[요지] 청구인은이 사건 토지의 소유권을 매매를 원인으로 하여 청구인 명의로 이전등기하였음이 등기사항전부증명서 등에 의하여 확인되므로 등록세 과세표준은 그 소유권의 이전에 관한 등기행위를 과세대상으로 하여 등기 당시 토지의 가액이 되어야 하고, 그 후에 이루어진 대지권의 등기는 집합건물에 대한 표시등기로서 소유권의 이전?변경에 관한 등기행위가 아니어서 등록면허세 기타등기의 세율OOO을 적용하는 것이 타당하다 하겠는 점 등에 비추어 이 사건 토지의 등록세 과세표준은 그 개별공시지가로 하여야 할 것이므로 처분청에서 이 건 등록세 등을 부과한 처분은 잘못임.
[참조결정] 조심2010지0209
[주 문] OOO구청장이 2017.3.13. 청구인에게 한 등록세 OOO지방교육세 OOO합계 OOO의 부과처분은 이를 취소한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
3. 심리 및 판단
(1) 처분청과 청구인이 제출한 심리자료를 보면, 다음과 같은 사실을 알 수 있다. (가) 청구인은 1991.6.20. OOO지역주택조합의 조합원인 전 소유자로부터 이 사건 토지를 취득함에 따라 이 사건 아파트에 대한 분양권을 취득하였다. (나) 청구인은 이 사건 토지에 대한 취득세 등을 신고·납부한 후 전 소유자의 사정으로 명의이전이 되지 아니하자 1993.11.27. 법원의 가처분결정을 받아 토지등기부상에 처분금지 등 가처분 등기를 경료하였다. (다) OOO아파트가 1996.10.10. 사용승인된 후, 2003.6.4. 청구인 등 일부를 제외한 조합원 소유의 토지지분이 정상적으로 집합건물의 대지권 표시등기로 전환되었고, 청구인은 전 소유자를 상대로 1991.6.20. 이 사건 토지를 취득한 데 따른 소유권이전등기 소송을 제기하여 2017.1.9. 승소판결을 받았다. (라) 청구인은 2017.2.13. 이 사건 토지의 소유권이전등기를 하기 위하여 처분청에 구 등록세 신고를 하면서 신고일 현재 이 사건 토지의 개별공시지가인 OOO(㎡당 공시지가 OOO×33.9625)을 과세표준으로 하여 산정한 등록세 OOO지방교육세 OOO합계 OOO및 기타등기에 대한 등록면허세 OOO을 납부한 후, ‘매매’를 원인으로 하여 소유권이전등기 및 건물의 대지권 표시등기를 순차적으로 경료하였다. (마) 처분청은 2017.3.13.청구인에게 이 사건 아파트의 주택공시가격인 OOO에서 토지와 건물의 시가표준액 비율(이 사건 토지지분의 시가표준액 OOO건물시가표준액 OOO시가표준액 합계 OOO)로 안분하여 계산한 토지부분의 금액인 OOO을 이 사건 토지의 정당한 과세표준으로 산정하여 그 과소신고분에 대한 이 건 등록세 등을 부과·고지하였다. (바) 이 사건 토지 등의 등기사항전부증명서(갑구)를 보면, 다음과 같이 되어 있다. (사) 이 사건 아파트의 등기사항전부증명서(집합건물)를 보면, 다음과 같이 되어 있다. (아) 처분청이 OOO지역주택조합의 조합원 중 조합주택의 준공 에 따른 집합건물 등기 당시 토지의 소유권이전등기가 안 된 경우를 제외한 조합원들에 대하여 구 등록세를 부과한 내용을 보면, 당초 조합원들의 토지 소유권이전등기 시 개별공시지가를 과세표준으로 하여 부과하였다가 집합건물 등기 시 건물 등기에 따른 등록세만 부과하고 대지권표시등기에 따른 등록세는 달리 부과하지 아니하였다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 구 등록세는 재산권, 기타 권리의 취득ㆍ이전ㆍ변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기 또는 등록하는 경우에 등기 또는 등록이라는 단순한 사실의 존재를 과세물건으로 하여 그 등기 또는 등록을 받는 자에게 부과하는 세금으로서, 그 등기 또는 등록의 유ㆍ무효나 실질적인 권리의 귀속 여부와는 관계가 없는 것(조심 2010지209, 2010.4.19., 같은 뜻임)이라 하겠는바, 청구인은 2017.2.17. 이 사건 토지의 소유권을 매매를 원인으로 하여 본인 명의로 이전등기하였음이 등기사항전부증명서 등에 의하여 확인되므로 등록세 과세표준은 과세대상인 그 소유권의 이전등기 당시 토지의 가액이 되어야 하고 그 후에 한 대지권의 등기는 집합건물에 대한 표시등기로서 소유권의 이전·변경에 관한 것이 아니어서 등록면허세 기타등기의 세율OOO을 적용하는 것이 타당한 점, 처분청이 OOO지역주택조합의 조합원 중 청구인 등을 제외한 자들의 당초 토지지분 소유권이전등기 당시 개별공시지가를 적용하고 집합건물 등기 당시 대지권의 표시등기에 대한 등록세는 달리 부과하지 아니한 이상, 같은 조합원용인 이 사건 토지에 대하여도 동일하게 적용하는 것이 과세형평에 부합하는 점, 처분청은 주택의 부속토지와 건물을 달리 취득하여 각각 등기할 때와 주택을 일괄 취득하는 경우의 세액이 달라지게 되면 불평등을 초래하여 불합리하다는 의견이나 청구인은 종전에 토지지분을 취득한 상태에서 조합주택(건물)을 신축·취득한 경우이므로 기존 주택을 승계취득하면서 그 토지와 건물을 구분하여 취득하는 때와 다르게 적용하는 것이 오히려 합리적이라 하겠는 점 등에 비추어 처분청이 청구인에게 이 건 등록세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로지방세기본법 제96조 제4항, 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령
(1) 지방세법(2016.3.29. 법률 제14116호로 개정되기 전의 것) 제23조(정의) 등록면허세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. "등록"이란 재산권과 그 밖의 권리의 설정·변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기하거나 등록하는 것을 말한다. 다만, 제2장에 따른 취득을 원인으로 이루어지는 등기 또는 등록은 제외하되, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 등기나 등록은 포함한다. 제27조(과세표준) ① 부동산, 선박, 항공기, 자동차 및 건설기계의 등록에 대한 등록면허세(이하 이 절에서 "등록면허세"라 한다)의 과세표준은 등록 당시의 가액으로 한다.
② 제1항에 따른 과세표준은 조례로 정하는 바에 따라 등록자의 신고에 따른다. 다만, 신고가 없거나 신고가액이 제4조에 따른 시가표준액보다 적은 경우에는 시가표준액을 과세표준으로 한다. 제28조(세율) ① 등록면허세는 등록에 대하여 제27조의 과세표준에 다음 각 호에서 정하는 세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다. 다만, 제1호부터 제5호까지 및 제5호의2의 규정에 따라 산출한 세액이 해당 각 호의 그 밖의 등기 또는 등록 세율보다 적을 때에는 그 밖의 등기 또는 등록 세율을 적용한다.
1. 부동산 등기
1. 유상으로 인한 소유권 이전 등기: 부동산 가액의 1천분의 20
2. 무상으로 인한 소유권 이전 등기: 부동산 가액의 1천분의 15. 다만, 상속으로 인한 소유권 이전 등기의 경우에는 부동산 가액의 1천분의 8로 한다.
(2) 지방세법(2010.3.31. 법률 제10221호로 전부개정되기 전의 것) 제29조(납세의무의 성립시기) ① 지방세를 납부할 의무는 다음 각 호의 시기에 성립한다.
1. 취득세: 취득세 과세물건을 취득하는 때
2. 등록세: 재산권 기타 권리를 등기 또는 등록하는 때 제104조(정의) 취득세에서 사용하는 용어의 의의는 다음 각 호와 같다.
1. 부동산: 토지 및 건축물을 말한다. 제111조(과세표준) ① 취득세의 과세표준은 취득당시의 가액으로 한다. 다만, 연부로 취득하는 경우에는 연부금액으로 한다.
② 제1항의 규정에 의한 취득당시의 가액은 취득자가 신고한 가액에 의한다. 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 다음 각 호에 정하는 시가표준액에 미달하는 때에는 그 시가표준액에 의한다.
1. 부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의하여 가격이 공시되는 토지 및 주택에 대하여는 동법에 의하여 공시된 가액. 다만, 개별공시지가 또는 개별주택가격이 공시되지 아니한 경우에는 시장·군수가 동법의 규정에 의하여 국토해양부장관이 제공한 토지가격비준표 또는 주택가격비준표를 사용하여 산정한 가액으로 하고, 공동주택가격이 공시되지 아니한 경우에는 대통령령이 정하는 기준에 따라 시장·군수가 산정한 가액으로 한다.
2. 제1호 외의 건축물(새로 건축함으로써 건축당시 개별주택가격 또는 공동주택가격이 공시되지 아니한 주택으로서 토지부분을 제외한 건축물을 포함한다)과 선박·항공기 그 밖의 과세대상에 대하여는 거래가격, 수입가격, 신축·건조·제조가격 등을 참작하여 정한 기준가격에 종류·구조·용도·경과연수 등 과세대상별 특성을 감안하여 대통령령이 정하는 기준에 따라 지방자치단체의 장이 결정한 가액 제124조(납세의무자) 등록세는 재산권 기타 권리의 취득·이전·변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기 또는 등록(登載를 포함한다. 이하 같다)하는 경우에 그 등기 또는 등록을 받는 자에게 부과한다. 제130조(과세표준) ① 부동산·선박·항공기·자동차 및 건설기계에 관한 등록세의 과세표준은 등기·등록당시의 가액으로 한다.
② 제1항의 규정에 의한 과세표준은 조례가 정하는 바에 의하여 등기·등록자의 신고에 의한다. 다만, 신고가 없거나 신고가액이 제111조제2항 각호의 규정에 의한 시가표준액에 미달하는 경우에는 시가표준액을 과세표준으로 한다.
③ 제111조 제5항의 규정에 해당하는 경우에는 제2항의 규정에 불구하고 동조동항의 규정에 의한 사실상의 취득가액을 과세표준으로 한다. 다만, 등기·등록당시에 자산재평가 또는 감가상각등의 사유로 그 가액이 달라진 경우에는 변경된 가액을 과세표준으로 한다.
④ 채권금액에 의하여 과세액을 정하는 경우에 일정한 채권금액이 없을 때에는 채권의 목적이 된 것 또는 처분의 제한의 목적이 된 금액을 그 채권금액으로 본다.
⑤ 제1항 내지 제4항의 규정에 의한 과세표준이 되는 가액의 범위 및 그 적용에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제131조(부동산등기의 세율) ① 부동산에 관한 등기를 받을 때에는 다음 각 호의 표준세율에 의하여 등록세를 납부하여야 한다.
1. 상속으로 인한 소유권의 취득
(1) 농지 부동산가액의 1,000분의 3
(2) 기타 부동산가액의 1,000분의 8
2. 제1호 이외의 무상으로 인한 소유권의 취득: 부동산가액의 1,000분의 15. 다만, 제127조 제1항 제1호의 규정에 의한 비영리사업자가 소유권을 취득한 때에는 그 가액의 1,000분의 8로 한다.
3. 제1호 및 제2호 이외의 원인으로 인한 소유권의 취득
(1) 농지 부동산가액의 1,000분의 10
(2) 기타 부동산가액의 1,000분의 20
8. 제1호 내지 제7호 이외의 등기 매1건당 3,000원 부칙<법률 제10221호, 2010.3.31.> 제6조(등록세 등의 경과조치) 이 법 시행 전에 이 법에 규정된 취득세 과세물건을 취득한 자로서 이 법 시행 후에 그 물건을 등기하거나 등록하는 자는 종전의 규정에 따른 등록세 및 지방교육세의 납세의무를 진다.
(3) 지방세법 시행령(2010.9.20. 대통령령 제22395호로 전부개정되기 전의 것) 제89조(정의규정) ③ 법 제2장 제5절 등록세의 규정에서 "부동산"이라 함은 법 제104조 제3호 및 제4호의 규정에 의한 토지와 건축물을 말한다. 제99조의2(과세표준액의 적용) ① 법 제130조 제3항 단서의 규정에 의하여 자산재평가 또는 감가상각등의 사유로 변경된 가액을 과세표준액으로 할 경우에는 등기·등록일 현재의 법인장부 또는 결산서등에 의하여 입증되는 가액을 과세표준액으로 한다.
② 주택의 토지와 건물을 일괄평가함으로 인하여 토지 또는 건물에 대한 과세표준이 구분되지 아니하는 경우에는 일괄 평가한 개별주택가격을 토지 또는 건물의 가액 비율로 안분한 금액을 각각 토지 또는 건물의 과세표준으로 한다.