법원이 납세고지의 하자를 이유로 당해 처분이 위법하다고 판결하자 처분청이 그 판결 확정일로부터 1년 내에 이를 취소하고 그 잘못을 바로잡아 다시 부과처분을 한 것이어서 국세부과제척기간이 도과되었다고 할 수 없는 점 등에 비추어 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨
법원이 납세고지의 하자를 이유로 당해 처분이 위법하다고 판결하자 처분청이 그 판결 확정일로부터 1년 내에 이를 취소하고 그 잘못을 바로잡아 다시 부과처분을 한 것이어서 국세부과제척기간이 도과되었다고 할 수 없는 점 등에 비추어 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 상고심에서 받아들여지지 아니한 심리미진․판단유탈 사항은 재처분 사유에 해당하지 아니한다. 원심판결의 일부 항목에 심리미진․판단유탈이 있는 경우 상고심에서 상대방이 이러한 사실을 주장 하고 대법원이 이를 받아들여 파기환송이 선고되면 원심에서 다시 심리하는 것이고, 받아들이지 아니한 경우라면 원심에서 심리미진․판단유탈 부분이 없었다거나 있다 하더라도 판결의 결론이 달라지지 아니한다고 판단한 것이다. 이 건은 처분청이 원심판결에 심리미진․판단유탈 부분이 있음을 이유로 대법원에 상고하였으나 대법원이 이를 받아들이지 아니하자 동 판결에 따라 부과처분을 취소한 후 새로이 부과처분한 것이다. 대법원이 심리미진․판단유탈 부분을 받아들이지 아니한 것은 심리결과 심리미진․판단유탈 부분이 없었다거나 있다 하더라도 판결의 결론이 달라지지 아니한다고 판단하였기 때문이다. 즉 원심의 판단이 정당하다는 것이므로 이 건 심리미진․판단유탈 부분에 대한 재부과처분은 특례제척기간의 적용사유에 해당하지 아니함이 명백하다. 따라서 이 건 2차 경정고지 등은 국세부과제척기간이 경과한 후의 처분으로서 당연 무효에 해당한다. 설령, 2차 경정고지 등이 특례제척기간의 예외 사유에 해당한다 하 더라도 2008사업연도 법인세 OOO원의 부과처분은 쟁점판결에 따른 처분으로 볼 수 없다. 쟁점판결 중 2008사업연도 법인세 OOO원의 취소부분은 처분청이 2008사업연도 법인세로 환급한 소급공제 법인세 환급액을 2008사업연도 결손금의 감소로 추징한 처분에 대하여 제기한 소송에 대한 판결인 반면 이 건 2008사업연도 법인세 OOO원의 부과처분은 2008사업연도의 각 사업연도 소득에 대한 처분이기 때문이다. 청구법인은 2008사업연도에 결손금이 발생하여 법인세법 제72조 에서 규정한 결손금 소급공제에 따른 환급을 신청하여 2007사업연도에 납부한 법인세 중 OOO원을 환급받았다. 조사청은 당초 청구법인에 대한 법인세 통합조사를 실시하여 2008사업연도 결손금을 감액하였고, 처분청은 이에 따라 법인세법 제72조 제5항 을 적용하여 당초 환급세액인 OOO원에 OOO원의 이자상당액을 가산한 OOO원을 경정․고지하였다. 즉 당초 2008사업연도 법인세 부과처분은 청구법인이 2007사업연도 법인세 납부세액을 기초로 2008사업연도 결손금에 터잡아 ‘소급공제법인세액환급신청서’를 제출함에 따라 2007사업연도에 납부한 세액 중 일부를 환급받은 것이고 한편, 조사 결과 법인세 과세표준이 경정됨에 따라 2008사업연도 결손금이 감소되어 법인세가 과세되었으나 납세고지서에 세액산출의 근거를 미기재하여 절차상 하자가 있다는 판결로 인하여 취소되었고, 그러한 하자로 당초 처분이 취소되면 당해 판결일로부터 1년 이내에 위법사유를 보완하여 재부과할 수 있으나 처분청은 동 하자를 보완하여 소급공제환급세액을 징수하는 재처분은 하지 아니하고 각 사업연도 소득에 대한 부과처분을 한 것이다. 처분청이 한 2차 경정고지 중 이 건 2008사업연도 법인세 OOO원에 대한 부과처분은 각 사업연도 소득에 대한 과세표준 및 세액의 증액경정에 따른 것이다. 즉 처분청은 당초 2008사업연도 소득에 대하여 법인세를 부과한 사실이 없기에 청구법인이 소를 제기한 사실 및 관련 법원의 판결이 없었음에도 국세부과제척기간이 경과한 후에 각 사업연도 소득에 대한 법인세를 증액경정하면서 쟁점판결에 따른 재처분이라고 주장하고 있는 것이다. 또한, 2007사업연도에 납부한 법인세 중 일부는 소급공제법인세액의 환급으로 2008사업연도 소득에 대한 법인세와는 과세처분 단위가 완전히 다르다. 소급공제법인세액의 환급은 당해 법인의 신청이 있는 경우에 한하여 과세관청의 결정에 따라 환급세액이 확정되는 반면, 각 사업연도 소득에 대한 법인세는 당해 법인의 신고에 의하여 세액이 확정되므로 각각의 부과처분에 따른 불복이나 소송은 별도로 이루어지고 이에 따른 결정이나 판결 또한 청구한 소송물 단위로 하는 것이다. 따라서 처분청이 2016.2.17. 한 이 건 2008사업연도 법인세 부과 처분은 쟁점판결에 따른 처분이 아닌 국세부과제척기간이 만료된 후에 한 것이므로 당연 무효사유에 해당한다. 한편, 2차 경정고지 중 2008사업연도 법인세 OOO원의 부과 처분이 특례제척기간의 예외사유에 해당하고 쟁점판결에 따른 처분이라 하더라도 감액경정의 내용이 위법하다. 처분청이 이의신청의 결정에 따라 2017년 3월경 감액하면서 작성한 법인세 과세표준 및 세액(결정 /경정)계산서를 살펴보면, 과세표준이 OOO원, 산출세액이 OOO원, 가산세액이 OOO원, 총결정세액이 OOO원으로 각각 나타나고, 기납부세액이 OOO원, 감면등추가납부세액이 OOO원, 차감징수할세액이 OOO원, 당초결정(경정)고지세액이 OOO원으로 각각 확인되나, 차감징수할세액 OOO원에서 당초결정(경정)고지세액 OOO원을 차감하면 차감고지세액은 OOO원이 산정되어야 함에도 처분청은 차감고지세액을 OOO원으로 경정하였으므로 이는 명백히 잘못된 계산에 해당한다. 또한, 가산세액 OOO원을 산정한 근거가 제시되지 아니하였다. 가산세액계산서 서식을 보면 과소신고 일반 미달세액에 대상금액은 OOO원으로, 가산세는 OOO원으로 각각 기재되어 있으나, (무)과소 신고소득 및 미달세액계산서(법인세) 서식의 1.미달세액 계산을 보면 (무)과소신고 미달세액이 기재되어 있지 아니하다. 즉 처분청은 근거 없이 가산세 OOO원을 과세한 것이다. (
2. 청구법인이 OOO과 체결한 쟁점공사 도급계약은 청구법인이 특수관계 없는 자로부터 공사를 수주하였다면 불가능할 정도로 청구 법인에게 유리한 것이다. 즉 쟁점공사의 규모(부가가치세 제외)는 4건에 총OOO원으로 평균 OOO원에 이르고 각 공사에서 발생한 이익률도 OOO로 전체공사를 합한 이익률은 13.38%이며 손실이 발생한 OOO를 제외하면 OOO%로 청구법인과 OOO 간에 특수관계가 없다면 청구법인이 이 정도 규모의 공사를 도급받을 수 없었을 뿐 아니라 도급받았다 하더라도 그 이익률은 이보다 낮을 수밖에 없었을 것이다. 반면, 청구법인이 2005.1.1.부터 2009.12.31.까지 특수관계 없는 자로부터 공사를 수주한 전체 건설공사의 규모는 7건 총OOO원으로 평균 OOO원에 불과하고 이익률에 있어서도 적정이윤을 보장하고 있는 관급 공사는 평균이익률이 9.6%이나 민간공사는 1.64%이라 둘을 합한 평균 이익률은 4.65%로 나타난다. 청구법인이 OOO과 특수관계가 아닌 상태에서 쟁점공사를 도급받을 수 있었다면 그 이익률은 민간공사의 평균이익률보다 낮아 1%에도 미치지 못하였을 것이다. 결과적으로 청구법인은 OOO과 특수관계에 있었기에 오히려 큰 이득을 얻을 수 있었다. 그럼에도 처분청은 청구법인이 OOO으로부터 공사대금을 다소 늦게 지급받았다는 일면만을 보고 청구법인과 OOO과의 거래를 부당행위로 보아 인정이자를 익금에 산입하고 지급이자를 손금불산하여 법인세를 과세하였는데 이는 위법․부당하므로 취소되어야 한다. 청구법인과 OOO과의 거래가 부당행위계산 부인규정을 적용할 수 있는 경우에 해당한다 하더라도 대여금에 대한 인정이자를 계산하기 위해서는 자금의 대여일과 회수일 등이 확정되어야 함에도 처분청은 청구법인이 계산서 등을 발행한 날 즉 발행시기가 적법한지 여부에 대하여는 조사하지 아니하고 쟁점공사와 관련한 세금계산서 및 계산서의 발행일로부터 92일이 경과한 날을 사실상 청구법인이 OOO에게 자금을 대여한 날로 확정하였다. 청구법인과 OOO 사이에 작성된 쟁점공사 표준도급계약서 제5조 및 제6조를 보면, 선급금은 없고 기성부분급은 ‘국민주택 기성금 수령시, 임대분양금 입금시 기성금 우선적으로 지급’으로 되어 있고 공사기간이 6개월을 초과한다. 즉 청구법인이 OOO에게 제공한 쟁점공사는 용역의 제공을 완료하기 전에 계약금 이외의 대가를 분할하여 받는 경우이고, 계약금을 받기로 한 날부터 용역의 제공을 완료하는 날까지의 기간이 6개월 이상인 경우에 해당하여 그 거래시기는 부가가치세법 시행령 제22조 (2013.6.28. 대통령령 제24638호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)에서 규정한 중간지급조건부에 해당되어 대가의 각 부분을 받기로 한 때이다. 따라서 청구법인이 OOO에게 제공하는 쟁점공사용역에 대한 계산서의 발행시기는 대가의 각 부분을 받 기로 한 때인 국민주택 기성금 수령시 및 임대분양금 입금시가 됨에도 처분청은 발행시기에 오류가 있는 계산서 등에 기재된 발행일자를 근 거로 부당행위계산 부인규정을 적용하여 인정이자를 익금산입하고 지급 이자를 손금불산입하여 법인세를 부과하였으므로 이 건 처분은 위법하여 취소되어야 한다. 처분청은 청구법인이 작업진행률에 따라 (세금)계산서를 발행하였다는 의견이나, 청구법인은 쟁점공사에 대한 대금을 작업진행률에 따라 받을 수 있는 권리가 없고 OOO도 지급할 의무가 없다. 또한 청구법인은 쟁점공사와 작업진행률을 산정한 사실이 없을 뿐 아니라 계산서 등이 그에 따라 발행된 사실도 없다. 공사별 계산서 등의 발행 시기를 보면 1개월마다 발행한 경우도 있고 3개월마다 발행한 경우도 있으며 심지어 10개월 만에 발행한 경우도 있는 등 불규칙적이며, 발행금액도 작업진행률에 따라 산정될 수 없는 억원 단위로 발행되거나 경우에 따라서는 백만원 단위로 발행되기도 하였으며, 5년이라는 장기의 공사기간 중 1개월 동안 공사한 금액이 전체금액의 40%에 상당(OOO 2006.9.30. 발행 계산서)하기도 하고, 6개월 동안 공사한 것이 전체금액의 4%(OOO 2006.6.30. 발행 계산서)에도 미치지 못한 것으로 나타나는 등 진행률에 따라 발행되었다고 보기 어렵다. 이처럼 청구법인이 쟁점공사와 관련하여 발행한 계산서 등은 경험칙 이나 건전한 상식에 비추어 보더라도 공사진행률에 의하여 발행된 것이 아님을 알 수 있다. 쟁점공사와 관련한 계산서 등은 청구법인과 OOO 사이에 작성된 계약서에 따라 발행되어야 하는 것이지 작업진행률에 따라 발행할 수 없다. 이 건 계산서 등이 작업진행률에 따라 발행되거나 임의로 발행되었다면 청구법인은 가산세의 제재와 매입세액불공제 등의 불이익을 받게 되고 조세범처벌법에 따라 처벌될 수도 있다. 따라서 처분청은 임의로 발행되어 위법한 이 건 계산서 등을 근거로 법인세를 경정․고지하여 이 건 처분은 위법하다. 설 사, 처분청의 의견대로 청구법인이 OOO에게 대여금 이자 상당의 이득을 분여한 것으로 본다 하더라도 처분청은 인정이자를 계산하면서 위법하게 높은 이자율을 적용하여 법인세를 과다하게 부과하였다. 대여금에 대한 인정이자에 대하여 규정한 법인세법 시행령 제89조 제3항 및 부칙 제18조 제2항이 2007.2.28. 대통령령 제19891호로 개정되어 개정일 이후 발생하는 금전대여와 관련하여 인정이자를 계산할 때에는 가중평균차입이자율을 적용하여야 함에도 처분청은 2007사업연도 대여금에 대한 인정이자를 계산하면서 연 10% 및 9%의 이자율을 적용한 것으로 나타나므로 처분청이 익금산입한 이 건 인정이자는 적법하게 산정되지 아니하였다.
(3) OOO과의 거래로 인한 OOO 공사미수금 OOO원 및 OOO과의 거래로 인한 대학신축공사 공사미수금 OOO원은 모두 2001.12.31. 이전에 발생한 것이다. 일반적으로 공사미수금에 대한 소멸시효는 3년이므로 이 건 공사미수금은 2004.12.31. 이전에 그 소멸시효가 완성되어 2005.1.1. 현재 존재하지 아니하고, 기타미수금인 OOO 및 OOO에 대한 관리비 미수금 등도 소멸시효가 경과한 것이다. 따라서 처분청은 존재하지 아니하는 채권을 근거로 인정이자를 계산하여 익금에 산입하고 이를 업무무관자산으로 보아 지급이자를 손금불산입하여 법인세를 과세한 것이므로 위법하다.
(4) 처분청은 쟁점판결에 따라 2007사업연도 및 2008사업연도에 대한 법인세 부과처분을 취소하고 동일 사업연도에 대하여 법인세를 재부과 하면서 2차 소득금액변동통지를 하였는데, 이는 당초의 1차 소득금액변동통지에 따라 고지한 인정상여에 대한 근로소득세는 환급하지 아 니하고 동일한 내용의 소득금액변동통지를 한 것이므로 명백히 위법한 처분이다.
1. 쟁점판결은 2008사업연도 법인세 산출근거가 확인되지 아니하고 각 납세고지서에 가산세의 종류 및 그 산출근거가 기재되지 아니하였다는 사유로 위법하다는 판결이었고, 처분청은 동 판결서에 명시된 일부 과세처분의 형식적 하자를 치유하기 위하여 당초 1차 경정고지 등 전체를 취소한 후 2008사업연도 법인세 산출내역을 경정하고 납세고지서에 가산세의 종류 및 산출근거를 기재하여 2차 경정고지 등을 한 것이므로 국세기본법 제26조의2 제2항 에 의하여 판결확정일로부터 1년 이내에 필요한 처분을 할 수 있는 경우에 해당한다. 이와 같은 경우 허용되는 처분의 범위는 반드시 납세의무자에게 유 리한 것에 한정된다고 볼 수 없고, 실체적으로는 하자가 없으나 절차적 위법사유만 있는 경우 또는 과세원인을 잘못 평가하여 부과한 처분이지만 동일세목에 속하는 경우, 세액산정을 잘못 평가하여 부과한 처분이지만 동일세목에 속하는 경우 및 세액산정이 어려워 부과처분 전체가 취소된 경우 등에는 판결의 취지에 따라 그 하자를 보완하거나 정확한 세액을 산정하여 재처분할 수 있는 것으로 당초 1차 경정고지 등 전체금액을 취소하고 2차 경정고지 등을 한 이 건 처분은 정당하다. 또한, 대법원은 쟁점판결에서 청구취지를 ‘처분청이 2011.3.2. 청구법인에 대하여 한 2005사업연도 법인세 OOO원, 2006사업연도 법인세 OOO원, 2007사업연도 법인세 OOO원, 2008사업연도 법인세 OOO원 및 2009사업연도 법인세 OOO원의 각 부 과처분을 취소한다’라고 판시하였고 2심 재판부가 이에 따라 인용판결 하여 대법원에서 확정되었으며, 처분청은 위 청구취지의 각 부과처분을 모두 취소하였는바, 청구법인이 2008사업연도 법인세 부과처분에 대하여 소를 제기한 사실이 없다는 것은 사실이 아니다. 법인세법 제72조 제5항 에서 납세지 관할세무서장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 환급세액에 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 가산한 금액을 해당 결손금이 발생한 사업연도의 법인세로서 징수한다고 명시하고 있는바, 처분청은 당초 경정시 ‘소급공제 법인세액 환급결정(경정) 결의서’를 통하여 공제받을 결손금을 감소시키는 결의와 익금산입액을 증가시키는 결의를 함께 하였으므로 1차 경정고지는 부과처분에 해당한다. 처분청은 2차 경정고지에 대한 납세고지서 발송시 ‘법인세 및 가산세 산출근거 안내’ 문서를 발송하였는데, 이 문서에는 2008사업연도 결손금액 및 소급공제받을 결손금액이 OOO원이 됨에 따라 소급공제 신청하여 기환급받은 법인세 OOO원을 징수한다는 내용이 명시되어 있는 등 취소된 1차․2차 경정고지 모두 부과처분에 해당되므로 2차 경정고지 중 2008사업연도 법인세 부과처분은 쟁점판결에 따른 처분이다. 국세부과제척기간을 규정하고 있는 국세기본법 제26조의2 는 1984.8.7. 법률 제3746호에 의하여 최초 제정되었는데, 동 조문의 제정취지에는 ‘국세징수권과 부과권을 엄격히 구분하면 국세징수권은 구체적으로 세액이 확정되고 난 후에 확정된 조세채권을 실현하기 위하여 납세자에게 그 이행을 청구할 수 있는 권리이고, 국세부과권은 조세채권을 구체적으로 행사하기 위하여 세액을 결정하는 권리로서 그 개념이 다르다’고 명시되어 있고, 2차 경정고지와 쟁점판결에 의하여 취소된 처분은 2008사업연도 법인세 결손금의 감소로 2007사업연도 법인세 납부세액에서 소급하여 공제받을 법인세가 없어짐에 따라 이루어진 것으로 이미 확정된 조세채권을 실현하기 위하여 이행을 청구하는 것일 뿐 아니라 조세채권을 구체적으로 행사하기 위하여 세액을 결정한 것에도 해당되므로 양자를 모두 부과처분으로 봄이 타당하다. 한편, 청구법인은 처분청이 이의신청 결정에 따라 2017년 3월경 감액 경정시 작성한 결의서가 잘못 작성되었다고 주장하나, 처분청의 2차 경정고지와 관련한 2008사업연도 법인세 과세표준 및 세액(결정/경정) 계산서(1)를 보면 OOO세액에 OOO원이 반영되어 OOO차감 고지세액이 OOO원으로 결정된 것을 알 수 있다. 이는 소급공제 법인세액 환급결정(경정)결의서에서 소급공제받을 결손금이 당초 OOO원’에서 OOO원’으로 감소함에 따라 소급공제 법인세액 환급 결정(경정)결의서상 OOO원을 징수세액으로 고지하였어야 하나 기타가감조정세액으로 조정하여 소급공제 법인세액의 고지 없이 법인세 과세표준 및 세액(결정/경정)계산서(1)상 OOO세액에 OOO원을 반영하여 법인세로 고지된 부분을 이 건 재조사 경정시 바로잡아 법인세 과세표준 및 세액(결정/경정)계산서(1)의 기납부세액 계산시 소급공제로 인한 법인세 고지세액 OOO원을 차감한 순수 각 사업연도 소득에 대한 법인세 기납부세액 OOO원만을 반영하여 차감고지세액을 OOO원으로 경정한 것이며, 당초 소급공제 법인세 고지세액(기납부세액) OOO원은 소급공제 법인세액 환급결정(경정)결의서에 반영하여 환급결정하였기에 처분청의 재조사 경정․고지는 정당하다. 또한, 청구법인은 재조사 경정․고지시 가산세 산출에 대한 근거가 제시되지 아니하였다고 주장하나, 가산세액OOO원은 처분청이 2016.2.17. 경정․고지한 2008사업연도 법인세결의서상 과소신고가산세 OOO원이 재조사 경정으로 감소되고 남은 것으로 당해 경정에 의하여 새로 발생된 것이 아니며, 법인세결의서 제6호 서식 가산세액계산서(1)에 동 가산세의 상세내역이 기재되어 있으므로 산출근거가 없다는 청구주장을 받아들이기 어렵다.
(2) 이 건 부당행위계산의 부인은 청구법인이 쟁점공사 관련 미수금 등을 지연회수한 것에 대하여 처분청이 평균회수기일을 초과하여 회수한 금액을 업무무관 가지급금으로 본 것으로 공사금액의 적정여부에 대하여 동 규정을 적용한 것이 아니다. 청구법인은 쟁점공사를 수행하는 기간 동안 차입금 비중이 월등히 상승하였고 그로 인하여 이자비용도 현저히 증가한 반면, OOO은 상당액의 대여금, 장기금융상품 및 해외현지법인에 대한 투자금 등이 있어 변제여력이 충분하였음에도 청구법인은 미수금 등을 회수하기 위한 적극적 노력을 다하지 않았다. 따라서 청구법인이 지급이자의 증가로 재무상태의 위험을 부담하면서까지 장기간 공사대금을 받지 않는 조건으로 계약을 체결한 것은 특수관계자가 아니라면 이루어질 수 없는 경제적 합리성을 결여한 비정상적인 거래로 볼 수 있으므로 공사미수금의 지연회수를 부당행위계산으로 보아 법인세를 과세한 이 건 처분은 정당하다. 한편, 건설용역의 경우 계약기간이 1년 이상인 경우 건설을 완료한 정도에 따라 계산한 수익과 비용을 각각 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입하는 것인바, 청구법인은 작업진행률에 의하여 공사수익을 계산하여 익금에 산입하고 용역을 공급하는 때에 계산서 등을 발행하였다고 볼 수 있어 이 건 계산서 등은 작업진행률에 의하여 적법하게 발행된 것이며, 계산서 등 서식 하단에 발행시기 및 금액이 적법하게 기재되어 있어 처분청은 이를 근거로 기산일을 산정한 것이다. 또한, 청구법인은 이 건 계산서 등을 교부 및 수취하고 이를 토대로 부가가 치세 및 법인세를 자진하여 신고하였고, 처분청은 청구법인이 한 신고 내용을 진실한 것으로 추정하여 계산서 등의 발행일을 기산일로 하여 인정이자 등을 산정하였는바, 계산서 등의 발행시기에 문제가 있어 위법한 것이라면 청구법인은 이를 토대로 한 당초 신고에 대하여 경정청구 또는 수정신고를 하였어야 할 것인데도 그러한 사실이 없다. 따라서 처분청이 이 건 계산서 등의 발행시기를 인정이자 계산시 기산일로 본 데에는 잘못이 없다. 다음으로 인정이자 산정시 적용한 이자율을 보면, 법인세법 시행 령 제89조 제3항은 2007.2.28. 개정되었는데 개정 전에는 국세청장이 정하는 당좌대출이자율을 적용하도록 규정하였다가 개정 후 대여하는 분부터는 가중평균차입이자율을 적용하게 되었는바, 청구법인의 2007 사업연도 차입금에는 10%의 이자율을 적용받는 것도 확인되므로 가중평균차입이자율을 적용하여 인정이자를 산정한 당초 처분은 적법하다.
(3) OOO 및 OOO의 공사미수금 및 기타미수금은 특수관계법인들에 대한 채권으로 법인세법 제19조의2 제2항 에 의하여 대손금으로 인정되지 아니하고, 업무무관 가지급금은 특수관계의 소멸 및 해당 가지급금을 특수관계자에게 소득처분하거나 해당 채권을 약정에 의하여 임의포기하고 접대비로 처리하여야 비로소 세법상 소멸 된다. 따라서 현재까지 특수관계법인들이 정상적으로 사업을 영위하고 있고 체납이 발생한 사실도 없는 등 특수관계법인들에 대한 미수금 등은 대손요건을 충족하지 못하고 있으며, 청구법인이 계속하여 당해 채권을 보유하고 있으므로 소멸시효가 완성되었다고 볼 수 없다. (4) 국세기본법 제26조의2 제2항 제1호 에서 행정소송법에 따른 소송에 대한 결정 또는 판결이 있는 경우 판결확정일로부터 1년 이내에 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다고 규정하고 있는바, 처분청은 쟁점판결에 따라 1차 소득금액변동통지를 취소하면서 당초 소득금액변동통지금액은 (-)로 경정한 후 새로이 2차 소득금액변동통지를 하였는데, 동일세목, 동일과세기간, 동일납세자 및 동일소득자에 대하여 소득금액변동통지금액을 재경정한 이 건 처분은 정당하다.
② 특수관계법인에 대한 공사미수금을 업무무관 가지급금으로 보아 관련 인정이자를 익금산입하고 지급이자를 손금불산입하여 법인세를 과세한 처분의 당부
③ 이 건 공사미수금 등에 소멸시효가 완성된 것이 포함되어 있는지 여부
(1) 국세기본법 제22조의2【경정 등의 효력】 ① 세법에 따라 당초 확정된 세액을 증가시키는 경정은 당초 확정된 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리·의무관계에 영향을 미치지 아니한다. 제26조의2【국세부과의 제척기간】 ① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세를 방지하기 위하여 체결한 조약(이하 "조세조약"이라 한다)에 따라 상호 합의 절차가 진행 중인 경우에는 국제조세조정에 관한 법률 제25조 에서 정하는 바에 따른다.
② 제1항에도 불구하고 제1호에 따른 결정 또는 판결이 확정되거나 제2호에 따른 상호합의가 종결된 날부터 1년, 제3호에 따른 경정청구일 또는 조정권고일부터 2개월이 지나기 전까지는 해당 결정·판결, 상호합의, 경정청구 또는 조정권고에 따라 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다.
1. 제7장에 따른 이의신청, 심사청구, 심판청구, 감사원법에 따른 심사청구 또는 행정소송법에 따른 소송에 대한 결정 또는 판결이 있는 경우 제45조의2【경정 등의 청구】 ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신 고기한이 지난 후 3년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 한한다)에 경정을 청구할 수 있다.
② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세 표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.
1. 최초의 신고・결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때 제81조의3【납세자의 성실성 추정】 세무공무원은 납세자가 제81조의6 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 제외하고는 납세 자가 성실하며 납세자가 제출한 신고서 등이 진실한 것으로 추정하여야 한다.(각 호 생략) (2) 법인세법 제19조의2【대손금의 손금불산입】 ① 내국법인이 보유하고 있는 채권 중 채무자의 파산 등 대통령령으로 정하는 사유로 회수할 수 없는 채권의 금액(이하 "대손금"이라 한다)은 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다.
② 제1항은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 채권에 대하여는 적용 하지 아니한다.
2. 제28조 제1항 제4호 나목에 해당하는 것 제28조【지급이자의 손금불산입】 ① 다음 각 호의 차입금의 이자는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.
4. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자산을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인이 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자 중 대통령 령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액(차입금 중 해당 자산가액에 상당하는 금액의 이자를 한도로 한다)
② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 "시가"라 한다)을 기준으로 한다. 제72조【결손금 소급 공제에 따른 환급】 ⑤ 납세지 관할 세무서장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당되는 경우에는 환급세액(제1호 및 제2호의 경우에는 과다하게 환급한 세액 상당액)에 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자 상당액을 가산한 금액을 해당 결손금이 발생한 사업연도의 법인세로서 징수한다.
1. 제3항에 따라 법인세를 환급한 후 결손금이 발생한 사업연도에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정함으로써 결손금이 감소된 경우
2. 결손금이 발생한 사업연도의 직전 사업연도에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정함으로써 환급세액이 감소된 경우
3. 제25조 제1항 제1호의 중소기업에 해당하지 아니하는 법인이 법인세를 환급받은 경우 (3) 부가가치세법 제22조【용역의 공급시기】 법 제9조 제2항에 규정하는 용역의 공급시기는 다음 각 호에 따른다. 다만, 폐업 전에 공급한 용역의 공급 시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다.
1. 통상적인 공급의 경우에는 역무의 제공이 완료되는 때
2. 완성도 기준지급․중간지급․장기할부 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때
3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때 (4) 법인세법 시행령 제19조의2【대손금의 손금불산입】 ① 법 제19조의2 제1항에서 "대통령령으로 정하는 사유로 회수할 수 없는 채권"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.
1. 상법에 따른 소멸시효가 완성된 외상매출금 및 미수금
4. 민법에 따른 소멸시효가 완성된 대여금 및 선급금
5. 채무자 회생 및 파산에 관한 법률에 따른 회생계획인가의 결정 또는 법원의 면책결정에 따라 회수불능으로 확정된 채권
8. 채무자의 파산, 강제집행, 형의 집행, 사업의 폐지, 사망, 실종 또는 행방불명으로 회수할 수 없는 채권
9. 부도발생일부터 6개월 이상 지난 수표 또는 어음상의 채권 및 외상매출금(중소기업의 외상매출금으로서 부도발생일 이전의 것에 한정한다). 다만, 해당 법인이 채무자의 재산에 대하여 저당권을 설정하고 있는 경우는 제외한다.
③ 제1항 각 호의 대손금은 다음 각 호의 어느 하나의 날이 속하는 사업연도의 손금으로 한다.
1. 제1항 제1호부터 제7호까지의 규정에 해당하는 경우에는 해당 사유가 발생한 날
2. 제1호 외의 경우에는 해당 사유가 발생하여 손금으로 계상한 날 제53조【업무무관자산 등에 대한 지급이자의 손금불산입】 ① 법 제28조 제1항 제4호 나목에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 명칭여 하에 불구하고 당해 법인의 업무와 관련이 없는 자금의 대여액(제61조 제2항 각 호의 1에 해당하는 금융회사 등의 경우 주된 수익사업으로 볼 수 없는 자금의 대여액을 포함한다)을 말한다. 다만, 기획재정부령이 정하는 금액을 제외한다.
② 법 제28조 제1항 제4호 각 목 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액”이란 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. 지급이자 ☓ 제1항 및 제49조 제1항의 규정에 의한 자산가액의 합계액(한도: 총차입금액) 총차입금
③ 제2항의 규정에 의한 총차입금 및 자산가액의 합계액은 적수로 계 산한다. 이 경우 제1항의 자산은 동일인에 대한 가지급금등과 가수금이 함께 있는 경우에는 이를 상계한 금액으로 하며, 제49조 제1항의 자산은 취득가액(제72조의 규정에 의한 자산의 취득가액으로 하되, 같은 조 제4항 제3호의 시가초과액을 포함한다)으로 한다. 제69조【용역제공 등에 의한 손익의 귀속사업연도】 ① 법 제40조 제1항 및 제2항을 적용함에 있어서 건설·제조 기타 용역(도급공사 및 예약매출을 포함하며, 이하 이 조에서 "건설등"이라 한다)의 제공으로 인한 익금과 손금은 그 목적물의 건설등의 착수일이 속하는 사업연도 부터 그 목적물의 인도일(용역제공의 경우에는 그 제공을 완료한 날을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 속하는 사업연도까지 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 그 목적물의 건설등을 완료한 정도(이하 이 조에서 "작업진행률"이라 한다)를 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각각 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도의 익금과 손금에 산입할 수 있다. 제89조【시가의 범위 등】 ③ 제88조 제1항 제6호 및 제7호에 따른 금전의 대여 또는 차용의 경우에는 제1항 및 제2항에도 불구하고 기획재정부령으로 정하는 가중평균차입이자율(이하 "가중평균차입이자율"이라 한다)을 시가로 한다. 다만, 다음 각 호의 경우에는 해당 각 호의 구분에 따라 기획재정부령으로 정하는 당좌대출이자율(이하 "당좌대출이자율"이라 한다)을 시가로 한다.
1. 가중평균차입이자율의 적용이 불가능한 경우로서 기획재정부령으로 정하는 사유가 있는 경우: 해당 대여금 또는 차입금에 한정하여 당좌대출이자율을 시가로 한다. 1의2. 대여기간이 5년을 초과하는 대여금이 있는 경우 등 기획재정부령으로 정하는 경우: 해당 대여금 또는 차입금에 한정하여 당좌대출이자율을 시가로 한다.
2. 해당 법인이 법 제60조에 따른 신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 당좌대출이자율을 시가로 선택하는 경우: 당좌대출이자율을 시가로 하여 선택한 사업연도와 이후 2개 사업연도는 당좌대출이자율을 시가로 한다. (5) 소득세법 시행령 제192조【소득처분에 따른 소득금액변동통지서의 통지】 ① 법인 세법에 의하여 세무서장 또는 지방국세청장이 법인소득금액을 결정 또는 경정함에 있어서 처분(국제조세조정에 관한 법률 시행령 제25조 제6항 에 따라 처분된 것으로 보는 경우를 포함한다)되는 배당ㆍ 상여 및 기타소득은 법인소득금액을 결정 또는 경정하는 세무서장 또는 지방국세청장이 그 결정일 또는 경정일부터 15일 내에 기획재정부령이 정하는 소득금액변동통지서에 의하여 당해 법인에게 통지하여야 한다. 다만, 당해 법인의 소재지가 분명하지 아니하거나 그 통지서를 송달할 수 없는 경우에는 당해 주주 및 당해 상여나 기타소득의 처분을 받은 거주자에게 통지하여야 한다. (6) 민법 제163조【3년의 단기소멸시효】 다음 각 호의 채권은 3년간 행사하지 아니하면 소멸시효가 완성한다.
3. 도급받은 자, 기사 기타 공사의 설계 또는 감독에 종사하는 자의 공사에 관한 채권
(1) 조사청은 2010.10.19.～ 2011.2.24. 기간 동안 청구법인에 대한 법인세 통합조사를 실시한 결과, 아래 <표1>과 같은 사실을 확인하여 처분청에 관련 제세결정결의(안)을 통보하였다. <표1> 조사적출 내역
(2) 처분청은 1차 경정고지와 관련한 소송에서 청구법인이 승소함에 따라 법인세 부과처분 합계 OOO원 및 소득금액변동통지금액 합계 OOO원을 각각 취소한 후 2016.2.22. 가산세 오류를 정정하고 각 납세고지서에 과세표준 및 세액의 산출근거 등을 정상적 으로 기재하여 2005～2009사업연도 법인세 합계 OOO원을 2차 경정고지하는 한편, 대표이사 상여처분액 합계 OOO원에 대하여 2차 소득금액변동통지를 하였고, 2차 경정고지와 관련한 납세고지서 상에 필요적 기재사항이 정상적으로 기재되어 있음에 대하여는 청구법인과 처분청 간에 다툼이 없다.
(3) 청구법인이 1차 경정고지에 불복하여 제기한 소송에 대한 법원판결의 주요 내용은 다음과 같다.
(4) 청구법인은 2차 경정고지 중 2008사업연도 법인세 OOO 원의 부과처분은 각 사업연도 소득에 대한 법인세로서 1차 경정고지시 결손금 감소로 인하여 부과한 소급공제 법인세 환급액에 대한 추징세 액과는 달라서 쟁점판결에 따른 처분으로 볼 수 없고, 쟁점판결에 따른 처분으로 본다 하더라도 재조사 결과에 따른 경정․고지는 고지세액 계산과정상의 오류 및 가산세 산정근거 미제시를 이유로 위법하다는 주장이나, 처분청은 1차 경정고지시 소급공제 받을 결손금액을 감소 시키는 결의와 익금산입액을 증가시키는 결의를 동시에 하였으므로 1차 경정고지는 부과처분으로서 쟁점판결에 따른 것이고 재조사 결과에 따른 경정․고지는 당초 소급공제 법인세 고지세액을 제외하고 각 사업연도소득에 대한 법인세 기납부세액만을 반영하여 한 것이라 정당 하고 가산세 산정근거도 제시되었다는 의견이며 다음과 같은 자료 등을 제시하고 있다. (가) 처분청은 아래 <표2>와 같이 1차 경정고지 중 2008사업연도에 대한 결의내역을 제시하고 있는데, ‘소급공제 법인세액 환급결정(경정) 결의서’상 결손금액 및 소급공제 받을 결손금액은 각각 감소되었고, ‘법인세 과세표준 및 세액 결정(경정) 결의서’상 익금산입액 및 과세표준은 각각 증가된 것으로 나타난다. <표2> 2008사업연도에 대한 1차 경정고지 내역 (나) 처분청은 2차 경정고지시 청구법인에게 납세고지서와 함께 ‘법인세 및 가산세 산출근거 안내’라는 문서를 발송하였는데, 동 문서 에는 ‘2008사업연도 결손금액 및 소급공제 받을 결손금액이 OOO원이 됨에 따라 소급공제 신청하여 환급받았던 법인세 OOO원을 징수한다’라는 내용이 기재되어 있다. (다) 처분청이 2017년 3월 이 건 이의신청 결정에 따라 재조사를 실시한 후 감액경정시 작성한 ‘법인세 과세표준 및 세액 결정(경정)결의서’ 및 ‘법인세 과세표준 및 세액(결정/경정) 계산서(1)’의 내용을 요약하면 아래 <표3>․<표4>와 같고, 처분청은 기납부세액 및 고지세 액이 각각 다른 이유는 2차 경정고지시 결손금이 당초 OOO에서 OOO으로 감소함에 따라 소급공제 법인세액 환급결정(경정)결의시 OOO원을 징수세액으로 고지하여야 함에도 이를 법인세 과세표준 및 세액(결정/경정)계산서에 반영한 것을 이 건 재조사에 따른 경정시 기납부세액에서 제외하고 각 사업연도소득에 대한 기납부세액 OOO원만을 반영하였기 때문이라는 의견이다. 한편, 2차 경정고지시 소급공제 법인세 고지세액 OOO원은 소급공제 법인세액 환급결정(경정)결의서에 반영한 것으로 나타난다. <표3> 법인세 과세표준 및 세액 결정(경정)결의서 <표4> 법인세 과세표준 및 세액(결정/경정) 계산서(1) (라) 또한, 위 <표4>의 가산세액OOO원은 2차 경정고지시 발생한 과소신고가산세 OOO원 중 재조사 경정으로 인한 잔여분으로 새로 발생한 것이 아니고, 법인세 과세표준 및 세액 결정(경정) 결의서 제6호 서식인 가산세액계산서(1)에 그 산출근거가 표시되어 있다.
(5) 청구법인은 쟁점공사는 특수관계 없는 자들로부터는 수주할 수 없을 정도로 유리한 것이므로 특수관계법인들에 대한 공사미수금을 지연하여 수취하였다 하더라도 부당행위계산 부인규정을 적용할 수 없다고 주장하나, 처분청은 청구법인이 동 미수금을 회수할 수 있었음에도 합리적인 이유 없이 평균 채권회수기간 92일을 초과하여 미회 수한 것으로 보아 이를 법인세법상 부당행위계산 부인의 대상에 해당한다는 의견이며 아래와 같은 자료 등을 제시하고 있다. (가) 청구법인의 사업연도별 차입금 및 지급이자 내역에 의하면 쟁점공사를 진행하는 기간 동안 차입금 비중이 높아짐에 따라 이자 비용의 지급도 증가한 것으로 나타나고 그 내용은 아래 <표5>와 같다. <표5> 청구법인의 차입금 및 지급이자 내역 (나) OOO이 쟁점공사 진행기간 중 보유한 자산은 아래 <표6>과 같다. <표6> OOO의 자산 보유내역
(6) 한편, 청구법인은 특수관계법인들에 대한 공사미수금 지연회수가 부당행위계산 부인대상에 해당한다 하더라도 동 미수금에 대한 인정이자를 산정하기 위해서는 자본금에 대한 대여일과 회수일을 확정하 여야 하고 쟁점공사 도급계약은 중간지급조건부에 해당되어 청구법인이 계산서 등을 발행하여야 하는 시기는 각 대가를 받기로 한 때인 ‘국민 주택기성금 수령시, 임대분양금 입금시’임에도 처분청은 그와 달리 계 산서 등에 임의로 기재된 발행일을 근거로 특수관계법인들에게 자금을 대여한 날을 확정하여 이 건 처분은 위법하다고 주장하며 아래와 같은 자료 등을 제시하고 있다. (가) 청구법인이 쟁점공사에 대하여 발급한 계산서 및 세금계산서 내역은 아래 <표7>과 같다. <표7> 쟁점공사와 관련한 계산서 등 발급내역 (나) 청구법인이 이 건 이의신청시 제시한 쟁점공사 표준도급계약서상 확인되는 공사별 주요 계약내용은 아래 <표8>과 같다. <표8> 쟁점공사의 주요 계약내용
(7) 청구법인은 법인세법 시행령 제89조 제3항 및 부칙 제18조 제2항이 2007.2.28. 대통령령 제19891호로 개정되어 개정일 이후 발생하는 금전대여와 관련하여 인정이자를 계산할 때에는 가중평균차입이 자율을 적용하여야 함에도 처분청은 2007사업연도 대여금에 대한 인정 이자를 계산하면서 연 10% 및 9%의 이자율을 적용하여 위법하다고 주장하고 있는바, 이와 관련된 사항들을 살펴보면 다음과 같다. (가) 처분청은 당초 2005사업연도부터 2008사업연도까지는 신고된 당좌대출이자율을, 2009사업연도는 가중평균차입이자율을 각각 적용하여 아래 <표9>와 같이 인정이자를 계산하였다가 이 건 이의신청시 2009사업연도의 인정이자 계산과 관련하여서는 청구법인이 선택한 당좌대출이자율이 아닌 가중평균차입이자율을 잘못 적용하였다 하여 경정한 사실이 확인된다. <표9> 사업연도별 인정이자 산정 내역 (나) 청구법인이 사업연도별 법인세 신고시 가지급금 등의 인정이자 산정에 적용한 이자율과 해당 사업연도에 고시된 법인세법 시행규칙 제43조 제2항 의 당좌대출이자율은 아래 <표10>과 같다. <표10> 청구법인의 신고 이자율 및 당좌대출이자율 내역 (다) 법인세법 시행령 제89조 제3항 은 특수관계인과의 금전의 대여 또는 차용으로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우의 시가의 범위에 대하여 규정하고 있는데, 주요 개정내용을 요약하면 아래와 같다.
(8) 청구법인은 이 건 미수금 등에 소멸시효가 완성된 것이 포함되어 있다고 주장하고 있는바, 이에 관련된 사항들을 살펴보면 다음과 같다. (가) 국세청 대내포털시스템상 확인되는 OOO 및 OOO에 대한 사업자등록 내역은 아래 <표11>과 같다. <표11> 사업자등록 내역 (나) 부가가치세 신고서상 확인되는 청구법인의 OOO 및 OOO에 대한 매출액 신고내역은 아래 <표12>와 같다. <표12> OOO 등에 대한 매출액 신고내역 (다) 그 밖에 청구법인이 제시한 미수금 등에 대한 소멸시효 명세서는 아래 <표13>과 같고, 처분청은 청구법인에게 미수금 등의 소멸시효가 완성되었음을 확인할 수 있는 객관적 증빙의 제시를 요구하였 으나 청구법인은 제시하지 아니한 것으로 확인된다. <표13> 미수금 등에 대한 소멸시효 명세
(9) 청구법인은 처분청이 1차 경정고지에 따른 소득금액변동통지에 의하여 고지한 인정상여에 대한 근로소득세를 환급하지 아니하고 한 2차 소득금액변동통지가 위법하다고 주장하고 있는바, 이와 관련된 사항들을 살펴보면 다음과 같다. (가) 처분청은 아래 <표14>와 같이 청구법인이 2011.3.1. 부당계상한 일용노무비에 상당하는 금액을 대표이사에게 상여로 소득처분하여 1차 소득금액변동통지를 하였고, 청구법인이 이를 수령한 후 2011년 5월 원천징수세액에 대하여 수정신고를 한 후 관련 세액을 무납부함에 따라 처분청이 2011.7.1. 무납부세액 합계 OOO원(2007사업연도분 OOO원 및 2008사업연도분 OOO원)을 각 경정․고지한 것으로 나타난다. <표14> 일용노무비 부당계상액 소득처분 내역 (나) 처분청은 1차 소득금액변동통지와 동일한 금액을 (-)로 하여 아래 <표15>와 같이 1차 소득금액변동통지를 취소하는 한편 동일한 금액으로 2차 소득금액변동통지를 한 사실이 국세청 대내포털시스템을 통하여 확인된다. <표15> 1차 경정고지 취소시 소득금액변동통지금액 경정 내역
(10) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 1차 경정고지 및 소득금액변동통지가 쟁점판결에 따라 위법한 것으로 판결되었고 심리미진 또는 판단유탈이 없어서 특례제척기간을 적용할 수 없음에도 처분청이 이를 취소하고 다시 2차 경정고지 및 소득금액변동통지를 하여 위법하다고 주장하나, 국세부과제척기간 특례에 관한 규정이 행정쟁송의 결정이나 판결이 확정된 날로부터 1년 내라 하여 당해 결정이나 판결에 따르지 아니하는 새로운 결정이나 증액결정까지 할 수 있다는 취지가 아님은 분명하나, 그렇다고 하여 위 규정을 오로지 납세자를 위한 것이라고 보아 납세자 에게 유리한 결정이나 판결을 이행하기 위하여만 허용된다고 볼 근거는 없다 할 것(대법원 1996.5.10. 선고 96누4885 판결, 같은 뜻임)이므로, 국세부과제척기간이 경과한 후 과세관청이 행한 처분이 행정쟁송의 결정․판결 등의 취지를 수용하는 것이라면 동 처분은 결정․판결 등에 따른 처분이라 할 수 있어 국세기본법 제26조의2 제2항 에 적합한 것이라 할 것인바, 이 건은 법원이 납세고지의 하자를 이유로 당해 처분이 위법하다고 판결하자 처분청이 그 판결 확정일로부터 1년 내에 이를 취소하고 그 잘못을 바로잡아 다시 부과처분을 한 것이어서 국세부과제척기간이 도과되었다고 할 수 없는 점, 청구법인은 2차 경정고지가 국세부과제척기간 내의 처분이라 하더 라도 그 중 2008사업연도 법인세 부과처분은 쟁점판결에 따른 처분으로 볼 수 없다고 주장하나, 처분청이 1차 경정고지시 ‘소급공제 법인세액 환급결정(경정) 결의’를 통하여 소급공제 받을 결손금액을 감소시키고 ‘법인세 과세표준 및 세액 결정(경정) 결의’를 통하여 익금산입액을 증가시키는 처분을 동시에 한 것으로 나타나므로 2008사업연도 법인세에 대한 당초 처분은 부과처분에 해당하고, 법원이 납세고지의 형 식적 하자를 이유로 1차 경정고지시 한 당초 2008사업연도 법인세 부과처분을 포함한 각 부과처분을 취소한다고 판결하자 처분청이 이를 취소하고 그 잘못을 바로잡아 2차 경정고지시 다시 한 이 건 2008사업연도 법인세 부과처분은 쟁점판결에 따른 것인 점, 청구법인은 재조사결정에 따른 감액경정시 세액산정에 오류가 있다고 주장하나, 청구법인이 감액경정세액이라고 주장하는 OOO원과 처분청이 산정한 OOO원과의 차액 OOO 원은 처분청이 이 건 감액경정을 하면서 당초 기납부세액에 반영되어 있던 소급공제법인세 고지세액 OOO원을 제외하고 각 사업연도 소득에 대한 법인세 고지세액 OOO원만을 기납부세액으로 공제하여 차감고지세액을 산정함으로써 발생한 것이고, 소급공제 법인세 고지세액은 소급공제 법인세액 환급결정(경정) 결의에 반영한 것이라 세액계산에 오류가 있다고 할 수 없는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점판결 확정일로부터 1년 내에 당초의 위법한 처분을 취소하고 그 잘못을 바로잡아 다시 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 특수관계법인들과 특수관계에 있었기 때문에 쟁점공사를 수주할 수 있었고 그로 인하여 오히려 큰 이익을 얻을 수 있었음에도 처분청은 청구법인이 공사대금을 다소 늦게 지급받았다는 일면만을 보고 이를 부당행위계산 부인대상으로 보아 관련 인정이자를 익금에 산입하고 지급이자를 손금불산입하여 법인세를 과세한 이 건 처분은 부당하다고 주장하나, 법인이 특수관계자로부터 지급받아야 할 공사대금의 회수를 정당한 사유 없이 지연시키는 것은 실질적으로 공사대금이 계약상의 의무이행 기한 내에 전부 회수된 후 다시 가지급된 것과 같은 효과가 있어서 그 미회수 공사대금 상당액은 법인세법 제28조 제1항 제4호 나목 에서 규정하는 업무와 관련 없이 지급한 가지급금 등에 해당하여 그에 상당하는 차입금의 지급이자가 손금에 산입되지 아니하며, 그와 같은 공사대금의 회수지연이 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성이 결여되어 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 법인세법 제52조 및 같은 법 시행령 제88조 제1항 제6호의 부당행위계산 부인에 의하여 그에 대한 인정이자가 익금에 산입된다 할 것(대법원 2010.1.14. 선고 2007두5646 판결 등 참조)인바, 청구법인은 2005사업연도에 비하여 2006사업연도 내지 2009사업연도에 차입금 비중이 상당히 높아졌고 이로 인한 지급이자도 2006사업 연도 OOO원, 2007사업연도 OOO원, 2008사업연도 OOO원 및 2009사업연도 OOO원을 각각 지출하였음에도 이 건 공사미수금을 회수하기 위하여 적극적인 조치를 취하지 아니하고 이에 대한 이자도 지급받지 아니한 채 상당한 기간 동안 공사대금의 회수를 정당한 사유 없이 지연시킨 것으로 보이는 반면, 이 건 과세기간 동안 특수관계자인 OOO은 상당 금액의 대여금, 장기금융상품, 투자자산이 있어 변제여력이 충분하였다고 할 수 있는 점, 청구법인이 지급이자 증가로 인한 재무상태의 위험성을 감수하면서까지 이 건 공사미수금을 임대분양금 입금시에 받는 조건으로 계약을 체결한 것은 사회통념이나 상관습 등에 비추어 합리적인 경제인이 취할 정상적인 거래로 볼 수 없으므로 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 보이는 점, 청구법인과 특수관계법인들은 쟁점공사와 관련하여 계산서 등을 교부 및 수취하고 이를 기초로 부가가치세 및 법인세를 자진하여 신고하였 으며, 처분청이 이러한 신고 내용을 신뢰하여 세금계산서 및 계산서의 발행일자를 기산일로 하여 인정이자 등을 산정한 것은 정당한 것으로 보이는 점, 청구법인은 법인세법 시행령 제89조 제3항 및 부칙 제18조 제2항이 2007.2.28. 대통령령 제19891호로 개정되어 개정일 이후 발생하는 금전대여와 관련하여 인정이자를 계산할 때에는 가중평균차입이자율을 적용하여야 함에도 처분청은 2007사업연도 대여금에 대한 인정이자를 계산하면서 연 10% 및 9%의 이자율을 적용하여 법인세를 과다하게 부과하였다고 주장하나, 위 시행령은 개정 전에는 원칙적으로 국세 청장이 정하는 당좌대출이자율을 적용하고 예외적으로 당좌대출이자율보다 높은 이자율의 차입금이 있는 경우에는 당해 이자율을 각각 시가로 적용하도록 규정하였다가 2007.2.28. 개정됨에 따라 부칙 제18조 제2항에 의하여 2007.2.28. 이후 최초로 대여 또는 차용하는 분부터 가중평균이자율을 적용하도록 변경되었는바, 청구법인의 2007사업연도 차입금 중에는 10%의 이자율을 적용받는 것이 있음이 확인되므로 인정 이자 계산시 개정 전 법령에 의하여 당좌대출이자율보다 높은 10%의 이자율로 차입한 금액에 상당하는 대여금에 대하여는 당해 이자율을 적용하고 나머지는 연 9%의 당좌대출이자율을 적용한 데에는 잘못이 없는 점 등에 비추어 청구법인이 이 건 공사대금의 회수를 정당한 사유 없이 지연시켰다고 봄이 상당하므로 이를 부당행위계산으로 인정하여 이 건 미수금을 업무무관 가지급금으로 보아 인정이자를 익금산입하고 차입금에 대한 지급이자를 손금불산입하여 법인세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 마지막으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 청구법인은 이 건 공사미수금 등은 2001.12.31. 이전에 발생하여 2004.12.31. 현재 민법 등에 따른 소멸시효가 완성되어 회수할 수 없는 채권에 해당된다고 주장하나, 특수관계인에게 해당 법인의 업무와 관련 없이 지급한 가지급금 등에 해당하는 OOO 및 OOO에 대한 공사미수금은 법인세법 제19조의2 제2항에 따라 대손금으로 인정되지 아니하고, 특히 위 특수 관계법인들은 현재까지 사업을 영위하고 있으며 체납이 발생한 사실도 없는 것으로 확인되어 청구법인이 계속하여 채권을 보유하고 있다고 볼 수 있는 점, 업무무관 가지급금의 소멸은 특수관계의 소멸 및 해당 가지급금을 특수관계자에게 소득처분하거나 약정에 의한 임의포기에 의하여 접대비로 처리하여야 세법상 소멸되는 점, 청구법인이 소멸시 효가 완성되었다고 주장하는 채권 등을 대손금으로 처리하지 아니하고 여전히 재무제표에 자산으로 계상하고 있는 점, 그 밖에 청구법인은 미수금 등의 명세서 외에는 소멸시효가 완성되었음을 입증할 수 있는 객관적 증빙을 제시하지 못하는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.