[요지]
① 이 건 토지는 청구법인 본연의 업무에 사용한 것이 아니라 당초부터 제3자에게 임대하고 있는 점 등에 비추어 처분청에서 이 건 취득세 등을 추징한 처분은 잘못이 없다고 판단됨. ② 법령의 부지 또는 착오 등의 사유는지방세기본법제54조 제1항의 가산세를 면제할 만한 정당한 사유에 해당된다고 보기 어려운 점 등에 비추어 처분청이 청구법인에게 가산세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨.
[요지]
① 이 건 토지는 청구법인 본연의 업무에 사용한 것이 아니라 당초부터 제3자에게 임대하고 있는 점 등에 비추어 처분청에서 이 건 취득세 등을 추징한 처분은 잘못이 없다고 판단됨. ② 법령의 부지 또는 착오 등의 사유는지방세기본법제54조 제1항의 가산세를 면제할 만한 정당한 사유에 해당된다고 보기 어려운 점 등에 비추어 처분청이 청구법인에게 가산세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨.
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 처분청은 청구법인이 이 건 토지에 펜스와 차단기를 설치한 후, 청구법인의 주차장으로 사용하고 있다고 하여 이를 기업부설연구소용도가 아닌 다른 용도로 사용하고 있다고 보았으나, 청구법인이 이 건토지에 펜스를 설치한 것은 외부인들의 무단 주차 및 쓰레기 투기방지등을 위한 것이고, 이 건 토지에 주차된 차량은 청구법인의 임직원이흡연 등을 하기 위하여 잠시 주차한 것으로 이 건 토지에 바로 연접한OOO에 소재하는 청구법인의 본점용 건축물의 주차장만으로 주차 수요를 충분히 감당할 수 있으므로 청구법인이 이 건 토지를 임직원들의 주차장으로 이용할 이유가 없음에도처분청이 이러한 사실은 고려하지아니한 채 이 건 토지의 사용 현황을단 1회만 조사한 후 이 건 토지를 기업부설연구소용이 아닌 다른 용도로 사용한다고 보아 이 건 취득세 등을 추징한 것은 부당하다
(2) 청구법인은 이 건 토지를 취득할 당시 처분청으로부터 기업부설연구소가 아닌 다른 용도로 사용하는 경우 면제된 취득세 등이 추징된다는 사실을 안내받은 사실이 없으므로 이 건 취득세 등 OOO중 가산세 OOO은취소되어야 한다.
(1) 처분청OOO의견 기업부설연구소용으로 직접 사용하기 위하여 부동산을 취득하고 그 취득일부터 4년 이내에 다른 용도로 사용하지 아니하고 기업부설연구소를 설치하기 위한 일련의 절차를 거쳐 기업부설연구소로 인정받은 경우에만 취득세를 면제하는 것이 타당하므로 이 건 토지와 같이 그 유예기간 내에 임대 등 수익사업에 사용하는 경우에는 사실상 다른용도로 사용하는 것으로서 취득세 면제대상이 아니라 할 것인바,처분청이 가산세를 포함하여 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 정당하다.
(2) OOO의견 지방세특례제한법제46조 제1항 및 같은 법 시행령 제23조에서 기업부설연구소로 사용하고자 취득하는 부동산은 그 취득일부터 4년 이내에 기업부설연구소의 요건을 갖추어 교육과학기술부장관으로부터인정을 받는 것을 그 면제 조건으로 규정하고 있는바, 그 유예기간(4년)내에는 면제한 취득세 등을 추징할 수 없다고 보는 것이 타당하다고 할 것인바, 기업부설연구소 설치 이전에 다른 용도로 일시적 사용은면제한 취득세의 추징대상에 해당되지 않는다 할 것이므로(행정안전부지방세운영과-2426, 2013.9.29.), 처분청이 쟁점토지의 유예기간 종료(2017.12.2.) 이전에 기업부설연구소 용도가 아닌 다른 용도로 사용하였다고 보아 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이라고 판단된다.
3. 심리 및 판단
① 기업부설연구소를 신축하기 위하여 취득한 토지를 유예기간 내에 다른 용도로 사용한 것으로 보아 그 기간이 경과되기 전에 면제한 취득세 등을 추징한 처분의 당부
② 가산세를 부과한 처분의 당부
(1) 지방세특례제한법(2013.8.6. 법률 제11999호로 개정된 것) 제46조【연구개발 지원을 위한 감면】대통령령으로 정하는 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내인 것으로 한정한다. 이하 이 항에서 같다)에 대하여는 취득세를, 과세기준일 현재 기업부설연구소용에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세를 각각 2014년 12월 31일까지 면제한다.다만, 연구소 설치 후 4년 이내에 정당한 사유 없이 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세를 추징한다.
(2) 지방세특례제한법 시행령(2013.6.28. 대통령령 제24638호로 개정된 것) 제23조【기업부설연구소】① 법 제46조 제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 기업부설연구소”란 토지 또는 건축물을 취득한 후 4년 이내에기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률제14조 제1항 제2호에 따른 기준을 갖춘 연구소로서 같은 법 시행령 제16조에 따라 미래창조과학부장관에게 신고하여 인정을 받은 것을 말한다.
(3) 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 제14조【특정연구개발사업의 추진】① 미래창조과학부장관은 기초연구의 성과 등을 바탕으로 하여 국가 미래 유망기술과 융합기술을 중점적으로 개발하기 위한 연구개발사업(이하 “특정연구개발사업”이라 한다)에 대하여 계획을 수립하고, 연도별로 연구과제를 선정하여 이를 다음 각 호의 기관 또는 단체와 협약을 맺어 연구하게 할 수 있다. 이 경우 제2호의 기관 중 대표권이 없는 기관에 대하여는 그 기관이 속한 법인의 대표자와 협약할 수 있다.
2. 연구 인력·시설 등 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 기업부설연구소 및 기업의 연구개발전담부서
(4) 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령 제16조【특정연구개발사업 참여기관 등의 기준】① 법 제14조 제1항 제2호에서 “연구 인력·시설 등 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 기업부설연구소”란 다음 각 호의 구분에 따라 해당 연구소에서 근무하는 연구전담요원을 늘 확보하고 미래창조과학부령으로 정하는 세부기준에 적합한 연구시설을 갖춘 기업부설 연구기관으로서, 미래창조과학부령으로 정하는 사항을 신고하여 미래창조과학부장관의 인정을 받은 기관을 말한다. (이하 생략)
(5) 지방세법(2013.1.1. 법률 제11617호로 개정된 것) 제20조【신고 및 납부】① 취득세 과세물건을 취득한 자는 그 취득한날부터 60일[상속으로 인한 경우는 상속개시일이 속하는 달의 말일부터,실종으로 인한 경우는 실종선고일이 속하는 달의 말일부터 각각 6개월(납세자가 외국에 주소를 둔 경우에는 각각 9개월)] 이내에 그 과세표준에 제11조부터 제15조까지의 세율을 적용하여 산출한 세액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고하고 납부하여야 한다.
(6) 지방세기본법(2013.1.1. 법률 제11616호로 개정된 것) 제53조【가산세의 부과】① 지방자치단체의 장은 이 법 또는 지방세관계법에 따른 의무를 위반한 자에게 이 법 또는 지방세관계법에서 정하는 바에 따라 가산세를 부과할 수 있다. 제53조의2【무신고가산세】① 납세의무자가 법정신고기한까지 지방세관계법에 따라 산출한 세액(이하 “산출세액”이라 한다)을 신고하지 아니한 경우에는 산출세액의 100분의 20에 상당하는 금액을 가산세로 부과한다. 제54조【가산세의 감면 등】① 지방자치단체의 장은 이 법 또는 지방세관계법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제26조제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 해당 의무를 이행하지 아니한 정당한 사유가 있을 때에는 그 가산세를 부과하지 아니한다.
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다. (가) 청구법인은 2001.3.5. OOO를 본점소재지로 하고, 반도체 제조용 장비 등의 제조를 목적사업으로 하여 설립 되었다. (나) 청구법인이 2013.12.3. 이 건 토지를 취득한 후, 같은 날 처분청에 제출한 취득세 신고서 및 지방세감면신청서에는 그 산출세액이기재되어 있지 아니할 뿐만 아니라 지방세감면신청서의 ‘감면신청사유’에는 ‘지식산업센터 관련 조항인산업집적활성화 및 공장설립에 관한법률제28조의5 제1항 제1호 및 제2호’가 기재되어 있으며, 그 증빙으로이 건 토지전부를 기업부설연구소의 건축부지로 사용하겠다는 취지의사용목적확인서(대표이사 작성, 2013.11.21.)가 첨부되어 있다. (다) 처분청은 청구법인의 취득세 감면신청에 따라 청구법인이 이 건토지를 기업부설연구소용으로 직접 사용하기 위하여 취득한 것으로 보아 취득세를 면제하였다. (라) 한편, 청구법인은 2014.8.5. 이 건 토지의 바로 옆에 소재하는 OOO에 <표1>과 같이 본점용 건축물(지하 1층, 지상 5층, 2,859.96㎡, 이하 “이 건 본점”이라 한다)을 신축하고, 청구법인의 본점을 이전하였으며, 2014.9.29. 미래창조과학부장관으로부터 이 건 본점의 3층(507.51㎡)을 기업부설연구소로 인정받았다. <표1> 이 건 본점의 용도 및 면적 현황 구 분 용도 면적 비고 지하 1층 주차장, 계단실, 펌프실 등 573.55 1층 기타 공장, 계단실, 화장실 등 478.37 2층 기타 공장, 계단실, 화장실 등 507.51 3층 기업부설연구소 (공장 등) 507.51 4층 기타 공장, 계단실, 화장실 등 507.51 5층 기타 공장, 계단실 등 285.51 합 계 2,859.96 (단위: ㎡) (마) 청구법인은 2015.4.30. 이 건 본점의 1층(430.7㎡)을 주식회사 OOO에게 임대하는 내용의 임대차계약을 체결하였으며, 그 임대차계약의 주요 내용은 아래 <표2>와 같다. <표2> 이 건 본점 관련 임대차계약서 임대차계약서 제1조【임대물건의 표시】 본 계약에 따라 임대인이 임차인에게 임대하는 물건(이하 “임대물건”)은 다음과 같다.
1. 건물:OOO1층 430.7㎡ 제2조【임대차 기간】제1조의 임대물건 중 건물의 임대차기간은 2015년 5월 6일부터 2015년 8월 3일로 하되, 계속 사용시 추후 협의하기로 한다. 제3조【임대보증금 및 임대료】제1조의 임대물건 중 건물, 주차장에 대한 임대료는 일금 OOO원으로 하고, 선입금한다. 단 부가가치세 별도 2015.4.30. 임대인: 주식회사 OOO 임차인: 주식회사 OOO (바) 한편, 임대차계약서의 제1조에는 임대물건을 이 건 본점의 1층430.7㎡만을 규정하고 있으나, 처분청의 제시한 이 건 토지의 현장 사진에서 이 건 토지에 설치한 펜스 및 그 출입문에 OOO주차장’이라는 안내문 등이 부착된 사실이 확인되는 것으로 보아 임대차계약서 제3조의 주차장은 이 건 토지를 말하는 것으로 보인다. (사) 처분청 세무공무원은 2016.8.5. 및 2016.11.22. 이 건 토지를 현지 확인하고 작성한 출장복명서의 주요 내용은 아래 <표3>과 같다.
○ 2016.8.5. 출장시와 현황이 같고, OOO(쟁점토지)에는 직원차량 등이 주차 되어있으며, 창고 등으로 사용 중인 가설건축물(27㎡)이 있어서 확인결과 2014.9월경 이전 본사인 OOO에서 사용 중이던 건축물을 옮겨왔고 현재 신고 되지 않은 위반건축물로 확인됨
○본사건물인 OOO는 지하 1층부터 지상 5층까지 건물(본점용건축물)이며, 그 사용현황은 아래와 같음
• 지층 주차장(건축물대장상 주차허가대수 9대)
• 1층 공실(2015년 5월부터 약 3개월간 OOO접수처로 임대)
• 2층 임대
• 3층 OOO기업부설연구소
• 4층 OOO본사
• 5층 체력단련실 및 식당
○ 2015년 11월경 OOO의 자동주차차단기 설치과정을 설치업체에서 블로그에 게시하여 홍보한 사항으로 주차시설이 확인되며, 아울러 사무실에서 인터폰 및 수동스위치 통제도 가능한 것으로 확인되는 등 주차장으로 사용하기 위한 차단기 설치로 판단됨. <표3> 처분청의 출장복명서
(2) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다. (가)지방세특례제한법제46조에서 대통령령으로 정하는 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내)에대하여는 취득세를2014.12.31.까지 면제하되,연구소 설치 후 4년 이내에정당한 사유 없이 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당부분에 대하여는 면제된 취득세를 추징한다고 규정하고 있고, 같은 법시행령 제23조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 기업부설연구소”란 토지 또는 건축물을 취득한 후 4년 이내에기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률제14조 제1항 제2호에 따른 기준을 갖춘 연구소로서 같은 법 시행령 제16조에 따라 미래창조과학부장관에게 신고하여 인정을 받은 것을 말한다고 규정하고 있다. (나) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대,지방세특례제한법 시행령제23조 제1항에서 ‘기업부설연구소’란기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률제14조 제1항 제2호에 따른 기준을 갖춘 연구소로서 같은 법 시행령 제16조에 따라 미래창조과학부장관에게 신고하여 인정을 받은 것을 말한다고 규정하고 있으나, 청구법인은 이 건 토지의 옆에 소재하는 이 건 본점의 3층을 기업부설연구소로 인정받았을 뿐 이 건 토지는 기업부설연구소로 승인받은 사실이 없는 점,지방세특례제한법제46조 본문 괄호에서 기업부설연구소의부속토지를 건축물 바닥면적의 7배 이내로 한정하고 있는 것으로 보아 건축물을 신축하기 이전의 나대지는 기업부설연구소용 부동산에 해당되지 않는다고 보이는 점, 이 건 토지는 청구법인이 수익적용도에 사용 중이므로 당초부터 기업부설연구소용도에 공여하지 않은것으로 보아야 하는 점, 특정 부동산을 일시적으로 해당 기업의 본연의업무에 사용하다가 그 취득일부터 4년 이내에 기업부설연구소용으로 사용하는 경우에는 취득세를 감면할 수 있다 하더라도 이 건 토지는 청구법인의 본연의 업무에 사용한 것이 아니라 당초부터 제3자에게임대하고 있는 점, 청구법인은 이미 기업부설연구소를 운영하고 있는바 이 건 토지를 그 취득일부터 4년 이내에 기업부설연구소 용도로 사용할지 여부가 불분명한 점 등에 비추어 이 건 토지는 청구법인의 기업부설연구소용 부동산에 해당되지 않는 다 할 것이므로 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
(3) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다. (가)지방세법제21조 제1항에서 취득세납세의무자가 신고 또는납부의무를 다하지 아니하면 산출세액 또는 그 부족세액에지방세기본법제53조의 2부터 제53조의 4까지의 규정에 따라 산출한 가산세를 합한 금액을 세액으로 하여 보통징수의 방법으로 징수한다고 규정하고 있고,지방세기본법(2014.1.1. 법률 제12152호로 개정된 것) 제53조의2 제1항은 납세의무자가 법정신고기한까지 산출세액을 신고하지 아니한 경우에는 산출세액의 100분의 20을 무신고 가산세로, 부과한다고 규정하고 있으며, 제54조 제1항에서 지방자치단체의 장은 가산세 부과의 원인이 되는 사유가 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 해당 의무를 이행하지 아니한 정당한 사유가 있을 때에는 그 가산세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있다. (나) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대,지방세기본법제53조의2 제1항에서 납세의무자가 법정신고기한까지 산출세액을 신고하지 아니한 경우에는 산출세액의 100분의 20에 상당하는 금액을 가산세로 부과한다고 규정하고 있는 점, 위 (2)와 같이청구법인은 이 건 토지에 대하여 미래창조과학부장관으로부터기업부설연구소(부동산)로 승인받은 사실이 없음에도 그 용도로 취득세 감면 신청을 하여 취득세 등을 면제받은 점, 설령 청구법인이 관련 법령 등을 착오하여 이 건 토지를 취득세 등이 면제되는 기업부설연구소용 부동산에 해당하는 것으로 알았다 하더라도 법령의 부지 또는 착오 등의 사유는지방세기본법제54조 제1항의 가산세를 면제할 만한정당한 사유에 해당된다고 보기 어려운 점 등에 비추어 처분청이 청구법인에게 가산세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로지방세기본법제96조 제4항과국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에의하여 주문과 같이 결정한다.