처분청으로부터 산업단지의 잔금지급일 전에 건축허가를 받아 공장을 신축하여 2년 이상 사업을 영위한 후 법인전환하여 양도한 경우 그 부속토지를 2년 이상 직접 사용한 것으로 볼 수 있는지 여부

[주 문] OOO시장이 2017.1.10. 청구인에게 한 취득세 등 OOO의 부과처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구인은 OOO을 상호로 하고 자동차부품 등의 제조업을 영위하는 개인사업자로서 2007.11.5. OOO자동차부품일반산업단지조성공사가 시행중인 OOO외 12필지 공장용지 6,072.62㎡(전유면적 4,313.20㎡, 공유면적 1,759.42㎡, 이하 “이 건 토지”라 한다)에 대한 분양계약OOO을 체결하고, 처분청으로부터 2011.10.13. 위 산업단지 입주계약 체결을 통보받은 후 잔금을 지급하기 전인 2011.10.25. 이 건 토지에 대한 건축허가를 받아 2011.11.16. 공장용 건축물에 대한 착공신고를 하여 2012.4.26. 공장 건축(승인면적 3,432.6㎡, 이하 “이 건 공장용건축물”이라 한다)에 따른 임시사용승인을 받은 다음, 2012.8.29. 청구인의 사업장을 이전하여 사업을 영위하였다.
• 나. 청구인은 2015.12.24. 이 건 토지에 대한 잔금을 지급하고, 처분청에 취득신고를 하면서지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것, 이하 같다) 제78조 제4항 제2호 및 부칙 제25조의 산업단지 감면 규정에 따라 신청을 하여 취득세 등을 감면받았다.
• 다. OOO는 2016년도 종합감사 결과, 청구인이 잔금을 지급하기 전인 2015.8.31. 이 건 토지 중 1,759.42㎡를 청구인이 법인전환을 한 OOO에게 무상증여하며 나머지 토지인 4,313.2㎡를 현물출자한 사실을 확인하고, 이 건 토지를 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각·증여한 경우에 해당한다고 보아 처분청에 관련 자료를 통보하였으며, 처분청은 2017.1.10. 청구인에게 취득세 등 OOO(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 부과·고지하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2017.2.9. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장 처분청은 해당용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만이라는 규정을 적용하여 감면세액을 추징하였으나, 청구인이 이 건 토지 위에 2011.11.16. 이 건 공장용건축물을 착공신고하여 2012.4.26. 임시사용승인서를 교부받고, 2012.8.29. 개인사업장을 이전하여 2015.8.31.까지 3년 이상 공장으로 사용한 사실이 OOO세무서장에게 신고한 사업자등록정정신고 및 부가가치세 신고 등으로 증명이 되는바, 지방세특례제한법 제78조 제5항 제2호에 해당사업에 직접 사용한 기간이 2년 미만인 경우 감면세액을 추징하도록 규정하고, 같은 조 제4항에는 취득하는 부동산에 대하여 감면한다는 규정하고 있어 완전한 소유권의 이전 후 2년 이상 사용 할 것을 명시하지 않고 있을 뿐 아니라 행정자치부 심사청구(2004-398, 2004.12.29.)에서도 토지 취득 전에 토지 사용 승낙을 받고 공장용 건축을 신축하여 공장 등록을 필한 다음 2년 이상 공장용 건축물의 부속토지로 사용하고 매각한 이상 추징 사유에 해당 되지 않는 것으로 결정하였으므로 청구인이 이 건 토지의 취득 전에 토지사용 승낙을 받고, 이 건 공장용건축물을 신축하여 공장 등록을 필한 다음 2년 이상 그 부속토지로 사용하고 매각한 이상 지방세특례제한법제78조 제5항 제2호에 따른 추징 사유에 해당되지 않으므로 이 건 취득세 등은 부당하여 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 지방세특례제한법제2조 제1항 제8호에서 “직접 사용”이란 부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적으로 용도에 맞게 사용하는 것이라 규정하고, 지방세특례제한법 제78조 제4항 및 제78조 제5항 제2호에서 산업입지 및 개발에 관한 법률에 따라 지정된 산업단지에서 산업용 건축물 등을 건축하려는 자가 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2016년 12월 31일가지 경감하되, 다만, “해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우” 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다고 규정하고 있으므로 산업용 건축물 등을 건축하는 자가 해당사업에 직접 사용하는 경우만 감면대상이 될 수 있다 하겠으며, “직접 사용”이라 함은 부동산을 취득·등기한 자가 산업용 건축물 등을 직접 사용하는 경우만을 의미한다 할 것인바, 청구인은 이 건 토지의 취득 후 공장용 건물에 대한 임시사용승인서를 교부(2012.4.26.) 받고, 2012.8.29. 사업장을 이전하여 2015.8.31.까지 3년 이상 해당 용도로 직접 사용하였다고 주장하나, 이는 공장용 건물에 대한 취득일과 보유기간을 의미하고, 이 건 토지의 취득일은 사업시행자인 OOO자동차부품 OOO에 매매대금을 완납한 2015.12.24.로 보는 것이 타당하다 하겠으며, 청구인이 주장하는 행정자치부 지방세심사결정사례(2004-398, 2004.12.29.)는 지방세특례제한법 제2조 제1항 제8호의 “직접 사용”에 대한 정의(시행일 2014.1.1.)가 없었던 종전 규정에 대한 사례에 해당하여 청구인은 이 건 토지의 취득일부터 2년 미만인 상태에서 매각·증여한 경우에 해당 된다 하겠으므로 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 처분청으로부터 산업단지의 잔금지급일 전에 건축허가를 받아 공장을 신축하여 2년 이상 사업을 영위한 후 법인전환하여 양도한 경우 그 부속토지를 2년 이상 직접 사용한 것으로 볼 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 지방세법(2016.1.1. 법률 제13427호로 개정되기 전의 것) 제7조(납세의무자 등) ① 취득세는 부동산, 차량, 기계장비, 항공기, 선박, 입목, 광업권, 어업권, 골프회원권, 승마회원권, 콘도미니엄 회원권, 종합체육시설 이용회원권 또는 요트회원권(이하 이 장에서 "부동산등"이라 한다)을 취득한 자에게 부과한다.

② 부동산등의 취득은 민법, 자동차관리법, 건설기계관리법, 항공법, 선박법, 입목에 관한 법률, 광업법 또는수산업법 등 관계 법령에 따른 등기·등록 등을 하지 아니한 경우라도 사실상 취득하면 각각 취득한 것으로 보고 해당 취득물건의 소유자 또는 양수인을 각각 취득자로 한다. 다만, 차량, 기계장비, 항공기 및 주문을 받아 건조하는 선박은 승계취득인 경우에만 해당한다. 제10조(과세표준) ⑤ 다음 각 호의 취득(증여·기부, 그 밖의 무상취득 및 소득세법 제101조 제1항 또는 법인세법 제52조 제1항에 따른 거래로 인한 취득은 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항 후단에도 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액을 과세표준으로 한다. (이하 생략)

(2) 지방세법 시행령(2016.1.1. 대통령령 제26836호로 개정되기 전의 것) 제20조(취득의 시기 등) ② 유상승계취득의 경우에는 다음 각 호에서 정하는 날에 취득한 것으로 본다.

1. 법 제10조 제5항 제1호부터 제4호까지의 규정 중 어느 하나에 해당하는 유상승계취득의 경우에는 그 사실상의 잔금지급일

⑥ 건축물을 건축 또는 개수하여 취득하는 경우에는 사용승인서를 내주는 날(사용승인서를 내주기 전에 임시사용승인을 받은 경우에는 그 임시사용승인일을 말하고, 사용승인서 또는 임시사용승인서를 받을 수 없는 건축물의 경우에는 사실상 사용이 가능한 날을 말한다)과 사실상의 사용일 중 빠른 날을 취득일로 본다. (단서 생략)

(3) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것) 제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "고유업무"란 법령에서 개별적으로 규정한 업무와 법인등기부에 목적사업으로 정하여진 업무를 말한다.

8. "직접 사용"이란 부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다. 제78조(산업단지 등에 대한 감면) ④ 제1호 각 목의 지역(이하 "산업단지등"이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.

1. 대상 지역

• 가. 산업입지 및 개발에 관한 법률에 따라 지정된 산업단지
• 나. 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률에 따른 유치지역
• 다. 산업기술단지 지원에 관한 특례법에 따라 조성된 산업기술단지

2. 경감 내용

• 가. 산업용 건축물등을 건축하려는 자[공장용 건축물(건축법 제2조 제1항 제2호에 따른 건축물을 말한다)을 건축하여 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다]가 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2016년 12월 31일까지 경감한다.
• 나. 산업단지등에서 산업용 건축물등을 대수선하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 25를 2016년 12월 31일까지 경감한다.

⑤ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각(해당 산업단지관리기관 또는 산업기술단지관리기관이 환매하는 경우는 제외한다)·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료를 보면, 다음과 같은 사실을 알 수 있다. (가) 청구인이 2007.11.5. OOO자동차부품일반산업단지의 사업시행자인 주식회사 OOO자동차부품 OOO와 체결한 이 건 토지에 대한 분양계약서상의 주요 내용은 아래와 같고, ‘OOO 내부규약’ 제3장(비용 및 분담금 납부)에서 회원은 협의회 운영에 필요한 비용과 분담금을 납부하여야 하며, 협의회는 필요한 시기에 책정된 분담금을 고지하도록 되어 있다.

○ 분양가액: OOO

○ 착공 및 준공예정일: 착공 2009.8.30.～준공 2015.6.29.

○ 납부방법 및 지연손해금(제2조, 제3조) -납부약정일(협동화 내부규약 제3장 및 비용 및 분담금의 납부규정에 의해 조달)에 납부하지 아니할 때에는 18% 이율의 지연손해금을 납부하여야 한다.

○ 조세공과금의 부담(제4조) -최종할부금 납부약정일 이후의 조세 및 공과금은 청구인이 부담하기로 한다.

• 청구인이 매매대금 완납 전에 사업시행자로부터 토지사용승낙을 득할 때에는 그 사용승낙일을 최종할부금 납부약정일로 본다.

○ 목적용지의 사용(제6조)

• 청구인은 조성공사 완료 전에 건축 등 공사시행에 필요한 목적용지를 사용하고자 할 경우 매매대금을 완납하고 사업시행자의 사용승낙을 받아 사용하여야 한다. 다만, 청구인이 미납 잔대금에 대하여 사업시행자가 정하는 담보를 제공한 경우 또는 청구인과 잔금대출 협약을 한 기관과 목적용지에 대한 잔금대출약정을 한 후 대출기관이 미납 잔대금을 납부하기로 한 증빙서류를 제출하였을 경우에 한하여 청구인은 매매대금 완납 전이라도 공장용지를 사용 승낙할 수 있다. ※ 특약사항

1. 매매대금은 분양계약서 제2조(매매대금 및 납부방법)에 관계없이 현재 납부방법대로 납부하기로 한다.

2. 회원사별 분양대금의 납부방법은 계약과 동시에 회원사별 기납입액과 정산하여 상계하고, 차액은 분담금의 납부규정에 의하여 사업시행자가 고지한 일자까지 납입하기로 한다. (나) 이 건 토지에 대한 매매대금완납증명서를 보면, 2007.11.5.분양계약금 OOO2007.12.6. 중도금 OOO2007.12.7.～2015.12.24. 나머지 대금인 OOO을 납부한 것으로 되어 있다. (다) OOO자동차부품일반산업단지의 총 사업비는 OOO억원(업체 부담 OOO억원, 도비 OOO억원, 시비 OOO억원)이고, 청구인은 2011.10.13. 처분청(기업지원과)으로부터 이 건 공장용건축물의 입주계약 통보를 받고, 2011.11.16. 건축물 착공신고필증을 받은 후 2012.4.26. 이 건 공장용건축물에 대한 임시사용승인을 받았으며, 2015.11.6. 사용승인을 받아 2016.1.18. 소유권보존등기를 하였다. (라) 청구인의 사업자등록증과 청구인이 2012년 제2기(7.1.～12.31.)부터 2015년 제2기(2015.7.1.～8.31.) 부가가치세 과세기간까지 총 7회 걸쳐 국세청에 신고한 일반과세자 부가가치세 확정신고서에서 2012.8.29.부터 2015.8.31.까지 청구인의 사업장 소재지가 이 건 토지상의 주소지OOO인 것으로 나타난다. (마) 청구인이 이 건 공장용건축물을 사업장으로 하여 세무서에 신고한 부가가치세 신고서상의 매출내역은 아래 <표>와 같고, 연 평균 매출액은 약 OOO억원으로 나타난다. <표> 청구인의 부가가치세 신고서 매출내역 (바) 청구인은 2015.8.31. 이 건 토지 중 OOO외 11필지 1,759.42㎡를 청구인이 법인전환한 OOO 주식회사에 증여하였고, 같은 날 나머지인 OOO면적 4,313.2㎡와 이 건 공장용건축물에 대하여 OOO 주식회사와 조세특례제한법제32조에 의한 현물출자 및 사업의 포괄승계계약을 체결하였다. (사) 이 건 토지의 등기사항전부증명서를 보면, 이 건 토지가 2015.12.11. 사업시행자 명의로 소유권보존등기가 된 후, 2016.1.18. 청구인에게 소유권이전등기가 되었고, 2016.2.4. 청구인이 법인전환한 OOO주식회사에 현물출자 등기가 되었다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가)취득세는 과세물건의 취득행위를 과세객체로 하여 부과하는 행위세로서 그에 대한 조세채권은 취득행위라는 과세요건사실이 존재함으로써 발생하는 것이므로 민법 등 관계 법령의 규정에 의한 등기 등의 이행과는 관계 없이 사실상 취득한 때에 취득세 납세의무가 성립하는 것인바, 여기서 사실상 취득이란 일반적으로 등기와 같은 소유권 취득의 형식적 요건을 갖추지는 못하였으나 대금의 지급과 같은 취득의 실질적 요건을 갖춘 경우를 말하는 것으로 그 실질적 요건에 해당되는지 여부는 대금지급의 완료 여부에만 국한하는 것은 아니고 취득의 유형 및 그에 따른 계약내용, 대금지급의 형태 및 그 경위, 취득자 지위에서의 과세물건 인도 여부 및 그 물건의 사용·수익 관계, 이와 관련된 사실상 소유자로서의 재산세 납세 여부 등을 종합하여 판단하여야 할 것(대법원 2003.10.23. 선고 2002두5115 판결, 대법원 1994.5.24. 선고 93누23527 판결, 대법원 1980.2.12. 선고 79누138 판결, 같은 뜻임)이다. 또한, 부동산 취득에 대한 취득세의 감면과 추징은 과세대상 물건인 부동산 등을 사실상 취득한 것을 전제로 하여 정책적 목적 등을 이유로 감면혜택을 부여하는 대신 일정기간 사용하지 않고 매각하였을 경우 감면한 세액을 추징하는 것이라 하겠다. (나) 이 건의 경우 이 건 토지의 분양계약내용에서 청구인이 매매대금 완납 전에 사업시행자로부터 토지사용승낙을 득할 때에는 그 날을 최종할부금 납부일로 보도록 약정한 점, 이 건 토지가 소재한 산업단지의 조성에 도비 및 시비 OOO억원이 지원되었고 처분청으로부터 산업단지 입주계약체결을 승인받고 적법하게 건축허가를 받아 그 지상에 이 건 공장용건축물을 신축하고 이를 가동하여 계속적으로 매출이 발생한 사실에서 이 건 토지를 사실상 사용·수익(직접 사용)하는 배타적인 지배 상태에 있었다고 볼 수 있는 점,지방세특례제한법제2조 제1항 제8호에서 “직접 사용"이란 부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다고 규정하였고(2014.1.1. 신설), 청구인은 위 조문이 신설되기 이전인 2007.11.5. 분양계약을 체결한 후 2012.4.26. 이 건 공장용건축물을 신축하여 2년 이상 직접 사용한 점, 청구인이 이 건 공장용건축물을 3년 4개월 이상 직접 사용하면서 연간 OOO억원의 매출을 발생시켰고, 청구인과 관계없는 제3자에게의 매각이 아니라 청구인의 법인전환으로 설립된 OOO에 현물출자 등으로 양도하여 심리일 현재까지 계속하여 공장용으로 사용하고 있는 점 등에 비추어 처분청이 이 건 토지에 대한 잔금이 완납된 날부터 2년 이상 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로지방세기본법 제96조 제4항과 국세기본법 제81조 및같은 법 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.