거주자의 사업소득금액과 총급여액의 합계액이 3천 700만원 이상인 과세기간이 있는 경우 그 기간은 거주자가 경작한 기간에서 제외한다는 조세특례제한법 시행령제66조 제14항이 2014.2.21. 신설되었고, 부칙에서 2014.7.1. 시행 후 양도하는 분부터 적용한다고 규정하고 있는바, 쟁점토지의 양도가 감면대상에 해당되지 않음
거주자의 사업소득금액과 총급여액의 합계액이 3천 700만원 이상인 과세기간이 있는 경우 그 기간은 거주자가 경작한 기간에서 제외한다는 조세특례제한법 시행령제66조 제14항이 2014.2.21. 신설되었고, 부칙에서 2014.7.1. 시행 후 양도하는 분부터 적용한다고 규정하고 있는바, 쟁점토지의 양도가 감면대상에 해당되지 않음
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
(1) 쟁점토지에 대한 8년 자경농지 요건 중 거주요건에 대해 살펴보면, 청구인은 쟁점토지를 취득하기 전인 1986.2.11.부터 심판청구일 현재까지 경기도 OOO에서 거주하고 있는 것이 주민등록초본에 의하여 확인되고, 경작요건에 대해 살펴보면, 청구인은 경기도 OOO이 발급한 농지원부, OOO이 발급한 조합원증명서, OOO에서 발급한 거래자별 매출상세내역 및 농가수매대금 정산서 등에 의하여 직접 자경한 사실이 확인된다.
(2) 소득요건과 관련하여 청구인의 총급여액에 대하여 살펴보면, 청구인은 쟁점토지의 자경기간과 관련하여 다음 <표>과 같이 총급여액이 있었고, 처분청은 <표>에서 청구인의 총급여액이 OOO원을 초과한 2005년에서 2008년까지의 기간을 자경기간에서 제외하여야 하고 그 결과 자경기간이 8년에서 4개월이 부족하므로 감면을 배제하여 양도소득세를 과세하였으나, (가) 처분청의 감면배제 근거가 된 ｢조세특례제한법 시행령｣은 2014.2.21. ｢소득세법｣ 제20조 제2항 에 따른 총급여액의 합계액이 OOO원 이상인 과세기간이 있는 경우 그 기간은 거주자가 경작한 기간에서 제외하는 것으로 개정되었으나, 동 시행령의 개정규정은 2014.7.1. 이후 양도하는 분부터 적용되는 것으로 규정하고 있다. (나) ｢국세기본법｣ 제18조 제3항 은 “세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다”고 규정하고 있어 청구인은 개정된 시행령이 적용되기 전인 2012년도에 8년 자경농지 비과세요건을 충족하였으므로 처분청의 과세처분은 부당하다. (다) 예를 들어 청구인은 2005년 OOO㈜에서 총급여 OOO원을 수령하였으나 당시의 관련 법령 규정에는 총급여액에 대한 어떤 규정도 없었으므로 감면을 적용할 수 있는 자경기간에 2005년을 추가하면 감면요건에 부족함이 전혀 없어 처분청의 처분은 쌍방간의 법적안정성과 예측가능성을 침해한 처분으로 취소되어야 마땅하다.
(1) 청구인은 쟁점토지를 2004.9.20. 취득하고 2016.8.5. 양도할 때까지 11년 11월을 보유하였으나, 보유기간 동안에 위 <표1>과 같이 근로소득이 있었으며, 총급여액이 OOO원 이상인 2004년～2008년을 제외하면 7년 8월이므로 8년 자경 감면요건을 충족한 것으로 볼 수 없다.
(2) 청구인은 조세특례제한법 시행령 제66조 제14항 에서 3천 700만원 이상인 경우 경작기간에서 제외하는 것을 소급적용으로 부당하다고 주장하고 있으나, 소급과세금지의 원칙이란 조세법령의 제정 또는 개정이나 과세관청의 법령에 대한 해석 또는 처리지침이 변경이 있는 경우 그 효력 발생 전에 종결한 과세요건 사실에 대하여 당해 법령 등을 적용할 수 없다는 것이지, 이전부터 계속되어 오던 사실이나 그 이후에 발생한 과세요건 사실에 대하여 새로운 법령 등을 적용하는 것을 제한하는 것은 아니라고 할 것(대법원 2009.10.29. 선고 2008두2736 판결 등 참조)인바, 개정 시행령 조항은 2014.7.1. 이후 양도하는 분에 적용될 뿐, 이미 발생한 과거의 양도소득에 소급하여 적용되는 것은 아니다.
(1) 국세기본법 제18조[세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지] ② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다.
(2) 조세특례제한법(2015.12.15. 법률 제13560호로 일부개정되기 전의 것) 제69조[자경농지에 대한 양도소득세의 감면] ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.
③ 제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다. (3) 조세특례제한법 시행령(2016.2.5. 대통령령 제26959호로 일부개정되기 전의 것) 제66조[자경농지에 대한 양도소득세의 감면] ① 법 제69조 제1항 본문에서 "농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자"란 8년 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자로서 농지 양도일 현재 소득세법 제1조의2 제1항 제1호 에 따른 거주자인 자를 말한다.
1. 농지가 소재하는 시·군·구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역
2. 제1호의 지역과 연접한 시·군·구안의 지역
3. 해당 농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내의 지역
⑭ 제4항·제6항·제11항 및 제12항에 따른 경작한 기간 중 해당 피상속인(그 배우자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 거주자의 소득세법 제19조 제2항 에 따른 사업소득금액(농업·임업에서 발생하는 소득, 소득세법 제45조 제2항 에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득과 같은 법 시행령 제9조에 따른 농가부업소득은 제외한다)과 같은 법 제20조 제2항에 따른 총급여액의 합계액이 OOO원 이상인 과세기간이 있는 경우 그 기간은 피상속인 또는 거주자가 경작한 기간에서 제외한다. <신설 2014.2.21.>
(4) 부칙 <대통령령 제25211호, 2014.2.21.> 제1조[시행일] 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제109조의2의 개정규정은 2014년 4월 1일부터 시행하고, 제66조 제14항, 제66조의2 제13항, 제67조 제1항ㆍ제3항ㆍ제4항ㆍ제5항ㆍ제6항 및 제116조의2 제5항ㆍ제6항ㆍ제8항ㆍ제19항ㆍ제20항ㆍ제21항의 개정규정은 2014년 7월 1일부터 시행하며, 제63조 제1항ㆍ제2항ㆍ제3항ㆍ제7항ㆍ제8항ㆍ제10항, 제64조, 제65조, 제100조의2 제4항 및 제100조의6 제2항 제4호의 개정규정은 2015년 1월 1일부터 시행한다. 제2조[일반적 적용례] ③ 이 영 중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 영 시행 후 양도하는 분부터 적용한다.
(1) 이 건 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 처분청은 쟁점토지에 대하여 2017.2.8.～2017.2.27.까지 양도소득세 조사를 거쳐 청구인의 총급여액이 OOO원 이상인 과세연도를 자경기간에서 제외하면 청구인의 자경 기간이 8년 미만이므로 감면요건을 충족하지 못한다고 판단하여 청구인에게 양도소득세 OOO원을 고지하였고, 조사종결 보고서의 내용은 다음과 같다. (나) 2014.2.21. 대통령령 제25211호로 개정된 ｢조세특례제한법 시행령｣ 제66조 제14항 에 의하면 총급여액의 합계액이 3천 700만원 이상인 과세기간이 있는 경우 그 기간은 경작한 기간에서 제외하도록 관련규정이 신설되었고, 부칙에서 2014.7.1. 이후 양도하는 분부터 적용하도록 규정하고 있으며, 기획재정부에서 발간한 2013 간추린 개정세법에서 개정이유를 자경농민에 대한 지원 취지에 맞도록 감면요건을 보완하는 것으로 기재하고 있다. (다) 청구인은 쟁점토지를 8년 이상 자경하였다고 주장하면서 다음과 같은 자료를 제시하였다.
1. 수원시 OOO장이 2016.8.1. 발행한 농지원부를 제출하였고, 그 최초작성일자는 2005.9.26.이며 쟁점토지의 경작구분은 자경으로 기재되어 있다.
2. OOO이 2016.8.2. 발행한 조합원증명서를 제출하였고, 청구인이 2005.12.6. 가입한 OOO의 조합원임을 증명하고 있다.
3. OOO 경제사업장에서 발행한 2009.1.1.～2016.12.31.까지의 거래자별 매출상세내역 3매를 제출하였고, 연도별 거래내역은 다음과 같다.
4. 농가수매대금 정산서(집계) 1부를 제출하였고, 2010.9.1.～ 2016.8.1. 조회기간 중 2015.10.12. 수탁 수매 1회 OOO원이 발생한 것으로 확인된다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 거주자의 사업소득금액과 총급여액의 합계액이 3천 700만원 이상인 과세기간이 있는 경우 그 기간은 거주자가 경작한 기간에서 제외한다는 조세특례제한법 시행령 제66조 제14항 이 2014.2.21. 신설되었고, 부칙에서 2014.7.1. 시행 후 양도하는 분부터 적용한다고 규정하고 있는바, 청구인이 쟁점토지를 양도하여 과세요건이 성립된 시점이 2016.8.5. 이므로 위 시행령 조항이 적용되는 것으로 해석되는 점, 청구인의 총급여액이 OOO원 이상인 기간을 경작기간에서 제외하면 7년 8개월이므로 8년 자경 감면 요건을 충족하지 못한 것으로 보이는 점, 대법원이 소급과세금지의 원칙이란 조세법령의 제정 또는 개정이나 과세관청의 법령에 대한 해석 또는 처리지침의 변경이 있은 경우 그 효력 발생 전에 종결한 과세요건사실에 대하여 당해 법령 등을 적용할 수 없다는 것이지, 이전부터 계속되어 오던 사실이나 그 이후에 발생한 과세요건사실에 대하여 새로운 법령 등을 적용하는 것을 제한하는 것은 아니다(대법원 1996.10.29. 선고 96누9423 판결 등 같은 뜻임)고 판단한 점 등에 비추어 쟁점토지의 양도가 감면대상에 해당되지 않는다고 보아 청구인에게 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정내용은 붙임과 같습니다.