소유권이전등기말소 등 소송에서 패소하여 취득이 원인무효된 이상 이미 납부한 취득세 등을 환급하여야 한다는 청구주장의 당부

[주 문] OOO이 2016.12.8. 청구인에게 한 취득세OOO지방교육세 OOO농어촌특별세 OOO합계 OOO의 경정청구 거부처분 중 청구인의 2013.8.8. OOO토지 23,380㎡의 100분의 20지분 취득에 관한 취득세 등에 대한 것은 취소하고, 나머지 심판청구는 각하한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구인은 OOO(청구인을 합하여 이하 “취득인들”이라 한다)와 함께 2005.4.22. OOO토지 23,380㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)의 지분〔청구인 100분의 20(이하 “쟁점ⓛ토지”라 한다), OOO100분의 40, OOO100분의 20, OOO100분의 20〕을 각 경매로 취득하고,2005.5.10. 취득세 OOO농어촌특별세 OOO합계OOO을 신고·납부한 후 2005.5.16. 소유권이전등기를 완료하였고, 2013.8.8.OOO지분(100분의 20, 이하 “쟁점②토지”라 한다)을 매매로 취득하고 2013.8.12. 취득세 OOO교육세 OOO농어촌특별세 OOO합계 OOO(2005.5.11. 취득세 등 OOO을 합하여 이하 “이 사건 취득세 등”이라 한다)을 신고·납부하고 같은 날 소유권이전등기를 완료하였다. 이후 취득인들이 이 사건 토지와 관련하여 OOO(이하 OOO이라 한다)과의 소유권이전등기말소등 소송에서 원인무효로 패소하자, 청구인은 2016.10.17. 이 사건 취득세 등 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2016.12.8.이를 거부하였다.
• 나. 청구인은 이에 불복하여 2017.1.20. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장 (1)지방세기본법제51조 제2항에 따르면 과세표준신고서를 법정시고기한까지 제출한 자 또는 지방세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2개월 이내에 결정 또는 경정 청구할 수 있다고 되어 있고, 같은 법 같은 조 제1호에 최초의 신고·결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결에 따라 다른 것으로 확정되었을 때라고 규정되어 있다.

(2) 청구인은 2005.4.22. 쟁점ⓛ토지를 취득하고 2005.5.16. 소유권이전등기를, 쟁점②토지를 취득하고 2013.8.12. 소유권이전등기를 각 완료하였으나, OOO이 취득인들을 상대로 하여 소유권이전등기말소소송을 제기하여2016.10.17.고등법원에서 패소판결을, 2017.1.18.대법원에서 확정판결을 각 받았는바,지방세기본법제51조 제2항에 따라 경정청구를 제기할 수 있고, 위 법원판결은 처음부터 취득(원시적 취득)을 인정하지 않는다는 원인무효의 판결이므로 이 사건 취득세 등은 환급되어야 한다.

• 나. 처분청 의견 (1)지방세법(2005.12.31. 법률 제7843호로 개정되기 전의 것)제30조 제1항 제1호 및 제71조 제1항에 따르면 납세의무자가 과세표준과 세액을 지방자치단체에 신고·납부하는 지방세에 있어서는 이를 신고하는 때 납세의무가 확정되고, 신고·납부 기한 내에 지방세를 신고·납부한 자가 과세표준액 및 세액의 변동이 있는 경우에는 60일 이내에 수정신고를 할 수 있다고 규정하고 있고, 같은 법 제72조 제1항에서 이 법에 의한 처분(신고납부 또는 수정신고납부를 한 경우에는 그 신고납부를 한 때에 처분이 있었던 것으로 본다)으로서 위법 또는 부당한 처분을 받았거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자는 이 절의 규정에 의한 이의신청 및 심사청구를 할 수 있다고 규정하면서 같은 법 제73조 제1항 및 제74조 제1항에서 이의신청, 심사청구를 하고자 할 때에는 그 처분이 있은 것을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 통지를 받은 날)부터 90일 이내에 하도록 규정하고 있다. 한편지방세기본법이 2010.3.31. 법률 제10219호로 제정되어 2011.1.1. 시행되면서경정청구 제도가 도입되었으나, 부칙 제1조에서 이 법은 2011.1.1.부터 시행하고, 그 제3조에서 제50조부터 제52조까지의 규정은 이 법 시행 후 최초로 제34조에 따른 납세의무가 성립하는 지방자치단체의 지방세부터 적용하도록 규정하고 있다. 따라서지방세기본법제51조은 부칙 제1조 및 제3조에 따라2011.1.1.부터 납세의무가 성립하는 분부터 적용된다 할 것인바, 쟁점ⓛ토지는2005.4.22. 이미 취득세 납세의무가 성립하여 위 규정에 따른 경정청구 적용대상에 해당하지 아니하고, 쟁점ⓛ토지의 취득세는 2005.5.10. 납세의무가 확정되었으므로지방세법규정에 따라 납세의무 확정일부터 90일이 이내에 이의신청 등 불복청구를 하여야 함에도 이를 경과한 사실이 확인된 이상, 쟁점ⓛ토지에 대한 심판청구는 불복청구 기간을 경과하여 부적법한 청구이므로 각하되어야 한다. (2)청구인은 쟁점②토지를 2013.8.8. 매매로 취득하고 2013.8.12. 신고·납부하여 같은 날 소유권이전등기를 경료한 사실을 알 수 있고, 청구인이 쟁점②토지와 관련하여 OOO과 소유권이전등기말소등 소송(대법원 2017.1.18. 선고 2016다251871 판결)에서 전소유자의 소유권이전등기가 무효이므로 무효인 등기에 기초하여 청구인이 한 소유권이전등기 역시 무효라는 이유로 패소 확정된 사실을 알 수 있는바, 쟁점②토지의 취득 및 이에 따른 소유권이전등기는 원인 없는 무효라 할 것이고, 따라서 청구인은 쟁점②토지의 소유권을 취득한 것으로 볼 수 없어 이에 관한 취득세 납세의무는 없다 할 것이므로 이에 대한 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 일부 잘못이 있다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 소유권이전등기말소 등 소송에서 패소하여 취득이 원인무효된 이상 이미 납부한 취득세 등을 환급하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법률 (1)지방세법(2005.12.31. 법률 제7843호로 개정되기 전의 것) 제29조 (납세의무의 성립시기)① 지방세를 납부할 의무는 다음 각호의 시기에 성립한다.

1. 취득세: 취득세 과세물건을 취득하는 때 제30조 (납세의무의 확정)① 지방세는 다음 각호에 해당하는 때에 그 세액이 확정된다.

1. 납세의무자가 과세표준과 세액을 지방자치단체에 신고납부하는 지방세에 있어서는 이를 신고하는 때 제71조 (수정신고)① 이 법에 의한 신고납부기한 내에 지방세를 신고납부한 자가 다음 각호의 1에 해당하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령이 정하는 날부터 60일 이내에 수정신고를 할 수 있다.

1. 신고납부한 후에 과세표준액 및 세액계산의 근거가 되는 면적·가액등이 공사비의 정산, 건설자금의 이자계산, 확정판결등에 의하여 변경되거나 확정된 경우

2. 신고납부 당시에 있어서 증빙서류의 압수 또는 법인의 청산 기타 부득이한 사유로 인하여 과세표준액 및 세액을 정확하게 계산할 수 없었으나 그 후 당해 사유가 소멸한 경우

② 제1항의 규정에 의한 수정신고로 인하여 추가납부세액이 발생한 경우에는 그 수정신고를 한 자는 수정신고와 동시에 이를 납부하여야 하며, 초과납부세액이 발생한 경우에는 당해 지방자치단체의 장은 이를 즉시 환부하여야 한다. 이 경우 과소신고납부로 인한 가산세와 제46조의 규정에 의한 환부이자를 적용하지 아니한다.

③ 수정신고납부절차등 필요한 사항은 행정자치부령으로 정한다. 제72조 (청구대상)① 이 법에 의한 처분(申告納付 또는 修正申告納付를 한 경우에는 그 申告納付를 한 때에 처분이 있었던 것으로 본다. 이하 이 節에서 같다)으로서 위법 또는 부당한 처분을 받았거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를당한 자는 이 절의 규정에 의한 이의신청 및 심사청구를 할 수 있다. 제73조 (이의신청)① 이의신청을 하고자 할 때에는 그 처분이 있은 것을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 통지를 받은 날)부터 90일 이내에 대통령령이 정하는 바에 따라 불복의 사유를 구비하여 도세{도세 중 공동시설세 및 시·군세에 부가하여 징수하는 지방교육세와 특별시세·광역시세 중 도시계획세·공동시설세 및 구세(郡稅를 포함한다)에 부가하여 징수하는 지방교육세를 제외한다}에 있어서는 도지사에게, 시·군세{도세 중 공동시설세 및 시·군세에 부가하여 징수하는 지방교육세와 특별시세·광역시세 중 도시계획세·공동시설세 및 구세(郡稅를 포함한다)에 부가하여 징수하는 지방교육세를 포함한다}에 있어서는 시장·군수에게 이의신청을 하여야 한다.

② 제70조의 규정에 의한 과세전적부심사를 거친 후에 과세된 처분에 대하여 이의가 있는 자는 제1항의 규정에 의한 이의신청을 거치지 아니하고 바로 제74조의 규정에 의한 심사청구를 할 수 있다. 이 경우 심사청구는 제1항의 규정에 의한 이의신청기간 내에 제출하여야 한다. 제74조 (심사청구)①심사청구를 하고자 할 때에는 이의신청에 대한 결정의 통지를 받은 날부터 90일 이내에 도지사의 결정에 대하여는 행정자치부장관에게, 시장·군수의 결정에 대하여는 도지사 또는 행정자치부장관에게 각각 심사청구를 하여야 한다. (2)지방세기본법(2010.3.31. 법률 제10219호로 전부 개정되어 2011.1.1.시행된 것) 제34조(납세의무의 성립시기)① 지방세를 납부할 의무는 다음 각 호의 시기에 성립한다.

1. 취득세: 취득세 과세물건을 취득하는 때 제51조(경정 등의 청구) ① 이 법 또는 지방세관계법에 따른 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 법정신고기한이 지난 후 3년(지방세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 이의신청, 심사청구 또는 심판청구 기간을 말한다) 이내에 최초 신고 및 수정신고한 지방세의 과세표준 및 세액(지방세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액 등을말한다)의 결정 또는 경정을 지방자치단체의 장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(지방세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이지방세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

2. 과세표준신고서에 기재된 환급세액(지방세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 환급세액을말한다)이지방세법에 따라 신고하여야 할 환급세액보다 적을때

② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 지방세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

1. 최초의 신고·결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 동일한 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 따라 다른 것으로 확정되었을 때

2. 조세조약에 따른 상호합의가 최초의 신고·결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어졌을 때

3. 제1호 및 제2호와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 지방세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때

③ 제1항 및 제2항에 따라 결정 또는 경정의 청구를 받은 지방자치단체의 장은 그 청구를 받은 날부터 2개월 이내에 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 결정 또는 경정하여야 할 이유가 없다는 것을 그 청구를 한 자에게 통지하여야 한다.

④ 결정 또는 경정의 청구 및 통지절차에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 부칙 <법률 제10219호, 2010.3.31.> 제1조(시행일) 이 법은 2011년 1월 1일부터 시행한다. 제3조(수정신고 등에 관한 적용례) 제50조부터 제52조까지의 규정은 이 법 시행 후 최초로 제34조에 따른 납세의무가 성립하는 지방자치단체의 지방세부터 적용한다.

• 다. 사실관계 및 판단 (1)청구인과 처분청이 제출한 법원판결서 및 과세자료 등에서 확인된 사항은 아래와 같다. (가)청구인은 2005.5.16.(등기원인 2005.4.22.) 이 사건 토지 중 쟁점ⓛ토지를 법원의 임의경매로, 쟁점②토지를 매매로 각 취득하고 이 사건 취득세 등을 신고·납부하고, 2005.5.16. 및 2013.8.12. 각 소유권이전등기를 완료하였다. (나) 청구인은 이 사건 토지와 관련하여 OOO과 소유권이전등기말소등 소송(서울고등법원 2016.8.19. 선고 2015나2055890 판결, 대법원 2017.1.18. 선고 2016다251871 판결)에서 전 소유자OOO의 소유권이전등기가 무효이므로 취득인들이 이를 경락받아 한 소유권이전등기 역시 무효라는 이유로 2017.1.20. 패소 확정되었으나, 심판청구일 현재 쟁점ⓛ·②토지에 대한 소유권이전등기는 말소되지 않았다. (다) 청구인은 OOO과 소유권이전등기말소등 소송 2심에서 취득원인무효로 패소하자 2016.10.17. 쟁점ⓛ·②토지에 대하여 기 납부한 취득세 등의 환급을 구하는 경정청구를 하였고, 처분청은 2016.12.8. 이를 거부하였다. (2)이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대,지방세기본법이 2010.3.31. 법률 제10219호로 제정되어 2011.1.1. 시행되면서경정청구제도가 도입되었으나, 부칙 제1조에서 이 법은 2011.1.1.부터 시행하고, 그 제3조에서 제50조부터 제52조까지의 규정은 이 법 시행 후 최초로 제34조에 따른 납세의무가 성립하는 지방자치단체의 지방세부터 적용하도록 규정하고 있다. 쟁점ⓛ토지는2005.4.22. 취득세 납세의무가 성립한 것이라 경정청구제도가 존재하지 아니하여 적용대상에 해당하지 아니하였고, 동 토지에 대한 이 건 취득세 등은 2005.5.10. 납세의무가 확정되었으므로지방세법에 따라 납세의무 확정일부터 90일 이내에 불복청구를 하였어야 함에도 이를 경과한 사실이 확인되는 점에서 그에 대한 심판청구는 불복청구기간이 경과하여 제기한 부적법한 청구에 해당하는 것으로 판단된다. 쟁점②토지와 관련하여 청구인은매매로 취득하고 관련 취득세 등을 신고·납부하고, 2013.8.12. 소유권이전등기를 완료한 후 이 사건 토지에 대한 대법원의 취득원인무효 판결이 2017.1.20. 확정되었고,이는 등기의 원인인 계약 등을 소급적으로 실효시키는 원인무효에 해당되므로 처분청이 그에 대한 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로지방세기본법제96조 제4항과국세기본법제81조·제65조 제1항 제1호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.