청구인이 스크랩 등에 대한 부가가치세 매입자납부특례에 따라 공제받은 기납부세액을 공제하여야 한다는 청구주장의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구인은 OOO에서 ‘OOO’이라는 상호로 2016.1.20. 사업자등록하여 고철 및 비철 도소매업을 영위하다 2016.12.31. 폐업하였다.
• 나. OOO장(이하 “조사청”이라 한다)은 2017.3.16.부터 2017.5.10.까지 청구인에 대한 2016년 제2기 부가가치세 세무조사를 실시한 결과 청구인이 2016년 제2기 과세기간 동안 주식회사 OOO 매출처에 실물거래 없이 거짓으로 OOO원의 세금계산서를 발급한 사실을 확인하고, 2016년 제2기 부가가치세 과세표준을 당초 청구인이 신고한 OOO원에서 0원으로 감액하고 거짓 세금계산서 공급가액의 2%인 OOO원을 세금계산서발급불성실가산세로 부과하는 과세자료를 처분청에 통보하였고, 이에 따라 처분청은 2017.6.15. 청구인에게 2016년 제2기 부가가치세(세금계산서발급불성실가산세) OOO원을 경정,고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2017.7.7. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 조세특례제한법 제106조의9 는 스크랩등을 공급하는 사업자는 부가가치세를 공급받는 자로부터 거래징수하지 않고, 스크랩등을 공급받은 자가 스크랩등거래계좌를 사용하여 지정금융기관에 입금한 부가가치세액은 스크랩등을 공급한 사업자가 납부하여야 할 세액에서 공제하거나 환급받을 세액에 가산하는 것으로 규정하고 있는바, 청구인은 지정금융기관이 국고에 납부한 부가가치세 OOO원을 매입자납부특례기납부세액으로 적법하게 공제하였음에도 처분청이 매입자납부특례기납부세액공제를 부인한 것은 조세법률주의 위반이므로, 지정금융기관이 국고에 직접 납부한 부가가치세 OOO원을 매입자납부특례기납부세액으로 공제하여 세액을 재경정하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 기납부세액 OOO원이 매입자납부특례에 따라 적법하게 공제되었으므로 이 건 부가가치세 경정시 기납부세액 공제를 부인하는 것은 조세법률주의에 위반되는 것이라고 주장하나, 조세특례제한법 제106조의9 의 “스크랩등에 대한 부가가치세 매입자 납부특례”에 따라 부가가치세 실제 납부자는 청구인의 거래상대방인 구리 스크랩을 공급받은 자이고, 청구인의 2016년 제2기 부가가치세 과세기간의 부가가치세 매출은 전부 자료상으로서 청구인은 재화를 공급한 사실이 없으며 부가가치세를 거래징수하여 국고에 납부한 사실도 없으므로 처분청이 기납부세액 공제를 부인한 것은 정당하다.

• 가. 쟁점 거짓세금계산서 발급에 따른 세금계산서발급불성실가산세 세액에서 청구인이 스크랩 등에 대한 부가가치세 매입자납부특례에 따라 공제받은 기납부세액을 공제하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법률: <별지1> 기재
• 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인이 사업자등록한 ‘OOO’의 2016년 제2기 부가가치세 신고내역과 조사청의 조사결과에 따른 처분청의 부가가치세 경정결정내역은 <별지2>과 같고, 2016년 제2기 부가가치세 과세표준은 실물거래 없이 거짓으로 발행한 세금계산서에 의하여 신고하였고 실제 과세표준은 0원이라는데 대하여 청구인과 처분청 간 다툼이 없다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 조세특례제한법 제106조의9 의 규정에 따라 지정금융기관을 통해 납부된 부가가치세 OOO원이 청구인에 대한 2016년 제2기 부가가치세(세금계산서발급불성실가산세) OOO원에서 공제되어야 한다고 주장하나, 조세특례제한법 제106조의9 제8항 의 매입자납부특례에 따른 납부세액의 공제는 스크랩등사업자가 실제 스크랩등을 공급받은 경우에 적용되는 것으로서 이 건과 같이 실물거래 없이 거짓으로 세금계산서를 발급한 경우에는 적용되지 아니하는 것인 점, 뿐만 아니라 조세특례제한법 제106조의9 의 규정에 따라 부가가치세를 실제 납부한 자는 청구인이 아닌 청구인의 거래상대방이고 청구인은 부가가치세를 거래징수하여 국고에 납부한 사실도 없으므로 그 환급을 구할 권리가 존재하지 아니하는 점 등에 비추어 처분청이 이 건 부가가치세(세금계산서발급불성실가산세)를 부과하면서 매입자가 지정금융기관을 통하여 납부한 부가가치세 OOO원을 공제하지 아니한 것은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.