쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 장기보유특별공제를 배제하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1994.11.28. OOO 전 1,226㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득한 후 2014.8.14. 김OOO에게 양도하고 2014.10.31. 아래 <표1>과 같이 양도소득세 OOO원을 신고하였으나, 기한 내 납부하지 않았다. OOO
• 나. 처분청은 쟁점토지의 취득가액을 환산가액OOO으로 하고 청구인이 재촌요건을 충족하지 아니한 것으로 보아 장기보유특별공제를 배제하여 2017.2.1. 청구인에게 2014년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 2017.1.31. 쟁점토지는 8년 이상 자경농지에 해당하므로 조세특례제한법제69조에 따른 양도소득세 감면을 적용하여야 한다고 경정청구를 하였으나, 처분청은 2017.2.17. 청구내용 및 증빙서류가 불명확하다는 이유로 이를 거부하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2017.4.28. 이의신청을 거쳐 2017.9.15. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 1985년 1월 OOO 소재 주택을 취득하고 거주하면서 1994.11.24. 쟁점토지를 매입하여 옥수수 및 감자 등을 재배하여 오다가 2001년 11월 부모님의 사망으로 주민등록상 주소지를 OOO으로 이전하고 2002년 3월이 되어서야 거주하던 OOO 주택을 매각하였으므로 7년 4개월을 재촌․자경한 사실이 명확하다. 또한, 거주지 이전 후에도 쟁점토지를 계속 경작하기 위하여 이OOO와 OOO 소재 주택 일부에 대한 전세계약을 체결하여 거주하다가 2009년 2월경에는 쟁점토지 인근인 OOO 전 320㎡(이하 “잔존토지”라 한다)에 농막(농기구 보관 및 거주용) 5평을 설치하여 현재까지 거주하면서 쟁점토지에 콩․옥수수․감자 등을 경작하여 왔는바, 이러한 사실 등은 쟁점토지 소재 지역 내 거주하는 마을이장과 주민이 작성한 자경사실확인서, 소초면장이 발급한 농지자격증명서, 식비영수증 등을 통해 확인할 수 있음에도 처분청이 쟁점토지 양도에 대하여 장기보유특별공제 및 8년 자경 감면 규정을 적용하지 않고 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제69조 제1항 본문에서 규정하고 있는 “농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자”란 8년 이상 농지가 소재하는 시 안의 지역, 또는 농지소재지와 연접한 시·군·구 안의 지역, 또는 해당 농지로부터 20km 이내의 지역에 거주하는 자이다. 청구인은 주민등록상 OOO번지에 거주하다가 2001.9.3. OOO번지로 전출하여 양도당시까지 OOO에 주민등록이 되어있는 사실이 주민등록초본에서 확인되는 점, 청구인이 양도소득세 조사기간이나 과세전적부심 청구 당시에는 제시하지 않다가 이의신청 시 제출한 OOO 소재 주택 일부에 대한 전세계약서는 보증금입금 등에 대한 금융증빙이 없고 해당 주택은 2011년 농촌주택개량사업으로 이OOO가 주택을 신축한 사실 등을 볼 때 신빙성 있는 자료로 보기 어려운 점, 청구인이 2002년도 및 2008년도에 OOO을 사업장 소재지로 하여 ‘OOO’ 및 ‘OOO’ 사업자등록을 한 이력이 있는 점, 주민등록상 소재지인 OOO 소재 농지들을 2010년경부터 농지원부에 등록하여 자경(주재배작물 관상수)하고 있는 것으로 확인되는데, 해당 농지들을 누가 관리하였는지에 대한 소명이 없는 점, 2009년 이후 잔존토지상에 전기․수도 등이 연결되어 있지 않은 농막을 설치하여 거주하였다는 주장은 인정하기 어려운 점, 거주지역을 증명할 수 객관적인 자료를 제출하지 못하고 있는 점 등으로 보아 청구인이 쟁점토지에 재촌․자경하였다는 주장은 받아들이기 어렵다. 따라서, 청구인의 주민등록상 이력으로는 8년 이상 거주요건을 충족하지 못하고 있고 청구인이 쟁점토지 인근에서 실질적으로 거주하였다는 주장도 객관적인 증빙자료가 없어 재촌요건을 충족하지 못한다 할 것이며, 청구인이 직접 쟁점토지를 경작하였다는 비료구입내역이나 작물판매내역 등 구체적인 자료가 확인되지 않아 8년 경작 요건도 충족되었다고 보기 어려워 이 건 양도소득세를 경정․고지한 처분은 잘못이 없다.

• 가. 쟁점

① 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 장기보유특별공제를 배제하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부

② 쟁점토지의 양도가 자경농지에 대한 양도소득세의 감면대상에 해당하는지 여부

• 나. 관련 법령: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음의 사실들이 확인된다. (가) 토지대장, 일반건축물관리대장 및 등기사항전부증명서등에 의하면 지목이 전인 쟁점토지는 1994.11.24. 청구인 앞으로 소유권이전등기 되었다가 2014.8.14. 김OOO에게 이전등기된 후, 2014.10.17. OOO(660㎡) 및 OOO(566㎡)로 분할되었으며, 김OOO가 분할된 번지인 OOO 지상에 건축물을 신축한 것으로 나타난다. (나) 청구인은 군(軍) 장교로 복무하다가 1993년 3월에 중령으로 예편하였고, 주민등록초본 및 국세청 대내포털시스템상 주소변동 내역 및 개인사업 이력은 다음 <표2>․<표3>과 같다. OOO (다) 1997.2.24. 최초 작성된 농지원부에 의하면 청구인의 소유농지는 4필지(600㎡)로서 OOO 소재 농지 2필지(2,180.56㎡, 주재배작물: 관상수), 쟁점토지(1,226㎡, 주재배작물: 서류 등) 및 잔존토지로 구성되어 있으며, 쟁점토지는 자경으로 기록되어 있다가 2011.11.18. 휴경으로 변경된 후 2014.8.4. 삭제된 것으로 나타난다. (라) 청구인이 쟁점토지에서의 재촌․자경을 주장하며 제출한 자료 및 그 내용은 다음과 같다.

1. 청구인이 2014.10.30. 작성한 진술서 OOO

2. 이OOO와 동네 주민이 2016.12.28., 2017.3.28. 및 2017.10.30. 작성한 청구인의 자경사실 확인서 및 재촌확인서 OOO

3. 청구인(임차인)과 이OOO(임대인)가 2002.3.2., 2004.3.10., 2007. 2.27. 및 2014.2.1. 각 체결한 전세계약서 OOO

4. 기타 잔존토지 소재 농막․감자씨 파종 등의 현황 사진, OOO면장이 2017.5.11. 청구인이 잔존토지를 자경하고 있음을 증명한 농지자격증명서 및 식비영수확인서OOO (마) 청구인은 이OOO와 체결한 전세계약과 관련하여, 임차보증금 수수에 대한 증빙자료를 제시하지 못하고 있고, 임대목적물의 건축물관리대장 및 이OOO의 주민등록초본에 의하면 임대목적물의 부속토지상에 2011년 농촌주택개량사업으로 주택(연면적 98.68㎡)이 2012.6.12. 신축(소유자 이OOO)되었으며, 이OOO는 OOO에 1968.12.1.부터 전입하여 거주하다가 2015.8.25. 같은 리 OOO으로 전입한 것으로 나타난다. (바) 처분청은 청구인의 양도소득세 신고와 관련하여 쟁점토지의 취득가액을 환산가액OOO으로 하고 청구인이 재촌요건을 충족하지 아니한 것으로 보아 장기보유특별공제를 배제하여 2017.2.1. 청구인에게 2014년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, (가) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다. 소득세법제95조 제1항․제2항, 제104조의3 제1항, 같은 법 시행령 제168조의6 제1호 및 제168조의8 등을 종합하면, 양도소득금액은 양도차익에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 하도록 하면서 비사업용 토지는 장기보유 특별공제 적용 대상에서 제외하도록 규정하고 있고, 농지가 비사업용 토지에서 제외되기 위한 요건으로 농지를 취득하여 5년 이상 소유하다가 양도하는 경우에는 해당 농지의 소유기간 중 80% 이상 등의 기간 동안 당해 농지에 재촌하면서 자경(소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년생식물 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력으로 경작 또는 재배)을 하여야 한다고 규정하고 있다. 청구인은 쟁점토지를 1994.11.24. 취득하여 19년 이상을 보유하다가 2014.8.14. 양도하였으나 취득 후 6년 10개월만인 2001.9.3. 주민등록지를 쟁점토지소재지에서 OOO로 전출한 점, 주민등록상 쟁점토지 인근에 재촌하는 동안에도 OOO에서 OOO의 사업자등록을 한 사업이력이 있고 OOO 전출 후에는 OOO, OOO 및 OOO 등의 사업자등록을 하여 계속적으로 사업체를 운영한 점, 청구인이 작성한 진술서에도 OOO로 전출한 후에는 농번기에 월 2～3회 정도만 OOO에서 경작하였고 OOO를 설립하여 사업을 영위한 사실을 인정하고 있는 점, 청구인이 제출한 전세계약서, 농막현황 사진, 작물재배 사진, 자경사실확인서 등은 재촌․자경의 객관적인 자료로 보기 어려운 점 등에 비추어 볼 때, 청구인이 소득세법 시행령제168조의6에서 규정하고 있는 기간 동안 쟁점토지 인근에 재촌하면서 자경하였다고 보기는 어렵다 할 것이다. (나) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다. 조세특례제한법제69조 및 같은 법 시행령 제66조에 따른 양도소득세 감면대상이 되기 위해서는 8년 이상 재촌하면서 직접 경작 요건을 갖추어야 하는바, 쟁점①에서 살펴본바와 같이 재촌․자경한 기간이 8년 이상이 되지 않으므로 양도소득세 감면대상에도 해당하지 않는다 할 것이다. 따라서, 처분청이 청구인의 쟁점토지 양도에 대하여 장기보유 특별공제와 8년 이상 자경 감면 요건을 충족하지 못한 것으로 보아 이 건 양도소득세를 경정․고지한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령

(1) 소득세법(2015.12.15. 법률 제13558호로 개정되기 전의 것) 제95조(양도소득금액) ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산 및 제104조의3에 따른 비사업용 토지는 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 도시 및 주거환경정비법 제48조 에 따른 관리처분계획 인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. (단서 생략)

④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. (단서 생략)

⑤ 양도소득금액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제104조의3(비사업용 토지의 범위) ① 제96조 제2항 제8호 및 제104조 제1항 제8호에서 "비사업용 토지"란 해당 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

1. 논·밭 및 과수원(이하 이 조에서 "농지"라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

• 가. 대통령령으로 정하는 바에 따라 소유자가 농지 소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지. 다만, 농지법이나 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다.
• 나. 특별시·광역시(광역시에 있는 군은 제외한다. 이하 이 항에서 같다)·특별자치시(특별자치시에 있는 읍·면지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다)·특별자치도(제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제15조 제2항 에 따라 설치된 행정시의 읍·면지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 및 시지역(지방자치법 제3조 제4항 에 따른 도농 복합형태인 시의 읍·면지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 중 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 도시지역(대통령령으로 정하는 지역은 제외한다. 이하 이 호에서 같다)에 있는 농지. 다만, 대통령령으로 정하는 바에 따라 소유자가 농지 소재지에 거주하며 스스로 경작하던 농지로서 특별시·광역시·특별자치시·특별자치도 및 시지역의 도시지역에 편입된 날부터 대통령령으로 정하는 기간이 지나지 아니한 농지는 제외한다.

② 제1항을 적용할 때 토지 취득 후 법률에 따른 사용 금지나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 그 토지가 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 토지를 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다.

③ 제1항과 제2항을 적용할 때 농지·임야·목장용지의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 소득세법 시행령(2015.2.3. 대통령령 제26067호로 개정되기 전의 것) 제168조의6(비사업용 토지의 기간기준) 법 제104조의3 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.

1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

• 가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간
• 나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간
• 다. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다. 제168조의8(농지의 범위 등) ① 법 제104조의3 제1항 제1호에서 "농지"라 함은 전·답 및 과수원으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실제로 경작에 사용되는 토지를 말한다. 이 경우 농지의 경영에 직접 필요한 농막·퇴비사·양수장·지소(池沼)·농도·수로 등의 토지 부분을 포함한다.

② 법 제104조의3 제1항 제1호 가목 본문에서 "소유자가 농지소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지"라 함은 농지의 소재지와 동일한 시(제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제15조 제2항 에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)·군·구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 조에서 같다), 연접한 시·군·구 또는 농지로부터 직선거리 20킬로미터 이내에 있는 지역에 주민등록이 되어 있고 사실상 거주(이하 "재촌"이라 한다)하는 자가 농지법 제2조 제5호 의 규정에 따른 자경(이하 "자경"이라 한다)을 하는 농지를 제외한 농지를 말한다.

④ 법 제104조의3 제1항 제1호 나목 본문에서 "대통령령으로 정하는 지역"이란 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 녹지지역 및 개발제한구역을 말한다.

(3) 조세특례제한법 제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2018년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. (단서 생략)

③ 제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다. (4) 조세특례제한법 시행령(2015.2.3. 대통령령 제26070호로 일부개정되기 전의 것) 제66조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 법 제69조 제1항 본문에서 "농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자"란 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 "한국농어촌공사"라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자로서 농지 양도일 현재 소득세법 제1조의2 제1항 제1호 에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시(특별자치시와 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제15조 제2항 에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)·군·구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시·군·구안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 20킬로미터 이내의 지역

④ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

1. 양도일 현재 특별시·광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시{ 지방자치법 제3조 제4항 에 따라 설치된 도농(都農) 복합형태의 시의 읍·면 지역 및 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제15조 제2항 에 따라 설치된 행정시의 읍·면 지역은 제외한다}에 있는 농지중 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역·상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

• 가. 사업시행지역 안의 토지소유자가 1천명 이상이거나 사업시행면적이 기획재정부령으로 정하는 규모 이상인 개발사업(이하 이 호에서 "대규모개발사업"이라 한다)지역(사업인정고시일이 같은 하나의 사업시행지역을 말한다) 안에서 대규모개발사업의 시행으로 인하여 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역·상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우
• 나. 사업시행자가 국가, 지방자치단체, 그 밖에 기획재정부령으로 정하는 공공기관인 개발사업지역 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역·상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당하는 경우
• 다. 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역·상업지역 및 공업지역에 편입된 농지로서 편입된 후 3년 이내에 대규모개발사업이 시행되고, 대규모개발사업 시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우(대규모개발사업지역 안에 있는 경우로 한정한다)

⑤ 제4항의 규정을 적용받는 농지는 소득세법 시행령 제162조 의 규정에 의한 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다.(단서 생략)

⑬ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작"이란 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성(多年性)식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다.

⑭ 제4항·제6항·제11항 및 제12항에 따른 경작한 기간 중 해당 피상속인(그 배우자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 거주자의 소득세법 제19조 제2항 에 따른 사업소득금액(농업·임업에서 발생하는 소득, 소득세법 제45조 제2항 에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득과 같은 법 시행령 제9조에 따른 농가부업소득은 제외한다)과 같은 법 제20조 제2항에 따른 총급여액의 합계액이 3천 700만원 이상인 과세기간이 있는 경우 그 기간은 피상속인 또는 거주자가 경작한 기간에서 제외한다.