쟁점토지가 8년 자경농지 감면 대상인지 여부 등

심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구인은 2000.6.20. 취득한 OOO 답 575㎡ (이 하 “쟁점토지”라 한다)를 2016.4.20. OOO에게 OOO원에 양도 한 후,조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제69조의 자경농지에 대한 양도소득세 감면규정을 적용하여 2016.5.11. 양도소득세 예정신고를 하였다.
• 나. 처분청은 청구인의 양도소득세 감면신고에 대하여 청구인이 쟁점토 지를 8년 이상 보유한 사실은 있으나 총 보유기간 중 총 급여 가 OOO원 이상인 과세기간을 제외하면 8년 이상 자경요건을 충족하 지 못하게 되어 양도소득세 감면을 적용받을 수 없다고 판단하였고, 이 에 따라 2017.1.16. 청구인에게 2016년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정･고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2017.3.15. 이의신청을 거쳐 2017.7.31. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 (1) 처분청은 조특법 시행령 제66조 제14항에 따라 청구인이 쟁점토지 를 취득한 2000.6.20.부터 이를 양도한 2016.4.7.까지의 경작기간에서 연간 OOO원 이상의 급여를 수령한 2007년부터 쟁점토지의 양도시까지의 과세기간을 제외하면 청구인이 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면요건을 충족하지 못하였다는 의견이나, 조특법 시행령 제66조 제14항은 2014.2.21. 대통령령 제25211호로 개정(신설)되어 2014.7.1. 시행되었으므로 처분청이 청구인의 쟁점토지를 경작한 기간에서 조특법 시행령 제14항이 시행되기 이전인 2007년 1월부터 2014년 6월까지의 과세기간을 제외한 것은헌법제59조에서 규정하고 있는 ‘조세법률주의’ 및국세기본법제18조 제2항이 규정하고 있는‘소급과세금지원칙’을 위배한 것으로 부당하다.

(2) 청구인은 쟁점토지를 소재지에서 8년 이상 재촌․자경한 사실이 있고 10년 이상(2000.6.20.～2016.4.7.) 보유한 사실이 있으므로 양도차익을 계산함에 있어 OOO원의 장기보유특별공제(공제율 30%)를 적용하여 청구인에게 과세된 양도소득세 OOO원 중 OOO원은 감액되어야 한다.

• 나. 처분청 의견

(1) 2014.2.21 개정된 조특법 시행령 제66조 제14항 규정은 근로소득(총 급여)․사업소득(농업․축산업․임업 및 비과세 농가부업소득, 부동산 임대소득 제외)이 OOO원 이상인 과세기간이 있는 경우 그 기간은 경작한 기간에서 제외하도록 규정하고 있고 이는 2014.7.1. 이후 양도하는 분부터 적용한다고 규정하고 있으므로 청구인이 2016.4.7. 양도한 쟁점토지에 대해 위 규정을 적용한 것은 타당하고 소급과세에도 해당하지 않으며 조세법률주의를 위반했다고 볼 수 있는 어떠한 점도 발견할 수 없다. 또한헌법제107조 제2항에서 대통령령이 헌법이나 법률에 위배되는지 여부는 대법원이 이를 최종적으로 심사할 권한을 가진다고 규정하고 있는 바, 이 건 심판청구가 제기된 현재 대법원에서 위 법령에 대하여 위헌․위법 여부를 판단한 사실이 없고, 쟁점토지의 보유라는 계속된 사실이 인정되더라도 쟁점토지의 양도라는 과세요건이 아직 완성되지 않은 상태에서 개정된 법령을 적용한다고 하여 이를 소급과 세원칙에 반하는 것이라고 볼 수는 없으므로 청구인의 주장은 이유없다 할 것이다.

(2) 농지의 사업용 토지여부를 판정하는 경작요건에 있어 경작한 기간 중 해당 거주자의 사업소득과 근로소득 등 총 급여액이 OOO원 이상인 과세기간이 있는 경우 그 기간은 경작한 기간에서 제외한다고 되어 있으므로 쟁점토지 경작기간은 소유기간(2000.6.20.～2016.4.7.) 중 총 급여액이 OOO원 이상인 2007년 이후를 제외한 6년에 불과하다. 비사업용토지의 판정과 관련하여 기간 기준은 5년 이상 소유했을 경우 토지소유 기간 중 비사업용 토지에서 제외되는 기간이 양도일 직전 5년 중 3년 이상의 기간, 양도일 직전 3년 중 2년 이상의 기간, 소유기간의 100분의 60에 상당하는 기간 이상인 기간 중 어느 하나에 해당하는 경우 사업용토지로 판정한다고 하고 있는바, 쟁점토지의 경우 2007년 이후로는 계속 비사업용토지여서 세 가지 요건 중 어느 하나를 충족하지 못하고 있으므로 사업용토지에 해당하지 아니하고, 따라서 장기보유특별공제를 받을 수 없다.

• 가. 쟁 점

① 쟁점토지가 8년 자경농지 감면 대상인지 여부(주위적 청구)

② 장기보유특별공제 적용 여부(예비적 청구)

• 나. 관련 법령 등 (1) 조세특례제한법 제69조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】 ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2018년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 주거지역등에 편입되거나도시개발법또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

③ 제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제66조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】① 법 제69조 제1항 본문에서 "농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자"란 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 "한국농어촌공사"라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자로서 농지 양도일 현재소득세법제1조의2 제1항 제1호에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시(특별자치시와 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법제10조 제2항에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내의 지역

⑨ 법 제69조 제3항의 규정에 의하여 양도소득세의 감면신청을 하고자 하는 자는 당해 농지를 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)와 함께 기획재정부령이 정하는 세액감면신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도한 경우에는 당해 양수인과 함께 세액감면신청서를 제출하여야 한다.

⑬ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년생식물의 재배에 상시 종사하는 것

2. 거주자가 그 소유농지에서 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것.

⑭ 제4항ㆍ제6항ㆍ제11항 및 제12항에 따른 경작한 기간 중 해당 피상속인(그 배우자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 거주자 각각의소득세법제19조제2항에 따른 사업소득금액(농업ㆍ임업에서 발생하는 소득, 같은 법 제45조제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득과 같은 법 시행령 제9조에 따른 농가부업소득은 제외한다. 이하 이 항에서 "사업소득금액"이라 한다)과 같은 법 제20조 제2항에 따른 총 급여액의 합계액이 3천 700만원 이상인 과세기간이 있는 경 우 그 기간은 해당 피상속인 또는 거주자가 경작한 기간에서 제외한다. 이 경우 사업소득금액이 음수인 경우에는 해당 금액을 0으로 본다.

(3) 소득세법(2015.12.15. 법률 제13558호로 개정된 것) 제95조【양도소득금액】② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(괄호 생략)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(괄호 생략)에 대하여 그 자산의 양도차익(괄호 생략)에 다음 표1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.(단서 생략)(표 생략)

④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조의2 제1항의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산(起算)하고, 같은 조 제4항 제1호에 따른 가업상속공제가 적용된 비율에 해당하는 자산의 경우에는 피상속인이 해당 자산을 취득한 날부터 기산하며, 제104조의3에 따른 비사업용 토지로서 2016년 1월 1일 이전에 취득하여 보유하고 있는 자산인 경우에는 2016년 1월 1일부터 기산한다. 제104조의3【비사업용 토지의 범위】① 제96조 제2항 제8호 및 제104 조 제1항 제8호에서 "비사업용 토지"란 해당 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

1. 논·밭 및 과수원(이하 이 조에서 "농지"라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

• 가. 대통령령으로 정하는 바에 따라 소유자가 농지 소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지. 다만,농지법이나 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다. 부칙<제13558호, 2015.12.15.> 제1조(시행일) 이 법은 2016년 1월 1일부터 시행한다.(단서 생략) 제2조(일반적 적용례) ② 이 법 중 양도소득에 관한 개정규정은 이 법 시행 이후 양도하는 자산으로부터 발생하는 소득분부터 적용한다. (4) 소득세법 시행령(2016.2.17. 대통령령 제26982호로 개정된 것) 제168조의6【비사업용 토지의 기간기준】법 제104조의3 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

• 가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간
• 나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간
• 다. 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간 제168조의8(농지의 범위 등)① 법 제104조의3 제1항 제1호에서 "농지"라 함은 전ㆍ답 및 과수원으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실제로 경작에 사용되는 토지를 말한다. 이 경우 농지의 경영에 직접 필요한 농막ㆍ퇴비사ㆍ양수장ㆍ지소(池沼)ㆍ농도ㆍ수로 등의 토지 부분을 포함한다.

② 법 제104조의3 제1항 제1호 가목 본문에서 "소유자가 농지소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지"란 농지의 소재지와 동일한 시(특별자치시와 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제10조 제2항 에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 조에서 같다), 연접한 시ㆍ군ㆍ구 또는 농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내에 있는 지역에 사실상 거주(이하 "재촌"이라 한다)하는 자가 조세특례제한법 시행령 제66조 제13항 에 따른 직접 경작(이하 "자경"이라 한다)을 하는 농지를 제외한 농지를 말한다. 이 경우 자경한 기간의 판정에 관하여는 조세특례제한법 시행령제66조 제14항을 준용한다. 부칙<제26982호, 2016.2.17.> 제2조【일반적 적용례】① 이 영은 이 영 시행일이 속하는 과세기간에 발생하는 소득분부터 적용한다.

② 이 영 중 양도소득에 관한 개정규정은 이 영 시행 이후 양도하는 분부터 적용한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 8년 자경 관련 증빙으로 제시한 주민등록표초본 및 쟁점토지 등기부등본, 농지원부, 조합원증명서 등에 의하면, 청구인은 1999.2.8. OOO으로 전입하였고, 2000.6.20. 같은 동에 소재한 쟁점토지를 취득한 후 2001.8.11.부터 쟁점토지와 연접한 같은 동 37-4에 거주한 것을 나타나며, 2001.11.23. 청구인 명의로 쟁점토지의 농지원부를 최초로 작성하였고, 2002.3.9. OOO에 조합원으로 가입한 것으로 나타난다.

(2) 처분청이 제시한 심리자료로 청구인의 소득금액증명원을 통해 확인된 쟁점토지 보유기간 중 청구인의 소득금액 요약내역은 <표1>과 같은바, 쟁점토지 취득연도부터 2006년까지는 연간 총 급여액이 OOO원 미만인 것으로 나타나고, 2007년부터 2015년까지는 OOO 원 이상인 것으로 나타나 2007년부터 2015년까지의 과세기간은 조특법 제66조 제14항에 규정하는 자경 인정기간 관련 소득요건을 충족하지 못하는 것으로 나타난다. <표1>

(3) 청구인이 제시한 쟁점토지 부동산매매계약서(2016.3.21. 작성)에 의하면 매매금액은 OOO원(계약금 OOO원, 2016.4.20.자 잔금 OOO원)으로 되어 있고, 당해 부동산의 인도일을 2016.4.20.로 한다고 되어 있다.

(4) 처분청이 제시한 쟁점토지의 보유기간 및 사업용․비사업용 토지 기간 현황내역에 의하면, 청구인의 2000.6.20.부터 2016.4.7.까지 총 보유 기간(15년 9월 18일) 중 2000.6.20.부터 2006.12.31.까지 총 6년 6월 11일은 직접 경작한 기간으로 인정이 가능하나, 연간 소득이 OOO원 이상으로 경작 제외기간에 해당하는 2007.1.1.부터 2016.4.7.까지 총 9년 3월 7일은 비사업용토지 기간에 해당한다고 보았고, 비사업용토지 판정기준(기간기준)에 따라 비사업용토지에 해당하므로 장기보유특별공제를 적용할 수 없다고 보았다.

(5) 기획재정부의 2015.8.6. 보도자료(2015년 세법개정안)에 의하면, 비사업용토지에 대하여 장기보유특별공제를 적용하도록 하는 정부개 정안을 발표한 것으로 나타나고, 2015.12.3. 보도자료(2015년 세법개정 안 국회 본회의 의결)에 의하면 2016.1.1. 이전 취득한 비사업용 토지의 경우 보유기간을 2016.1.1.부터 기산하는 것으로 하여 세법개정안이 국회 본회의에서 의결된 것으로 나타난다.

(6) 위 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 2014.2.21. 대통령령 제25211호로 개정된 조특법 시행령 제66조 제14항 규정은 총 급여액이 OOO원 이 상인 과세기간이 있는 경우 그 기간을 경작한 기간에서 제외하도록 하고 있고, 동 규정은 2014.7.1. 양도하는 분부터 적용한다고 하고 있어 동 규정의 시행일 이후에 양도한 이 건의 경우 소급과세에 해당한다고 보기 어려우며, 동 규정이 소급입법에 해당한다고 판결된 바도 없어 조세법률주의에 위배된다고 보기도 어려우므로 이 건 양도소득세 부과처분이 소급과세금지 및 조세법률주의에 위배됨을 이유로 쟁점토지의 양도에 대하여 자경토지에 대한 양도소득세 감면을 적용하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다. 다음으로 쟁점②에 대해 살피건대, 청구인의 2007년부터 쟁점토지 양도시까지의 연간 총 급여가 OOO원 이상으로 동 기간이 자경인정 기간에서 제외되는 점, 사업용 토 지로의 보유기간이 양도일 직전 5년 중 3년 이상의 기간, 양도일 직전 3년 중 2년 이상의 기간, 소유기간의 100분의 60 이상의 기간 중 어 느 하나에 해당하지 아니하여 비사업용토지로 보여지는 점, 2015.12.15. 법률 제13558호로 개정된소득세법제95조 제2항에 따르더라도 2016.1.1. 이전 취득한 비사업용토지의 경우 2016.1.1.부터 기산하여 보유기간을 계산한다고 하고 있어 2016.1.1.부터 양도시점까지의 기간이 3년 미만인 쟁점토지에 대하여 장기보유특별공제를 적용하기는 어려워 보이므로 이 부분 청구주장도 받아들이기 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기 본 법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한