청구법인의 자본금이 개인사업자의 순자산가액에 미달하여 감면요건을 충족하지 못한 것으로 보아 취득세 등을 과세한 처분의 당부

[참조결정] 조심2015지0733

[주 문] OOO시장이 2016.10.14. 청구법인에게 한 취득세OOO지방교육세 OOO농어촌특별세 OOO합계 OOO의 부과처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2012.12.26. 개인사업자 OOO(상호: OOO이하 “개인사업자”라 한다)가 영위하던 사업을 법인으로 전환하기 위하여 설립되어 2013.1.18. 개인사업자로부터 OOO외 1필지 토지 1,624㎡ 및 건물 603.6㎡(이하 “이 건 부동산”이라 한다)를 취득하고, 조세특례제한법(2013.8.13. 법률 제12031호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제120조 제5항 및 제32조에 따른 사업의 양도·양수로 취득하는 사업용 재산으로 감면을 신청하여 취득세 등을 면제받았다.
• 나. 처분청은 청구법인의 설립등기일(2012.12.26.) 현재 자본금(OOO억원)이 개인사업자의 순자산가액에 미달하여 취득세 등의 감면요건을 충족하지 못한 것으로 보아, 2016.10.14. 청구법인에게 이 건 부동산의 취득가액 OOO을 과세표준으로 하고지방세법제11조 제1항 제7호의 세율(4%)을 적용하여 산출한 취득세 OOO농어촌특별세 OOO지방교육세 OOO합계 OOO을 부과·고지하였다. 다.청구법인은 이에 불복하여 2017.1.12. 이의신청을 거쳐 2017.7.12.심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 처분청은순자산가액 산정시 기준일(통합일)이 상법에 따른 법인설립등기일이라는 국세청 예규(국세청 부동산거래관리과-664, 2012.12.7.)에 따라 판단하였으나, 이는 현물출자로 법인으로 전환하는 경우에 대한 예규이고, 현물출자방식의 법인전환은 상법상 변태설립사항이 포함되어 법인이 설립되는 것이므로 상법에 의한 현물출자재산 가액의 적정성에 대하여 법원의 인가를 그 요건으로 하여 법원에 현물출자 인가 신청 및 결정까지 상당한 시일이 소요되고 법원이 현물출자를 인가한 후 비로소 법인설립등기가 이루어지게 되는바, 처분청이 법인전환 시기의 판단 근거로 삼은 위 예규는 이 같은 상황에 대한 질의회신이며, 청구법인과 같이 사업 양도ㆍ양수에 의한 법인전환과 관련된 예규가 아니므로 청구법인의 법인전환 시기(통합일)는 법인설립등기일이 아닌 사업 양도ㆍ양수계약서상 양도ㆍ양수기준일인 2013.1.31.이 되어야 하고, 이 날을기준으로 청구법인의 자본금(OOO억원)은 소멸하는 개인사업자의 순자산가액OOO을 초과하므로 취득세 등의 면제대상에 해당한다.

(2) 처분청은 사업의 동질성 여부와 관련하여 2012.12.31. 현재의 매출채권 잔액인 OOO에는 현금조 OOO이 포함되어 있고, 이 금액은 청구법인이 개인사업자 시절 제3의 거래처에 재화를 공급하고 수취할 것으로 기대하는 OOO잔액이 아니며, 실질적인 외상매출금이라면 해당 채권을 포기하고 법인으로 전환하는 것은 사회통념상 이해할 수 없는 부분이고, 청구법인은 법인전환 전 개인사업자 시절부터 행해오던 사업목적의 변경 없이 동일한 사업을 영위하고 있는데도 사업의 동질성이 훼손되었다고 보아 이 건 취득세 등의 부과처분을 한 것은 부당하다.

• 나. 처분청 의견 (1)조세특례제한법제32조 및 제120조 제5항, 같은 법 시행령 제29조 제2항 및 제5항에서 개인사업을 영위하던 거주자가 발기인이 되어 소멸하는 개인사업장의 순자산가액 이상을 출자하여 법인을 설립하고, 그 법인설립일로부터 3개월 이내에 해당 법인에게 사업에 관한 모든 권리와 의무를 양도하여 법인으로 전환하는 경우 그 사업 양도·양수에 따라 취득하는 사업용 재산에 대하여는 취득세를 면제한다고 규정하고 있고, 이때 순자산가액은 통합일 현재의 시가로 평가한 자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액을 소멸하는 개인기업의 순자산가액으로 하고, 신설법인의 자본금이 개인기업의 순자산가액을 충족하여야만 하며, 여기서 통합일이라고 함은 실질적으로 개인기업에서 법인기업으로 전환이 이루어진 날로 보아야 할 것으로 개인기업의 자산평가를 위한 감정평가기준일이나 현물출자기준일은 아니라고 할 것이고, 법인전환 시기는 상법에 따른 법인설립등기일이 되는 것(국세청 부동산거래관리과-664, 2012.12.7.)이다. 또한,조세특례제한법제32조의 규정을 적용함에 있어 사업용 고정자산을 현물출자하거나 사업을 양도·양수하여 법인으로 전환하는 사업장의 순자산가액이란 같은 법 시행령 제28조 제1항 제2호의 규정에 따라 ‘법인전환일 현재의 시가로 평가한 자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액’을 말하는 것(국세청 서면2팀-1972, 2005.12.5., 서면2팀-2778, 2004.12.29.)이다. 법인전환일은 설립되는 법인의 설립등기일(법인설립등기일부터 3개월 이내에 당해 법인에게 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양도하는 경우에 한함)을 말하고, 사업 양도·양수방법에 의해 법인으로 전환하는 경우 순자산가액 계산시 사업용 자산은 법인으로 전환하는 사업장의 법인전환일 현재 대차대조표상 자산의 합계액을 말하는 것이므로, 현물출자나 사업 양도·양수 방법에 의한 법인전환시 법인전환으로 소멸되는 개인사업자의 순자산가액 산정 기준일을 달리 볼 합리적인 이유가 없고, 현물출자나 사업 양도·양수 방법에 의한 법인전환 시기는상법에 따른 법인설립등기일이 되는 것이며, 청구법인의 법인설립등기일인 2012.12.26. 현재 개인사업자의 재무상태표에는 자산총계 OOO부채총계 OOO자본총계 OOO으로 확인되고 있어 개인기업의 순자산가액은 OOO이므로 청구법인의 설립자본금(OOO억원)이 개인사업자의 순자산가액에 미달하여 조세특례제한법제120조 제5항에 따른 취득세 면제요건을 충족하지 못하였다. (2)개인기업을 법인기업으로 전환하는 것을 장려하되 그 과정에서 개인사업자가 출자금액을 부당하게 축소시키는 것을 방지하는 것(대법원 1994.11.18. 선고 93누20160 판결, 같은 뜻임)을 목적으로조세특례제한법제32조 제2항 및 같은 법 시행령 제29조 제5항에서 새로이 설립되는 법인의 자본금이 사업용 고정자산을 현물출자하거나 사업 양도·양수하여 법인으로 전환하는 사업장의 순자산가액 이상일 것을 감면요건으로 규정하고 있다고 할 것인바, 청구법인은 개인사업자의 외상매출금 중 일부OOO가 실제 외상매출금이 아니라고 주장하나, 청구법인이 제출한 자료만으로는 이를 인정하기 어렵고 청구법인의 주장을 받아들일 경우 법인설립 이후 개인사업자의 순자산가액을 임의대로 축소한 경우에도 세제 혜택을 부여하는 불합리한 결과를 초래할 수 있으므로 이에 대한 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 청구법인의 자본금이 개인사업자의 순자산가액에 미달하여 감면요건을 충족하지 못한 것으로 보아 취득세 등을 과세한 처분의 당부
• 나. 관련 법령: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구법인이 제출한 심리자료에 의하면 다음의 사실이 나타난다. (가) 등기사항전부증명서 및 주주명부에 따르면, 청구법인은 2012.12.26. 이 건 부동산의 소재지를 본점 소재지로 하고, 자본금을 OOO억원(1주의 금액 OOO보통주식 20,000주)으로 하며, 제약기계 제작업·기타 기계업 등을 목적사업으로 하여 설립되었고, 발기인이자 청구법인의 대표이사인 OOO는 발행주식의 100%인 20,000주를 취득한 것으로 나타난다. (나) 청구법인은 2013.1.18.(계약일 및 잔금일 동일) 개인사업자(업종: 제조·제약기계)로부터 이 건 부동산을 OOO에 취득하고, 2013.3.5.조세특례제한법제32조 및 제120조 제5항에 따른 사업 양도·양수로 취득하는 사업용 재산으로 감면 신청하여 취득세 등을 면제받았다. (다) 개인사업자의 2012.12.31. 기준 재무상태표에 의하면 자산총계는 OOO으로, 부채총계는 OOO으로, 자본총계는OOO으로 나타나고, 개인사업자의 계정별 원장(장기차입금)에는 2011.12.31. 현재 OOO2012.12.31. 현재 OOO이 기재되어 있어 OOO의 추가대출금이 있었는바, 청구법인은 OOO을 대표자의 인출금(가지급금)으로 회계처리하였다면 자본금이 대폭 감소하게 되어 대출이 불확실하게 될 수밖에 없어 자산으로 남겨진 것이라고 주장하였다. (라) 청구법인(을)과 개인사업자(갑)가 2013.1.18. 체결한 사업 양도·양수계약서의 주요내용은 아래와 같다. (마) 개인사업자의 2013.1.31. 현재의 양도·양수 자산, 부채 명세서는 <표>와 같다. <표> 2013.1.31. 양도·양수 자산, 부채 명세서 (단위: 원) (바) 청구법인이 제출한 개인사업자의 2012년 외상매출금 잔액명세서에 의하면 거래처명 OOO전기(월)이월 OOO잔액 OOO외상매출금 총 잔액 OOO이 기재되어 있다. (사) OOO회계법인이 2013.4.3. 개인사업자에게 제출한 순자산가액 평가보고서에는 이 건 부동산의 평가기준일은 2013.1.31.이고, 자산합계 OOO부채합계 OOO순자산가액 OOO으로 기재되어 있다. (아) 처분청은 2012.12.31. 현재 청구법인의 자본금(OOO억원)이 개인사업자의 순자산가액OOO에 미달하여 감면요건을 충족하지 못한 것으로 보아 이 건 부동산 취득가액OOO을 과세표준으로 하고지방세법제11조 제1항 제7호의 세율(4%)을 적용하여 산출한 이 건 취득세 등을 과세하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. 조세특례제한법제120조 제5항에서 제32조에 따른 현물출자 또는 사업 양도·양수에 따라 2014년 12월 31일까지 취득하는 사업용 재산에 대하여는 취득세를 면제하되 다만, 취득일부터 2년 이내에 대통령령으로 정하는 정당한 사유 없이 해당 사업을 폐업하거나 해당 재산을 처분(임대를 포함한다)하는 경우에는 감면받은 세액을 추징한다고 규정하고 있고, 같은 법 제32조 제1항에서 거주자가 사업용 고정자산을 현물출자하거나 대통령령으로 정하는 사업 양도ㆍ양수의 방법에 따라 법인으로 전환하는 경우 그 사업용 고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다고 규정하고 있으며, 같은 조 제2항에서 제1항은 새로 설립되는 법인의 자본금이 대통령령으로 정하는 금액 이상인 경우에만 적용한다고 규정하고 있다. 또한, 같은 법 시행령 제29조 제2항에서 법 제32조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 사업 양도·양수의 방법"이란 해당 사업을 영위하던 자가 발기인이 되어 제5항에 따른 금액 이상을 출자하여 법인을 설립하고, 그 법인설립일부터 3개월 이내에 해당 법인에게 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양도하는 것을 말한다고 규정하고 있고, 같은 조 제5항에서 법 제32조 제2항에서 "대통령령으로 정하는 금액"이란 사업용고정자산을 현물출자하거나 사업양수도하여 법인으로 전환하는 사업장의 순자산가액으로서 제28조 제1항 제2호의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말한다고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제28조 제1항 제2호에서 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 중소기업자가 당해 통합으로 인하여 취득하는 주식 또는 지분의 가액이 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 순자산가액(통합일 현재의 시가로 평가한 자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액을 말한다. 이하 같다) 이상일 것을 규정하고 있다. 조세특례제한법제120조 제5항 및 제32조에 따른 사업 양도·양수에 의하여 취득하는 사업용 재산에 대하여 취득세를 면제받기 위해서는 설립되는 법인의 자본금이 개인사업장의 순자산가액 이상이 되어야 하고, 순자산가액이란 사업의 양도·양수일 현재 시가로 평가한 자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액인 점(대법원 1998.11.24. 선고 97누6216 판결, 조심 2015지733, 2017.1.16., 같은 뜻임), 청구법인은 2012.12.26. 자본금 OOO억원으로 설립된 후 2013.1.18. 개인사업자와 사업에 관한 일체의 권리와 의무를 양수하는 내용의 사업 양도·양수계약을 체결하면서 2013.1.31.을 기준일로 약정한 점, 기준일 현재 개인사업자의 양도·양수자산명세서에 의하면 자산이 OOO부채가OOO순자산가액이 OOO으로 기재되어 있고 청구법인의 자본금은 동 순자산가액 이상인 OOO억원인 사실이 확인되는 점, 사업 양도·양수계약서에 의하면 개인사업자가 사업에 사용하던 부동산, 기계장치, 차량운반구 및 외상매출금 등 자산의 대부분이 계약의 대상이 된 것으로 나타나므로 개인사업자와 청구법인 사이에 사업의 동질성이 유지되었다고 보이는 점 등에 비추어, 청구법인의 자본금이 사업 양도·양수일 현재 개인사업자의 순자산가액 이상인 사실이 확인되므로조세특례제한법제120조 제5항에 따른 취득세 등의 감면요건을 충족하지 못한 것으로 보아 이 건 취득세 등을 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법제96조 제4항,국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령

(1) 조세특례제한법(2013.8.13. 법률 제12031호로 개정되기 전의 것) 제31조[중소기업 간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세 등] ① 대통령령으로 정하는 업종을 경영하는 중소기업 간의 통합으로 인하여 소멸되는 중소기업이 대통령령으로 정하는 사업용고정자산(이하 "사업용고정자산"이라 한다)을 통합에 의하여 설립된 법인 또는 통합 후 존속하는 법인(이하 이 조에서 "통합법인"이라 한다)에 양도하는 경우 그 사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다.

④ 제6조 제1항 및 제2항에 따른 창업중소기업 및 창업벤처중소기업 또는 제64조 제1항에 따라 세액감면을 받는 내국인이 제6조·제64조 또는 제121조에 따른 감면기간이 지나기 전에 제1항에 따른 통합을 하는 경우 통합법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 남은 감면기간에 대하여 제6조·제64조 또는 제121조를 적용받을 수 있다. 다만, 제121조는 제1항에 따른 통합 전에 취득한 사업용재산에 대해서만 적용한다.

⑥ 제144조에 따른 미공제 세액이 있는 내국인이 제1항에 따른 통합을 하는 경우 통합법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 내국인의 미공제 세액을 승계하여 공제받을 수 있다. 제32조[법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세] ① 거주자가 사업용고정자산을 현물출자하거나 대통령령으로 정하는 사업 양도ㆍ양수의 방법에 따라 법인(대통령령으로 정하는 소비성서비스업을 경영하는 법인은 제외한다)으로 전환하는 경우 그 사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다.

② 제1항은 새로 설립되는 법인의 자본금이 대통령령으로 정하는 금액 이상인 경우에만 적용한다.

③ 제1항을 적용받으려는 거주자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 이월과세 적용신청을 하여야 한다.

④ 제1항에 따라 설립되는 법인에 대해서는 제31조 제4항부터 제6항까지의 규정을 준용한다. 제120조[취득세의 면제 등] ⑤ 제32조에 따른 현물출자 또는 사업 양도·양수에 따라 2014년 12월 31일까지 취득하는 사업용 재산에대하여는 취득세를 면제한다. 다만, 취득일부터 2년 이내에 대통령령으로 정하는 정당한 사유 없이 해당 사업을 폐업하거나 해당 재산을 처분(임대를 포함한다)하는 경우에는 감면받은 세액을 추징한다.

(2) 조세특례제한법 시행령(2013.5.10. 대통령령 제24534호로 개정되기 전의 것) 제28조[중소기업간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세 등] ① 법 제31조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 업종을 경영하는 중소기업 간의 통합"이란 제29조 제3항에 따른 소비성서비스업(소비성서비스업과 다른 사업을 겸영하고 있는 경우에는 부동산양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도의 소비성서비스업의 사업별수입금액이 가장 큰 경우에 한한다)을 제외한 사업을 영위하는 중소기업자(중소기업기본법에 의한 중소기업자를 말한다. 이하 이 조에서 같다)가 당해 기업의 사업장별로 그 사업에 관한 주된 자산을 모두 승계하여 사업의 동일성이 유지되는 것으로서 다음 각호의 요건을 갖춘 것을 말한다. 이 경우 설립 후 1년이 경과되지 아니한 법인이 출자자인 개인(국세기본법제39조 제2항의 규정에 의한 과점주주에 한한다)의 사업을 승계하는 것은 이를 통합으로 보지 아니한다.

1. 통합으로 인하여 소멸되는 사업장의 중소기업자가 통합후 존속하는 법인 또는 통합으로 인하여 설립되는 법인의 주주 또는 출자자일 것

2. 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 중소기업자가 당해 통합으로 인하여 취득하는 주식 또는 지분의 가액이 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 순자산가액(통합일 현재의 시가로 평가한 자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액을 말한다. 이하 같다)이상일 것

② 법 제31조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 사업용고정자산"이란 당해 사업에 직접 사용하는 유형자산 및 무형자산(1981년 1월 1일 이후에 취득한 부동산으로서 기획재정부령이 정하는 법인의 업무와 관련이 없는 부동산의 판정기준에 해당되는 자산을 제외한다)을 말한다.

③ 법 제31조 제1항의 규정에 의하여 양도소득세의 이월과세를 적용받고자 하는 자는 통합일이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)시 통합법인과 함께 기획재정부령이 정하는 이월과세적용신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 제29조[법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세] ② 법 제32조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 사업 양도·양수의 방법"이란 해당 사업을 영위하던 자가 발기인이 되어 제5항에 따른 금액 이상을 출자하여 법인을 설립하고, 그 법인설립일부터 3개월 이내에 해당 법인에게 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양도하는 것을 말한다.

④ 법 제32조 제1항의 규정에 의하여 양도소득세의 이월과세를 적용받고자 하는 자는 현물출자 또는 사업양수도를 한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)시 새로이 설립되는 법인과 함께 기획재정부령이 정하는 이월과세적용신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

⑤ 법 제32조 제2항에서 "대통령령으로 정하는 금액"이란 사업용고정자산을 현물출자하거나 사업양수도하여 법인으로 전환하는 사업장의 순자산가액으로서 제28조 제1항 제2호의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말한다.