이 건 부동산이 경상남도 도세 감면조례에 따른 취득세 감면대상에 해당하는지 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요 가.청구법인은 2002.12.20. 설립등기하여 식품 제조·가공업을 영위하는 사업자로, 2015.4.21. OOO외 5필지 토지 3,450㎡ 및 2015.8.11. 같은 리 OOO건축물 945.54㎡(토지와 합하여 이하 “이 건 부동산”이라 한다)를 각 취득하고 취득세 등 합계 OOO을 신고·납부하였다가, 2016.7.18. 이 건 부동산이 경상남도 도세 감면조례제4조 제1항 제2호에 따른 취득세 등의 감면대상이라는 취지로 경정청구를 하였으나, 처분청은 2016.9.9. 이를 거부하였다. 나.청구법인은 이에 불복하여 2016.9.29. 이의신청을 거쳐 2017.3.10. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 2003.9.24. OOO에서 식품제조·가공업으로 영업등록하고 국내산 농산물을 원료로 하여 흑마늘진액, 도라지배즙, 사과즙 등의 농산물가공품 생산을 업으로 하는 자이며, 청구법인이 제조하는 농산물가공품 음료류가 2015년 식품위생법제48조 제2항, 같은 법 시행규칙 제62조 제1항 및 식품안전관리인증기준(식약처 고시) 제4조 제3항에 따른 식품 및 축산물 안전관리인증기준(HACCP, 이하 “해썹”이라 한다) 의무적용 품목에 해당(미인증시 영업정지 대상임)됨에 따라 해썹 적용을 위한 시설 등 설치를 위하여 식품산업진흥법제19조의3 제1항의 자금 지원을 받아 경상남도 밀양시에 토지를 구입하고 관련 시설을 설치하고 설비공사를 하여 이 건 부동산을 취득(신축)하였다. 청구법인은 이 건 부동산을 취득하여 해썹 적용을 위한 시설을 설치하고 설비공사를 하면서 경상남도 김해시의 안내에 따라 ① 농림축산식품부와 OOO에서 실시한 “2015년 심층컨설팅 지원업체 모집”에 지원·신청하여 자금지원을 받았고[업체 50% 부담(OOO백만원), 국고 50% 지원(OOO백만원)], 위 심층컨설팅 지원사업은 식품산업진흥법제19조의3 제1항, 같은 법 시행령 제25조의3 제1항 제7호(그 밖에 농림축산식품부장관이 필요하다고 인정하는 사업)에 따라 농림축산식품부장관이 OOO에 자금을 지원하여 OOO에서 수진업체의 선발과 집행, 사후관리까지 총괄하는 사업이었으며, ② 2016.3.9. 해썹 적용에 소요되는 위생안전시설 및 설비 등 설치자금(OOO천만원)의 50%인 OOO천만원을 무상지원 받았으므로, 경상남도 도세 감면조례(2015.3.26. 조례 제3982호로 개정된 것) 제4조 제1항 제2호(‘농산물가공품 생산을 업으로 하는 자’가 식품산업진흥법제19조의3 제1항의 ‘자금지원’을 받으면 부동산의 취득세를 면제)에 따라 취득세 등을 면제하여야 한다. 나.처분청 의견 지방세 감면제도는 그 자체가 일반 납세자와의 과세형평에 있어서 불공평한 제도로서 특별히 입법정책적 목적이 있는 경우에 감면 규정상의 일정한 요건을 갖추었을 때 한하여 감면하는 것으로, 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 할 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세형평의 원칙에도 부합한다 할 것(대법원 2003.1.24. 선고 2002두9537 판결)으로, 경상남도 도세 감면조례(2015.3.26. 제3982호로 개정된 것) 제4조 제1항 제2호에 의한 취득세 감면대상은 식품산업진흥법제19조의3 제1항에 따른 자금 지원을 받아 농산물가공품의 생산을 업으로 하거나 하려는 자가 부동산을 취득하는 경우에 한하는 것으로 부동산 취득자가 “위 조항에 따른 자금지원을 받은 자”라는 요건을 전제로 하는 것인바, 청구법인은 OOO가 실시하는 “2015년 심층컨설팅 지원사업”의 지원기업으로 선정되어 보조금 OOO을 교부받고, 자부담 OOO을 합한 금액 OOO으로 컨설팅을 받은 것은 식품산업진흥법제15조 제1항에 근거한 식품산업 컨설팅 지원에 의한 것으로 보이고, 식품산업진흥법 시행령제25조의3 제1항 제7호의 “그 밖에 농림축산식품부장관이 필요하다고 인정하는 사업”으로서 “식품산업진흥법제19조의3 제1항에 따른 자금을 지원받은 경우”로 볼 근거가 없으므로 처분청에서 청구법인을 식품산업진흥법제19조의3 제1항에 따른 자금 지원을 받은 자에 해당하지 아니한다고 보아 한 이 건 경정청구 거부처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 이 건 부동산이 경상남도 도세 감면조례에 따른 취득세 감면대상에 해당하는지 여부
• 나. 관련 법령 등

(1) 지방세특례제한법 제4조【조례에 따른 지방세 감면】① 지방자치단체는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때에는 3년의 기간 이내에서 지방세의 세율경감, 세액감면 및 세액공제(이하 이 조 및 제182조에서 "지방세 감면"이라 한다)를 할 수 있다. 다만, 이 법(제3장 지방소득세 특례는 제외한다)에서 정하고 있는 지방세 감면은 추가로 확대할 수 없다.

1. 서민생활 지원, 농어촌 생활환경 개선, 대중교통 확충 지원 등 공익을 위하여 지방세의 감면이 필요하다고 인정될 때

2. 특정지역의 개발, 특정산업·특정시설의 지원을 위하여 지방세의 감면이 필요하다고 인정될 때

③ 지방자치단체는 지방세 감면(이 법 또는 조세특례제한법의 위임에 따른 감면은 제외한다)을 하려면 지방세기본법 제147조에 따른 지방세심의위원회의 심의를 거쳐 조례로 정하여야 한다. 이 경우 대통령령으로 정하는 일정 규모 이상의 지방세 감면을 신설 또는 연장하거나 변경하려는 경우에는 대통령령으로 정하는 조세 관련 전문기관이나 법인 또는 단체에 의뢰하여 감면의 필요성, 성과 및 효율성 등을 분석·평가하여 심의자료로 활용하여야 한다.

(2) 경상남도 도세 감면조례(2015.3.26. 제3982호로 전부개정된 것) 제4조【지역특산품 생산단지 등에 대한 감면】① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자가 해당 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 2016년 12월 31일까지 면제한다. 1.농어업·농어촌 및 식품산업 기본법제50조 제1항에 따른 지역특산품 생산단지의 지정을 받은 자 2.식품산업진흥법제19조의3 제1항에 따른 자금 지원을 받아 농산물가공품의 생산을 업으로 하거나 하려는 자 3.식품산업진흥법제19조의4 제1항 제1호에 따른 자금 지원을 받아 수산가공품의 생산·개발·수출 촉진 및 수산가공품 전문판매점의 설치·운영을 하려는 자

② 제1항에 따라 취득하는 부동산을 그 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 해당 용도로 직접 사용하지 아니하거나 건축공사에 착공하지 아니하는 경우 또는 2년 이상 해당 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각 또는 증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다.

(3) 식품산업진흥법 제15조【식품산업 컨설팅 지원】① 농림축산식품부장관 또는 해양수산부장관은 식품사업자에 대하여 경영·기술·재무·회계 등 다음 각 호의 사항에 대하여 컨설팅 지원을 실시할 수 있다.

1. 식품사업자의 규모와 업종에 적합한 컨설팅 서비스의 제공

2. 컨설팅 결과의 신뢰성 확보를 위한 평가체계 구축

3. 컨설팅 결과와 융자·보조 등 지원수단과의 연계

4. 그 밖에 컨설팅 기반 강화를 위하여 필요한 사업

② 농림축산식품부장관 또는 해양수산부장관은 식품사업자 또는 컨설팅실시기관 등에 대하여 제1항에 따른 사업에 필요한 경비를 지원할 수 있다. 제19조의3【농산물가공품 생산 등의 지원】① 농림축산식품부장관은 농산물을 세척·박피(薄皮)·절단 등 단순가공하거나 농산물을 원료 또는 재료로 하여 가공한 식품 및 민속예술품(이하 "농산물가공품"이라 한다) 생산을 업으로 하거나 하려는 자에 대하여 농산물가공품의 생산 및 개발, 전문판매점의 설치·운영, 수출의 촉진, 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항에 대하여 필요한 자금을 지원할 수 있다.

② 제1항에 따른 자금지원의 대상자가 농산물가공품 생산을 위한 공장을 설치하려는 경우에는 농림축산식품부령으로 정하는 바에 따라 해당 공장설치 지역을 관할하는 시장(특별자치도의 경우에는 특별자치도지사를 말한다. 이하 같다), 군수 또는 자치구의 구청장(이하 "시장·군수·구청장"이라 한다)에게 사업계획서를 제출하여 승인을 받아야 한다.

(4) 식품산업진흥법 시행령 제25조의3【농산물가공품 생산 등의 지원】① 법 제19조의3 제1항에서 "대통령령으로 정하는 사항"이란 다음 각 호의 사항을 말한다.

1. 법 제19조의3 제1항에 따른 농산물가공품(이하 "농산물가공품"이라 한다)의 제조·가공 시설의 설치 및 개수·보수

2. 농산물가공품의 위생 및 품질 개선을 위한 연구개발 및 교육

3. 농산물가공품의 용기 및 포장디자인의 개발

4. 농산물가공품 관련 전시판매전, 품평회, 박람회의 개최 및 참가 등 홍보사업

5. 농산물가공품 브랜드 및 판매망의 개발

6. 농산물가공품 전자상거래망의 구축

7. 그 밖에 농림축산식품부장관이 필요하다고 인정하는 사업

② 농림축산식품부장관은 농산물가공품 생산 등의 지원을 위하여 필요할 때에는 그 지원대상자로 구성된 사업자단체·협회 등에 대하여 지원하거나 농수산물 유통 및 가격안정에 관한 법률 제9조 및 제13조에 따른 정부수매농산물을 우선하여 공급할 수 있다.

(5) 식품위생법 제48조【식품안전관리인증기준】① 식품의약품안전처장은 식품의 원료관리 및 제조·가공·조리·소분·유통의 모든 과정에서 위해한 물질이 식품에 섞이거나 식품이 오염되는 것을 방지하기 위하여 각 과정의 위해요소를 확인·평가하여 중점적으로 관리하는 기준(이하 "식품안전관리인증기준"이라 한다)을 식품별로 정하여 고시할 수 있다.

② 총리령으로 정하는 식품을 제조·가공·조리·소분·유통하는 영업자는 제1항에 따라 식품의약품안전처장이 식품별로 고시한 식품안전관리인증기준을 지켜야 한다.

③ 식품의약품안전처장은 제2항에 따라 식품안전관리인증기준을 지켜야 하는 영업자와 그 밖에 식품안전관리인증기준을 지키기 원하는 영업자의 업소를 식품별 식품안전관리인증기준 적용업소(이하 "식품안전관리인증기준적용업소"라 한다)로 인증할 수 있다. 이 경우 식품안전관리인증기준적용업소로 인증을 받은 영업자가 그 인증을 받은 사항 중 총리령으로 정하는 사항을 변경하려는 경우에는 식품의약품안전처장의 변경 인증을 받아야 한다.

④ 식품의약품안전처장은 식품안전관리인증기준적용업소로 인증받은 영업자에게 총리령으로 정하는 바에 따라 그 인증 사실을 증명하는 서류를 발급하여야 한다. 제3항 후단에 따라 변경 인증을 받은 경우에도 또한 같다.

⑤ 식품안전관리인증기준적용업소의 영업자와 종업원은 총리령으로 정하는 교육훈련을 받아야 한다.

⑥ 식품의약품안전처장은 제3항에 따라 식품안전관리인증기준적용업소의 인증을 받거나 받으려는 영업자에게 위해요소중점관리에 필요한 기술적·경제적 지원을 할 수 있다.

⑦ 식품안전관리인증기준적용업소의 인증요건·인증절차, 제5항에 따른 영업자 및 종업원에 대한 교육실시 기관, 교육훈련 방법·절차, 교육훈련비 및 제6항에 따른 기술적·경제적 지원에 필요한 사항은 총리령으로 정한다.

⑪ 식품의약품안전처장(대통령령으로 정하는 그 소속 기관의 장을 포함한다), 시·도지사 또는 시장·군수·구청장은 식품안전관리인증기준적용업소에 대하여 관계 공무원으로 하여금 총리령으로 정하는 일정 기간 동안 제22조에 따른 출입·검사·수거 등을 하지 아니하게 할 수 있으며, 시·도지사 또는 시장·군수·구청장은 제89조 제3항 제1호에 따른 영업자의 위생관리시설 및 위생설비시설 개선을 위한 융자 사업에 대하여 우선 지원 등을 할 수 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2002.12.20. 설립되어 OOO에서 키토산 농자재 제조업, 다류(추출, 농축엑기스) 제조업 등을 영위하는 법인사업자로, 2003.9.24. 김해시 및 밀양시(소재지: OOO 2015.9.4. 소재지 변경: OOO)에 잼류·다류·음료류·기타식품류·규격외일반가공식품·액상차·기타가공품 등 식품의 제조·가공업을 영위하는 것으로 영업등록 하였다.

(2) 청구법인은 이 건 부동산 중 2015.4.21. 토지(OOO토지 311㎡, 같은 리 OOO토지 494㎡, 같은 리 OOO토지 100㎡, 같은 리 OOO토지 174㎡, 같은 리 OOO토지 52㎡, 같은 리 OOO토지 319㎡ 합계 3,450㎡)를, 2015.8.11. 건축물(위 토지 지상 건축물 945.54㎡)을 각 취득한 후 취득세 등을 신고·납부하였고, 이 사건 부동산에 대한 취득세 등 신고·납부내역은 다음 <표>와 같다. <표> 이 사건 부동산 취득세 등 신고·납부 내역 (단위: 원)

(3) 청구법인의 국비지원금 수령내역 및 근거는 다음과 같다. (가) 청구법인이 제출한 2015년 심층컨설팅 1차 수행계획서 심의결과안내[OOO-1297(2016.5.11.)호], 2015년 심층 및 농공상컨설팅 지원사업 수진기업 매출액 및 현업적용도 조사 요청(2016.8.12.자) 등에 따르면 청구법인은 2015.5.7. OOO의 심층컨설팅 지원업체로 선정되어 2015.5.14. 심층컨설팅 협약을 체결하였고, OOO에게 컨설팅비OOO중 자부담 OOO(50%)을 지급하고 나머지 OOO(50%)은 국가로부터 지원받은 것으로 나타나며, OOO의 2015년 식품기업 컨설팅사업 추진계획 및 처분청의 과세자료 수집 및 확인 협조요청(2017.3.20. 세무과-5118호)에 대한 OOO사장의 회신(OOO-1047호) 등에 따르면, 2015년 심층컨설팅 지원 사업은 식품산업진흥법제15조(식품산업 컨설팅 지원), 외식산업진흥법 제13조(외식산업의 경영 및 유통활성화 지원)를 근거로 한 지원 사업인 것으로 나타난다. (나) OOO의 HACCP 위생안전 시설자금 지급결정 알림[식품소비안전과-2077(2016.3.7.)호] 결정 통지 및 통장 사본 등에 따르면, 청구법인은 OOO으로부터 “해썹 적용에 소요되는 위생안전시설 및 설비 등 설치자금(OOO천만원)의 50% 무상지원”으로 OOO을 지원받은 것으로 나타나고, 처분청의 과세자료 수집 및 확인 협조요청 공문(2017.3.17. 세무과-4979호)에 대한 OOO의 회신(식품소비안전과-3329호) 등에 따르면, 2017.3.20. 청구법인에 교부된 HACCP 위생안전시설 개선에 따른 국고보조금은 식품위생법제48조 제6항에 따른 자금지원인 것으로 나타난다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 경상남도 도세 감면조례제4조 제1항 제2호는 식품산업진흥법제19조의3 제1항에 따른 자금 지원을 받아 농산물가공품의 생산을 업으로 하거나 하려는 자가 해당 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 2016년 12월 31일까지 면제한다고 규정하고 있는바, 동 조례에 따른 취득세 감면대상은 “식품산업진흥법제19조의3 제1항에 따른 자금 지원을 받은 경우”에 한하는 것인 만큼 청구법인이 지원금을 수령하여 식품위생법제48조 제2항, 같은 법 시행규칙 제62조 제1항 및 식품안전관리인증기준(식약처 고시) 제4조 제3항에 따른 해썹의 적용을 위한 시설 설치 및 설비공사를 위한 초기 비용으로 사용하였다고 하더라도 이는 식품위생법제48조 제6항 또는 식품산업진흥법제15조에 따른 자금지원에 해당할 뿐이며 달리 청구법인이식품산업진흥법제19조의3 제1항에 따른 자금지원을 받은 사실이 확인되지 아니하는 이상, 이 건 부동산이 경상남도 도세 감면조례제4조 제1항 제2호에 의한 취득세 감면대상이 아니라고 보아 처분청이 이 건 경정청구 거부처분을 한 것은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제96조 제4항과 국세기본법 제81조, 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.