한다. 제178조(감면된 취득세의 추징) 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

(2) 지방세기본법 제17조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득․수익․재산․행위 또는 거래가 서류상 귀속되는 자는 명의만 있을 뿐 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 이 법 또는 지방세관계법을 적용한다.

(3) 쌀소득 등의 보전에 관한 법률 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

1. "농업인등"이란 농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법 제3조제2호에 따른 농업인과 같은 법 제28조 및 제29조에 따른 영농조합법인 및 농업회사법인을 말한다.

6. "논농업에 종사"란 자기의 비용과 책임으로 논농업에 필요한 농작업을 직접 수행(농작업의 일부만 위탁하는 경우를 포함한다)하는 것을 말한다. 제6조(쌀소득등보전직접지불금 지급대상자) ① 쌀소득등보전직접지불금의 지급대상이 될 수 있는 자는 제5조에 따른 쌀소득등보전직접지불금 지급대상 농지에서 논농업에 종사(휴경하는 경우를 포함한다)하는 농업인등으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자여야 한다.

1. 후계농업경영인, 전업농업인 등으로서 농림축산식품부령으로 정하는 요건에 해당하는 자

2. 2005년 1월 1일부터 2008년 12월 31일까지의 기간 중 쌀소득등보전직접지불금을 1회 이상 정당하게 지급받은 자 제7조(쌀소득등보전직접지불금 지급대상자 등록) ① 쌀소득등보전직접지불금을 받으려는 자는 매년 농림축산식품부장관이 정하는 날까지 농지 소재지 관할 읍장ㆍ면장 또는 동장(이하 "읍ㆍ면장"이라 한다)에게 관련 증빙서류를 첨부하여 등록을 신청하여야 한다. 다만, 경작농지가 같은 시(제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법에 따른 행정시를 포함한다. 이하 같다)ㆍ군ㆍ구(자치구를 말한다. 이하 같다) 내의 2개 이상 읍ㆍ면ㆍ동에 있는 경우에는 면적이 가장 넓은 농지 소재지 읍ㆍ면장에게 신청하여야 한다

(4) 쌀소득 등의 보전에 관한 법률 시행규칙 제3조(쌀소득등보전직접지불금 지급대상자 등록신청) ① 법 제7조 제1항에 따라 쌀소득등보전직접지불금을 지급받으려는 자는 별지 제1호 서식에 따른 쌀소득등보전직접지불금 지급대상자 등록신청서(이하 "등록신청서"라 한다)를 농지 소재지 관할 읍장ㆍ면장 또는 동장(이하 "읍ㆍ면장"이라 한다)에게 제출하여야 한다.

3. 해당 농지의 경작자임을 증명하는 다음의 서류

• 가. 법 제7조 제3항 후단에 따른 관내경작자: 1)을 포함한 2개 이상의 서류

1. 별지 제1호의2서식의 관내경작자용 경작사실 확인서. 이 경우 농지 소재지 이ㆍ통장의 확인을 받되, 이ㆍ통장의 확인을 받지 못하는 경우에는 농지 소재지 거주자 2명의 확인을 받아야 한다.

2. 쌀 등 농산물의 판매를 증명하는 서류(전년도 또는 해당 연도의 판매분만 해당한다)

3. 농약ㆍ비료 등 농자재의 구매를 증명하는 서류(전년도 또는 해당 연도의 구매분만 해당한다)

4. 종자ㆍ육묘 등의 구매를 증명하는 서류(전년도 또는 해당 연도의 구매분만 해당한다)

5. 벼 등의 계약재배를 확인하는 서류

6. 그 밖에 논농업에 종사함을 증명하는 서류