쟁점주식 양도에 대하여 20% 세율을 적용하여 과세한 처분의 당부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 합자회사 OOO산업(이하 “OOO산업”이라 한다) 주식 4,500주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 2004.4.14. 취득(주식보유비율 90%)하여 2016.8.11. OOO원 (주당 OOO원)에 양도하고, 쟁점주식의 양도소득에 대하여 10% 세율을 적용하여 2016.10.30. 2016년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고․납부하였다.
• 나. 처분청은 청구인이 쟁점주식의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 소득세법 시행령제157조 제4항 제1호의 대주주로 양도소득세율 20% 적용대상으로 하여, 2017.5.12. 청구인에게 2016년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2017.6.19. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장
• 가. 청구인 주장 비상장법인의 주주는 2015년까지 대주주에 관계없이 세율 10%를 적용하였으나, 2016년부터 세율이 개정되어 대주주의 경우 20%의 세율을 적용하는 것으로 개정되었으며, 부칙에서 대주주의 범위확대는 2017년부터 적용한다고 하였으므로 2016년 양도한 쟁점주식의 경우 부칙 규정에 따라 10%의 세율을 적용하는 것이 타당하다.
• 나. 처분청 의견 소득세법 시행령부칙 <제26982호, 2016.2.17.> 에 따른 2017.1.1. 대주주의 범위 적용 전 중소기업 대주주에 대하여 소득세법제104조 제1항 제11호에 따른 대주주의 범위에 포함되므로 중소기업 대주주의 비상장주식 양도세율은 100분의 20을 적용하는 것이 타당하다.

• 가. 쟁점 쟁점주식 양도에 대하여 20% 세율을 적용하여 과세한 처분의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 소득세법(2016.1.19. 법률 제13796호로 개정되기 전) 제94조[양도소득의 범위] ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분(신주인수권과 대통령령으로 정하는 증권예탁증권을 포함한다. 이하 이 장에서 "주식등"이라 한다)의 양도로 발생하는 소득

• 가. 자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 주권상장법인(이하 "주권상장법인"이라 한다)의 주식등으로서 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주(이하 이 장에서 "대주주"라 한다)가 양도하는 것과 같은 법에 따른 증권시장(이하 "증권시장"이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것
• 나. 주권상장법인이 아닌 법인의 주식등 제104조[양도소득세의 세율] ① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득 산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다.

1. 제94조 제1항 제1호·제2호 및 제4호에 따른 자산 제55조 제1항에 따른 세율

11. 제94조 제1항 제3호에 따른 자산

• 가. 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 이 장에서 "중소기업"이라 한다) 외의 법인의 주식등으로서 대주주가 1년 미만 보유한 주식등 양도소득 과세표준의 100분의 30
• 나. 중소기업의 주식등(대주주가 아닌 자가 양도하는 경우로 한정한다) 양도소득 과세표준의 100분의 10
• 다. 그 밖의 주식등 양도소득 과세표준의 100분의 20 부칙 제1조(시행일) 이 법은 2016년 1월 1일부터 시행한다. (단서 생략) 제2조(일반적 적용례)

② 이 법 중 양도소득에 관한 개정규정은 이 법 시행 이후 양도하는 자산으로부터 발생하는 소득분부터 적용한다. 제12조(중소기업 주식양도세율 조정에 따른 경과조치) 자본시장과 금융투자업에 관한 법률제294조에 따라 설립된 한국예탁결제원이 법 시행일 현재 자본시장과 금융투자업에 관한 법률, 채무자 회생 및 파산에 관한 법률에 따라 의무적으로 보호예수중인 중소기업 주식을 보호예수기간 종료일로부터 6개월이 되는 날까지 양도하는 경우에는 제104조 제1항 제11호의 개정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다. (2) 소득세법 시행령(2016.2.17. 대통령령 제26982호로 개정되기 전) 제157조[증권예탁증권 및 대주주의 범위] ④ 법 제94조 제1항 제3호 가목에서 "대통령령으로 정하는 대주주"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 장에서 "대주주"라 한다)를 말한다.

1. 법인의 주식 또는 출자지분(신주인수권과 제1항에 따른 증권예탁증권을 포함하며, 이하 이 장에서 "주식등"이라 한다)을 소유하고 있는 주주 또는 출자자 1인(이하 이 장에서 "주주 1인"이라 한다) 및 그와 국세기본법 시행령 제1조의2 제1항 및 같은 조 제3항 제1호에 따른 특수관계인(이하 이 장에서 "기타주주"라 한다)이 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 해당 법인의 주식등의 합계액의 100분의 2[코스닥시장상장법인[대통령령 제24697호 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령 일부개정령 부칙 제8조에 따른 코스닥시장(이하 "코스닥시장"이라 한다)에 상장된 주권을 발행한 법인을 말한다] 또는 코넥스시장상장법인[ 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령 제11조 제2항 에 따른 코넥스시장(이하 "코넥스시장"이라 한다)에 상장된 주권을 발행한 법인을 말한다]의 주식등과 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령제178조 제1항에 따라 거래되는 벤처기업육성에 관한 특별조치법제2조 제1항에 따른 벤처기업의 주식등의 경우에는 100분의 4. 이하 이 조에서 같다]이상을 소유한 경우의 해당 주주 1인 및 기타주주. 이 경우 직전사업연도 종료일 현재에는 100분의 2에 미달하였으나 그 후 주식등을 취득함으로써 100분의 2 이상을 소유하게 되는 때에는 그 취득일 이후의 주주 1인 및 기타주주를 포함한다.

2. 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 기타주주가 소유하고 있는 해당 법인의 주식등의 시가총액이 50억원[코스닥시장상장법인의 주식등과 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령제178조 제1항에 따라 거래되는 벤처기업육성에 관한 특별조치법제2조 제1항에 따른 벤처기업의 주식등의 경우에는 40억원으로 하고, 코넥스시장상장법인의 주식등의 경우에는 10억원으로 한다] 이상인 경우의 해당 주주 1인 및 기타주주

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점주식의 양도․양수 계약서에 따르면, 청구인은 OOO산업의 보통주식 4,500주를 OOO원(1주당 OOO원)에 윤OOO에게 양도하고, 대금은 2016.7.29. 일시불로 받는 것으로 계약하였다.

(2) 소득세법제94조 제1항 제3호 나목에서 주권상장법인이 아닌 법인의 주식을 양도하여 발생되는 소득에 대해서는 양도소득으로 과세하도록 정하였고, 같은 법 제104조 제1항 제11호 다목에서 중소기업의 주식을 대주주가 양도하는 경우에는 20%의 세율을 적용하도록 하였으며, 같은 법 시행령 제157조 제4항에서 대주주란 “법인의 주식을 소유하고 있는 주주 1인 및 그의 특수관계인이 주식의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 해당 법인의 주식 합계액의 2% 이상을 소유한 경우(제1호) 또는 소유하고 있는 해당 법인의 주식 시가총액이 OOO원 이상인 경우(제2호)에 해당 주주 1인 및 그의 특수관계인”으로 규정하고 있다.

(3) OOO산업이 중소기업기본법제2조에 따른 중소기업에 해당되고, 청구인은 쟁점주식의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일(2015.12.31.) 현재 OOO산업 주식의 90%를 소유한 점에 대하여는 다툼이 없다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점주식의 양도에 대하여 10%의 세율을 적용하여야 한다고 주장하나, 청구인은 OOO산업의 주식을 90% 소유하여 소득세법 시행령제157조 제4항 제1호의 대주주 요건(지분율 2% 이상)을 충족하였고, 2015.12.15. 소득세법이 개정되어 중소기업의 주식을 대주주가 양도한 경우의 세율이 10%에서 20%로 증가되었으며, 그 부칙에서 2016.1.1. 이후 양도하는 자산으로부터 발생하는 소득분부터 적용하도록 규정하여 청구인이 2016.8.11. 양도한 쟁점주식에 대하여는 20%의 세율을 적용하는 것이므로 처분청이 20%의 세율을 적용하여 과세한 처분이 부당하다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 ｢국세기본법｣ 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.