쟁점주식을 취득하여 그 지분이 증가하였다고 보아 청구법인에게 과점주주의 지분증가에 따른 취득세 등을 부과한 처분의 당부

[참조결정] 조심2010지0501

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2012.12.31. 현재 OOO주식회사(이하 “이 건법인”이라 한다)의 주식 51%(102,000주)를 소유하고 있는 과점주주로서2013.2.21. 이 건 법인의 주식 904,000주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를취득함에 따라 그 지분이 91.12%(1,006,000주)가 되어 증가분(40.12%, 이하“이 건 증가비율”이라 한다)에 대하여 과점주주 취득세 등의 납세의무가 성립하였으나, 이를 신고·납부하지 않았다.
• 나. 처분청은 쟁점주식의 취득일(2013.2.21.) 현재 이 건 법인이 소유하고 있는 취득세 과세대상 물건의 장부가액OOO에 이 건증가비율(40.12%)을 곱한 OOO을 과세표준으로 하여 산출한취득세 OOO농어촌특별세 OOO합계 OOO(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 2016.11.15. 청구법인에게 부과·고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2017.2.10. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 이 건 법인은 청구법인 외 4개 법인이 공동출자하여 설립한 물류전문기업으로 OOO소재에 물류센터를 신축하는 과정에서자금이 필요하여 2013.2.21. 유상증자를 실시하였으나, 청구법인을 제외한 나머지 주주들이 자금부족 등의 이유로 유상증자에 참여하지 않음에 따라 청구법인이 실권주를 포함한 쟁점주식을 인수하여 이 건 법인의 지분이 91.12%로 증가하게 된 것으로서 청구법인이 이 건 법인을 마음대로 지배하고자 쟁점주식을 취득한 것이 아니고, 그 후 계속적인 유상증자를 거쳐 청구법인의 지분은 2013.12.31. 현재 63.59%로 급격히 감소하여 이 건 법인의 91.12%를 소유한 과점주주로서의 권리를 한 번도행사하지 못하였는바, 청구법인의 실제 지분증가율은 이 건 증가비율이아니라 2013.12.31. 현재 지분인 63.59%에서 2012.12.31. 현재 지분인 51%를 차감한 12.59%라 할 것이므로 이 건 취득세 등은 그 지분 증가율을 12.59%로 하여 산출한 세액으로 경정되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 과점주주에 해당하는지 여부를 판단함에 있어 주식의 소유사실은 과세관청이 주주명부나 주식등변동상황명세서 등을 통해 그 사실을입증하면 될 것(조심 2010지501, 2011.3.10. 같은 뜻임)이고, 과점주주가법인의 운영을 실질적으로 지배할 수 있는 지위에 있는지 여부는 법인에 대한 경영 지배를 통하여 법인의 부동산 등의 재산을 사용·수익하거나 처분하는 등의 권한을 행사할 수 있는지에 있는 것이 아니라 소유하고 있는 주식에 따른 의결권 등을 실질적으로 행사할 수 있는 지위에 있으면 충분하다 할 것인바(대법원 2008.10.23. 선고 2006두19501 판결, 같은 뜻임), 청구법인이 2013.2.21. 쟁점주식을 취득하여 이 건 법인 주식의 91.12%를 소유하는 과점주주가 된 이상 처분청이 이 건 증가비율에 따라 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 쟁점주식을 취득하여 그 지분이 증가하였다고 보아 청구법인에게 과점주주의 지분증가에 따른 취득세 등을 부과한 처분의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 지방세법 제7조【납세의무자 등】⑤ 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 지방세기본법제47조 제2호에 따른 과점주주(이하 “과점주주”라한다)가 되었을 때에는 그 과점주주는 해당 법인의 부동산등을 취득한것으로 본다. 다만, 법인설립 시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 취득으로 보지 아니한다.

(2) 지방세법 시행령 제11조【과점주주의 취득 등】② 이미 과점주주가 된 주주 또는 유한책임사원이 해당 법인의 주식 등을 취득하여 해당 법인의 주식 등의 총액에 대한 과점주주가 가진 주식 등의 비율(이하 이 조에서 “주식등의 비율”이라 한다)이 증가된 경우에는 그 증가분을 취득으로 보아 법 제7조 제5항에 따라 취득세를 부과한다. 다만, 증가된 후의 주식 등의비율이 그 증가된 날을 기준으로 그 이전 5년 이내에 해당 과점주주가가지고 있던 주식 등의 최고비율보다 증가되지 아니한 경우에는취득세를 부과하지 아니한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다. (가) 이 건 법인은 2010.12.20.OOO을 본점소재지로, 냉동농수축산물 제조 및 창고업 등을 목적사업으로 하여 설립되었고, 청구법인의 대표이사인 OOO은이 건 법인의 주요 주주로서 그 대표이사도 겸임하고 있으며, 이 건 법인의 연도별 주주현황은 아래 <표>와 같다. <표> 이 건 법인의 주주 현황 등 (단위: 주, %) (나) 이 건 법인은 2012.3.20. OOO토지25,996㎡를 OOO로부터 취득한 후, 2013.11.25. 그 지상에 물류센터용 건축물 78,317.14㎡를 신축하였다. (다) 이 건 법인은 2013사업연도 중 총 4회에 걸쳐 2,800,000주를 유상증자하였고, 그 중 1,805,625주를 청구법인이 인수하였으며, 유상증자에 따른 주주별 지분 변동은 위 <표>와 같다. (라) 처분청은 청구법인이 2013.2.21. 이 건 법인의 주식 91.12%를소유하는 과점주주가 되었다고 보아 이 건 증가비율 40.12%에 대하여이 건 취득세 등 OOO을 부과하였고, 그 과세표준에 대하여는다툼이 없는 것으로 보인다. (2)지방세법제7조 제5항은 법인의 주식을 취득함으로써 과점주주가 되었을 때에는 그 과점주주는 해당 법인의 부동산등을 취득한것으로 본다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제11조 제2항은 이미 과점주주가 된 주주가 해당 법인의 주식 등을 취득하여 주식 등의 비율이 증가된 경우에는 그 증가분을 취득으로 보아 취득세를 부과한다고 규정하고 있다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인이 2013.2.21. 쟁점주식을 취득하여 그 주식 비율(지분)이 91.12%가되었다는 사실은 다툼이 없는 점,지방세법 시행령제11조 제2항에서이미 과점주주가 된 주주가 해당 법인의 주식을 취득하여 주식의 비율이 증가된 경우에는 그 증가분에 대하여 취득세를 부과한다고 규정하고 있는 점, 취득세는 개별적인 취득행위가 존재할 때마다 그 취득자에게 부과되는 세금으로서 과점주주에 따른 취득세 등의 납세의무가성립한 경우에는 그 후 주식의 매각·처분 등을 통하여 그 지분이 감소하였다 하더라도 이미 성립한 취득세 납세의무에는 아무런 영향을 미치지 않는 점,청구법인이 과점주주로서 책임을 다하고자 실권주를 인수하여 그 지분이 증가한 것이라 하더라도 이와 같은사유는 이미 성립한 취득세 등의 납세의무와는 관련이 없는 점, 취득세 납세의무를 부담하는 과점주주는 소유하고 있는 주식에 관하여 의결권 행사등을 통하여 주주권을 실질적으로 행사할 수 있는 지위에 있으면 충분하다 할 것(대법원 2008.10.23. 선고 2006두19501 판결, 같은 뜻임)이므로 청구법인이이 건 법인의 주식 91.12%를 소유한 기간이 불과 1년이 안된다고 하더라도 이를 달리 볼 것은 아닌 점 등에 비추어 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법제96조 제4항과국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.