[요지]
① 지방세특례제한법제78조 제3항 단서에 따라 추징이 가능한 ‘해당 부분’의 취득세 및 재산세는지방세특례제한법제78조 제3항 본문 각 호의 규정에 따라 경감된 지방세만 해당된다고 보이므로 같은 조 제1항에 따라 면제받은 지목변경 취득세를 같은 조 제3항 단서에 따라 추징할 수는 없음. ② 처분청의 공업용수계획 변경으로 청구법인의 사업추진이 상당기간 지연된 것으로 보이고, 그 상황에서 산업용 건축물을 신축하기 위한 노력을 다한 것으로 보이므로 청구법인이 이 건 산업단지 조성공사를 완료하고 3년 이내에 산업용 건축물을 신축하지 못한 데에 정당한 사유가 있는 것으로 보임. ③ 산업단지 준공 당시에 지목변경에 따른 취득세 등을 신고납부하지 않았다 하더라도 청구법인은 취득세를 면제받아 납부할 세액이 0원으로 산출되므로 무신고가산세를 부과할 수 없음. 다만, 취득세를 면제받는 경우 면제세액의 20%에 해당하는 농어촌특별세를 납부해야하므로 이 부분을 추징한 처분은 적법하다 할 것임.
[참조결정] 조심2013지1045
[주 문] OOO가 2017.5.12. 청구법인에게 한 OOO원의 부과처분은 이를 취소하고, OOO원의 부과처분은 취득세를 취소하는 것으로 하여 그 세액을 경정한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인이 2016년 10월 사용승인을 받은 쟁점건축물(지원시설동)은 유틸리티시설과 식당, 사무실, 기숙사 등으로 구성된 건축물로서 완공 당시 산업용 건축물에 해당하지 않는다는 처분청의 의견에 따라 취득세 등을 신고·납부하였으나, 지원시설동의 건축물대장상 주용도는 ‘공장(지원시설)’이며, 건축물 현황상의 용도도 기계실, 물탱크실, 전기실, 사무실, 식당, 생활관, 탈의실, 기숙사 등으로 구성되어 있고, 산업용 건축물은 지방세특례제한법 시행령 제29조 제3호에 따른 공장용 건축물로서 이러한 공장용 건축물은산업입지 및 개발에 관한 법률에서산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률제2조 제1호의 규정에 따르도록 하고 있으며, 같은 법 시행령에서 직접적으로 제조업을 하기 위하여 필요한 제조시설(물품의 가공·조립·수리시설을 포함한다) 및 시험생산시설 뿐만 아니라, 제조업을 하는 경우 그 제조시설의 관리·지원, 종업원의 복지후생을 위하여 해당 공장부지 안에 설치하는 부대시설까지 공장의 범위에 포함한다고 하고 있고, 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 시행규칙제2조에서 사무실·창고·경비실·전망대·주차장·화장실 및 자전거보관시설, 수조·저유조·사일로 및 저장조 등 저장용 옥외구축물(지하 저장용시설을 포함), 송유관, 옥외주유시설, 급·배수시설, 변전실, 기계실 및 펌프실, 보육시설 및 기숙사, 식당·휴게실·목욕실·세탁장’등을 공장 부대시설의 범위에 포함하고 있으므로, 청구법인이 건축한 지원시설동은지방세특례제한법 시행령 제29조 제3항에 따른 공장의 부대시설로 보아 산업용 건축물에 해당한다.
(2) 청구법인은 2013년 3월 농공단지 조성공사를 완료한 후 생산시설을 신축하려 하였으나 생산시설 가동을 위해서는 필수적으로 공업용수가 확보되어야 하는바, 청구법인이 농공단지 조성공사를 완료하기 전인 2009년 9월에 처분청은 OOO의 지정 및 실시계획 승인을 고시하면서 1일 공업용수량 993.70㎥를 공급할 계획에 있었고, 이는 OOO 공업용수관로 계획에 따라 설치되는 공업용수 통합관로가 청구법인의 농공단지 조성 현장을 지나가도록 설계된 사실을 바탕으로 이를 이용한 공업용수 공급을 신뢰하여 농공단지 조성을 계획하였으나 청구법인이 쟁점토지를 취득한 후 생산시설을 건축하는데 OOO 산업단지 지정 해제에 따라 처분청의 공업용수 통합관로 설치 계획이 무산되었고 이를 이용하여 용수공급을 확보하려던 청구법인의 계획이 무산되어 생산시설 건설 일정이 지연된 것이므로 이는 외부적인 사유로 인하여 유예기간 내에 사용하지 못한 정당한 사유에 해당한다.
(2) 생산시설 가동을 위한 처분청의 용수공급 지연으로 유예기간 내에 산업용 건축물을 건축하기 위하여 착공하지 못한 정당한 사유에 해당한다고 주장하지만, 정당한 사유란 법령에 의한 금지·제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유 업무에 직접 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 목적사업에 사용할 수 없는 법령·사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 부동산을 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지의 여부를 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것으로 청구법인의 경우 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다.
3. 심리 및 판단
(1) 청구법인이 산업단지 조성공사 종료일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 쟁점①토지에 산업용 건축물을 건축하지 아니한 것으로 보아 지목변경 취득세 등을 추징한 처분의 당부
(2) 청구법인이 산업단지 조성공사 종료일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 쟁점①토지에 산업용 건축물을 건축하지 아니한 것으로 보아 재산세 등을 추징한 처분의 당부
(3) (직권심리) 쟁점②토지의 지목변경 취득세 등을 신고하지 아니한 것으로 보아 무신고가산세 등을 부과한 처분의 당부
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 처분청은 2009.11.19. 청구법인을 OOO 사업시행자로 하여 OOO 일원 146,778㎡를 “OOO”로 지정․고시하였고, 이와 함께 농공단지의 개발을 위한 주요시설 지원계획으로 용수공급시설을 명시하였으며, 일일 총 공급용수 1,071.10㎥(㎥/일) 중 공업용수는 993.70㎥, 생활용수는 77.4㎥인 것으로 나타난다. (나) OOO는 2009.12.9. 주식회사 OOO를 사업시행자로 하여 OOO 일원 778,565㎡를 “OOO”로 지정․고시하였다. (다) 청구법인은 2011.9.5. “OOO” 입주계약을 처분청과 체결하였다. (라) OOO는 2012.7.23. 국가 건설경기 침체 장기화 및 금융여건 경색으로 사업시행 가능성이 불투명하고 추가적인 주민의 재산권 제한 방지 등을 이유로 “OOO 일반산업단지” 지정을 해제한 것으로 나타난다. (마) 청구법인은 2013.3.27. 산업단지개발사업의 시행자로서 OOO에 소재하는 쟁점①토지에 대한 산업단지 조성사업을 완료한 후 지방세특례제한법 제78조 제1항에 따라 산업단지 개발사업의 시행자가 산업단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산이라 신고하여 지목변경 취득세 등을 면제받았고, 쟁점①토지에 대한 2013년도부터 2016년도까지 재산세(토지분) 등을 면제받았다. (바) 처분청은 2014.7.8. OOO의 용수공급계획을 아래와 같이 변경․고시한 것으로 나타난다. (사) 청구법인이 2016.10.4. 쟁점①토지 중 OOO에 아래와 같이 쟁점건축물(공장-지원시설)을 신축하여 취득하고 취득세 등을 신고․납부하였다. (아) 청구법인은 2016.10.14. 쟁점①토지에 생산시설을 건축하기 위하여 착공신고를 하였고, 2018.8.28. 쟁점①토지에 공장(생산시설)을 준공하였다. (자) 청구법인이 “OOO”를 조성하기 위한 일련의 진행상황은 아래와 같이 나타난다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저, 쟁점(1)에 대하여 살펴본다. 지방세특례제한법제78조 제1항에서산업입지 및 개발에 관한 법률제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자가 산업단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제하되, 다만, 산업단지를 조성하기 위하여 취득한 부동산의 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 산업단지를 조성하지 아니하는 경우에 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세 등을 추징한다고 규정하고 있다. 위의지방세특례제한법제78조에서 제1항 본문에 따라 감면받은 지방세는 제1항 단서에 따라, 제2항 본문에 따라 감면받은 지방세는 제2항 단서에 따라, 제3항 본문에 따라 감면받은 지방세는 제3항 단서에 따라 각각 추징할 수 있도록 지방세의 감면규정과 그에 대한 추징규정을 구분하는 체계와 형식을 갖추고 있으므로, 위 법 제78조 제1항에 따라 감면받은 지방세는 제1항 단서규정의 요건을 충족하는 경우에만 추징할 수 있고, 같은 조 제3항 단서의 추징규정에 따라 추징하는 것은 허용될 수 없다고 보는 것이 타당하다 할 것(대법원 2018.8.30 선고 2018두43590 판결, 같은 뜻임)이다. 처분청은 청구법인이 산업단지 조성공사가 끝난 후 3년 이내에 정당한 사유 없이 쟁점①토지에 산업용 건축물 등을 신축하지 아니하였으므로지방세특례제한법제78조 제3항 단서에 따라 쟁점①토지의 지목변경 취득세 등은 추징대상이라는 의견이나, 청구법인은 OOO의 사업시행자로서 산업단지 조성을 위하여 쟁점①토지를 취득하고 쟁점①토지의 지목을 변경한 후 같은 법 제78조 제1항에 따라 취득세 등을 감면받은 점, 같은 법 제78조 제1항 단서에서 추징사유로 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 산업단지를 조성하지 아니하는 경우만을 규정하고 있는 점, 청구법인은 쟁점토지의 취득일부터 3년 이내에 산업단지의 조성을 완료한 사실이 처분청이 2013.3.27. 청구법인에게 한 산업단지 조성 준공인가서 등에 의하여 확인되는 점, 청구법인이 같은 법 제78조 제1항에 따라 감면받은 쟁점①토지의 지목변경 취득세 등을 같은 조 제3항의 단서규정에 의하여 추징대상이 되는지 여부를 판단할 수 없는 점 등에 비추어, 청구법인은 산업단지를 조성하기 위하여 쟁점①토지의 지목을 변경하였으므로 취득세 등의 감면대상에 해당하고, 쟁점①토지의 지목변경일부터 3년 이내에 산업단지의 조성을 완료하여 감면받은 취득세 등의 추징사유가 발생한 것으로 보기 어려우므로 청구법인이 쟁점①토지상에 산업용 건축물을 신축했는지 여부에 관계없이 처분청이 이 건 취득세 등을 추징한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.
(3) 다음으로, 쟁점(2)에 대하여 살펴본다. 지방세특례제한법제78조 제3항에서 제1항에 따른 사업시행자가 산업단지 조성공사를 끝내면 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 감면하되 다만, 산업단지 조성공사가 끝난 후에 정당한 사유 없이 3년 이내에 산업용 건축물 등을 신축하거나 증축하지 아니하는 경우에 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다고 규정하면서, 그 제2호에서 2014년 12월 31일까지 산업단지 안에서 신축하거나 증축한 산업용 건축물등 및 조성공사가 끝난 토지(사용승인을 받거나 사실상 사용하는 경우를 포함한다)에 대하여는 그 부동산에 대한 재산세의 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 재산세의 100분의 50을 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 면제)한다고 규정하고 있다. 위 법률에 규정된 “정당한 사유”라 함은 법령에 의한 금지․제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 입법취지를 충분히 고려하면서 당해 법인이 영리법인인지 아니면 비영리법인인지 여부, 토지의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령 사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 토지를 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지의 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것(대법원 2002.9.4. 선고 2001두229 판결, 같은 뜻임)이다. 처분청은 청구법인이 정당한 사유 없이 산업단지 조성공사 완료일부터 3년 이내에 쟁점①토지에 산업용 건축물을 신축하지 아니하였으므로 쟁점①토지에 대한 2013년도분부터 2016년도분까지의 재산세 등이 추징대상이라는 의견이나, 쟁점①토지상의 생산시설용 건축물의 준공이 지연된 것은 생산시설의 가동을 위해서 필수적이라 할 수 있는 공업용수계획의 변경에 기인한 것으로 보이고 이는 위 조성공사가 완료될 당시에는 청구법인이 예측할 수 없었던 장애사유로 보이는 점, 청구법인이 이를 해결하기 위하여 지하수 시설 등을 설치하였고 이로 인하여 처분청의 급수공사가 지연됨에 따라 공사가 지연된 것으로 보이는 점, OOO 조성공사가 완료된 날인 2013.3.27.부터 3년 이내인 2015.3.27. 쟁점①토지상에 산업용 건축물(제조시설의 관리․지원시설)인 쟁점건축물 건축공사를 착공하여 2016.10.4. 이를 준공하였고, 동 건축물이 준공되자 같은 날 생산시설용 건축물의 건축공사를 착공한 점 등에 비추어 산업단지 조성공사가 끝난 후 3년 이내에 산업용 건축물을 신축하지 못한 정당한 사유가 있는 것으로 보임에도 처분청이 쟁점①토지의 2013년도분부터 2016년도분까지의 재산세 등을 추징한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
(4) 마지막으로, 쟁점(3)에 대하여 살펴본다. 지방세법제21조 제1항에서 취득세 납세의무자가 제20조에 따른 신고 또는 납부의무를 다하지 아니하면 제10조부터 제15조까지의 규정에 따라 산출한 세액 또는 그 부족세액에지방세기본법제53조의2부터 제53조의4까지의 규정에 따라 산출한 가산세를 합한 금액을 세액으로 하여 보통징수의 방법으로 징수한다고 규정하고 있고,지방세기본법(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정되기 전의 것) 제2조 제4호에서 “지방세관계법”이란지방세법과지방세특례제한법을 말한다고 규정하고 있으며, 같은 법 제53조의2 제1항에서 납세의무자가 법정신고기한까지 지방세관계법에 따라 산출한 세액(이하 "산출세액"이라 한다)을 신고하지 아니한 경우에는 산출세액의 100분의 20에 상당하는 금액을 무신고가산세로 부과한다고 규정하고 있다. 조세법률주의의 원칙상 과세요건, 비과세요건, 감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다 할 것(대법원 2003.1.24. 선고 2002두9537 판결, 같은 뜻임)인바, 위의 규정에서 무신고가산세는 지방세관계법인지방세법과지방세특례제한법을 적용하여 산출된 세액의 100분의 20에 상당하는 금액을 의미하는 것으로 규정되어 있으므로 지방세 납세자가 부동산을 취득하여 취득세 면제대상이 되는 경우로서 60일 이내에 취득세의 면제신청이나 신고․납부를 하지 아니한 경우에는지방세법과지방세특례제한법을 적용하여 산출된 취득세액이 0원이 되는 것이고, 산출세액의 20%인 무신고가산세도 0원이 되어 이를 부과할 수 없다고 보는 것이 타당하다 할 것(조심 2013지1045, 2014.2.26., 같은 뜻임)이다. 쟁점②토지의 지목변경 취득세 등은지방세특례제한법제78조 제1항에 따라 면제대상이고, 이에 따라 지방세관계법에 따라 산출된 쟁점②토지의 지목변경 취득세 산출세액은 0원이 되며, 산출세액의 20%인 무신고가산세도 0원이 되어 청구법인이 쟁점②토지의 지목변경 취득세 등을 신고하지 않았다 하더라도 무신고가산세를 부과할 수 없다고 보는 것이 타당하므로 처분청이 이 건 취득세(무신고가산세)를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다. 다만,농어촌특별세법제5조 제1항에서지방세특례제한법에 따라 감면받는 취득세액의 20%를 농어촌특별세액으로 규정하고 있으므로 이 건 농어촌특별세(취득세 감면분)의 부과처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로지방세기본법제96조 제6항과국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.