쟁점계산서등을 실제 거래 없이 수취한 가공계산서등으로 보아 필요경비를 부인하여 종합소득세를 과세한 처분의 당부

[참조결정] 조심2015중2061

[주 문] OOO세무서장이 2016.11.3. 청구인에게 한 종합소득세 2009년 귀속분 OOO원의 각 부과처분은, 2009년 제1기부터 2013년 제2기까지의 부가가치세 과세기간 동안 주식회사 OOO부터 수취한 공급가액 합계 OOO원의 세금계산서와 관련하여 청구인이 제시한 거래명세서 등을 토대로 실제 거래가 있었는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구인은 2005.1.10.부터 경기도 OOO에서 2009.7.1.부터 ‘OOO’이라는 상호로 OOO 도소매업을 영위하는 개인사업자로, 2009년 제1기～2013년 제2기 부가가치세 과세기간 중 주식회사 OOO라 하고, OOO과 합하여 이하 “쟁점매입처”라 한다)로부터 <표1>과 같이 공급가액 합계 OOO원을 “쟁점매입액”이라 한다)의 세금계산서(이하 계산서와 합하여 “쟁점계산서등”이라 한다)를 수취한 후, 공급가액 합계 OOO원을 2009년～2013년 귀속 종합소득세 신고시 필요경비에 산입하였다.
• 나. OOO장(이하 “조사청”이라 한다)은 2014.6.26.～2014.11.1. 기간 동안 쟁점매입처를 포함한 관련업체에 대한 통합조사를 실시하여, 쟁점매입처가 청구인에게 쟁점계산서등을 발행하였으나 입금된 금융증빙이 확인되지 아니하여 가공거래로 확정하였다는 과세자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 이에 따라 쟁점매입액을 필요경비에서 불산입하여 2016.11.3. 청구인에게 2009년～2013년 귀속 종합소득세 합계 OOO원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2017.2.3. 이의신청을 거쳐 2017.6.12. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장 청구인이 운영하는 OOO은 매출거래처가 500여개 업체로, 중간상인 및 판매원으로부터 아침마다 일일거래물량을 주문받아 매출물량을 출고하고 전일 수금상황을 확인하는데, 판매대금은 대부분 직접 수금하여 금고에 보관하였다가 매입한 거래처에 매입대금을 결제하고 있어 금융기관거래를 하지 않는 것이 일반적이다. 판매할 물량의 매입은 창고보관자가 재고물량을 파악하고 판매원의 주문량을 집계하여 매입주문을 하며, 거래처가 납품하면 실물을 확인한 후, 매입대금을 보관된 현금으로 매입처에 지급하고 거래명세서 및 입금표를 수령하여 보관하였다. 청구인은 거래명세서, 입금표를 거래 사실대로 기재하여 보관하고 있고, 실물 거래 없이 계산서등을 수령하지 아니하였으나, 이 건 처분은 거래처의 부실한 세무조사 대처와 처분청의 일방적인 조사편의주의로 인해 거래의 실질내용을 파악하지 아니한 채, 금융거래만을 중시하여 금융기관 결제내역이 없으면 무조건 가공거래로 확정한 것으로, 사실과 달리 가공으로 확정한 당초 조사자에게 1차적인 잘못이 있고, 청구인에게 사실내역을 확인하지 아니하고 통보된 자료로만 과세한 처분청에게 2차적인 잘못이 있다 할 것이다. 결제금액 중 가계수표 발행분으로 일부 입금사실이 증명됨에도 이를 전면 부인한 것은 이 건 처분이 처분청의 부실한 조사의 결과라는 것을 입증하는 것이고, 서울중앙지방검찰청은 2017.3.7. OOO장이 거래처 및 관련업체를 가공계산서 발급의 혐의로 고발한 것에 대해 불기소 처분하였으며, 거래처로부터 수령한 확인서를 통해 쟁점매입액이 실제 거래된 금액이라는 것이 확인되므로 쟁점매입액을 가공매입으로 보아 필요경비를 부인한 이 건 처분은 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 조사청의 쟁점매입처에 대한 조사 당시, 쟁점매입처의 계좌를 조회하여 계산서의 발행금액은 있으나 입금사실이 확인되지 않은 거래처인 OOO에 대해 가공계산서 등을 수취한 것으로 확정하여 OOO로 자료를 파생하였고, OOO 대표자인 청구인의 관할 세무서인 처분청에 해당 자료를 파생하였으며, 이에 처분청은 해당 자료에 따라 쟁점매입액을 필요경비에서 부인한 후 종합소득세를 경정·고지하였다. 쟁점매입처는 조사청의 조사시 실물거래 없이 다수의 가공계산서를 발행한 업체로 확인되었으므로 청구인이 쟁점매입처와 실제 거래한 사실을 객관적으로 증명할 수 있는 증빙을 제시하여야 할 것으로 판단되는바, 청구인이 제출한 매출, 매입거래명세서만으로는 실제 거래의 증빙으로 보기에는 어려움이 있고, 입금표에도 공급자, 금액 및 내용만 기재되어 있을 뿐, 매입대금을 실제 지급한 사실을 입증할 만한 구체적이고 객관적인 증빙서류가 제시되지 아니하였으며, 제출한 가계수표 1매도 실질적으로 매입처에 지급하였다는 사실관계를 확인할 수 없다. 또한, 청구인은 조사청이 쟁점매입처를 고발한 건이 불기소처분되었음을 이유로 정상거래임을 주장하나, 동 결정만으로 쟁점계산서등이 실제 거래에 의하여 수수된 것인지 여부가 확인되지 아니하고, 검찰의 불기소처분만으로 곧바로 쟁점계산서등과 관련한 거래가 정상거래로 확인되는 것으로 보기 어렵다. 따라서, 청구인이 제시하는 증빙만으로 실제 거래를 입증할 구체적이고 객관적인 증빙서류로 볼 수 없으므로 가공 계산서 수취분에 대해 필요경비를 부인하여 종합소득세를 고지한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 쟁점계산서등을 실제 거래 없이 수취한 가공계산서 등으로 보아 필요경비를 부인하여 종합소득세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관련 법률 소득세법 제27조【사업소득의 필요경비의 계산】① 사업소득금액을 계산할 때 필요경비에 산입할 금액은 해당 과세기간의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것의 합계액으로 한다. 제80조【결정과 경정】② 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제70조·제71조 및 제74조에 따른 과세표준확정신고를 한 자(제2호 및 제3호의 경우에는 제73조에 따라 과세표준확정신고를 하지 아니한 자를 포함한다)가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우 제160조【장부의 비치·기록】① 사업자는 소득금액을 계산할 수 있도록 증명서류 등을 갖춰 놓고 그 사업에 관한 모든 거래 사실이 객관적으로 파악될 수 있도록 복식부기에 따라 장부에 기록·관리하여야 한다. 제160조의2【경비 등의 지출증명 수취 및 보관】 ① 거주자가 사업소득금액 또는 기타소득금액을 계산할 때 제27조 또는 제37조에 따라 필요경비를 계산하려는 경우에는 그 비용의 지출에 대한 증명서류를 받아 이를 확정신고기간 종료일부터 5년간 보관하여야 한다.

② 제1항의 경우 사업소득이 있는 자가 사업과 관련하여 사업자(법인을 포함한다)로부터 재화 또는 용역을 공급받고 그 대가를 지출하는 경우에는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 증명서류를 받아야 한다.

1. 제163조 및 법인세법 제121조에 따른 계산서

2. 부가가치세법 제16조에 따른 세금계산서

3. 여신전문금융업법에 따른 신용카드매출전표

4. 제162조의3 제1항에 따라 현금영수증가맹점으로 가입한 사업자가 재화나 용역을 공급하고 그 대금을 현금으로 받은 경우 그 재화나 용역을 공급받는 자에게 현금영수증 발급장치에 의하여 발급하는 것으로서 거래일시·금액 등 결제내역이 기재된 영수증

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 심판청구 재조사 종결보고서, 쟁점매입처의 심판결정서(조심 2015중2061～2067, 2015.11.10.) 등 관련 자료에 나타나는 이 건 과세처분 내역은 다음과 같다. (가) 쟁점매입처를 포함한 관련업체(이하 “관련업체”라 한다)는 OOO라는 상호로 개업한 후 자녀 등이 동일한 장소에서 동일한 업종의 사업을 영위하고 있는 업체이고, 조사청은 2014.6.26.～2014.11.1. 기간 동안 관련업체에 대해 통합조사를 실시하여 관련업체가 2009년～2013년 기간 중 개인명의의 차명계좌를 개설하여 매출대금을 회수하고 계산서를 미(과소)발행하는 방식으로 총 OOO원의 매출을 누락한 것으로 보아 2015.1.9. 2009년사업연도～2013사업연도 법인세 및 종합소득세를 경정·고지하였다. (나) 관련업체는 2015.3.19.～2015.4.7. 기간 중 심판청구를 제기하였고, 2015.11.10. 조세심판원으로부터 “청구인들은 세무조사시 제출한 매출누락 관련 소명자료가 구체적인 확인을 거치지 아니한 채 세무대리인이 임의제출한 부정확한 것이라는 점을 일관되게 주장하고 있고, 이 건 심판청구시 청구인들이 추가 제시한 비사업용 및 사업용 계좌의 거래관련 증빙에 비추어 비사업용계좌에서 사업용 계좌로 전액 이체되었다는 청주주장이 타당한 측면이 있어 조사청이 확정한 매출누락금액과 사업용 계좌로 이체된 내역과의 상호 연관성 및 계산서 발행내역과의 대조·분석 등을 통하여 구체적인 매출누락금액을 확인할 필요가 있어 보이므로 처분청은 청구인들이 제시한 비사업용 및 사업용 계좌 등의 금융거래내역 및 계산서 발행내역 등을 토대로 매출누락 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다”라는 결정을 받았다. (다) 이에 따라 조사청은 재조사를 실시하여 사업용계좌 및 비사업용계좌의 입금액과 계산서 발행액을 대사하여 매출누락 및 가공매출로 증액 또는 감액경정을 하였고, 이에 따라 쟁점매입처의 쟁점계산서등의 발행금액 대비 입금내역이 확인되지 않는 금액을 전액 가공으로 확정하여 관련 과세자료를 통보하였다. (라) 조사청은 처분청에 쟁점매입액을 ‘계산서 위장 가공자료’로 통보하였고, 처분청은 동 금액을 2009년～2013년 귀속 필요경비에서 부인하였으나, 쟁점매입액에는 <표1>과 같이 부가가치세가 포함되어 있는 것으로 나타나고, 청구인은 부가가치세는 필요경비에 산입하지 아니하였다고 구두소명하였다.

(2) 청구인은 쟁점매입액이 실제 거래에 의한 것이고, 쟁점매입처와 거래시 매입거래명세서(2009년～2013년, 합계 737매) 및 입금표(2009년～2013년, 합계 149매, OOO원)를 수령하여 보관하고 있다며 이 중 2013사업연도분을 제출하였고, 보관중인 매출거래명세서 또한 20,000여매에 달한다며 사본 6매를 제출하였다. 그 밖에 쟁점매입액 중 수표로 지급한 금액이 있다며 가계수표 사본 1매와 가계수표 발행내역을 수기로 기록한 장부 사본, 쟁점매입처의 확인서, 서울중앙지방검찰청의 불기소이유통지서 등을 제출하였다. (가) 매입거래명세서에는 일자별로 품명, 수량, 단가, 및 금액 등의 공급받은 물품의 세부내역, 미수금액 및 입금내역, 인수자의 확인 등이 기재되어 있고, 품목은 무말랭이무침, 반찬단지, 낙지젓, 고추절임, 콩자반 등의 반찬인 것으로 나타난다. 또한, 입금표에는 공급자와 작성일, 금액 및 영수자의 확인 등이 기재되어 있으며, 월 2회 정도 임의의 금액을 입금한 것으로 나타난다. (나) 매출거래명세서에는 청구인이 OOO 등의 매출처에 무말랭이 무침, 반찬단지, 콩자반 등을 공급한 내역이 나타나고, 청구인은 판매하는 식자재 중 위 반찬은 대부분 쟁점매입처로부터 매입한 것이라고 구두소명하였다. (다) 청구인에 제출한 2013년 거래명세서와 부가가치세 신고내역을 비교하면 <표3>과 같고, 청구인은 계산서 발행시기 등의 일수 차이로 인해 일부 차이가 발생할 수 있다고 구두소명하였다. (라) OOO 사본에는 지급기일이 2013.12.9.로 나타나고, 가계수표 발행내역 기록장부에는 2013.12.9. OOO원의 수표를 발행한 것으로 기재되어 있으며, 쟁점매입처 외에도 다수의 업체에 수표를 발행한 것으로 기재되어 있다. 한편, 청구인의 OOO 거래내역에 의하면, 2013.12.10. OOO원이 인출된 것으로 나타난다. (마) 쟁점매입처가 작성한 확인서에는 “2009년부터 2013년까지 OOO과의 거래내역은 실질거래에 의해 정상적으로 세금계산서 및 계산서의 발행이 이루어졌고, 물품대의 반제는 주로 현금으로 결제가 이루어졌으며, 당사가 세무조사시 경황이 없어 실질거래내역이 자료의 분실, 보관, 정리 미숙으로 인하여 입증조건을 충족하지 못하여 가공자료로 처리되었으나, 당사의 잘못으로 인하여 OOO에 피해가 없도록 선처하여 달라”라는 내용이 기재되어 있고, 쟁점거래처인 OOO은 2017.9.5. 조세심판원 심판관회의에 출석하여 조사청의 쟁점매입처에 대한 조사 당시 통장만이 제출되었고, 통장과 계산서를 대사하여 금융자료로 입금되지 아니한 금액을 전액 가공으로 확정하였으나, 청구인과 실제 거래를 하였고, 면세사업 특성상 계산서를 과소 수취하여 매출을 누락할 수는 있으나, 가공의 계산서를 발행할 사유는 없다고 진술하였다. (바) 서울중앙지방검찰청의 불기소이유통지서(인천지방검찰청 2016형제70461호, 2017.3.10.)에 의하면, 쟁점매입처를 포함한 관련업체들의 허위세금계산서 교부와 관련한 특정범죄가중처벌등에 관한 법률 위반 등의 혐의에 대해 혐의 없음(증거불충분)으로 불기소결정을 한 것으로 나타나며, 결정서의 주요내용은 다음과 같다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 청구인이 제출한 매입거래명세서에 공급받은 물품의 내역, 입금내역이 거래일자별로 상세히 기재되어 있어 청구인이 동 거래명세서 등을 소급하여 작성한 것으로 보이지 않는 점, 쟁점매입액의 대부분이 면세 품목으로 쟁점매입처가 가공계산서등을 발행할 실익이 없어 보이는 점, 서울중앙지방검찰청은 쟁점매입처를 포함한 관련업체의 허위세금계산서 교부 등의 혐의에 대해 가공거래에 의한 허위의 매출계산서를 발행하였다고 볼 만한 뚜렷한 증거가 없는 것으로 보아 불기소결정을 한 점, 조사청은 계산서 발행내역과 통장 입금내역만을 비교하여 입금내역이 없는 경우 전부 가공매출로 확정하여 처분청에 과세자료를 통보하였고, 처분청은 통보받은 과세자료에 대한 추가적인 확인 없이 해당 자료에 근거하여 이 건 처분을 한 것으로 보이는 점 등에 비추어 거래와 관련한 금융증빙이 없다고 하여 청구인이 실제 거래 없이 가공계산서등을 수취하였다고 단정하기 어려운 측면이 있으므로 거래명세서 및 입금표, 수표발행내역 등 청구인이 제출한 자료, 쟁점매입처의 보유 자료, 쟁점매입처 외 매입현황 등을 토대로 실제 거래가 있었는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.