[요지]
① 개발사업시행자에 대한 재산세 등의 추징을 배제하기 위한 것으로 보이지는 않으므로 개정 감면조례 제24조의3에 따라 추징이 가능한 것으로 보이는 점 등에 비추어, 결국 제주투자진흥지구 지정 해제에 따라 처분청이 기 감면한 재산세를 추징한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨. ② 구 감면조례 제24조 제3항 등은 청구법인과 같은 경우 그 지정 해제일로부터 소급하여 3년 이내에 감면된 세액을 추징하도록 규정하고 있었고, 앞서 보았듯 개정 감면조례 부칙 제3조는 일반적 경과규정을 규정하고 있는 점 등에 비추어, 이 건 재산세의 추징은 처분청 의견과는 달리 제주투자진흥지구 지정해제일부터 소급하여 3년 이내에 감면된 세액만을 그 대상으로 하는 것이 타당하다고 판단됨.
[주 문] OOO이 2017.6.16. 청구법인에게 한 재산세 토지분 OOO과 건축물분 OOO 합계 OOO의 부과처분은, OOO 관광지에 대한 OOO투자진흥지구 지정 해제일인 2017.2.23.로부터 소급하여 3년 이내에 감면된 세액에 대하여만 이를 추징하는 것으로 하여 그 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 처분청은 청구법인에게 개정 감면조례 제24조의3이 적용된다는 전제에서 이 건 부과처분을 하였으나, 개정 감면조례 제24조의3 제1항 본문은 “제24조의2에 따라 면제된 취득세 및 재산세를 추징한다”고 규정하고 있고, 개정 감면조례 제24조의2는 OOO투자진흥지구 또는 OOO ‘입주기업’에 대한 취득세 및 재산세 감면을 규정하고 있는 조문이므로, 개정 감면조례 제24조의3은 ‘입주기업’으로서 감면받은 취득세 및 재산세에 대하여만 적용할 수 있고, 청구법인과 같이 ‘개발사업시행자’의 지위에서 구 감면조례 제24조에 따라 취득세 및 재산세를 감면받은 경우에는 그 적용대상이 아니므로 이 건 재산세를 부과한 처분은 부당하다.
(2) 설령, 이 건 부과처분이 가능하다 하더라도 개정 감면조례 부칙 제3조는 일반적 경과조치로써 “이 조례 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 OOO에 대해서는 종전의 규정에 따른다.”고 규정하고 있는바, 청구법인의 이 사건 재산세 감면은 종전의 규정인 구 감면조례 제24조에 따라 이루어진 것이므로, 청구법인에 대한 추징의 범위는 결국 구 감면조례 제24조 제3항, 조세특례제한법 제121조의12 제1항 및 같은 법 시행령 제116조의17 제1항 제1호에 의하여 OOO투자진흥지구 지정해제일로부터 소급하여 3년 이내에 감면된 세액으로 한정되어야 한다.
(1) 개정 감면조례 제24조의3 제1항 본문의 “제24조의2에 따라 면제된 취득세 및 재산세”의 범위에는 구 감면조례 제24조에 따라 면제된 취득세와 재산세도 당연히 포함되는 것인바, 이러한 점은 개정 감면조례 제24조의2가 OOO투자진흥지구 내의 감면목적사업에 직접 사용하기 위해 취득하는 부동산에 대해서는 재산세 등이 면제된다고 규정하고 있고, 개발사업시행사가 OOO투자진흥지구에 ‘입주’하지 않은 이상 취득하고 보유한 재산을 직접 사용한다고 볼 수 없기 때문에 개발사업시행자가 OOO투자진흥지구 내의 부동산을 감면목적사업에 직접 사용하기 위해서는 OOO투자진행지구 내에 입주해야 하는 것인 점에 비추어 당연하고, 청구법인은 단지 구 감면조례 제24조와 개정 감면조례 제24조의2의 문구 차이(‘입주기업’과 ‘개발사업시행자’)를 들어 감면과 추징대상을 달리 보아야 한다고 주장하나, 이는 모두 OOO투자진흥지구 관련 주요사업자에 대하여 재산세 등을 감면하고 추징하는 것을 내용으로 그 실질은 동일하다 할 것이므로, 결국 개발사업시행자가 구 감면조례 제24조에 따라 재산세를 감면받은 이후 추징사유가 발생하였다면 개정 감면조례 제24조의2에 따라 추징을 하는 것이 관련 규정의 의미, 개정내역 및 취지에 부합한다 할 것이어서, 이 건 부과처분은 정당하다.
(2) 개정 감면조례 부칙 제3조에서 규정한 “종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면해야 할 OOO”라 함은, 조례 시행 당시 이미 부과 또는 감면이 종료되었거나 아직 부과 또는 감면은 하지 않았지만 부과 또는 감면의 요건이 완성된 OOO를 가리킨다 할 것인바, 청구법인과 같이 구 감면조례 제24조 제2항의 규정에 따라 취득세 및 재산세를 면제받고 개정 감면조례 제24조의3 제2항의 시행 당시에는 아직 “추징 요건”이 완성되지 아니한 상태에 있었던 경우는 개정 감면조례 부칙 제3조의 적용대상에 포함되지 않는다 할 것이므로, 구 감면조례가 아닌 개정 감면조례를 적용하여 5년 이내에 감면된 세액을 부과한 처분은 정당하다.
3. 심리 및 판단
(1) (주위적) 입주기업에 대한 추징규정을 근거로 개발사업시행자에 대한 재산세 감면세액을 추징하는 것은 부당하다는 청구주장의 당부
(2) (예비적) 구 감면조례에 따라 3년의 감면세액만을 추징하여야 한다는 청구주장의 당부
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인은 1993.11.9. ‘주식회사 OOO’라는 상호로 설립되었고, 2016.5.31. 상호를 ‘주식회사 OOO’로 변경하였으며, 골프장 영업 및 관광개발업을 영위하는 법인이다. (나) OOO는 2002.12.10. OOO 관광지 개발사업의 시행자를 모집공고(OOO 공고 제2002-388호) 하였고, 2003.4.22. 청구법인을 사업시행예정자로 지정하였으며, 2006.5.4. 구 OOO(OOO이 2006.7.1. 시행됨에 따라 폐지되었고, 이하 두 법률을 일괄하여 ‘OOO특별법’이라 한다) 제59조에 따라 청구법인의 이 사건 개발사업의 시행을 승인하였다. (다) 청구법인은 2006.6.26. 착공신고를 하고, 이 사건 개발사업을 위한 공사에 착수하였다. (라) OOO는 2008.4.23. OOO특별법 제217조에 따라 OOO 관광지 일대를 OOO투자진흥지구로 지정․고시(OOO 고시 제2008-66호)하였고, 그 결과 이 사건 개발사업의 시행자인 청구법인은 구 감면조례 제24조에 따라 청구법인이 소유한 OOO 일원의 토지 등에 대한 재산세를 감면받았다. (다) OOO는 2017.2.23. 위와 같은 OOO투자진흥지구 지정이 당초 지정 기준에 적합하지 않다는 이유로 OOO특별법 제163조 및 OOO투자진흥지구 지정·해제에 관한 조례 제11조에 따라 그 지정을 해제․고시(OOO 고시 제2017-57호)하였고, 2017.2.24. 청구법인에게 그 사실을 통지하였다. (라) 이에 처분청은 2017.4.5. 과세예고통지를 거쳐, 2017.6.8. 청구법인에게 개정 감면조례 제24조에 따라 기감면한 재산세 합계 OOO을 추징(부과․고지)하였다. (마) 한편, 청구법인이 쟁점②와 관련하여 제출한 행정안전부의 민원회신(2018.4.10.) 내용은 아래와 같다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 이 건에 대하여 살펴본다. (가) 먼저, 쟁점①의 경우, 청구법인은 구 감면조례 제24조에 따라 개발사업시행자의 지위에서 재산세를 감면받았으므로, 입주기업에 대한 지방세 감면의 추징규정인 개정 감면조례 제24조의3에 따라 이 건 부과처분을 하는 것은 부당하다는 취지로 주장하나, OOO투자진흥지구 지정이 당초 기준 미달 등의 이유에서 해제된 이상 이를 이유로 감면받은 재산세에 대하여는 추징이 이루어지는 것이 합리적이라 할 것인 점, 청구주장과 같이 개정 감면조례 제24조의2의 규정 등이 마치 ‘입주’기업만을 그 대상으로 삼고 있는 것으로 보이는 측면도 있긴 하나, 조례의 개정경과와 그 취지 및 구 감면조례의 규정 내용 등을 종합할 때, 위 규정 등에 따라 취득세나 재산세의 감면을 받기 위해서는 OOO투자진흥지구 내에서 감면목적사업에 해당 부동산을 직접 사용할 것이 요구되고 이를 위한 전제로 입주가 필요하다는 점을 강조하기 위하여 그렇게 규정한 것일 뿐, 청구법인과 같은 개발사업시행자에 대한 재산세 등의 추징을 배제하기 위한 것으로 보이지는 않으므로 개정 감면조례 제24조의3에 따라 추징이 가능한 것으로 보이는 점, 또한 개정 감면조례 부칙 제3조가 일반적 경과조치를 규정하고 있어 이에 의하면 구 감면조례 제24조에 의하더라도 추징이 가능한 것으로 보이는 점 등에 비추어, 결국 OOO투자진흥지구 지정 해제에 따라 처분청이 기 감면한 재산세를 추징한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. (나) 다만, 쟁점②와 관련하여, 처분청은 OOO투자진흥지구 지정 해제일로부터 소급하여 5년치 재산세에 대하여 추징하였으나, 구 감면조례 제24조 제3항 등은 청구법인과 같은 경우 그 지정 해제일로부터 소급하여 3년 이내에 감면된 세액을 추징하도록 규정하고 있었고, 앞서 보았듯 개정 감면조례 부칙 제3조는 일반적 경과규정을 규정하고 있는 점, 특별한 사정이 없는 한 이에 대한 청구법인의 신뢰는 보호할 필요가 있고, 행정안전부의 최근 민원회신 또한 같은 취지로 보이는 점 등에 비추어, 이 건 재산세의 추징은 처분청 의견과는 달리 OOO투자진흥지구 지정해제일부터 소급하여 3년 이내에 감면된 세액만을 그 대상으로 하는 것이 타당하다고 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로지방세기본법제96조 제6항,국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호·제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령
(1) OOO 감면 조례(2012.3.21. 조례 제875호로 개정되기 전의 것) 제24조(OOO투자진흥지구 등 투자유치 지원을 위한 감면) ① OOO(이하 “특별법”이라 한다) 제217조에 따라 지정되는 OOO투자진흥지구(이하 “투자진흥지구”라 한다)의 개발사업시행자가 같은 법 시행령 제36조제1항에 해당하는 사업(시설을 새로이 설치하는 투자에 한한다)에 직접 사용(관광진흥법제20조제1항에 따라 분양되는 재산을 포함한다)하기 위하여 취득·보유하는 재산에 대해서는 다음 각 호의 구분에 따라 OOO를 면제한다.
1. 취득세 면제
2. 투자진흥지구 지정일부터 10년 동안 재산세 면제
② 자유무역지역의 지정 등에 관한 법률제4조에 따라 OOO에 지정되는 자유무역지역에 입주하는 기업이 조세특례제한법 시행령제116조의15에 따른 감면대상사업에 직접 사용하기 위하여 취득·보유하는 재산에 대해서는 다음 각 호의 구분에 따라 OOO를 면제한다.
1. 취득세 면제
2. 입주일부터 10년 동안 재산세 면제
③ 제1항 및 제2항에 따라 면제된 취득세 또는 재산세의 추징에 대하여는 조세특례제한법제121조의12 제1항 각 호를 적용하고 추징할 세액의 범위는 같은 법 시행령 제116조의17을 적용한다.
(2) OOO 감면 조례(2016.6.26. 조례 제1628호로 개정되기 전의 것) 제24조의2(OOO투자진흥지구 또는 OOO자유무역지역 입주기업에 대한 면제) 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(건축물은 새로이 건축하는 시설에 한하며, 승계취득한 경우를 제외한다)과 선박에 대해서는 취득세와 재산세를 각각 면제한다.
1. OOO(이하 “특별법”이라 한다) 제162조에 따라 지정되는 OOO투자진흥지구(이하 "OOO투자진흥지구"라 한다)에 2018년 12월 31일까지 최초로 입주하는 기업이 해당 구역의 사업장에서 하는 감면목적사업(OOO특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 시행령제22조에 의한 사업을 말한다. 이하 같다)에 대해서는 취득세를 면제하고, 재산세는 OOO투자진흥지구 지정일 이후(특별법 제162조 제1항 제2호에 따른 입주기업의 경우에는 부동산 취득일 또는 입주일 중 빠른 날이후) 입주기업의 납세의무 최초 성립일부터 10년간 면제한다.
2. 자유무역지역의 지정 및 운영에 관한 법률 제4조에 따라 OOO에 지정되는 자유무역지역(이하 이 장에서 "OOO자유무역지역"이라 한다)에 2018년 12월 31일까지 입주하는 기업이 해당 구역의 사업장에서 하는 사업에 대해서는 취득세를 면제하고, 재산세는 입주기업의 납세의무 최초 성립일부터 10년간 면제한다. 제24조의3(OOO투자진흥지구 또는 OOO자유무역지역 입주기업에 대한 면제세액의 추징) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제24조의2에 따라 면제된 취득세 및 재산세를 추징한다. 다만, 제3호부터 제5호까지는 취득세를 추징하는 경우에만 적용한다.
1. 특별법 제163조에 따라 OOO투자진흥지구의 지정이 해제된 경우
2. 해당 OOO투자진흥지구 지정일부터(특별법 제162조 제1항 제2호에 따른 입주기업의 경우에는 부동산 취득일 또는 입주일 중 빠른 날부터) 5년이내에 입주기업이 폐업한 경우(합병·분할 또는 분할합병으로 감면목적사업을 승계하는 경우는 제외한다)
3. 사업용 부동산 및 선박을 취득한 날부터 3년 이내에 천재ㆍ지변ㆍ화재 그 밖에 이에 준하는 불가항력적인 사유 없이 OOO투자진흥지구로 지정받지 못한 경우(OOO투자진흥지구 지정전에 사업용 재산을 매각ㆍ증여한 경우에는 매각ㆍ증여일을 지정받지 못한 날로 본다)
4. 사업용 부동산 및 선박을 OOO투자진흥지구 지정일부터(특별법 제162조 제1항 제2호에 따른 입주기업의 경우에는 부동산 취득일 또는 입주일 중 빠른 날부터) 정당한 사유 없이 3년 이내에 감면목적사업에 직접 사용하지 아니하고, 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우
5. OOO투자진흥지구 지정일 이후에 취득한 사업용 부동산 및 선박에 대하여는 취득일로부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 감면목적사업에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 감면목적사업에 직접 사용하지 아니하고 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우
6. 자유무역지역의 지정 및 운영에 관한 법률 제15조에 따라 입주허가가 취소된 경우
② 제1항의 취득세와 재산세의 추징은 다음 각 호의 기준에 따른다.
1. 제1항 제1호, 제2호 및 제6호의 경우: 지정해제일, 입주허가 취소일 또는 폐업일부터 소급하여 5년 이내에 감면된 세액 추징
2. 제1항 제3호부터 제5호까지의 경우: 해당 사업용 재산에 대하여 감면된 취득세액 추징 ＜부칙＞ (제1526호, 2015.12.31.) 제1조(시행일) 이 조례는 2016년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제24조의2 개정규정 중 “OOO(이하 “특별법”이라 한다) 제162조”의 개정부분, 제24조의3의 개정규정 중 “특별법 제163조” 및 “특별법 제162조”의 개정부분, 제40조, 제41조, 제43조, 제44조 및 제46조의 개정규정 중 “특별법 제122조”의 개정부분, 제51조 및 제53조의 개정규정 중 “특별법 121조”의 개정부분은 2016년 1월 25일부터 시행한다. 제2조(일반적 적용례) 이 조례는 이 조례 시행 이후 최초로 납세의무가 성립하는 경우부터 적용한다. 제3조(일반적 경과조치) 이 조례 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 OOO에 대해서는 종전의 규정에 따른다. 제4조(OOO투자진흥지구 재산세 면제에 관한 경과조치) 제24조의2의 개정규정에도 불구하고 이 조례 시행 당시 종전의 규정에 따라 재산세를 면제 받았거나 받을 수 있는 자에 대하여는 각각 면제하였거나 면제할 수 있는 당시의 규정에 따라 최초의 재산세 면제규정이 OOO투자진흥지구 지정일인 경우에는 그 지정일로부터 10년간, 최초의 재산세 면제규정이 사업개시일인 경우에는 그 사업개시일로부터 10년간 재산세를 면제한다. 다만, 제57조의 규정에 대하여는 본 조의 경과조치 규정을 적용하지 아니한다.
(3) 조세특례제한법(2010.12.27. 법률 제10406호로 개정된 것) 제121조의12(OOO투자진흥지구 또는 OOO자유무역지역 입주기업에 대한 감면세액의 추징) ① 세무서장·세관장 또는 지방자치단체의 장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 제121조의9 또는 제121조의11에 따라 감면된 법인세·소득세·취득세·재산세 및 관세를 추징한다. 다만, 제4호 및 제5호는 취득세를 추징하는 경우에만 적용한다. ＜개정 2010.12.27.＞
1. OOO 제218조에 따라 OOO투자진흥지구의 지정이 해제된 경우 제121조의12(OOO투자진흥지구 또는 OOO자유무역지역 입주기업에 대한 감면세액의 추징) ① 세무서장·세관장 또는 지방자치단체의 장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 제121조의9 또는 제121조의11에 따라 감면된 법인세·소득세·취득세·재산세 및 관세를 추징한다. 다만, 제4호 및 제5호는 취득세를 추징하는 경우에만 적용한다. ＜개정 2010.12.27.＞
1. OOO 제218조에 따라 OOO투자진흥지구의 지정이 해제된 경우
(4) 조세특례제한법(2015.12.15. 법률 제13560호로 개정된 것) 제121조의12(OOO투자진흥지구 또는 OOO자유무역지역 입주기업에 대한 감면세액의 추징) ① 세무서장 또는 세관장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 제121조의9 또는 제121조의11에 따라 감면된 법인세·소득세 및 관세를 추징한다.
1. OOO 제163조에 따라 OOO투자진흥지구의 지정이 해제된 경우
③ 제1항에 따라 추징할 세액의 범위는 대통령령으로 정한다.
(5) 조세특례제한법 시행령 (2011.6.24. 대통령령 제22977호로 개정된 것) 제116조의15(OOO투자진흥지구 또는 OOO자유무역지역 입주기업에 대한 법인세 등의 감면) ① 법 제121조의9 제1항 제1호의 규정에 의하여 법인세·소득세·취득세 및 재산세를 감면하는 투자는 총사업비가 미화 5백만불 이상으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 영위하기 위한 시설을 새로이 설치하는 것으로 한다.
1. 관광진흥법 시행령 제2조에 따른 관광호텔업·수상관광호텔업·한국전통호텔업·종합휴양업(체육시설의 설치·이용에 관한 법률 제10조 제1항 제1호에 따른 등록체육시설업중 골프장업을 제외한다)·전문휴양업(체육시설의 설치·이용에 관한 법률 제10조 제1항 제1호에 따른 등록체육시설업중 골프장업을 제외한다)·관광유람선업·관광공연장업·종합유원시설업·국제회의시설업 및 관광식당업을 운영하는 사업 제116조의17(OOO투자진흥지구 또는 OOO자유무역지역 입주기업에 대한 감면세액의 추징) ① 법 제121조의12 제1항의 규정에 의한 법인세·소득세·취득세 및 재산세 및 관세의 추징은 다음 각호의 기준에 의한다.
1. 법 제121조의12 제1항 제1호 내지 제3호의 경우: 지정해제일, 입주허가취소일 또는 폐업일부터 소급하여 3년 이내에 감면된 세액 추징