[요지] 피합병법인은 쟁점토지의 소유권을 청구법인 명의로 이전등기한 사실이 등기사항전부증명서 등에 의하여 확인되어 피합병법인이 동 부동산을 청구법인에게 매각ㆍ증여한 것으로 보기는 어려우므로 처분청이 이 건 취득세 등을 결정ㆍ통지한 처분은 잘못이 있다고 판단됨.
[요지] 피합병법인은 쟁점토지의 소유권을 청구법인 명의로 이전등기한 사실이 등기사항전부증명서 등에 의하여 확인되어 피합병법인이 동 부동산을 청구법인에게 매각ㆍ증여한 것으로 보기는 어려우므로 처분청이 이 건 취득세 등을 결정ㆍ통지한 처분은 잘못이 있다고 판단됨.
[참조결정] 조심2014지1234 / 조심2016지0855
[주 문] OOO시장이 2017.6.9. 청구법인에게 한 취득세 OOO농어촌특별세 OOO지방교육세 OOO의 부과처분은 이를 취소한다.
[이 유]
1. 처분개요 가.OOO주식회사(이하 “피합병법인”이라 한다)는 2013.12.20. OOO외 3필지 공장용지 17,373.3㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 OOO로부터 취득하고, 2013.12.27. 지방세특례제한법 제78조 제4항에 따라 감면받았다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
3. 심리 및 판단
(1) 지방세특례제한법(2014.01.01. 법률 제12175호로 개정되기 전의 것) 제78조 [산업단지 등에 대한 감면] ④ 제1호 각 목의 지역(이하 "산업단지등"이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 감면한다.
1. 대상 지역
2. 감면 내용
⑤ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.
1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우
2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각(해당 산업단지관리기관 또는 산업기술단지관리기관이 환매하는 경우는 제외한다)ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우
⑥ 제2항 및 제4항에 따른 공장의 업종 및 그 규모, 감면 등의 적용기준은 안전행정부령으로 정한다.
(2) 조세특례제한법(2014.12.23. 법률 제12853호로 개정되기 전의 것) 제120조 [취득세의 면제 등] ② 대통령령으로 정하는 합병에 따라 양수하는 재산을 2014년 12월 31일까지 취득하는 경우에는 지방세법 제15조 제1항에 따라 산출한 취득세를 면제한다. 다만, 해당 재산이 지방세법 제15조 제1항 제3호 단서에 해당하는 경우에는 다음 각 호에서 정하는 금액을 빼고 산출한 취득세를 면제한다.
1. 지방세법 제13조 제1항에 따른 취득 재산에 대하여는 같은 조에 따른 중과기준세율(이하 "중과기준세율"이라 한다)에서 100분의 300의 세율을 적용하여 산정한 금액
2. 지방세법 제13조 제5항에 따른 취득 재산에 대하여는 중과기준세율에서 100분의 500의 세율을 적용하여 산정한 금액
(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다. (가) 부동산등기부등본에 의하면, 피합병법인은 2013.12.19. 쟁점토지를 OOO로부터 OOO에 취득하고 매매를 원인으로 하여 소유권이전하였으며, 청구법인이 2014.7.1. 회사합병을 원인으로 하여 쟁점토지를 취득하였다. (나) 법인등기부등본에 의하면, 피합병법인은 2006.4.19. 밸브류 제작 및 판매업으로 설립되었고, 청구법인은 1992.3.30. 밸브류 수출입, 판매업 등으로 설립되었으며, 피합병법인은 2014.7.1. 청구법인과 합병으로 해산되어 2014.7.4. 등기폐쇄되었다. (다) 건물등기부등본 및 건축물대장에 의하면, 2014.3.27. 쟁점토지에 신축허가를 받아 3동의 공장 건물을 착공하여 2014.12.5. 사용승인받고, 청구법인이 2014.12.23. 소유권보존등기한 것으로 나타난다. (라) 피합병법인은 2013.12.27. 쟁점토지 취득에 따른 취득세 감면신청을 하여 감면받았으나, 처분청은 2017.6.9. 피합병법인이 유예기간내 소유권이전(합병)함에 따라 취득세 등을 추징한 것으로 나타난다. (마) 청구법인은 2014.8.21. 조세특례제한법 제120조 제2항 규정의 법인합병에 따른 지방세 감면신청을 하였고, 처분청은 2014.8.22. 지방세특례제한법 제183조의 규정에 따라 감면결정한 것으로 나타난다. (바) 피합병법인이 쟁점토지 취득 당시 제출한 사업계획서에 의하면, 향후 5년간 지역 및 지역경제 기여효과, 향후 10년간 사업서 전망, 세부사업계획 등이 기재되어 있다.
(2) 청구법인은 처분청의 답변에 대하여 아래와 같이 항변하였다. (가) 처분청은 지방세특례제한법상 취득세 ‘추징’의 요건을 지방세법상 취득세 ‘부과’ 요건과 혼동하고 있다. 대법원은 “구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제1호와 제4호가 정한 부당행위계산부인은 자산의 특정승계나 현물출자를 전제로 한 규정이므로 합병에 의한 포괄승계인 이 사건 채권의 승계에는 적용될 수 없다”고 판시하였는바(대법원 2015. 1. 15. 선고 2012두4111 판결), 대법원도 ‘매각’과 유사한 개념인 ‘매입’은 특정승계를 전제로 한 것으로서 포괄승계는 이에 해당하지 않는다고 보고 있다. 처분청은 지방세특례제한법 제78조 제5항 제2호를 근거로 추징하였으므로, 이 건 부과처분이 적법한지 여부도 같은 법령에서 규정하는 요건에 따라 결정하여야 하는 것이지, 취득세 과세대상인 ‘취득’에 해당하는지 여부에 따라 결정되는 것이 아니다. 처분청이 근거로 제시하고 있는 대법원 판례(2000.10.13. 선고 98두19193)도 합병으로 인한 취득이 중과대상인 취득에 해당하는 경우의 취득세 과세표준 산정이 쟁점인 사안으로, 지방세특례제한법상 취득세 추징 사유인 ‘매각’, ‘증여’의 의미가 문제되는 이 건과는 무관한 사례이다. (나) 청구법인은 현재 쟁점토지에 공장건설을 완료하여 지역경제 발전에 이바지하고 있는바, 이는 지방세특례제한법 제78조의 취지에 부합하는 것이고, 어떠한 조세회피가 있었다고 볼 수도 없다. 피합병법인은 합병 전인 2014.3.27. 쟁점토지에 대한 공장 건축허가를 받아 2014.4.22. 착공하는 등 공장 건축절차를 진행하였고, 합병 이후로는 피합병법인의 권리, 의무를 포괄적으로 승계한 청구법인이 공장 건축 업무를 그대로 진행하여 2014년 12월경 쟁점토지 지상에 공장 등 건축을 완료하였다. 청구법인은 신축된 공장 등에서 밸브 등 제품을 개발하여 이를 생산하고 있다. 그러므로 청구법인은 쟁점토지에 공장건설을 완료하여 지역경제 발전에 이바지하고 있는바, 이는 산업단지의 사용 및 투자 활성화와 공장건설 촉진을 통한 경제발전 도모 등을 목적으로 하는 지방세특례제한법 제78조의 입법취지에 부합하는 것이고, 거기에 어떠한 조세회피가 있다고 보기 어렵다. (다) 청구법인은 과세당국인 행정자치부의 견해 표명을 신뢰하여 쟁점토지를 취득하면서 취득세 등을 감면받았던 것인바, 거기에 어떠한 귀책사유가 있다고 볼 수도 없다. 그런데 과세당국이 당초의 견해표명에 반하는 새로운 유권해석을 하여 이 건 부과처분을 한다면 납세자인 청구법인의 이익이 침해되는 결과가 초래됨은 분명하다. 설령, 지방세특례제한법 제78조 제5항 제2호가 규정하고 있는 추징사유에 ‘합병’이 포함된다고 하더라도, 이 건 부과처분은 신의성실의 원칙에 반하는 것으로서 위법하다.
(3) 지방세특례제한법제78조 제4항 및 제5항 제2호에서 산업단지에서 산업용 건축물을 건축하려는 자가 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 감면하되, 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우에는 감면한 취득세 등을 추징한다고, 민법 제554조 및 제563조에서 증여는 당사자 일방이 무상으로 재산을 상대방에 수여하는 의사를 표시하고 상대방이 이를 승낙함으로써 매매는 당사자 일방이 재산권을 상대방에게 이전할 것을 약정하고 상대방이 그 대금을 지급할 것을 약정함으로써 그 효력이 생긴다고, 상법 제235조에서 합병 후 존속한 회사 또는 합병으로 인하여 설립된 회사는 합병으로 소멸된 회사의 권리의무를 승계한다고 각각 규정하고 있다.
(4) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 피합병법인이 합병으로 인하여 청구법인에게 쟁점토지의 소유권을 이전한 것을 매각ㆍ증여로 보았으나, 지방세특례제한법 제78조 제5항 제2호에서 추징사유인 ‘매각ㆍ증여’의 의미를 명시하고 있지 아니하나, 민법에 따르면 상대방에게 대가를 받고 재산 등을 이전하는 특정승계 또는 당사자 일방이 무상으로 재산 등을 상대방에게 수여하는 무상승계를 의미하는 반면, 합병은 소멸된 법인의 권리ㆍ의무를 존속하는 법인이 포괄승계하는 점에서 그 법률효과가 상이하다 할 것이므로 피합병법인이 쟁점토지를 취득하고 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 ‘합병’으로 인하여 소유권을 합병으로 존속하는 법인에게 이전하였다 하더라도 이를 ‘매각ㆍ증여’로 보기는 어렵다 하겠다. 따라서 처분청이 지방세특례제한법 제78조 제5항 제2호의 매각ㆍ증여에 ‘합병에 따른 소유권이전’도 포함되는 것으로 보아 취득세 등을 부과한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법 제96조 제4항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.