조세심판원 심판청구 상속증여세

청구법인의 쟁점주식 취득이 상증법 제48조 제1항에 따른 증여세 과세대상임

사건번호 조심-2017-중-3639 선고일 2017.12.19

ooo과 그 특수관계인이 쟁점법인의 최대주주에 해당하는 점, 발기인 구성내역, 법인 설립과정 등을 통해 ooo 및 그의 특수관계자가 청구법인의 설립에 실질적으로 지배적인 영향력을 행사하였던 것으로 보이므로 청구법인과 ooo은 특수관계에 해당함

주 문

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요
  • 가. 청구법인은 2012.6.22. OOO 발전에 공헌할 목적으로 설립된 공익법인으로, 2012.4.20. OOO 주식회사(이하 “쟁점법인”이라 한다)의 전 OOO으로부터 쟁점법인의 주식 94,500주(지분율 45%)를 출연받았고, 2013.8.1. 쟁점법인의 직원 OOO로부터 쟁점법인의 주식 2,508주(지분율 1.19%), 2014.12.30. OOO으로부터 쟁점법인의 주식 2,000주(지분율 0.95%, 2012.4.20. 및 2013.8.1. 취득한 주식을 합하여 이하 “쟁점주식”이라 한다)를 각 액면가액으로 양수하는 계약을 체결하였다.
  • 나. OOO세무서장(이하 “조사청”이라 한다)은 2016.10.16.부터 2016.10.31.까지 청구법인에 대한 법인통합조사를 실시하여 청구법인이 OOO로부터 쟁점주식을 출연받은 것으로서 출연주식을 합한 것이 쟁점법인의 발행주식총수의 5%를 초과하는 분은 증여세 과세대상이라고 보아 산입하고, 특수관계에 있는 내국법인의 주식을 재산가액의 30%를 초과하여 보유하는데 따른 가산세 및 출연재산명세서 미제출 가산세 등을 부과하여야 한다는 과세자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2016.12.6. 증여세 합계 OOO원(2012.4.20. 증여분 OOO원, 2014.12.30. 증여분 OOO원, 2015.12.31. 증여분 OOO원 포함)을 결정·고지하였다. 또한, 조사청은 청구법인이 2014년 사업연도에 쟁점법인으로부터 배당금을 수령하면서 원천징수된 사실이 없음에도 법인세 신고시 원천징수세액 상당액인 OOO원을 기납부세액으로 공제한 사실을 처분청에 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2016.12.6. 2014사업연도 법인세 OOO원을 경정·고지하였다.
  • 다. 청구법인은 이에 불복하여 2017.2.21. 이의신청을 거쳐 2017.7.10. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장

(1) 대법원 판례(대법원 2017.4.20. 선고 2011두21447 전원합의체 판결) 취지에 따르면 OOO 등의 출연자와 쟁점법인이 특수관계에 있지 아니하고, 출연자 또는 그와 특수관계에 있는 자가 공익법인의 이사 현원의 5분의 1을 초과하지 아니하므로 증여세를 과세한 처분은 취소되어야 한다. (가) 내국법인의 주식을 공익법인에 출연한 경우 공익법인에 증여세를 부과하기 위해서는 내국법인 발행주식총수의 5%를 초과하여 출연하여야 할 뿐만 아니라 출연자와 내국법인 사이에 특수관계가 인정되어야 한다. 출연자와 내국법인 간에 특수관계가 인정되기 위해서는 ① ‘출연자 또는 그와 특수관계에 있는 자가 주주이거나 임원의 현원 중 5분의 1을 초과하는 내국법인’이어야 하면서 ② ‘출연자 및 그와 특수관계에 있는 자가 보유하고 있는 주식의 합계가 가장 많은 내국법인’이라는 요건도 갖추어야 하는데, 위 대법원 판결에서는 ②의 요건을 판단함에는 주식을 출연한 후를 기준으로 삼아야 하고, ③ 출연자와 특수관계에 있는 자에 당해 출연받은 공익법인이 포함되기 위해서는 출연자가 주식출연 이외에 당해 공익법인의 설립을 주도하였는지를 살펴보아야 한다고 판시하고 있다. 또한, 증여세 비과세 혜택을 받기 위해서는 ④ 주식을 출연받은 공익법인이 출연자 또는 그와 특수관계에 있는 자가 공익법인의 이사 현원의 5분의 1을 초과하여서는 아니된다. (나) ②의 요건과 관련하여 살펴보면, OOO은 쟁점법인의 주식 94,500주를 2012년 말에 출연하여 청구법인을 설립하였는데, 출연 전 OOO의 쟁점법인에 대한 지분율이 55.36%였으나, 45%에 해당하는 주식을 청구법인에 출연함으로써 출연 이후의 OOO의 쟁점법인에 대한 지분율이 10.36%로 줄어들게 되어 OOO은 쟁점법인의 최대주주에 해당하지 아니한다.

③ 의 요건과 관련하여 청구법인의 설립과정에 OOO의 관여한 것은 주식출연에 대한 동의만 있었을 뿐이고, 주식 출연절차, 정관작성, 이사선임, 주무관청의 허가신청, 등기 등은 당시 발기인이 주도하였으므로 대법원 판결의 취지에 따라 OOO과 청구법인은 특수관계에 있는 자에 해당하지 않는다. 따라서, OOO이 최대주주인지를 판단함에 있어 청구법인은 제외되어야 하고, 이에 따라 OOO은 쟁점법인의 최대주주에 해당하지 아니한다. (다) ④요건과 관련하여 살펴보면, 청구법인 설립시 OOO으로 이 중 위 OOO과 특수관계인이므로 ④요건도 충족한다. 처분청은 청구법인의 설립시 이사 구성 중 OOO이 출연자와 그의 특수관계인OOO이 30% 이상 출자한 주식회사 OOO”이라 한다)의 사용인이므로 OOO을 포함할 경우 이사 5인 중 2인이 출연자와 특수관계인이 되어 비과세 요건을 갖추지 못한다는 의견이나, OOO은 OOO이 모든 의사결정을 하고 있고, 현재는 출연자의 특수관계인이 주식을 보유하고 있지도 아니한바, OOO은 출연자가 지배하고 있는 회사가 아니고, 이에 따라 OOO과 특수관계인에 해당하지 아니한다. (라) 한편, OOO는 2013.8.1. 쟁점법인 발행주식 2,508주를 청구법인에 증여하였는데(양도계약을 통하였으나, 대금이 지급되지는 아니하였음), OOO는 쟁점법인의 최대주주도 아니고, 청구법인의 설립에 적극 주도한 자도 아니므로 OOO가 청구법인에게 주식을 출연한 것은 비과세되어야 한다. 이는 OOO의 주식출연에 대한 증여세가 비과세된다면 OOO의 주식출연에 대한 증여세도 비과세되어야 하는 것은 논리상 당연한 것이고, 2014년 OOO이 증여한 주식 2,000주 또한 이와 마찬가지이다.

(2) 가산세 부과처분은 부당하다. (가) 처분청은 상속세 및 증여세법(이하 “상증법”이라 한다) 제48조 제9항 본문을 적용하여 청구법인이 특수관계에 있는 쟁점법인의 주식을 30% 초과하여 보유한 사실을 이유로 가산세를 부과하였으나, 앞서 주장한 바와 같이 청구법인이 쟁점주식을 보유한 것이 정당하여 증여세 과세대상이 아니고, OOO이 청구법인의 설립에 관여한 바가 없어 청구법인을 OOO의 출연으로 설립된 법인으로 보기 어려우므로 청구법인은 쟁점법인과 특수관계에 해당하지 아니한다. 따라서 청구법인이 쟁점법인의 주식을 30%이상 보유하였다고 하여 가산세를 부과하는 것은 위법하다. (나) 설령, 증여세 부과처분 자체에 하자가 없더라도 일반무신고, 납부불성실, 보고서제출불성실, 주식보유기준 위반, 장부작성 및 비치의무불이행에 따른 가산세를 부과하는 것은 부당하다. 청구법인을 설립하기 위해서는 주무관청에 설립허가를 득하여야 하고, 주무관청이 설립을 허가하면 청구법인은 등기를 하게 되며, 주무관청은 상증법 제48조 제7항에 의하여 납세지 관할세무서장에게 그 사실을 통보하여야 하는바, 처분청은 주무관청으로부터 공익법인이 설립이 되었고, 그 기본재산으로 주식이 출연되었다는 점에 대해서 알고 있어야 한다는 의미가 된다. 처분청은 위와 같은 내용을 알고 있었더라면 그때 증여세를 부과하여야 하는데, 처분청은 아무런 조치를 취하지 아니하였고, 2013년도는 물론이고 2016년도 1차 세무조사 때에도 증여세를 부과하지 아니하였다가, 결국 2016년도 2차 세무조사 때에 증여세를 부과하는 처분을 하게 된 것으로 처분청도 모르던 내용을(알면서도 부과처분을 제때 하지 아니한 내용) 납세자로 하여금 당연히 알았다고 보아 가산세를 부과하는 것은 조세법률주의의 이념에 어긋나는 처분이다.

(3) 세무조사대상 선정 절차에 하자가 있으므로 이에 기하여 이루어진 이 건 증여세 및 법인세 과세처분은 위법하다. 처분청은 쟁점법인에 대하여 2013년 동종업체 신고성실도 하위자임을 이유로 법인통합조사를 실시하였고, 5년이 지나지 아니한 2016년도에 신고하위자라는 사유로 법인통합조사를 실시하였으며, 해당 조사에서 청구법인의 주식변동에 대하여 조사를 하지 못하자 2016.10.17.부터 2016.10.31.까지 청구법인의 주식변동조사를 추가로 실시하였다. 이 건 처분에 이르기까지 짧은 기간 동안 세무조사가 연속하여 3번이나 이루어진 점, 2013년도에 문제 삼지 않은 부분을 2016년도에 문제 제기한 점 등 과세처분의 전제가 되는 세무조사대상 선정이 적정하지 아니한 사정이 존재하므로 이에 기하여 이루어진 과세처분은 위법하다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 성실공익법인에 해당하지 아니하고, 출연자인 OOO과 특수관계가 있는 내국법인인 쟁점법인의 주식을 출연받은 경우에 해당하므로 내국법인의 발행주식 총수의 5%를 초과하는 출연받은 경우 증여세를 부과하는 것이 타당하다. (가) 상증법 제48조 제1항의 단서에서 내국법인의 발행주식총수의 5%를 초과하여 주식등을 출연하는 경우 증여세를 부과하도록 규정하고 있고, 다만, 법 제16조 제2항 단서 및 같은 법 시행령 제13조 제6항부터 제8항에는 공익법인이 다음의 요건을 모두 충족하는 경우 주식을 5%이상 초과하여 취득하는 경우에도 증여세가 과세되지 아니한다고 규정하고 있다. 첫째. 성실공익법인 등이어야 한다. 둘째. 공익법인이 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제9조 에 따른 상호출자제한기업집단과 특수관계에 있지 않아야 한다. 셋째. 공익법인의 출연자와 특수관계에 있지 아니한 내국법인의 주식등을 출연하는 경우이어야 한다. 넷째, 주무부장관이 공익법인의 목적사업을 효율적으로 수행하기 위하여 필요하다고 인정하는 경우이어야 한다. 청구법인이 쟁점주식을 출연받은 것에 대해 증여세 과세제외 요건을 충족하였는지 여부를 살펴보면 다음과 같다. (나) 청구법인은 성실공익법인에 해당하지 아니한다. 성실공익법인의 요건을 충족하기 위하여는 출연자 또는 그의 특수관계인이 공익법인의 이사 현원의 5분의 1을 초과하지 아니하여야 하나, 아래와 같이 청구법인의 설립일 현재 OOO의 특수관계자는 5분의 1을 초과하며, 2014.4.10. OOO, 2015.6.22. OOO이 청구법인의 이사로 선임되어 2015.6.22. 현재 청구법인의 OOO의 특수관계인은 이사 현원의 5분의 4에 해당한다. (다) 청구법인은 OOO과 특수관계가 있는 내국법인인 쟁점법인의 주식을 출연받은 경우에 해당한다.

1. 상증법 제16조 제2항 단서는 공익법인의 출연자와 특수관계에 있는 내국법인의 주식등을 출연하는 경우에는 증여세를 부과하도록 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제13조 제7항에서 공익법인의 출연자와 특수관계에 있는 내국법인이라 함은, 출연자 또는 그의 특수관계인이 주주이거나 임원의 현원 중 5분의 1을 초과하는 내국법인이라는 요건과 출연자 및 그의 특수관계인이 보유하고 있는 주식등의 합계가 가장 많은 내국법인이라는 요건을 모두 갖춘 내국법인으로 규정하고 있다.

2. OOO이 청구법인에 주식을 출연한 직후, OOO의 특수관계인에서 청구법인을 제외하더라도 OOO과 그 특수관계인이 보유하고 있는 주식의 합계가 115,500주(55%)이므로 OOO과 그 특수관계인이 쟁점법인의 최대주주에 해당한다. 따라서 위 대법원 판결과 무관하게 최대주주 요건을 충족한다.

3. 청구법인은 대법원 판결(2011두21447, 전원합의체 판결)에서 주식 출연자와 공익법인의 특수관계 유무를 실질적으로 지배적인 영향력을 행사하였는지에 따라 판정하도록 하여 그 개념이 모호하고 다소 불명확하다는 점을 악용하여 OOO이 주식출연에 동의만 하였으므로 OOO과 청구법인이 특수관계에 있지 아니하다고 주장하나, OOO는 청구법인의 설립을 위하여 재산을 출연하고 정관작성, 이사선임을 하는 등의 과정에서 다음과 같이 실질적으로 지배적인 영향력을 행사한 자에 해당하는바, OOO과 청구법인은 특수관계에 해당하고, OOO과 그 특수관계인이 쟁점법인의 최대주주(지분율 100%)가 된다.

(2) 가산세 부과처분은 정당하다. (가) 상증법 제78조 제7항의 “세무서장등은 공익법인 등이 제48조 제9항에 따른 내국법인의 주식 등의 보유기준을 초과하여 주식 등을 보유하는 경우에는 매 사업연도 말 현재 그 초과하여 보유하는 주식 등의 시가의 100분의 5에 상당하는 금액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 공익법인등이 납부할 세액에 가산하여 부과한다.”라고 규정하고 있는바, 특수관계 있는 내국법인 주식을 총자산가액의 30% 초과 보유에 따른 가산세 부과는 정당하다. (나) 처분청은 2016년 쟁점법인 및 관련인 OOO 외 7인에 대한 법인통합조사 및 주식변동조사를 실시하면서 청구법인 및 OOO에 대한 명백한 조세탈루혐의를 확인하고 내부관리지침을 준수하여 조사대상자 선정 및 승인 절차, 세무조사 사전통지기간 등을 거친 후 청구법인에 대한 조사를 착수하였다. 청구법인은 쟁점법인과 청구법인의 대한 세무조사가 조사대상자가 달라 별도 조사대상자 선정절차를 거쳐 세무조사를 착수하고 조사를 진행하여야 한다는 사실을 인지하지 못한 채 가산세 부과가 부당하다고 주장하는 것이고, 이러한 납세자의 법령에 대한 무지착오 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니하므로 가산세 감면사유가 되지 못한다. (3) 국세기본법 제81조의6 제3항 및 내부관리지침을 준수하여 청구법인을 조사대상자로 선정하였으므로 조사대상 선정절차에 하자가 없다. (가) 처분청이 쟁점법인에 대하여 2013년(2012년 12월 선정, 조사대상기간: 2010년), 2016년(2016년 7월, 조사대상기간 2014년)에 실시한 법인통합조사는 국세기본법 제81조의6 제2항 에 따라 최근 4과세기간 이상 같은 세목의 세무조사를 받지 아니한 납세자에 대하여 정기적으로 성실도를 분석한 결과 불성실 혐의가 있다고 인정되어 선정된 것으로 객관적 기준에 따라 공정하게 세무조사 대상을 선정한 경우에 해당한다. (나) 또한, 처분청은 2016년 쟁점법인과 OOO외 7인에 대한 법인통합조사 및 주식변동조사를 실시하면서 청구법인이 OOO으로부터 쟁점법인의 발행주식총수의 5%를 초과하여 출연받은 명백한 조세 탈루혐의를 확인하여 국세기본법 제81조의6 제3항 및 내부관리지침에 따라 청구법인을 조사대상자로 선정한 것이다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점

① 청구법인의 쟁점주식 취득이 상증법 제48조 제1항에 따른 증여세 과세대상인지 여부

② 가산세를 부과한 것이 정당한지 여부

③ 세무조사대상자 선정 절차에 하자가 있다는 청구주장의 당부

  • 나. 관련 법령: <별지> 기재
  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 조사청이 제출한 심리자료에 의하면 청구법인 등의 조사대상자 선정사유 등의 내역은 <표3>과 같다.

(2) 조사청이 제시한 결의서 등의 심리자료에 나타나는 이 건 증여세 등 과세내역은 다음과 같다.

(3) 쟁점이 되는 이 건 증여세 과세제외 요건과 관련한 대법원 판결의 주요 내용은 다음과 같다. (가) 공익법인이 내국법인의 발행주식총수의 5%를 초과하여 보유하더라도 증여세를 부과하기 위해서는 출연자와 내국법인 사이에 특수관계가 인정되어야 하고, 이에 대해 상증법 시행령 제13조 제7항에서 특수관계에 있지 아니하는 내국법인이란 “출연자 또는 그 특수관계인이 주주인 내국법인으로서, 출연자 및 그의 특수관계인이 보유하고 있는 주식 합계가 가장 많은 내국법인에 해당하지 아니하는 내국법인”으로 규정하고 있다. (나) 대법원 판례(2011두21447, 전원합의체 판결: OOO에 OOO로 주식 90%를 출연한 사건)에서는 상증법 제48조 제1항의 입법 취지 및 구 상증법 시행령 제13조 제4항 제1호에서 정한 ‘출연자 및 그와 특수관계에 있는 자가 보유하고 있는 주식의 합계가 가장 많은 내국법인’에 해당하는지 판단하는 기준 시점은 주식이 출연되기 전의 시점이 아닌 출연된 후의 시점을 기준으로 판단하여야 하고, 최대주주를 판단하기 위해 내국법인의 주식을 출연받은 ‘당해 공익법인’이 출연자와 특수관계에 있는 자에 해당하는지도 따져보아야 하는데, 상증법 시행령 제12조 제2항 제4호에서 정한 ‘재산을 출연하여 비영리법인을 설립한 자’란 비영리법인의 설립을 위하여 재산을 출연하고 정관작성, 이사선임, 설립등기 등의 과정에서 비영리법인의 설립에 실질적으로 지배적인 영향력을 행사한 자를 의미하는 것으로 보아야 한다고 판결하였다.

(4) 쟁점법인은 1999.2.11. 개업하여 하수처리수 시설공사업을 영위하는 법인으로, 대표이사의 변경이력은 <표6>과 같고, 2012~2014사업연도말 주식현황은 <표7>, <표8> 및 <표9>과 같다.

(5) 청구법인은 OOO이 쟁점법인의 주식 94,500주(지분율 45%)를 출연하여 2012.6.14. 설립한 법인으로 이사의 변경이력은 <표10>과 같다.

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저, 쟁점①에 대해 살피건대, 청구법인은 OOO 등의 출연자와 쟁점법인이 특수관계에 있지 아니하고, 출연자 또는 그와 특수관계에 있는 자가 청구법인의 이사 현원의 5분의 1을 초과하지 아니하므로 증여세 과세처분은 취소되어야 한다고 주장하나, 공익법인이 내국법인의 발행주식총수의 5%를 초과하여 보유하더라도 증여세를 부과하기 위해서는 출연자와 내국법인 사이에 특수관계가 인정되어야 하고, 이에 대해 상증법 시행령 제13조 제7항에서 특수관계에 있는 내국법인을 출연자 또는 그 특수관계인이 주주인 내국법인으로서, 출연자 및 그의 특수관계인이 최대주주인 내국법인으로 규정하고 있는바, OOO의 출연 이후를 기준으로 OOO의 특수관계인에서 청구법인을 제외하여 최대주주를 판단하더라도 OOO과 그 특수관계인(친족 및 사용인)이 쟁점법인의 최대주주에 해당하는 점, 발기인 구성내역, 법인 설립과정, 임원의 변동내역 등을 통해 OOO가 청구법인의 설립에 실질적으로 지배적인 영향력을 행사하였던 것으로 보이므로 청구법인과 OOO은 특수관계에 해당하고, 청구법인의 지분율을 포함하는 경우 OOO과 그 특수관계인이 쟁점법인의 100% 주주가 되는 점 등에 비추어 처분청이 청구법인의 쟁점주식 취득에 대하여 상증법 제48조 제1항에 따른 증여세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(7) 다음으로 쟁점②에 대해 살피건대, 청구법인은 쟁점법인의 주식을 보유한 것이 정당하여 증여세 과세대상이 아니고, 청구법인은 쟁점법인과 특수관계에 해당하지 아니하여 상증법 제48조 제9항에 따른 가산세를 부과하는 것은 위법하다고 주장하나, 위와 같이 청구법인의 쟁점주식 취득이 상증법 제48조 제1항에 따른 증여세 과세대상에 해당하는 점, 상증법 제48조 제9항 및 시행령 제38조 제12항에 따르면 공익법인이 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 시행령 제3조 각 호에 해당하는 기업집단에 속하는 계열회사 주식을 보유한 경우, 그 내국법인의 주식의 가액이 공익법인 총 재산가액의 30%를 초과하는 분에 대해 가산세를 부과하는 것으로 규정하고 있는바, 청구법인과 쟁점법인이 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 시행령제1호에 따른 기업집단의 소속기업에 해당하는 것으로 보이는 점, 그 외 가산세의 부과처분이 부당하다거나 가산세 감면의 정당한 사유가 있어 보이지 아니하는 점 등에 비추어 가산세 부과처분이 부당하다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

(8) 마지막으로 쟁점③에 대해 살피건대, 청구법인은 세무조사대상자 선정 절차에 하자가 있으므로 이에 기하여 이루어진 이 건 증여세 및 법인세 과세처분이 위법하다고 주장하나, 조사청은 쟁점법인을 최근 4과세기간 이상 같은 세목의 세무조사를 받지 아니한 납세자에 대하여 정기적으로 성실도를 분석한 결과 불성실 혐의가 있다고 인정하여 조사대상자로 선정한 점, 쟁점법인을 조사하면서 청구법인이 OOO으로부터 쟁점법인의 발행주식총수의 5%를 초과하여 출연받았다는 조세 탈루혐의를 확인하여 조사대상자로 선정한 점 등에 비추어 조사대상자 선정절차에 하자가 있다는 청구주장도 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 (1) 상속세 및 증여세법 제16조 【공익법인 등의 출연재산에 대한 상속세 과세가액 불산입】② 제1항을 적용할 때 내국법인의 의결권 있는 주식 또는 출자지분(이하 이 조와 제48조, 제49조 및 제78조 제4항·제7항에서 "주식등"이라 한다)을 출연하는 경우로서 출연하는 주식등과 다음 각 호의 어느 하나의 주식등을 합한 것이 그 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수 또는 출자총액(이하 이 조와 제48조, 제49조 및 제63조 제3항에서 "발행주식총수등"이라 한다)의 100분의 5[대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 공익법인등으로서 제50조 제3항에 따른 외부감사, 제50조의2에 따른 전용계좌의 개설 및 사용과 제50조의3에 따른 결산서류등의 공시를 이행하는 공익법인등(이하 "성실공익법인등"이라 한다)에 출연하는 경우에는 100분의 10]를 초과하는 경우에는 그 초과하는 가액을 상속세 과세가액에 산입한다. 다만, 제49조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 공익법인등으로서 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제9조 에 따른 상호출자제한기업집단(이하 "상호출자제한기업집단"이라 한다)과 특수관계에 있지 아니한 공익법인등에 그 공익법인등의 출연자와 특수관계에 있지 아니한 내국법인의 주식등을 출연하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우와 상호출자제한기업집단과 특수관계에 있지 아니한 성실공익법인등(공익법인등이 설립된 날부터 3개월 이내에 주식등을 출연받고, 설립된 사업연도가 끝난 날부터 2년 이내에 성실공익법인등이 되는 경우를 포함한다)이 발행주식총수등의 100분의 10을 초과하여 출연받은 경우로서 초과보유일부터 3년 이내에 초과하여 출연받은 부분을 매각[주식등의 출연자 또는 그의 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 이 조에서 "특수관계인"이라 한다)에게 매각하는 경우는 제외한다]하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 출연자가 출연할 당시 해당 공익법인등이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식등

2. 출연자 및 그의 특수관계인이 해당 공익법인등 외의 다른 공익법인등에 출연한 동일한 내국법인의 주식등 제48조【공익법인등이 출연받은 재산에 대한 과세가액 불산입등】① 공익법인등이 출연받은 재산의 가액은 증여세 과세가액에 산입하지 아니한다. 다만, 공익법인등이 내국법인의 주식등을 출연받은 경우로서 출연받은 주식등과 다음 각 호의 어느 하나의 주식등을 합한 것이 그 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수등의 100분의 5(성실공익법인등에 해당하는 경우에는 100분의 10)를 초과하는 경우(제16조제2항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 경우는 제외한다)에는 대통령령으로 정하는 방법으로 계산한 초과부분을 증여세 과세가액에 산입한다.

1. 출연자가 출연할 당시 해당 공익법인등이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식등

2. 출연자 및 그의 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 이 조에서 "특수관계인"이라 한다)이 해당 공익법인등 외의 다른 공익법인등에 출연한 동일한 내국법인의 주식등

⑨ 공익법인등(국가나 지방자치단체가 설립한 공익법인등 및 이에 준하는 것으로서 대통령령으로 정하는 공익법인등과 성실공익법인등은 제외한다)이 대통령령으로 정하는 특수관계에 있는 내국법인의 주식등을 보유하는 경우로서 그 내국법인의 주식등의 가액이 총 재산가액의 100분의 30(제50조 제3항에 따른 외부감사, 제50조의2에 따른 전용계좌의 개설 및 사용과 제50조의3에 따른 결산서류등의 공시를 이행하는 공익법인등에 해당하는 경우에는 100분의 50)을 초과하는 경우에는 제78조 제7항에 따른 가산세를 부과한다. 이 경우 그 초과하는 내국법인의 주식등의 가액 산정에 관하여는 대통령령으로 정한다. 제78조【가산세등】③ 세무서장등은 공익법인등이 제48조 제5항에 따라 제출하여야 할 보고서를 제출하지 아니하였거나 제출된 보고서의 내용이 대통령령으로 정하는 바에 따라 불분명한 경우에는 그 미제출분 또는 불분명한 부분의 금액에 상당하는 상속세액 또는 증여세액의 100분의 1에 상당하는 금액을 징수하여야 한다.

⑤ 세무서장등은 공익법인등이 제50조 제1항 및 제2항에 규정된 외부전문가의 세무확인에 대한 보고의무 등을 이행하지 아니하거나 제51조에 따른 장부의 작성·비치 의무를 이행하지 아니한 경우에는 대통령령으로 정하는 소득세 과세기간 또는 법인세 사업연도의 수입금액과 그 과세기간 또는 사업연도에 출연받은 재산가액을 합친 금액에 1만분의 7을 곱하여 계산한 금액을 상속세 또는 증여세로 징수한다. 다만, 공익법인등의 특성, 출연받은 재산의 규모, 공익목적사업 운용 실적 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

⑦ 세무서장등은 공익법인등이 제48조 제9항에 따른 내국법인의 주식등의 보유기준을 초과하여 주식등을 보유하는 경우에는 매 사업연도 말 현재 그 초과하여 보유하는 주식등의 시가의 100분의 5에 상당하는 금액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 공익법인등이 납부할 세액에 가산하여 부과한다. (2) 상속세 및 증여세법 시행령 제12조의2 【특수관계인의 범위】① 법 제16조 제2항 각 호 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 특수관계인"이란 본인과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다. 이 경우 본인도 국세기본법 제2조 제20호 각 목 외의 부분 후단에 따라 특수관계인의 특수관계인으로 본다.

1. 국세기본법 시행령 제1조의2 제1항 제1호 부터 제4호까지의 어느 하나에 해당하는 자(이하 "친족"이라 한다) 및 직계비속의 배우자의 2촌 이내의 혈족과 그 배우자

2. 사용인(출자에 의하여 지배하고 있는 법인의 사용인을 포함한다. 이하 같다)이나 사용인 외의 자로서 본인의 재산으로 생계를 유지하는 자

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자

  • 가. 본인이 개인인 경우: 본인이 직접 또는 본인과 제1호에 해당하는 관계에 있는 자가 임원에 대한 임면권의 행사 및 사업방침의 결정 등을 통하여 그 경영에 관하여 사실상의 영향력을 행사하고 있는 기획재정부령으로 정하는 기업집단의 소속 기업[해당 기업의 임원(법인세법 시행령 제20조제1항제4호 에 따른 임원과 퇴직 후 5년이 지나지 아니한 그 임원이었던 사람으로서 사외이사가 아니었던 사람을 말한다. 이하 같다)을 포함한다]
  • 나. 본인이 법인인 경우: 본인이 속한 기획재정부령으로 정하는 기업집단의 소속 기업(해당 기업의 임원을 포함한다)과 해당 기업의 임원에 대한 임면권의 행사 및 사업방침의 결정 등을 통하여 그 경영에 관하여 사실상의 영향력을 행사하고 있는 자 및 그와 제1호에 해당하는 관계에 있는 자

4. 본인, 제1호부터 제3호까지의 자 또는 본인과 제1호부터 제3호까지의 자가 공동으로 재산을 출연하여 설립하거나 이사의 과반수를 차지하는 비영리법인

5. 제3호에 해당하는 기업의 임원이 이사장인 비영리법인

6. 본인, 제1호부터 제5호까지의 자 또는 본인과 제1호부터 제5호까지의 자가 공동으로 발행주식총수 또는 출자총액(이하 "발행주식총수등"이라 한다)의 100분의 30 이상을 출자하고 있는 법인

7. 본인, 제1호부터 제6호까지의 자 또는 본인과 제1호부터 제6호까지의 자가 공동으로 발행주식총수등의 100분의 50 이상을 출자하고 있는 법인

8. 본인, 제1호부터 제7호까지의 자 또는 본인과 제1호부터 제7호까지의 자가 공동으로 재산을 출연하여 설립하거나 이사의 과반수를 차지하는 비영리법인

② 제1항 제2호에서 "사용인"이란 임원, 상업사용인, 그 밖에 고용계약관계에 있는 자를 말한다.

③ 제1항 제2호 및 제39조 제1항 제5호에서 "출자에 의하여 지배하고 있는 법인"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인을 말한다.

1. 제1항 제6호에 해당하는 법인

2. 제1항 제7호에 해당하는 법인

3. 제1항 제1호부터 제7호까지에 해당하는 자가 발행주식총수등의 100분의 50 이상을 출자하고 있는 법인 제13조【공익법인 출연재산에 대한 출연방법등】③ 법 제16조 제2항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 요건을 모두 갖춘 공익법인등"이란 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 공익법인등을 말한다.

1. 해당 공익법인등의 운용소득(제38조 제5항에 따른 운용소득을 말한다)의 100분의 80 이상을 직접 공익목적사업에 사용할 것

2. 출연자(재산출연일 현재 해당 공익법인등의 총출연재산가액의 100분의 1에 상당하는 금액과 2천만원 중 적은 금액을 출연한 자는 제외한다) 또는 그의 특수관계인이 공익법인등의 이사 현원(이사 현원이 5명에 미달하는 경우에는 5명으로 본다)의 5분의 1을 초과하지 아니할 것

3. 법 제48조 제3항에 따른 자기내부거래를 하지 아니할 것

4. 법 제48조 제10항 전단에 따른 광고·홍보를 하지 아니할 것

⑦ 법 제16조 제2항 각 호 외의 부분 단서에서 "그 공익법인등의 출연자와 특수관계에 있지 아니한 내국법인"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 내국법인을 말한다.

1. 출연자(출연자가 사망한 경우에는 그 상속인을 말한다. 이하 이 조, 제37조 제2항·제4항 및 제38조 제10항에서 같다) 또는 그의 특수관계인(해당 공익법인등은 제외한다)이 주주 또는 출자자(이하 "주주등"이라 한다)이거나 임원의 현원(5명에 미달하는 경우에는 5명으로 본다. 이하 이 항에서 같다)중 5분의 1을 초과하는 내국법인으로서 출연자 및 그의 특수관계인이 보유하고 있는 주식등의 합계가 가장 많은 내국법인

2. 출연자 또는 그의 특수관계인(해당 공익법인등은 제외한다)이 주주등이거나 임원의 현원 중 5분의 1을 초과하는 내국법인에 대하여 출연자, 그의 특수관계인 및 공익법인등출자법인{해당 공익법인등이 발행주식총수등의 100분의 5(성실공익법인등인 경우에는 100분의 10)를 초과하여 주식등을 보유하고 있는 내국법인을 말한다. 이하 이 호에서 같다}이 보유하고 있는 주식등의 합계가 가장 많은 경우에는 해당 공익법인등출자법인(출연자 및 그의 특수관계인이 보유하고 있는 주식등의 합계가 가장 많은 경우로 한정한다) 제38조【공익법인등이 출연받은 재산의 사후관리】⑫ 법 제48조 제9항 본문 및 제10항 본문에서 "특수관계에 있는 내국법인"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자가 제1호에 해당하는 기업의 주식등을 출연하거나 보유한 경우의 해당 기업(해당 기업과 함께 제1호에 해당하는 자에 속하는 다른 기업을 포함한다)을 말한다.

1. 기획재정부령으로 정하는 기업집단의 소속 기업(해당 기업의 임원을 포함한다)과 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자 또는 해당 기업의 임원에 대한 임면권의 행사 및 사업방침의 결정 등을 통하여 그 경영에 관하여 사실상의 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 자

  • 가. 기업집단 소속의 다른 기업
  • 나. 기업집단을 사실상 지배하는 자
  • 다. 나목의 자와 제12조의2 제1항 제1호의 관계에 있는 자

2. 제1호 각 목 외의 부분에 따른 소속 기업 또는 같은 호 가목에 따른 기업의 임원이 이사장인 비영리법인

3. 제1호 및 제2호에 해당하는 자가 이사의 과반수이거나 재산을 출연하여 설립한 비영리법인

⑬ 법 제48조 제9항 후단에서 "그 초과하는 내국법인의 주식등의 가액"이란 각 사업연도 종료일 현재 제1호의 가액에서 제2호의 가액의 100분의 30(법 제50조 제3항에 따른 외부감사, 법 제50조의2에 따른 전용계좌의 개설 및 사용과 법 제50조의3에 따른 결산서류등의 공시를 이행하는 공익법인등에 해당하면 100분의 50)에 해당하는 금액을 차감하여 계산한 가액을 말한다.

1. 법인세법 시행령 제74조제1항제1호 마목의 규정에 의한 당해 내국법인의 주식등의 취득가액과 대차대조표상의 가액 중 적은 금액

2. 공익법인등의 총재산(당해 내국법인의 주식등을 제외한다)에 대한 대차대조표상의 가액에 제1호의 가액을 가산한 가액 (3) 상속세 및 증여세법 시행규칙 제9조 【특수관계인의 범위】 ① 영 제12조의2 제1항 제3호 및 영 제38조 제12항 제1호에서 "기획재정부령이 정하는 기업집단의 소속기업"이란 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 시행령 제3조 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업집단에 속하는 계열회사를 말한다. (4) 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 시행령 제3조 【기업집단의 범위】법 제2조(정의) 제2호 각 목 외의 부분에서 "대통령령이 정하는 기준에 의하여 사실상 그 사업내용을 지배하는 회사"라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 회사를 말한다.

1. 동일인이 단독으로 또는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자(이하 "동일인관련자"라 한다)와 합하여 당해 회사의 발행주식[ 상법 제370조 (의결권 없는 주식)의 규정에 의한 의결권 없는 주식을 제외한다. 이하 이 조, 제3조의2, 제17조의5, 제17조의8 및 제18조에서 같다] 총수의 100분의 30이상을 소유하는 경우로서 최다출자자인 회사

  • 가. 배우자, 6촌 이내의 혈족, 4촌 이내의 인척(이하 "친족"이라 한다)
  • 나. 동일인이 단독으로 또는 동일인관련자와 합하여 총출연금액의 100분의 30 이상을 출연한 경우로서 최다출연자가 되거나 동일인 및 동일인관련자중 1인이 설립자인 비영리법인 또는 단체(법인격이 없는 사단 또는 재단을 말한다. 이하 같다)
  • 다. 동일인이 직접 또는 동일인관련자를 통하여 임원의 구성이나 사업운용등에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 비영리법인 또는 단체
  • 라. 동일인이 이 호 또는 제2호의 규정에 의하여 사실상 사업내용을 지배하는 회사
  • 마. 동일인 및 동일인과 나목 내지 라목의 관계에 해당하는 자의 사용인(법인인 경우에는 임원, 개인인 경우에는 상업사용인 및 고용계약에 의한 피용인을 말한다) (5) 국세기본법 제81조의6 【세무조사 대상자 선정】) ① 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에 정기적으로 신고의 적정성을 검증하기 위하여 대상을 선정(이하 "정기선정"이라 한다)하여 세무조사를 할 수 있다. 이 경우 세무공무원은 객관적 기준에 따라 공정하게 그 대상을 선정하여야 한다.

1. 국세청장이 납세자의 신고 내용에 대하여 정기적으로 성실도를 분석한 결과 불성실 혐의가 있다고 인정하는 경우

2. 최근 4과세기간 이상 같은 세목의 세무조사를 받지 아니한 납세자에 대하여 업종, 규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고 내용이 적정한지를 검증할 필요가 있는 경우

3. 무작위추출방식으로 표본조사를 하려는 경우

② 세무공무원은 제1항에 따른 정기선정에 의한 조사 외에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 세무조사를 할 수 있다.

1. 납세자가 세법에서 정하는 신고, 성실신고확인서의 제출, 세금계산서 또는 계산서의 작성·교부·제출, 지급명세서의 작성·제출 등의 납세협력의무를 이행하지 아니한 경우

2. 무자료거래, 위장·가공거래 등 거래 내용이 사실과 다른 혐의가 있는 경우

3. 납세자에 대한 구체적인 탈세 제보가 있는 경우

4. 신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)