개인사업자가 운영하는 쟁점병원 중 A동의 일부를 각각 증여하고 A동을 부동산임대업으로 개인사업자등록하였다가 현물출자하였으나 법인 전환시 쟁점건물이 사업용 자산에서 누락되었다 하여 취득세 등을 추징한 처분의 당부

[참조결정] 조심2015지0339

[주 문] OOO시장이 2017.2.24. 청구법인에게 한 취득세 OOO지방교육세 OOO의 부과처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 부동산임대업을 영위하는 법인으로서, 2015.12.1. OOO외 6필지 토지 및 병원OOO건물(토지 2,533㎡, 건물 7,423.67㎡이고, A동·B동·C동으로 이루어져 있으며, 이하 “쟁점병원”이라 한다) 중 A동과 C동 및 토지를 현물출자로 취득하고, 2015.12.7. 지방세특례제한법 제57조의2 제4항에 따라 거주자가 사업용 고정자산을 현물출자한 사업용 자산으로 보아 취득세 등을 면제받았다.
• 나. 처분청은 경기도와 합동세무조사 결과, 청구법인이 개인사업자에서 법인으로 전환하면서 사업용 자산 중 기숙사 건물인 B동(이하 “쟁점건물”이라 한다)을 출자하지 않아 취득세 감면요건을 충족하지 못하였다 하여, 2017.2.24. 청구법인에게 기 면제한 취득세 등 합계 OOO(취득세 OOO지방교육세 OOO가산세 포함)을 부과·고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2017.5.15. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 지방세특례제한법 제57조의2, 조세특례제한법 제32조가 규정한 현물출자에 따라 취득한 사업용 자산은 조세특례제한법 시행령 제28조 제2항에 따라 당해 사업에 직접 사용하는 유형자산 및 무형자산을 의미하고, 이는 현물출자일 현재 사업에 직접 사용하는 자산을 의미하는 것일 뿐 그 사용기간에는 제한이 없는 것인바, 법인 전환일 현재 임대사업자인 OOO(A동)와 OOO(C동)의 임대수익 목적으로 임대업에 직접 사용하는 사업용 고정자산을 현물출자하였다. 또한 법인전환 이후 청구법인은 동일한 사업(임대업)을 영위하고 있으며, 현물출자계약서와 자산실사보고서상 법인 설립시 순자산가액 이상 출자하였음이 확인되므로 법인전환에 따른 청구법인의 취득세는 면제되어야 한다. 2006.2.9. 조세특례제한법 시행령 제29조의 개정으로 ‘법인설립일로부터 소급하여 1년 이상 당해 사업을 영위하던 자’를 ‘당해사업을 영위하던 자’로 개정하여 개인사업의 영위기간은 세 감면 요건에 영향을 주지 않는다. 조세심판결정(조심 2015지0339, 2015.04.27.)에서도 23일간의 사업영위기간도 인정되는 점을 볼 때 A동 건물 지분 증여 이후 3개월간의 사업영위기간도 인정되어야 한다. 쟁점병원의 사업장은 A동 임대자인 OOOC동 임대자인 OOO과 임차인(A동 및 C동)이자 자가사업장(B동)인 OOO으로 구분된다. 개인사업자의 법인전환은 임대사업장과 임차사업장이 명확히 구분되어 있는 상황에서 임대업 사업자등록OOO만을 법인 전환한 것이다. 처분청이 현물출자 대상에 포함되어야 한다고 주장하는 B동은 소유자와 사용자가 일치OOO하며, 병원의 사무실과 기숙사로 사용되어지고 있는 현황과 병원 재무제표에 건물 자산으로 귀속되어 있는 것을 볼 때, B동은 병원의 의료수익 창출에 사용되어지는 의료사업용 고정자산이다. 따라서 B동은 임대용 사업장으로 볼 여지가 없으며, 임대수익 목적의 임대사업용 고정자산과 의료수익 목적의 의료사업용 고정자산은 명확히 구분해서 보아야 한다. 결국 의료사업용 고정자산인 B동은 현물출자 대상이 아니다. 현물출자 3개월 전인 2015.9.9. 증여로 인해 A동은 OOO의 임대사업용 자산으로 귀속되어 법인 전환일까지 사용되었고, 임대업으로 운영한 A동은 유권해석(사전-2015-법령해석부가-0132, 2015.5.27.)에 따라 사업자등록을 기준으로 임대사업장과 의료사업장을 엄격히 구분하는 절차를 거쳤다.

또한, 질의회신(부가46015-4799, 2000.12.20.)에 따르면, 부가가치세법상 세금계산서를 발급하는 경우 각각 별개의 사업장으로 보고 있고, 별도의 사업자등록이 세 감면의 필수요건이며, 자가사용과 임대사용이 구분되어 있는 경우에도 임대사업자등록을 한 부분에 대해서만 세 감면되는 법인전환이 인정되고 있다.(부동산납세-781, 2014.10.17.)

사업용 고정자산은 소득발생의 원천을 기준으로 하고(재일 46014-641, 1999.4.1.) 있기 때문에 임대업으로 소득창출에 사용되는 A동, C동 건물 및 토지 일체와 의료업소득 창출에 사용되는 B동 건물은 각각 임대업과 의료업의 사업용 자산으로 구분되는 것이 당연하다.

따라서 처분청의 의견처럼 단지 특수관계인(배우자간)이며 증여 전후 실제 사용형태가 변하지 않는다 하여 별도의 사업장을 하나의 공동사업자에 속하는 사업장으로 볼 이유가 없다 할 것이므로 이 건 처분은 부당하다.

• 나. 처분청 의견 청구법인은 부동산임대업으로 현물출자하였고, 쟁점병원 중 A동만 임대용부동산이므로 의료용으로 사용하는 B동은 현물출자 대상이 아니라고 주장하나, 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않지만, 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 불가피하다고 할 것인바(대법원 2008.2.15. 선고 2007두4438 판결), 지방세특례제한법제57조의2 제4항에서 규정하는 취득세 면제규정의 입법취지는 현물출자에 따른 법인전환의 경우 실질적으로는 동일한 사업주가 사업의 운영형태만을 바꾸는 것에 불과하여 재산이전에 따르는 취득세를 부과할 필요가 적음과 더불어 개인사업의 법인전환을 장려함에 있고, 현물출자는 사업장별 사업용 자산의 일체를 출자하는 것으로 그 사업의 일부를 출자하는 경우 조세특례제한법제32조에서 규정하는 양도소득세 이월과세의 대상이 아니다. A동의 경우, 소유자 OOO가 10년 동안 계속하여 의료용부동산(병원)으로 사용하고 있다가 현물출자 3개월 전인 2015.9.9. A동의 토지소유자OOO에게 극히 일부 지분만을 증여한 후 같은 날 동업계약서와 부동산임대계약서를 작성하였으나 증여 전후의 실제 사용형태가 변하지 않고 현재까지 이르는 점, 공동사업으로 전환하면서 A동의 등기사항전부증명서 및 증여계약서의 소유 지분OOO과 동업계약서상 공동사업 지분OOO및 실제 발생한 수익의 배분비율OOO이 서로 불일치하고, A동의 임대사업과 관련하여 청구법인이 제출한 계정별원장(2015.11.8. 기준)자료와 이후 다시 제출한(2015.12.1. 기준) 자료의 내용이 불일치 하는 것으로 나타나 동업계약의 실체 및 사실상 임대업으로의 사용이 실제 이루어졌다는 것을 인정하기 어려운 점, 쟁점병원의 사용현황을 보면, 청구법인이 현물출자로 취득한 A동과 C동은 외래접수실, 입원실, CT촬영실, 식당 등 의료용 부동산의 일체로 운영되고 있는 것으로 나타나고, 현물출자시 제외된 B동 역시 A동과 통로로 연결되어 있고, B동 1층은 병원심사팀으로 운영중이며, 2층과 3층은 직원 기숙사로 사용되고 있어 응급실을 운영하는 의료업의 특성상 2, 3층의 기숙사도 의료업 수행을 위한 필수적인 시설이므로, 쟁점병원 모두 의료용부동산 일체로 보는 것이 타당한 점 등을 종합하여 볼 때, 특수관계자인 공동사업자 OOO은 의료업과 임대업을 공동운영하고 있고, OOO소유의 A동과 B동은 사실상 의료용으로 오랫동안 사용되었는바, 청구법인의 사업용 자산은 의료업과 임대업에 사용되는 자산의 일체로 보아야 하므로 B동도 공동사업자의 사업용 자산으로 보아야 한다. 한편, 청구법인이 제시한 국세 해석사례는 공동사업자간 부가가치세 신고에 관한 내용(사전-2015-법령해석부가-0132)과 하나의 건물에 주거용이 있는 경우 현물출자시 사업용자산은 주거용을 제외한다는 것(부동산납세-781)으로, 청구법인의 사업 범위 및 사업용 자산의 용도(의료용, 임대용)가 쟁점인 이 건에 적용하는 것은 무리가 있다고 할 것이다. 따라서 처분청에서 청구법인이 개인사업체에서 법인으로 전환하면서 사업용 자산의 일체를 출자하지 않은 것으로 보아 이 건 취득세 등을 부과ㆍ고지한 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 개인사업자OOO가 운영하는 쟁점병원(A동 의료 및 임대ㆍB동 의료ㆍC동 임차) 중 A동의 일부(100분의1)를 각각 증여OOO하고 A동을 부동산임대업으로 개인사업자등록하였다가 현물출자(A동, C동 및 토지)하였으나 법인 전환시 쟁점건물(B동)이 사업용 자산에서 누락되었다 하여 취득세 등을 추징한 처분의 당부
• 나. 관련 법령: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다. (가) 쟁점건물이 속한 OOO5필지 지상 쟁점병원에는 A동·B동·C동으로 되어 있고, 건축물대장상 A동은 지하 1층지상 4층으로 근린생활시설과 의료시설, B동은 지상 3층으로 근린생활시설, C동은 지하 1층지상 6층으로 장례식장, 의료시설로 되어 있으며, 청구법인의 홈페이지 및 세무조사 결과를 종합하면 각 층별 사용현황은 아래 [표1]과 같다. [표1] 쟁점병원 사용현황 (나) A동 증여 전·후 및 법인전환에 따른 쟁점병원의 소유 및 사업자 현황은 아래 [표2]와 같다. [표2] A동 증여 전·후 및 법인전환에 따른 현황 (다) 2015.9.9. A동의 OOO지분 일부가 OOO에게 증여됨과 동시에 체결된 임대차계약서와 동업계약서 내용은 아래 [표3], [표4]와 같다. [표3] A동 부동산임대차계약서 [표4] 동업계약서 (라) OOO의 지분 중 각 1%를 OOO에게 증여하는 증여계약서 및 등기부등본상 기재내용은 아래 [표5], [표6]과 같다. [표5] 증여계약서 [표6] 등기부등본상 기재사항 (마) A동 임대자인 OOO와 C동 및 토지 임대자인 OOO의 순자산가액 평가보고서 및 OOO의 정관에 의하면, 현물출자자의 출자자산 및 지분율은 아래 [표7]과 같다. [표7] 현물출자자 출자자산 및 지분율 현황 (바) 현물출자일(2015.12.1.) 현재 청구법인은 임대인의 지위에서 쟁점병원 중 A동과 C동에 대하여 전체면적(7,244.92㎡) 중 6,376.77㎡는 임차인 OOO외 1명OOO과 부동산 임대차계약을 체결하였고, 나머지 면적(848.15㎡, C동 장례식장으로 사용되는 부분인 지하 1층과 6층 65.43㎡)은 OOO에게 임대하였다. (사) 청구법인은 2015.12.1. 쟁점병원 중 A동과 C동 및 토지를 현물출자로 취득하고, 2015.12.7. 지방세특례제한법 제57조의2 제4항에 따라 거주자가 사업용 고정자산을 현물출자하여 법인으로 전환하여 취득하는 사업용 자산으로 취득세 등을 면제받았다. (아) 처분청이 제출한 2016.11.30. 경기도 세무조사결과보고 내용은 아래와 같다. (자) 청구법인이 제출한 국세의 해석사례는 아래와 같다.

(2) 청구법인은 처분청 답변에 대하여 아래와 같이 항변하고 있다. (가) 처분청은 B동을 출자하지 않아 취득세 감면요건 중 모든 자산ㆍ부채의 출자가 되지 않았다는 의견에 대하여, A동과 C동은 공동임대사업장의 임대용자산이고 B동은 의료사업장의 자가사용 자산으로서 양 사업장의 소유자가 비슷하고 특수관계가 있더라도 공동임대사업자의 법인전환인 이 건에서 임대사업용이 아닌 B동은 출자에서 제외된 것이 당연하다. 처분청의 주장에 따라 의료업용 자가사용 부동산인 B동을 출자하려면 세 감면 요건에 따라 B동을 포함한 의료업 전체를 법인전환대상으로 하여야 하나, 이는 의료법 제33조에 위배된다. 영리법인은 의료기관 개설이 불가능하기 때문이다. 또한, OOO이 의료업과 임대업을 공동 운영한다”는 주장에 대하여 비의료인OOO은 의료기관 개설이 불가하다는 의료법 제33조에 위배된다. 따라서 단지 특수관계자라는 이유로 처분청의 주장대로 의료업과 임대업을 하나의 공동사업자의 사업용 자산으로 볼 수 없다. 의료업과 임대업은 법령요건에 따라 소유지분에 맞게 각각 별도의 사업자등록을 하여 사업용 자산을 엄격히 구분되어 운용되고 있었으며, 조세감면 출자요건을 충족하는 조건으로 임대업에 공하는 OOO의 임대사업자용 부동산을 법인 전환한 것이다. A동의 경우 ‘사전-2015-법령해석부가-0132’와 동일한 사안으로 부가가치세법에 따라 건물 전체가 임대업에 귀속되어 운영되었고, A동과 동일한 조건으로서 A동 임대사업자등록 정정신고 및 운영은 동일한 조건의 국세청의 해당 사전답변을 근거로 진행되었다. 또한 조세심판결정(조심 2015지0339)에서는 소유현황에 따라 사업자등록을 하고 단 23일간 운영하는 것도 인정하였다. (나) 처분청이 증여계약서와 부동산등기부상 OOO의 지분 0.5%를 증여받았다는 의견에 대하여, 처분청이 부동산등기부상 표기 사항을 잘못 이해한 것이다. 처분청 주장대로 각 공유자 지분 1/2의 1/100, 즉 0.5%에 해당하려면 ‘이중의 100분의1’이라든가, OOO지분의 100분의 1’ 이라고 표기되어야 1/2 x 1/100 =0.5% 로 해석 될 수 있다. 증여계약서와 등기사항전부증명서에 기재된 표기는 각 공유자 지분 중 일부(1/100)를 의미하며, 각 지분의 1/100을 곱하는 것과는 다른 표현이다. 이는 다음의 부동산등기시 공유자 지분의 기재방법에 대한 법령과 예규에서도 확인된다.

1. 부동산등기법 제67조(소유권의 일부이전) ① 등기관이 소유권의 일부에 관한 이전등기를 할 때에는 이전되는 지분을 기록하여야 한다. 이 경우 등기원인에 민법 제268조제1항 단서의 약정이 있을 때에는 그 약정에 관한 사항도 기록하여야 한다. 공유자의 지분을 이전하는 경우 등기의 목적 및 공유자 지분의 기재방법에 관한 예규 개정 2010.7.9. [등기예규 제1313호, 시행 ]

1. 이 예규는 공유자의 지분을 이전하는 경우 등기부(등기신청서에 기재하는 경우에도 같다)에 등기의 목적 및 공유자 지분의 기재방법을 규정함으로써 공유지분을 이전하는 경우 그 이전되는 지분의 내용을 명시함과 아울러 그 기재의 통일을 기함을 목적으로 한다.

2. 등기의 목적의 기재방법

• 가. 공유자인 갑의 지분을 전부 이전하는 경우등기의 목적은 "갑지분 전부이전"으로 기재한다.
• 나. 공유자인 갑의 지분을 일부 이전하는 경우

① 등기의 목적은 "갑지분 ○분의 ○중 일부(○분의 ○)이전"으로 기재하되, 이전하는 지분은 부동산 전체에 대한 지분을 명시하여 괄호안에 기재하여야 한다. < 예 시 > 갑지분 2분의 1중 2분의 1을 을이 이전받는 경우 "갑지분 2분의 1중 일부(4분의1)이전"

(3) 지방세특례법 제57조의2 제4항은 조세특례제한법 제32조 제1항에 따라 거주자가 사업용 고정자산을 현물출자함에 따라 법인으로 전환하는 경우 그 사업용 고정자산 취득에 대해서는 취득세를 면제하도록 규정하고 있으며, 이러한 사업용 고정자산에 대하여 조세특례제한법 시행령 제28조 제2항에서 당해 사업에 직접 사용하는 유형자산 또는 무형자산을 말한다고 규정하고 있을 뿐 이를 사용한 기간에 대하여는 규정하고 있지 아니하다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 감면요건을 막론하고 조세법규는 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고，합리적인 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다 할 것인바, 처분청은 쟁점건물을 부동산임대업의 현물출자 대상에서 누락한 사업용 자산으로 보았으나 개인사업자가 사업용 자산을 의료업 또는 임대업에 사용할지 여부는 사업장별로 선택할 수 있는 점, 쟁점건물은 당초부터 OOO가 영위하는 개인사업체인 OOO의 의료사업용 자산으로 사용되고 있는 것이라 임대사업용 자산으로 제공된 사실이 없는 점, 쟁점병원 중 A동 내에서 의료사업용 및 임대사업용 자산으로 구분하여 사업을 영위하고 있는 점, 공동소유자들이 A동 전체에서 임대사업을 영위할 목적으로 공동사업자로 등록한 사실이 부동산임대차계약서, 증여계약서 등에 나타나는 점, 청구법인의 출자전환에 즈음하여 A동 전체를 임대업으로 전환하여 공동사업자등록을 하였다 하더라도 이는 소유 현황에 맞춘 것인 점, A동이 임대사업용으로 사용된 기간이 출자전환 당시 사업용 고정자산 인지 여부에 영향을 미치지는 아니하는 점 등에 비추어 쟁점병원 중 A동과 C동 및 토지는 출자전환 당시 임대사업용 자산에 해당하고 쟁점건물은 OOO가 영위하는 병원의 사업용 자산에 해당한다 하겠다. 따라서 처분청이 현물출자 자산에서 쟁점건물이 누락된 것으로 보아 청구법인에게 취득세 등을 부과한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법 제96조 제4항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령

(1) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것) 제57조의2(기업합병·분할 등에 대한 감면) ④ 조세특례제한법 제32조에 따른 현물출자 또는 사업 양도·양수에 따라 2015년 12월 31일까지 취득하는 사업용 재산에 대해서는 취득세를 면제한다. 다만, 취득일부터 2년 이내에 대통령령으로 정하는 정당한 사유 없이 해당 사업을 폐업하거나 해당 재산을 처분(임대를 포함한다)하는 경우에는 면제받은 취득세를 추징한다.

(2) 조세특례제한법(2014.12.23. 법률 제12853호로 개정된 것) 제32조 [법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세] ① 거주자가 사업용고정자산을 현물출자하거나 대통령령으로 정하는 사업 양도·양수의 방법에 따라 법인(대통령령으로 정하는 소비성서비스업을 경영하는 법인은 제외한다)으로 전환하는 경우 그 사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다.

② 제1항은 새로 설립되는 법인의 자본금이 대통령령으로 정하는 금액 이상인 경우에만 적용한다.

③ 제1항을 적용받으려는 거주자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 이월과세 적용신청을 하여야 한다.

④ 제1항에 따라 설립되는 법인에 대해서는 제31조 제4항부터 제6항까지의 규정을 준용한다.

(3) 조세특례제한법 시행령(2015.2.3. 대통령령 제26070호로 개정된 것) 제28조 [중소기업 간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세 등] ② 법 제31조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 사업용고정자산"이란 당해 사업에 직접 사용하는 유형자산 및 무형자산(1981년 1월 1일 이후에 취득한 부동산으로서 기획재정부령이 정하는 법인의 업무와 관련이 없는 부동산의 판정기준에 해당되는 자산을 제외한다)을 말한다. 제29조 [법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세] ② 법 제32조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 사업 양도·양수의 방법"이란 해당 사업을 영위하던 자가 발기인이 되어 제5항에 따른 금액 이상을 출자하여 법인을 설립하고, 그 법인설립일부터 3개월 이내에 해당 법인에게 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양도하는 것을 말한다.

③ 법 제32조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 소비성서비스업"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업(이하 "소비성서비스업"이라 한다)을 말한다.

1. 호텔업 및 여관업(관광진흥법에 따른 관광숙박업은 제외한다)

2. 주점업(일반유흥주점업, 무도유흥주점업 및 식품위생법 시행령 제21조에 따른 단란주점 영업만 해당하되, 관광진흥법에 따른 외국인전용유흥음식점업 및 관광유흥음식점업은 제외한다)

3. 그 밖에 오락·유흥 등을 목적으로 하는 사업으로서 기획재정부령으로 정하는 사업

④ 법 제32조 제1항의 규정에 의하여 양도소득세의 이월과세를 적용받고자 하는 자는 현물출자 또는 사업양수도를 한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)시 새로이 설립되는 법인과 함께 기획재정부령이 정하는 이월과세적용신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

⑤ 법 제32조 제2항에서 "대통령령으로 정하는 금액"이란 사업용고정자산을 현물출자하거나 사업양수도하여 법인으로 전환하는 사업장의 순자산가액으로서 제28조 제1항 제2호의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말한다.