쟁점부동산의 감정평가액을 부인하고 당초 신고한 법인장부상의 취득가액을 과세표준으로 하여 취득세 등을 부과.고지하 처분의 당부

[참조결정] 조심2013지0525

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요 가.청구법인은 2014.9.30. OOO외 3필지 토지 1,546㎡(이하 “이 건 토지”라 한다) 및 지상건축물 522㎡(이하 “이 건건축물”이라 하고, 이 건 토지와 함께 “이 건 부동산”이라 한다)를 대표이사 OOO외 1인(OOO의 배우자)으로부터 현물출자로 취득(취득가액OOO이하 “당초신고가액”이라 한다)하고,2014.10.24. 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로개정되기 전의 것, 이하 같다) 제11조 제1항에 따른 농업법인이 영농에사용하기 위하여 법인설립등기일로부터 2년 이내에 취득하는 부동산으로 아래 <표1>과 같이 신고하여 취득세 등을 면제받았다. <표1> 취득세 등 신고내역 (단위: 원) 나.청구법인은 2015.12.16. 이 건 부동산의 감면을 조세특례제한법(2014.12.23. 법률 제12853호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제32조 및 제120조에 따른 현물출자에 따라 취득하는 사업용 재산에 대한 것으로 변경하고 2016.3.29. 동 부동산의 법인장부상의 취득가액을 소급감정평가액(OOO이하 “이 건 감정평가액”이라 한다)으로 변경하여 달라는 취지의 경정청구를 하였고, 처분청은 2016.6.29. 이 건 부동산 중 사업용 고정자산(제3·4토지 및 제1건축물, 이하 “사업용부동산”이라 한다)에 대하여는 현물출자에 따른 감면대상으로 승인하고, 나머지 비사업용 고정자산(제1·2토지 및 제2·3건축물, 이하 “쟁점부동산”이라 한다) 및 취득가액 변경에 대한 경정청구는 거부하였다. 다.처분청은 청구법인이 쟁점부동산을 1년 이내에 영농에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 2016.7.11. 청구법인에게당초신고가액중 동부동산의 취득가액에 해당하는 OOO을 과세표준으로 하고지방세법제13조 제2항의 중과세율(과밀억제권역 안 취득 등 중과)을 적용하여산출한취득세 OOO농어촌특별세 OOO지방교육세OOO합계OOO및당초신고가액으로 산출한현물출자사업용부동산의 취득세 감면분농어촌특별세 OOO을 부과·고지하였다.

• 라. 청구법인은 이에 불복하여2016.9.27. 이의신청을 거쳐 2017.3.27.심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 법인장부가액은 특별히 취득가액을 조작하였다고 인정되지 아니하는 한 원칙적으로 실제의 취득가격에 부합하는 것으로 볼 수 있는 신빙성이있음을 전제로 하는 것(대법원 1992.5.8. 선고 91누9701 판결 참조)이므로동 장부가액이 편의에 의해 조작되거나 사실상의 취득가격에 부합되지아니한 경우에는 이를 취득세의 과세표준으로 삼을 수 없고, 법인장부에 기재된 취득가격이 조작되거나 오기 그 밖에 사실상의 취득가격이 아닌 잘못 기재된 것임이 납세의무자에 의하여 입증되는 한 그 법인장부에 의하여 인정되는 취득가격을 취득세 과세표준으로 할 수 없다 할 것(헌법재판소1995.7.21. 선고 92헌바40 판결 참조)인바,영농조합법인으로 상법상의회사규정이 아닌 민법상의 조합규정이 준용되는 청구법인이 현물출자한 이 건 부동산의 법인장부가액은 청구법인의 창립총회에서 설립 후대출을 용이하게 받기 위한 목적의 편의로 허위로 높게 평가된 가액인 점, 현물출자된 쟁점물권거래가 특수관계자와의 거래로서 조세의 부담을부당하게 감소시킨 법인세법령 상의부당행위부인대상 거래인 점, 이 건부동산의 법인장부가액이 시가표준액의 11.1배, 감정가액의 6.7배에 이르는것으로 동 부동산의 객관적인가치를 반영한 가액으로 볼 수 없는점 등에비추어 쟁점부동산에 대한 취득세 등의부과처분은 이 건 감정평가액을과세표준으로 하여 산출된 세액으로 경정되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구법인이 현물출자계약을 체결하는 과정에서 이 건 부동산의 가액을 OOO으로 평가한 사실이 현물출자계약서 및 그 부속서류 등에 의하여 확인되고, 당초신고가격이 담보대출 실행을 위하여 허위로 작성되었다는 것을 입증할 만한 증빙자료가 없는 점을 고려할 때 현물출자계약서 및 청구법인의 법인장부에 의하여 객관적으로 확인되는 신고가액으로 보는 것이 타당하며, 이 건 취득가액이 조작되었거나 명백한 착오로 인하여 오기되었다고도 볼 수 없고, 취득세는 법인장부상의 취득가액을 사실상의 취득가격으로 인정하는 경우에도 취득 당시의 장부가액을 과세표준으로 하여 1회에 한하여 취득세를 부과하는 것이고, 그 후에 자산재평가등 방법에 의하여 법인의 장부가액이 증감 변동된다고 하여 취득세를 추징하거나 환부하는 문제가 생기는것은 아니라고 할 것(대법원 1993.4.27.선고 92누15895 판결 참조)인바, 적법하게 취득세 납세의무가 성립한이후에 소급감정을 통하여 기 신고한 법인장부의 가액을 변경하였다 하더라도 이미 성립한 조세채권에는 아무런영향을 미칠 수 없다고 할 것(조심 2013지525, 2013.11.21. 참조)이므로 청구주장을 받아들일 수 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 쟁점부동산의 감정평가액을 부인하고 당초 신고한 법인장부상의 취득가액을 과세표준으로 하여 취득세 등을 부과·고지한 처분의 당부
• 나. 관련 법령: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단 (1)청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은사실이 나타난다. (가) 청구법인은 2014.8.28. 주사무소를 OOO로, 목적사업을 농, 축, 수, 임업에 관련된 공동시설의 조성 및 운영업 등으로 하여 설립되었고, 청구법인의 현물출자내역서(2014년 8월)에는 총 1,800,000좌(1좌 OOO) 중 OOO이 721,000좌, OOO이 591,600좌를 각 출자한 것으로 나타난다. (나)청구법인은 2014.9.30. OOO(대표이사) 및 OOO의배우자)과 이 건 부동산에 대한현물출자계약을 체결하여 이를 취득한 후, 2014.10.24. 취득가액을 당초신고가액으로 하고 지방세특례제한법제11조 제1항에 따른 농업법인이 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일로부터 2년 이내에 취득하는 부동산으로 신고하여 취득세 등을 면제받았다. (다) 청구법인은 2015.12.16. 이 건 부동산의 감면규정을 조세특례제한법제32조 및 제120조에 따른 현물출자에 따라 취득하는 사업용재산에 대한 감면으로 변경해 달라는 취지의 경정청구를 하고, 2016.3.29. 이 건 부동산의 소급감정평가서(주요내용은 아래<표2>와 같음)를 제출하며 취득가액을 취득법인장부가액을 변경하여 달라는 경정청구를 추가하였다. <표2> 감정평가 주요내용 (단위: 원) (라)처분청은 2016.2.19. 현지출장을 통하여 이 건 부동산 중 사업용부동산은 사업용 고정자산에 해당하고 쟁점부동산 중 제2토지 및 제3건축물은 임대용으로, 제1토지 및 제2건축물은 주거용으로 각 사용하고있음을 확인한 후, 2016.6.29. 사업용 부동산에 대하여는 경정청구를 승인하고 쟁점부동산에 대하여는 이를 거부하였다. (마)처분청은 청구법인이 쟁점부동산을 1년 이내에 영농에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 2016.7.11. 청구법인에게 당초신고가액 중동 부동산의 취득가액에 해당하는 OOO을 과세표준으로 하고지방세법제13조 제2항의 중과세율(과밀억제권연 안 취득 등 중과)을 적용하여 산출한 이 건 취득세 등을 부과·고지하였다. (바)청구법인은 이 건 부동산의 법인장부상의 취득가액을 이 건 감정평가액으로 수정하였다는 증빙으로 2016.12.31. 현재 재무상태표를 제출하였고, 동 재무상태표에는 전기(2015.12.31. 현재)에OOO이던 토지금액이 당기에는 OOO으로, 전기에 OOO이던 건물금액이 당기에는 OOO으로 기재되어 있다. (2)이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여살피건대, 청구법인은 쟁점부동산의 당초 취득세 신고가액이 법인세법상의 부당행위계산부인대상이므로 과세표준을 감정평가액 등으로 경정하여야 한다고 주장하나, 지방세법제10조 제5항 본문에서 소득세법제101조 제1항또는 법인세법제52조 제1항의 부당행위계산부인대상에 따른 거래의경우 취득세 과세표준을 법인장부 등 사실상의 취득가액 적용대상에서 제외한다고 규정한 것은 모든 조세가아니라 취득세를부당하게감소시킨경우에만 적용된다고 해석하는 것이 타당하므로 쟁점부동산에 대한 당초 신고가액으로 인하여 취득세가감소되지 아니한이 건에적용하기는 곤란한 점, 부당행위계산부인대상에해당한다 하여 법인장부상의 취득가액을특별히조작하거나오기하였다고인정할 것은 아닌점, 취득세 등의 납세의무가 적법하게 성립한 후에 소급감정을 하여 법인장부상의가액을변경하였다 하더라도 이미 성립한 납세의무에는 영향을줄 수없는 점 등에 비추어청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법제96조 제4항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 (1)지방세법(2013.12.26. 법률 제12118호로 개정되기 전의 것) 제10조(과세표준) ①취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다. 다만, 연부(年賦)로 취득하는 경우에는 연부금액(매회 사실상 지급되는금액을 말하며, 취득금액에 포함되는 계약보증금을 포함한다. 이하 이 절에서 같다)으로 한다.

② 제1항에 따른 취득 당시의 가액은 취득자가 신고한 가액으로 한다. 다만,신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 제4조에서 정하는 시가표준액보다 적을 때에는 그 시가표준액으로 한다.

⑤ 다음 각 호의 취득(증여·기부, 그 밖의 무상취득 및 소득세법제101조제1항 또는 법인세법제52조 제1항에 따른 거래로 인한 취득은 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항 후단에도 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액을 과세표준으로 한다.

1. 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합으로부터의 취득

2. 외국으로부터의 수입에 의한 취득

3. 판결문·법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 취득

4. 공매방법에 의한 취득 5.공인중개사의 업무 및 부동산 거래신고에 관한 법률제27조에 따른신고서를 제출하여 같은 법 제28조에 따라 검증이 이루어진 취득 (2)지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로개정되기 전의 것) 제11조(농업법인에 대한 감면) ① 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률제16조에 따른 영농조합법인과 같은 법 제19조에 따른 농업회사법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)이 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터 2년 이내에 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를, 농업법인의 설립등기에 대하여는 등록면허세를 각각 2015년 12월 31일까지 면제한다. 제178조(감면된 취득세의 추징) 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

(3) 조세특례제한법(2014.12.23. 법률 제12853호로 개정되기 전의 것) 제32조(법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세) ① 거주자가 사업용고정자산을 현물출자하거나 대통령령으로 정하는 사업 양도·양수의 방법에 따라법인(대통령령으로 정하는 소비성서비스업을 경영하는 법인은 제외한다)으로 전환하는 경우 그 사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다. 제120조(취득세의 면제 등) ⑤ 제32조에 따른 현물출자 또는 사업 양도·양수에 따라 2014년 12월 31일까지 취득하는 사업용 재산에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만, 취득일부터 2년 이내에 대통령령으로 정하는 정당한사유 없이 해당 사업을 폐업하거나 해당 재산을 처분(임대를 포함한다)하는 경우에는 감면받은 세액을 추징한다.

(4) 법인세법(2014.12.23. 법률 제12850호로 개정되기 전의 것) 제52조(부당행위계산의 부인) ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 "특수관계인"이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 "시가"라 한다)을 기준으로 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및시가의 산정(算定) 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(5) 법인세법 시행령(2015.2.3. 대통령령 제26068호로 개정되기 전의 것) 87조(특수관계인의 범위) ① 법 제52조제1항에서 "대통령령으로 정하는 특수관계인"이란 법인과 다음 각 호의 어느 하나의 관계에 있는 자(이하 "특수관계인"이라 한다)를 말한다. 이 경우 본인도 국세기본법 제2조제20호 각 목 외의 부분 후단에 따라 특수관계인의 특수관계인으로 본다. 1.임원의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 당해 법인의 경영에 대하여사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 자(상법제401조의2 제1항의 규정에 의하여 이사로 보는 자를 포함한다)와 그 친족

2. 주주등(소액주주등을 제외한다. 이하 이 관에서 같다)과 그 친족 제88조(부당행위계산의 유형 등) ① 법 제52조 제1항에서 "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 1.자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산을과대상각한 경우 제89조(시가의 범위 등) ①법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.

② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 의한다.

1. 부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식 등을 제외한다.

2. 상속세 및 증여세법 제38조·제39조·제39조의2·제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정 및 조세특례제한법제101조를 준용하여평가한 가액. 이 경우 상속세 및 증여세법제63조 제1항 제1호다목 및 같은 법 시행령 제54조에 따라 비상장주식을 평가함에 있어 해당 비상장주식을 발행한 법인이 보유한 주식(주권상장법인이 발행한 주식으로 한정한다)의 평가금액은 평가기준일의 한국거래소 최종시세가액으로 하며, 상속세 및 증여세법 제63조 제2항 제1호 및같은 법 시행령 제57조 제1항·제2항을 준용할 때 "직전 6개월(증여세가 부과되는 주식 등의 경우에는 3개월로 한다)"은 각각 "직전 6개월"로 본다.

(6) 상속세 및 증여세법(2015.12.15. 법률 제13557호로 개정되기 전의 것) 제61조(부동산 등의 평가) ① 부동산에 대한 평가는 다음 각 호의 어느 하나에서 정하는 방법으로 한다.

1. 토지 부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 따른 개별공시지가(이하 "개별공시지가"라 한다). 다만, 개별공시지가가 없는 토지의 가액은 납세지 관할세무서장이 인근 유사 토지의 개별공시지가를 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한 금액으로 하고, 지가가 급등하는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역의 토지 가액은 배율방법(倍率方法)으로 평가한 가액으로 한다.

2. 건물 건물(제3호와 제4호에 해당하는 건물은 제외한다)의 신축가격, 구조, 용도, 위치, 신축연도 등을 고려하여 매년 1회 이상 국세청장이 산정·고시하는 가액

(7) 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제16조(영농조합법인 및 영어조합법인의 설립) ① 협업적 농업경영을 통하여 생산성을 높이고 농산물의 출하·유통·가공·수출 및 농어촌 관광휴양사업 등을 공동으로 하려는 농업인 또는 농업·농촌 및 식품산업 기본법 제3조제4호에 따른 농업 관련 생산자단체(이하 "농업생산자단체"라 한다)는 5인 이상을 조합원으로 하여 영농조합법인(營農組合法人)을 설립할 수 있다.

③ 영농조합법인 및 영어조합법인은 법인으로 하며, 그 주된 사무소의 소재지에서 설립등기를 함으로써 성립한다.

⑥ 영농조합법인 및 영어조합법인의 설립등기, 변경등기, 출자, 사업범위, 정관 기재사항 및 해산 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

⑧ 영농조합법인 및 영어조합법인에 관하여 이 법에서 규정한 사항 외에는민법 중 조합에 관한 규정을 준용한다.