도급액과 별도로 준공 후 지급하기로 한 별도약정액을 쟁점공사 준공일이 속하는 사업연도의 손금으로 볼 수 없음

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 2010.6.28. 부동산 개발 및 시행을 영위할 목적으로 설립된 법인으로 2011년부터 2013년 9월경까지 OOO지구 내 주상복합용지 OOO를 매입하여 오피스텔 및 근린생활시설 신축공사(이하 “쟁점공사”라 한다)를 하였다.
• 나. 청구법인과 주식회사 OOO(이하 “시공사”라 한다)이 2011년 4월경 쟁점공사와 관련하여 체결한 사업약정서에 의하면 청구법인은 시공사에 도급공사비 외에 세전사업시행이익의 20%(이하 “별도약정액”이라 한다)를 준공 후 6개월이 되는 때에 지급하기로 하였다.
• 다. 청구법인은 별도약정액을 2014사업연도의 손금으로 인식하여 2014사업연도 법인세 신고를 하였으나, 쟁점공사의 준공일이 속하는 2013사업연도에 별도약정액 지급액이 확정되었으므로 2013사업연도의 손금에 해당하고, 2013사업연도에 법인세 신고시 누락한 이월결손금 OOO원을 공제받지 못했으므로 이를 반영해 달라는 취지의 경정청구를 2017.3.31. 하였으며, 처분청은 2017.5.26. 청구법인의 경정청구를 거부하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2017.8.22. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 2011년 4월경 시공사와 공동사업약정서를 체결하면서 사업시행이익과 관련하여 “도급공사비 외 사업시행이익(세전)의 20%를 준공+6개월 시점에 시공사에 지급하기로 한다”고 약정하였고, 위 약정 당시 사업성검토서에 의하면 쟁점공사의 매출이익은 OOO원으로 예상하였고, 2014.1.23. 청구법인, 시공사, OOO 주식회사(이하 “OOO”이라 한다)가 체결한 공사도급계약 제2차 승계계약서에 의하면 별도약정액을 OOO원으로 하여 공사도급금액을 증액하였다. 청구법인은 이를 2013사업연도의 충당부채로 계상(손금불산입)하였다가 2014사업연도의 손금으로 하였으나, 쟁점공사는 2013년에 준공되어 별도약정액이 사실상 확정된 것이므로 2013사업연도의 손금에 해당한다.

(2) 청구법인은 당초 2011사업연도 법인세 신고시 이월결손금을 OOO으로 하여 신고하였다가 2013.4.16. 2011사업연도의 이월결손금을 OOO으로 변경하여 수정신고를 하였음에도 불구하고 청구법인의 이월결손금이 존재하지 않는다는 이유로 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

• 나. 처분청 의견

(1) 청구법인과 시공사간에 2011.4.18. 작성된 사업약정서를 보면 별도약정액은 청구법인이 사업시행이익의 20%를 준공일로부터 6개월 시점에 시공사에게 지급한다는 것으로 되어 있고, 쟁점공사로 인해 신축된 건물의 건축물관리대장상 공사준공일은 2013.9.27.로서 쟁점 도급공사비 지급의무는 2013.9.27.로부터 6개월 이후인 2014사업연도에 도래하는 것을 알 수 있다. 청구법인과 시공사간에 2014.1.23. 작성된 공사도급계약 제2차 승계계약서를 보면 별도약정액을 포함하여 도급계약금액을 변경한 시점이 2014사업연도로서 2013사업연도에는 쟁점공사로 인한 사업시행이익이 확정되지 않아 부득이 2014사업연도가 되어서야 비로소 도급공사계약금액을 변경한 것으로 추정되는 바, 2013사업연도에는 사업시행이익이 확정되지 않아 손금으로 인정할 수 있는 별도약정액을 확정할 수 없는 상태로서 2013사업연도에의 별도약정액은 추정치에 불과하므로 2013사업연도의 손금으로 인정할 수 없다.

(2) 청구법인의 2011～2013사업연도 법인세 신고서와 결의서를 검토한 결과, 이월결손금 발생액과 공제액은 아래 <표1>과 같아 2013 사업연도에 공제할 이월결손금 잔액은 없는 바, 청구법인의 주장은 이유 없다.

• 가. 쟁점

① 도급액과 별도로 준공 후 지급하기로 한 별도약정액을 쟁점공사 준공일이 속하는 사업연도의 손금으로 볼 수 있는지 여부

② 2013사업연도 과세표준에서 공제할 추가적인 이월결손금이 있다는 청구주장의 당부

• 나. 관련 법령 등

(1) 국세기본법 제45조[수정신고] ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자(소득세법 제73조 제1항 제1호 부터 제7호까지의 어느 하나에 해당하는 자를 포함한다)는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 관할 세무서장이 각 세법에 따라 해당 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지하기 전으로서 제26조의2 제1항에 따른 기간이 끝나기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미치지 못할 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액이나 환급세액을 초과할 때

3. 제1호 및 제2호 외에 원천징수의무자의 정산 과정에서의 누락, 세무조정 과정에서의 누락 등 대통령령으로 정하는 사유로 불완전한 신고를 하였을 때(제45조의2에 따라 경정 등의 청구를 할 수 있는 경우는 제외한다) 제45조의2 [경정 등의 청구] ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때 (2) 법인세법(2009.12.31. 법률 제9898호로 일부개정되기 전의 것) 제13조[과세표준] 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위 안에서 다음 각 호에 따른 금액과 소득을 순차로 공제한 금액으로 한다.

1. 각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준계산에 있어서 공제되지 아니한 금액

(3) 법인세법(2009.12.31. 법률 제9898호로 일부개정된 것) 제13조[과세표준] 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위 안에서 다음 각 호에 따른 금액과 소득을 순차로 공제한 금액으로 한다.

1. 각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준계산에 있어서 공제되지 아니한 금액. 이 경우 결손금은 제14조 제2항의 결손금으로서 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정·경정되거나, 국세기본법 제45조 에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금에 한정한다. <부칙(2009.12.31. 법률 제9898호로 일부개정된 것)> 제4조(과세표준에 관한 적용례) 제13조, 제76조의13 제2항 및 제91조제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 과세표준을 신고하거나 경정ㆍ결정하는 분부터 적용한다. 다만, 신고하거나 경정ㆍ결정한 과세표준에 포함되지 아니한 결손금이 공제되도록 2009년 12월 31일 이전에 과세표준을 신고하거나 경정ㆍ결정한 경우에는 종전의 규정에 따른다.

(4) 법인세법(2010.12.30, 법률 제10423호로 일부개정된 것) 제13조[과세표준] 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위에서 다음 각 호에 따른 금액과 소득을 차례로 공제한 금액으로 한다.

1. 각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액. 이 경우 결손금은 제14조제2항의 결손금으로서 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정ㆍ경정되거나, 국세기본법 제45조 에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금만 해당한다.

2. 이 법 및 다른 법률에 따른 비과세소득

3. 이 법 및 다른 법률에 따른 소득공제액 제19조[손금의 범위] ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 한다.

② 제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

③ 조세특례제한법 제100조의18 제1항 에 따라 배분받은 결손금은 제1항의 손금으로 본다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제40조[손익의 귀속사업연도] ① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

② 제1항에 따른 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제43조[기업회계기준과 관행의 적용] 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 그 법인이 익금과 손금의 귀속사업연도와 자산ㆍ부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 기업회계기준을 적용하거나 관행(慣行)을 계속 적용하여 온 경우에는 이 법 및 조세특례제한법에서 달리 규정하고 있는 경우를 제외하고는 그 기업회계의 기준 또는 관행에 따른다. (5) 법인세법 시행령 제79조[기업회계기준과 관행의 범위] 법 제43조에 따른 기업회계의 기준 또는 관행은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 회계기준(해당 회계기준에 배치되지 아니하는 것으로서 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 관행을 포함한다)으로 한다.

1의2. 주식회사의 외부감사에 관한 법률 제13조제1항제2호 및 같은 조 제4항에 따라 한국회계기준원이 정한 회계처리기준

2. 증권선물위원회가 정한 업종별회계처리준칙

3. 공공기관의 운영에 관한 법률에 따라 제정된 공기업ㆍ준정부기관 회계규칙

4. 기타 법령에 의하여 제정된 회계처리기준으로서 기획재정부장관의 승인을 얻은 것 제69조[용역제공 등에의한 손익의 귀속사업연도] ① 법 제40조제1항 및 제2항을 적용함에 있어서 건설ㆍ제조 기타 용역(도급공사 및 예약매출을 포함하며, 이하 이 조에서 “건설등”이라 한다)의 제공으로 인한 익금과 손금은 그 목적물의 건설등의 착수일이 속하는 사업연도부터 그 목적물의 인도일(용역제공의 경우에는 그 제공을 완료한 날을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 속하는 사업연도까지 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 그 목적물의 건설등을 완료한 정도(이하 이 조에서 "작업진행률"이라 한다)를 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각각 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도의 익금과 손금에 산입할 수 있다. (6) 법인세법 시행규칙 제34조[작업진행률의 계산등] ① 영 제69조 제1항 본문에서 “건설등을 완료한 정도”란 다음 각 호의 구분에 따른 비율을 말한다.

1. 건설의 경우: 다음 산식을 적용하여 계산한 비율. 다만, 건설의 수익실현이 건설의 작업시간·작업일수 또는 기성공사의 면적이나 물량 등(이하 이 조에서 “작업시간등”이라 한다)과 비례관계가 있고, 전체 작업시간등에서 이미 투입되었거나 완성된 부분이 차지하는 비율을 객관적으로 산정할 수 있는 건설의 경우에는 그 비율로 할 수 있다. 작업진행률 = 해당 사업연도말까지 발생한 총공사비누적액 /총공사예정비

2. 제1호 외의 경우: 제1호를 준용하여 계산한 비율

② 제1항에 따른 총공사예정비는 기업회계기준을 적용하여 계약 당시에 추정한 공사원가에 해당 사업연도말까지의 변동상황을 반영하여 합리적으로 추정한 공사원가로 한다.

③ 영 제69조 제1항 본문에 따라 각 사업연도의 익금과 손금에 산입하는 금액의 계산은 다음 각 호의 산식에 의한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 제출한 심리자료에 의하면 별도약정액과 관련하여 아래와 같은 사실이 나타난다. (가) OOO이 청구법인에게 제공한 월간보고서에 따른 쟁점공사의 진행률과 분양률은 아래 <표2>와 같고, 별도약정액은 OOO원으로 나타난다. (나) 청구법인이 제시한 사업약정서(2011.4.18.)에 의하면 청구법인과 시공사는 쟁점공사와 관련하여 공동사업을 하기로 하고, 청구법인은 도급공사비 외에 사업시행이익(세전)의 20%를 준공+6개월시점에 시공사에 지급하기로 하였으며, 청구법인의 2013사업연도 감사보고서에 의하면 공사충당부채로 별도약정금 OOO원을 계상하고 2014사업연도의 손금에 산입한 것으로 나타난다. (다) 공사도급계약 2차 승계계약서(2014.1.23.)에 의하면 도급금액을 당초 OOO원에서 2013사업연도 충당부채로 계상하였던 금액과 동일한 OOO원을 증액한 OOO원으로 변경하기로 합의한 것으로 나타난다. (2) 청구법인의 2011사업연도 법인세 신고시 각 사업연도 소득금액 OOO원이 과다신고가 되어 이를 수정하여 2011사업연도 발생 결손금을 OOO원에서 OOO원으로 증액하였다는 청구주장과 관련하여 아래와 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인이 제출한 2011사업연도 법인세 과세표준 및 세액신고서(2013.4.16.)에 의하면 2011사업연도 법인세와 관련하여 각 사업연도 소득금액을 당초 OOO원으로 결손금이 증가하였음을 수정신고 하였고, 수정신고서의 제출 증빙으로 처분청을 수취인으로 한 2013.4.17. 등기 발송 영수증을 제시하였다. 이에 대해 처분청은 관련 신고서가 처분청에 접수되지 아니하였다는 입장이다. (나) 청구법인이 제출한 2012사업연도 법인세 과세표준 및 세액신 고서(2013.8.23.)에 의하면 2012사업연도 법인세와 관련하여 각 사업연도 소득금액이 OOO원으로 증가하였고, 각 사업연도 소득금액에서 공제할 이월결손금 역시 OOO원으로 증가한 것으로 수정신고한 것으로 나타나며 차감납부세액은 당초 신고와 동일한OOO원으로 기재되어 있다. (다) 청구법인은 위 수정신고를 기초로 2013사업연도의 각 사업연도 소득금액에서 차감할 이월결손금을 아래와 같이 제시하였다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 별도약정액은 청구법인과 시공사간에 공동사업약정을 근거로 하고 있는 것으로 사업자간 이익의 배분을 위한 약정이므로 쟁점공사와 직접적인 관련이 없어 쟁점공사에 대응하는 손금으로 보기 어렵고, 별도약정액은 공사도급계약 2차 승계계약서(2014.1.23.) 에 의하여 확정된 것으로 쟁점공사의 준공일(2013.9.27.)에는 그 금액이 확정되지 아니하였으므로 별도약정액이 2013사업연도의 손금이라는 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다. 다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 국세청 전산망에 청구법인이 주장하는 수정신고서 제출 내역이 확인되지 아니하고, 2009.12.31. 법률 제9898호로 법인세법을 개정할 때 법적 안정성을 위하여 각 사업연도 소득금액에서 공제가능한 이월결손금의 범위를 “신고․결정․경정․수정신고한 과세표준에 포함된 결손금으로 한정”하였으므로 청구법인이 공제가능한 추가적인 2011사업연도분 이월결손금은 없는 것으로 보여 2013사업연도의 과세표준을 경정해야 한다는 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.