지식산업센터용 부동산으로 감면받은 후 직접사용하지 않은 것으로 보아 기 감면한 취득세 등을 추징한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요 가.청구법인은2011.3.17. OOO(토지 28.54㎡ 및 건물 112.58㎡, 이하 “쟁점507호”라 한다) 및 508호(이하 “508호”라 하고 쟁점507호를 포함하여 “이 건 부동산”이라 한다)를 취득하고, 경기도 도세 감면조례(2011.6.2. 조례 제4200호로 일부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제7조 제2항에 따라 ‘지식산업센터 설립자로부터 최초로 분양받아 취득하는 지식산업센터용 부동산’으로 하여 취득세 등을 감면받았다.

• 나. 처분청은청구법인이 2011.12.23. 쟁점507호를 OOO주식회사(이하 “이 건 법인”이라 한다)에게 임대한 사실을 확인하고 취득일부터 유예기간(5년) 내에 다른 용도로 사용한 것으로보아 2016.4.4. 청구법인에게 그 취득가액OOO을 과세표준으로 하여 산출한취득세 OOO농어촌특별세 OOO지방교육세 OOO합계 OOO을 부과·고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2016.7.1. 이의신청을 거쳐 2016.12.30. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 이 건 부동산을 취득하여 쟁점507호는 대표이사실, 연구소 및 창고로, 508호는 관리·영업직 사무실로 사용하고 있는바, 관계회사인 이 건 법인의 직원 1명이 OOO에 파견 근무 중이어서 쟁점507호에 근무하는 직원도 없음에도 단지 이 건 법인의 사업자등록을 위한 임대차계약서를 작성하였다는 이유만으로 이 건 법인에게 쟁점507호를 임대하여 다른 용도로 사용한 것으로 보아 이 건 취득세 등을추징한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인과 이 건 법인은 모두 2011.12.23. 본점 주소지를 OOO에서 508호와 쟁점507호로각 이전한 점, 이 건 법인의재무제표에 의하면 본점 이전을 전후하여 임차보증금이OOO에서 OOO원으로, 지급임차료가 OOO에서 OOO원으로 감소한 점,청구법인이 이 건 법인에게 쟁점507호를2011.12.23.부터 2013.12.22.까지 무상으로 임대하였다고 진술한 점, OOO은 청구법인과 이 건 법인의 사내이사 겸 과점주주로서 지배권을 행사하고 있는 점, 이 건 법인의 경우2012년부터 심리일 현재까지 주민세(법인균등분), 지방소득세(법인소득분, 특별징수분)를처분청에 신고·납부한 점 등을 종합하여 볼 때, 쟁점507호는 이 건 법인에게 무상임대로 제공되고 있는 것으로 보인다. 청구법인과 이 건 법인은 법인격을 달리하는 별개의 권리의무 주체로서 엄연히 구분되는 것이므로 비록 청구법인이 이 건 법인에게 쟁점507호를 무상으로 임대하였다 하여 이를 청구법인의 목적사업에 공여되고 있다고 볼 수 없고, 청구법인이 제출한 기업부설연구소 인정서는 임대차계약서상 임대기간 이후에 발급되어 이 또한 직접 사용의 근거로 삼을 수는 없다 할 것이므로 청구법인이 쟁점507호를 취득한 후 당해 사업에 사용하지 아니하고 다른 용도로 사용한 것으로 보아 이 건 취득세 등을 추징한 처분은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 지식산업센터용 부동산으로 감면받은 후 직접 사용하지 않은 것으로 보아 기 감면한 취득세 등을 추징한 처분의 당부
• 나. 관련 조례 경기도 도세 감면조례(2010.12.31. 경기도 조례 제4116호로 전부개정된 것) 제7조(지식산업센터 등에 대한 감면) ② 중소기업자가 산업집적 활성화 및 공장설립에 관한 법률제28조의5 제1항 제1호 및 제2호에 따른 사업 또는 벤처기업을 영위할 목적으로 지식산업센터 설립자로부터 최초로 분양받아 취득하는 지식산업센터용 부동산에 대하여는 취득세를 면제한다.다만, 그 취득한 날부터 1년 이내에 정당한 사유없이 해당 사업 또는 벤처기업용에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 5년 이내에 매각하거나 다른 용도에 사용하는 경우 그 해당부분에 대하여는 면제된 취득세를 추징한다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실들이 확인된다. (가) 청구법인과 이 건 법인의 등기사항전부증명서 및 사업자등록증상의 현황은 다음 <표1>과 같다. <표1> 청구법인과 이 건 법인의 현황 (나) 청구법인은 2011.3.17. 이 건 부동산을 분양으로 취득하고 처분청으로부터 ‘지식산업센터용 부동산’으로 하여 취득세 등을 감면받았으며, 청구법인은 2011.12.23., 이 건 법인은 2011.12.23.에 508호와 쟁점507호로 본점을 각 이전하였다. (다) 청구법인과 이 건 법인의 주주명부(2016.9.1. 현재) 및 직원 현황(2011년～심리일 현재)에 의하면 주식소유비율의 경우 청구법인의 주식은 OOO(대표이사)과 그 특수관계인 등이 100% 지분을, 이 건 법인의 주식은 OOO(대표이사)과 청구법인이 62.5% 지분을 소유하고 있으며, 청구법인의 직원은 8～14명, 이 건 법인의 직원은 1～2명인 것으로 나타난다. (라) 이 건 법인의2010사업연도～2012사업연도재무제표에 의하면 이 건 법인은 2010년도 및 2011년도에 각 계상되었던 임차보증금OOO및 지급임차료가 2012년도에는 OOO원으로 확인되며, 청구법인(임대인)과 이 건 법인이 2011.12.23. 체결한 임대차계약서에 의하면 임대물건은 쟁점507호, 임대차기간은 2011.12.23.부터 2013.12.22.까지, 보증금은 OOO원으로 나타난다. (마) 청구법인은 2013.6.25.OOO으로부터 쟁점507호를 소재지로 하여기업부설연구소로 인정받았다. (바) 이 건 법인이 쟁점507호를 사업장으로 하여 처분청에 신고 납부한 주민세 및 지방소득세 현황은 다음 <표2>와 같다. <표2> 주민세 및 지방소득세 납부 현황 (사) 처분청 담당공무원이 2015.11.25. 및 2016.1.7. 이 건 부동산에 출장하여 작성한 결과보고서에 의한 확인사항은 다음 <표3>과 같으며, 첨부되어 있는 사진현황에 의하면 쟁점507호 출입구에 기업부설연구소 표지가 부착되어 있으며 대표이사와 직원이 사용하는 것으로 보이는 책상 등 및 기계설비(전산서버)가 비치되어 있다. <표3> 현장 확인내용 출장일 현장 확인사항 2015.11.25. 쟁점507호는 이 건 법인사용, 508호는 청구법인 사용, 두 회사는 관계회사로 대표자 동일 2016.1.7. -쟁점507호는 이 건 법인 대표이사 및 청구법인의 전무 책상과 직원용 책상 5개, 전산서버가 비치되어 있고 방문시 직원은 없었음

• 쟁점507호에 대한 두 번에 걸친 현지 확인 시 이 건 법인 직원이 근무하고 있는 것은 확인하지 못하였으나 법인등기부와 국세청자료 그리고 2011년부터 지방소득세(특별징수분), 지방소득세(법인소득), 주민세(법인균등) 납부실적을 고려하면 청구법인이 주장하는 당사의 부설 연구소로만 사용한다는 주장은 받아들이기 어려움 (아) 청구법인의 직원은 2017.3.28. 조세심판관회의에 출석하여 청구법인은 OOO억원, 이 건 법인은 OOO억원 정도의 매출을 발생시키고 있다고 진술하였다.

(2) 경기도 도세 감면조례 제7조 제2항은 중소기업자가 산업집적 활성화 및 공장설립에 관한 법률에 따른 사업을 영위할 목적으로 지식산업센터 설립자로부터 최초로 분양받아 취득하는 지식산업센터용 부동산에 대하여는 취득세를 면제하되, 그 취득한 날부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 해당 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 5년 이내에 매각하거나 다른 용도에 사용하는 경우 그 해당부분에 대하여는 면제된 취득세를 추징한다고 규정하고 있다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 조례 등을 종합하여 살피건대, 위 감면규정은 설립된 지식산업센터를이용하고자 하는 자에게 세제혜택을 주어 산업의 집적을 활성화하고 공장의 원활한 설립을 할 수 있도록 지원하려는 것으로서 지식산업센터를 이용할 목적으로 부동산을 분양받았으나 이를 다른 용도로 사용하거나 타인에게 임대를 주는 경우까지 그 혜택을 주려는 취지가 아님이 분명하므로 그와 같은 경우에는 추징대상에 해당된다 할 것이고 그 임대가 무상이라 하더라도 달리 볼 수 있는 것은 아니라 할 것이다(대법원 2010.8.26. 선고 2009두21963 판결, 같은 뜻임). 청구법인이 이 건 법인과 쟁점507호를 물건지로 하여 무상임대차계약을 체결한 점, 이 건 법인의 등기사항전부증명서상 본점이 쟁점507호로 등기되어 있는 점, 이 건 법인이 처분청에 신고·납부한 주민세 및 지방소득세 과세자료에 따르면 쟁점507호를 사업장으로 하고 있는 점, 청구법인의 대표이사 사무실로 사용하고 있다고 주장하는 쟁점507호는 이 건 법인 대표이사의 사무실이기도 한 점 등에 비추어 이 건 법인은 청구법인으로부터 쟁점507호를 무상으로 임대받아 사무실 등으로 사용하고 있는 것으로 보이므로 청구법인이 이를 취득하여 해당 사업에 직접 사용한 것이라 하기는 어렵다 할 것이다. 따라서 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제96조 제4항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.