이 건 토지가 대체취득기간 내에 취득한 토지로서 취득세 등의 면제대상에 해당한다는 청구주장의 당부

[참조결정] 조심2010지0331

[주 문] OOO시장이 2017.5.30. 청구인에게 한 취득세 등 합계 OOO에 대한 경정청구 거부처분은 OOO답 2,283㎡를 지방세특례제한법제73조에 따른 취득세 등의 감면대상에 해당하는 것으로 보아 신고한 과세표준 및 세액을 경정한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구인은 2017.5.11. OOO답 2,283㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)를 취득하여 과세표준을 OOO으로 하여 산출된 취득세 OOO농어촌특별세 OOO지방교육세 OOO합계 OOO을 신고·납부하였다가, 이 건 토지는 청구인이 소유하던 OOO과수원 3,769㎡ 및 같은 동 OOO대 863㎡(이하 “종전토지”라 한다)가 OOO지구개발사업으로 수용됨에 따라 지방세특례제한법제73조에 따라 대체취득한 것이므로 취득세 등의 감면대상에 해당한다고 하여 2017.5.19. 경정청구를 하였다.
• 나. 처분청은 청구인이 종전토지의 수용보상금을 받은 날부터 1년이 경과한 후에 이 건 토지를 취득하여 취득세 등의 감면대상이 아니라고 보아 2017.5.30. 이를 거부하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2017.6.8. 이의신청을 거쳐 2017.9.20. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장 청구인은 2016.4.4. OOO과 공공용지 취득 협의서를 작성하여 종전토지를 양도하고, 종전토지의 보상금을 수령한 다음날인 2016.4.20. OOO세무서에 양도소득세를 신고·납부하면서 자경농민에 대한 양도소득세 감면대상에 해당되는 것으로 하여 양도소득세 OOO억원 가량을 감면받았다. 처분청은 청구인이 이 건 토지를 취득할 당시 자경농민이 아니어서 취득세 등 감면대상이 아니라 보았으나, 세무서에서는 청구인을 농민으로 인정하였고 종전토지가 수용됨에 따라 타의로 농지를 보유하지 않게 되었음에도 이 건 토지 취득당시 농지를 보유하고 있지 아니하다는 이유로 자경농민에 해당되지 아니하다고 본 것은 부당하며 조세심판원에서 협의매도 계약일을 기준으로 농민 자격을 판단해야 한다고 결정(조심 2010지331, 2011.4.7.)한 사례가 있으므로 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 2016.4.19. 종전토지에 대하여 보상금을 수령한 후 자경농민으로서 양도소득세를 감면받았으나, 이 건 토지 취득 시점인 2017.5.12.에는 청구인과 배우자의 소유 농지가 없는 것으로 확인되는 바, 청구인은 2년 이상 종전토지에서 농업에 종사하여 왔으나 종전토지의 협의매도 이후 이 건 토지 취득일 현재 소유한 농지가 없고, 임대차계약 등을 통해 사실상 영농에 직접 종사한 사실도 없으므로 지방세특례제한법 시행령 제3조 제1항 제1호의 “농업을 주업으로 하는 사람으로서 2년 이상 영농에 종사한 사람”으로 볼 수 없어 이 건 토지 또한 감면대상 농지에 해당하지 아니하므로 이 건 토지의 대체취득기간은 “1년”으로 보는 것이 타당하다. 청구인은 대체취득이 가능한 기산일을 종전토지에 대한 수용보상금 수령일(2016.4.19.)이 아닌 이주대책 보상금 수령일(2016.11.1.)이라 주장하나, 지방세특례제한법 시행령제73조 제1항에서 “종전의 부동산 등을 대체할 부동산 등을 취득하였을 때에는 그 취득에 대한 취득세를 면제”한다고 규정하고 있으므로 종전토지에 대한 보상금 수령일을 대체취득이 가능한 기산일로 보는 것이 타당하다 할 것이고, 따라서 이 건 토지 취득은 대체취득기간(1년)을 초과한 것으로서 취득세 감면대상에 해당하지 아니한다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 이 건 토지가 대체취득기간 내에 취득한 토지로서 취득세 등의 면제대상에 해당한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령 등

(1) 지방세특례제한법 제6조【자경농민의 농지 등에 대한 감면】① 대통령령으로 정하는 바에 따라 농업을 주업으로 하는 사람으로서 2년 이상 영농에 종사한 사람 또는 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제10조에 따른 후계농업경영인(이하 이 조에서 "자경농민"이라 한다)이 대통령령으로 정하는 기준에 따라 직접 경작할 목적으로 취득하는 농지(논, 밭, 과수원 및 목장용지를 말한다. 이하 이 절에서 같다) 및 관계 법령에 따라 농지를 조성하기 위하여 취득하는 임야에 대해서는 취득세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 2년이 경과할 때까지 자경농민으로서 농지를 직접 경작하지 아니하거나 농지조성을 시작하지 아니하는 경우

2. 해당 농지를 직접 경작한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

② 자경농민이 농업용으로 사용하기 위하여 취득하는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 농업용 시설에 대해서는 취득세의 100분의 50을 경감한다.

1. 양잠(養蠶) 또는 버섯재배용 건축물, 고정식 온실

2. 축사, 축산폐수 및 분뇨 처리시설

3. 창고[저온창고, 상온창고(常溫倉庫) 및 농기계보관용 창고만 해당한다] 및 농산물 선별처리시설 제73조【토지수용 등으로 인한 대체취득에 대한 감면】① 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률, 국토의 계획 및 이용에 관한 법률, 도시개발법 등 관계 법령에 따라 토지 등을 수용할 수 있는 사업인정을 받은 자(관광진흥법 제55조 제1항에 따른 조성계획의 승인을 받은 자 및 농어촌정비법 제56조에 따른 농어촌정비사업 시행자를 포함한다)에게 부동산(선박·어업권 및 광업권을 포함한다. 이하 이 조에서 "부동산등"이라 한다)이 매수, 수용 또는 철거된 자(공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률이 적용되는 공공사업에 필요한 부동산등을 해당 공공사업의 시행자에게 매도한 자 및 같은 법 제78조 제1항부터 제4항까지 및 제81조에 따른 이주대책의 대상이 되는 자를 포함한다)가 계약일 또는 해당 사업인정 고시일(관광진흥법에 따른 조성계획 고시일 및 농어촌정비법에 따른 개발계획 고시일을 포함한다) 이후에 대체취득할 부동산등에 관한 계약을 체결하거나 건축허가를 받고, 그 보상금을 마지막으로 받은 날(사업인정을 받은 자의 사정으로 대체취득이 불가능한 경우에는 취득이 가능한 날을 말하고, 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제63조 제1항에 따라 토지로 보상을 받는 경우에는 해당 토지에 대한 취득이 가능한 날을 말하며, 같은 법 제63조 제6항 및 제7항에 따라 보상금을 채권으로 받는 경우에는 채권상환기간 만료일을 말한다)부터 1년 이내(제6조 제1항에 따른 농지의 경우는 2년 이내)에 다음 각 호의 구분에 따른 지역에서 종전의 부동산등을 대체할 부동산등을 취득하였을 때(건축 중인 주택을 분양받는 경우에는 분양계약을 체결한 때를 말한다)에는 그 취득에 대한 취득세를 면제한다. 다만, 새로 취득한 부동산등의 가액 합계액이 종전의 부동산등의 가액 합계액을 초과하는 경우에 그 초과액에 대해서는 취득세를 부과하며, 초과액의 산정 기준과 방법 등은 대통령령으로 정한다.

1. 농지 외의 부동산등

• 가. 매수·수용·철거된 부동산등이 있는 특별시·광역시·특별자치시·도·특별자치도 내의 지역
• 나. 가목 외의 지역으로서 매수·수용·철거된 부동산등이 있는 특별자치시·시·군·구와 잇닿아 있는 특별자치시·시·군·구 내의 지역
• 다. 매수·수용·철거된 부동산등이 있는 특별시·광역시·특별자치시·도와 잇닿아 있는 특별시·광역시·특별자치시·도 내의 지역. 다만, 소득세법 제104조의2 제1항에 따른 지정지역은 제외한다.

2. 농지(제6조 제1항에 따른 자경농민이 농지 경작을 위하여 총 보상금액의 100분의 50 미만의 가액으로 취득하는 주택을 포함한다)

• 가. 제1호에 따른 지역
• 나. 가목 외의 지역으로서 소득세법 제104조의2 제1항에 따른 지정지역을 제외한 지역

② 제1항에도 불구하고 지방세법 제13조 제5항에 따른 과세대상을 취득하는 경우와 대통령령으로 정하는 부재부동산 소유자가 부동산을 대체취득하는 경우에는 취득세를 부과한다.

③ 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 따른 환매권을 행사하여 매수하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제한다.

(2) 지방세특례제한법 시행령 제3조【자경농민 및 직접 경작농지의 기준 등】① 법 제6조 제1항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 농업을 주업으로 하는 사람으로서 2년 이상 영농에 종사한 사람"이란 본인 또는 배우자(동일한 세대별 주민등록표에 기재되어 있는 경우로 한정한다. 이하 이 조에서 같다) 중 1명 이상이 취득일 현재 다음 각 호의 요건을 모두 갖추고 있는 사람을 말한다.

1. 농지(지방세법 시행령 제21조에 따른 농지를 말한다. 이하 같다)를 소유하거나 임차하여 경작하는 방법으로 직접 2년 이상 계속하여 농업에 종사할 것

2. 제1호에 따른 농지의 소재지인 특별자치시·특별자치도·시·군·구(자치구를 말한다. 이하 "시·군·구"라 한다) 또는 그와 잇닿아 있는 시·군·구에 거주하거나 해당 농지의 소재지로부터 20킬로미터 이내의 지역에 거주할 것

3. 직전 연도 농업 외의 종합소득금액(소득세법 제4조 제1항 제1호에 따른 종합소득에서 농업, 임업에서 발생하는 소득, 소득세법 제45조제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업에서 발생하는 부동산임대소득 또는 같은 법 시행령 제9조에 따른 농가부업소득을 제외한 금액을 말한다)이 농업소득의 보전에 관한 법률 제6조 제3항 제1호 및 같은 법 시행령 제6조 제1항 본문에 따른 금액 미만일 것

② 법 제6조 제1항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 기준"이란 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 경우를 말한다.

1. 농지 및 임야의 소재지가 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 도시지역(개발제한구역과 녹지지역은 제외한다. 이하 이 항에서 "도시지역"이라 한다) 외의 지역일 것

2. 농지 및 임야를 취득하는 사람의 주소지가 농지 및 임야의 소재지인 시·군·구 또는 그 지역과 잇닿아 있는 시·군·구 지역이거나 농지 및 임야의 소재지로부터 20킬로미터 이내의 지역일 것

3. 본인 또는 배우자가 소유하고 있는 농지 및 임야(도시지역 안의 농지 및 임야를 포함한다)와 본인 또는 배우자가 새로 취득하는 농지 및 임야를 모두 합한 면적이 논, 밭, 과수원은 3만제곱미터(농지법에 따라 지정된 농업진흥지역 안의 논, 밭, 과수원은 20만제곱미터로 한다), 목장용지는 25만제곱미터, 임야는 30만제곱미터 이내일 것. 이 경우 초과부분이 있을 때에는 그 초과부분만을 경감대상에서 제외한다.

③ ～ ④ 생략.

⑤ 제1항에 따른 직전 연도 농업 외의 종합소득금액, 2년 이상 농업에 종사하는 사람을 확인하는 세부적인 기준, 감면신청 절차 및 그 밖에 필요한 사항은 행정안전부령으로 정한다.

(3) 지방세특례제한법 시행규칙 제2조의2【자경농민 농지 감면 소득기준 등의 범위】① 영 제3조 제5항에서 "직전 연도 농업 외의 종합소득금액"이란 다음 각 호의 금액을 합산한 것을 말한다.

1. 소득세법 제19조 제2항에 따른 사업소득금액

2. 소득세법 제20조 제1항에 따른 근로소득에서 같은 법 제12조에 따른 비과세소득을 차감한 금액

3. 소득세법 제16조, 제17조, 제20조의3 및 제21조에 따른 이자소득금액, 배당소득금액, 연금소득금액 및 기타소득금액

② 제1항에 따른 직전 연도 농업 외의 종합소득금액은 다음 각 호의 구분에 따른 연도의 소득금액으로 한다.

1. 소득세법 제70조에 따른 종합소득 과세표준이 확정된 경우: 지방세특례제한법(이하 "법"이라 한다) 제6조에 따른 농지 취득일이 속하는 연도의 직전 연도

2. 소득세법 제70조에 따른 종합소득 과세표준이 확정되지 아니한 경우: 법 제6조에 따른 농지 취득일이 속하는 연도의 전전 연도

③ 법 제6조에 따라 취득세를 경감 받으려는 자(이하 이 조에서 "감면신청인"이라 한다)는 별지 제1호의2 서식에 따른 감면신청서에 주민등록등본, 소득금액증명원, 그 밖에 종합소득금액을 확인하는 서류 및 2년 이상 영농에 종사하고 있음을 확인하는 서류 등 행정안전부장관이 정하여 고시하는 서류 등 제2항에 따른 소득금액을 확인할 수 있는 서류를 첨부하여 관할 지방자치단체의 장에게 제출하여야 한다. 이 경우 감면신청인이 전자정부법 제36조 제1항에 따른 행정정보의 공동이용을 통한 주민등록등본 등의 확인에 동의하는 경우에는 그 확인으로 주민등록등본 등의 제출을 갈음할 수 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) OOO이 2016.4.4. OOO지구개발사업(2014.7.4. 산업통상자원부 인가고시 제2014-116)에 따라 종전토지를 OOO에 공공용지로써 취득하기로 하는 공공용지 취득협의가 성립됨에 따라 청구인은 2016.4.19. 손실보상금 OOO을 수령하는 등 다음 <표1>과 같이 보상금 및 이주지원비 등을 수령하였고, 2017.4.27. 종전토지가 있던 지역(경상남도 창원시) 내에서 지목이 “농지(답)”인 이 건 토지를 OOO에 취득하기로 계약을 체결하여 2017.5.12. 이를 취득하였다. <표1> 보상금 수령내역 (단위: 원)

(2) 처분청과 청구인이 제출한 증빙자료에 따르면 다음과 같은 내용이 나타난다. (가) 청구인이 종전토지에 대한 협의취득일 현재 2년 이상 농업에 종사하여 왔다는 점을 증명하기 위하여 제출한 자료는 다음과 같다.

1. 농지원부에 따르면, 2006.11.2. 종전토지를 소유농지로 하여 청구인에 대한 농지원부가 작성되었다가 위 토지에 대한 공공용지 취득협의서 작성일(2016.4.4.) 이후인 2016.4.15. 삭제되었고, 2017.5.21. 이 건 토지를 농지로 하여 새로이 농지원부가 작성된 것으로 나타나며, 청구인이 농지를 임차한 사실은 없는 것으로 확인된다.

2. OOO거래자별 매출내역(2010.1.12.～2017.5.12.)에 따르면, 청구인을 조합원으로 하여 2011년부터 2015년까지 농약, 고추비닐 등으로 OOO의 매출이 발생하였고, 2016년에는 청구인에 대한 매출이 없다가 2017년에 농약 등 OOO의 매출이 발생한 것으로 나타난다.

3. 양도소득세 신고서 등에 따르면, 청구인은 종전토지 중 과수원(OOO3,769㎡)을 양도한 후 2016.4.14. 양도소득세를 신고하면서 조세특례제한법제69조에 따른 자경농지 등에 대한 양도소득세 등을 감면받은 것으로 나타난다. (나) 청구인은 2007년부터 2016년까지 주식회사 OOO에서 근로소득이 발생한 것으로 나타나고, 종전토지 양도일의 직전 연도 근로소득이 OOO인 것으로 확인된다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구인이 이 건 토지의 취득일 현재 “2년 이상 영농에 종사한 사람”에 해당하지 아니하여 농지에 대하여 적용되는 “2년”의 대체취득기간이 아니라 “1년”의 대체취득 기간이 적용된다고 보아 동 토지에 대하여 감면을 부인하였으나, 지방세특례제한법제73조 제1항은 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 등에 따른 사업인정을 받은 자 등에게 부동산 등이 매수, 수용 또는 철거된 자가 계약일 또는 해당 사업인정 고시일 이후에 대체취득할 부동산등에 관한 계약을 체결하고, 그 보상금을 마지막으로 받은 날부터 1년 이내(제6조 제1항에 따른 농지의 경우는 2년 이내)에 같은 지역에서 종전의 부동산등을 대체할 부동산등을 취득하였을 때에는 그 취득에 대한 취득세를 면제하도록 규정하고 있는바, 대체취득기간은 ‘그 보상금을 마지막으로 받은 날부터 1년 이내’ 또는 ‘수용된 토지가 같은 법 제6조 제1항에 따른 농지인 경우에는 그 보상금을 마지막으로 받은 날부터 2년 이내’인 것으로 보아야 할 것으로, 종전토지가 OOO에게 협의취득된 후 OOO세무서장이 조세특례제한법제69조에 따른 자경농지로 보아 양도소득세를 감면한 점, 종전토지를 대상으로 청구인에 대한 농지원부가 작성되어 있고 청구인이 조합원으로 OOO에서 2011년부터 2015년까지 농약 등을 매입한 사실이 확인되는 점 등에 비추어 종전토지를 지방세특례제한법제6조 제1항에 따라 청구인이 2년 이상 직접 경작한 농지로 볼 수 있고, 청구인이 종전토지의 보상금을 마지막으로 받은 2016.4.19.부터 2년 이내인 2017.4.27. 매매계약을 체결하여 2017.5.12. 이 건 토지를 취득한 이상 대체취득기간 내의 취득에 해당한다 할 것이므로 처분청이 1년의 대체취득기간이 경과하여 이 건 토지를 취득하였다 하여 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법 제96조 제4항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.