창업벤처중소기업의 사업용 재산으로 감면받은 부동산이 유예기간 내에 합병으로 소유권이 이전되는 경우 취득세 등의 추징대상인지 여부

[주 문] OOO구청장이 2017.11.10. 청구법인에게 한 취득세 OOO지방교육세 OOO농어촌특별세 OOO합계 OOO의 결정․통지는 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. OOO주식회사(이하 “피합병법인”이라 한다)는 2015.8.18. OOO토지 230.1㎡ 및 지상 건축물 284.44㎡(이하 “이 건 부동산”이라 한다)를 취득하고 지방세특례제한법(2015.12.29. 법률 제13637호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제58조의3 제1항에 따른 창업벤처중소기업의 사업용 재산으로 신고하여 취득세 등의 100분의 75를 감면받았다.
• 나. 청구법인은 2016.9.9. 피합병법인을 흡수합병(이하 “이 건 합병”이라 한다)하고 2016.10.14. 감면받은 이 건 부동산의 취득세 OOO지방교육세 OOO농어촌특별세 OOO합계 OOO(가산세 포함)을 기한 후 신고․납부하자, 처분청은 2017.11.10. 이에 대한 결정통지를 하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2017.11.10. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 합병은 두 개 이상의 회사가 단일의 회사로 합쳐짐으로써 하나의 법인격을 형성하는 것으로 외견상 기업구조가 재편되는 것일 뿐이고, 청구법인의 경우 합병 이후에도 피합병법인의 사업을 그대로 승계하여 청구일 현재에도 계속해서 영위하고 있으므로 흡수합병으로 사업운영 주체만 달라졌을 뿐 당초 감면 대상 사업이 계속적·연속적으로 영위되고 있고 사업 내용의 본질 또한 동일하다는 점을 고려한다면 이 건 합병으로 인하여 취득세 감면을 통한 중소기업 조세지원이라는 입법취지에서 크게 벗어났다거나 입법목적을 해함으로써 사후적으로 감면을 배제시킬 정도로 중대한 하자가 발생하였다고 보기 어려우며, 이 건과 사실관계가 유사한 유권해석(행정안전부 지방세운영-1973, 2008.10.28.) 등에서도 양수자가 사업을 승계하여 당초 취득목적에 사용하였는지 여부를 정당한 사유의 판단근거로 삼고 있으므로 이 건 합병과 같이 감면대상 사업의 연속성을 유지하는 기업구조조정 사례의 경우라면 취득세 등의 추징에서 배제되는 정당한 사유에 해당하는 것으로 해석하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 창업중소기업이 합병으로 인해 소멸되면서 그 감면혜택이 합병법인에게 승계된다면 오히려 중소기업의 창업에 대한 세제혜택이 아니라 대기업의 중소기업 흡수합병에 조세혜택을 주게 되는 결과를 초래하여 당초의 입법 취지에 반하는 결과가 되고, 유권해석(지방세특례제도과-1803, 2016.7.27.)에서도 유예기간 이내에 소유권이 이전되는 경우라면 기업의 합병·분할에 의한 것인지 여부는 추징을 판단하는 고려사항이 아니라 할 것이고 이는 추징대상에 해당한다고 해석하고 있는바, 피합병법인의 중소기업 창업으로 인한 조세감면 혜택은 합병으로 인하여 소멸되었다고 보아야 할 것이므로 청구주장을 받아들이기 어렵다 할 것이다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 합병으로 인하여 창업벤처중소기업의 사업용 재산으로 감면받은 부동산을 유예기간 내에 소유권 이전하는 경우 취득세 등의 추징대상인지 여부
• 나. 관련 법률: ＜별지＞ 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 피합병법인은 2013.5.27. 설립되어 광고 및 홍보, 마케팅대행업 등을 영위하는 법인으로 2015.8.18. 이 건 부동산을 취득하고 지방세특례제한법제58조의3 제1항에 따라 창업벤처중소기업이 취득하는 부동산으로 신고하여 취득세 등의 100분의 75를 감면(과밀억제권역 안 취득세 중과세대상)받았다. (나) 피합병법인의 대표이사 OOO은 2016.6.22. 동 법인주식 43,780주(지분율 100%)를 청구법인에게 매각하였고, 청구법인은 2016.9.9. 이 건 합병(무증자합병)을 통하여 이 건 부동산을 취득하였다. (다) 청구법인은 2016.10.13. 이 건 부동산에 대하여 기 감면받은 세액에 대하여 가산세를 포함한 취득세 등 합계 OOO을 기한 후 신고납부 하였고, 처분청은 2017.11.10. 이에 대한 결정통지를 하였다. (라) 청구법인이 제출한 자료(전자세금계산서 및 매입매출장)에 따르면 이 건 합병 후 청구법인이 피합병법인의 사업을 승계하여 운영하고 있는 것으로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 감면유예기간 내에 소유권이 이전되는 경우라면 합병에 의한 것이라도 취득세 등의 추징대상이라는 의견이나, 청구법인은 이 건 합병으로 이 건 부동산을 취득한 이후에도 피합병법인의 사업을 승계한 것으로 나타나는바, 피합병법인이 청구법인에게 흡수합병됨에 따라 이 건 부동산이 처분된 것은 피합병법인이 취득하여 영위하던 사업을 청구법인이 승계하여 계속하기 위한 것이므로 이를 당초 취득세 등을 감면한 취지를 벗어난 것이라고 할 수는 없으므로 정당한 사유가 있다 할 것(대법원 2010.7.8. 선고 2010두6007 판결, 같은 뜻임)이다. 따라서 처분청이 이 건 취득세 등의 기한 후 신고에 대하여 결정․통지를 한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법제96조 제4항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법률 지방세특례제한법(2015.12.29., 법률 제13637호로 개정되기 전의 것) 제58조의3(창업중소기업 등에 대한 감면) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업이 해당 사업을 하기 위하여 창업일부터 4년 이내에 취득하는 사업용 재산(지방세법 제127조 제1항 제1호에 따른 비영업용 승용자동차는 제외한다)에 대해서는 취득세의 100분의 75에 상당하는 세액을 경감한다. 다만, 취득일부터 2년 이내에 그 재산을 정당한 사유 없이 해당 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용·처분(임대를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)하는 경우 또는 정당한 사유 없이 최초 사용일부터 2년간 해당 사업에 직접 사용하지 아니하거나 처분하는 경우에는 감면받은 세액을 추징한다.

2. 2016년 12월 31일까지 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조 제1항에 따른 벤처기업 중 대통령령으로 정하는 기업으로서 창업 후 3년 이내에 같은 법 제25조에 따라 벤처기업으로 확인받은 기업(이하 이 조에서 "창업벤처중소기업"이라 한다). 이 경우 창업벤처중소기업의 창업일은 같은 법 제25조에 따라 벤처기업으로 확인받은 날(이하 이 조에서 "확인일"이라 한다)로 한다.