지식산업센터 설립의 인허가를 받아 착공 후 관련 감면조례가 납세자에게 불리하게 개정된 경우 원인행위 당시의 구 감면조례에 따라 취득세 면제 규정을 적용할 수 있는지 여부

[참조결정] 조심2015지1864

[주 문] OOO구청장이 2016.12.2. 청구법인에게 한 취득세 등 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2013.7.24. OOO토지에 지식산업센터용 건축물 46,965.9㎡(사업시설 37,582.6㎡, 비사업시설 9,383.3㎡, 이하 “이 건 지식산업센터”라 한다)를 신축한 후, 그 취득가격 OOO을 과세표준으로 하고,지방세특례제한법(2011.12.31.법률 제11138호로 개정된 것, 이하 같다) 제58조의2 및 같은 법 부칙제6조를 적용하여 아래 <표>과 같이 산출한 취득세 등 OOO을신고·납부하였다. <표1> 이 건 지식산업센터에 대한 취득세 등 신고·납부 현황 (단위: ㎡, 원)
• 나. 청구법인은 2016.9.8. <표1>의 과세표준에는 이 건 지식산업센터의취득가격과 관계가 없는 토지 취득비용(건설자금이자) OOO이포함되어 있으므로 이는 그 과세표준에서 제외되어야 하고,지방세특례제한법부칙 제6조에서 지식산업센터의 설립승인을 받은 자가 2011.12.31. 이전에 분양한 부동산에 대하여는 취득세를 면제한다고 규정하고 있고 이 건 지식산업센터는 2011.12.31. 이전에 처분청으로부터 사업시설용으로 분양승인을 받았으므로 <표1>의 18,585.7㎡(이하 “쟁점건축물”이라 한다)는 산출한 취득세의 100분의 75 감면대상이아니라 전액 면제대상이라는 취지로 취득세 등의 경정청구를 하였으며,처분청은 2016.12.2. 토지의 취득비용 OOO에 대한 경정청구는이를 받아들여 쟁점건축물의 과세표준에서 제외하고, 나머지는 이를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2017.2.9. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 2011.12.31.까지 지식산업센터의 사업시설용 부동산에 대한 취득세는 면제대상이었으므로 청구법인은 이 건 지식산업센터 중 사업시설은 취득세 면제대상이 될 것이라고 믿고 2011.5.31. 처분청으로부터 건축허가를 받아 2011.6.3. 이 건 지식산업센터를 착공하였으나, 청구법인이이건 지식산업센터를 착공한 후인 2011.12.31. 지방세특례제한법령 등이 개정되어 지식산업센터의 취득세 감면율을 당초 면제에서 75% 감면으로 변경되었으며, 이는 납세자에게 불리하게 개정된 전형적인 사례로서 청구법인으로서는 해당 법령 등의 불리한 개정을전혀 예측할 수 없었으므로 이 건 지식산업센터의 취득세 면제에 대한 청구법인의신뢰는 보호되어야 할 것인바, 이 건 지식산업센터 중 2011.12.31.까지분양되지 아니한 쟁점건축물에 대하여도 취득세를 면제하는 것이 타당하다 할 것임에도 처분청이 이에 대한 경정청구를 거부한 처분은 부당하다(조심 2015지1864, 2016.2.1. 같은 뜻임).
• 나. 처분청 의견 서울특별시 시세감면조례(2010.12.30. 조례 제5062호로 개정된 것,이하 같다) 부칙 제1조와 제2조에 시행일 및 적용시한을 명시하고 있을 뿐만 아니라 납세의무자의 신뢰보호를 등을 보호하기 위하여 납세의무자에게 유리한 종전 규정을 적용할 경우가 있다고 하더라도 동 규정에 특별히 비과세 내지 면제한다거나 과세를 유예한다는 내용을 명시적으로 규정하고 있지 않는 한 설령, 납세의무자가 종전 규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하였다 하더라도 이는 단순한 기대에 불과할 뿐 마땅히 보호되어야 할 정도의 것으로 볼 수는 없다 할 것이므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 지식산업센터 착공 후 관련 법령 등이 청구법인에게 불리하게 개정된 경우 당해 지식산업센터의 사용승인 후에도 종전 법령 등을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법률 등

(1) 지방세특례제한법(2011.12.31. 법률 제11138호로 개정된 것) 제58조의2【지식산업센터 등에 대한 감면】①산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률제28조의2에 따라 지식산업센터의 설립승인을 받은 자에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 2013년 12월 31일까지 지방세를 경감한다.

1. 지식산업센터를 신축하거나 증축하여산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률제28조의5 제1항 제1호 및 제2호에 따른 시설용(이하 이 조에서 “사업시설용”이라 한다)으로 직접 사용하거나분양 또는 임대하기 위하여 취득하는 부동산과 신축 또는 증축한 지식산업센터에 대해서는 취득세의 100분의 75를 경감한다. (이하 생략) 부칙 제2조【일반적 적용례】이 법은 이 법 시행 후 최초로 납세의무가 성립하는 경우부터 적용한다. 제6조【지식산업센터 등에 대한 감면 적용특례】제58조의2 제1항에 따른 지식산업센터의 설립승인을 받은 자가산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률제28조의4에 따라 지식산업센터를 분양 또는 임대하는 경우로서 이 법 시행 전에 분양한 부동산에 대하여는 제58조의2의 개정규정에도 불구하고 취득세를 면제한다.

(2) 지방세특례제한법(2013.1.1. 법률 제11618호로 개정된 것) 제58조의2【지식산업센터 등에 대한 감면】①산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률제28조의2에 따라 지식산업센터의 설립승인을 받은 자에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 2013년 12월 31일까지 지방세를 경감한다.

1. 지식산업센터를 신축하거나 증축하여 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률제28조의5 제1항 제1호 및 제2호에 따른 시설용(이하 이 조에서 “사업시설용”이라 한다)으로 직접 사용하거나분양 또는 임대하기 위하여 취득하는 부동산과 신축 또는 증축한지식산업센터에 대해서는 취득세의 100분의 75를 경감한다. (이하생략) 부칙 제6조【일반적 경과조치】이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의규정에 따른다.

(3) 서울특별시 시세감면조례(2012.3.15. 조례 제5277호로 개정되기 전의 것) 제12조【지식산업센터 등에 대한 감면】①산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률제2조 제13호에 따른 지식산업센터의 설립자가 그 목적에 사용하기 위하여 취득하는 부동산(이미 지식산업센터용으로 사용하던 부동산을승계취득하는 경우에는 제외한다)에 대하여는 취득세를 면제한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다. (가) 청구법인의 전신인 OOO는 2002.8.19. 본점소재지를 OOO으로, 목적사업을 지식산업센터 등의 건설 및 이에 관련되는 사업으로 하여 설립된 후, 2015.12.28. 청구법인에게 합병되었다. (나) 청구법인은 2011.4.11. 처분청에 이 건 지식산업센터의 명칭을 OOO을 그소재지로, 사업시설 면적을 40,540.2㎡ 등으로 하는 지식산업센터 사업승인신청을 하여 2011.6.16. 처분청으로부터 사업승인을 받았으며, 같은 날 OOO에 이 건 지식산업센터에 대한 분양 공고를 하였다. (다) 한편, 이 건 지식산업센터의 건축허가서 등을 보면, 청구법인은이 건 지식산업센터의 사업승인을 받기 전인 2011.5.31. 처분청으로부터 건축허가를 받아 2011.6.3. 이 건 지식산업센터를 착공한 것으로 나타난다. (라) 청구법인이 이 건 지식산업센터를 착공한 후인 2012.1.1.지방세특례제한법제58조의2 제1항 및 부칙 제6조가 신설되어 지식산업센터(사업시설용만 해당, 이하 같다)로 직접 사용하거나 분양 또는 임대하기 위하여 취득하는 부동산에대해서는 취득세의 100분의 75를 경감하되, 2012.1.1. 당시 지식산업센터로 이미 분양한 부동산에 대하여는 취득세를 면제하도록 하였고, 이에 따라 지식산업센터에 대한 취득세면제를 규정한서울특별시 시세감면조례(2012.3.15. 조례 제5277호로개정되기 전의 것, 이하 같다)제12조 제1항은 2012.1.1.부터소급하여 삭제되었다. (마) 청구법인은 2013.7.24. 처분청으로부터 이 건 지식센터의 사용승인서를 교부받고 이 건 지식산업센터 중 2012.1.1. 현재 분양된 사업시설(18,996.9㎡)은 취득세 면제대상으로, 미분양 사업시설(18,585.7㎡)은100분의 75% 감면대상으로, 나머지 9,383.3㎡는 전액 과세대상으로구분하여 <표1>과 같이 산출한 취득세 등 OOO을 신고·납부하였다. (2)지방세특례제한법제58조의2 제1항 제1호는 지식산업센터의 설립승인을 받은 자가 지식산업센터를 신축하여 사업시설용으로 직접 사용하거나 분양 또는 임대하기 위하여 취득하는 부동산과 신축한 지식산업센터에 대해서는 취득세의 100분의 75를경감한다고 규정하고 있고,같은 법 부칙 제6조는 지식산업센터의 설립승인을 받은 자가 지식산업센터를 분양 또는 임대하는 경우로서 이 법 시행(2012.1.1.) 당시 분양한부동산에 대하여는 취득세를 면제한다고 규정하고 있다. 한편,서울특별시 시세감면조례제12조 제1항은지식산업센터의 설립자가 그 목적에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에대하여는 취득세를 면제한다고 규정하고 있다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신뢰보호의 원칙이 적용되기 위해서는 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하는데 이는 개별적인 과세요건에 대한 각각의 견해표명이라 할 것이므로 과세관청이 법령에 따라 취득세를 면제하였다 하여 이를 공적인 견해표명으로 보아 당해 법령이 개정된 후에도 종전의 법령을 계속하여 적용하여야 하는 것은 아니라 할 것이다. 다만, 지식산업센터(사업시설용만을 말한다. 이하 같다)에 대한 취득세 면제 규정은 1995.10.16.서울특별시 시세감면조례제24조의2에신설된 후 2011.12.31. 삭제되기 전까지 조항 및 명칭(구 아파트형공장)만 몇 차례 변경되었을 뿐 그 내용은 15년 이상 동일하게 유지된 점, 청구법인은서울특별시 시세감면조례제12조 제1항을 근거로 사업기간이 2년 이상 소요되는 이 건 지식산업센터의 신축 및 분양사업을 시작한 것으로 보이는 점, 청구법인은서울특별시 시세감면조례제12조 제1항에 따라 이 건 지식산업센터의 취득세가 면제될 것임을 신뢰하고 2011.6.3. 이 건 지식산업센터 신축공사를 착공하였고 여기에청구법인의 귀책이 있다고 보기는 어려운 점, 새로운 법령의 시행당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다는 일반적 경과조치는 과세요건이 완성된 경우에도 납세의무자의 정당한 신뢰를 보호하기 위하여 종전 규정을 적용할 수 있다는 의미로 해석할 수 있는 점(대법원 2011.1.27. 선고 2008두15039 판결, 같은 뜻임) 등에 비추어 이 건 지식산업센터의 취득세 면제와 관련한 청구법인의 신뢰는 시·도세감면조례를 포함한 지방세 관련 법령의 개폐에도 불구하고 보호되어야 할 것인바, 처분청이 쟁점건축물에 대한 청구법인의 취득세 등에 대한 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로지방세 기본법제96조 제4항과국세기본법제81조, 제65조 제1항 제3호에의하여 주문과 같이 결정한다.