매입자발행세금계산서 발행을 위해 청구법인이 신청한 거래사실 확인 신청에 대해 거래사실 확인 불가 통지를 한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 2015.3.6.부터 OOO에서 건설업을 영위하다 2016.12.31. 직권폐업된 사업자로, 2016년 제2기 부가가치세 과세기간 중 OOO(OOO, 대표자 조OOO, 이하 “쟁점거래처”라 한다)로부터 OOO 단독주택 신축공사(이하 “OOO 공사”라 한다) 및 OOO 공장신축공사(이하 “OOO공사”라 한다)의 건설용역(이하 “쟁점거래”라 한다)을 제공받고 공사진행상황에 따른 공사대금을 지급하였으나, 쟁점거래처로부터 매입세금계산서를 교부받지 못하였다고 주장하며, 2017.1.10. 처분청에 매입자발행세금계산서 발행을 위한 거래사실의 확인을 신청하였다.
• 나. 처분청은 이에 따라 쟁점거래처의 관할 세무서장인 OOO세무서장에게 거래사실 확인을 요청하였으나, OOO세무서장은 쟁점거래처의 폐문, 관계자의 부재 및 연락불가로 쟁점법인과 쟁점거래처 간의 쟁점거래 사실을 확인할 수 없다고 처분청에 통보하였고, 처분청은 2017.6.9. 청구법인에게 거래사실 확인 불가 통지를 하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2017.6.9. 이의신청을 거쳐 2017.9.7. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 2016.6.13. 쟁점거래처와 OOO 공사에 대한 공사계약을 체결한 후 공정에 따라 공사대금을 지불하였고, 2016.6.16.에는 쟁점거래처와 OOO 공사도 계약을 체결하여 공사를 진행하면서 공정에 따라 공사대금을 지급하였다. 그러나 쟁점거래처에 공사비를 지급하였음에도 공사가 진행되지 아니하여 청구법인은 쟁점거래처에 항의도 하였으나, 결국 OOO 공사는 포기하기로 하였고, OOO 공사는 건축주와 상의 후 청구법인이 마무리공사를 완료하였다. 청구법인은 쟁점거래처에 세금계산서의 발행을 요청하였으나, 쟁점거래처 대표 조OOO은 고의로 연락을 끊고 전화를 받지 않는 상황이 되었다. 청구법인은 공사진행보다 더 많은 공사비를 지급하였으므로 고의적으로 공사를 하지 않은 조OOO에 대한 세금처리가 되어야 한다.
• 나. 처분청 답변 청구법인은 쟁점거래에 대해 실제거래라고 주장하나, 대금지급 등 쟁점거래처로부터 건설용역을 직접 제공받았다는 구체적인 증빙을 제시하지 아니하여 쟁점거래처로부터 건설용역을 제공받았는지 여부에 대한 사실관계가 명확하지 아니하고, 쟁점거래처는 2008.7.11. 개업하여 2010년 제1기부터 2016년 제2기 부가가치세 과세기간 중 무실적으로 부가가치세 신고‧결정되어 신고서상으로는 실제 사업여부를 확인할 수 없으며, OOO세무서에서 쟁점거래처 사업장과 대표자 주소지에 보낸 안내문이 모두 주소불명 또는 폐문부재로 반송되어 쟁점거래처와의 실제 거래여부를 확인할 수 없는 상태이다. 청구법인은 이 건 거래사실 확인 불가 통지가 부당하다고 주장하나, 공급자인 쟁점거래처에 대해 사업자 폐문상태로 연락이 불가하므로 거래사실을 확인할 수 없어 실제 용역을 공급하고 부가가치세를 거래징수하였는지 여부가 명확하지 않으며, 청구법인이 제출한 금융거래내역서, 도급계약서 등만으로는 쟁점거래의 사실 여부가 확인되지 아니한 경우에 해당하므로 처분청이 이 건 거래사실 확인 불가 통지를 한 것은 정당하다.

• 가. 쟁점 매입자발행세금계산서 발행을 위해 청구법인이 신청한 거래사실 확인 신청에 대해 거래사실 확인 불가 통지를 한 처분의 당부
• 나. 관련 법률: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인의 2016년 제2기 부가가치세 신고내역은 아래 <표1>과 같다. OOO

(2) 국세청 전산자료상 청구법인의 2016년 제2기 매출처별 세금계산서합계표 신고내역은 아래 <표2>와 같다. OOO

(3) OOO 공사 관련 표준도급계약서 내용은 아래 <표3>과 같다. OOO

(4) OOO 공사 관련 쟁점거래처와 하도급 계약한 약정서 내용은 아래 <표4>와 같다. OOO

(5) OOO 공사 관련 도급계약서는 아래 <표5>와 같다. OOO

(6) OOO 공사 관련 쟁점거래처와 하도급 계약시 작성한 계약서는 아래 <표6>과 같다. OOO

(7) 청구법인이 쟁점거래처 대표자 조OOO의 계좌 132-0826-2**(OOO)로 쟁점거래 대금 총 OOO원을 지급했다고 주장하며 처분청에 제출한 청구법인의 OOO은행 계좌(-03-01-011) 및 청구법인 대표이사 류OOO 명의의 OOO은행 계좌(352-**-633-93)의 금융거래내역서는 아래 <표7> 및 <표8>과 같다. OOO

(8) 청구법인은 2017.1.10. 처분청에 매입자발행세금계산서 발행을 위한 거래사실 확인 신청하였고, 처분청은 쟁점거래처의 관할 세무서인 OOO세무서장에게 거래사실 확인을 요청하였으며, 쟁점거래처의 폐문부재 및 연락불가로 청구법인과 쟁점거래처 간 거래사실을 확인할 수 없다는 OOO세무서장의 회신을 받은 후, 2017.6.9. 청구법인에게 거래사실 확인 불가 통지를 한 것으로 나타난다.

(9) 청구법인의 이의신청시 처분청 담당공무원이 쟁점거래처의 대표자 조OOO와 유선통화하였는데, 조OOO은 청구법인과 단독주택 공사계약만 체결했을 뿐, 공장신축공사 도급계약을 체결한 사실이 없으며, 청구법인에게 용역제공에 대한 대금지급을 받지 못했다는 취지의 진술을 한 것으로 나타난다.

(10) 국세청 전산자료에 의하면, 쟁점거래처는 2008.7.11. 개업하여 건설업을 영위하고 있으며, 2010년 제1기 ∼ 2016년 제2기 부가가치세가 무실적으로 신고․결정된 것으로 나타난다.

(11) 처분청의 심리자료에 의하면, 청구법인의 이의신청시 처분청 담당공무원이 조OOO에게 쟁점거래와 관련하여 대금지급사실을 확인하기 위한 대금지급 관련 서류를 제출하여 달라는 업무협조요청OOO을 하였으나, 조OOO은 대금지급과 관련한 증빙서류를 제출하지 아니한 것으로 나타난다.

(12) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점거래처로부터 공사용역을 제공받은 것이 사실이므로 처분청의 거래사실 확인 불가 통지가 위법하다고 주장하나, 쟁점거래처가 공사대금만 수취하고 계약내용에 따른 공사용역을 제공하지 아니한 것으로 나타나는 점, 청구법인은 2016.8.8.까지 쟁점거래처에 대금을 지급한 것으로 나타나고 쟁점거래처가 그 이후 공사용역을 제공한 것으로는 보이지 아니하므로 2017.1.10. 제기한 거래사실 확인 신청은 세금계산서 교부시기부터 3개월을 경과한 것으로 보이는 점, 청구법인이 제출한 자료만으로는 쟁점거래처가 청구법인에게 계약내용에 따른 공사용역을 제공하였는지 확인되지 않는 점, 공사용역을 일부 제공하였다고 하더라도 그 금액이 얼마인지 확정할 수 없는 점 등에 비추어 거래사실 확인 신청을 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법률 <별지> 관련 법령

(1) 조세특례제한법(2015.12.22. 법률 제13605호로 일부개정되기 전의 것) 제126조의4[매입자발행세금계산서에 의한 매입세액 공제 특례] ① 부가가치세법제32조에도 불구하고 납세의무자로 등록한 사업자로서 대통령령으로 정하는 사업자가 재화 또는 용역을 공급하고 부가가치세법 제34조 에 따른 세금계산서 발급 시기에 세금계산서를 발급하지 아니한 경우 그 재화 또는 용역을 공급받은 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 관할 세무서장의 확인을 받아 세금계산서(이하 "매입자발행세금계산서"라 한다)를 발행할 수 있다.

② 제1항에 따라 발행한 매입자발행세금계산서에 기재된 그 부가가치세액은 대통령령으로 정하는 바에 따라 부가가치세법 제37조, 제38조 및 제63조 제3항에 따라 공제할 수 있는 매입세액으로 본다.

③ 제1항 및 제2항 외에 매입자발행세금계산서의 발급대상, 발급방법, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 조세특례제한법 시행령(2016.5.31. 대통령령 제27205호로 일부개정되기 전의 것) 제121조의4[매입자발행세금계산서의 발행대상 사업자 및 매입세액공제 절차 등] ① 법 제126조의4 제1항에서 "대통령령으로 정하는 사업자"란 부가가치세법 제32조 에 따른 세금계산서 교부의무가 있는 사업자(부가가치세법 제61조 제1항 에 따른 간이과세자를 제외하며, 부가가치세법 시행령 제73조 제3항 및 제4항에 따라 세금계산서 교부의무가 있는 사업자를 포함한다)를 말한다.

② 법 제126조의4 제1항에 따른 매입자발행세금계산서를 발행하려는 자(이하 이 조에서 "신청인"이라 한다)는 부가가치세법 제34조 에 따른 세금계산서 교부시기부터 3개월 이내에 기획재정부령이 정하는 거래사실확인신청서에 거래사실을 객관적으로 입증할 수 있는 서류를 첨부하여 신청인의 관할세무서장에게 거래사실의 확인을 신청하여야 한다.

③ 제2항에 따른 거래사실의 확인신청 대상이 되는 거래는 거래건당 공급대가가 10만원 이상인 경우로 한다.

④ 제2항에 따른 신청을 받은 관할세무서장은 신청서에 재화 또는 용역을 공급한 자(이하 이 조에서 "공급자"라 한다)의 인적사항이 부정확하거나 신청서 기재방식에 흠이 있는 경우에는 신청일부터 7일 이내에 일정한 기간을 정하여 보정요구를 할 수 있다.

⑤ 신청인이 제4항의 기간 이내에 보정요구에 응하지 아니하거나 다음 각 호에 해당하는 경우에는 신청인의 관할세무서장은 거래사실의 확인을 거부하는 결정을 하여야 한다.

1. 제2항의 신청기간을 넘긴 것이 명백한 경우

2. 신청서의 내용으로 보아 거래당시 미등록사업자 및 휴·폐업자와 거래한 것이 명백한 경우

⑥ 신청인 관할세무서장은 제5항에 따른 확인을 거부하는 결정을 하지 아니한 신청에 대하여는 거래사실확인신청서가 제출된 날(보정을 요구한 때에는 보정이 된 날)부터 7일 이내에 신청서와 제출된 증빙서류를 공급자의 관할세무서장에게 송부하여야 한다.

⑦ 제6항에 따라 신청서를 송부받은 공급자 관할세무서장은 신청인의 신청내용, 제출된 증빙자료를 검토하여 거래사실여부를 확인하여야 한다. 이 경우 거래사실의 존재 및 그 내용에 대한 입증책임은 신청인에게 있다.

⑧ 공급자 관할세무서장은 신청일의 다음달 말일까지 거래사실여부를 확인하여 다음 각 호의 구분에 따른 통지를 공급자와 신청인 관할세무서장에게 하여야 한다. 다만, 공급자의 부도, 일시 부재 등 기획재정부령이 정하는 불가피한 사유가 있는 경우에는 거래사실 확인기간을 20일 이내의 범위에서 연장할 수 있다.

1. 거래사실이 확인되는 경우: 공급자 및 공급받는 자의 사업자등록번호, 작성연월일, 공급가액 및 부가가치세액 등을 포함한 거래사실 확인 통지

2. 거래사실이 확인되지 아니하는 경우: 거래사실 확인불가 통지

⑨ 신청인 관할세무서장은 공급자 관할세무서장으로부터 제8항의 통지를 받은 후 즉시 신청인에게 그 확인결과를 통지하여야 한다.

⑩ 신청인 관할세무서장으로부터 제8항 제1호에 따른 거래사실 확인 통지를 받은 신청인은 공급자 관할세무서장이 확인한 거래일자를 작성일자로 하여 매입자발행세금계산서를 발행하여 공급자에게 교부하여야 한다. 다만, 신청인 및 공급자가 관할세무서장으로부터 제8항 제1호의 통지를 받은 경우에는 매입자발행세금계산서를 교부한 것으로 본다.

⑪ 제10항에 따라 매입자발행세금계산서를 교부한 신청인은 부가가치세법 제48조 에 따른 예정신고 및 같은 법 제49조에 따른 확정신고 또는 국세기본법 제45조의2 제1항 에 따른 경정청구시 기획재정부령이 정하는 매입자발행세금계산서합계표를 제출한 경우 매입자발행세금계산서에 기재된 매입세액을 부가가치세법 제37조, 제38조 및 제63조 제3항에 따라 해당 재화 또는 용역의 공급시기에 해당하는 과세기간의 매출세액 또는 납부세액에서 매입세액으로 공제받을 수 있다.

(3) 부가가치세법(2016.1.19. 법률 제13805호로 일부개정되기 전의 것) 제16조[용역의 공급시기] ① 용역이 공급되는 시기는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때로 한다.

2. 시설물, 권리 등 재화가 사용되는 때

② 제1항에도 불구하고 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기는 대통령령으로 정한다. 제34조[세금계산서 발급시기] ① 세금계산서는 사업자가 제15조 및 제16조에 따른 재화 또는 용역의 공급시기에 재화 또는 용역을 공급받는 자에게 발급하여야 한다.

② 제1항에도 불구하고 사업자는 제15조 또는 제16조에 따른 재화 또는 용역의 공급시기가 되기 전 제17조에 따른 때에 세금계산서를 발급할 수 있다.

③ 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 재화 또는 용역의 공급일이 속하는 달의 다음 달 10일(그 날이 공휴일 또는 토요일인 경우에는 바로 다음 영업일을 말한다)까지 세금계산서를 발급할 수 있다.

1. 거래처별로 1역월(1曆月)의 공급가액을 합하여 해당 달의 말일을 작성 연월일로 하여 세금계산서를 발급하는 경우

2. 거래처별로 1역월 이내에서 사업자가 임의로 정한 기간의 공급가액을 합하여 그 기간의 종료일을 작성 연월일로 하여 세금계산서를 발급하는 경우

3. 관계 증명서류 등에 따라 실제거래사실이 확인되는 경우로서 해당 거래일을 작성 연월일로 하여 세금계산서를 발급하는 경우 (4) 부가가치세법 시행령(2016.8.2. 대통령령 제27433호로 일부개정되기 전의 것) 제29조[할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기] ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 법 제16조 제2항에 따른 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기로 본다. 다만, 제2호와 제3호의 경우 역무의 제공이 완료되는 날 이후 받기로 한 대가의 부분에 대해서는 역무의 제공이 완료되는 날을 그 용역의 공급시기로 본다.

1. 기획재정부령으로 정하는 장기할부조건부 또는 그 밖의 조건부로 용역을 공급하는 경우

2. 완성도기준지급조건부로 용역을 공급하는 경우

3. 기획재정부령으로 정하는 중간지급조건부로 용역을 공급하는 경우

4. 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우