쟁점법인이 쟁점감면 대상인 영농조합법인에 해당하는지 여부는 단지 법인 설립 등과 같은 외형만을 가지고 볼 것이 아니고 당해 영농조합법인의 설립 경위, 조합원들이 실제 농업에 종사하는지 여부등을 종합적으로 참작하여 감면요건에 해당하지 아니하는 것으로 보이므로 처분청이 청구인들이 신청한 쟁점감면을 부인하고 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없음.
쟁점법인이 쟁점감면 대상인 영농조합법인에 해당하는지 여부는 단지 법인 설립 등과 같은 외형만을 가지고 볼 것이 아니고 당해 영농조합법인의 설립 경위, 조합원들이 실제 농업에 종사하는지 여부등을 종합적으로 참작하여 감면요건에 해당하지 아니하는 것으로 보이므로 처분청이 청구인들이 신청한 쟁점감면을 부인하고 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없음.
심판청구를 기각한다.
2. 청구인들 주장 및 처분청 의견
(1) 쟁점농지 중 4년 이상 경작요건을 미충족하여 쟁점감면 대상 농지에 해당하지 않는 OOO(청구인 OOO, 청구인 OOO)를 제외한 쟁점농지의 나머지 필지에 대해 과세한 양도소득세를 취소하여야 한
(2) 처분청은 청구인들이 출자농지에 대한 평가액을 부풀려 양도소득세를 면제받기 위해 형식적으로 조합을 설립하였다고 하나, 청구인들이 제시한 토지평가액이 창립총회(등기서류) 및 사업자등록서류 등에 기재된 가액과 서로 다르다는 사실만으로 이를 조합설립과 연계하는 것은 무리가 있다. 영농조합법인에 현물출자하는 농지가액의 결정은 감정평가 대상이 아닌 창립총회에서 정하여지는 것으로 농어업경영체법 시행령 제10조 (조합법인에 대한 출자) 제1항에서는 “영농조합법인의 조합원이 정관에서 정하는 바에 따라 농지, 현금 및 그 밖의 현물로 출자할 수 있다”라고 규정하고 있다. 따라서, 현물출자의 구체적인 방법은 정관의 규정에 따라야 할 사항으로서 정관 제15조 제2항에는 부동산의 현물출자액은 “창립총회에서 정하는 평가율에 의하여 환가한다”라고 되어 있어 별도의 “감정평가사의 평가”를 받을 의무는 없다. 그러므로 영농조합법인 창립총회 의사록(제5안: 현물출자에 대한 출자 좌수 산정의 건)에서 정해진 금액이 처분청의 주관적인 판단으로 과다하거나 과소하게 평가되었다고 하더라도 영농조합법인 창립총회 의사록이 정관규정을 따라 정해진 것이라면 영농조합법인의 법인설립요건에는 부합된다. 쟁점법인 창립총회에서 출자농지의 평가금액을 공시지가의 130%로 정하기는 하였으나, 이는 오히려 시가에 크게 못 미치는 수준으로 과소평가되었다. 공시지가의 130%는 시가 대비 공시지가 비율인 167% OOO에 비해 37%가 과소평가된 것이다. (가) 쟁점농지에 대한 평가액이 창립총회시 의결한 가액(공시지가 의 130%), 법인설립시 등기소에 제출한 가액 및 사업자등록시 세무서에 제시한 가액이 서로 다른 것은 수수료 결제에 불만(대금 완불하지 못하여 현재까지 법인설립서류를 반환받지 못함)을 품은 컨설턴트 OOO이 임의대로 제시하였기 때문이다. 청구인들은 2015.4.9. 농업법인의 최고 전문가를 자칭하는 OOO과 OOO의 컨설팅계약을 체결하고, OOO으로부터 영농조합법인의 장점과 함께 쟁점농지를 현물출자해도 양도소득세 및 취득세가 면제되어 부담이 없다는 컨설팅을 받고 쟁점법인을 설립하기로 하고 모든 업무를 OOO에게 일괄 대리하도록 하였는바, 법인설립에 앞서 개최된 영농조합법인 창립총회에서 청구인들의 쟁점농지 현물출자 평가액을 공시지가의 약 130%로 하기로 하였고, OOO의 경우에는 현물출자 물품에 대해 현장 실사를 통해 각 품목별로 당시의 시가 수준으로 정하기로 의결하였다. 이후 청구인들은 자금사정이 좋지 않아 OOO에 대한 컨설팅비용 중 OOO만 지급하고 현재 미지급상태이며, 법인설립과 관련된 주요 서류를 OOO이 보관하고 있기에 청구인들은 관공서에 제출한 출자금액이 각각 다르다는 사실을 전혀 몰랐고, 처분청의 세무조사 과정에서 알게 되었는바, 쟁점농지1의 경우 <표3>에서 보는 바와 같이 공시지가 등 대비 0.7배 ∼ 6배, 청구인 OOO의 가족OOO 지분은 OOO이고, 쟁점농지2의 경우 <표4>에서 보는 바와 같이 공시지가 등 대비 OOO, 청구인 OOO의 가족(妻OOO, 子OOO) 지분은 OOO 등 일관성 없고 비현실적으로 잘못 표기되었음을 확인하였다. 위 출자내용이 당초 창립총회에서 의결한 것과 달리 OOO이 어떤 이유와 근거로 그렇게 하였는지는 알 수 없으나, 단지 수수료 결제에 불만을 품고 한 것으로 판단하고 있으며, 청구인들은 각 주주별 출자금액을 당초 창립총회에서 의결한 내용을 반영하여 수정하였고, 위의 내용대로 변호사를 선임하여 적법한 절차를 거쳐 정상화할 예정이다. (나) 처분청은 청구인들이 쟁점농지에 대한 평가액을 고의적으로 부풀렸다고 하나, OOO이 세무서에 제시한 자료에 의하면, 출자자의 지분율도 높거나 낮은 등 제각각 다르고 일관성이 없는데, 이는 오히려 고의성이 없다는 점을 반증하는 것이라고 할 수 있는바, 정상적이고 감면목적이라면 지분율이 달라질 이유가 없다. OOO이 세무서에 제출한 출자현황을 보면, 당초 등기소에 제출하였던 금액보다 크게 하향하여 제출하였는데, 쟁점법인1의 경우 창립총회 의결(1.3배) 대비 청구인 OOO은 0.7배, 청구인 OOO은 1.6배로, 공시지가 대비 각각 1배, 2.1배, 쟁점법인2의 경우 청구인 OOO은 3.3배, OOO과 OOO은 마이너스 0.7배와 0.9배이고, 공시지가에 대비하면 청구인 4.2배, OOO과 OOO은 각각 1.0배, 1.1배로 제출되었다. 처분청은 OOO이 창립총회에서 정한 금액(1.3배)을 염두에 둔 것으로 이러한 평가수준을 두고 쟁점법인1의 설립목적이 양도소득세 면제를 받기 위해 설립된 것으로 보는 것은 무리한 해석이다. (다) 처분청은 쟁점법인2의 조합원들이 현물출자한 토지를 취득할 때부터 토지수용에 따른 양도소득세를 탈루할 의도로 취득하였고 실제로 토지의 상당부분이 수용되었기 때문에 쟁점법인2는 영농목적으로 설립된 것이 아닌 세금감면을 목적으로 설립되었다고 하나, 당초 OOO간 고속도로 공사구간 사업계획에는 쟁점농지2는 전혀 포함되지 않았다가 OOO이 OOO의 위치를 북쪽으로 대거 이동하는 기본설계를 변경하여 Turn Key 입찰하고 2016.7.13. 낙찰자로 확정되면서 쟁점농지2가 갑자기 OOO으로 변경·확정되어 “수용대상”으로 편입되었고, 2016.9.8. OOO으로부터 “OOO간 고속도로 도로구역 결정을 위한 토지소유자 및 관계인 의견청취”안내문을 수령하면서 처음 쟁점농지2가 수용된다는 사실을 알게 되었다. 즉 조합원들은 쟁점법인2의 설립일(2015.5.7.)로부터 1년 4개월 후에 수용대상임을 처음 통보받았는데 처분청은 쟁점법인2의 인근을 지나가는 OOO간 고속도로 공사구간 전체의 수용계획에 처음부터 쟁점농지2가 포함되어 조합원들이 사전에 알고 쟁점농지2를 취득 및 현물출자한 것처럼 해석하고 있으나 쟁점법인2의 실질적인 토지수용시기를 간과하여 오판한 것이다. 더구나 쟁점농지2의 경우 2016.9.8. OOO으로부터 OOO간 고속도로 건설과 관련하여 안내문을 수령한 후 쟁점농지2 중 일부가 OOO 나들목 구역으로 수용된다는 사실을 알게 되었고, 이에 조합원 일동을 포함한 인근 지주 10명은 재산권을 지키기 위해 이에 반대하고, 약 3,800명의 반대서명을 받아 진정서를 제출하는 등의 노력을 기울였으나 받아들여지지 않았다. 이에 따라 쟁점농지2의 나머지 토지는 도로로 포위되어 사실상 맹지가 됨으로써 농지로서의 기능을 상실하게 되어 청구인 OOO은 엄청난 재산적 피해를 입게 되었다. 쟁점법인1의 경우 영농조합법인의 형식을 빌어 양도소득세 감면 등 조세회피 목적을 위한 것이라면, 2년이 지난 지금까지 1필지라도 매각되거나 증여된 사실이 있어야 할 것이나, 지금까지 현물출자된 농지들에 대해 어떠한 개발계획도 발표되거나 예상된 사실이 없고, 소문도 난 사실이 없다. (라) 청구인 OOO, 청구인 OOO은 쟁점법인 설립 전인 2011∼2012년에 현물출자한 토지들을 담보로 은행에서 대출가능 한도액OOO까지 대출을 받아 현재까지 상환하지 못하고 있는바, 원리금이 연체될 경우 경매처분될 수 있는 위기상황에서 예측 불가능한 미래의 지가상승만을 기대하고 한가롭게 영농조합법인을 설립한다는 것은 비상식적이라 할 것이고, 다양한 사업들을 할 수 있는 영농조합법인의 설립은 청구인들에게 절박한 선택이었다. 청구인 OOO이 당초 쟁점농지1을 취득할 때 청구인의 필요에 따라 대출을 받았는데 이는 4년 후에 쟁점법인1을 설립한 것과는 아무런 관련이 없는 것이고, 해당 대출금을 쟁점법인1에 승계하지 않고 청구인 OOO이 개인적으로 계속 상환해 오고 있는데 이를 두고 처분청이 대출원금으로 향후 세부담을 줄이고자 하는 의도로 쟁점법인1을 설립한 것이 아닌지 의심스럽다고 하는 것은 아무런 근거가 없는 억지 주장일 뿐이다. (마) 처분청은 청구인 OOO과 청구인 OOO을 제외한 조합원들이 창립총회 의사록에 막도장을 날인한 것과 쟁점법인의 정관에 조합원들의 날인이 누락되었다며 법인의 설립절차에 문제가 있다고 지적하였으나, 2015.5.7. 법인설립 등기 신청시 등기소에 제출된 창립총회 의사록과 정관, 주주명부등은 법무법인 OOO로부터 공증을 받은 후 제출되었는데 여기에는 출자 조합원 전원이 창립총회 의사록과 정관에 인감도장을 누락하지 않고 정상 날인되었다. (바) 처 분청은 법인설립시 조합원이 직계가족 및 친인척으로 구성되어 영농조합법인의 설립취지에 부합하지 않는다고 하나, 영농조합설립에 직계가족 또는 친인척을 배제해야 한다는 규정이 없고, 농업식품기본법 제24조 에서는 가족 농가를 오히려 적극 지원하도록 규정하고 있으며 친인척의 경우 타인보다 신속한 의사결정에 장점이 크므로 협업적 농업경영을 위해 조합원을 친인척으로 구성하게 되었다. 쟁점농지는 자연녹지 지역 및 개발제한구역에 해당하여 건축물의 건축 등 재산권의 제한을 받고 있다. 쟁점법인은 단순 농사일밖에 할 수 없는 쟁점농지1의 활용상의 한계를 해소하고 협업적 농업경영을 통해 생산성을 높이며, 신사업 추진으로 조합원의 소득증대 극대화를 목적으로 하고 있다. (사) 처분청은 농업소득의 규모 등으로 보아 전문적인 농업경영을 한 것으로 보기 어렵다고 하나, 영농조합은 농사뿐만 아니라 농업과 관련된 체험학습장, 양봉, 귀뚜라미 양식, 농산물 가공공장운영 등도 농업범위에 포함된다는 사실을 간과한 것으로 판단된다. 청구인들은 쟁점법인의 쟁점농지에 대한 경작현황 및 신사업추진현황에 대해 자세히 진술한 바 있고, 이는 쟁점법인이 쟁점농지를 실제 관리․이용하지 않았다면 불가능한 일이라 할 것이다. 쟁점법인2의 경우 OOO로부터 OOO을 지원받아 누구나 참여가능한 영농체험학습장을 개설하여 농장견학 및 영농교육을 실시하고 있고, OOO로부터 4계절 생산 가능한 커피재배용 유리온실(300평)을 시공지원OOO 받기로 하고 사업진행 중 2016.12.9. 도로구역결정고시로 인한 쟁점농지2의 수용이 확정되어 중단하게 되는 등 다른 적합한 사업들을 찾기 위해 노력중이다. 처분청은 쟁점농지1에 드문드문 작물이 심어져 있고, 전문적인 농업경영을 한다고 보기 어려운 상태라는 의견이나, 청구인 OOO은 농지전반을 휴경면적 없이 꼼꼼하게 각종 농산물을 재배하고 있으며, 관리관청OOO에서도 매년 1∼2회 휴경여부를 실사하여 휴경을 할 경우 강제매각을 하고 있어 휴경을 할 수 없다. 쟁점법인1의 목적사업으로 추진하였던 승마사업은 농어업경영체법에서 영농조합법인의 사업범위로 정하고 있는 농어촌 관광휴양사업의 범위에 포함되는 사업으로, 처분청이 쟁점법인1의 승마사업 추진을 이유로 쟁점법인1 목적이 농업경영이 아니라고 하는 것은 틀린 주장이다. 단기간에 성과를 창출하기 어려운 영농조합법인의 특성에도 불구하고 청구인들은 쟁점법인 설립 후 수익창출을 위해 다양한 노력을 기울여 왔고, 그 결과 쟁점법인의 2015 ∼ 2017년 매출액은 매년 2배씩 증가하고 있는 추세이다.
(1) 쟁점법인은 농어업경영체법 제16조 의 요건을 충족하지 아니하였으므로 조특법상 감면대상 법인에 해당하지 아니한다. 조특법 제66조 제4항에서 대통령령이 정하는 농업인이 농지 또는 초지를 영농조합법인에 현물출자함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 감면한다고 규정하고 있고, 같은 조 제1항은 제4항에서 규정하는 영농조합법인을 농어업경영체법에 따른 영농조합법인으로 규정하고 있으며, 농어업경영체법 제16조 제1항 은 협업적 농업경영을 통하여 생산성을 높이고 농산물의 출하․유통․가공․수출 등을 공동으로 하려는 농업인 5인 이상을 조합원으로 하여 영농조합법인을 설립할 수 있다고 규정하고 있고, 같은 법 제2조에서 “농업인”이란 농업식품기본법 제3조 제2호 에 따른 농업인으로 규정하고 있으며, 같은 법 제17조 제1항은 영농조합법인은 농업인 중 정관으로 정하는 자를 조합원으로 한다고 규정하고 있고, 제2항은 농업인이 아닌 자로서 대통령령이 정하는 자는 정관이 정하는 바에 따라 영농조합법인에 출자하고 준조합원으로 가입할 수 있다고 규정하고 있는바, 청구인들은 농지원부 및 농업경영체등록과 농지취득자격증명서에 의해 OOO, OOO를 제외한 쟁점조합원이 모두 농업인에 해당한다고 주장하나, 청구인들이 제시한 자료는 농지관리 및 농업정책의 효율적 추진을 위해 작성한 자료일 뿐으로 농업인임을 증명하는 효력이 없을 뿐만 아니라 경작 여부의 확인․조사없이 청구인들의 신청 및 진술만으로 작성될 수 있으므로 해당 기관에서 관련 서류를 작성하였다는 사실만으로 조합원들이 농업인임이 입증되는 것은 아니며, 농업인에 해당하는지 여부는 농작업 종사여부 등 사실관계로 판단해야 할 것이다. 청구인들은 OOO, OOO 등의 농업인 확인서 제출 경위 등을 제시하고 있으나, 그 내용이 처분청의 조사내용과는 달라 그들이 상용근로자가 아니라 농업인으로 인정할 수 있을 정도라고 보기 어렵고, OOO의 경우 청구인 OOO과 가족농이라면 그 농가소득으로 그 간의 생계를 해결하였는지 여부를 밝혀야 할 것이다. 청구인들은 쟁점법인의 조합원을 배우자, 아들, 사촌 등 친족으로 구성한 것이 신뢰관계, 경영권 보호, 인감증명서 징구의 편의성 등을 이유로 들고 있으나, 쟁점법인 설립 이후 매출이 소액에 그치고 있고, 그나마 실제 발생한 매출인지 의심스러울 정도의 경영성과, OOO 등이 영농에 기여하였다 하더라도 주말농장에서의 텃밭가꾸기 활동 정도에 그치는 점 그리고 친족으로 구성된 조합원들의 구성 등에 비추어 볼 때 쟁점법인이 과연 농업경영을 목적으로 설립되었다고는 보기 어렵다. (가) OOO의 경우 금융기관에서 상무이사로 근무하는 고액급여소득자로, 1,000㎡ 이상의 농지를 경영 또는 경작한다고 보기 어렵고, 1,000㎡ 이상의 농지를 소유한 사실 외에는 농업인임을 입증할 만한 객관적인 증빙의 제시가 없다. 또한 쟁점법인1에 출자하였다는 농막과 관련하여 OOO의 소유인지 여부 및 출자가액의 평가에 대한 근거가 없고, 농기계의 구입처로 제시된 OOO의 대표 OOO는 농기계를 청구인 OOO에게 판매한 것이지 OOO에게 판매한 것은 아니라고 진술하여 OOO은 쟁점법인1에 출자한 자산이 없는 것으로 보인다. 청구인들은 농림축산식품부 OOO 민원 답변을 통해 OOO이 농업인이라고 주장하나, 답변을 보면, 청구인들의 주장과 달리 농업식품기본법 시행령 제3조 에서 각 호의 어느 하나에 해당하면 농업인으로 보고 있으므로 하나의 호에 해당한다면 다른 호의 요건을 충족할 필요가 없다는 내용일 뿐, OOO이 농업인에 해당한다고 답변한 것은 아니라는 것을 해당 부처에 유선으로 확인하였다. 청구인들은 농업식품기본법 시행령 제3조 제1항 제1호 에서 “1천제곱미터 이상의 농지를 경영하거나 경작하는 사람”을 농업인으로 규정하고 있으므로 경작일수와는 무관하게 OOO이 농업인에 해당한다고 주장하나, 경영 또는 경작의 의미는 실질적으로 농작업에 종사하는지 여부를 의미하는 것이고, 만약 청구인들의 말대로 경작일수가 전혀 무관하다면 관련 법령은 “1천제곱미터 이상의 농지를 소유한 자”로 규정하였을 것이다. 만약 청구인들의 주장대로 법령을 해석한다면 일정한 경작요건을 갖춘 농업인 1인이 1천제곱미터 이상의 농지를 소유한 비농업인 4명 이상과 영농조합법인을 설립할 경우에는 양도소득세 감면이 가능하다는 것인데 이는 관련 법령이 형해화되어 법적 의미를 잃게 될 것이다. (나) 쟁점조합원 중 OOO은 전업주부로서 농업인에 해당하지 아니한다. 세무조사시 청구인 OOO은 OOO이 전업주부라고 진술하였고, OOO에게 월 OOO 이상의 부동산임대수입이 있는 것으로 확인되는 반면, 농지를 경영 또는 경작한 사실은 확인되지 아니한다. 청구인들은 OOO이 청구인 OOO과 같이 농사일을 하고 있고, 연중 대부분(80%)을 쟁점법인2 내의 농막을 겸한 살림집에서 기거 및 숙식을 하면서 농사일을 하고 있다고 주장하나, 청구인 OOO과 OOO의 실거주지는 OOO로 확인되고, 청구인 OOO 및 청구인 OOO 세명 모두 건강보험료 등으로 인해 OOO에 위장전입한 것으로 진술한 바 있으며, 쟁점법인2 내 농막에는 OOO이 단독으로 생활하는 것으로 확인되었다. (다) OOO에 거주하고 있는 OOO이 쟁점법인 설립 후 계속하여 농어업경영체법 제16조 제1항 의 협업적 농업경영을 하였다는 주장은 납득하기 어렵다. OOO이 쟁점법인 설립시 조합원으로 참여하였을 수는 있겠으나, 거리 및 시간상의 제약으로 설립 후에도 계속 쟁점법인의 농업경영에 함께 하였다고 보기 어렵고, 2012 ∼ 2018년 기간 중에는 OOO에서 OOO의 사용인으로서 상용근로자로 근무한 사실이 확인되므로 농업인으로 보기 어렵다. (라) 청구인들은 쟁점법인이 관련 법령들을 준수하여 합법적으로 설립되었고, 처분청이 쟁점법인의 설립 자체를 부인한다면 현물출자 행위도 동시에 무효화되어야 한다고 주장하나, 처분청은 쟁점법인의 법인격을 부인하는 것을 전제로 과세처분한 것이 아니라 조특법에서 정하는 감면요건을 충족하지 못한 것으로 보았다. 법인에 현물출자를 하고 그 대가로 출자지분을 취득함으로써 유상으로 소유권이 이전된 경우 양도소득세 납세의무가 있는 것이고, 원인무효 판결이나 계약의 적법한 해제 등으로 인하여 청구인들에게 소유권이 환원된 사실이 확인되지 아니하는 이 건의 경우에는 현물출자행위도 무효화되어야 한다는 주장은 받아들이기 어렵다.
(2) 청구인들은 쟁점법인의 현물출자가액을 임의로 과대평가함으로서 향후 출자자산의 양도시 발생할 양도차익을 줄여 양도소득세의 부담을 줄이기 위해 쟁점법인을 형식적으로 설립한 것에 불과하다. 쟁점법인 설립시 과세관청에 제출된 조합원들의 출자가액 합계액과 관할 등기소에 제출된 출자가액이 크게 차이가 나고 있고, 그 근거서류가 전혀 확인되지 아니하여 출자자산이 임의로 평가된 가액으로 객관적인 평가내역이 전혀 확인되지 아니한다. 청구인 OOO이 쟁점법인2에 출자하였다는 농업용 용토 미생물, 효소는 출자사실이 확인되지 아니하고, 그 가액이 OOO이라는 내용도 전혀 납득할 수 없으며, 심판청구를 제기하면서 출자내역을 농업용 용토 미생물, 효소에서 조경수로 변경하였으나 그 조경수도 청구인 OOO의 토지에 있는 것으로 청구인 OOO이 출자한 것인지도 불분명하고, 그 가액도 임의로 평가한 것으로 적정한 가액으로 보기 어렵다. 쟁점조합원 중 OOO의 경우에는 원예용 용기를 OOO으로 평가하였으나, 동 기계 등을 실제 출자한 것인지와 평가가액이 적정한지 여부에 대한 객관적 근거가 전혀 없다. 청구인들은 쟁점법인 설립 후 1필지라도 매각되거나 증여된 사실이 없고, 어떠한 개발계획이 발표된 것도 없으므로 조세회피 목적이 없다고 주장하나, 쟁점농지1이 소재한 OOO을 제외하고는 주변지역이 모두 개발되었거나 주택단지가 개발완료 단계에 있으며, 언론 등에 OOO의 개발제한구역 해제 발언 등이 보도되고 있어 현재까지 매각되지 않았거나, 당장 개발계획이 발표되지 않았다 하여 양도소득세를 고려하지 않고 쟁점법인을 설립하였다는 청구주장은 받아들이기 어렵다. 향후 양도소득세를 고려하지 않았다면 왜 출자자산의 가액을 임의로 과대계상하였는지 이해하기 어렵고, 쟁점농지1 현장탐문 당시 수익성 있는 신사업을 목표로 한다는 청구주장과 달리 쟁점농지1에는 드문드문 작물이 심어져 있을 뿐 전문적인 농업경영을 한다고 보기는 어려운 상태였다. 청구인들은 쟁점법인1 설립 후 쟁점농지1에 승마장 건설을 추진하였으나 과도한 농지훼손부담금 및 대체농지 조성비로 중도포기하였다고 주장하나, 이는 당초 쟁점법인1의 설립목적이 농업경영이 아니라는 반증이며, 조사시 현물출자에 대한 양도소득세의 감면이 없었더라도 법인을 설립하였겠느냐는 질문에 쟁점법인1 설립 전 양도소득세 및 취득세가 면제되어 부담이 없다는 컨설팅을 받고 쟁점법인1을 설립하였다고 답변한 점에서도 청구인들은 양도소득세의 감면을 목적으로 형식적으로 쟁점법인1을 설립한 것이다. 청구인들은 고액의 대출금을 상환하지 못하는 상황에서 다양한 사업을 할 수 있는 영농조합법인의 설립은 당연한 선택이라고 하나, 청구인들은 고액 대출금에 대한 부담을 지면서 추가로 농지를 취득하였고, 영농조합법인의 설립이 목적이었다면 대출일로부터 4년이나 지나 쟁점법인을 설립한 것은 이해하기 어렵고, 고액대출로 이자부담이 과중한 상태에서 당장 수익이 발생하지 않는 장기 사업을 목표로 한다는 주장은 이러한 청구인들의 주장과 배치되며, 쟁점법인의 매출은 설립 후 극히 미미하고(쟁점법인1의 수입금액은 2015년 OOO, 2016년 OOO, 쟁점법인2의 수입금액은 2015년 OOO, 2016년 OOO으로 해당 수입금액이 실제 발생하였는지도 의문이다), 법인세를 무신고하다가 세무조사 착수후 기한 후 신고하는 등 기본적인 경영관리도 하지 않았으며, 설립 후 2년이 더 지난 현재, 설립 전보다 생산성이 향상되었는지, 창출된 소득을 조합원들에게 분배하였는지, 조합원 모두 협업적 농업경영을 하고 있는지 알 수 없고, 진정으로 농업경영을 통해 생산성을 향상하고 신사업의 창출을 통해 조합원들의 소득을 극대화하기 위해 쟁점법인을 설립하였는지 의문이다.
(3) 쟁점법인2 보유 토지 중 국가에 협의취득, 수용 등의 원인으로 양도한 토지 명세는 다음 <표6>과 같다. 위와 같이 쟁점법인2 조합원들은 쟁점법인2에 현물 출자한 토지를 취득할 때부터 토지수용에 따른 양도차익과 그 차익실현에 따른 양도소득세를 탈루할 의도로 쟁점법인2에 현물출자한 것으로 추정해 볼 수 있고, 실제로 토지의 상당부분이 수용됨에 따라 쟁점법인2의 목적사업의 수행에 상당한 지장이 초래될 수 있음을 예견할 수 있었다. 그럼에도 청구인 OOO, 배우자 OOO, 아들 OOO 등이 2011.8.18. 경락, 2013.5.21., 2014.12.24. 매매 등 원인으로 토지를 취득하였고, 2015.6.30. 이를 쟁점법인2에 현물출자하였다. 수도권에 있는 고가의 농지나 임야 등을 금융회사로부터 대출받은 자금등으로 매매로 취득하여 이자를 부담하거나 농업경영을 통하여 유의적인 수익을 창출하기는 매우 곤란한 것이 현실이고, 이는 쟁점법인2의 경영성과와 재무상태를 보면 그 경영실태를 쉽게 알 수 있다. 결국 청구인들이 제시한 쟁점법인2의 사업계획도 형식적이거나 비현실적일 수밖에 없고, 수익 발생의 매출처도 불분명하다.
(1) 청구인들의 쟁점농지 현물출자와 관련하여 처분청이 제출한 청구인들의 양도소득세 신고서 주요 내역은 다음 <표7>과 같다. 청구인들은 위 양도소득세 신고서와 함께 쟁점감면에 대한 세액감면(면제)신청서를 제출하였다. (2) 청구인들과 처분청이 제출한 심리자료를 종합하면, 청구인들의 쟁점농지 지분에 대한 청구인들과 처분청의 각 평가내역은 다음 <표8>과 같다.
(3) 처분청이 제출한 쟁점농지의 등기사항전부증명서의 주요내용은 다음 <표9>와 같다.
(4) 청구인들이 제출한 쟁점법인1의 등기사항전부증명서에 의하면, 쟁점법인1의 경우 2015.5.26. 법인 성립되어 OOO를 주사무소로 하고, 영농조합법인 OOO를 법인명으로 하며, 목적을 “본 조합법인은 협업적 농림업경영을 통하여 생산성을 높이고, 농산물 공동 출하 및 유통․가공․판매․수출․체험․교육 관광 등을 통하여 조합원의 소득증대를 도모함을 목적으로 다음 각호의 사업을 부대사업으로 한다”고 하면서 “1. 농,축,수,임업에 관련된 공동시설의 조정 및 운영업” 등 사업항목들이 열거되어 있으며, 출자에 관한 사항란에 1좌당 금액이 OOO, 총 출자좌수가 OOO, 납입한 출자금의 총액이 금 OOO, 출자액의 납입방법이 현금, 부동산, 기타현물(농기계, 농임산물 저장고, 운반차량, 설비시설, 창고 종묘, 묘목, 씨앗, 농업용 용토, 효소등)을 이사회에서 정하는 납입일자에 일시 납입으로 되어 있고, 출자액의 산정방법은 현물출자액의 산정은 이사회(설립시에는 창립총회)에서 정하는 평가율에 의하여 환가하는 것으로 기재되어 있다. 또한, 쟁점법인2의 경우 2015.5.7. 법인성립되어 OOO을 주사무소로 하여 법인명을 영농조합법인 OOO로 하며, 목적은 위 쟁점법인1과 동일하고, 총 출자좌수가 OOO, 납입 출자금 총액이 금 OOO, 이사는 OOO, 청구인 OOO, 청구인 OOO, 대표이사는 OOO으로 기재되어 있
(6) 쟁점농지의 도시계획확인원을 보면, 쟁점농지는 각 필지별로 모두 자연녹지지역, 개발제한구역으로 지정된 사실이 나타난다.
(7) 쟁점조합원의 농업인 여부에 대한 청구인 제출자료 청구인들은 쟁점조합원이 모두 농업식품기본법상 농업인에 해당한다며 다음과 같은 증빙자료를 제출하였다.
① OOO 관련 ㉮ 2014 ∼ 2015년 기간 중 OOO에게 관리기, 예초기, 제초기, 고압분무기 등을 판매한 사실이 있음을 확인한다는 취지의 거래사실 확인서(확인자: OOO, 상호: OOO, 말미에 “OOO 귀하”라고 기재되어 있다) ㉯ OOO이 출자한 농막 및 농기계 사진 ㉰ 매출거래처가 OOO으로 되어 있고, 2012.5.15. ∼ 2015.6.30. 기간 중 비료 OOO을 구입한 사실이 나 타나는 거래자별매출상세내역(OOO 발행) 자료 및 해당 구입자금이 출금된 사실이 나타나는 OOO 명의 OOO계좌의 거래내역서
② OOO 관련 ㉮ OOO이 농업식품기본법 시행령 제3조 제1항 의 농업인임을 확인한다는 내용의 농업인 확인서(2017.9.25. OOO 발급) ㉯ 청구인 OOO과 OOO이 주거하는 OOO 살림집 ㉰ 청구인 OOO이 거주하는 살림집OOO ㉱ OOO에 식재한 조경수 사진
③ OOO 관련 ㉮ OOO이 소유자로 되어 있는 농지들(6필지)에 대한 OOO의 농지원부 ㉯ OOO 소유 농지 위성사진 ㉰ 2014년 1월 ∼ 2017년 8월까지의 OOO 농업용 전기 사용내역서(월 OOO대의 농업용 전력사용료 수납사실이 나타난다, 한국전력공사 발급) ㉱ OOO이 2013.3.12. OOO에 인터넷을 최초 설치한 후 매월 사용료를 납부한 사실이 나타나는 인터넷 이용계약서 및 청구요금 상세 내역서OOO ㉲ OOO이 출자하였다는 농업용 기계 사진, 2014년 ∼ 2015년 기간 중 고압분무기, 예초기, 용접기, 전정톱, 엔진톱, 전기톱, 기타 농기구(중고 포함) 등을 OOO에게 판매하였음을 확인한다는 취지의 거래사실확인서(2017.9.13. 확인자: OOO), 2015년 냉동저온창고를 OOO에게 판매하였음을 확인한다는 취지의 거래사실확인서(2017.9.4. 확인자: OOO)
(8) 청구인들은 OOO과 쟁점법인1의 설립에 관한 컨설팅계약을 체결하였다며, 청구인 OOO이 2015.4.9. OOO과 쟁점법인1의 설립 및 창업, 경영에 관한 컨설팅 계약을 체결한 것으로 되어 있는 컨설팅 계약서 사본을 제출하였다.
(9) 청구인들은 OOO이 영농조합법인의 조합원 자격요건에 대해 농림축산식품부에 질의를 한 것과 농림축산식품부에서는 답변한 내용을 다음과 같이 제출하였다.
(10) 청구인 OOO은 위 질의 답변내용과 관련하여 OOO의 농업인 여부에 대해 농림축산식품부 OOO 사무관과의 확인전화를 통해 다시 한번 이를 확인하였다며 OOO 사무관과의 통화내역을 기록한 속기록을 제출하였다. 속기록의 주요내용은 다음과 같다.
(11) 그 밖에 청구인들이 제출한 증빙자료는 다음과 같다.
① 청구인 OOO 이 각 자의 보유 농지들을 자경한 것으로 기재되어 있는 청구인 OOO․청구인 OOO․OOO․OOO의 농업경영체 등록확인서(2015.3.10. OOO이 발급),
② 청구인 OOO과 배우자 OOO이 소유주로 되어 있는 농지들(청구인 OOO 9필지, OOO 7필지)에 대한 청구인 OOO의 농지원부(1997.12.3. 최초 작성),
③ 쟁점법인의 농업경영체 등록확인서,
④ 쟁점법인의 부가가치세 과세표준증명원, <표11> 쟁점법인1의 부가가치세 과세표준 증명원(OOO 발급) <표12> 쟁점법인2의 부가가치세 과세표준 증명원(OOO 발급)
⑤ 2013.12.26. 입금자가 OOO으로 하여 OOO이 입금된 사실, 2014.4.8. 입금자가 OOO으로 하여 OOO이 입금된 사실이 나타나는 청구인 OOO 명의의 OOO의 통장사본,
⑥ 쟁점법인이 OOO를 2016.5.17. ∼ 2019.5.16.까지 특별관리임산물을 식재하는 것으로 신청한 특별관리임산물 생산신고 및 산지일시사용신고에 대해 OOO이 이를 수리하였음을 알리는 구리시장의 공문 및 특별관리임산물 생산신고확인증 사본,
⑦ 쟁점법인1이 2016.5.16. 의뢰한 OOO에 대한 생산적합성 분석에 대해 OOO이 2016.5.25. 분석결과 “적합”으로 검사한 특별관리임산물 생산적합성조사결과증명서 사본,
⑧ 쟁점법인1의 요청으로 2016년 5월부터 2016년 6월까지, 2017년 2월부터 2017년 3월까지 쟁점농지1 일대에 대한 산양산삼 모종식재, 아로니아 식재 등의 농작업을 위해 인력을 파견하였음을 확인한다는 내용의 인력업체(상호: OOO) 거래사실 확인서, 농작업 참여자들OOO의 확인서,
⑨ 2016.5.16. OOO, 2016.6.15. OOO을 묘목대금과 토양분석비용으로 각각 입금한 것으로 기재된 쟁점법인1 계좌OOO의 거래내용확인증OOO,
⑩ 2014년 11월 ∼ 2017년 8월까지 OOO에 설치된 위성TV(SKYLIFE)의 월사용료 납부확인서(가입자명: 청구인 OOO),
⑪ 2014 ∼ 2015년 기간 중 쟁점법인1로부터 아로니아 등의 묘목을 구입한 사실이 있음을 확인한다는 취지의 거래사실 확인서OOO 및 수기 거래명세표,
⑫ 쟁점법인2가 표고목 등을 구입(2016.5.2. OOO, 20174.29. OOO)한 것으로 기재된 거래명세서(구입처: OOO) 사본 2 매,
⑬ 쟁점법인2가 벌 23통을 구입(2017.3.15. OOO)한 것으로 기재된 거래명세서(구입처: OOO) 사본,
⑭ 2016.6.15. 송이박스 및 김치용 물품 OOO의 구입사실이 기재된 거래명세서(공급자: OOO, “공급받는 자”란은 공란) 및 신용카드 매출전표,
⑮ 2016.5.23. OOO 발행 신용카드 매출전표(거래금액: OOO, 거래품목 및 공급받는자 기재 없음),
⑯ 쟁점법인이 발행한 신용카드 매출전표OOO,
⑰ 쟁점농지2의 OOO간 고속도로 OOO 나들목 토지수용과 관련 ㉮ OOO이 토지소유자에게 보낸 "OOO 고속도로 도로구역 결정을 위한 토지소유자 및 관계인 의견청취 알림" 공문(2016.9.8.), OOO의 "도로구역 결정을 위한 토지소유자 및 관계인 의견청취" 공고문OOO, OOO 나들목 토지수용을 반대한다는 취지의 주민의견서(OOO 등 지주 9명 명의) 등 ㉯ 한국도로공사 OOO 및 손실보상 명세서(쟁점농지2 상의 지장물에 대한 손실보상 내역이 나타난다)
(12) 처분청이 제출한 청구인들에 대한 양도소득세 조사 종결보고서에 의하면, 처분청은 다음과 같이 조사한 것으로 나타난다. (가) 쟁점농지1 중 OOO은 과수원 진입도로, 같은 동 OOO는 4년 자경요건 미비로 농지에 해당하지 아니하고, OOO 중 일부는 전으로 농지에 해당하나 그 외 지역은 임야로 농지에 해당하지 아니하며, 나머지 토지는 현장확인결과 과수원으로 아로니아, 배농사 또는 전으로 농작물 경작사실이 확인되는 등 실제 자경사실이 확인되거나, 배 저장고, 과수원 진입도로 또는 농막 및 농기계창고 등으로 확인되어 농지로 판단하였다. (나) 처분청은 청구인들의 쟁점감면의 요건 충족여부와 관련하여 영농조합법인은 설립취지상 농업인이 아닌 자가 조합원이 될 수 없는 것이나, 쟁점조합원 중 OOO은 전업주부로 확인되고, OOO은 OOO 소재 재활용플라스틱 도소매업 사업자인 OOO에서 2012년부터 2015년까지 급여를 수령하여 농업인에 해당하지 아니하며, OOO은 금융업에서 고액급여소득자로 근무하고 있어 상시 농업에 종사할 수 없으므로 농업인에 해당하지 아니하고, OOO이 농업인임을 입증할 다른 증빙자료도 제시하지 아니하여 쟁점조합원 모두 농업인이 아니므로 쟁점법인이 감면대상 영농조합법인에 해당하지 아니한 것으로 조사한 사실이 나타난다. 또한, 쟁점법인1은 설립 후 법인세 및 부가가치세 등 무신고로 매출기록이 확인되지 아니하고, 조사 착수 후 2017.5.16. 법인세 및 부가가치세 기한후 신고를 하여 해당 내용을 검토한바, 농지보유면적에 비해 매출내역이 극히 미미하고, 쟁점법인1의 경우 승마장 건설을 고려하였으나 과도한 농지전용부담금 등으로 사업을 철회하였으며, 쟁점법인2의 경우 쟁점농지2에 각종 채소를 경작되고 있어 농지에는 해당하나 경작된 농산물이 수익성이 없는 것으로 보이고, 청구인 OOO은 쟁점농지2에서 생산된 농산물을 주변 지인들에게 나누어 주고 나면 남는 것이 없다고 진술한 점에 비추어 농업이 쟁점법인의 주된 설립목적이 아닌 것으로 조사되었다. (다) 처분청은 청구인들이 쟁점법인 설립시 쟁점농지를 과대평가하여 신고하였고, 청구인들에게 관련 서류를 요청하였으나 평가관련 서류가 없는 것으로 확인되며, 쟁점법인1의 경우 OOO은 원예용 용토, 용기를 출자하고 그 가액을 OOO으로 평가하였고, OOO은 농기구, 비료, 영양제, 농업용 특수미네랄, 효소 등을 출자하고 이를 OOO으로 평가하였으나, 실제 출자한 사실을 확인할 수 있는 객관적인 자료가 없고, 쟁점법인2의 경우 청구인 OOO이 출자하였다는 농업용 용토, 미생물, 효소 등의 출가가액 OOO에 대한 객관적인 평가근거가 없는 것으로 조사하였다. 한편, 쟁점법인2의 경우 청구인 OOO과 청구인 OOO을 제외한 조합원들은 창립총회 회의록에 막도장을 날인한 점과 쟁점법인1과 쟁점법인2의 정관에 조합원들의 날인이 누락되어 있어 설립과정이나 외관 등을 볼 때 영농을 목적으로 설립되었다고 보기 어렵고, 단지 양도소득세를 목적으로 형식적으로 설립된 것으로 판단한 사실이 나타난다. 처분청은 쟁점법인1의 쟁점조합원 3명, 쟁점법인2의 쟁점조합원 및 OOO, OOO 등 5명이 농업식품기본법 제3조 제2호 의 농업인에 해당하지 아니하여 쟁점감면의 감면요건을 충족하지 아니하였고, 청구인들이 쟁점농지의 양도가액을 임의 과대평가한 것으로 보아 추계결정에 따른 기준시가로 결정하는 것으로 조사하였다.
(13) 처분청이 제출한 청구인 OOO의 진술서OOO에서 청구인 OOO의 주요 진술내용은 다음과 같다.
(14) 처분청이 제출한 청구인 OOO의 진술서OOO에서 청구인 OOO의 주요 진술내용은 다음과 같다. (15) 청구인 OOO, 배우자 OOO 및 청구인 OOO, OOO의 주민등록 표 등초본에 의하면, 2007년 이후 청구인 OOO, OOO, 청구인 OOO, OOO, OOO의 주민등록상 주소의 변동내역은 다음 <표13․14․15․16>과 같
(17) 처분청은 OOO이 OOO 소재 재활용플라스틱 도소매업 사업자인 OOO에서 2012년부터 2015년까지 급여를 수령하여 농업인에 해당하지 아니한다며 OOO에게 OOO에서 발생한 근로소득 2013년 OOO, 2014년 OOO, 2015년 OOO이 발생한 사실이 나타나는 국세청 전산조회자료를 제출하였다.
(18) 이 건 처분과 관련하여 처분청이 제출한 양도소득세 경정결의서에 나타나는 경정내역은 다음 <표18>과 같다.
(19) 청구인들과 처분청이 제출한 OOO 고속도로 사업추진경위 및 계획은 다음 <표19>와 같다.
(20) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인들은 쟁점법인이 양도소득세 감면목적이 아닌 관련법령에 의해 농업을 목적으로 정상적으로 설립된 영농조합법인이고, 쟁점조합원들은 농업식품기본법상의 농업인에 해당하므로 쟁점감면을 부인한 처분은 부당하다고 주장하나, 조특법에서는 농산물시장의 개방으로 어려움을 겪고 있는 농촌경제의 현실을 감안하고 국내 농업의 경쟁력을 강화하기 위해 농업분야에 대한 여러 가지 조세지원을 하고 있고 있는데, 그 중 하나로 조특법 제66조 제4항 및 같은 법 시행령 제63조 제4항에서는 농업식품기본법에 따른 농업인이 실제 경작에 사용하던 농지등을 농어업경영체법에 따른 영농조합법인에 현물출자함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 100% 감면하도록 규정하고 있다. 한편, 농어업경영체법에서는 농업식품기본법에 따른 농업인 5인 이상을 조합원으로 하여 영농조합법인을 설립할 수 있다고 정하고 있으며(농어업경영체법 제2조 제1호, 제16조 제1항), 농업식품기본법 제3조 제2호 및 같은 법 시행령 제3조에서는 1천제곱미터 이상의 농지를 경영․경작하는 사람, 농업경영을 통한 농산물의 연간 판매액이 120만원 이상인 사람 또는 1년 중 90일 이상 농업에 종사하는 사람이거나, 영농조합법인의 농산물 출하․유통․가공․수출활동에 1년 이상 계속하여 고용되거나 또는 농업회사법인의 농산물 유통․가공․판매활동에 1년 이상 계속하여 고용된 사람을 농업인으로 규정하고 있다. 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다OOO. 쟁점법인이 쟁점감면 대상인 영농조합법인에 해당하는지 여부는 단지 법인 설립 등과 같은 외형만을 가지고 볼 것이 아니라 당해 영농조합법인의 설립 경위, 조합원들이 실제 농업에 종사하는지 여부, 설립 후 법인운영 현황, 거래 규모와 실태 등을 종합적으로 참작하여 조세감면의 혜택을 주는 것이 공평의 원칙 등에 부합하는지를 기준으로 판단하여야 할 것이다. 쟁점조합원 중 OOO의 경우 쟁점법인2에 OOO를 현물출자한 것에 대해 스스로 쟁점감면의 요건을 충족하지 아니한 것으로 인정하여 양도소득세 감면신청없이 양도소득세 신고를 한 사실이 있고, OOO이 1천제곱미터 이상의 농지를 보유하기는 하였으나, 경험칙상 금융 관련 업종에서 고액급여를 받는 계속근로자가 농지를 직접 경영․경작하였거나 1년 중 90일 이상 농업에 종사하였다고 보기는 어려워 OOO이 실질적인 농업인에 해당하지 아니한 것으로 보이는 점, OOO은 쟁점법인2에 OOO를 현물출자하고 양도소득세 이월과세신청을 하였으나 4년 자경 요건을 충족하지 못하여 양도소득세가 과세된 사실이 있고, 처분청의 조사에 의하면 OOO의 실거주지가 OOO(빌라)이며, 청구인들과 OOO 세명 모두 건강보험료 등으로 인해 OOO에 위장전입한 것으로 진술한 것으로 조사되었고, 월 OOO의 임대소득이 발생하는 OOO 소재 음식점과, 쟁점법인2에 현물출자한 OOO를 보유하는 등 고액의 자산을 보유하고 있는 OOO이 농지를 직접 경영․경작하였거나, 1년 중 90일 이상 농업에 종사하였다고 하기 어려우므로 실질적으로 농업에 종사한 농업인이라고 보기 어려운 점, OOO의 경우 본인이 보유한 OOO 소재 농지의 위성사진상으로는 농지가 잘 정리되고, 농산물이 잘 재배되고 있는 것으로 보여 OOO이 해당 농지의 경작에 직접 종사하고 있다고 볼 수 있으나, 주민등록 주소상으로 2011년부터 OOO에 거주하고 있는 것으로 되어 있어 거리상으로나 시간상으로나 쟁점법인의 농업경영에 상시적으로 직접 참여하였다고 보기 어렵고, 청구인들은 OOO이 가지치기 등 쟁점법인의 영농의 일부 역할을 분담하였고, 4대보험 혜택등을 위해 서류상으로만 OOO의 직원으로 등재되었으며, 강원도의 산채를 수도권에 판매할 수 있는 로컬푸드마켓을 운영할 계획이라고 주장만 할 뿐 이를 입증할 객관적인 자료를 제시하지 못하고 있는 점, 청구인들은 협업적 농업경영을 통해 생산성을 높이고, 신사업 추진으로 조합원의 소득증대 극대화하기 위해 쟁점법인을 설립하였다고 주장하나, 쟁점법인의 매출액을 보면, 청구인들이 쟁점농지를 취득하면서 받은 고액의 대출금의 이자비용 및 유지비용도 충당할 수 없을 정도로 쟁점법인의 매출이나 수익이 미미한 상태인 점, 쟁점법인이 각종 세무신고를 하지 아니하다가 처분청이 이 건 세무조사에 착수하자 뒤늦게 법인세 및 부가가치세 기한 후 신고를 하는 등 기본적인 법인경영관리도 하지 아니한 점, 처분청이 쟁점농지1에 대해 현지조사한 결과 쟁점농지1에는 드문드문 작물이 심어져 있을 뿐, 전문적인 농업경영을 한다고 보기 어려운 상태로 조사된 점, 조합원들이 각 쟁점법인의 농업경영 또는 농작업에 실질적으로 어떤 역할을 하였는지에 대한 구체적이고 객관적인 입증자료의 제출이 없어 쟁점법인이 순수 영농목적으로만 설립된 것으로 보기 어려운 점, OOO 고속도로 사업추진 경위를 보면, 2009년까지 OOO간 고속도로의 사업추진을 위한 예비절차가 진행된 사실이 나타나고, 경제관계장관회의에서 OOO 고속도로의 사업추진이 발표되기 직전인 청구인 OOO이 2015.5.7. 쟁점법인2를 설립한 후 쟁점농지2를 현물 출자하였고, OOO 및 아들인 OOO 등도 2011.8.18. 경락, 2013.5.21., 2014.12.24. 매매 등 원인으로 토지를 취득하여 2015.6.30. 이를 쟁점법인2에 현물출자하였으며, 이후 실제로 쟁점법인2 명의의 토지 중 일부가 OOO 고속도로 건설사업의 사업부지로 협의취득, 수용등의 원인으로 국가에 소유권이 이전되어 시기적으로도 청구인 OOO의 쟁점농지2의 현물출자가 쟁점농지의 수용과 전혀 무관하다고 하기 어려운 점, 과세관청은 납세의무자가 조세법령이 정하는 조세감면의 요건을 갖추었는지 여부에 대해서는 판단할 수 있는 것으로, 이 건 처분은 쟁점법인이 조특법상 쟁점감면의 감면 요건을 갖추지 아니한 것으로 보아 이루어진 것이지, 영농조합법인 설립의 정당성 여부를 판단하여 이루어진 것이 아니므로 농업식품기본법, 농어업경영체법의 주무부서가 아니어서 영농조합법인의 설립의 정당성 여부를 결정할 권한이 없는 처분청이 쟁점법인의 설립효력 여부를 판단하여 조세감면 여부를 결정할 수 없다는 청구인들의 주장은 사실관계를 오인한 주장으로 보이는 점 등에 비추어 쟁점법인은 조특법상 쟁점감면의 요건을 충족하는 영농조합법인에 해당하지 아니하는 것으로 보인다. 따라서 처분청이 청구인들이 신청한 쟁점감면을 부인하고 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령
(1) 조세특례제한법(2015.12.15. 법률 제13560호로 일부개정되기 전의 것) 제66조(영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등) ① 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률에 따른 영농조합법인(이하 "영농조합법인"이라 한다)에 대해서는 2018년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 곡물 및 기타 식량작물재배업에서 발생하는 소득(이하 "식량작물재배업소득"이라 한다) 전액과 식량작물재배업소득 외의 소득 중 대통령령으로 정하는 범위의 금액에 대하여 법인세를 면제한다.
② 영농조합법인의 조합원이 영농조합법인으로부터 2018년 12월 31일까지 받는 배당소득 중 식량작물재배업소득에서 발생한 배당소득 전액과 식량작물재배업소득 외의 소득에서 발생한 배당소득 중 대통령령으로 정하는 범위의 금액에 대해서는 소득세를 면제한다. 이 경우 식량작물재배업소득에서 발생한 배당소득과 식량작물재배업소득 외의 소득에서 발생한 배당소득의 계산은 대통령령으로 정하는 바에 따른다.
③ 영농조합법인이 조합원에게 지급하는 배당소득 중 제2항에 따라 소득세가 면제되는 금액을 제외한 배당소득으로서 2018년 12월 31일까지 받는 소득에 대한 소득세의 원천징수세율은 소득세법 제129조 에도 불구하고 100분의 5로 하고, 그 배당소득은 소득세법 제14조제2항 에 따른 종합소득과세표준에 합산하지 아니한다.
④ 대통령령으로 정하는 농업인이 2018년 12월 31일 이전에 농지 또는 초지법에 따른 초지(이하 "초지"라 한다)를 영농조합법인에 현물출자함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.
⑤ 제4항에 따라 양도소득세를 감면받은 자가 그 출자지분을 출자일부터 3년 이내에 다른 사람에게 양도하는 경우에는 그 양도일이 속하는 과세연도의 과세표준신고를 할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 세액을 양도소득세로 납부하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.
⑥ 제4항에 따라 감면받은 양도소득세를 제5항 본문에 따라 납부하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자 상당액을 가산한다.
⑦ 대통령령으로 정하는 농업인이 2018년 12월 31일 이전에 영농조합법인에 농업·농촌 및 식품산업 기본법 제3조제1호에 따른 농작물재배업·축산업 및 임업에 직접 사용되는 부동산(제4항에 따른 농지 및 초지는 제외한다)을 현물출자하는 경우에는 이월과세를 적용받을 수 있다.
⑧ 제1항·제2항·제4항 및 제7항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청을 하여야 한다.
⑨ 제7항을 적용받은 농업인이 현물출자로 취득한 주식 또는 출자지분의 100분의 50 이상을 출자일부터 3년 이내에 처분하는 경우에는 처분일이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 제7항에 따른 이월과세액(해당 영농조합법인이 이미 납부한 세액을 제외한 금액을 말한다)을 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도소득세로 납부하여야 한다.
⑩ 제7항에 따른 이월과세액을 제9항에 따라 납부하는 경우 주식 또는 출자지분의 100분의 50 이상을 처분하는 경우의 판단기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정하며, 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 가산한다. (2) 조세특례제한법 시행령(2016.2.5. 대통령령 제26959호로 일부개정개정되기 전의 것) 제63조(영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등) ④ 법 제66조 제4항 및 법 제68조 제2항 전단에서 "대통령령으로 정하는 농업인"이란 각각 농업·농촌 및 식품산업 기본법 제3조 제2호에 따른 농업인으로서 현물출자하는 농지·초지 또는 부동산(이하 이 조에서 "농지등"이라 한다)이 소재하는 시(특별자치시와 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제15조 제2항 에 따른 행정시를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)·군·구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 조에서 같다), 그와 연접한 시·군·구 또는 해당 농지등으로부터 직선거리 30킬로미터 이내에 거주하면서 4년 이상 직접 경작한 자를 말하며, 법 제66조 제7항 및 제68조 제3항에서 "대통령령으로 정하는 농업인"이란 각각 농업·농촌 및 식품산업 기본법 제3조 제2호에 따른 농업인으로서 현물출자하는 농지등이 소재하는 시·군·구, 그와 연접한 시·군·구 또는 해당 농지등으로부터 직선거리 30킬로미터 이내에 거주하면서 직접 경작한 자를 말한다.
(3) 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률(2015.1.6. 법률 제12961호로 일부개정되기 전의 것) 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. "농업인"이란 농어업ㆍ농어촌 및 식품산업 기본법 제3조제2호가목에 따른 농업인을 말한다.
2. "농업법인"이란 제16조에 따른 영농조합법인과 제19조에 따른 농업회사법인을 말한다.
3. "농업경영체"란 농업인과 농업법인을 말한다. 제16조(영농조합법인 및 영어조합법인의 설립) ① 협업적 농업경영을 통하여 생산성을 높이고 농산물의 출하ㆍ유통ㆍ가공ㆍ수출 등을 공동으로 하려는 농업인 또는 농어업ㆍ농어촌 및 식품산업 기본법 제3조 제4호에 따른 농업 관련 생산자단체(이하 "농업생산자단체"라 한다)는 5인 이상을 조합원으로 하여 영농조합법인(營農組合法人)을 설립할 수 있다.
③ 영농조합법인 및 영어조합법인은 법인으로 하며, 그 주된 사무소의 소재지에서 설립등기를 함으로써 성립한다.
④ 영농조합법인 및 영어조합법인의 해산명령에 관하여는 상법 제176조 를 준용한다. 이 경우 관할 시장(특별자치도의 경우에는 특별자치도지사를 말한다. 이하 같다)ㆍ군수 또는 구청장(자치구의 구청장을 말한다. 이하 같다)은 법원에 영농조합법인 또는 영어조합법인의 해산을 청구할 수 있다.
⑤ 영농조합법인 및 영어조합법인의 설립, 출자, 사업, 정관 기재사항 및 해산 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
⑥ 영농조합법인 및 영어조합법인의 등기에 관하여 이 법에서 규정한 사항 외에는 상업등기법 제65조 부터 제67조까지의 규정을 준용한다.
⑦ 영농조합법인 및 영어조합법인에 관하여 이 법에서 규정한 사항 외에는 민법 중 조합에 관한 규정을 준용한다 제17조(영농조합법인 및 영어조합법인의 조합원 등) ① 영농조합법인은 농업인과 농업생산자단체 중 정관으로 정하는 자를 조합원으로 한다.
② 농업인이 아닌 자로서 대통령령으로 정하는 자는 정관으로 정하는 바에 따라 영농조합법인에 출자하고 준조합원으로 가입할 수 있다. 이 경우 의결권은 행사하지 못한다.
③ 영농조합법인은 대통령령으로 정하는 농업생산자단체의 조합원 또는 준조합원으로 가입할 수 있다.
④ 영어조합법인은 어업인과 어업생산자단체 중 정관으로 정하는 자를 조합원으로 한다. 다만, 수산업법 제9조제2항 에 따라 협동양식면허를 취득할 수 있는 영어조합법인의 조합원의 자격과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
⑤ 어업인이 아닌 자로서 대통령령으로 정하는 자는 영어조합법인의 정관으로 정하는 바에 따라 영어조합법인에 출자하고 준조합원으로 가입할 수 있다. 이 경우 의결권은 행사하지 못한다. (4) 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행령(2015.7.6. 대통령령 제26376호로 일부개정되기 전의 것) 제14조(준조합원의 자격) ① 법 제17조 제2항에 따라 영농조합법인에 준조합원으로 가입할 수 있는 자는 다음 각 호와 같다.
1. 영농조합법인에 생산자재를 공급하거나 생산기술을 제공하는 자
2. 영농조합법인에 농지를 임대하거나 농지의 경영을 위탁하는 자
3. 영농조합법인이 생산한 농산물을 구입·유통·가공 또는 수출하는 자
4. 그 밖에 농업인이 아닌 자로서 영농조합법인의 사업에 참여하기 위하여 영농조합법인에 출자를 하는 자
(5) 농어업ㆍ농어촌 및 식품산업 기본법(2015.6.22. 법률 제13356호로 일부개정되기 전의 것) 제3조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. "농업"이란 농작물재배업, 축산업, 임업 및 이들과 관련된 산업으로서 대통령령으로 정하는 것을 말한다.
2. "농업인"이란 농업을 경영하거나 이에 종사하는 자로서 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 자를 말한다.
3. "농업경영체"란 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제2조제3호 에 따른 농업경영체를 말한다.
(6) 농어업ㆍ농어촌 및 식품산업 기본법 시행령(2013.3.23. 대통령령 제24484호로 일부개정되기 전의 것) 제3조(농어업인의 기준) ① 법 제3조 제2호 가목에서 "대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 자"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사람을 말한다.
1. 1천제곱미터 이상의 농지(농어촌정비법제98조에 따라 비농업인이 분양받거나 임대받은 농어촌 주택 등에 부속된 농지는 제외한다)를 경영하거나 경작하는 사람
2. 농업경영을 통한 농산물의 연간 판매액이 120만원 이상인 사람
3. 1년 중 90일 이상 농업에 종사하는 사람
4. 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제16조 제1항 에 따라 설립된 영농조합법인의 농산물 출하·유통·가공·수출활동에 1년 이상 계속하여 고용된 사람
5. 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제19조 제1항 에 따라 설립된 농업회사법인의 농산물 유통·가공·판매활동에 1년 이상 계속하여 고용된 사람
(7) 소득세법(2015.12.15. 법률 제13558호로 일부개정되기 전의 것) 제99조(기준시가의 산정) ① 제100조 및 제114조 제7항에 따른 기준시가는 다음 각 호에서 정하는 바에 따른다.
1. 제94조 제1항 제1호에 따른 토지 또는 건물
④ 양도차익을 산정하는 데에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제114조(양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지) ⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액·매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다. (8) 소득세법 시행령(2015.6.30. 대통령령 제26344호로 일부개정되기 전의 것) 제176조의2(추계결정 및 경정) ① 법 제114조 제7항에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부·매매계약서·영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우
2. 장부·매매계약서·영수증 기타 증빙서류의 내용이 매매사례가액, 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률 제2조 제4호 에 따른 감정평가업자(이하 이 조에서 "감정평가업자"라 한다)가 평가한 감정가액 등에 비추어 거짓임이 명백한 경우
결정 내용은 붙임과 같습니다.