사회복지법인인 청구법인이 무료로 운영하는 쟁점병원에 대하여「지방세특례제한법」제22조 제2항을 적용하여 재산세를 면제하지 아니하고 같은 조 제6항에 따라 감면만한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 1995년부터 OOO외 5필지에 OOO(이하 “쟁점병원”이라 한다)을 설립하여 무료로 운영하고 있다.
• 나. 처분청은 지방세특례제한법 제22조 제6항에 따라 쟁점병원에 대한 2015년도분 및 2016년도분 재산세(건축물 및 토지)의 75% 를, 2017년분 재산세(건축물)의 50%를 각각 감면하여 청구법인에게 부과ㆍ고지하였다.
• 다. 청구법인은 재산세를 납부한 후 2017.9.1. 기 납부한 2017년도분 재산세의 반환을 요청하였으나, 처분청은 2017.9.11. 이를 거부하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2017.9.18. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 그리스도의 가르침에 따라 경제적, 사회적, 정신적으로 소외되어 있는 사람들을 위해 사랑으로 봉사함으로써 국가적, 사회적으로는 복지사회구현에 이바지하고, 종교적으로는 이 땅에 하느님의 나라를 넓혀가는 것을 목적으로 쟁점병원을 설립하여 무료로 병원사업을 운영하고 있다. 지방세특례제한법 제22조의 입법취지는 사회복지법인을 2개의 종류로, 즉 수익사업을 하는 사회복지법인과 비수익사업을 하는 사회복지사업법인으로 나누어, 전자의 경우에는 취득세와 재산세 등을 면제하지 아니하던 것을 제6항을 신설하여 감경하는 것으로 변경하고, 후자의 경우에는 계속하여 면제하는 것으로 보임에도 불구하고 처분청은 수익법인과 비수익법인을 불문하고 제6항을 적용하고 있다. 청구법인이 운영하는 쟁점병원은 무료로 운영하는 비수익병원으로서 재정이 어렵고, 그러함에도 지역사회를 위해 많은 공헌을 하고 있는바, 처분청은 법조문의 문리해석, 즉 제6항에서 수익사업을 하는 사회복지법인과 비수익사업을 하는 사회복지법인의 구별이 없다는 이유로 환급을 거부한 처분은 부당하다. 처분청은 제6항에서 수익사업하는 법인과 비수익사업을 하는 법인을 불문하고 적용해야 한다고 주장하나 이는 잘못된 것이다. 지방세특례제한법 제22조 제2항 본문의 경우에는 비수익사업 또는 해당 재산이 무료로 사용되는 경우이고, 단서의 경우에는 수익사업에 사용하는 경우로 표현한 것일 뿐이며, 본문의 경우에는 재산세 등이 2019.12.31.까지 면제되고, 단서의 경우에는 같은 조 제6항에 의거 취득세와 재산세가 면제되는 것이 아니고 각각 경감된다는 취지의 규정이라 할 것이다. 만일, 같은 조 제2항 본문의 비수익사업의 경우에도 적용되는 면제규정이 감경규정으로 변경되었다면 제2항 전부를 삭제하여야 함에도 계속 유지하고 있는 것은 청구법인과 같이 비수익사업을 영위하는 병원의 경우에는 2019.12.31.까지 위 본문의 규정대로 한다는 것임에도 처분청은 법률 해석을 잘못하고 있으므로 이 건 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 지방세특례제한법 제22조에 규정되어 있음에도 의료기관 감면에 대하여 같은 조 제6항에 별도의 규정을 신설하여 적용하는 것은 의료기관의 장기간 감면, 담세력 대비 과다 감면, 의료기관간 조세형평 등을 고려하여 그 동안 상이했던 의료기관별 감면 혜택을 동일하게 조정하기 위한 조치의 필요에 의한 것이다. 따라서 사회복지법인만 감면이 축소된 것이 아니라 학교법인 부속병원, 공공의료기관, 지방의료원, 의료법에 따른 의료법인 및 종교단체가 운영하는 의료기관에 대한 취득세 및 재산세를 단계적으로 축소하였다. 다만, 의료기관들이 공익적 사업을 수행하고 있고 급격한 세부담 방지를 위해 기간별로 차등감면하고 있다. 조세법률주의 원칙상 과세요건이나 비과세요건을 막론하고 조세법률의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 할 것이고 합리적인 이유없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 업격하게 해석하는 것이 조세공평에 부합할 것이다(대법원 2009.8.50. 선고 2008두11372 판결 참조). 지방세특례제한법 제22조 제6항에는 ‘제1항부터 제5항까지의 규정에 불구하고 사회복지법인이 의료기관을 경영하기 위하여 취득하거나 사용하는 부동산에 대해서는 취득세와 재산세를 경감한다’고 규정되어 있을 뿐 의료업을 수익사업과 비수익사업으로 구분하는 규정은 없으므로 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 사회복지법인인 청구법인이 무료로 운영하는 쟁점병원에 대하여 지방세특례제한법 제22조 제2항을 적용하여 재산세를 면제하지 아니하고 같은 조 제6항에 따라 감면만 한 처분의 당부
• 나. 관련 법률

(1) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것) 제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "고유업무"란 법령에서 개별적으로 규정한 업무와 법인등기부에 목적사업으로 정하여진 업무를 말한다.

2. "수익사업"이란 법인세법 제3조 제3항에 따른 수익사업을 말한다. 제22조 [사회복지법인등에 대한 감면] ①사회복지사업법에 따라 설립된 사회복지법인과 양로원, 보육원, 모자원, 한센병자 치료보호시설 등 대통령령으로 정하는 사회복지사업을 목적으로 하는 단체 및 한국한센복지협회(이하 이 조에서 "사회복지법인등"이라 한다)가해당 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는취득세를 2019년 12월 31일까지 면제한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다.

1. 수익사업에 사용하는 경우

2. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

3. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

② 사회복지법인등이 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용(종교단체의 경우 해당부동산의 소유자가 아닌 그 대표자 또는 종교법인이 해당 부동산을 사회복지사업의 용도로 사용하는 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)하는 부동산(대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지를 포함한다)에 대해서는 재산세(지방세법 제112조에 따른 부과액을 포함한다) 및 지방세법 제146조 제2항에 따른 지역자원시설세를2019년 12월 31일까지를 각각 면제한다. 다만, 수익사업에 사용하는 경우와 해당 재산이 유료로 사용되는 경우의 그 재산 및 해당 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대해서는 면제하지 아니한다.

③ 사회복지법인등이 그 사업에 직접 사용하기 위한 면허에 대한 등록면허세와 사회복지법인등에 대한 주민세 재산분 및 종업원분을 2019년 12월 31일까지 각각 면제한다. 다만, 수익사업에 관계되는 대통령령으로 정하는 주민세 재산분 및 종업원분은 면제하지 아니한다.

④ 사회복지법인등에 생산된 전력 등을 무료로 제공하는 경우 그 부분에 대해서는 지방세법 제146조 제1항에 따른 지역자원시설세를 2019년 12월 31일까지 면제한다.

⑤ 사회복지사업법에 따른 사회복지법인의 설립등기 및 합병등기에 대한 등록면허세와 같은 법에 따른 사회복지시설을 경영하는 자에 대하여 해당 사회복지시설 사업장에 과세되는 주민세 균등분을 2019년 12월 31일까지 각각 면제한다.

⑥ 제1항부터 제5항까지의 규정에도 불구하고 사회복지사업법에 따라 설립된 사회복지법인이 의료기관을 경영하기 위하여 취득하거나 사용하는 부동산에 대해서는 다음 각 호에 따라 취득세와 재산세를 각각 경감한다.<신설 2013.1.1, 2014.1.1, 2014.12.31>

1. 다음 각 목의 기간에 따라 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대한 취득세

• 가. 2016년 12월 31일까지: 100분의 75
• 나. 2017년 1월 1일부터 2018년 12월 31일까지: 100분의 50

2. 다음 각 목의 기간에 따라 과세기준일 현재 의료업에 직접 사용하는 부동산에 대한 재산세(지방세법 제112조에 따른 부과액을 포함한다)

• 가. 2016년 12월 31일까지: 100분의 75
• 나. 2017년 1월 1일부터 2018년 12월 31일까지: 100분의 50

(2) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것) 제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "고유업무"란 법령에서 개별적으로 규정한 업무와 법인등기부에 목적사업으로 정하여진 업무를 말한다.

2. "수익사업"이란 법인세법 제3조 제3항에 따른 수익사업을 말한다. 다만, 고등교육법 제4조에 따라 설립된 의과대학 등의 부속병원이 경영하는 의료업과 사회복지사업법에 따라 설립된 사회복지법인이 경영하는 의료업은 수익사업으로 보지 아니한다. 제22조 [사회복지법인등에 대한 감면] ⑥ 제1항부터 제5항까지의 규정에도 불구하고사회복지사업법에 따라 설립된 사회복지법인이 의료기관을 경영하는 경우 그 해당 사업에 대한 제1항부터 제5항까지의 규정에 따른 면제는 2014년 12월 31일까지로 한정한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음의 사실을 알 수 있다. (가) 청구법인의 정관에 기재된 명칭과 사업 내용은 아래와 같다. (나) 청구법인은 쟁점병원에 대하여 1985.12.2. 의료기관 개설허가를 받았고, 1990.8.31. 증여를 원인으로 취득하였으며, 인터넷 홈페이지에 기재된 쟁점병원의 설립취지 및 진료대상은 아래와 같다. (다) 청구법인은 쟁점병원에 대하여 2015년도분 재산세(건물분 OOO토지분 OOO), 2016년분 재산세(건물분 OOO토지분 OOO), 2017년도분 재산세(건물분 OOO)를 각각 납부하였으며, 지방세특례제한법 제22조 제6항의 감면규정이 신설되기 전인 2014년까지는 재산세를 면제받은 것으로 나타난다.

(2) 지방세특례제한법 제22조 제6항에 대한 2013년의 신설내용을 보면, 각종 의료기관에 대한 지방세 감면제도를 통일적으로 운영하기 위하여 사회복지법인이 의료기관을 경영하는 경우에 그 의료사업에 대한 지방세 감면에 대하여는 2013년 12월 31일까지만 적용하도록 되어 있고, 2014.12.31.까지는 한시적으로 면제하였으나, 2015년부터는 점진적으로 감면비율을 축소하는 방향으로 개정되었다. 구분 2013.1.1. 신설 2014.1.1. 개정 2014.12.31. 개정 내용 2013.12.31.까지 한시 면제 2014.12.31.까지 한시 면제 2016.12.31.까지 75% 2017.1.1.～2018.12.31. 50% 취득세, 재산세 감면 개정취지를 보면, 감면 폭이 다른 학교법인 부속병원, 사회복지법인이 운영하는 의료기관, 공공의료기관, 지방의료원, 의료법에 따른 의료법인 및 종교단체가 운영하는 의료기관에 대한 취득세 및 재산세 감면특례는 2018.12.31.까지 연장하되, 단계적으로 감면율을 축소하고, 나머지 세목에 대한 감면 특례는 종료한다고 되어 있다. 또한, 지방세특례제한법 제2조(정의) 제1항 제2호 단서의 ‘사회복지사업법에 따라 설립된 사회복지법인이 경영하는 의료업은 수익사업으로 보지 아니한다’는 규정내용이 2014.12.31. 개정되면서 삭제된 것으로 나타난다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점병원에서 비수익사업을 영위하고 있으므로 지방세특례제한법 제22조 제2항을 적용하여 재산세를 면제하여야 한다고 주장하나, 2013년에 신설된 같은 법 제22조 제6항에서 각종 의료기관에 대한 지방세 감면제도를 통일적으로 운영하기 위하여 사회복지법인이 의료기관을 경영하는 경우에 그 의료사업에 대한 지방세를 한시적으로 면제한다고 규정하고 있고 2014년까지 사회복지법인이 의료기관을 경영하기 위하여 취득한 부동산에 대하여 취득세 및 재산세 등을 면제하다가 2014.12.31. 감면으로 개정된 점, 같은 법 제2조 제1항 제2호 단서의 사회복지사업법에 따라 설립된 사회복지법인이 경영하는 의료업은 수익사업으로 보지 아니한다는 규정도 삭제된 점 등에 비추어 사업의 형태를 불문하고 사회복지법인이 의료기관을 경영하기 위하여 취득한 부동산에 대하여 같은 법 제22조 제6항을 적용하는 것이 타당하다 하겠다. 따라서 처분청이 청구법인의 2017년도분 재산세 반환청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로지방세기본법제96조 제4항과국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.