합병으로 부동산의 소유권이 이전된 경우를 매각·증여한 것으로 보아 취득세 등을 추징한 처분의 당부

[주 문] OOO청장이 2017.6.12. 청구법인에게 한 취득세 OOO지방교육세 OOO합계 OOO(가산세 포함)의 부과처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 주식회사 OOO(이하 “피합병법인”이라 한다)는 2014.3.7.부터 2015.6.29.까지 OOO국가산업단지 내인 OOO건축물 1,847.14㎡ 및 송수관(이하 “이 사건 건축물 등”이라 한다)을 신·증축하여 취득한 후 지방세특례제한법(2015.12.29. 법률 제13637호로 일부개정되기 전의 것) 제78조 제4항에 른 산업단지 내에서 산업용 건축물 등을 건축하려는 자가 취득하는 부동산으로 신고하여 그 취득가액 OOO과세표준으로 하여 산출한 취득세 등 합계 OOO을 감면받았다.
• 나. OOO은 2017년 5월 실시한 세무조사에서 청구법인이 2016.1.4. 피합병법인을 흡수합병하여 이 사건 건축물 등을 포함한 OOO외 1필지 토지 40,501㎡, 건축물 25,392.28㎡, 시설물(토지, 건축물, 시설물을 합하여 이하 “이 사건 부동산”이라 한다)의 소유권이 이전된 사실을 확인하고 이를 처분청에 통보하였고, 처분청은 이에 따라 피합병법인이 이 사건 건축물 등을 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 이를 청구법인에게 매각·증여한 것으로 보아 2017.6.12. 피합병법인의 납세의무를 승계한 청구법인에게 취득세 OOO지방교육세 OOO합계 OOO(가산세 포함)을 부과·고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2017.9.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 지방세특례제한법제78조 제5항 제2호에서 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우를 추징요건으로 규정하면서 법인 합병과 관련된 별도의 추징요건을 규정하고 있지 않고, ‘매각’이란 상대방으로부터 대금을 지급받고 소유권을 양도하는 특정승계를 의미하는데 반해 ‘합병’은 상법상의 특별 규정에 의하여 2개 이상의 회사가 하나의 회사가 되어 청산절차를 거치지 않고 1개 회사 이상의 소멸과 권리·의무의 포괄적 이전을 생기게 하는 일단의 행위로서 이루어지는 법률요건을 말하는 것으로 합병은 위 법률에 따른 추징사유인 ‘매각’이나 ‘미사용’에 해당하지 아니한다. 지방세특례제한법제57조의2 제1항에서 합병으로 취득하는 부동산에 대하여 취득세를 면제하는 취지는 조세경감을 통하여 기업의 구조조정을 촉진하는 것뿐만 아니라 지배구조상 동일한 피합병법인과 존속법인에 대한 이중과세의 방지에도 있으므로 합병을 이유로 피합병법인의 취득세 등 감면세액을 추징하는 것은 부당하고, 합병으로 인한 부동산의 포괄승계를 매각으로 보아 감면된 취득세를 추징하는 것은 지방세기본법제20조 제1항의 ‘이 법 또는 지방세관계법을 해석·적용할 때에는 과세의 형평과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 않도록 하여야 한다’는 규정에 위배되는 것이다.
• 나. 처분청 의견 구지방세법제6조는 합병으로 인하여 피합병법인의 부동산을 이전받는 형식을 취득으로 규정하고 있고, 매각의 유상·무상 여부나 매각 사유에 대한 고려가 없어 합병이라 하여 추징을 배제할 합리적 이유가 없는 것으로 보이는 점, 지방세특례제한법제78조 제5항 제2호에서 ‘정당한 사유’를 추징배제사유로 규정하지 않고 있는 점, 청구법인은 합병의 대가로 피합병법인의 주주에게 주식을 교부하였으므로 합병으로 부동산의 소유권이 이전된 것은 지방세특례제한법제78조 제5항 제2호에 따른 ‘매각’에 해당한다 할 것인 점 등에 비추어 취득세를 감면받고 2년 이내에 합병으로 부동산의 소유권이 이전된 경우 해당 용도에 직접 사용한 기간이 2년 이내에 매각·증여한 것으로서 추징사유에 해당한다 할 것이고, 행정자치부 질의회신(지방세특례제도과-1803, 2016.7.27.) 및 대법원 판례(2015.12.10. 선고 2015두50481 판결) 등에서 합병에 의한 소유권 이전이 매각·증여에 해당한다고 명시하고 있다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 합병으로 인하여 부동산의 소유권이 이전된 경우를 매각·증여한 것으로 보아 취득세 등을 추징한 처분의 당부
• 나. 관련 법률

(1) 지방세기본법 제41조【법인의 합병으로 인한 납세의무의 승계】법인이 합병한 경우에 합병 후 존속하는 법인 또는 합병으로 설립된 법인은 합병으로 인하여 소멸된 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 지방자치단체의 징수금을 납부할 의무를 진다.

(2) 지방세법 제6조【정의】취득세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음 각 호와 같다.

1. "취득"이란 매매, 교환, 상속, 증여, 기부, 법인에 대한 현물출자, 건축, 개수(改修), 공유수면의 매립, 간척에 의한 토지의 조성 등과 그 밖에 이와 유사한 취득으로서 원시취득(수용재결로 취득한 경우 등 과세대상이 이미 존재하는 상태에서 취득하는 경우는 제외한다), 승계취득 또는 유상·무상의 모든 취득을 말한다.

(3) 지방세특례제한법(2015.12.29. 법률 제13637호로 일부개정되기 전의 것) 제57조의2【기업합병·분할 등에 대한 감면】① 법인세법 제44조제2항 또는 제3항에 해당하는 합병으로서 대통령령으로 정하는 합병에 따라 양수(讓受)하는 재산을 2018년 12월 31일까지 취득하는 경우에는 지방세법 제15조 제1항에 따라 산출한 취득세를 면제하되, 해당 재산이 지방세법 제15조 제1항 제3호 단서에 해당하는 경우에는 다음 각 호에서 정하는 금액을 빼고 산출한 취득세를 면제한다. 다만, 합병등기일부터 3년 이내에 법인세법 제44조의3제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우(같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 경우는 제외한다)에는 경감된 취득세를 추징한다.

1. 지방세법 제13조제1항에 따른 취득 재산에 대해서는 같은 조에 따른 중과기준세율(이하 "중과기준세율"이라 한다)의 100분의 300을 적용하여 산정한 금액

2. 지방세법 제13조 제5항에 따른 취득 재산에 대해서는 중과기준세율의 100분의 500을 적용하여 산정한 금액 제78조【산업단지 등에 대한 감면】

④ 제1호 각 목의 지역(이하 "산업단지등"이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.

1. 대상 지역

• 가. 산업입지 및 개발에 관한 법률에 따라 지정된 산업단지
• 나. 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률에 따른 유치지역
• 다. 산업기술단지 지원에 관한 특례법에 따라 조성된 산업기술단지

2. 경감 내용

• 가. 산업용 건축물등을 건축하려는 자[공장용 건축물(건축법 제2조 제1항 제2호에 따른 건축물을 말한다)을 건축하여 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다]가 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2016년 12월 31일까지 경감한다.
• 나. 산업단지등에서 산업용 건축물등을 대수선하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 25를 2016년 12월 31일까지 경감한다.
• 다. 가목의 부동산에 대한 해당 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 재산세의 100분의 35를 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 100분의 75를 경감)한다.

⑤ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각(해당 산업단지관리기관 또는 산업기술단지관리기관이 환매하는 경우는 제외한다)ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청 및 청구법인이 제출한 증빙자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 피합병법인은 1964.4.3. 당류 등 제조·가공 및 판매업 등을 목적사업으로 설립된 법인으로, 2014.7.29.부터 2015.6.29.까지 다음 <표1>과 같이 이 사건 건축물 등을 신·증축하여 취득하고 지방세특례제한법 제78조 제4항에 따라 산업용 건축물 등을 건축하기 위하여 취득하는 부동산으로 신고하여 취득가액 OOO을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 등 합계 OOO을 감면받았다. <표1> 피합병법인의 이 사건 건축물 등 취득 및 감면내역 (단위: ㎡, 원) (나) 청구법인은 2011.11.3. 설탕, 밀가루 등 제조·가공 및 판매업 등을 목적사업으로 하여 주식회사 OOO로부터 분할·설립된 법인으로, 2016.1.4. 피합병법인을 흡수합병하여 다음 <표2>와 같이 이 사건 건축물 등을 포함한 이 사건 부동산을 취득하였고, 합병계약서(2015.9.11.자)에는 합병시 교부하는 주식의 수·합병비율 등(제4조), 고용 및 영업점 승계(제11조), 주주총회의 승인·규제당국의 인허가 등 관련 법령 및 정관에 따른 요건의 충족(제15조) 등 및 법인세법제44조에 따른 적격합병에 해당하지 않는 경우 등에 계약의 해제가 가능(제16조)하도록 규정하고 있다. <표2> 청구법인의 이 사건 건축물 등 취득내역 (단위: ㎡, 원) (다) 처분청은 피합병법인이 이 사건 건축물 등을 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 이를 청구법인에게 매각·증여한 것으로 보아 2017.6.12. 청구법인에게 다음 <표3>과 같이 취득세 OOO지방교육세 OOO합계 OOO(가산세 포함)을 부과·고지하였다. <표3> 이 건 취득세 등 부과내역 (단위: ㎡, 원)

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 지방세특례제한법제78조 제5항 본문 및 제2호는 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각(해당 산업단지관리기관 또는 산업기술단지관리기관이 환매하는 경우는 제외한다)ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 등을 추징한다고 규정하고 있는바, 피합병법인은 "합병"으로 인하여 이 사건 건축물 등을 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 그 소유권을 존속법인인 청구법인에게 이전하였지만 "합병"은 상법에 규정된 절차에 따라 피합병법인의 권리·의무를 존속법인이 포괄승계하는 점에서 상대방에게 대가를 받고 물건 또는 권리 등을 이전하는 특정승계인 “매각”과는 상이하다 할 것이고, "합병"의 대가로 피합병법인이 존속법인의 주식 등을 교부받는 점에서 당사자 일방이 무상으로 재산 등을 상대방에게 수여하는 “증여”와도 상이하다 할 것임에도 처분청이 위 조항의 “매각·증여”를 유상·무상을 불문하고 소유권이 이전되는 모든 경우로 해석하고 나아가 "합병"도 이에 포함되는 것으로 보아 취득세 등을 부과·고지한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법 제96조 제4항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.