[요지] 4년의 유예기간 내인 처분신청서를 제출한 시점에 감면받은 취득세 등이 추징대상이 되었거나 감면요건을 충족하지 못한 것으로 보기 어려우므로 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단됨.
[요지] 4년의 유예기간 내인 처분신청서를 제출한 시점에 감면받은 취득세 등이 추징대상이 되었거나 감면요건을 충족하지 못한 것으로 보기 어려우므로 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단됨.
[참조결정] 조심2015지1236 / 조심2013지0640 / 조심2013지0781
[주 문] OOO구청장이 2017.3.10. 청구법인에게 한 취득세 등 합계 OOO의 부과처분은 이를 취소한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
3. 심리 및 판단
(1) 청구법인은 OOO와 2012.10.24. 서울 OOO산업단지 제1차 일반분양(입주)공고를 확인하고, 연구소용 토지를 분양받기 위해 연구소 건립 사업계획서를 작성하여 분양신청을 하였으며, OOO산업단지 정책심의위원회를 거쳐 일반분양 협의대상자로 선정되었다.
(2) 청구법인(을)은 2013.3.25. OOO(갑)과 OOO일반산업단지 내 이 사건 토지에 대하여 2년 이내에 착공 예정(준공예정일 2016년)으로 하는 입주계약을 다음과 같이 체결하였다.
(3) 청구법인(을)은 2013.3.28. OOO(갑)와 이 사건 토지상에 주식회사 OOO연구소(가칭) 조성을 목적으로 하는 토지분양계약을 아래와 같이 체결하고 2014.12.30.까지 5회에 걸쳐 매매대금 합계 OOO을 지급하였다.
(4) 청구법인은 이 사건 토지에 대한 취득세 등을 신고하면서 지방세특례제한법 제46조의 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 감면신청을 하여 취득세 등 OOO을 면제받았다.
(5) OOO은 2015.1.30. 청구법인에게 ‘OOO산업단지 공사착수 가능 시점 등에 대한 안내 문서를 통지OOO하면서 공사착수 가능시점이 2015.2.5.이고, 2년 이내에 공사를 착공하여 5년 이내에 완공되도록 개발기한을 준수하도록 하였다.
(6) 청구법인은 최대주주의 변경으로 인하여 사용가능한 연구소가 생겼고, 중국공장 투자 등으로 자금여력이 없어 현실적으로 분양계약 체결 이후 2년 이내에 착공이 어렵다고 판단하여 2016.2.19. OOO에 ‘최대주주 변경 후 사용목적 상실’을 이유로 이 사건 토지에 대한 ‘처분신청서’를 제출하였다.
(7) 서울특별시OOO는 위 (6) 청구법인의 ‘처분신청서’ 제출에 따라 2016.2.26. 이 사건 토지에 대한 협의대상자(양수자) 선정을 위해 서울특별시 홈페이지 및 OOO(공장설립 온라인지원시스템)에 처분공고를 시행하였다.
(8) 서울특별시는 매수신청자의 사업계획서 접수기한(2016.3.15.)까지 신청자가 없음에 따라 2016.3.16. 청구법인에게 “우리 시에서는 빠른 시일 안에 협의대상자(양수자) 선정을 위한 처분 재공고를 시행하는 등 조속한 처분이 이루어질 수 있도록 최선을 다할 것이며, 이와 관련하여 재공고 기간 등에 대한 귀사의 의견을 듣고자 하오니 협의 가능 일자를 조속히 알려주도록” 문서로 통보OOO하였다.
(9) 처분청은 청구법인이 이 사건 토지의 처분신청서를 제출한 사실을 확인하고 2017.3.10. 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 볼 수 없다고 보아 가산세를 포함하여 이 건 취득세 등을 추징하였다.
(10) 청구법인은 OOO로부터 이 사건 토지에 대한 투자비용을 모두 회수하지 못하는 경우 매각할 의사가 없었고, 서울특별시 내에 연구소를 건립하여 우수한 연구인력을 확보하겠다는 당초 취지를 고려하여 기업부설연구소 신축을 다시 검토하는 것으로 의사결정을 하고, 2017.8.29. 서울특별시에 이 사건 토지에 대한 ‘매각(처분)철회 신청’ 문서를 발송하였다.
(11) 청구법인은 2017.12.28. 주식회사 OOO건축사사무소에서 작성한 이 사건 토지상의 연구소 신축설계 견적서(용역비)를 제출하였다.
(12) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 지방세특례제한법제46조 및 같은 법 시행령 제23조 제1항에서 토지 또는 건축물을 취득한 후 4년 이내에기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률제14조 제1항 제2호에 따른 기준을 갖춘 연구소로서 미래창조과학부장관에게 신고하여 인정을 받는 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제하되, 연구소 설치 후 4년 이내에 정당한 사유 없이 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세를 추징한다고 규정하고 있고, 지방세법제20조 제3항에서 이 법 또는 다른 법령에 따라 취득세를 비과세, 과세면제 또는 경감받은 후에 해당 과세물건이 취득세 부과대상 또는 추징대상이 되었을 때에는 그 사유 발생일부터 30일 이내에 신고·납부하도록 규정하고 있는바, 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득 당시 일단 취득세를 면제받고, 부동산을 취득한 후 4년 이내에 기업부설연구소로 인정을 받는 경우 비로소 기업부설연구소의 면적이 특정되어 구체적인 취득세 및 등록세의 면제 범위가 확정되며, 이에 따라 과세관청은 취득세를 추가로 부과하거나 환급하는 것으로서 기업부설연구소용 부동산에 대한 사후적 면세요건으로서 일정한 기간을 부여할 필요성이 있다(대법원 2015.6.23. 선고 2015두39477 판결, 같은 뜻임) 하겠고, 4년의 유예기간이 경과하기 전까지는 연구소로 인정을 받을 가능성이 있으므로 연구소로 인정받지 아니하고 4년의 유예기간이 경과함으로써 비로소 추징사유에 해당되는 것(조심 2013지640, 2014.1.22. 및 조심 2013지781, 2014.11.5., 같은 뜻임)이라 할 것이다. 이 건의 경우, 청구법인이 산업단지 내 연구소 용도로만 사용할 수 있는 이 사건 토지를 분양받았고 처분청이 이를 확인하여 감면결정을 하였으며, 청구법인이 유예기간 내에 이 사건 토지를 처분하거나 당초 산업단지 입주계약을 해지한 사실이 없는 점, 지방세특례제한법제46조에서 처분신청서의 제출을 추징 사유로 규정하고 있지 아니하고, 처분신청서는 처분이나 입주계약의 해지 이전에 철회가 가능하며, 심리일 현재 처분신청을 철회한 사실이 나타나는바, 청구법인이 처분신청서를 제출한 시점에 추징대상이 된 것으로 보아 그로부터 30일 이내에 면제받은 세액을 신고·납부할 것을 기대하기는 어렵다고 보이는 점, 처분청이 제시한 선결정(조심 2015지1236, 2016.2.22.)은 토지를 취득한 후 5일 만에 처분신청서를 제출하고 산업단지입주계약이 해지된 경우로서 청구법인의 경우와 다르다고 보이는 점, 청구법인이 이 사건 토지의 취득일부터 4년의 유예기간이 경과하여 추징대상이 된 날부터 30일 내에 신고·납부할 수 있고, 미신고 시 처분청이 가산세를 포함하여 부과하도록 하고 있어 감면된 취득세 등이 일실되는 것은 아니라 하겠는 점 등에 비추어 청구법인이 취득일부터 4년이 경과할 때까지 이 사건 토지를 기업부설연구소용으로 직접 사용하지 아니하는 경우 감면한 취득세 등을 추징할 수 있음은 별론으로 하고, 4년의 유예기간 내인 처분신청서를 제출한 시점에 감면받은 취득세 등이 추징대상이 되었거나 감면요건을 충족하지 못한 것으로 보기 어려우므로 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로지방세기본법 제96조 제4항, 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령
(1) 지방세특례제한법(2015.1.1. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것) 제46조(연구개발 지원을 위한 감면) 대통령령으로 정하는 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내인 것으로 한정한다. 이하 이 항에서 같다)에 대하여는 취득세를, 과세기준일 현재 기업부설연구소용에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세를 각각 2014년 12월 31일까지 면제한다. 다만, 연구소 설치 후 4년 이내에 정당한 사유 없이 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세를 추징한다.
(2) 지방세특례제한법 시행령(2015.1.1. 대통령령 제25556호로 개정되기 전의 것) 제23조(기업부설연구소) ① 법 제46조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 기업부설연구소"란 토지 또는 건축물을 취득한 후 4년 이내에기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률제14조 제1항 제2호에 따른 기준을 갖춘 연구소로서 같은 법 시행령 제16조에 따라 미래창조과학부장관에게 신고하여 인정을 받은 것을 말한다.
(3) 지방세법(2015.1.1. 법률 제12153호로 개정되기 전의 것) 제20조(신고 및 납부) ① 취득세 과세물건을 취득한 자는 그 취득한 날(국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제117조 제1항에 따른 토지거래계약에 관한 허가구역에 있는 토지를 취득하는 경우로서 같은 법 제118조에 따른 토지거래계약에 관한 허가를 받기 전에 거래대금을 완납한 경우에는 그 허가일이나 허가구역의 지정 해제일 또는 축소일을 말한다)부터 60일 이내에 그 과세표준에 제11조부터 제15조까지의 세율을 적용하여 산출한 세액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고하고 납부하여야 한다.
② 취득세 과세물건을 취득한 후에 그 과세물건이 제13조 제1항부터 제7항까지의 세율의 적용대상이 되었을 때에는 대통령령으로 정하는 날부터 30일 이내에 제13조 제1항부터 제7항까지의 세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액(가산세는 제외한다)을 공제한 금액을 세액으로 하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고하고 납부하여야 한다.
③ 이 법 또는 다른 법령에 따라 취득세를 비과세, 과세면제 또는 경감받은 후에 해당 과세물건이 취득세 부과대상 또는 추징 대상이 되었을 때에는 제1항에도 불구하고 그 사유 발생일부터 30일 이내에 해당 과세표준에 제11조부터 제15조까지의 세율을 적용하여 산출한 세액[경감받은 경우에는 이미 납부한 세액(가산세는 제외한다)을 공제한 세액을 말한다]을 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고하고 납부하여야 한다.
(4) 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제39조(산업용지 등의 처분제한 등) ① 산업시설구역의 산업용지 또는 공장등을 소유하고 있는 입주기업체가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우에는 산업용지(공유지분을 처분하려는 때에는 해당 공유지분을 말한다) 또는 공장등을 관리기관에 양도하여야 한다.
1. 제15조 제1항에 따른 공장설립등의 완료신고 전 또는 신고 후 10년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간이 지나기 전에 분양받은 산업용지(분양받은 자로부터 제2항에 따라 양도받거나 법원의 판결, 상속 등의 사유로 소유권을 취득한 산업용지 및 제39조의2 제2항 제1호에 따라 분할된 산업용지를 포함한다)를 처분(해당 산업용지의 공유지분을 처분하는 경우를 포함한다)하려는 경우 또는 공장등을 처분하려는 경우
2. 제15조 제2항에 따른 사업개시의 신고 전 또는 신고 후 제1호에 따라 대통령령으로 정하는 기간이 지나기 전에 분양받은 산업용지(분양받은 자로부터 제2항에 따라 양도받거나 법원의 판결, 상속 등의 사유로 소유권을 취득한 산업용지 및 제39조의2 제2항 제1호에 따라 분할된 산업용지를 포함한다)를 처분(해당 산업용지의 공유지분을 처분하는 경우를 포함한다)하려는 경우 또는 공장등을 처분하려는 경우
② 관리기관이 제1항에 따라 입주기업체의 산업용지 또는 공장등을 매수할 수 없는 때에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 관리기관이 매수신청을 받아 선정한 다른 기업체나 다음 각 호의 기관(이하 "유관기관"이라 한다)에 양도하여야 한다.
1. 중소기업진흥에 관한 법률에 따른 중소기업진흥공단
2. 한국토지주택공사법에 따른 한국토지주택공사 및 한국수자원공사법에 따른 한국수자원공사
3. 은행법 제8조에 따라 설립인가를 받은 은행(중소기업은행법 등 법률에 따라 설립된 은행을 포함한다)
4. 그 밖에 입주기업체의 설립 및 지원과 관련된 기관으로서 대통령령으로 정하는 기관
④ 관리기관이 제1항 및 제2항에 따라 양도받거나 매수신청을 받은 산업시설구역의 산업용지 및 공장등을 양도하는 때에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양수기업체로부터 실비의 범위에서 양수자의 선정에 필요한 비용을 받을 수 있다.
⑤ 제1항 및 제2항에 따른 산업용지의 양도가격은 그가 취득한 가격에 대통령령으로 정하는 이자 및 비용을 합산한 금액으로 하고, 공장등의 양도가격은 부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 따른 감정평가업자의 시가 감정액을 고려하여 결정할 수 있다. 다만, 입주기업체의 요청이 있는 경우 산업용지의 양도가격은 그가 취득한 가격에 대통령령으로 정하는 이자 및 비용을 합산한 금액 이하로 할 수 있다. 제41조(산업용지의 환수) ① 관리기관은 입주기업체 또는 지원기관이 분양받은 산업용지의 전부 또는 일부가 입주계약에 의한 용도에 사용되지 아니하고 있을 때에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 제39조제5항 본문에 따른 가격을 지급하고 그 용지를 환수(還收)할 수 있다.
② 관리기관은 제1항에 따라 산업용지의 전부 또는 일부를 환수하기 전에 입주기업체 또는 지원기관에 입주계약에 의한 용도에 사용하도록 대통령령으로 정하는 바에 따라 시정명령을 하여야 한다. 제42조(입주계약의 해지 등) ① 관리기관은 입주기업체 또는 지원기관이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 기간 내에 그 시정을 명하고 이를 이행하지 아니하는 경우 그 입주계약을 해지할 수 있다.
1. 입주계약을 체결한 후 정당한 사유 없이 산업통상자원부령으로 정하는 기간 내에 그 공장등의 건설에 착수하지 아니한 경우
2. 공장등의 준공이 사실상 불가능하다고 인정될 경우
3. 공장등의 준공 후 1년 이내에 정당한 사유 없이 그 사업을 시작하지 아니하거나 계속하여 1년 이상 그 사업을 휴업한 경우
4. 제38조 제2항(제38조 제3항에서 준용하는 경우를 포함한다)에 따른 변경계약을 체결하지 아니하고 산업통상자원부령으로 정하는 사항을 변경한 경우
5. 제38조 및 제38조의2에 따른 입주계약을 위반한 경우
6. 제38조의2 또는 제39조제1항 및 제2항을 위반하여 산업용지 및 공장등을 임대하거나 처분한 경우
7. 제39조의2 제4항을 위반하여 분할된 산업용지 또는 산업용지의 공유지분을 처분한 경우
⑤ 관리기관이 제1항에 따라 입주계약을 해지하려는 경우에는 사전에 계약당사자의 의견을 들어야 한다. 제43조(입주계약 해지 후의 재산처분 등) ① 제42조 제1항 각 호의 사유로 입주계약이 해지된 자 중 제39조 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그가 소유하는 산업용지 및 공장등을 산업통상자원부령으로 정하는 기간에 제39조 제1항 및 제2항에 따라 처분하여야 한다.
② 제42조 제1항 각 호의 사유로 입주계약이 해지된 자 중 제39조 제1항 각 호 외의 경우로 그 소유한 산업용지 및 공장등을 양도하려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 관리기관에 신고한 후 산업통상자원부령으로 정하는 기간에 다른 기업체나 유관기관에 양도하여야 하며, 폐업한 자의 경우에도 또한 같다. 다만, 산업용지 및 공장등을 입주기업체에 양도하려는 경우에는 그러하지 아니한다.
③ 제1항 및 제2항에 따른 산업용지 및 공장등의 양도가격에 관하여는 제39조 제5항을 준용한다.
④ 제2항에 따른 기간 내에 양도되지 아니한 산업용지 및 공장등은 제39조 제5항에 따른 가격으로 관리기관이 매수할 수 있다. 제43조의3(이행강제금) ① 관리권자는 제43조 제1항 또는 제2항에 따른 처분·양도 의무를 이행하지 아니한 자에 대하여는 산업통상자원부령으로 이행기한을 정하여야 하며, 그 기한까지 의무를 이행하지 아니한 경우에는 처분·양도할 재산가액의 100분의 20에 해당하는 금액의 이행강제금을 부과할 수 있다.
② 관리권자는 제1항에 따른 이행강제금을 부과하기 전에 같은 항에 따른 이행강제금을 부과하고 징수한다는 뜻을 미리 문서로 알려 주어야 한다.
③ 관리권자는 제1항에 따른 이행강제금을 부과하는 경우에는 이행강제금의 금액, 부과사유, 납부기한 및 수납기관, 이의제기방법 및 이의제기기관 등을 분명하게 밝힌 문서로 하여야 한다.
④ 관리권자는 제43조 제1항 또는 제2항에 따른 처분·양도 의무가 발생한 날을 기준으로 하여 매년 1회 그 의무가 이행될 때까지 반복하여 제1항에 따른 이행강제금을 부과하고 징수할 수 있다.
⑤ 관리권자는 제43조 제1항 또는 제2항에 따른 처분·양도 의무가 있는 자가 그 의무를 이행한 경우에는 새로운 이행강제금의 부과를 중지하되, 이미 부과된 이행강제금은 징수하여야 한다.
⑥ 관리권자는 이행강제금의 처분 및 징수 업무를 대통령령으로 정한 관리기관에 위탁하여 업무를 집행하도록 할 수 있다.