쟁점부동산이 「지방세특례제한법」제58조 제1항에 따른 취득세 등의 감면요건을 충족하지 못하였거나 추징사유가 발생한 것으로 보아 경정청구를 거부한 처분의 당부

[참조결정] 조심2015지0682

[주 문] OOO이 2017.6.9. 청구법인에게 한 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인과 주식회사 OOO외 2개 법인(이하 “공동사업시행자”라 한다)은 벤처기업집적시설을 개발․조성할 목적으로 컨소시엄을 구성하여 2010.3.12. OOO내에 소재한 OOO외 5필지 대지 8,610㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)를 취득하였고, 청구법인은 이 건 토지 중 청구법인의 지분에 해당하는 면적(3,419.556㎡)에 대하여 기업부설연구소 및 벤처기업집적시설용 부동산의 취득으로 보아 지방세특례제한법제46조 제1항 및 같은 법 제58조 제1항에 따라 취득세를 면제받았다.
• 나. 청구법인 및 공동사업시행자는 2014.10.2. 이 건 토지상에 업무 및 교육연구시설용 건축물 60,547.51㎡(이하 “이 건 건축물”이라 한다)를 아래 ＜표1＞과 같이 신축하였으며, 청구법인은 2014.10.8. 이 건 건축물 중 청구법인의 지분에 해당하는 건축물 23,062.58㎡에 대하여 청구법인이 기업부설연구소로 직접 사용할 건축물 821.6㎡와 벤처기업집적시설로 분양․임대할 건축물 7,325.73㎡ 등 8,147.33㎡에 대하여는 지방세특례제한법제46조 제1항 및 같은 법 제58조 제1항에 따라 취득세 등을 각각 감면받고, 청구법인이 자가사용 예정인 건축물 14,915.25㎡(이하 “쟁점건축물”이라 한다) 및 그 부속토지 2,886.97㎡(이하 “쟁점토지”라 하고, “쟁점건축물”과 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)에 대하여는 취득세 등을 신고․납부하였다. ＜표1＞ 이 건 건축물(60,547.51㎡) 신축 및 소유 현황 (단위: ㎡) ＜표2＞ 청구법인 소유 부동산(23,062.58㎡)의 취득신고 및 감면 내역 (단위: ㎡)
• 다. 청구법인은 쟁점부동산 취득일부터 1년 이내인 2015.6.4. 벤처기업을 지정 받아 이를 직접 사용하고 있으므로 지방세특례제한법제58조 제1항에 따라 쟁점부동산에 대한 취득세 등도 면제되어야 한다는 이유로 2017.4.19. 아래 ＜표3＞과 같이 기 신고․납부한 취득세 등 합계 OOO의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2017.6.9. 이를 거부하였다. ＜표3＞ 취득세 등의 경정청구 내역
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2017.6.21. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 처분청은 청구법인이 쟁점부동산을 자가로 사용하기 위하여 취득하였기 때문에 당초부터 감면대상이 되지 아니한다는 의견이나 벤처기업인 벤처기업집적시설의 사업시행자가 자가로 사용한 면적에 대하여 취득세 등의 감면대상으로 인정한 선결정례(조심 2015지682, 2017.1.6.)가 있고, 행정자치부는 벤처기업인 벤처기업집적시설의 사업시행자가 벤처기업집적시설을 개발․조성한 후 벤처기업에게 분양․임대하는 경우뿐만 아니라 자가 사용하는 경우에도 취득세 등의 감면대상에 해당하는 것으로 반복하여 해석하여 왔으며(지방세운영과-1782, 2008.10.14. 등),벤처기업육성에 관한 특별조치법(2014.5.20. 법률 제12592호로 개정된 것, 이하 같다) 제18조 제2항에서 벤처기업직접시설의 사업시행자가 벤처기업인 경우, 해당 벤처기업을 벤처기업 집적시설의 입주적격업체에서 배제한다는 문언이 없는바, 벤처기업인 청구법인이 쟁점부동산을 자가로 사용하였다는 이유로 이 건 경정청구를 거부한 처분은 위법하다.

(2) 청구법인은 다음에서 보는 바와 같이 쟁점부동산에 입주 당시 벤처기업이 아니었지만, 벤처기업집적시설 조성 유예기간(건축물 사용승인을 받은 날부터 1년) 이내에 벤처기업으로 인증 받았는바 지방세특례제한법제58조 제1항에 따른 취득세 감면요건을 충족한다. 지방세특례제한법제58조 제1항에서 벤처기업집적시설을 개발․조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 부동산에 대하여 취득세를 면제한다고 규정하면서, 같은 항 단서에서벤처기업육성에 관한 특별조치법제18조 제2항에 따른 요건을 갖춘 날부터 5년 이내에 부동산을 다른 용도로 사용하는 경우에 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세를 추징한다고 규정하고 있다. 처분청은 청구법인이 쟁점부동산에 입주할 당시 벤처기업이 아니었으므로 다른 용도에 사용하는 경우에 해당한다는 의견이나 위 단서는 그 부동산의 취득일부터가 아니라 신축한 부동산의 경우 1년의 조성유예기간을 부여하여 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제18조 제2항에 따른 요건을 갖춘 날부터 5년 이내에 부동산을 다른 용도로 사용하는 경우에 해당 부분에 대하여 감면된 취득세를 추징한다는 것으로, 같은 법 제18조 제2항에 따른 요건을 갖추기 위해 유예된 기간(사용승인일부터 1년)에는 위 단서 규정을 적용하지 아니하는 것이고, 청구법인은 이 건 건축물의 사용승인일(2014.10.2.)부터 1년 이내인 2015.6.4. 벤처기업으로 인정을 받았는바 청구법인이 쟁점부동산을 벤처기업용으로 사용하지 아니한 것으로 보아 경정청구를 거부한 것은 위법하다.

• 나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 이 건 건축물 소재지로 본점을 이전하고, 2014.11.16. 자가 사용으로 신고한 사실 등을 감안하면 당초부터 분양 또는 임대할 목적이 아닌 자가 사용 등의 목적으로 쟁점부동산을 취득한 것으로 보이는바, 이는 쟁점부동산의 취득이지방세특례제한법제58조에 따른 취득세 등의 면제대상이 아니라 할 것이므로 기 납부한 취득세 등을 환급하여 달라는 이 건 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

(2) 지방세특례제한법제58조 제1항에서 벤처기업집적시설을 개발․조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 부동산에 대하여 취득세를 면제하되, 같은 항 단서에서벤처기업육성에 관한 특별조치법제18조 제2항에 따른 요건을 갖춘 날부터 5년 이내에 부동산을 다른 용도로 사용하는 경우에 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세를 추징한다고 규정하고 있고, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세 공평의 원칙에 부합하는바(대법원 2003.1.14. 선고 2002두9537, 같은 뜻임), 벤처기업의 판단 시점은 입주 시점을 기준으로 하는 것이 타당하고, 청구법인은 이 건 건축물 입주 당시 벤처기업에 해당하지 아니하므로 이 건 경정청구 거부처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 쟁점부동산이지방세특례제한법제58조 제1항에 따른 취득세 등의 감면요건을 충족하지 못하였거나 추징사유가 발생한 것으로 보아 경정청구를 거부한 처분의 당부
• 나. 관련 법령: ＜별지＞ 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구법인이 제출한 자료 등에 의하여 확인된 사실관계는 다음과 같다. (가) 벤처기업집적시설 지정서(2009.1.8., 2015.7.22.)에 의하면 OOO는 2009.1.8. 사업계획서에 따라 신축예정인 이 건 건축물(연면적 44,227㎡)을 벤처기업집적시설로 지정하였고, 사업계획보다 신축 건축물의 연면적이 증가되자 청구법인의 변경신청에 따라 2015.7.22. 연면적을 59,932.65㎡로 변경하여 확대․지정하였다. ＜표4＞ 벤처기업집적시설 변경 지정 내역 (나) 청구법인은 벤처기업집적시설을 개발․조성할 목적으로 공동사업시행자와 컨소시엄을 구성하여 2010.3.12. 이 건 토지를 분양받아 취득한 후, 지방세특례제한법제46조에 따른 기업부설연구소용으로 신고하여 취득세를 면제받았다. (다) 청구법인 등은 2012.8.22. 이 건 토지상에 건축허가를 받고 2012.9.14. 착공하여 2014.10.2. 이 건 건축물의 사용승인을 득하였다. (라) 청구법인은 2014.10.8. 쟁점부동산으로 본사를 이전하였으며, 쟁점부동산으로 본사를 이전할 당시 청구법인은 벤처기업이 아니었으나, 2015.6.4. OOO으로부터 벤처기업으로 확인받았다. (마) 청구법인이 제출한 벤처기업집적시설 입주현황 자료(2015.10.1. 기준)에 의하면 이 건 벤처기업집적시설에 9개의 벤처기업이 입주하였고, 벤처기업집적시설 지정면적 대비 벤처기업 등이 사용하는 면적은 73.03%(지정면적: 59,932.65㎡, 사용면적: 44,215.78㎡)로, 사용승인을 받은 날(2014.10.2.)부터 1년 이내에 벤처기업집적시설 지정요건(벤처기업 4개 이상, 연면적의 70% 이상 사용)을 충족한 것으로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가)지방세특례제한법제58조 제1항에서벤처기업육성에 관한 특별조치법에 따라 지정된 벤처기업집적시설을 개발ㆍ조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 부동산에 대하여는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제하되벤처기업육성에 관한 특별조치법제18조 제2항에 따른 요건을 갖춘 날부터 5년 이내에 부동산을 다른 용도로 사용하는 경우 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세와 재산세를 추징한다고 규정하고 있으며,벤처기업육성에 관한 특별조치법제18조 제2항에서 지정을 받은 벤처기업집적시설은 지정받은 날(건축 중인 건축물은 건축법 제22조에 따른 건축물의 사용승인을 받은 날을 말한다)부터 1년 이내에 다음 각 호의 요건을 갖추어야 한다고 규정하면서, 그 제1호에서 벤처기업 등 대통령령으로 정하는 기업이 입주하게 하되, 입주한 기업 중에서 벤처기업이 4개 이상일 것을, 그 제2호에서 연면적의 100분의 70 이상을 벤처기업 등 대통령령으로 정하는 기업이 사용하게 할 것을 각각 규정하고 있다. (나) 살피건대, 처분청은 청구법인이 쟁점부동산을 분양 또는 임대하지 않고 자가로 사용하였으므로 취득세 면제대상이 아니고, 설사 면제대상이라 하더라도 본사를 이전할 당시 벤처기업이 아니었으므로 5년 이내에 쟁점부동산을 다른 용도로 사용하는 경우에 해당한다는 의견이나, 벤처기업집적시설을 개발․조성하여 분양․임대할 목적으로 취득하는 부동산에는 벤처기업인 사업시행자가 자가사용하는 면적도 포함된다고 보는 것이 벤처기업집적시설의 개발․조성을 장려하기 위하여 취득세 등을 감면하는 입법취지 등에 부합한다(조심 2015지682, 2017.1.6., 같은 뜻임)고 보이는 점, 벤처기업육성에 관한 특별조치법은 기존 기업의 벤처기업으로의 전환과 벤처기업의 창업을 촉진하여 우리 산업의 구조조정을 원활히 하고 경쟁력을 높이는 데에 기여하는 것을 그 목적으로 하고 있는 점, 벤처기업집적시설의 지정 요건을 규정하고 있는 벤처기업육성에 관한 특별조치법제18조 제1항 및 제2항은 건축물이 신축되지 아니한 상태에서도 지정이 가능할 뿐만 아니라, 기존의 건축물에도 신청․지정이 가능하기 때문에 부동산 취득 후 1년 이내에 그 제2항의 요건을 갖춘다면 지방세특례제한법제58조 제1항의 감면 요건을 충족하였다고 보는 것이 입법목적에 보다 부합한다 할 것이어서 건축물을 신축할 당시에 반드시 벤처기업집적시설 등으로 지정되어 있어야 하는 것은 아닌 것으로 보이는 점, 청구법인은 2009.1.8. 이 건 토지상에 신축될 예정인 건축물에 대하여 OOO로부터 벤처기업집적시설로 지정을 받고, 2014.10.2. 이 건 건축물을 신축한 후, 그로부터 1년 이내인 2015.6.4. OOO으로부터 벤처기업으로 확인을 받고, 2015.7.22. 쟁점부동산에 대하여 벤처기업집적시설의 지정을 받아 이를 벤처기업 용도로 자가사용하고 있으므로 쟁점부동산은벤처기업육성에 관한 특별조치법제18조 제2항 각 호의 요건을 모두 충족하는 것으로 나타나고, 이 날 이후 쟁점부동산을 벤처기업집적시설용 외의 용도로 사용한 사실은 나타나지 아니하는 점 등에 비추어 쟁점부동산은지방세특례제한법제58조 제1항에 따른 취득세 등의 감면요건을 충족한 것으로 보이고, 같은 항 단서에 따른 추징대상이 된 것으로 보기는 어려우므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로지방세 기본법제96조 제4항,국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세특례제한법(2014.5.28. 법률 제12686호로 개정된 것) 제58조(벤처기업 등에 대한 과세 특례) ①벤처기업육성에 관한 특별조치법에 따라 지정된 벤처기업집적시설 또는 신기술창업집적지역을 개발ㆍ조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득(산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제41조에 따른 환수권의 행사로 인한 취득을 포함한다)하는 부동산에 대하여는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제하고, 2014년 12월 31일까지 재산세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 그 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 벤처기업집적시설 또는 신기술창업집적지역을 개발ㆍ조성하지 아니하는 경우 또는 부동산의 취득일부터 5년 이내에 벤처기업집적시설 또는 신기술창업집적지역의 지정이 취소되거나 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제17조의3 또는 제18조 제2항에 따른 요건을 갖춘 날부터 5년 이내에 부동산을 다른 용도로 사용하는 경우에 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세와 재산세를 추징한다.

(2) 벤처기업육성에 관한 특별조치법 (2014.5.20. 법률 제12592호로 개정된 것) 제17조의3(집적지역의 지정 요건) 집적지역은 다음 각 호의 요건을 갖추어야 한다.

1. 해당 기관이 보유한 교지나 부지의 연면적에 대한 지정 면적의 비율이 대통령령으로 정하는 비율을 초과하지 아니할 것

2. 지정 면적이 3천 제곱미터 이상일 것

3. 집적지역개발계획이 실현 가능할 것 제18조(벤처기업집적시설의 지정 등) ① 벤처기업집적시설을 설치하거나 기존의 건축물을 벤처기업집적시설로 사용하려는 자는 대통령령으로 정하는 연면적 이상인 경우 시ㆍ도지사로부터 그 지정을 받을 수 있다. 지정받은 사항을 변경하는 경우에도 또한 같다.

② 제1항에 따라 지정을 받은 벤처기업집적시설은 지정받은 날(건축 중인 건축물은 건축법 제22조에 따른 건축물의 사용승인을 받은 날을 말한다)부터 1년 이내에 다음 각 호의 요건을 갖추어야 한다.

1. 벤처기업 등 대통령령으로 정하는 기업이 입주하게 하되, 입주한 기업 중에서 벤처기업이 4개 이상(수도권정비계획법 제2조제1호에 따른 수도권 외의 지역은 3개 이상)일 것

2. 연면적의 100분의 70(수도권정비계획법 제2조제1호에 따른 수도권 외의 지역은 100분의 50) 이상을 벤처기업 등 대통령령으로 정하는 기업이 사용하게 할 것

3. 제2호에 해당하지 아니하는 지정 면적은 벤처기업집적시설 등 대통령령으로 정하는 시설이 사용하게 할 것

(3) 벤처기업육성에 관한 특별조치법 시행령 (2014.6.30. 대통령령 제25426호로 개정된 것) 제11조의8(집적지역의 지정 요건) ① 법 제18조 제1항 전단에서 "대통령령으로 정하는 연면적"이란 건축물의 연면적(전용면적을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 1천200제곱미터 이상인 경우를 말한다. 다만, 건축물의 일부를 지정받으려는 경우에는 각 층 연면적의 100분의 50 이상을 지정대상에 포함하여야 한다.

② 법 제18조 제2항 제1호에서 "벤처기업 등 대통령령으로 정하는 기업"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업을 말한다.

1. 법 제25조에 따라 벤처기업으로 확인받은 기업

2. 조세특례제한법 시행령제6조 제6항에 따른 지식기반산업을 경영하는 중소기업

3. 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 시행령제6조 제2항에 따른 지식산업 또는 같은 조 제3항에 따른 정보통신산업을 경영하는 중소기업

4. 창업보육센터에 3년 이상 입주한 경력이 있는 중소기업

③ 법 제18조 제2항 제2호에서 "대통령령으로 정하는 기업"이란 제2항 각 호에 해당하는 기업을 말한다.

④ 법 제18조 제2항 제3호에서 "벤처기업집적시설 등 대통령령으로 정하는 시설"이란 다음 각 호의 시설을 말한다.

1. 제2조에 따른 지원시설

2. 공용회의실, 공동이용장비실 및 전시장 등 제2항에 따른 기업의 업무활동과 관련된 시설

3. 휴게실, 구내식당 및 체력단련실 등 제2항에 따른 기업의 종업원을 위한 후생복지시설