[요지] 피합병법인은 쟁점부동산을 취득한 후, 합병에 따라 그 소유권을 청구법인 명의로 이전등기한 사실이 등기사항전부증명서 등에 의하여 확인되어 피합병법인이 동 부동산을 청구법인에게 매각ㆍ증여한 것으로 보기는 어려우므로 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단됨.
[요지] 피합병법인은 쟁점부동산을 취득한 후, 합병에 따라 그 소유권을 청구법인 명의로 이전등기한 사실이 등기사항전부증명서 등에 의하여 확인되어 피합병법인이 동 부동산을 청구법인에게 매각ㆍ증여한 것으로 보기는 어려우므로 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단됨.
[참조결정] 조심2017지0438
[주 문] OOO구청장이 2016.12.5. 청구법인에게 한취득세 OOO지방교육세 OOO농어촌특별세 OOO합계 OOO의 부과처분은 이를 취소한다.
[이 유]
1. 처분개요 가.주식회사OOO(이하 “피합병법인”이라 한다)은2015.6.10.개인사업자 OOO(사업자등록번호:OOO대표자: OOO이하 OOO이라 한다)과 통합하고 OOO이 임대용으로 사용하였던 OOO토지 767.5㎡ 및 건축물 1,746.88㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를취득한 후 2015.7.8. 처분청에 토지에 대하여는지방세특례제한법제57조의2 제3항 제5호에 따른 중소기업 간의 통합으로 양수하는 사업용 자산으로 신고하여 취득세 등의 합계 OOO을감면받았고,건축물에 대하여는 시가표준액을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 OOO농어촌특별세 OOO및 지방교육세 OOO합계 OOO을 신고·납부하였다. 나.피합병법인은2015.9.9. 건축물의 취득에 대하여도지방세특례제한법제57조의2 제3항 제5호에 따라 취득세 등이 면제되어야 한다는 취지로경정청구를 하였고, 처분청은 이를 받아들여 취득세 등을 환급하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) (주위적 청구)합병 전 회사의 권리의무는 사법상 관계나 공법상 관계를 불문하고 성질상 이전을 허용하지 않는 것을 제외하고는 모두 흡수합병으로 인하여 존속하는 회사에게 포괄적으로 승계되지만, 취득세를 감면받고 그 취득일로부터 2년 이내에 합병을 통하여 이를 처분한 것은 조세감면 효과가 소멸(대구고등법원 2015.8.17. 선고 2015누47177 판결, 같은 뜻임)한 것이고 조세감면의 효과는 합병에 있어 성질상 이전되지 않는 것으로 보아야 할 것이므로 청구법인이 합병에 의한 소멸법인에서 존속법인으로 취득세 감면의 효과가 포괄적으로 승계되었다고 하는 주장은 이유 없다. 또한지방세법은 소유권 이전의 형식에 의한 취득의 모든 경우를 취득세 과세대상으로 파악하여 존속법인이 소멸법인의 자산을 이전받는 형식 자체를 취득으로 파악하는 점(대법원 2010.7.8. 선고, 2010두6007 판결, 대법원 1995.5.12. 선고 95다28901 판결, 같은 뜻임)에 비춰 볼 때 이 건 합병은지방세특례제한법제178조 제2호의 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우’에 해당하는 것으로 보아야 할 것이다. (2)(예비적 청구)피합병법인은 2015.7.8.지방세특례제한법제57조의2 제3항 제5호의중소기업 간의 통합에 따라 쟁점부동산을 취득하고 취득세의 100%감면을 받았고,지방세특례제한법제177조의2(지방세감면특례의 제한)에서 이 법에 따라 취득세 등이 면제되는 경우 이법에 따른 취득세 등의 면제 규정에도 불구하고 100분의 85에 해당하는 감면율을 적용하되 같은 조 제2호에서 제57조의2 등의 조문에 대하여는 적용을 제외하도록 규정하고 있으므로 청구법인의 주장은 이유가 없다.
3. 심리 및 판단
① (주위적 청구) 피합병법인이 쟁점부동산을 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용한 것으로 보아 기 감면한 취득세 등을 추징한 처분의 당부
② (예비적 청구)법인의 합병에 따른 취득이므로 취득세의 100분의 85에 해당하는 감면율을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음의 사실이 나타난다. (가) 피합병법인은2015.6.10. OOO과 통합하고OOO이 임대용으로 사용하였던 쟁점부동산을 취득한 후 2015.7.8.처분청에 토지에 대하여는지방세특례제한법제57조의2 제3항 제5호에 따른 중소기업 간의 통합으로 양수하는 사업용 자산으로 신고하여 취득세 OOO을감면받았고,건축물에 대하여는 시가표준액을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 OOO농어촌특별세 OOO및 지방교육세 OOO합계 OOO을 신고·납부하였다. (나)피합병법인은2015.9.9. 건축물의 취득에 대하여도지방세특례제한법제57조의2 제3항 제5호에 따라 취득세 등이 면제되어야 한다는 취지로경정청구하였고, 처분청은 이를 받아들여 취득세 등을 환급하였다. (다)청구법인(갑)은 2016.10.4. 아래와 같이 피합병법인(을)을 흡수합병하였다. (라) 처분청은 2016.11.9. 청구법인에 대한 세무조사를 실시하고 피합병법인이 청구법인에게 합병됨에 따라 쟁점부동산을 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용한 것으로 보아 2016.12.5. 청구법인에게 쟁점부동산에 대하여 감면한 취득세 등을부과·고지하였다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저, 주위적 청구에 대하여 살피건대,처분청은 피합병법인이 쟁점부동산을 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용한 것으로 보아 이 건 취득세 등을 추징하였으나,이 건의 합병은법인세법에서 정한 적격합병이며상법에서 정한 권리와 의무가 포괄적으로 청구법인에게 승계되는 합병이므로 그로인한 쟁점부동산의 소유권이전이지방세특례제한법제178조 제2호의 ‘매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우’에 해당한다고 보기는 어려운 점,"합병·분할"은상법에 규정된 절차에따라피합병법인 또는 분할법인의권리·의무를 존속법인 또는 분할신설법인이 포괄승계하는 점에서 상대방에게 대가를 받고 물건 또는 권리등을 이전하는 특정승계인 매각과는 다르고,"합병·분할"의 대가로 피합병법인 또는 분할법인(또는 그 주주)이 존속법인 또는 분할신설법인의 주식 등을 교부받는 점에서당사자 일방이 무상으로 상대방에게 재산 등을 수여하는 증여와도상이한점, 합병된 이후에 쟁점부동산의 사용현황이 변동된 사실이 나타나지 아니하는 점 등에 비추어 피합병법인이 쟁점부동산을 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용한 것으로 보기는 어려우므로 처분청이 이 건 취득세등을 추징한 처분은 잘못이 있다고 판단된다(조심 2017지0438, 2017.7.20.같은 뜻임).
(3) 예비적 청구는 주위적 청구가 받아들여져 심리를 생략한다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로지방세기본법제96조 제4항과국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 등 (1)지방세법 제11조(부동산 취득의 세율) ① 부동산에 대한 취득세는 제10조의 과세표준에 다음 각 호에 해당하는 표준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.
1. 상속으로 인한 취득
2. 제1호 외의 무상취득: 1천분의 35. 다만, 대통령령으로 정하는 비영리사업자의 취득은 1천분의 28로 한다.
3. 원시취득: 1천분의 28
5. 공유물의 분할 또는부동산 실권리자명의 등기에 관한 법률 제2조 제1호 나목에서 규정하고 있는 부동산의 공유권 해소를 위한 지분이전으로 인한 취득(등기부등본상 본인 지분을 초과하는 부분의 경우에는 제외한다): 1천분의 23
6. 합유물 및 총유물의 분할로 인한 취득: 1천분의 23
7. 그 밖의 원인으로 인한 취득
8. 제7호 나목에도 불구하고 유상거래를 원인으로 제10조에 따른 취득 당시의 가액이 6억원 이하인 주택을 취득하는 경우에는 1천분의 10의 세율을, 6억원 초과 9억원 이하의 주택을 취득하는 경우에는 1천분의 20의 세율을, 9억원 초과 주택을 취득하는 경우에는 1천분의 30의 세율을 각각 적용한다. 제15조(세율의 특례) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 취득에 대한 취득세는 제11조 및 제12조에 따른 세율에서 중과기준세율을 뺀 세율로 산출한 금액을 그 세액으로 한다. 다만, 취득물건이 제13조제2항에 해당하는 경우에는 이 항 각 호 외의 부분 본문의 계산방법으로 산출한 세율의 100분의 300을 적용한다.
1. 환매등기를 병행하는 부동산의 매매로서 환매기간 내에 매도자가 환매한 경우의 그 매도자와 매수자의 취득
2. 상속으로 인한 취득 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 취득
3. 법인의 합병으로 인한 취득. 다만, 법인의 합병으로 인하여 취득한 과세물건이 합병 후에 제16조에 따른 과세물건에 해당하게 되는 경우는 그러하지 아니하다.
4. 공유물의 분할 또는부동산 실권리자명의 등기에 관한 법률 제2조 제1호 나목에서 규정하고 있는 부동산의 공유권 해소를 위한 지분이전으로 인한 취득(등기부등본상 본인 지분을 초과하는 부분의 경우에는 제외한다)
5. 건축물의 이전으로 인한 취득. 다만, 이전한 건축물의 가액이 종전 건축물의 가액을 초과하는 경우에 그 초과하는 가액에 대하여는 그러하지 아니하다. 6.민법제834조 및 제839조의2에 따른 재산분할로 인한 취득
7. 그 밖의 형식적인 취득 등 대통령령으로 정하는 취득
(2) 지방세특례제한법 제57조의2(기업합병·분할 등에 대한 감면) ① 대통령령으로 정하는 합병에 따라 양수(讓受)하는 재산을 2015년 12월 31일까지 취득하는 경우에는지방세법제15조 제1항에 따라 산출한 취득세를 면제한다. 다만, 해당 재산이지방세법제15조 제1항 제3호 단서에 해당하는 경우에는 다음 각 호에서 정하는 금액을 빼고 산출한 취득세를 면제한다. 1.지방세법제13조 제1항에 따른 취득 재산에 대해서는 같은 조에 따른 중과기준세율(이하 "중과기준세율"이라 한다)의 100분의 300을 적용하여 산정한 금액 2.지방세법제13조 제5항에 따른 취득 재산에 대해서는 중과기준세율의 100분의 500을 적용하여 산정한 금액
③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재산을 2015년 12월 31일까지 취득하는 경우에는 취득세를 면제한다. 1.국유재산법에 따라 현물출자한 재산 2.법인세법제46조 제2항 각 호(물적분할의 경우에는 같은 법 제47조제1항을 말한다)의 요건을 갖춘 분할로 인하여 취득하는 재산. 다만, 법인세법제46조의3 제3항(물적분할의 경우에는 같은 법 제47조제3항을 말한다) 각 호의 사유가 발생하는 경우(같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 경우는 제외한다)에는 면제받은 취득세를 추징한다. 3.법인세법제47조의2에 따른 현물출자에 따라 취득하는 재산. 다만,법인세법제47조의2 제3항 각 호의 사유가 발생하는 경우(같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 경우는 제외한다)에는 면제받은 취득세를 추징한다. 4.법인세법제50조에 따른 자산교환에 따라 취득하는 재산 5.조세특례제한법제31조에 따른 중소기업 간의 통합에 따라 설립되거나 존속하는 법인이 양수하는 해당 사업용 재산 6.조세특례제한법제37조 제1항 각 호의 요건을 모두 갖춘 자산의 포괄적 양도(讓渡)로 인하여 취득하는 재산. 다만, 같은 법 제37조제6항 각 호의 사유가 발생하는 경우(같은 조 제7항에 해당하는 경우는 제외한다)에는 면제받은 취득세를 추징한다.
7. 특별법에 따라 설립된 법인 중공공기관의 운영에 관한 법률 제2조제1항에 따른 공공기관이 그 특별법의 개정 또는 폐지로 인하여상법상의 회사로 조직 변경됨에 따라 취득하는 사업용 재산 제177조의2(지방세 감면 특례의 제한) 이 법에 따라 취득세 또는 재산세가 면제(지방세 특례 중에서 세액감면율이 100분의 100인 경우와 세율경감율이지방세법에 따른 해당 과세대상에 대한 세율 전부를 감면하는 것을 말한다. 이하 이 조에서 같다)되는 경우에는 이 법에 따른 취득세 또는 재산세의 면제규정에도 불구하고 100분의 85에 해당하는 감면율(지방세법제13조 제1항부터 제4항까지의 세율은 적용하지 아니한 감면율을 말한다)을 적용한다.다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다. 1.지방세법에 따라 산출한 취득세 및 재산세의 세액이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우
2. 제7조부터 제9조까지, 제13조 제3항, 제14조 제3항, 제16조, 제17조, 제17조의2, 제20조 제1호, 제29조, 제30조 제2항, 제35조의2, 제37조, 제38조 제3항, 제41조 제1항부터 제6항까지, 제43조, 제50조, 제55조,제57조의2,제62조, 제63조 제1항 단서, 같은 조 제3항, 제65조, 제66조, 제68조 제2항, 제73조, 제74조, 제76조 제2항, 제77조 제2항, 제79조, 제80조, 제81조, 제82조,제84조 제1항, 제85조의2 제1항 제4호, 제87조, 제88조 제1항 및 제92조에 따른 감면 제178조(감면된 취득세의 추징) 부동산에 대한 감면을 적용할 때이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.
1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 2.해당 용도로 직접 사용한 기간이2년 미만인 상태에서매각·증여하거나다른 용도로 사용하는 경우
(3) 조세특례제한법 제31조(중소기업 간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세 등) ① 대통령령으로 정하는 업종을 경영하는 중소기업 간의 통합으로 인하여 소멸되는 중소기업이 대통령령으로 정하는 사업용고정자산(이하 "사업용고정자산"이라 한다)을 통합에 의하여 설립된 법인 또는 통합 후 존속하는 법인(이하 이 조에서 "통합법인"이라 한다)에 양도하는 경우 그 사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다.
② 제1항의 적용대상이 되는 중소기업 간 통합의 범위 및 요건에 관하여는 대통령령으로 정한다.
③ 제1항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 이월과세 적용신청을 하여야 한다.
④ 제6조 제1항 및 제2항에 따른 창업중소기업 및 창업벤처중소기업 또는 제64조 제1항에 따라 세액감면을 받는 내국인이 제6조 또는 제64조에 따른 감면기간이 지나기 전에 제1항에 따른 통합을 하는 경우 통합법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 남은 감면기간에 대하여 제6조 또는 제64조를 적용받을 수 있다.
⑥ 제144조에 따른 미공제 세액이 있는 내국인이 제1항에 따른 통합을 하는 경우 통합법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 내국인의 미공제 세액을 승계하여 공제받을 수 있다.
⑦ 제1항을 적용받은 내국인이 사업용고정자산을 양도한 날부터 5년 이내에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 해당 내국인은 사유발생일이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 제1항에 따른 이월과세액(통합법인이 이미 납부한 세액을 제외한 금액을 말한다)을 양도소득세로 납부하여야 한다. 이 경우 사업 폐지의 판단기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
1. 통합법인이 소멸되는 중소기업으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우
2. 제1항을 적용받은 내국인이 통합으로 취득한 통합법인의 주식 또는 출자지분의 100분의 50 이상을 처분하는 경우
(4) 상법 제235조(합병의 효과) 합병 후 존속한 회사 또는 합병으로 인하여 설립된 회사는 합병으로 인하여 소멸된 회사의 권리의무를 승계한다.
(5) 지방세기본법 제41조(법인의 합병으로 인한 납세의무의 승계) 법인이 합병한 경우에 합병 후 존속하는 법인 또는 합병으로 인하여 설립된 법인은 합병으로 인하여 소멸된법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 지방자치단체의 징수금을 납부할 의무를 진다.