청구법인이 감면받고 취득한 이 건 부동산을 취득일부터 2년 이내에 신탁하고 물류사업용으로 사용하지 아니한 데 대하여 취득세 등을 추징한 처분의 당부

[주 문] OOO이 2017.6.22. 청구법인에게 한 취득세 OOO지방교육세 OOO농어촌특별세 OOO합계 OOO의 부과처분은 청구법인이 OOO12필지 토지 31,111㎡ 및 지상 건축물 4,099.99㎡, 같은 리 OOO외 1필지 토지 661㎡ 및 지상 건축물 453㎡를 취득한 날로부터 2년이 경과한 날 취득세 등 추징 대상이 되었다고 보아 그 사유발생일부터 30일이 경과한 날부터 납부불성실가산세를 가산하는 것으로 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2014.12.30. 물류창고 보관업, 물류창고 임대업 등을 목적사업으로 하여 설립(등기)된 법인으로, 2014.12.31. OOO12필지 토지 31,111㎡ 및 지상 건축물 4,099.99㎡, 같은 리 OOO외 1필지 토지 661㎡ 및 지상 건축물 453㎡(<별지> 기재, 이하 “이 건 부동산”이라 한다)을 취득하고, 조세특례제한법(2014.12.23. 법률 제12853호로 일부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제120조 제3항에 따라 창업중소기업이 창업일부터 4년 이내에 취득하는 사업용 재산으로 신고하여 취득세 등을 면제받았다.
• 나. 처분청은 청구법인이 이 건 부동산의 취득일부터 2년 이내에 정당한 사유 없이 해당 사업에 직접 사용하지 않고 2015.1.2. 처분(신탁을 원인으로 소유권 이전등기)하였다고 보아 2017.6.22. 청구법인에게 면제받은 취득세 OOO지방교육세 OOO농어촌특별세 OOO합계 OOO을 부과·고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2017.7.7. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 물류업 등을 영위하기 위해 창업하여 이 건 부동산을 취득하였고 이 건 부동산 중 건축물을 철거하고 새로운 물류창고를 신축하여 사업을 할 계획이었으며 이를 위해 이 건 부동산을 담보신탁하고 자금을 마련한 것으로, 청구법인 명의로 물류창고의 신축 등 사업을 하는 것이지 수탁자인 신탁회사 명의로 사업을 시행한 것이 아니고, 신탁기간 중 부동산을 신탁하였다 신탁기간 종료 후 피담보채무를 변제하고 위탁자에게 소유권이전등기가 환원되어 이를 종국적 처분이라고 보기 어려우며, 청구법인이 이 건 부동산 중 건축물을 철거(2015.11.17. 철거 신고)한 후 물류창고 신축을 위한 개발행위허가를 신청하였으나 처분청이 이를 허가하지 아니하여(2016.1.19. 불가 통보) 물류창고를 신축하지 못한 것으로, 처분청이 이러한 일련의 진행상황을 무시한 채 취득세 등을 추징한 것은 중소기업이 사업용 재산을 사업자금 마련을 위해 일체의 담보로 제공할 수 없고 오직 자기 자본만으로 사업을 운영하라는 것으로서 중소기업의 창업을 지원하기 위한 조세특례제한법의 취지에 반하는 것으로 부당하다. 나.처분청 의견 신탁법상의 신탁은 위탁자가 수탁자에게 특정의 재산권을 이전하거나 기타의 처분을 하여 수탁자로 하여금 신탁 목적을 위하여 그 재산권을 관리·처분하게 하는 것이므로 부동산 신탁에 있어 수탁자 앞으로 소유권이전등기를 마치게 되면 대내·외적으로 소유권이 수탁자에게 완전히 이전될 뿐 위탁자와의 내부관계에서 소유권이 위탁자에게 유보되는 것이 아니고, 이와 같이 신탁의 효력으로서 신탁재산의 소유권이 수탁자에게 이전되는 결과 수탁자는 대내·외적으로 신탁재산에 대한 관리권을 갖게 된다(대법원 2011.2.10. 선고 2010다84246 판결 참조) 할 것이다. 또한, “직접 사용”이라 함은 해당 부동산의 소유자 또는 사실상 취득자의 지위에서 현실적으로 해당 부동산을 그 업무 자체에 직접 사용하는 것이고 추징규정에서 “매각·증여”의 의미는 유상 또는 무상으로 소유권이 이전된 경우를 의미하는 것(대법원 2015.3.25. 선고 2010다84246 판결 참조)이므로 신축·분양할 목적으로 토지를 취득하여 취득세를 경감 받은 자가 같은 날 신탁을 원인으로 신탁회사로 소유권이전등기를 경료하여 신탁회사 명의로 건축할 경우 기 감면한 취득세를 추징하는 것은 타당하다 할 것(지방세특례제도과-3492, 2015.12.23. 같은 취지 참조)인바, 청구법인이 2014.12.31. 이 건 부동산을 취득한 후 2015.1.2. 신탁을 원인으로 하여 2015.1.30. OOO로 소유권이전등기를 한 것으로 나타나는 이상 취득세 등의 추징대상에 해당한다 할 것이다. 이 건 신탁이 추징사유에 해당하지 아니한다 하더라도 조세특례제한법제120조 제3항은 취득일부터 2년 이내에 그 재산을 정당한 사유 없이 해당 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우를 면제받은 세액의 추징사유로 규정하고 있고, 여기서 ‘정당한 사유’란 법령에 의한 금지·제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론, 고유 업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 고유 목적에 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 토지를 고유 업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 하는바(대법원 1998.11.27. 선고 97누5121 판결 참조), 청구법인은 2014.12.31. 이 건 부동산을 취득한 후 2016.12.31.까지 물류보관업에 사용하지 아니하고 빈 사무실·상점·공터로 두고 있고, 이는 청구법인이 2015.12.22. 이 건 부동산에 건축허가를 신청했으나 2016.1.19. 불가통보를 받아 물류창고를 건축하지 못한 데 따른 것으로, 청구법인이 이 건 부동산을 취득하기 전에 관련 사항을 행정관청에 문의했다면 물류창고를 건축하는 것이 어렵다는 것을 확인할 수 있었을 것이므로, 청구법인은 이 건 부동산의 취득 당시 구체적인 법령상의 장애사유를 몰랐다고 하더라도 행정관청이나 전문가에게 문의하여 조금만 주의를 기울였다면 법령상의 장애사유가 존재함을 알 수 있었던 상황에서 이 건 부동산을 취득하였다고 봄이 상당하고, 취득일부터 2년 이내에 이 건 부동산을 해당 업무에 직접 사용하지 못한 것도 동일한 사유로 인한 것이므로 위와 같은 법령상 장애사유는 청구법인이 이 건 부동산을 해당 업무에 직접 사용하지 못한 것에 대한 정당한 사유로 보기 어려워 이 건 부동산의 취득세를 추징한 것은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 청구법인이 감면받고 취득한 이 건 부동산을 취득일부터 2년 이내에 신탁하고 물류사업용으로 사용하지 아니한 데 대하여 취득세 등을 추징한 처분의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법(2014.12.23. 법률 제12853호로 일부개정되기 전의 것): 창업 당시 시행 법률 제6조【창업중소기업 등에 대한 세액감면】

③ 창업중소기업과 창업벤처중소기업의 범위는 다음 각 호의 업종을 경영하는 중소기업으로 한다.

18. 대통령령으로 정하는 물류산업(이하 "물류산업"이라 한다) 제120조【취득세의 면제 등】

③ 2014년 12월 31일까지 창업하는 창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 해당 사업을 하기 위하여 창업일부터 4년 이내에 취득하는 사업용 재산에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만, 취득일부터 2년 이내에 그 재산을 정당한 사유 없이 해당 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용·처분(임대를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)하는 경우 또는 정당한 사유 없이 최초 사용일부터 2년간 해당 사업에 직접 사용하지 아니하고 다른 목적으로 사용하거나 처분하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다.

(2) 조세특례제한법 시행령(2014.9.11. 대통령령 제25590호로 일부개정되기 전의 것) 제5조【창업중소기업 등에 대한 세액감면】

⑧ 법 제6조 제3항 제18호에서 "대통령령으로 정하는 물류산업"이란 운수업 중 화물운송업, 화물취급업, 보관 및 창고업, 화물터미널운영업, 화물운송 중개·대리 및 관련 서비스업, 화물포장·검수 및 형량 서비스업, 항만법에 따른 예선업 및 도선법에 따른 도선업과 기타 산업용 기계장비 임대업 중 파렛트임대업(이하 "물류산업"이라 한다)을 말한다.

(3) 지방세특례제한법(2015.12.29. 법률 제13637호로 일부개정되기 전의 것): 이 건 부동산 신탁 당시 시행 법률 제2조【정의】① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "고유업무"란 법령에서 개별적으로 규정한 업무와 법인등기부에 목적사업으로 정하여진 업무를 말한다.

8. "직접 사용"이란 부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다. 제58조의3【창업중소기업 등에 대한 감면】① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업이 해당 사업을 하기 위하여 창업일부터 4년 이내에 취득하는 사업용 재산(지방세법 제127조 제1항 제1호에 따른 비영업용 승용자동차는 제외한다)에 대해서는 취득세의 100분의 75에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 취득일부터 2년 이내에 그 재산을 정당한 사유 없이 해당 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용·처분(임대를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)하는 경우 또는 정당한 사유 없이 최초 사용일부터 2년간 해당 사업에 직접 사용하지 아니하거나 처분하는 경우에는 감면받은 세액을 추징한다.

1. 2016년 12월 31일까지 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 중소기업(이하 이 조에서 "창업중소기업"이라 한다)

2. 2016년 12월 31일까지 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조제1항에 따른 벤처기업 중 대통령령으로 정하는 기업으로서 창업 후 3년 이내에 같은 법 제25조에 따라 벤처기업으로 확인받은 기업(이하 이 조에서 "창업벤처중소기업"이라 한다)

④ 제1항부터 제3항까지의 감면 대상 창업중소기업 및 창업벤처중소기업의 범위는 제100조 제3항 각 호의 업종을 경영하는 중소기업으로 한다. 다만, 제100조 제3항 제20호의 업종 중 체육시설의 설치·이용에 관한 법률에 따라 골프장을 경영하는 기업과 같은 조 제6항에 해당하는 경우에는 제1항부터 제3항까지의 취득세, 재산세 및 등록면허세 감면대상이 되는 창업중소기업 및 창업벤처중소기업의 범위에서 제외한다.

(4) 지방세법(2015.12.29. 법률 제13636호로 일부개정되기 전의 것) 제20조【신고 및 납부】

③ 이 법 또는 다른 법령에 따라 취득세를 비과세, 과세면제 또는 경감받은 후에 해당 과세물건이 취득세 부과대상 또는 추징 대상이 되었을 때에는 제1항에도 불구하고 그 사유 발생일부터 30일 이내에 해당 과세표준에 제11조부터 제15조까지의 세율을 적용하여 산출한 세액 [경감받은 경우에는 이미 납부한 세액(가산세는 제외한다)을 공제한 세액을 말한다]을 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고하고 납부하여야 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청 및 청구법인이 제출한 증빙자료에 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인(사내이사 OOO)은 2014.12.30. 물류창고 보관업, 물류창고 임대업 등을 목적사업으로 하여 설립(등기)된 법인이다. (나) 청구법인은 2014.12.31. 이 건 부동산을 취득하고, 2015.1.20. 취득세 등을 신고하면서 조세특례제한법 제120조 제3항에 따라 창업중소기업이 물류창고업을 하기 위하여 취득하는 사업용 재산으로 하여 취득세 등 OOO을 면제받았다. (다) 청구법인은 2015.1.2. 이 건 부동산을 OOO에 담보신탁하고 2015.1.30. OOO에게 소유권이전등기(등기원인: 2015.1.2. 신탁)를 하였고, 청구법인(위탁자)과 OOO(수탁자)간 체결한 이 건 부동산에 관한 부동산담보신탁계약서(2015.1.2.자)에 따르면 ‘위탁자가 부담하는 채무 내지는 책임의 이행을 보장하기 위하여 수탁자가 신탁부동산을 보전·관리·처분하고 채무불이행시 환가·정산’하는데 신탁의 목적(제1조)을 두고 선순위 우선수익자 및 우선수익자의 수익권의 한도를 OOO우선수익자와 위탁자간 여신거래로 발생하여 증감 변동되는 우선수익자의 원금, 이자 및 지연손해금 등의 최고한도 OOO억원’(제3조 및 제7조)으로 하였고, 신탁부동산을 사실상 계속 점유 사용하고 신탁부동산에 대한 실질적인 보존과 일체의 관리행위를 할 권한 및 이에 따른 일체의 비용을 부담할 의무는 위탁자에게 있는 것(제9조)으로 나타나며, 신탁의 종료와 관련하여서는 제25조에서 ‘① 이 신탁은 신탁기간 만료, 신탁기간 중 위탁자가 우선수익자에 대한 채무를 변제하고 신탁계약을 해지하는 때, 위탁자가 수익권증서를 교부받은 후 우선수익자와 여신거래를 하지 아니하고 그 수익권증서를 반환하여 신탁계약을 해지하는 때, 신탁의 해지, 신탁부동산의 처분에 의하여 종료한다. ② 신탁기간 만료 또는 신탁해지로 신탁계약이 종료하는 경우에는 위탁자는 수탁자에게 수익권증서를 반환하고 수탁자는 위탁자에게 신탁부동산을 현상대로 인도한다’고 규정한 것으로 나타난다. (라) 청구법인은 2015.11.17. 이 건 부동산 지상의 건축물을 철거한 후 2015.12.22. 건축허가를 신청하였으나, 처분청은 2016.1.19. 다음과 같은 사유로 건축허가(신축) 불가 통보하였다. <건축허가(신축) 불가 통보(OOO건축행정과-915, 2016.1.19.자)> (마) 처분청 담당자가 2017.3.9. 이 건 부동산에 현지출장한 결과, 이 건 부동산 중 일부는 건물이 폐쇄되어 있고, 일부는 건물 철거 후 나대지 상태여서 물류사업을 영위한 사실이 없는 것으로 나타난다.

(2) 처분청은 2016.9.22. 정부합동감사결과에서 지방세특례제한법제58조의3 제1항 및 제58조의3 제1항에 따라 취득세를 감면받은 자가 각 조문 단서 조항에 따른 취득세 추징기간 내에 신탁계약에 의해 신탁자에게 부동산 소유권을 이전하였다면 취득세 추징사유에 해당하므로 청구법인에게 추징사유가 있다 하여 시정요구를 받았고, 이에 2016.12.2. 취득세 등 납세고지서를 발송하였으나 청구법인이 2017.4.6. 제기한 이의신청 과정에서 청구법인에게 보낸 납세고지서가 법인 본점으로 발송되지 아니하였다는 사실을 확인하여 2017.4.10. 전액 감액(OOO는 2017.6.14. 원처분 부존재를 이유로 이의신청을 각하)하였다가, 청구법인이 이 건 부동산을 신탁한 날(2015.1.2.)부터 30일이 경과한 2015.2.2.부터 납부불성실가산세를 가산하여 2017.6.22. 청구법인에게 다음 <표>와 같이 취득세 OOO지방교육세 OOO농어촌특별세 OOO합계 OOO(신고·납부불성실 가산세 포함)을 부과·고지하였다. <표> 취득세 등 부과내역 (단위: 원)

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 처분청은 청구법인이 이 건 부동산을 취득한 날부터 2년 이내에 정당한 사유 없이 다른 목적으로 사용·처분하였다고 보았으나, 조세특례제한법제120조 제3항은 창업중소기업이 취득세 등을 면제받고 취득한 사업용 재산과 관련하여 취득일부터 2년 이내에 그 재산을 정당한 사유 없이 해당 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용·처분(임대를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)하는 경우 면제받은 세액을 추징하도록 규정하고 있는 바, 청구법인이 이 건 부동산을 취득한 날(2014.12.31.)부터 2년 이내인 2015.1.2. OOO에게 신탁을 원인으로 소유권이전등기를 한 사실은 있으나, 이는 OOO과의 여신거래로 인하여 발생한 원금, 이자 및 지연손해금 등 채무의 이행을 보장하기 위하여 한 부동산담보신탁계약에 따른 것으로 신탁법상의 신탁행위는 재산의 사용·수익·처분의 권리를 배타적으로 양도하는 일반적인 소유권의 이전과는 다르게 볼 수 있는 점, 위 부동산담보신탁계약서에 따르면 신탁부동산을 사실상 계속 점유 사용하고 신탁부동산에 대한 실질적인 보존과 일체의 관리행위를 할 권한 및 이로 인해 발생하는 비용을 부담할 의무가 위탁자인 청구법인에게 있는 것으로 나타나 청구법인이 이 건 부동산의 실질적인 사용권한이 있는 자에 해당하는 점 등에 비추어 청구법인이 담보신탁을 원인으로 OOO에게 소유권이전등기를 하여 준 것을 2년의 직접 사용기간 내에 정당한 사유 없이 다른 목적으로 사용·처분한 것으로 볼 수 없다고 판단된다. (나) 다만 청구법인은 위 조항에 따라 이 건 부동산을 취득한 날(2014.12.31.)부터 2년 이내에 물류사업용으로 직접 사용할 의무가 있음에도 2017.3.9. 처분청이 이 건 부동산에 현지출장할 당시까지 물류사업용으로 사용을 개시하지 아니한 것으로 나타나고, 감면된 취득세 등의 추징배제사유인 ‘정당한 사유’란 법령에 의한 금지, 제한 등 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위하여 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하며 법령·사실상의 장애사유 및 장애정도, 해당 용도로 직접 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정기관의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 판단(대법원 2003.12.12. 선고 2003두99778 판결 등)해야 할 것인 바, 청구법인이 이 건 부동산을 물류사업용으로 사용하지 못한 것은 진입도로 및 취락지구와의 이격거리 미확보 등의 사유로 처분청으로부터 건축허가(신축)를 받지 못한 것이 가장 큰 이유로 보이고, 청구법인이 이 건 부동산의 취득 당시 위와 같은 구체적인 법령상의 장애사유를 몰랐다고 하더라도 행정관청이나 전문가에게 문의하여 조금만 주의를 기울였다면 법령상의 장애사유가 존재함을 알 수 있었던 상황에서 이 건 부동산을 취득하였다고 봄이 상당한 점, 제출된 자료만으로는 청구법인이 위 법령상의 장애사유를 해소하기 위하여 노력하였다거나 달리 이 건 부동산을 해당 사업에 직접 사용하기 위하여 진지한 노력을 기울였다고 인정하기 어려운 점 등에 비추어 감면된 취득세 등의 추징 배제사유인 정당한 사유를 인정하기 어려워 보인다. 다만, 처분청은 취득세 등을 추징하면서 이 건 부동산의 신탁일(2015.1.2.)부터 30일이 경과한 2015.2.2.부터 납부불성실 가산세를 가산하였으나, 취득세 등 추징사유를 “정당한 사유 없이 2년 이내에 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 것”으로 볼 경우 납부불성실가산세의 기산일은 이 건 부동산의 취득일(2014.12.31.)부터 2년이 경과한 날부터 30일이 지난 2017.2.1.이 되어야 한다 하겠다. (다) 따라서 청구법인이 이 건 부동산의 취득일부터 2년 이내에 정당한 사유 없이 해당 사업에 직접 사용하지 아니하고 처분하였다고 보아 신고·납부불성실가산세를 가산하여 한 이 건 취득세 등 부과처분은 처분청이 납부불성실가산세 부과의 기산일을 2015.2.2.로 한 잘못이 있으나 나머지 부분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 지방세기본법 제96조 제4항, 국세기본법 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.