청구법인의 쟁점임원상여금 지급은 매년 주주총회 결의를 거쳐 계속·반복적으로 이루어졌고, 매년 이익처분에 의해 배당을 실시하여 지배주주에 의해 법인의 유보된 이익을 일시적으로 상여금의 형식으로 배분한 것으로 보기 어려운 점 점 등에 비추어 이를 손금불산입한 처분은 잘못이 있음
청구법인의 쟁점임원상여금 지급은 매년 주주총회 결의를 거쳐 계속·반복적으로 이루어졌고, 매년 이익처분에 의해 배당을 실시하여 지배주주에 의해 법인의 유보된 이익을 일시적으로 상여금의 형식으로 배분한 것으로 보기 어려운 점 점 등에 비추어 이를 손금불산입한 처분은 잘못이 있음
OOO장이 2017.7.6. 청구법인에게 한 <별지>의 2012～2016사업연도 법인세 합계 OOO원의 각 부과처분과 OOO원OOO의 소득금액변동통지 처분은 OOO원을 손금산입하여 그 과세표준 및 세액과 소득금액변동통지금액을 각 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 쟁점임원상여금 OOO원 중 ① 2012사업연도 OOO의 상여금 OOO원에 대한 지급규정을 보면, 2012사업연도에 시행된 정관 제28조(보수) 제1항에서 “이사와 감사의 보수는 주주총회의 결의로 이를 정한다”고 규정하고 있고, 2008.3.21. 청구법인이 개최한 주주총회에서 상근임원 2명의 급료 등은 OOO원 범위 내에서 임원보수규정에서 정한다고 규정하였으며, 2012.3.12. 개최한 청구법인의 주주총회에서는 임원보수 한도액을 OOO원으로 규정하였는바, 당시 청구법인의 임원보수는 기본급, 상여금, 성과급, 특별성과급, 기타수당 및 복리후생비 등이 보수에 포함된 개념(2012.12.7. 주주총회에서 정관에 별지2호로 임원상여금을 임원급여와 분리하여 임원상여금지급규정을 신설하였음)이었으며, OOO에게 2012사업연도에 지급한 OOO원, OOO에게 지급한 OOO원은 임원보수한도액인 OOO원에 미달하여 지급규정을 초과하지 아니하였다(2012사업연도에 시행된 청구법인의 정관이나 주주총회에서 임원상여금에 대해 성과평가를 하여 지급하겠다는 규정도 없었음). 또한, ② 청구법인이 2013～2016사업연도에 지급한 임원 OOO의 상여금 OOO원, 임원 OOO의 상여금 OOO원 합계 OOO원에 대한 지급내역과 근거를 보면, 아래와 같다. 청구법인은 2012.12.7. 개최한 주주총회에서 임원보수 지급규정을 정관 별지2호로 신설하였고, 임원상여금 지급규정도 정관 별지3호로 신설하였는바, 신설된 임원상여금 지급규정에서 임원상여금은 직전연도의 당기순이익의 범위 내에서 지급할 수 있도록 하고, 한도액은 직전회계연도 연간 개인별 총 보수액의 OOO% 이하이며, 직전연도의 당기순이익이나 매출이 OOO% 이상 늘어난 경우에는 특별성과급을 추가로 지급할 수 있다고 규정하고 있다. 청구법인의 당기순이익은 OOO원이 고, 직전회계연도의 임원 개인별 총보수액의 200%는 위 <표1>과 같으며, 2013～2016사업연도의 임원상여금 OOO원은 상여금 지급규정 이내의 금액에 해당하여 한도 초과된 금액이 없고, 임원들의 노력으로 매년 매출액이나 당기순이익이 3% 이상 늘어났고, 특히, 2014사업연도부터는 매출과 당기순이익이 예전에 비해 2∼3배 이상 신장하는 성과를 이루었으므로 상여금 외에 특별성과급의 지급대상에도 해당한다. 따라서, 쟁점임원상여금 OOO원은 청구법인이 정관에서 정한 임원상여금 지급규정과 주주총회 결의에 의하여 상근임원에게 상여금을 지급한 것이므로 지급규정 및 성과평가 절차 없이 임의 지급하였다고 보아 이를 손금불산입한 처분은 위법·부당하다.
(2) 처분청은 청구법인이 2015사업년도에 OOO에게 지급한 쟁점퇴직위로금 OOO원을 지급규정 없이 주총결의를 통해 특정임원인 OOO에게만 지급한 것이라 하여 손금불산입하였으나, 임원 OOO는 회사 설립일인 1991.12.9.부터 청구일 현재까지도 대표이사로서 청구법인의 전체의 자금흐름과 건설부문을 관리하고 있고, 임원 OOO은 회사설립일부터 이사로 재직하고 있다가 1999.3.21. 각자 대표이사로 취임하여 청구법인의 제조부문인 OOO을 관리하고 있는바, 임원 두 사람이 각자 대표이사로서 맡은 역할이 비슷하고 정관에서 정한 임원급여 지급규정이 있음에도 불구하고, OOO는 회사의 지속적인 발전을 위하여 규정된 금액보다 적은 금액의 급여를 수령함으로써 2012∼2016사업연도의 급여만 비교하더라도 OOO는 OOO원, OOO은 OOO원으로 OOO원 정도 차이가 나고, 이러한 누적된 급여의 차이로 인해 2015.11.30.까지 정관에 의해 두 사람의 퇴직금을 계산한 결과 OOO는 OOO원, OOO은 OOO원이 산출되어 퇴직금에서 OOO원의 차이가 발생하였다. 특히, OOO는 청구법인의 설립 초부터 청구법인을 대표하여 성장을 주도하였을 뿐만 아니라, 청구법인 전체를 총괄하고, 건설부문을 관리하면서 2013사업연도 말에 부도위기에 처한 청구법인과 동종업체인 난간대 시공건설업의 국내 1위인 (주)OOO의 영업부문을 인수하여 시너지 효과를 거둠으로써 2013사업연도까지 연간 매출액이 OOO원 정도로 소기업 수준의 청구법인을 2014사업연도부터 OOO원의 중기업 수준으로 급성장하게 하였고, 법인세차감전이익도 OOO원 수준에서 OOO원대로, 당기순이익도 OOO원대로 급성장시키는 등 청구법인의 성장과 발전에 주도적인 역할을 하여 특별한 공로가 있음에도, 평소에 회사의 발전을 생각하여 본인의 급여를 스스로 삭감함으로써 퇴직금은 줄어드는 차별이 생기게 되었다. 청구법인은 이러한 문제점을 개선하기 위하여 2012.12.7. 주주총회에서 정관을 변경하면서 임원상여금, 성과급 및 특별성과급은 회사의 경영성과와 기여도를 고려하여 임원상여금 지급규정에서 별도로 정한다고 규정하였고, 정관 별지2호 임원보수 지급규정 제8조 제1항에서 퇴직한 임원이 재직 중 회사에 특별한 공로가 있는 경우에는 제9조에 따른 퇴직금 이외에 특별공로금을 지급할 수 있다고 규정하였으며, 동 규정 제9조(퇴직금의 지급) 제1항에서 근속기간 만 1년 이상인 임원이 급여를 연봉제로 전환함에 따라 당사자가 퇴직금 중간정산을 신청할 시 회사는 퇴직금을 지급할 수 있다고 규정하였는바, 위 규정에 따라 임원인 OOO이 2015.11.25. 퇴직금 중간정산을 신청하였으며, 2015.11.26. 임시주주총회에서 퇴직급 중간정산 결과 퇴직금차액에 대해 대표이사 OOO에게는 퇴직금과 별도로 대표이사 OOO과의 회사 공헌에 따른 형평성에 맞춰 중간정산 퇴직급여 외에 특별위로금 OOO원을 지급한 것이다. 이와 같이 청구법인은 정관에서 규정한 임원보수에 대한 지급규정과 주주총회를 거쳐 퇴직위로금을 산출하여 OOO에게 쟁점퇴직위로금을 지급하였음에도 처분청은 이를 지급규정 없이 주총결의를 통해 대표이사 OOO에게만 지급한 퇴직위로금이라고 하여 손금불산입하였으므로 위법·부당하다.
(3) 처분청은 2015년도에 청구법인의 건설현장에서 근로를 제공한 일용직 근로자의 인건비 중 쟁점일용직인건비OOO는 이중근로 사실이 국세청 전산망으로 확인되므로 청구법인에 근로사실이 없는 가공의 인건비라고 보아 손금불산입하였으나, 청구법인은 주택건설업체와의 하도급계약에 따라 주택의 난간대를 주로 시공하는 전문건설업체이고, 공사관리는 현장소장 중심의 성과급제로 현장소장이 일용직 인원의 선발, 계약, 임금계산, 시공 등 노무관리 전반을 관리하고 있으며, 일용직 근로자의 임금계산은 현장소장으로부터 해당 일용직의 작업내용과 산출된 임금 액수 및 전월까지의 미지급이 없음을 보고받은 후, 임금은 사고를 우려하여 현장소장을 통하지 않고 청구법인의 계좌에서 근로자 본인의 계좌로 직접 이체하였다. 건설현장 일용직 근로자의 특성상 이중근로 행태는 충분히 있을 수 있고, 청구법인의 소속으로만 계속 근로를 하는 인원이 아니므로 타 회사에서 계약직이나 비상근 직원으로 근무하면서 청구법인에서도 일용직으로 근무를 하기도 하는바, 일용직 근로자가 군인 등의 신분이거나 병원입원 등 근로를 제공할 수 없는 사유가 있음에도 근로를 제공하였다고 하면 허위근무라 하겠으나, 그렇지 않은 경우 이중근로 자료가 발생하였다 하더라도 근로자 본인에게 사실 확인을 하여 사실대로 인정하여야 할 것이고, 청구법인은 금전사고를 방지하기 위하여 임금을 현장소장을 통하지 않고 일용직 근로자의 계좌로 직접 이체해 주기 때문에 근로자에게 입금한 사실이 확인된다면 근로를 제공한 것으로 봄이 타당하다. 처분청은 이중근로자(5명)에 대해 무조건 청구법인이 제출한 일용직근로자의 근로사실을 부인하였으나, 3명OOO의 일용직 근로자들은 청구법인의 공사현장에서 일용직으로 근무한 사실에 대해 공사현장, 근무기간, 근무일수, 단가, 금액, 입금일자, 입금받은 계좌번호 확인을 통해 근무한 사실을 확인하고 있으며(확인서 제출), 나머지 일용직근로자 2명은 행방불명으로 근무사실확인서를 징취하지는 못하였으나, 조사기간 중 출근한 현장내역, 지급조서, 임금 입금 내역 등의 자료를 통해 실제 근무사실을 소명을 하였음에도 불구하고 일용근로자 본인 등에 대한 사실 확인 없이 단순히 이중근로로 전산망에 확인된다는 사실만으로 쟁점일용직인건비를 손금불산입하고, 대표자 상여로 소득처분함은 위법․부당하다.
(4) 조사청은 청구법인이 2012～2016사업연도 법인세 신고시 쟁점 세액공제 대상인 연구소 근무직원의 인건비 중 연구소장을 제외한 직원들의 인건비는 연구소 전담직원이 아니므로 공제요건에 해당하지 않는다고 보아 쟁점세액공제를 부인하였으나, 2013사업연도의 쟁점세액공제에 대해서는 2014년 11월에 OOO이 2013사업연도 법인세 신고분에 대한 부분세무조사를 한 결과, 디자인 연구소의 연구인력 5명 중 1명 OOO은 연구개발만을 전담하는 직원이 아니므로 해당 인건비 OOO원은 쟁점세액공제 대상에서 제외하는 수정신고를 하라고 요구하여 청구법인이 2014.11.28. 수정신고를 하고 관련 법인세 OOO원을 납부하였으며, 나머지 직원은 연구소 전담직원으로 인정을 하였다. 그럼에도 불구하고, 처분청은 2012～2016사업연도 법인세 신고시 쟁점세액공제를 한 연구소 근무직원의 인건비가 이 건 조사시점인 2017사업연도를 기준으로 보았을 때 연구소장을 제외한 나머지 직원들은 연구소 전담직원이 아니므로 공제요건에 해당하지 아니한다고 보아 무조건 위 사업연도 전체의 쟁점세액공제를 부인하였다. 국세기본법제81조의4 제2항은 “세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.”고 중복조사를 금지하고 있고, 대법원 판례(2015.2.26. 선고 2014두12062 판결)도 “어느 세목의 특정 과세기간에 대하여 모든 항목에 걸쳐 세무조사를 한 경우는 물론 그 과세기간의 특정 항목에 대하여만 세무조사를 한 경우에도 다시 그 세목의 같은 과세기간에 대하여 세무조사를 하는 것은 국세기본법 제81조의4 제2항 에서 금지하는 재조사에 해당한다”고 하여 중복조사를 금지하고 있다. 따라서, 2013사업연도의 쟁점세액공제에 대해서는 OOO장이 확인조사를 하였음에도 처분청에서 이를 다시 조사하는 것은 명백히 중복조사에 해당되므로 2013사업연도의 쟁점세액공제를 부인한 처분은 취소하여야 하고, 2012사업연도의 쟁점세액공제 인건비 중 디자인연구소에서 퇴직한 OOO는 연구전담직원으로 재직하다가 퇴직하였고, OOO에 대해서는 2013사업연도 부분 조사시에 전담직원으로 인정을 하였음에도, 2017사업연도의 조사시점에서의 관점으로 전담직원인지의 여부에 대한 사실 확인 없이 무조건 세액공제를 부인한 처분은 위법·부당하므로 2012사업연도의 OOO의 인건비 OOO원에 대한 쟁점세액공제를 부인한 처분은 취소하여야 하며, 같은 이유로 2014사업연도의 쟁점세액공제 인건비 중 OOO의 인건비 OOO원에 대해서도 쟁점세액공제를 부인한 처분은 취소하여야 한다.
(1) 청구법인은 임원보수규정의 한도를 초과하지 않았다 하여 임원 상여금을 부인한 처분은 잘못이라고 주장하나, 임원보수 한도액만을 지급기준이라고 한다면 지배주주에 의한 이익처분을 허용하는 결과가 되며, 대표이사인 임원들에게 성과금의 개별적이고 구체적인 지급기준이나 성과평가방법을 정함이 없이 임원들에게 상여금을 지급한 것은 이익처분에 의한 성과금 지급이라고 봄이 타당하다. 또한, 청구법인은 매출이 3% 이상 늘어난 경우 특별성과급을 추가로 지급할 수 있다는 임원 상여금 지급규정이 있다는 점을 들어 처분의 부당성을 주장하나, 기업의 매출 성과는 임원뿐 아니라 임직원 전체의 노력이 반영된 결과이므로 이에 대한 개별적 포상을 위해서는 사전에 성과목표를 제시하고 이에 대한 달성률, 기여도를 객관적으로 평가하여 개별 포상이 이루어지는 것이 통례임에도 청구법인은 이러한 구체적인 성과평가 절차 등이 없이 지배주주인 임원들에게 성과금을 지급한 것이므로 동 임원상여금을 손금불산입함은 정당하다.
(2) 청구법인은 퇴직한 임원이 재직중 회사에 특별한 공로가 있는 경우에는 퇴직금 이외에 특별공로금을 지급할 수 있다고 규정하여 이에 따라 지급한 것이므로 과세처분이 부당하다고 주장하나, 청구법인은 대표이사 OOO에게 청구법인의 임원퇴직금 지급규정에 의해 아래와 같이 퇴직금을 지급하였다. 청구법인은 회사 규정에 의해 퇴직금을 지급하고도 특정임원 OOO가 다른 임원 OOO에 비해 퇴직금이 적어 균형을 맞추어 최종적으로 아래와 같이 퇴직금 등이 지급되었다. 청구법인이 OOO에게 지급한 쟁점퇴직위로금은 내부 규정에 의해 지급한 것이며, 특정임원인 OOO가 청구법인의 매출신장에 기여한 바가 크므로 퇴직위로금 지급에 문제가 없다고 주장하나, OOO가 청구법인의 매출 신장이나 영업이익 등의 증가에 구체적으로 어떠한 특별 공로가 있는지 불명확하고, 특별한 공로가 있다면 그 공로에 적정하게 평가하여 지급하여야 함에도 지급기준이 다른 임원인 OOO의 퇴직금 지급액을 기준으로 형평을 맞추어 지급한 것으로 정당하다고 볼 수 없다. 따라서, 청구법인의 지배주주인 특정임원 OOO와 다른 임원인 OOO은 세법상 동일직위에 있는 임원으로 퇴직금 지급시에 특정임원 OOO에게만 특별위로금을 지급한 것은 법인세법 시행령제43조 규정에 의한 초과 보수 지급에 해당한다.
(3) 청구법인은 일용직 근로자의 현장내역, 지급조서, 입금내역 등을 들어 실제 근무하였다고 주장하나, 부인된 현장인건비를 지급받은 근로자는 청구법인 외 다른 업체에서도 근로를 제공한 이중근로자로 청구법인의 소명 내용만으로는 실제 근무사실을 확인할 수 없어 청구법인의 확인을 거쳐 손금불산입한 것이므로 이 건 처분은 정당하다.
(4) 조사청은 조사기간 중에도 청구법인의 대표 및 직원과 함께 연구소를 매일 방문하여 연구소 직원들의 연구활동 종사여부를 확인하였으나, 연구소에 근무하는 직원들이 없어 동행한 청구법인의 관계자에게 문의하자 ‘현장에 출장하여 공사관계 업무를 하고 있다’고 구두로 답변하였고, 연구소장 및 총괄담당 외에는 디자인 관련 전공자도 아니어서 연구소 직원들은 연구활동에만 전담하는 것이 아닌 영업, 공사, 자문 등의 겸업을 하였던 사실을 청구법인의 확인을 거쳐 연구개발비 세액공제를 부인한 것이다. 청구법인은 2013사업연도 귀속분에 대해서 중복조사에 해당하므로 세액공제가 부당하다고 주장하나, 국세기본법제81조의4 제2항에는 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우, 2이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우, 기타 이와 유사한 경우에는 중복조사에 해당하지 않는 것으로 규정되어 있고, 연구인력개발비에 대한 세액공제는 조사기간 중에 청구법인의 연구소 현장방문, 청구법인의 확인을 거쳐 동 세액공제를 부인한 처분으로 조세탈루 혐의가 명백하며 2이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우에 해당하므로 중복조사에 해당하지 아니한다.
① 쟁점임원상여금을 손금불산입한 처분의 당부
② 쟁점퇴직위로금을 손금불산입한 처분의 당부
③ 쟁점일용직인건비를 손금불산입하고 대표자 상여로 소득처분한 처분의 당부
④ 연구전담직원의 인건비가 아니라고 보아 쟁점세액공제를 부인하여 과세한 처분의 당부
(1) 법인세법 제26조[과다경비 등의 손금불산입] 다음 각 호의 손비 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 과다하거나 부당하다고 인정하는 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.
(2) 법인세법 시행령 제20조[성과급 등의 범위] ① 법 제20조 제1호 단서에서 “대통령령으로 정하는 성과급”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.
4. 내국법인이 근로자[다음 각 목의 어느 하나의 직무에 종사하는 자(이하 “임원”이라 한다)는 제외한다]와 성과산정지표 및 그 목표, 성과의 측정 및 배분방법 등에 대하여 사전에 서면으로 약정하고 이에 따라 그 근로자에게 지급하는 성과배분상여금
② 법인이 임원에게 지급하는 상여금 중 정관ㆍ주주총회ㆍ사원총회 또는 이사회의 결의에 의하여 결정된 급여지급기준에 의하여 지급하는 금액을 초과하여 지급한 경우 그 초과금액은 이를 손금에 산입하지 아니한다.
③ 법인이 지배주주 등(특수관계에 있는 자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)인 임원 또는 사용인에게 정당한 사유없이 동일직위에 있는 지배주주 등 외의 임원 또는 사용인에게 지급하는 금액을 초과하여 보수를 지급한 경우 그 초과금액은 이를 손금에 산입하지 아니한다. 제44조[퇴직급여의 손금불산입] ① 법인이 임원 또는 사용인에게 지급하는 퇴직급여(근로자퇴직급여 보장법제2조 제5호의 규정에 따른 급여를 말한다. 이하 같다)는 임원 또는 사용인이 현실적으로 퇴직(이하 이 조에서 "현실적인 퇴직"이라 한다)하는 경우에 지급하는 것에 한하여 이를 손금에 산입한다.
② 현실적인 퇴직은 법인이 퇴직급여를 실제로 지급한 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 포함하는 것으로 한다.
1. 법인의 사용인이 당해 법인의 임원으로 취임한 때
2. 법인의 임원 또는 사용인이 그 법인의 조직변경․합병․분할 또는 사업양도에 의하여 퇴직한 때
3. 근로자퇴직급여 보장법제8조 제2항에 따라 퇴직급여를 중간정산하여 지급한 때(중간정산시점부터 새로 근무연수를 기산하여 퇴직급여를 계산하는 경우에 한정한다)
4. 법인의 임원에 대한 급여를 연봉제로 전환함에 따라 향후 퇴직급여를 지급하지 아니하는 조건으로 그 때까지의 퇴직급여를 정산하여 지급한 때
5. 정관 또는 정관에서 위임된 퇴직급여지급규정에 따라 장기 요양 등 기획재정부령으로 정하는 사유로 그 때까지의 퇴직급여를 중간정산하여 임원에게 지급한 때(중간정산시점부터 새로 근무연수를 기산하여 퇴직급여를 계산하는 경우에 한정한다)
③ (생 략)
④ 법인이 임원에게 지급한 퇴직급여 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 금액을 초과하는 금액은 손금에 산입하지 아니한다.
1. 정관에 퇴직급여(퇴직위로금 등을 포함한다)로 지급할 금액이 정하여진 경우에는 정관에 정하여진 금액
2. 제1호 외의 경우에는 그 임원이 퇴직하는 날부터 소급하여 1년동안 해당 임원에게 지급한 총급여액[소득세법제20조 제1항 제1호가목 및 나목에 따른 금액(같은 법 제12조에 따른 비과세소득은 제외한다)으로 하되, 제43조에 따라 손금에 산입하지 아니하는 금액은 제외한다]의 10분의 1에 상당하는 금액에 기획재정부령으로 정하는 방법에 의하여 계산한 근속연수를 곱한 금액. 이 경우 해당 임원이 사용인에서 임원으로 된 때에 퇴직금을 지급하지 아니한 경우에는 사용인으로 근무한 기간을 근속연수에 합산할 수 있다.
⑤ 제4항 제1호는 정관에 임원의 퇴직급여를 계산할 수 있는 기준이 기재된 경우를 포함하며, 정관에서 위임된 퇴직급여지급규정이 따로 있는 경우에는 해당 규정에 의한 금액에 의한다.
⑥ (생 략) [쟁점③ 관련] 법인세법 제19조[손금의 범위] ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 한다.
② 제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다. [쟁점④ 관련] 국세기본법 제81조의4 [세무조사권 남용 금지] ① 세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다.
② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다
1. 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우
2. 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우
3. 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우
(1) 쟁점①․②과 관련한 사실관계는 다음과 같다. (가) 청구법인의 연도별 매출액과 당기순이익은 아래 <표4>와 같다. 청구법인은 2013사업연도까지는 연간 매출액 OOO원 정도의 소기업 수준이었으나, 2013사업연도 말 대표이사 OOO의 주도로 국내의 난간대 시장점유율 1위인 (주)OOO의 영업부문을 인수하면서 시너지 효과로 매출액이 OOO원 정도의 중기업 수준으로 급성장하였고, 법인세차감전이익도 OOO원, 당기순이익도 OOO원으로 급성장한 것으로 나타난다. (나) 처분청은 청구법인의 임원OOO에게 지급한 쟁점임원상여금 OOO원이 사전에 구체적인 지급기준이 없고 이에 따른 객관적인 성과평가 절차 없이 지급된 것으로 보아 청구법인의 확인을 거쳐 아래 <표5>와 같이 손금불산입하였다. 또한, OOO에게 지급한 쟁점퇴직위로금 OOO원도 특별공로에 대한 평가지급기준이 없이 OOO의 퇴직금 지급액을 기준으로 형평에 맞추어 특정 임원에게만 지급한 것으로 보아 손금불산입하였다. (다) 청구법인의 정관 및 주주총회의사록 등의 내용은 다음과 같다.
1. 청구법인의 설립시 제정된 정관 제28조(보수) 제1항에서 “이사와 감사의 보수는 주주총회의 결의로 이를 정한다”고 되어 있고, 청구법인이 2008.3.21. 개최한 주주총회 제2호의 안 상근임원(등기임원)에 대한 보수 지급 건에서 “의장이 당사의 상근임원 2명의 급료 등 OOO원 범위내에서 임원보수규정에 의하여 지급하자고 제안하여 참석주주 전원의 찬성으로 이를 승인한다”고 결정하였다.
2. 청구법인이 2012.3.12. 개최한 주주총회 제2호의 안 상근 임원보수 한도액 승인의 건에서 “임원보수 한도액: OOO원 정”이라고 결정하였다.
3. 2012.12.7. 개최한 정관변경을 위한 청구법인의 주주총회 제9호의 안 임원의 보수지급규정 신설에 대한 건에서 개정한 내용들을 보면, ① 임원보수 지급규정을 정관 별지2호로서 신설하고, ㉠ 정관 별지2호 임원보수 지급규정 제3조[보수의 종류] 제1항에서 “보수의 종류는 기본급, 상여금, 성과급, 특별성과급, 기타수당 및 복리후생비등으로 한다”고 되어 있으며, ㉡ 제2항에서 “임원별 기본급, 기타수당 지급액은 이사회에서 따로 정한다. 다만, 상여금, 성과급 및 특별성과급은 회사의 경영성과와 기여도를 고려하여 임원상여금 지급규정에서 별도로 정한다”고 되어 있고, ㉢ 제8조 [특별공로금] 제1항에서는 “퇴직한 임원이 재직 중 회사에 특별한 공로가 있는 경우에는 제9조에 따른 퇴직금 이외에 특별공로금을 지급할 수 있다”고 되어 있으며, 제9조[퇴직금의 지급] 제1항에서 “근속기간 만 1년 이상인 임원이 임기만료, 사임, 재임 중 사망 등으로 퇴직하여야 할 경우와 기획재정부령으로 정한 사유로 인한 퇴직금의 중간정산 신청시와 급여를 연봉제로 전환함에 따라 당사자가 퇴직금 중간정산을 신청할 시 회사는 퇴직금을 지급할 수 있다”고 규정하였다. 또한, ② ㉠ 제11호의 안 임원의 상여금지급규정 신설에 대한 건 에서 임원상여금 지급규정을 정관 별지3호로 신설하고, ㉡ 제28조의2(임원의 상여금) 제1항에서 “임원의 상여는 주주총희의 결의로 정한다”고 되어 있으며, 제2항에서 “임원의 상여금의 지급은 주주총회의 결의를 거친 본 정관 별지3호 임원상여금 지급규정에 의한다”고 되어 있고, ㉢ 정관 별지3호 임원상여금 지급규정 제4조[상여금] 제1항은 “상여금은 직전연도 당기순이익의 범위내에서 회사의 사정을 감안하여 지급할 수 있다”고 되어 있으며, 제2항에서 “단, 지급금액과 시기 및 기준은 이사회 결의에 의하며, 이사가 2인 이하인 경우에는 주주총회의 승인을 얻어야 한다”고 되어 있고, 제3항에서 “직전연도 당기순이익 또는 매출이 3% 이상 늘어난 경우에는 주주총회의 승인을 얻어 특별성과급여를 추가 지급한다”고 되어 있으며, 제5조 [상여금의 한도]에서 “한도는 직전회계연도 연간 개인별 총 보수액의 200% 이하로 한다”고 되어 있다. 아울러, ③ 제10호의 안 임원퇴직금 지급규정 변경에 대한 건 제4조에서 정관의 임원퇴직금 산정기준 및 지급율의 변경을 규정하였다.
4. 2013.3.27. 개최한 청구법인의 주주총회 제4호의 안 임원보수 한도액 승인의 건에서 임원보수 한도액을 OOO원으로 결정하였다.
5. 2014.3.10. 개최한 청구법인의 주주총회 제2호의 안 상근 임원보수 한도액 승인의 건에서 임원보수 한도액을 OOO원으로 하고, 제3호의 안 상근 임원 2013년도 특별성과급 지급 승인의 건에서는 상근임원(대표이사)에게 각 OOO원의 성과급을 지급하기로 결정하였다.
6. 2015.3.27. 개최한 청구법인의 주주총회 제2호의 안 상근 임원보수 한도액 승인의 건에서 임원보수 한도액을 OOO원으로 하고, 제3호의 안 상근 임원 2014년도 특별성과급 지급 승인의 건에서는 상근임원(대표이사)에게 각 OOO원의 성과급을 지급하기로 결정하였다.
7. 2015.11.26. 개최한 청구법인의 주주총회 제1호의 안 퇴직금 중산정산의 건 제1호에서 “대표이사 OOO에 대한 급여를 연봉제로 전환함에 따라 향후 퇴직급여를 지급하지 아니하는 조건으로 그때까지의 퇴직급여를 정산하여 지급한다. 퇴직금 중간정산일은 대표이사 OOO는 OOO일로 하고, 대표이사 OOO은 OOO일로 한다”고 되어 있고, 제2호에서 “대표이사 OOO의 중간정산 금액은 정관에 의거하여 계산한 금 OOO원이고, 대표이사 OOO의 중간정산금액은 정관에 의거하여 계산한 금 OOO원이다”고 되어 있으며, 제3호에서 “임시주주총회에서 결정된 2015.11.30.자의 중간정산 퇴직급여는 대표이사 OOO과 합의에 의하여 소득세 등에 대한 원천징수금액을 제외한 금액을 전액 현금 지급하고, 대표이사 OOO에게는 퇴직금과 별도로 대표이사 OOO과의 회사 공헌에 따른 형평성에 맞춰 중간정산 퇴직급여 외에 특별위로금 OOO원을 지급한다”고 결정하였다.
8. 2015.12.1. 개최한 청구법인의 주주총회에 의해 개정된 정관 제54조[임원의 보수와 퇴직금] 제1항에서 “임원의 보수, 상여금 및 임원의 퇴직규정은 주주총회의 결의를 거친 임원연봉제 규정에 의한다”고 되어 있고, 정관 별첨 1 임원연봉제 규정 제4조에서 연봉체계[제1호 연봉. 제2호 연봉외 급여(상여금)]를 규정하면서 단, 상여금의 총액은 기본급의 2배의 범위내에서 지급한다”고 규정하였다.
9. 2016.3.21. 개최한 청구법인의 주주총회 제2호의 안 상근 임원보수 한도액 승인의 건에서 2016연도 임원보수 한도액을 OOO원으로 하고, 제3호의 안 상근임원 2015년도 성과급 지급 건에서 상근임원(대표이사)에게 각 OOO원의 성과급을 지급하기로 결정하였다.
10. 2017.3.12. 개최한 청구법인의 주주총회 제2호의 안 상근임원 보수 한도액 승인의 건에서 2017년도 임원보수 한도액을 OOO원으로 하고, 제3호의 안 상근임원 2016년도 성과급 지급 승인의 건에서는 상근임원(대표이사)에게 각 OOO원의 성과급을 지급하기로 결정하였다.
(2) 청구법인이 제출한 항변서의 내용은 다음과 같다. (가) 청구법인은 정관에서 “이사와 감사의 보수는 주주총회의 결의로 이를 정한다”고 규정하고 있고, 2012～2016사업연도에 지급한 상여금이나 성과급은 정관이 정한 임원보수규정과 임원상여금의 범위내에서 주주총회에서 구체적으로 결정한 금액을 지급하였다. 위와 같이 청구법인은 설립시부터 대주주인 OOO와 특수관계자인 동생 OOO의 지분율을 합해도 OOO%로 과반수에 미달이며, 나머지 OOO%는 특수관계가 없는 다른 주주들이 소유하고 있으므로 지배주주의 특별성과금을 임의로 지급할 수 있는 구조가 아니며, 주주들이 매년 주주총회를 통해 정관을 정비하고, 임원급여와 상여금 지급규정을 새로 정하거나 개정하고 있으며 임원에 대한 특별성과급의 지급금액을 구체적으로 결정하는 등으로 청구법인의 경영상황을 면밀히 점검하고 자신들의 이익을 위하여 회사의 운영방향과 이익처분에 의한 주주 배당금을 결정하여 주주로서의 권리를 성실히 행사하고 있으므로, OOO 등 특정임원들이 임의로 이익처분에 의한 성과급을 결정하여 지급받을 수 있는 구조가 아니다. 또한, 일반적으로 비상장법인들이 주주들에게 배당을 잘 하지 않는 관행과는 달리 청구법인은 OOO원을 이익처분에 의한 배당금으로 주주들에게 지급을 하였다. 처분청은 쟁점임원성과금을 구체적인 성과평가 절차 없이 임의로 지급하였다는 의견이나, 청구법인의 정관 별지 3호에 임원상여금 지급규정이 있고 매년 주주총회를 개최하여 임원 보수한도와 얼마의 금액OOO을 임원들에게 성과급으로 지급할 것인지를 구체적으로 의결하여 지급한 것이다. 임원상여금에 대해서는 주주총회에서 그 한도만을 정하고 그 범위 내에서 상여금을 지급한 경우도 응당 손금으로 인정된다 할 것(국심 2003서3354, 2004.2.24. 등)이고, 처분청은 ‘급여지급기준’이라는 의미를 정확한 산식에 의한 가액만을 의미하는 것으로 축소 해석하고 있으나, 판례와 예규에서는 ‘급여지급기준’이라는 의미를 산식에 의해서 계산된 금액뿐 아니라 합리적인 경영성과 등 근거가 있는 경우까지 폭넓게 인정하고 있다. (나) 처분청은 기업의 매출성과는 임원 뿐 아니라 모든 임직원의 노력이 반영된 결과이므로 이에 대한 개별적 포상을 위해서는 사전에 목표를 제시하고 이에 대한 달성률, 기여도를 개별적으로 평가하여 개별 포상이 이루어지는 것이 통례임에도 청구법인은 매출의 일정률이 증가하면 특별성과급을 지급할 수 있다는 규정만으로 쟁점임원상여금을 지급하였다는 의견이나, 청구법인의 본사 건설부문은 OOO 대표이사가, 제조부문인 OOO은 OOO 대표이사가 총괄 관리하면서 소속 임직원에 대한 성과평가를 하여 아래 <표8>과 같이 매년 연봉(급여+정기 상여금)이외에 특별성과급을 지급하였다. 위와 같이 2012～2016사업연도에 OOO이 받은 성과급 지급률은 청구법인에서 10년 이상 근속한 임직원 OOO가 성과평가를 하여 수령한 급여 대비 성과급 지급률 보다 비슷하거나 오히려 더 낮게 지급받았음을 알 수 있고, 대표이사 외의 임직원에 대하여는 대표이사들이 성과평가를 하여 지급하고 있으며, 대표이사인 임원들에 대한 성과평가는 2013사업연도부터 매년 계속, 반복적으로 주주총회에서 평가를 하여 정관이 정하는 범위 내에서 성과급을 지급하였다. 또한, 대표이사인 임원들의 성과평가는 기업전체의 성과를 평가하여야 하므로 이는 숫자로 나타나는 기업의 매출증대와 수익의 증가등 경영실적은 물론이고, 미래의 성장 가능성, 경쟁력 증대, 담당업무의 성질, 중요도, 소요 시간, 책임의 경중, 법인의 재무현황 등 구체적인 숫자로 나열할 수 없는 부분도 평가를 하여야 하고, 이런 성과평가는 주주총회에서 각 주주들간의 토론을 거친 협의에 의해 평가되어 성과금액이 결정된 사항이며, 그 지급률도 10년 이상 근속한 다른 임직원에게 지급한 성과급에 비해 너무 과다하지도 않고 비슷하거나 오히려 더 낮게 지급하였음에도 대표이사인 임원에 대한 쟁점임직원상여금만을 이익처분에 의한 성과급 지급이라고 보아 손금불산입한 처분은 부당하다. (다) 처분청은 OOO에게 지급한 쟁점퇴직위로금 OOO원이 법인세법 시행령제43조 제3항에 규정한 초과보수 지급에 해당한다고 하여 손급불산입하였다. 그러나, 청구법인은 OOO이 본사 및 지점 사업장별로 독립채산제에 의해 운영하고 있으며, 아래 <표9>의 2012～2015사업연도 독립채산제에 의한 손익산출 내용을 살펴보면, OOO가 대표이사로서 관리하던 본사 건설부문의 OOO원으로 간신히 흑자상태를 유지하다가 OOO가 (주)OOO를 인수하고 관리하면서 시너지효과가 발생하여 OOO지점의 정상가동으로 OOO원을 달성함으로써 청구법인의 비약적인 성장과 발전에 지대한 공헌을 하였으며, 이러한 성취는 OOO을 관리하던 OOO에 비하여 그 성과가 훨씬 월등한 것이지 결코 가볍다고 할 수 없으므로 퇴직금 중간 정산시 개최한 임시주주총회에서 각 주주들의 찬성과 공로의 인정으로 퇴직위로금을 지급한 것이다. 청구법인의 출자지분 중 과반이 넘는 지분 OOO%는 지배주주인 OOO와 특수관계가 아니면서 실질적으로 의결권을 행사하는 주주들이 보유하고 있어 OOO가 임의로 자신의 상여금이나 퇴직위로금을 과다하게 지급하거나 보수규정을 쉽게 수정할 수 있는 경우에 해당하지 않으며, 이는 상여금을 최대한 줄여 배당수익을 극대화하려는 다른 주주들의 입장과 이해상충의 관계에 있기 때문이다. 만약, 청구법인에서 OOO의 OOO간 재직에 대한 쟁점퇴직위로금 이 과다한 것이었다거나 부당하다고 보았다면, 다른 주주들의 반대로 쟁점퇴직위로금이 지급될 수 없었을 것인바, 출자임원이라 하더라도 수취한 퇴직위로금이 일반적인 관행 및 해당 임원의 공로 등에 비추어 과다하지 아니하면 손금산입함이 타당하다 할 것이고, 청구법인도 창업자로서 24년간 회사에 지대한 공헌을 한 지배주주인 OOO의 공로를 인정하고, 같은 창업자이고 동일 직위에 있으면서 지배주주가 아닌 OOO과의 퇴직금 차이를 보전해 주기 위해 주주총회에서 적법한 절차를 통해 누적된 보상으로 쟁점퇴직위로금을 지급하여 정당한 사유가 있으므로 처분청이 이를 초과보수라 하여 손금불산입한 처분은 부당하다.
(3) 쟁점③과 관련하여 처분청은 쟁점일용직인건비OOO에 대하여 2015사업연도 중 국세청 전산자료에 이중근로자로 나타나는 등 실제 근무사실을 객관적으로 확인할 수 없다고 보아 아래 <표10>과 같이 손금불산입하였다. 이에 대하여 청구법인은 이들 일용직근로자가 출역한 공사현장, 근무기간, 근무일수, 단가, 금액 등이 기재된 노무비지급현황, 계좌이체내역이 나타는 예금계좌 등을 제출하고 있고, 이에 부합하는 일용직근로자 3명의 확인서를 제출하고 있다OOO.
(4) 쟁점④와 관련하여 OOO은 2014년 11월 청구법인에 대하여 2013사업년도 법인세 신고분에 대한 부분세무조사를 실시한 결과, 2013사업연도의 디자인 연구소 연구직원 5명 중 OOO은 연구개발만을 전담하는 전담직원이 아니라고 하면서 해당 인건비 OOO원은 쟁점세액공제 대상에서 제외하는 수정신고를 하라고 요구하여 청구법인은 2014.11.28. 수정신고를 하고 관련 법인세 OOO원을 납부하였고, 조사청은 다시 이번 세무조사에서 연구개발에 전담하지 않은 직원을 대상으로 한 인건비에 대한 쟁점세액공제를 청구법인의 확인을 거쳐 부인하였으며, OOO은 연구활동에 전담하지 않는다고 보아 아래 <표11>과 같이 쟁점세액공제를 부인한 것으로 나타난다.
(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 처분청은 쟁점임원상여금이 사전에 결정된 객관적인 기준이나 근거에 의하지 아니하고 상여금의 형식을 빌어 이익처분한 것에 불과하다는 의견이나, 임원의 보수는 법인의 재량에 속하는 것으로 경영실적, 재무현황, 지위 및 담당업무 등을 종합적으로 고려하여 자유롭게 정할 수 있는 것이므로 특별한 사정이 없는 한 법인이 주주총회ㆍ사원총회 또는 이사회의 결의에 의하여 결정된 급여지급기준에 의하여 지급하는 상여금은 이를 손금으로 인정할 수 있다 할 것인바(조심 2010부2005, 2010.12.21., 조심2016중3852, 2017.10.23.), 청구법인은 OOO이 서로 특수관계에 있지 아니한 각자 대표체제로 법인의 주요 의사결정을 대표이사가 전적으로 할 수 있다고 보기 어려운 점, 청구법인의 쟁점임원상여금 지급은 매년 주주총회 결의를 거쳐 계속·반복적으로 이루어졌고, 매년 이익처분에 의해 배당을 실시하여 지배주주에 의해 법인의 유보된 이익을 일시적으로 상여금의 형식으로 배분한 것으로 보기 어려운 점, 대표이사 외의 임원에게도 일정수준의 성과급을 지급한 점, 쟁점임원상여금은 그 금액이 통상적으로 인정되는 범위 내에 있다고 보이는 점 등에 비추어 이를 손금산입함이 타당한 것으로 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 법인세법 시행령제43조 제3항에서 “법인이 지배주주 등(특수관계에 있는 자를 포함한다)인 임원 또는 사용인에게 정당한 사유 없이 동일직위에 있는 지배주주 등 외의 임원 또는 사용인에게 지급하는 금액을 초과하여 보수를 지급한 경우 그 초과금액은 이를 손금에 산입하지 아니한다”고 규정하고 있고, 동일직위에 있는 임원은 법인등기부상 직위에 관계없이 회사내부조직체계상 실제 종사하는 사실상의 직무를 기준으로, 정당한 사유는 지배주주등인 임원의 경영실적, 담당업무의 성질ㆍ중요도ㆍ소요 시간, 책임의 경중, 법인의 재무현황, 건전한 사회통념이나 상관행 등에 비추어 경제적 합리성 기준으로 각 판단하여야 할 것인바, 쟁점퇴직위로금은 동일직위에 있으면서 지배주주가 아닌 임원인 OOO과 누적 급여 수준을 맞추기 위해 지급한 것으로 단적으로 OOO의 퇴직금을 초과하여 지급하였다고 보기 어려운 점, OOO가 퇴직금 중간정산 시점에 건설부문을 총괄 운영하는 대표이사로서 그간 회사를 인수하고 청구법인의 실적을 증대하는데 기여한 공로가 큰 것으로 보이는 점 등에 비추어 쟁점퇴직위로금은 건전한 사회통념이나 상관행상 경제적 합리성을 결여하여 지급되었다고 보기 어려우므로 이를 손금산입함이 타당한 것으로 판단된다. (다) 다음으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 건설업에 종사하는 일용직 현장근로자의 특성상 이중근로는 발생할 수 있다고 보이는 점, 해당 이중근로자(5명)은 노무비지급대장에서 공사현장명, 근무일수, 일급 등이 확인되며, 계좌번호 및 입금 내역을 제시하고 있는 점, 쟁점일용직 인건비에 해당하는 OOO 은 실제 현장근로를 제공하고 일용 급여를 받았다는 내용의 확인서를 제출하고 있는 점(2명은 행방불명) 등에 비추어 쟁점일용직인건비 OOO원은 손금산입하고, 대표자 상여 소득처분에서 제외함이 타당한 것으로 판단된다. (라) 마지막으로 쟁점④에 대하여 살피건대, 국세기본법제81조의4 제2항에서 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우 또는 2이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우에는 중복조사에 해당하지 않는 것으로 규정되어 있는바, 쟁점세액공제가 2이상의 사업연도에서 이루어진 이상 1개 사업연도의 쟁점세액공제에 대해 세무조사를 하였더라도 중복조사 또는 재조사에 해당하지 않는 것으로 보이므로, 처분청이 2013사업연도를 포함한 2012～2016사업연도를 조사대상기간으로 하고 쟁점세액공제액을 부인하여 법인세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.