이 건 부동산이 종교단체가 목적사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 해당하는지 여부

[주 문] OOO시장이 2017.1.13. 청구인에게 한 취득세 등의 경정청구에 대한 거부처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구인은 2016.12.2. OOO토지 354㎡(이하 “이 건 토지”라 한다) 및 건물 19.8㎡(이하 “이 건 건물”이라 하고, 이 건 토지를 포함하여 “이 건 부동산”이라 한다)를 매매로 취득하고 2016.12.5. 그 취득가액 OOO을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 OOO농어촌특별세 OOO지방교육세 OOO합계 OOO을 신고·납부하였다가, 2016.12.8. 처분청에 이 건 부동산은 지방세특례제한법제50조 제1항에 따른 ‘종교목적으로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산’에 해당하므로 기 납부한 취득세 등의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2017.1.13. 이 건 부동산이 석유판매업 장소로 이용되고 있어 감면요건을 충족하지 못한다고 보아 이를 거부하였다.
• 나. 청구인은 이에 불복하여 2017.2.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장 이 건 부동산은 취득 당시 전소유자와 OOO판매업자 OOO(이하 “석유판매업자”라 한다) 간에 체결된 계약에 의거 석유판매업 장소로 제공되고 있었기 때문에 그 계약 내용에 따라 석유판매업자로 하여금 2019.3.30.까지 무상으로 이용하다 철거하는 것을 조건으로 취득하였을 뿐 수익사업을 운영하기 위하여 취득한 것이 아닌 점, 지방세특례제한법 제50조 제1항 제2호는 ‘취득일로부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우’를 추징요건으로 규정하고 있어 청구인이 유예기간 내에 종교목적으로 취득한 이 건 부동산을 사용하기만 하면 감면된 취득세 등이 추징되지 않는 점, 또한 그 기간 내에 교회신축이 예정되어 있는 점 등에 비추어 이 건 부동산은 감면대상에 해당되므로 처분청이 종교목적용 부동산에 해당하지 않는 것으로 보아 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 이 건 부동산은 매도인과 석유판매업자와의 무상 임대차계약에 따라 청구인이 취득 당시부터 2019년 4월까지 석유판매장소로서 사용되어 감면규정 중 ‘해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우’에 해당하므로 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 이 건 부동산이 종교단체가 목적사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 해당하는지 여부
• 나. 관련 법률 지방세특례제한법(2016.12.27. 법률 제14477호로 일부개정되기 전의 것) 제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "고유업무"란 법령에서 개별적으로 규정한 업무와 법인등기부에 목적사업으로 정하여진 업무를 말한다.

2. "수익사업"이란 법인세법 제3조 제3항에 따른 수익사업을 말한다.

8. "직접 사용"이란 부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다. 제50조(종교단체 또는 향교에 대한 면제) ①종교단체또는 향교가종교행위또는 제사를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제한다.다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다.

1. 수익사업에 사용하는 경우

2. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

3. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실들이 확인된다. (가) 청구인은 2016.12.2. 이 건 부동산을 본 교회의 선교 및 문화사업 목적으로 사용하기 위하여 매입결정(회의록)을 하고, 같은 날 OOO로부터 이 건 건물(위험물 저장 및 처리시설)을, OOO으로부터 이 건 건물의 부속토지인 이 건 토지(잡종지)를 각 OOO및 OOO에 매매로 취득하였는바, 이 건 건물의 계약서상 특약사항란에는본 지상물(이 건 건물)에 대한 사용기간을 2019년 3월말까지 허용하되 영업권과 건물사용권은 무상으로 하도록(건물 옥상에 설계된 통신주 사용료는 매도인 OOO가 수수키로 하되 이것도 2019년 3월말까지 유효하다) 하고 있다. (나) 청구인이 이 건 부동산을 취득하기 전 석유판매업자인 OOO이 2016.10.5. OOO에게 작성한 이행각서에 의하면 OOO은 이 건 토지 소유자인 OOO에게 이 건 토지상의 위험물저장시설 일체를 2019년 3월말까지 원상복구(금 OOO과 함께)하도록 하였고, OOO이 청구인에게 작성(날짜미상)한 각서에 의하면 OOO이 청구인에게 이 건 토지상의 유류저장탱크 및 건물을 2019.3.30.까지 철거해주는 비용을 책임지도록 하였다. (다) 석유판매업자OOO는 1993.12.6. OOO세무서장에게 이 건 부동산을 사업장으로 하여 사업자 등록(OOO업태 및 종목: 소매업 및 석유)을 한 사실, 매년 과세기준일(1.1.) 현재 면허를 받은 자에게 부과하는 정기분 등록면허세(면허)를 2017.1.31. 납부한 사실 등이 사업자등록증 및 등록면허세 부과내역서 등에서 확인된다.

(2) 지방세특례제한법 제50조 제1항에서 종교단체가 종교행위를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제하되, 수익사업에 사용하는 경우, 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우, 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우에는 면제된 취득세를 추징한다고 규정하고 있다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 종교단체가 종교행위를 목적으로 부동산을 취득하였다면 취득세 감면대상이 되는 것이고 수익사업을 하는 경우가 아닌 이상 직접 사용의 유예기간 동안 부동산 취득자가 직접 목적이 아닌 부수적인 목적에 부동산을 사용하거나 또는 전혀 사용하지 않고 있는 상태라 하여도 유예기간이 경과하기 전까지는 추징사유가 발생한 것으로 볼 수는 없다(대법원 2006.1.27. 선고 2005두14035 판결, 같은 뜻임) 할 것이다. 청구인은 이 건 부동산을 교회의 선교목적 등으로 사용하기 위하여 취득한 점, 청구인이 이 건 부동산을 취득한 이후에도 해당 부동산이 석유판매업 장소로 제공되기는 하였으나 이는 종전소유자가 석유판매업자와 체결한 사용계약을 승계함에 따른 석유판매업자의 일시적인 사용에 불과한 점, 제출된 각서 등에 의하면 청구인이 해당 계약을 승계하면서 별도로 임대료를 받는 등의 계약을 체결하지 않아 이 건 부동산을 수익사업에 사용한 것으로 보기도 어려운 점, 사정이 이와 같다면 유예기간 도래 시점에서 직접 사용 여부 등을 판단하여야 할 것인 점 등에 비추어 처분청이 이 건 부동산이 취득세 감면대상에 해당되지 아니한다고 보아 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법 제96조 제4항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.