① 인천도시공사가 지급한 이 건 이주비를 쟁점토지의 취득세 과세표준에서 제외하여야 한다는 청구주장의 당부 ② 청구법인이 지급한 이 건 부가가치세와 쟁점취득세를 쟁점토지의 취득세 과세표준에서 제외하여야 한다는 청구주장의 당부

[참조결정] 조심2014지0799

[주 문]

1. OOO청장이 2016.8.10. 청구법인에게 한 취득세 등 합계 OOO의 부과처분은

• 가. 청구법인이 납부한 취득세 OOO을 과세표준에서 제외하고,
• 나. 청구법인이 <표10> 기재 부가가치세를 OOO외 11필지 토지 171,203㎡, 같은 동 OOO외 1필지 토지 55,938㎡ 및 같은 동 OOO토지 11,000㎡의 취득을 위하여 각 지출하였는지 여부를 재조사하여 그에 해당하는 경우 취득가격에서 제외하는 것으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정하며,
• 다. 나머지 심판청구는 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2007.3.29. OOO복합레저단지 조성사업의 개발 및 실시계획에 따라 주택건설, 상업업무시설, 관광시설 등을 건축 및 운영하거나 관련되는 토지를 이전·처분하는 내용의 복합레저단지를 개발하는 사업(이하 “이 건 개발사업”이라 한다)을 추진하기 위하여 설립되었고, 2008.6.3. OOO(이하 OOO라 한다)와 함께 이 건 개발사업의 공동사업시행자로 지정되어 OOO일원에 2,729,347㎡를 개발하고, 그 중 1,097,319.3㎡를 취득하기로 하였다.
• 나. 청구법인은 이 건 개발사업 부지의 기반시설공사가 완료됨에 따라 2012.3.15.과 2012.4.12. 및 2012.11.15. OOO외 11필지 토지 171,203㎡와 같은 동 OOO외 1필지 토지 55,938㎡ 및 같은 동 OOO토지 11,000㎡(면적 합계 238,141㎡, 이하 “쟁점토지”라 한다)를 OOO로부터 각각 유상으로 취득한 후, 아래 <표1>과 같이 취득가액을 OOO과 OOO및 OOO으로 하고 조세특례제한법제121조의2 제1항 제2의3호에 따라 외국인투자기업이 신고한 사업을 위하여 취득하는 부동산에 대한 외국인투자비율(47.9% 및 38.54%)을 감면하여 산출한 취득세 등 OOO과 OOO 및 OOO을 각각 신고·납부하였으며, 과세표준에서 제외할 금액을 추가로 신고하는 경정청구를 하자, 처분청은 2012.7.27. 취득세 등 OOO을 감액경정하였다. <표1> 쟁점토지에 대한 취득세 등의 신고 내역 (단위: 원)
• 다. 처분청은 쟁점토지를 법인장부상 취득가격이 증명되는 경우의 취득으로 보아 아래 <표2>와 같이 법인장부에서 확인되는 ‘건설중인자산’의 장부가액OOO과 기신고한 가액OOO의 차액OOO을 과소신고한 것으로 보고 2016.8.10. 청구법인에게 이를 과세표준으로 하여 산정한 취득세 등 합계 OOO(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 부과·고지하였다. <표2> 쟁점토지에 대한 취득세 등의 추징 과세표준 내역 (단위: 원)
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2016.11.4. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 이 건 개발사업의 시행자로서 ① 이주비와 지장물 보상금 및 가이주단지 조성공사비(합계 OOO이하 “이 건 이주비”라 한다)와 ② 쟁점토지의 취득을 위한 제반 비용에 대한 부가가치세(OOO이하 “이 건 부가가치세”라 한다) 및 ③ 쟁점토지의 취득세 등(OOO이하 “쟁점취득세 등”이라 한다) 합계 OOO(이하 “이 건 비용”이라 한다) 등을 ‘건설중인자산’으로 계상하였으며, 2012년 개발사업 부지의 기반시설공사가 완료됨에 따라 쟁점토지를 취득하고 지방세법제10조 제5항 및 같은 법 시행령 제18조 제1항 및 제2항에 따라 OOO에 지출하거나 지출할 금액 중 취득물건과는 별개의 권리에 관한 보상 성격으로 지급된 이 건 이주비와 이 건 부가가치세 및 쟁점취득세 등을 쟁점토지의 취득가액에서 제외하여 취득세 등을 신고하였으나, 처분청은 취득일 현재까지 청구법인이 장부에 건설중인자산으로 집계한 모든 토지 관련 지출액 중 쟁점토지의 취득면적비율에 해당하는 부분을 쟁점토지의 취득세 과세표준으로 산정하여 추가세액을 고지하였는바, 이 건 이주비는 지방세법 시행령제18조에 따라 취득물건과는 별개의 권리에 관한 보상 성격으로 지급되는 비용으로 취득가액에서 제외하도록 규정하고 있고, 부가가치세 및 취득세도 취득가격에서 제외하는 것이 타당하므로 아래 <표3>과 같이 이 건 비용 중 쟁점토지의 취득면적 비율에 해당하는 OOO(이하 “쟁점비용”이라 한다)을 과세표준에 포함한 것은 부당하여 그에 대한 취득세 등 OOO을 감액·경정하여야 한다. <표3> 감액·경정대상 과세표준 (단위: 원)
• 나. 처분청 의견 지방세법에서 취득세의 과세표준은 일반적으로 시가표준액에 의하나, 법인장부에 의하여 취득가액이 입증되는 경우에는 그 장부상 가액을 사실상의 취득가액으로 보아 이에 의하도록 하고 있는데, 이와 같이 법인의 경우에 개인과는 달리 장부상 가액에 의하도록 규정한 것은 법인은 객관화된 조직체로서 일반적으로 거래가액을 조작할 염려가 없어 그 장부상 가액의 신빙성이 인정된다는 이유에 있으므로 특별히 그 취득가액을 조작하였다고 인정되지 아니하는 한 그 장부상의 가액은 실제의 취득가액을 나타내는 것이라 할 것으로(조심 2014지799, 2016.8.25., 같은 뜻임), 만일, 청구법인의 장부에서 지방세법 시행령제18조 제2항에서 규정하는 취득가격에 포함하지 아니하는 부가가치세 등이 청구법인의 장부에서 확인되는 사항이면 과세관청에서 환급할 사항이나, 그러한 증빙이 확인되지 않는다면 쟁점비용을 취득가격에서 제외하기는 어렵다 할 것인바, 쟁점토지를 2012.3.15., 2012.4.12., 2012.11.15. OOO로부터 매매로 유상취득하면서 취득세를 자진신고·납부한 취득신고가액은 쟁점토지의 기반조성공사 및 자본화 비용 등에 이주비, 지장물보상금 등의 금액을 차감한 가액을 근거로 하여 OOO에서 조성한 토지 중 총가처분 토지면적에서 청구법인으로 이전할 대상토지의 비율로 안분하여 과세표준으로 산정한 것으로 이러한 방식의 과세표준 산정은 토지의 원시취득을 원인으로 한 취득유형에 해당하는 산정방식으로, 청구법인은 OOO와 토지공급계약을 체결하고 쟁점토지를 유상취득하였으므로 청구법인의 장부가액을 근거로 취득세 과세표준을 산정하는 것이 지방세 관련 법령 등에 비춰볼 때 타당하다 하겠으므로 청구법인의 법인장부에서 확인되는 쟁점토지의 취득가액에서 기 신고·납부한 신고가액과의 차액분인 OOO을 과세표준으로 하여 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점

① OOO가 지급한 이 건 이주비를 쟁점토지의 취득세 과세표준에서 제외하여야 한다는 청구주장의 당부

② 청구법인이 지급한 이 건 부가가치세와 쟁점취득세를 쟁점토지의 취득세 과세표준에서 제외하여야 한다는 청구주장의 당부

• 나. 관련 법령

(1) 지방세법(2013.1.1. 법률 제11617호로 개정되기 전의 것) 제10조(과세표준) ① 취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다. 다만, 연부(年賦)로 취득하는 경우에는 연부금액(매회 사실상 지급되는 금액을 말하며, 취득금액에 포함되는 계약보증금을 포함한다. 이하 이 절에서 같다)으로 한다.

② 제1항에 따른 취득 당시의 가액은 취득자가 신고한 가액으로 한다. 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 제4조에서 정하는 시가표준액보다 적을 때에는 그 시가표준액으로 한다.

⑤ 다음 각 호의 취득에 대하여는 제2항 단서 및 제3항 후단에도 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액을 과세표준으로 한다.

1. 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합으로부터의 취득

2. 외국으로부터의 수입에 의한 취득

3. 판결문·법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 취득

4. 공매방법에 의한 취득

5. 공인중개사의 업무 및 부동산 거래신고에 관한 법률 제27조에 따른 신고서를 제출하여 같은 법 제28조에 따라 검증이 이루어진 취득

(2) 지방세법 시행령(2013.1.1. 대통령령 제24296호로 개정되기 전의 것) 제18조(취득가격의 범위 등) ① 법 제10조 제5항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 취득가격 또는 연부금액은 취득시기를 기준으로 그 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 간접비용의 합계액으로 한다. 다만, 취득대금을 일시급 등으로 지급하여 일정액을 할인받은 경우에는 그 할인된 금액으로 한다.

1. 건설자금에 충당한 차입금의 이자 또는 이와 유사한 금융비용

2. 할부 또는 연부(年賦) 계약에 따른 이자 상당액 및 연체료. 다만, 법인이 아닌 자가 취득하는 경우는 취득가격에서 제외한다.

3. 농지법에 따른 농지보전부담금, 산지관리법에 따른 대체산림자원조성비 등 관계 법령에 따라 의무적으로 부담하는 비용

4. 취득에 필요한 용역을 제공받은 대가로 지급하는 용역비·수수료

5. 취득대금 외에 당사자의 약정에 따른 취득자 조건 부담액과 채무인수액

6. 부동산을 취득하는 경우 주택법 제68조에 따라 매입한 국민주택채권을 해당 부동산의 취득 이전에 양도함으로써 발생하는 매각차손. 이 경우 행정안전부령으로 정하는 금융회사 등(이하 이 조에서 "금융회사등"이라 한다) 외의 자에게 양도한 경우에는 동일한 날에 금융회사등에 양도하였을 경우 발생하는 매각차손을 한도로 한다.

7. 제1호부터 제6호까지의 비용에 준하는 비용

② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 비용은 취득가격에 포함하지 아니한다.

1. 취득하는 물건의 판매를 위한 광고선전비 등의 판매비용과 그와 관련한 부대비용

2. 전기사업법, 도시가스사업법, 집단에너지사업법, 그 밖의 법률에 따라 전기·가스·열 등을 이용하는 자가 분담하는 비용

3. 이주비, 지장물 보상금 등 취득물건과는 별개의 권리에 관한 보상 성격으로 지급되는 비용

4. 부가가치세

(3) 경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법 제13조(토지수용) ① 개발사업시행자는 개발사업을 시행하기 위하여 필요한 경우에는 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제3조에 따른 토지·물건 및 권리(이하 "토지등"이라 한다)를 수용(사용을 포함한다. 이하 같다)할 수 있다.

② 제10조에 따른 실시계획 승인의 고시가 있는 때에는 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제20조 및 제22조에 따른 사업인정 및 사업인정의 고시가 있는 것으로 보며, 재결(裁決)의 신청은 같은 법 제23조 및 제28조에도 불구하고 실시계획에서 정하는 사업시행기간에 하여야 한다. 다만, 경제자유구역개발계획에 수용할 토지등의 세목이 포함되어 있는 경우에는 제4조제8항에 따른 경제자유구역개발계획의 고시를 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제20조 및 제22조에 따른 사업인정 및 사업인정의 고시로 보며, 해당 토지등에 대한 재결의 신청은 경제자유구역개발계획에서 정하는 기간 내에 하여야 한다.

③ 제1항에 따른 토지등의 수용에 관한 재결의 관할 토지수용위원회는 중앙토지수용위원회로 한다.

④ 제1항에 따른 토지등의 수용에 관하여 이 법에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률을 준용한다.

(4) 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제78조(이주대책의 수립 등) ① 사업시행자는 공익사업의 시행으로 인하여 주거용 건축물을 제공함에 따라 생활의 근거를 상실하게 되는 자(이하 "이주대책대상자"라 한다)를 위하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 이주대책을 수립·실시하거나 이주정착금을 지급하여야 한다.

② 사업시행자는 제1항에 따라 이주대책을 수립하려면 미리 관할 지방자치단체의 장과 협의하여야 한다.

③ 국가나 지방자치단체는 이주대책의 실시에 따른 주택지의 조성 및 주택의 건설에 대하여는 주택도시기금법에 따른 주택도시기금을 우선적으로 지원하여야 한다.

④ 이주대책의 내용에는 이주정착지(이주대책의 실시로 건설하는 주택단지를 포함한다)에 대한 도로, 급수시설, 배수시설, 그 밖의 공공시설 등 통상적인 수준의 생활기본시설이 포함되어야 하며, 이에 필요한 비용은 사업시행자가 부담한다. 다만, 행정청이 아닌 사업시행자가 이주대책을 수립·실시하는 경우에 지방자치단체는 비용의 일부를 보조할 수 있다.

⑤ 주거용 건물의 거주자에 대하여는 주거 이전에 필요한 비용과 가재도구 등 동산의 운반에 필요한 비용을 산정하여 보상하여야 한다.

⑥ 공익사업의 시행으로 인하여 영위하던 농업·어업을 계속할 수 없게 되어 다른 지역으로 이주하는 농민·어민이 받을 보상금이 없거나 그 총액이 국토교통부령으로 정하는 금액에 미치지 못하는 경우에는 그 금액 또는 그 차액을 보상하여야 한다.

⑦ 사업시행자는 해당 공익사업이 시행되는 지역에 거주하고 있는 국민기초생활 보장법 제2조 제1호·제11호에 따른 수급권자 및 차상위계층이 취업을 희망하는 경우에는 그 공익사업과 관련된 업무에 우선적으로 고용할 수 있으며, 이들의 취업 알선을 위하여 노력하여야 한다.

⑧ 제4항에 따른 생활기본시설에 필요한 비용의 기준은 대통령령으로 정한다.

⑨ 제5항 및 제6항에 따른 보상에 대하여는 국토교통부령으로 정하는 기준에 따른다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료를 보면, 다음과 같은 사실을 알 수 있다. (가) 청구법인은 2007.3.28. 부동산의 취득·사용 운영 및 관리, 건축물 건설·분양 및 운영·관리사업, 부동산의 분양사업, 부동산 개발사업, 개발이익의 재투자사업 등 OOO북합레저단지 조성사업의 활성화를 위해 필요한 제반 사업, 기타 OOO복합레저단지 조성사업의 수행을 위하여 필요한 사업 등을 목적사업으로 설립되었다. (나) 청구법인이 경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 법률에 따라 재정경제부장관의 승인을 받은 OOO복합레저단지 조성사업의 개발계획 및 실시계획에 따라 개발대상토지의 가처분용지를 매수하여 개발사업을 수행하기 위한 목적으로 2007.6.11. OOO와 체결한 ‘토지공급계약’의 주요내용은 다음과 같다. (다) 이 건 개발사업에 대한 개발계획 및 실시계획 변경승인 고시(2008.6.3. 지식경제부 고시 제2008-58호) 내용을 보면, 사업시행자가 당초 OOO에서 OOO및 청구법인〔구 OOO〕로 변경되었다. (라) 쟁점토지의 ‘등기사항전부증명서’를 보면, OOO가 2011.11.21. 소유권보존등기를 한 후, 청구법인에게 2011.12.28. ‘매매’를 원인으로 하여 2012.3.15.과 2012.4.13. 및 2012.11.15. 각 소유권이전등기가 된 것으로 나타난다. (마) 처분청이 제출한 청구법인의 2012년도 ‘손익계산서’에 의하면, 쟁점토지에 대한 당기 용지매입액이 OOO으로 기재되어 있는바, 그 내역은 아래 <표4>와 같다. <표4> 쟁점토지에 대한 당기 용지매입액 내역 (단위: 원) (바) OOO는 이 건 개발사업에 따른 쟁점토지의 선지출비용에 대하여 청구법인에게 지급요청을 하였고, 선지출비용에는 용지비, 조성비, 이주비(주거이전비 및 이사비 등) 등으로 구성되어 있으며, 당해 이주비는 OOO가 이주 대상자에게 직접 지급한 것으로 나타난다. (사) 처분청은 2016.8.10. 청구법인이 기 신고·납부한 취득신고가액과 법인장부가액(건설중인자산)과의 차액분에 대한 이 건 취득세 등 합계 OOO을 청구법인에게 부과·고지하였으며, 그 세부내역은 아래 <표5>와 같다. <표5> 이 건 취득세 등 내역 (단위: 원) (아) 청구법인이 쟁점토지의 법인장부가액(건설중인자산) 중 이 건 취득세 등의 과세표준에서 제외되어야 할 금액이라고 주장하는 이건 비용 중 쟁점비용과 감액·경정세액OOO을 그 취득일자별로 정리하면 아래 <표6·7>과 같이 나타난다. <표6> 과세표준에서 제외되어야 할 쟁점비용 내역 (단위: 원) <표7> 감액·경정세액 내역 (단위: 원) (자)청구법인이 제출한 ‘건설중인자산’ 원장 내역 중 이 건 비용(이 건 이주비, 이 건 부가가치세 및 쟁점취득세 등)에 대한 법인장부의 계상 내역은 다음과 같다.

1. 이 건 개발사업에 따른 총 사업비는 아래 <표8>과 같다. <표8> 이 건 개발사업에 따른 총 사업비 (단위: 원)

2. 위 총 사업비 중 청구법인이 취득할 개발사업 용지는 전체 토지의 약 73%에 해당하며, 동 비율 및 할증금액(토지공급계약서상 토지조성원가의 120%)을 고려하여 이 건 이주비를 이주비, 가아주단지공사비 및 이주대책비로 각각 안분한 금액은 아래 <표9>와 같다. <표9> 이주비, 가아주단지공사비 및 이주대책비 (단위: 원)

3. 쟁점토지의 취득을 위한 제반 비용에 대한 이 건 부가가치세로서 매입세액 불공제분은 아래 <표10>과 같다. <표10> 이 건 부가가치세 내역(쟁점토지 관련 매입세액 불공제분) (단위: 원)

4. 쟁점토지의 취득에 따라 지급한 쟁점취득세 등은 아래 <표11>과 같다. <표11> 쟁점취득세 등의 내역 (단위: 원)

• 주) 쟁점토지의 취득시기에 대한 자문료 등 합계: OOO

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인이 OOO와 2011.12.28. 체결한 쟁점토지에 대한 부동산매매계약과 토지등기사항증명서 등에서 OOO가 이 건 개발사업과 관련한 수용 및 보상업무를 직접 수행하면서 이 건 이주비를 지급하였고, OOO가 쟁점토지에 대하여 소유권 보존등기를 한 후 청구법인이 매매를 원인으로 소유권을 이전받은 사실 등에 비추어 청구법인이 쟁점토지를 OOO로부터 유상으로 승계취득한 것으로 보는 것이 타당하다 하겠으므로 처분청이 쟁점토지의 취득가격에 이 건 이주비를 포함하여 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 지방세법 시행령제18조 제1항 및 제2항에서 과세물건의 취득가격은 취득시기를 기준으로 그 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용과 그 간접비용의 합계액으로 하되, 부가가치세 등에 대하여는 취득가격에서 제외하도록 규정하고 있는바, 청구법인이 쟁점토지의 취득을 위하여 지급한 간접비용에 해당하는 부가가치세를 취득가격에서 제외하는 것이 타당하다 하겠으나, 청구법인이 제출한 <표10>의 이 건 부가가치세 내역만으로는 쟁점토지의 취득을 위하여 지출한 자문료 등이 포함되었는지 명확히 확인되지 아니하므로 처분청이 이를 재사하여 그 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다 할 것이고, 쟁점토지의 취득에 따라 처분청에 납부한 취득세는 취득 후에 발생한 비용이라 취득가격에 해당하지 아니한다 하겠는바, <표11>의 쟁점취득세 등 합계 OOO중 쟁점토지의 취득시기에 대한 자문료 합계 OOO을 제외한 금액인 OOO은 과세표준에서 제외하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로지방세기본법 제96조 제4항과 국세기본법 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.