청구법인이 창업(벤처)중소기업의 감면대상 업종이 아닌 사업을 영위하다가 감면대상 업종을 추가한 경우에 해당하는지 여부

[주 문] OOO시장이 2016.10.13. 청구법인에게 한 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2016.6.30. OOO외 1필지 토지 3,535㎡ 및 건축물 1,785.83㎡(이하 “이 건 부동산”이라 한다)를 주식회사 OOO(이하 OOO라 한다)와 공동(지분은 각 2분의 1)으로 취득하고 2016.7.18. 동 부동산의 취득가액 OOO을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 OOO지방교육세 OOO농어촌특별세 OOO합계 OOO을 신고·납부하였다.
• 나. 청구법인은 2016.8.11. 동 부동산 중 청구법인의 취득지분에 해당하는 부동산(이하 "쟁점부동산"이라 한다)은 지방세특례제한법(2016.1.1. 법률 제13637호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제58조의3에 따른 창업벤처중소기업의 사업용 재산에 해당하므로 동 조항에 따라 쟁점부동산에 대한 취득세 등 OOO의 100분의 75가 감면되어야 한다는 취지의 경정청구를 하였으나, 처분청은 2016.10.13. 이를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2016.12.26. 이의신청을 거쳐 2017.4.26. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 외국자본을 유치하여 2013.10.10. OOO에서 설립되어 동 장소에서 2년 1개월간 사업을 수행하다가 업무량 확대로 인하여 사무실이 부족하여 2015.11.27. OOO의 사업장을 임차하였다가 2016.7.14. 이 건 부동산으로 사업장을 이전하였는바, 청구법인은 설립 전에 다국적 기업인 OOO와 산업용 냉동기 등에 대한 기술 및 서비스지원 등을 공유하고 공동개발한다는 내용의 공동사업 협약을 체결하였고, 청구법인의 설립시부터 법인등기부 및 정관상의 목적사업에 냉동시스템의 설계·제작·시운전 및 유지보수가 포함되어 있었으며, 그때부터 현재까지 싱가포르에 직원을 파견하여 냉동기시스템 모델5종을 설계·제작하고 냉동기시스템 제작을 위한 공장 확보를 위하여 확보한 외국인투자금 등으로 이 건 부동산을 취득하여 냉동기제조공장으로 등록하여 2017년 5월부터 기업체들로부터 냉동기 설계·제작에 대한 수주를 하여 창업벤처중소기업 감면대상 업종인 제조업을 영위하고 있음에도 청구법인 설립이후 기타무역업에서 매출이 발생하였다하여 청구법인을 지방세특례제한법제100조 제6항 제4호에서 규정하고 있는 “사업을 확장하거나 다른 업종을 추가하는 경우 등 사업을 최초로 개시하는 것으로 보기 곤란한 경우”로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 지방세특례제한법제58조의3 제1항의 해당사업은 창업 이후의 모든 사업을 의미하는 것이 아니라 창업 당시의 사업을 의미하는 것으로 보는 것이 타당하다 할 것인바, 청구법인은 2013.10.10. 수도권과밀억제권역인 OOO에서 설립한 후 2016.5.10. 벤처기업 확인을 받고 2016.6.15. 수도권과밀억제권역 이외의 지역인 이 건 부동산으로 본점을 이전하였으나, 청구법인의 2013.10.10.부터 2015.12.31.까지 손익계산서상 매출이 제품매출이 아닌 상품매출로 확인되는 점, 부가가치세 신고서상의 업태를 “도매 및 상품중개업”, 종목을 “기타무역업”으로 신고한 점 등을 종합하여 보면, 청구법인은 설립 당시부터 2016.6.30.까지 “기타 무역업”을 영위한 것으로 보여지고, “기타 무역업”을 영위하는 법인은 지방세특례제한법제58조의3 제1항 및 제2항에 의거 취득세 등이 감면되는 창업벤처중기업의 범위에 해당하지 아니한다 할 것이며, 창업 이후 창업벤처중기업의 사업의 범위에 감면업종을 추가하였다 하더라도 이는 같은 법 제100조 제6항 제4호에서 규정한 “사업을 확장하거나 다른 업종을 추가하는 경우 등 사업을 최초로 개시하는 것으로 보기 곤란한 경우”로서 취득세 등의 면제대상에 해당하지 아니하므로 비록 청구법인이 2013.10.10. 설립 당시부터 법인등기부와 사업자등록에 압축기 및 산업기계 제조업을 목적사업으로 등재하였다고 하더라고 동 업종을 경영하지 아니한 이상 이를 달리 볼 수는 없다 할 것이므로 청구법인의 경정청구를 거부한 것은 적법하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 청구법인이 창업(벤처)중소기업의 감면대상 업종이 아닌 사업을 영위하다가 감면대상 업종을 추가한 경우에 해당하는지 여부
• 나. 관련 법률: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 2013.10.10. OOO를 본점으로 하여 설립되었고, 2013.10.10. 업종을 “무역 도매 및 압축기·산업기계 제조”로 하여 사업자등록을 하였으며, 설립당시 정관 및 등기부등본상의 목적사업은 아래와 같다. (나) 청구법인은 2016.5.10. OOO으로부터 벤처기업으로 확인받았고, 2016.6.30. OOO와 이 건 부동산을 공동으로 취득한 후 2016.8.10. 동 부동산을 공장소재지로 하고 산업용 냉장 및 냉동 장비 제조업(29171)을 업종으로 하여 공장등록을 하였다. (다) OOO세무서장이 2016.10.7. 발행한 사실증명 따르면, 청구법인은 2013.10.10. 개업 이후 주업종코드[519113/도매업(무역)] 변경을 신청한 사실은 없고, 청구법인의 대표자 OOO의 사업자등록내역은 아래 <표1>과 같다. <표1> 사업자등록내역 (라) 청구법인의 2013년～2015사업연도 손익계산서는 아래 <표2>와 같고, 부가가치세과세표준증명은 아래 <표3>과 같으며, 청구법인의 2013.10.10.부터 2016.3.31.까지의 부가가치세 신고서 상의 업태는 “도매 및 상품중개업”, 종목은 “기타무역업”으로 되어있다. <표2> 손익계산서 (단위: 원) <표3> 부가가치세과세표준증명 (단위: 원) (마) 청구법인에게 사무실을 임대한 사실이 있고 이 건 부동산을 공동으로 취득한 OOO는 2000.6.15. OOO를 본점으로 하여 설립되었고, 청구법인의 대표이사인 OOO이 사내이사이자 최대주주이며 목적사업은 아래와 같다. (바) 처분청 담당공무원은 2016.10.6. 이 건 부동산에 대한 현지확인을 실시하였고, 동 현지확인 결과 이 건 건축물 중 1층(공장 1,265.45㎡)은 창고 및 작업장으로, 2층(사무실 260.19㎡)은 주식회사 OOO에게 임대중이며, 3층(사무실 260.19㎡)은 청구법인의 사무실로 각 사용하고 있는 것으로 확인되었다. (사) 청구법인은 설립당시부터 냉동시스템의 설계, 제작업을 영위하였다는 증빙으로 청구법인이 2013.8.9. OOO와 체결한 산업용냉동기(Industrial Refrigerration) 등에 대한 설계, 엔지니어링, 기술, 조립 및 판매 등의 정보를 공유하고 공동개발한다는 내용의 공동사업협약서, 인력채용현황〔2013.11.14.～2017.8.1., 17명 채용(6명 싱가폴 파견, 1명 싱가폴에서 한국파견), 근로계약서, 고용보험가입서 및 항공권 등 첨부〕설계완료된 냉동기시스템 설계도면(2014～2016년, 총387매 중 샘플 32매), 냉동기 설계제작 수주실적〔2016년 4월～2017년 7월, OOO외 4개업체(수주금액: 한화 OOO백만원, US$ OOO)〕 및 청구법인의 2017년 제1기 부가가치세 확정신고서〔제조업(압축식기관 및 원동기 등) OOO도매(무역업) OOO및 서비스업(자문료) OOO〕등을 제출하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 감면대상이 아닌 기타무역업업을 영위하다가 감면대상인 제조업을 추가하였다는 의견이나, 청구법인을 설립할 당시 법인등기부상의 목적사업에 제조업(냉동시스템 제조)이 포함되어 있었던 점, 설립 이전에 OOO와 동 제조업과 관련된 기술협약을 체결한 점, 설립 이후 제품설계, 인력 채용 및 파견 등을 거쳐 2017년 제4분기부터 제조업 매출액이 발생한 점, 제조업에 사용하고자 쟁점부동산을 취득한 것으로 나타나는 점, 준비과정에 장기간이 소요되는 제조업이 아니라 기타무역업과 관련된 매출실적이 먼저 발생하였다는 사유로 이를 창업이 아닌 업종의 추가로 보는 것은 사업 초기에 창업중소기업의 조세부담을 완화시켜 제조업 등의 산업기반을 강화하고자 창업벤처중소기업에 대하여 조세감면 혜택을 부여하고자 하는 입법취지에 반하는 점 등에 비추어 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법제123조 제4항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법률 지방세특례제한법(2016.1.1. 법률 제13637호로 개정되기 전의 것) 제58조의3(창업중소기업 등에 대한 감면) ① 중소기업창업 지원법 제2조 제1호에 따른 창업을 한 기업으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업이 해당 사업을 하기 위하여 창업일부터 4년 이내에 취득하는 사업용 재산(지방세법 제127조 제1항 제1호에 따른 비영업용 승용자동차는 제외한다)에 대해서는 취득세의 100분의 75에 상당하는 세액을 경감한다. 다만, 취득일부터 2년 이내에 그 재산을 정당한 사유 없이 해당 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용·처분(임대를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)하는 경우 또는 정당한 사유 없이 최초 사용일부터 2년간 해당 사업에 직접 사용하지 아니하거나 처분하는 경우에는 감면받은 세액을 추징한다.

1. 2016년 12월 31일까지 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 중소기업(이하 이 조에서 "창업중소기업"이라 한다)

2. 2016년 12월 31일까지 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조제1항에 따른 벤처기업 중 대통령령으로 정하는 기업으로서 창업 후 3년 이내에 같은 법 제25조에 따라 벤처기업으로 확인받은 기업(이하 이 조에서 "창업벤처중소기업"이라 한다). 이 경우 창업벤처중소기업의 창업일은 같은 법 제25조에 따라 벤처기업으로 확인받은 날(이하 이 조에서 "확인일"이라 한다)로 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 감면 대상 창업중소기업 및 창업벤처중소기업의 범위는 제100조 제3항 각 호의 업종을 경영하는 중소기업으로 한다. 다만, 제100조 제3항 제20호의 업종 중 체육시설의 설치·이용에 관한 법률에 따라 골프장을 경영하는 기업과 같은 조 제6항에 해당하는 경우에는 제1항부터 제3항까지의 취득세, 재산세 및 등록면허세 감면대상이 되는 창업중소기업 및 창업벤처중소기업의 범위에서 제외한다. 제100조(창업중소기업 등에 대한 세액감면) ③ 창업중소기업과 창업벤처중소기업의 범위는 다음 각 호의 업종을 경영하는 중소기업으로 한다.

1. 광업

2. 제조업

3. 건설업

4. 음식점업

5. 출판업

6. 영상·오디오 기록물 제작 및 배급업(비디오물 감상실 운영업은 제외한다)

7. 방송업

8. 전기통신업

9. 컴퓨터 프로그래밍, 시스템 통합 및 관리업

10. 정보서비스업(뉴스제공업은 제외한다)

11. 연구개발업

12. 광고업

13. 그 밖의 과학기술서비스업

14. 전문디자인업

15. 전시 및 행사대행업

16. 창작 및 예술관련 서비스업(자영예술가는 제외한다)

17. 대통령령으로 정하는 엔지니어링사업(이하 "엔지니어링사업"이라 한다)

18. 대통령령으로 정하는 물류산업(이하 "물류산업"이라 한다)

19. 학원의 설립·운영 및 과외교습에 관한 법률에 따른 직업기술 분야를 교습하는 학원을 운영하는 사업 또는 근로자직업능력 개발법에 따른 직업능력개발훈련시설을 운영하는 사업(직업능력개발훈련을 주된 사업으로 하는 경우에 한한다)

20. 관광진흥법에 따른 관광숙박업, 국제회의업, 유원시설업 및 대통령령으로 정하는 관광객이용시설업

21. 노인복지법에 따른 노인복지시설을 운영하는 사업

22. 전시산업발전법에 따른 전시산업

23. 인력공급 및 고용알선업(농업노동자 공급업을 포함한다)

24. 건물 및 산업설비 청소업

25. 경비 및 경호 서비스업

26. 시장조사 및 여론조사업

27. 사회복지 서비스업

⑥ 제1항부터 제5항까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우는 창업으로 보지 아니한다.

4. 사업을 확장하거나 다른 업종을 추가하는 경우 등 새로운 사업을 최초로 개시하는 것으로 보기 곤란한 경우